Dissertação (mestrado) - Escola Paulista de Medicina. Departamento de Fisiologia / Made available in DSpace on 2012-10-16T04:08:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0

Dissertação (mestrado) - Escola Paulista de Medicina. Departamento de Fisiologia / Made available in DSpace on 2016-01-08T17:01:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1991

Orientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Banca: Maurício Bacci Junior / Banca: Magaly Machado Sales / Resumo: O principal objetivo na análise de um genoma é a identificação gênica. Várias ferramentas computacionais estão disponíveis para este propósito e são baseadas em similaridade (BLAST e BLAT) ou em predição de genes (Genscan e Fgenes). Entretanto, estes programas estão se mostrando ineficientes para detectar e caracterizar todos os genes presentes no genoma humano. A importância das informações de cDNAs tem sido reconhecida desde o início do Projeto Genoma Humano, entretanto, o seqüenciamento em larga escala de cDNAs completos ainda requer técnicas avançadas tais como a produção de bibliotecas de cDNAs enriquecidas por transcritos grandes e raros. O seqüenciamento parcial de etiquetas de seqüências expressas (ESTs) foi desenvolvido como uma técnica alternativa para gerar, em larga escala, vários tipos de cDNAs. Atualmente, a maioria das informações de cDNAs no GenBank são representadas por ESTs convencionais 3þ e 5þ e ORESTES (provenientes das porções centrais dos transcritos). Baseados nos bancos de dados gerados pelo alinhamento de todas essas seqüências com as seqüências genômicas humanas disponíveis foi proposta a estratégia "transcript finishing" para a caracterização e validação de novos genes humanos, como parte do consórcio entre FAPESP e Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer. O projeto "Transcript Finishing Initiative" está sendo realizado por uma rede de 31 diferentes grupos de pesquisa do Estado de São Paulo. Foram selecionados pela coordenação do projeto, 602 transcritos e destes 300 (50%) foram validados. Destes transcritos, 20 foram atribuídos ao laboratório validador IL2, e destes, 11 (55%) foram validados. Utilizando ferramentas de bioinformática, o laboratório IL2 realizou uma anotação preliminar dos consensos de seus transcritos validados (disponibilizados pela coordenação do projeto)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: A fundamental task in analyzing genome is gene identification. This is relatively straightforward for compact genome but much more challenging for complex genomes. Some computational tools are available for this purpose, but they are bases on similarity (BLAST) or prediction analysis (Genscan and Fgenes). However, these programs are inefficient to detect and characterize all genes present in the genome. The importance of cDNA information has been recognized since the beginning of the Human Genome Project, however cost-effective and hightroughput sequencing of full-length cDNA still requires technical advances such as the production of cDNA libraries enriched for large and rare transcripts. Partial sequencing of expressed sequences (EST) has been developed as an alternative approach for the generation, in large-scale, of several kinds of cDNAs. Currently, the vast majority of cDNA data in the GenBank is represented both by conventional 5þand 3þexpressed sequence tags (ESTs) and by ORESTES (open reading frame ESTs), which is derived from central portions of the transcripts. Based on a database generated through alignment of all of these sequences to the available human genomic sequences, have been proposed the transcript finishing strategy for characterization and validation of new human genes, as part of the FAPESP-LICR Transcript Finishing Initiative. The strategy utilizes the ORESTES scaffold EST sequence to build primers for reverse transcription (RT) - PCR reactions in order to bridge gaps, thereby confirming the membership of ESTs to a common transcript and providing information on the intervening sequence (validation strategy). The FAPESP-LICR Transcript Finishing Initiative is being pursed by a network of 31 different research groups from the State of São Paulo (The Transcript Finishing Consortium) coordinated by 2 different laboratories... (Complete abstract click electronic address below). / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:49:45Z : No. of bitstreams: 1 ferrasi_ac_me_rcla.pdf: 2629180 bytes, checksum: c178eeb179f2c77ab45bfcddeb648f51 (MD5) / O principal objetivo na análise de um genoma é a identificação gênica. Várias ferramentas computacionais estão disponíveis para este propósito e são baseadas em similaridade (BLAST e BLAT) ou em predição de genes (Genscan e Fgenes). Entretanto, estes programas estão se mostrando ineficientes para detectar e caracterizar todos os genes presentes no genoma humano. A importância das informações de cDNAs tem sido reconhecida desde o início do Projeto Genoma Humano, entretanto, o seqüenciamento em larga escala de cDNAs completos ainda requer técnicas avançadas tais como a produção de bibliotecas de cDNAs enriquecidas por transcritos grandes e raros. O seqüenciamento parcial de etiquetas de seqüências expressas (ESTs) foi desenvolvido como uma técnica alternativa para gerar, em larga escala, vários tipos de cDNAs. Atualmente, a maioria das informações de cDNAs no GenBank são representadas por ESTs convencionais 3þ e 5þ e ORESTES (provenientes das porções centrais dos transcritos). Baseados nos bancos de dados gerados pelo alinhamento de todas essas seqüências com as seqüências genômicas humanas disponíveis foi proposta a estratégia transcript finishing para a caracterização e validação de novos genes humanos, como parte do consórcio entre FAPESP e Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer. O projeto Transcript Finishing Initiative está sendo realizado por uma rede de 31 diferentes grupos de pesquisa do Estado de São Paulo. Foram selecionados pela coordenação do projeto, 602 transcritos e destes 300 (50%) foram validados. Destes transcritos, 20 foram atribuídos ao laboratório validador IL2, e destes, 11 (55%) foram validados. Utilizando ferramentas de bioinformática, o laboratório IL2 realizou uma anotação preliminar dos consensos de seus transcritos validados (disponibilizados pela coordenação do projeto)... . / A fundamental task in analyzing genome is gene identification. This is relatively straightforward for compact genome but much more challenging for complex genomes. Some computational tools are available for this purpose, but they are bases on similarity (BLAST) or prediction analysis (Genscan and Fgenes). However, these programs are inefficient to detect and characterize all genes present in the genome. The importance of cDNA information has been recognized since the beginning of the Human Genome Project, however cost-effective and hightroughput sequencing of full-length cDNA still requires technical advances such as the production of cDNA libraries enriched for large and rare transcripts. Partial sequencing of expressed sequences (EST) has been developed as an alternative approach for the generation, in large-scale, of several kinds of cDNAs. Currently, the vast majority of cDNA data in the GenBank is represented both by conventional 5þand 3þexpressed sequence tags (ESTs) and by ORESTES (open reading frame ESTs), which is derived from central portions of the transcripts. Based on a database generated through alignment of all of these sequences to the available human genomic sequences, have been proposed the transcript finishing strategy for characterization and validation of new human genes, as part of the FAPESP-LICR Transcript Finishing Initiative. The strategy utilizes the ORESTES scaffold EST sequence to build primers for reverse transcription (RT) - PCR reactions in order to bridge gaps, thereby confirming the membership of ESTs to a common transcript and providing information on the intervening sequence (validation strategy). The FAPESP-LICR Transcript Finishing Initiative is being pursed by a network of 31 different research groups from the State of São Paulo (The Transcript Finishing Consortium) coordinated by 2 different laboratories... (Complete abstract click electronic address below).

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Introduction. Cancer is the most common given name to a series of molecular and physiological events which result in genetic instability and biochemical imbalance in cells. Among the seven events that drives cell cancer, the role of chronic inflammation and tumor microenvironment in cancer development were highlighted in this work . To experimentally evaluate some of these events was chosen as an experimental model, cirrhosis resulting from chronic hepatitis (viral and alcoholic) as a progressor of hepatocellular carcinoma (HCC), the most common liver cancer. Goals. To identify and correlate proteins/enzymes involved in chronic inflammatory process of cirrhosis and HCC establishment in cancer progress. Patients and Methods. The profile of soluble proteins in inflammatory tissue and in HCC were analyzed using Functional Proteomics techniques of , such as 2D DIGE, coupled to mass spectrometry. The interaction within the identified proteins signaling pathways was performed by using MetaCore software. Results. In this study, where identified proteins that never been described in the literature, using differential gel electrophoresis within the different biological scenarios analyzed here, such as macrophage metalloelastase - MMP12; Collagenase 3 - MMP13; endoplasmina - HSP90B1; heat shock protein HSP 90β - HSP90AB1; Protein S100 A6; Disintegrin and metalloproteinase with a thrombospondin motifs 9 - ADAMTS9, those playing an important role in carcinogenesis. Discussion Relevant observations due to signaling pathways within the proposed biological scenario were analysed, as well as specific pathways in each etiology. Conclusion. Proteins/enzymes involved in cirrhosis and chronic inflammatory progression and the development of HCC were identified and related by their functionality. The interaction between identified proteins within each biological scenario was evaluated from the perspective of its signaling pathways, and differences between those pathways were demonstrated. Tumor microenvironment plays and undergoes significant influence on the variation of gene expression. / IntroduÃÃo. O cÃncer à o nome mais comum dado a uma sÃrie de eventos moleculares e fisiolÃgicos que resultam na instabilidade genÃtica e no desequilÃbrio bioquÃmico nas cÃlulas. Dentro os sete eventos celulares que regem o cÃncer destaca-se neste trabalho o papel da inflamaÃÃo crÃnica e do microambiente tumoral no desenvolvimento dos tumores. Para avaliar experimentalmente alguns destes eventos foi escolhido como modelo experimental, a cirrose resultante da hepatite crÃnica (viral e alcoÃlica) como progressora da neoplasia mais comum no fÃgado, o carcinoma hepatocelular. Objetivo. Identificar e inter-relacionar as proteÃnas/enzimas envolvidas no processo inflamatÃrio crÃnico da cirrose e o estabelecimento dos processos neoplÃsicos no carcinoma hepatocelular. Pacientes e MÃtodos. Utilizando de tÃcnicas de ProteÃmica diferencial, 2D DIGE acoplada à espectrometria de massa, foram analisadas, entre vÃrios cenÃrios biolÃgicos, o perfil das proteÃnas solÃveis em tecidos inflamatÃrios e no prÃprio carcinoma hepatocelular. Uma abordagem por meio da interaÃÃo das proteÃnas anotadas em vias de sinalizaÃÃo foi realizada por meio do programa MetacoreÂ. Resultados. Neste estudo, proteÃnas que nÃo haviam sido separadas e purificadas por meio de eletroforese em gel diferencial foram anotadas, como MacrÃfago metaloelastase - MMP12; Colagenase 3 â MMP13; endoplasmina - HSP90B1; ProteÃna S100 A6; Desintegrina e metaloproteinase com repetiÃÃo de trombospondina 9 - ADAMTS9, estas desempenhando importante papel na carcinogÃneses. DiscussÃo Relevantes observaÃÃes das vias de sinalizaÃÃo que regem cada cenÃrio biolÃgico proposto, foram realizadas e vias especÃficas em cada etiologia foram analisadas. ConclusÃo. As proteÃnas/enzimas envolvidas no processo inflamatÃrio crÃnico da cirrose e o surgimento/progressÃo do carcinoma hepatocelular foram identificadas e caracterizadas quanto à sua funcionalidade e a interaÃÃo das mesmas, com outras proteÃnas diferenciais anotadas em cada cenÃrio biolÃgico foi avaliada dentro da perspectiva de suas vias de sinalizaÃÃo correspondentes. O microambiente tumoral exerce e sofre importante influÃncia na variaÃÃo da expressÃo gÃnica.

nÃo hà / The myelodysplastic syndrome (MDS) is a group of clonal hematopoietic stem cell disorders characterized by cytopenia (s) peripheral (s), dysplasia of one or more myeloid cell lineages and increased risk of acute myeloid leukemia development. MDS is considered a disease of elderly people, since approximately 80% of patients are over 60 years of diagnosis. The causes of MDS are known only in 15% of cases. With respect to environmental factors such as MDS triggers may be included the use of prior chemotherapy, especially alkylating agents and purine analogs, radiation therapy and smoking. The pathogenesis of MDS involves DNA damage in hematopoietic stem cells affected probably by double-stranded damage (DSB) in the DNA and the case of joints by non-homologous ends (NHEJ) and homologous recombination main repair mechanisms necessary to ensure stability genomics of stem cells. This cohort study aimed to assess the level of expression of mRNA of the genes active in the repair mechanism of double-stranded DNA damage (BRCA1, BRCA2 and RAD51, operating in HR mechanism, the XRCC5, XRCC6 and LIG4 related mechanism for NHEJ and, finally, the ATM) linking the molecular findings with their polymorphic variants (rs4793191, rs9567623, rs1801320, rs3835, rs2267437, rs1805388 and rs228593, respectively) and with clinical and socio-demographic of patients of Myelodysplastic Syndromes. This genotyping analysis was based on qPCR methodology, including bone marrow samples from 83 patients with MDS and 10 bone marrow samples from healthy elderly volunteers. The MDS patients were diagnosed according to the criteria proposed by the World Health Organization and stratified according to the criteria established by prognÃsitoc Score Index International Prognostic revised. In this study we observed that: 1. the ATM, BRCA1, BRCA2 and RAD51 genes were significantly associated with cellularity variable bone marrow of patients with MDS; 2. the XRCC5 gene introduced is associated with the presence of ringed sideroblasts on the analysis of the bone marrow of patients with MDS; 3. The BRCA2, RAD51 and LIG4 genes correspond to potential markers of poor prognosis and progression in clonal cases of MDS de novo of high level, being associated with decreased survival and a high chance of progression to AML; 4. the XRCC6 gene is a negative prognostic factor for patients at low risk, it is evident that the decrease in expression of this gene is able to identify an unfavorable subgroup within the low-risk patients who have higher dependence transfusion and increased genomic instability and finally, 5 the results of analysis of influence of functional polymorphisms in MDS emphasize the importance of polymorphism rs228593, rs2267437 and rs1805388 in differentiating the expression levels of ATM, XRCC6 and LIG4 genes, respectively, compared to patients with clinical variables MDS representing novel targets for the study of the pathogenesis of this disease. We demonstrate that the DSBs repair related genes are also related to the pathogenesis of MDS. These results support the importance of the expression levels of ATM, BRCA1, BRCA2, RAD51, XRCC5, XRCC6 and LIG4 genes, as well as the frequency of the respective polymorphisms (rs228593, rs4793191, rs9567623, rs1801320, rs3835, rs2267437 and rs1805388) in the maintenance genomic stability of hematopoietic stem cells promoting a better understanding of the etiology, diagnosis and prognostic stratification and the process of clinical development of Myelodysplastic Syndromes. / SÃndrome MielodisplÃsica (SMD) à um grupo de doenÃas clonais das cÃlulas progenitoras hematopoiÃticas, caracterizadas por citopenia(s) perifÃrica(s), displasia de uma ou mais linhagens celulares mielÃides e aumento do risco de desenvolvimento de leucemia mielÃide aguda. A SMD à considerada uma doenÃa de pessoas idosas, pois aproximadamente 80% dos pacientes possuem mais de 60 anos ao diagnÃstico. As causas da SMD sÃo conhecidas em apenas 15% dos casos. Em relaÃÃo aos fatores ambientais como desencadeadores da SMD, podem ser incluÃdos o uso de quimioterapia prÃvia, especialmente de agentes alquilantes e anÃlogos da purina, radioterapia e tabagismo. A patogÃnese da SMD envolve danos no DNA nas cÃlulas tronco hematopoÃticas acometido provavelmente pelos danos de fita dupla (DSB) no DNA tendo o processo de junÃÃes por extremidades nÃo-homÃlogas (JENH) e recombinaÃÃo homÃloga como principais mecanismos de reparo necessÃrios para garantir a estabilidade genÃmica das cÃlulas-tronco. Este estudo de coorte propÃs avaliar o nÃvel de expressÃo do mRNA dos genes atuantes no mecanismo de reparo em danos de fita dupla no DNA (BRCA1, BRCA2 e RAD51, atuantes no mecanismo de RecombinaÃÃo HomÃloga; o XRCC5, XRCC6 e LIG4 relacionados ao mecanismo de JunÃÃes por Extremidades nÃo-HomÃlogas e, por fim, o ATM) associando os achados moleculares com suas variantes polimÃrficas (rs4793191, rs9567623, rs1801320, rs3835, rs2267437, rs1805388 e rs228593, respectivamente) e com variÃveis clÃnicas e sÃcio-demogrÃficas de pacientes portadores de SÃndrome MielodisplÃsica. Esta anÃlise de genotipagem baseou-se na metodologia de qPCR, entre amostras de medula Ãssea de 83 pacientes com SMD e 10 amostras de medula Ãssea de idosos voluntÃrios sadios. Os pacientes com SMD foram diagnosticados de acordo com os critÃrios propostos pela OrganizaÃÃo Mundial de SaÃde e estratificados de acordo com os critÃrios prognÃsitoc estabelecidos pelo Ãndice de Score PrognÃstico Internacional revisado. Com este estudo foi possÃvel identificar que: 1. os genes ATM, BRCA1, BRCA2 e RAD51 foram associados significativamente com a variÃvel de celularidade da medula Ãssea dos pacientes com SMD; 2. o gene XRCC5 apresentou-se associado com a presenÃa de sideroblastos em anel quanto à anÃlise da medula Ãssea dos pacientes com SMD; 3. os genes BRCA2, RAD51 e LIG4 correspondem a possÃveis marcadores de pior prognÃstico e de progressÃo clonal em casos de SMD de novo de alto grau, estando associados a uma diminuiÃÃo da sobrevida e a uma elevada chance de evoluÃÃo para LMA; 4. o gene XRCC6 à um fator de prognÃstico desfavorÃvel para os pacientes de baixo risco, sendo evidente que a diminuiÃÃo da expressÃo deste gene à capaz de identificar um subgrupo desfavorÃvel dentro dos pacientes de baixo risco que apresentariam maior dependÃncia transfusional e maior instabilidade genÃmica e, por fim, 5. os resultados das anÃlises de influÃncia dos polimorfismos funcionais na SMD realÃam a importÃncia dos polimorfismos rs228593, rs2267437 e rs1805388 na diferenciaÃÃo dos nÃveis de expressÃo dos genes ATM, XRCC6 e LIG4, respectivamente, frente Ãs variÃveis clÃnicas de pacientes com SMD, representando novos alvos para o estudo da patogÃnese desta doenÃa. Demonstramos que os genes relacionados à reparaÃÃo das DSBs sÃo tambÃm relacionados a patogÃnese da SMD. Estes resultados suportam a importÃncia dos nÃveis de expressÃo dos genes ATM, BRCA1, BRCA2, RAD51, XRCC5, XRCC6 e LIG4, como tambÃm da frequÃncia dos seus respectivos polimorfismos (rs228593, rs4793191, rs9567623, rs1801320, rs3835, rs2267437 e rs1805388) na manutenÃÃo da estabilidade genÃmica das cÃlulas tronco hematopoiÃticas promovendo um melhor entendimento da etiologia, estratificaÃÃo diagnÃstica e prognÃstica e do processo de evoluÃÃo clÃnica da

A seqüência nxh1 foi isolada a partir de uma biblioteca de cDNA da glândula de veneno da cobra coral Micrurus corallinus. Essa sequência apresenta similaridade estrutural com as toxinas de \"três dígitos\", e principalmente com as α-neurotoxinas, devendo apresentar 4 pontes dissulfeto deduzidas por comparação com outras proteínas desta família. Porém, essa potencial toxina não possui alguns aminoácidos importantes para a interação com o receptor nicotínico de acetilcolina na junção neuromuscular. A potencial toxina NXH1 foi expressa em E. coli de 3 maneiras distintas. Os melhores resultados foram obtidos quando a NXH1 foi expressa em fusão com uma cauda de histidina. Essa construção permitiu uma rápida e eficiente purificação da proteína recombinante. A proteína de fusão foi usada para a produção de um soro específico anti-NXH1. O soro anti-proteína recombinante, assim como o soro do Instituto Butantan, reconheceu a toxina recombinante em Western blot e ELISA. Além disso, o anti-NXH1 reconheceu em Western blot apenas uma banda presente no veneno de M. corallinus, mas não reconheceu os venenos de outras 10 espécies de Micrurus. Experimentos de ligação mostraram que componentes do veneno de M. corallinus ligam-se aos receptores nicotínicos das membranas de músculo de rato. O soro anti-NXH1 não inibiu a ligação do veneno aos receptores, indicando que, ou a NXH1 não é uma α-neurotoxina, ou o antisoro não consegue impedir a ligação da toxina nativa ao receptor, ou que existem outras a-neurotoxinas do veneno que não são bloqueadas pelo soro anti-NXH1. / The nxh1 sequence has been isolated from a cDNA library from the coral snake Micrurus corallinus\' venom gland. The deduced protein is highly similar to known \"three finger\" α-neurotoxins, with four deduced disulfide bridges. However, the predicted protein lacks some important amino acids for the nicotinic acetylcholine receptor interaction. The potencial toxin NXH1 was expressed in E. coli in three different ways. The best results were obtained when the protein was expressed as a His-tagged fusion protein, which allowed rapid and efficient purification of the recombinant toxin. The fusion protein was used to generate a specific antiserum against NXH1. The produced antiserum, as well as the serum from Instituto Butantan, recognized in ELISA and Western blot the recombinant toxin. Besides, the anti-NXH1 serum recognized in Western Blot a single band from the venom of M. corallines but not the venom from other 10 Micrurus species. Binding experiments showed that the components from M. corallines venom bind to nicotinic acetylcholine receptor in rat muscle membranes. The anti-NXH1 serum did not inhibited the binding of the venom to the receptors. It seems that NXH1 is not an α-neurotoxin, or that the antiserum does not inhibit the binding of the native toxin to the receptor, or that the antiserum is not capable to inhibit the action of other α-neurotoxin from the venom.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-07Bitstream added on 2014-06-13T18:41:05Z : No. of bitstreams: 1 case_ah_me_sjrp_parcial.pdf: 44609 bytes, checksum: 09be4223ad11a3e6f426b148ab755c62 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-12-19T18:32:44Z: case_ah_me_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-12-19T18:33:33Z : No. of bitstreams: 1 000687522.pdf: 1100203 bytes, checksum: 7839dc9ee235fad5827d8e1c7d7f7002 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A quitosana tem emergido na última década como um bom candidato para a entrega genética devido suas propriedades, como baixa toxicidade, biodegradabilidade e versatilidade, como vetor em administração intravenosa e oral. Além disso, possui a capacidade de condensar de forma eficiente com o DNA formando poliplexos resistentes, o que é importante para evitar a degradação por desoxirribonucleases ( DNAses). As nanopartículas resultantes têm recebido grande atenção por suas potenciais aplicações em terapia gênica não viral. Neste trabalho foi realizada a síntese, caracterização e estudo físico químico das nanopartículas formadas pela interação de derivados hidrofílicos de quitosana com DNA. As interações entre derivados de quitosana contendo os grupos fosforilcolina e os grupos poli(etileno glicol) com DNA foram investigadas com base nos efeitos da razão de cargas, pH e conteúdo dos grupos substituintes (PC e PEG) sobre o tamanho e estabilidade dos complexos. Nos estudos foram utilizadas as técnicas de fluorescência com o ensaio do brometo de etídio (EtBr), eletroforese em gel de agarose, espalhamento de luz dinâmico e microscopia de fluorescência. O tamanho e estabilidade coloidal das nanopartículas preparadas com quitosana desacetilada (CHD), quitosana-fosforilcolina (CH-PC) e quitosana-PEG (CH-PEG) mostraram-se fortemente dependentes do conteúdo dos grupos hidrofílicos, bem como, da razão de cargas e pH. A força de interação foi avaliada por meio de ensaio com EtBr. Para razões de carga (N/P) maiores que 5,0, nenhuma liberação do DNA foi observada das nanopartículas por eletroforese em gel. As nanopartículas formadas pela interação dos derivados com DNA (CH-PC-DNA e CH-PEG-DNA) em baixos valores de pH exibiram uma maior resistência à agregação quando... / Chitosan has been recognised in the past decade as a good candidate for gene delivery due to its properties as low toxicity, biodegradability and versatility as a carrier for intravenous and oral administration. Also, the ability to condense efficiently with DNA forming tight polyplexes is important to avoid the degradation by DNAses. The resulting nanoparticles have received great attention for their potential applications in nonviral gene therapy. In this work it was carried out the synthesis, characterization and physicochemical studies of nanoparticles formed by the interaction of hydrophilic derivatives of chitosan with DNA. The interactions between chitosan derivatives containing phosphorylcholine (CH-PC) and poly(ethylene glycol) (CH-PEG) moieties and calf thymus DNA (DNA) were investigated focusing on the effects of the charge ratio, the pH and phosphorylcholine content on the size and stability of the complexes using the ethidium bromide fluorescence assay, gel electrophoresis, dynamic light scattering and fluorescence microscopy. The size and colloidal stability of deacetylated chitosan (CH-DNA), CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA complexes were strongly dependent upon phosphorylcholine (PC) and poly(ethylene glycol) contents, charge ratios and pH. The interaction strengths were evaluated by ethidium bromide fluorescence and, at N/P ratios higher than 5.0, no DNA release was observed in any synthesized CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA polyplexes by gel electrophoresis. The CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA polyplexes exhibited a higher resistance to aggregation compared to deacetylated chitosan (CHD) at neutral pH. At low pH values highly charged chitosan and its phosphorylcholine and PEG derivatives had strong binding affinity with DNA, whereas at higher pH values chitosan (CHD) formed... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-11-28Bitstream added on 2014-06-13T19:40:34Z : No. of bitstreams: 1 ferraz_jaml_dr_arafcf.pdf: 1985252 bytes, checksum: 0ba79a8945f377afa95366862b572c08 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os marcadores polimórficos short tandem repeats do cromossomo X (X.STR) são de utilização recente na prática forense, sendo aplicados, principalmente, com a finalidade de complementar os dados obtidos com marcadores genéticos autossômicos. Tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados da população brasileira em relação aos X.STRs, este projeto teve o objetivo de determinar as frequências alélicas e os parâmetros estatísticos de interesse forense para 10 X.STRs na população de São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Sudeste do Brasil). Posteriormente, os X.STRs foram genotipados em casos deficientes de relação biológica e, com o objetivo de compilar os dados genéticos populacionais brasileiros publicados para X.STRs, este projeto desenvolveu o Banco Genético Brasileiro do Cromossomo X (BGBX). Para isso, foram analisados 1001 indivíduos não relacionados e residentes nas cidades descritas acima e 3 casos deficientes de relação biológica. Os marcadores X.STRs foram amplificados em sistema decaplex e submetidos à eletroforese em analisador genético ABI377 e ABI3500. Os programas GeneScan e GeneMapper ID.X foram utilizados para a determinação alélica e, a planilha Excel e o programa Arlequin, para a determinação das frequências alélicas, parâmetros estatísticos e análise de distância genética entre diferentes populações. Em relação aos X.STRs analisados, os marcadores DXS6809 e GATA172D05 foram os mais discriminativos, enquanto os marcadores DXS8378, DXS7133 e DXS7423 apresentaram os menores poder de discriminação. Diferenças significativas de frequências alélicas foram obtidas dentre as populações brasileiras e entre estas e demais populações estrangeiras, sendo que uma maior distância genética foi obtida em relação à população africana de Uganda... / The short tandem repeat polymorphic markers of X chromosome (X.STR) are of recent use in forensic practice, been applied mainly in order to complement the data obtained with autosomal genetic markers. Given the needs of expansion of the Brazilian population data in relation to X.STRs, this project aimed to determine the allele frequencies and the statistical parameters of forensic interest to 10 X.STRs in the population from São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Southeast of Brazil). Subsequently, the X.STRs were genotyped in deficient kinship cases and, with the aim of compiling the Brazilian genetic population data published for X.STRs, this project developed the Brazilian Genetic Database of Chromosome X (BGBX). For this, we have analyzed 1001 unrelated individuals, residents in the cities previously described, and three deficient kinship cases. The X.STR markers were amplified in decaplex system and submitted to electrophoresis on ABI377 and ABI3500 genetic analyzers. GeneScan and GeneMapper ID.X softwares were used to determine the allele and, Excel spreadsheet and Arlequin software, for the determination of allele frequencies, statistical parameters and genetic distance analysis between different populations. Regarding the X.STRs analyzed, markers DXS6809 and GATA172D05 were the most discriminative, while the markers DXS8378, DXS7133 and DXS7423 showed the lowest discrimination power. Significant differences in allele frequencies were obtained within Brazilian populations and between these and other foreign populations, and a greater genetic distance was... (Complete abstract click electronic access below)

O alelo mutante termo-condicionalmente letal pso4-1 do gene PRP19, que codifica uma proteína associada ao spliceossoma, permitiu investigar a influência deste gene no processamento de pré-mRNA, reparação do DNA e esporulação. Fenótipos relacionados a genes portadores de introns foram correlacionados à temperatura. Sistemas repórteres para processamento de pré-mRNA e RT-PCR mostraram que eficiência de processamento de mRNA no mutante pso4-1 é inversamente correlacionada com a temperatura de crescimento. Uma mutação pontual, substituindo uma leucina por uma serina foi identificada dentro da região codificadora N-terminal do alelo Pso4-1 e afeta as propriedades bioquímicas de Pso4-1p. Entre 24 clones isolados utilizando o sistema doishíbridos, 7 foram identificados como partes dos genes RAD2, RLF2 e DBR1. RAD2 codifica uma endonuclease indispensável para a via reparação por excisão de nucleotídeos (NER), RLF2 codifica a subunidade maior do fator de montagem da cromatina I, cuja deleção resulta em sinsibilidade à radiação UVC, enquanto que DBR1 codifica uma enzima que atua sobre substratos de RNA na forma lariat, degradando estruturas lariat em introns durante o processamento de mRNA. A caracterização dos fenótipos após tratamentos com mutágenos em linhagens mutantes simples e duplos de rad2∆, rlf2∆ e pso4-1 mostraram sensibilidade aumentada para para mutantes rad2∆/pso4-1 e rlf2∆/pso4-1, sugerindo uma interferência funcional destas proteínas no processo dereparação do DNA em Saccharomyces cerevisiae. O mecanismo exato de reparação de pontes inter-cadeia (ICL) em S. cerevisiae não é ainda totalmente conhecido. Identificando novos fenótipos e isolando proteínas potencialmente capazes de interagir com Pso2p através da técnica do sistema dois-híbridos, foi possível extender a caracterização deste gene específica para reparação de pontes intercadeia. Tratamentos com acetaldeído (ACA), um metabólito natural da via glicolítica, foi mais tóxico a linhagem mutante pso2 em comparação com a linhagem selvagem e também capaz de induzir a expressão da fusão contendo o promotor de PSO2 à lacZ (PSO2-lacZ) por um fator comparável à tratamentos com outros agentes indutores de ICLs, indicando que o metabólito natural ACA pode causar danos do tipo ICL em S. cerevisiae. A utilização do sistema dois-híbridos permitiu isolar partes de proteínas codificadas por nove diferentes genes, entre eles a proteína quinase Pak1p, um supressor de mutações termosensíveis da DNA Polimerase alfa. Pak1p interage com a extremidade C-terminal conservada de Pso2p, uma região da proteína recentemente nomeada β-CASP entre v ortólogos conhecidos do gene PSO2. A integridade do domínio β-CASP é essencial para a reparaçãode DNA proficiente como demonstrado em ensaios de complementação com mutantes pso2 ∆. Comparação da sobrevivência após tratamento com agentes mutagênicos de simples mutantes pso2 ∆ e pak1 ∆ assim com o dulpo mutante pso2 ∆/pak1 ∆ revelaram que o gene PAK1 é necessário para reparação do DNA proficiente como na linhagem selvagem. A interação epistática dos dois alelos mutantes na linhagem duplo mutante sugere que Pak1p atua na mesma via de reparação a qual PSO2 pertence e que PAK1 constitui um novo locus envolvido na reparação do DNA em S. cerevisiae.