Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ordem Didelphimorphia, de marsupiais americanos, apresenta 19 gêneros e 96 espécies, todos membros da família Didelphidae, que é dividida em duas subfamílias, Caluromyinae e Didelphinae. A subfamília Didelphinae contém (não apenas) as tribos Didelphini e Metachirini. A tribo Didelphini compreende 15 espécies de quatro gêneros: Chironectes (1 espécie), Lutreolina (1), Didelphis (6) e Philander (7) e a tribo Metachirini é monotípica, com apenas uma espécie do gênero Metachirus. Estes cinco gêneros encontram-se distribuídos amplamente pelas Américas, desde o sul do Canadá até a região central da Argentina. O objetivo deste estudo foi buscar identificar e explicar, através de análise pan-biogeográfica, os padrões de distribuição das espécies destes cinco gêneros. Para tal, foi feito um levantamento em banco de dados, coleções científicas e artigos científicos para a obtenção de dados sobre as localidades de registro de cada espécie. Estas foram então marcadas em mapas e a partir destes, as localidades de ocorrência foram conectadas com linhas de menor distância para formação dos traços individuais. Pela sobreposição dos traços individuais chegou-se aos traços generalizados e do encontro destes, aos nós biogeográficos. Os pontos de ocorrência foram também plotados em mapas de biomas para análise. Encontramos três traços generalizados e dois nós biogeográficos, um no centro da Bolívia na província biogeográfica de Puna e outro na Argentina, na província de Misiones. Quatro espécies não participaram de nenhum dos traços generalizados, provavelmente devido à sua distribuição mais restrita (Philander deltae, P. andersoni, P. olrogi e P. mcilhennyi). Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus tiveram seus traços coincidentes com dois traços generalizados, o que está de acordo com suas divisões de subespécies. Identificamos os diferentes padrões existentes para o norte da América do Sul (Venezuela) já apontado por diversos autores, porém apenas quando analisadas as subespécies em separado. Alguns limites para a distribuição das espécies puderam ser identificados, como por exemplo o istmo de Tehuantepec, no México, para Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus e o limite da região neotropical para P. opossum e D. marsupialis. O limite de distribuição sul de Philander opossum e P. frenatus é provavelmente o rio Paraguai, que deve servir de barreira para o contato entre as duas espécies. A descaracterização dos ambientes naturais pelo desmatamento vem alterando os padrões naturais de distribuição das espécies, com o registro de espécies de áreas abertas em biomas de mata. Lutreolina crassicaudata apresenta distribuição disjunta, ocupando duas áreas de vegetação aberta, uma no noroeste e outra no centro e sudeste da América do Sul, padrão provavelmente gerado pelos períodos de retração e expansão de áreas de savana do Mioceno superior ao Holoceno, levando à captura destes enclaves de vegetação aberta, com seu isolamento por áreas de floresta. Os nós e traços generalizados aqui identificados coincidiram com os encontrados por outros autores. Apesar da pan-biogeografia poder ser usada para propor áreas de proteção ambiental, nos locais em que encontramos os nós biogeográficos já existem unidades de conservação, não havendo assim necessidade de propor novas áreas no caso desses marsupiais. Ainda existe uma grande necessidade de um melhor conhecimento da distribuição e taxonomia das espécies estudadas, o que promoveria um melhor entendimento dos padrões biogeográficos existentes / The order Didelphimorphia, family Didelphidae of American marsupials includes 19 genera and 96 species and is divided into two subfamilies, Caluromyinae and Didelphinae. The subfamily Didelphinae contains (not exclusively) the tribes Didelphini and Metachirini. The tribe Didelphini comprises 15 species of four genera: Chironectes (1 species), Lutreolina (1), Didelphis (6) and Philander (7) and Metachirini tribe is monotypic, with only one species of the genus Metachirus. These five genera are widely distributed throughout the Americas, from southern Canada to central Argentina. The aim of this study was to identify and to explain the speciess distribution patterns trough pan-biogeographic analysis. So, a survey was carried on using databases, visiting scientific collections and searching for published records to obtain data on localities were species were registered. Localities, for each separate species were marked on maps and the most close localities were connected with lines (individual tracks). The overlapping of individual tracks are the generalized tracks and the intersection of two or more generalized tracks are called nodes. Localities were also plotted on biomes maps. We found three generalized tracks and two nodes, one in the center of Bolivia in the biogeographic province of Pune and the other in Argentina, in Misiones. Four species do not participated in any generalized tracks, probably due to its restricted distribution (Philander delta, P. andersoni, P. olrogi and P. mcilhennyi). Chironectes minimus and Metachirus nudicaudatus had their tracks overlapped with two generalized tracks, which is in accordance with their known subspecies geographic distribution. In those species which are divided in subspecies, a separate analysis was carried on. Different patterns on the northern South America (Venezuela) were identified, all already pointed out by authors. Some species distribution limits were identified, such as the Tehuantepec Isthmus in Mexico for C. minimus and M. nudicaudatus and the neotropical region north limit to P. opossum and D. marsupialis. The south limit of P. opossum and P. frenatus is the Paraguay river, which seems to be a barrier. The mischaracterization of natural environments by human activities is changing the natural distribution patterns, as we can see by the occurrence of open areas species in forest biomes. Lutreolina crassicaudata presents a disjunct distribution, occupying two open vegetation areas, in northwest and center-southeast South America, probably generated by periods of contraction and expansion of savanna areas during the later Miocene to Holocene, leading to open vegetation enclaves surrounded by forests. The generalized tracks that we identified coincided with those found by other authors. Despite the pan-biogeography methodology can be used to propose protected areas, our nodes are in areas where conservation units already exist. There still is a great need for a better data of the distribution and taxonomy of these species, which would promote a better understanding of their biogeographic patterns

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ordem Didelphimorphia, de marsupiais americanos, apresenta 19 gêneros e 96 espécies, todos membros da família Didelphidae, que é dividida em duas subfamílias, Caluromyinae e Didelphinae. A subfamília Didelphinae contém (não apenas) as tribos Didelphini e Metachirini. A tribo Didelphini compreende 15 espécies de quatro gêneros: Chironectes (1 espécie), Lutreolina (1), Didelphis (6) e Philander (7) e a tribo Metachirini é monotípica, com apenas uma espécie do gênero Metachirus. Estes cinco gêneros encontram-se distribuídos amplamente pelas Américas, desde o sul do Canadá até a região central da Argentina. O objetivo deste estudo foi buscar identificar e explicar, através de análise pan-biogeográfica, os padrões de distribuição das espécies destes cinco gêneros. Para tal, foi feito um levantamento em banco de dados, coleções científicas e artigos científicos para a obtenção de dados sobre as localidades de registro de cada espécie. Estas foram então marcadas em mapas e a partir destes, as localidades de ocorrência foram conectadas com linhas de menor distância para formação dos traços individuais. Pela sobreposição dos traços individuais chegou-se aos traços generalizados e do encontro destes, aos nós biogeográficos. Os pontos de ocorrência foram também plotados em mapas de biomas para análise. Encontramos três traços generalizados e dois nós biogeográficos, um no centro da Bolívia na província biogeográfica de Puna e outro na Argentina, na província de Misiones. Quatro espécies não participaram de nenhum dos traços generalizados, provavelmente devido à sua distribuição mais restrita (Philander deltae, P. andersoni, P. olrogi e P. mcilhennyi). Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus tiveram seus traços coincidentes com dois traços generalizados, o que está de acordo com suas divisões de subespécies. Identificamos os diferentes padrões existentes para o norte da América do Sul (Venezuela) já apontado por diversos autores, porém apenas quando analisadas as subespécies em separado. Alguns limites para a distribuição das espécies puderam ser identificados, como por exemplo o istmo de Tehuantepec, no México, para Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus e o limite da região neotropical para P. opossum e D. marsupialis. O limite de distribuição sul de Philander opossum e P. frenatus é provavelmente o rio Paraguai, que deve servir de barreira para o contato entre as duas espécies. A descaracterização dos ambientes naturais pelo desmatamento vem alterando os padrões naturais de distribuição das espécies, com o registro de espécies de áreas abertas em biomas de mata. Lutreolina crassicaudata apresenta distribuição disjunta, ocupando duas áreas de vegetação aberta, uma no noroeste e outra no centro e sudeste da América do Sul, padrão provavelmente gerado pelos períodos de retração e expansão de áreas de savana do Mioceno superior ao Holoceno, levando à captura destes enclaves de vegetação aberta, com seu isolamento por áreas de floresta. Os nós e traços generalizados aqui identificados coincidiram com os encontrados por outros autores. Apesar da pan-biogeografia poder ser usada para propor áreas de proteção ambiental, nos locais em que encontramos os nós biogeográficos já existem unidades de conservação, não havendo assim necessidade de propor novas áreas no caso desses marsupiais. Ainda existe uma grande necessidade de um melhor conhecimento da distribuição e taxonomia das espécies estudadas, o que promoveria um melhor entendimento dos padrões biogeográficos existentes / The order Didelphimorphia, family Didelphidae of American marsupials includes 19 genera and 96 species and is divided into two subfamilies, Caluromyinae and Didelphinae. The subfamily Didelphinae contains (not exclusively) the tribes Didelphini and Metachirini. The tribe Didelphini comprises 15 species of four genera: Chironectes (1 species), Lutreolina (1), Didelphis (6) and Philander (7) and Metachirini tribe is monotypic, with only one species of the genus Metachirus. These five genera are widely distributed throughout the Americas, from southern Canada to central Argentina. The aim of this study was to identify and to explain the speciess distribution patterns trough pan-biogeographic analysis. So, a survey was carried on using databases, visiting scientific collections and searching for published records to obtain data on localities were species were registered. Localities, for each separate species were marked on maps and the most close localities were connected with lines (individual tracks). The overlapping of individual tracks are the generalized tracks and the intersection of two or more generalized tracks are called nodes. Localities were also plotted on biomes maps. We found three generalized tracks and two nodes, one in the center of Bolivia in the biogeographic province of Pune and the other in Argentina, in Misiones. Four species do not participated in any generalized tracks, probably due to its restricted distribution (Philander delta, P. andersoni, P. olrogi and P. mcilhennyi). Chironectes minimus and Metachirus nudicaudatus had their tracks overlapped with two generalized tracks, which is in accordance with their known subspecies geographic distribution. In those species which are divided in subspecies, a separate analysis was carried on. Different patterns on the northern South America (Venezuela) were identified, all already pointed out by authors. Some species distribution limits were identified, such as the Tehuantepec Isthmus in Mexico for C. minimus and M. nudicaudatus and the neotropical region north limit to P. opossum and D. marsupialis. The south limit of P. opossum and P. frenatus is the Paraguay river, which seems to be a barrier. The mischaracterization of natural environments by human activities is changing the natural distribution patterns, as we can see by the occurrence of open areas species in forest biomes. Lutreolina crassicaudata presents a disjunct distribution, occupying two open vegetation areas, in northwest and center-southeast South America, probably generated by periods of contraction and expansion of savanna areas during the later Miocene to Holocene, leading to open vegetation enclaves surrounded by forests. The generalized tracks that we identified coincided with those found by other authors. Despite the pan-biogeography methodology can be used to propose protected areas, our nodes are in areas where conservation units already exist. There still is a great need for a better data of the distribution and taxonomy of these species, which would promote a better understanding of their biogeographic patterns

Orientador: Prof. Dr. Charles Morphy D. dos Santos / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Evolução e Diversidade, 2017. / O conhecimento da história da vida na Terra é fundamental para entender a atual distribuição dos organismos e para prevê-la no futuro. O estabelecimento de áreas de endemismo e a análise da estruturação filogenética dessas áreas são os primeiros passos para que se possa compreender a história evolutiva e as interações ecológicas entre organismo-espaço e organismo-organismo, a fim de fornecer subsídios para ações conservacionistas. A infraordem Tabanomorpha (Diptera, Brachycera), um grupo antigo, de distribuição global e pouca resolução biogeográfica, é um bom modelo de estudo para discutir a relação entre biodiversidade, padrões filogenéticos e conservação. Os objetivos desta tese foram: i) estudar aspectos biogeográficos dos grupos de Tabanomorpha, em particular identificar áreas de endemismo neotropicais e globais, e ii) estudar o índice de diversidade filogenética de Faith. Para isso, um banco de dados com registros de ocorrência de ~5.000 espécies de Tabanomorpha foi compilado. As áreas de endemismo foram delimitadas a partir de uma análise de endemicidade, utilizando o programa NDM/VNDM. Na região Neotropical, 13 áreas de endemismo foram identificadas, compreendendo cinco componentes: Norte da América do Sul (NSA), Sudeste da América do Sul (SESA), América Central (CA), Savana Brasileira (BS), Andes Central (CAn). De modo geral, estes componentes são congruentes com as propostas de regionalização mais recentes para a região Neotropical. Na análise global, 18 áreas de endemismo foram identificadas: seis áreas na região Neártica, duas na região Paleártica, as regiões Oriental, Australiana e Africana tiveram três áreas cada, e a região Neotropical apareceu como uma área única. Essas áreas foram comparadas com estudos realizados para diversos táxons, apresentando congruências e evidenciando a possibilidade de utilização dos insetos na determinação de padrões globais de endemismo. A partir dos resultados de ambas as análises de endemicidade, a família Rhagionidae foi utilizada como modelo para sugestão de um protocolo de análise de biogeografia histórica, utilizando três distintos de biogeografia cladística: (1) um método baseado em padrão (BPA), um método baseado em eventos (DIVA) e um método baseado em barreiras (SAV). O método baseado em padrão descreve o padrão geral das relações das áreas, com possíveis áreas problemáticas a serem explicadas pelo método baseado em eventos (sob interpretação de diferentes processos: vicariância, dispersão, duplicação, extinção). O método baseado em barreiras testa a história biogeográfica estabelecida pelos métodos anteriores, apontando possíveis barreiras. Essas informações biogeográficas mais amplas facilitam a incorporação subsequente da história evolutiva nas análises de diversidade. Por fim, foi realizada uma análise de diversidade filogenética da família Tabanidae nas áreas de endemismo identificadas na região Neotropical, baseada no Índice de Diversidade Filogenética de Faith. O resultado mostrou que a distribuição geral dos gêneros de tabanídeos é agrupada filogeneticamente, ou seja, constituída por gêneros estreitamente relacionados. A presente tese configura o início de um inventário de dípteros tabanomorfos em áreas neotropicais potencialmente favorável aos estudos de biogeografia da conservação por tratar explicitamente da determinação de áreas de endemismo Neotropicais baseadas na distribuição de Tabanomorpha, e avaliadas em sua diversidade filogenética em Tabanidae, a família mais abrangente da infraordem. / The knowledge of the history of life on Earth is fundamental to understand the current distribution of organisms and to predict it in the future. The establishment of areas of endemism and the analysis of the phylogenetic structure of these areas are the first steps in understanding the evolutionary history and the ecological interactions between organismspace and organism-organism, in order to provide subsidies for conservation actions. The infraorder Tabanomorpha (Diptera, Brachycera), an ancient group with a global distribution and low biogeographic resolution, is a good study model to discuss the relationship between biodiversity, phylogenetic patterns and conservation. The objectives of this PhD thesis were: i) to study biogeographical aspects of groups of Tabanomorpha, particularly identifying Neotropical and global areas of endemism, and ii) to study Faith's phylogenetic diversity index. For this purpose, a database with occurrence records of ~ 5,000 species of Tabanomorpha was compiled. The areas of endemism were delimited from an endemicity analysis of this database, using the NDM/VNDM program. In the Neotropical region, 13 areas of endemism were identified for the Neotropical region, comprising five components: Northern South America (NSA), Southeastern South America (SESA), Central America(CA), Brazilian Savannah (BS), and Central Andes (CAn). In general, those components are congruent with the most recent bioregionalization proposals of Neotropical region. In the global analysis, 18 areas of endemism were identified: six areas in Neartic region, two areas in Palearctic region, Oriental, Australian and African regions presented three areas each, and Neotropical region appeared as a single area. Those areas were compared with global studies carried out for several taxa, presenting congruencies and showing the possibility of using insects in the determination of global patterns of endemism. From the results of both analyzesof endemicity, the family Rhagionidae was used as a model to suggest a protocol for historical biogeography analyses using three distinct methods of cladistic biogeography: (1) a pattern based method (BPA), an event-based method (DIVA) and a barrier-based method (SAV). The pattern-based method depicts the general pattern of area relationships, with possible problematic areas to be explained by the event-based method (under interpretation of different processes: vicariance, dispersion, duplication, extinction). The barrier-based method tests the biogeographical history established by the previous methods, revealing possible barriers. This broader biogeographical information facilitates the subsequent incorporation of evolutionary history into diversity analyses. Finally, an analysis of the phylogenetic diversity of the family Tabanidae was carried out in the areas of endemism identified in the Neotropical region, based on Faith¿s Phylogenetic Divers ty index. The result of the analysis showed that the general distribution of the tabanid genera in the five main areas of endemism in theNeotropical region is phylogenetically clustered, that is, composed of closely related genera. The present thesis is the beginning of an inventory of dipterans of infraorder Tabanomorpha in Neotropical areas, potentially favorable to conservation biogeography studies by explicitly determining Neotropical areas of endemism based on the Tabanomorpha distribution, and evaluating their phylogenetic diversity in Tabanidae, the major family of the infraorder.

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Although recent studies indicate that the biome harbours a rich, complex and characteristic reptilian fauna, patterns of species distribution and genetic structure remain poorly understood for the Cerrado herpetofauna. The lizard Tropidurus oreadicus has an interesting ecological history related to the open vegetation formations, occuring in open areas of Cerrado and in savanna enclaves in Amazonia rainforest. In order to investigate its evolutionary history, we used a robust geographical and genetic sampling, a multilocus dataset and palaeodistribution modelling based on the projection of current distribution into past environments (6 and 21ky BP) using 11 methods for SDMs and five coupled atmosphere–ocean global circulation models (AOGCMs). Our results provide new insights on the genetic and spatial structure of the species revealing six major mtDNA lineages and divergence dates with both deep (Tertiary) and shallow (Quaternary) patterns of diversification for the species tree. The spatial analysis for paleodistribution modelling showed little retractions in Mid-Holocene and the refugia map suggests a broad stable area for the species. The relative influences of Neogene geomorphological events and Quaternary climatic changes as causal mechanisms on the species diversification are discussed. Lastly, we present some inferences about potential future changes in the species geographical distribution, aiming to contribute with the recent conservation discussions on how to preserve Brazilian biodiversity in public policies of conservation / A biogeografia histórica está atualmente revigorada devido à revolução da genética molecular na sistemática filogenética e genética populacional, além das novas abordagens para se testar hipóteses biogeográficas. Além disso, novas ferramentas para gerar modelos paleoclimáticos e de nicho ecológico estão mudando a direção dos estudos filogeográficos, tornando-os mais integrados. O bioma Cerrado cobre cerca de 2 milhões de km² do Brasil Central, representando cerca de 23% da superfície terrestre do país. Embora novos estudos recentes indiquem que o bioma abriga uma fauna de répteis rica, complexa e diversificada, os padrões de distribuição e estrutura genéticas permanecem pouco conhecidos para a herpetofauna do Cerrado. O lagarto Tropidurus oreadicus tem uma histórica ecológica interessante relacionada às formações vegetacionais abertas, ocorrendo em áreas abertas do Cerrado e em enclaves de savana na floresta Amazônica. A fim de investigar sua história evolutiva, nós utilizamos uma amostragem genética e geográfica robusta, um conjunto de dados multi-lócos e modelagem de paleodistribuição baseada na projeção da distribuição atual para ambientes pretéritos (6 e 21 mil anos atrás) usando 11 métodos de modelagem de distribuição de espécie e cinco modelos acoplados de circulação atmosfera-oceânica. Nossos resultados fornecem novos vislumbres sobre a estrutura genética e espacial da espécie, revelando seis grandes linhagens mitocondriais e tempos de divergências com padrões tanto antigos (Terciário) quanto mais recentes (Quaternário) para a árvore de espécie. As análises espaciais para modelagem de paleodistribuição mostram pequenas retrações durante o Holoceno Médio, e o mapa de refúgios sugere uma ampla área de estabilidade para a espécie durante as flutuações climáticas. As importâncias relativas de eventos geomorfológicos do Neógeno e das mudanças climáticas do Quaternário como mecanismos causais da diversificação da espécie são discutidas. Por fim, inferências sobre potenciais mudanças futuras na distribuição geográfica da espécie são apresentadas, visando contribuir com as recentes discussões conservacionistas para a preservação da biodiversidade brasileira em politicas públicas de conservação.