Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-09-12T13:18:14Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Madina Lyve.pdf: 1838310 bytes, checksum: 0edc784fb4493f69c9c8d82247d22030 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvaldo Souza (edvaldosouza@ufba.br) on 2017-09-19T18:53:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Madina Lyve.pdf: 1838310 bytes, checksum: 0edc784fb4493f69c9c8d82247d22030 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T18:53:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Madina Lyve.pdf: 1838310 bytes, checksum: 0edc784fb4493f69c9c8d82247d22030 (MD5) / FAPESB / A gastroenterite aguda é considerada uma importante causa de morbidade e mortalidade entre crianças em todo o mundo, especialmente nos primeiros anos de vida. Tal doença pode ser provocada por infecções causadas por bactérias, fungos, protozoários e, principalmente, vírus. Dentre as infecções virais, destacam-se: Norovírus (NoV), Rotavírus (HRV), Adenovírus (AdV) e, mais recentemente identificado, o Bocavírus Humano (HBoV). O HBoV possui DNA de fita simples, não envelopado e pertencente à família Parvoviridae, gênero Bocavírus. Apresenta quatro proteínas, sendo estas VP1 e VP2, proteínas estruturais, NS1, proteína não estrutural e a nucleoproteína NP1 com função desconhecida. Com o intuito de verificar a existência e determinar as espécies circulantes do HBoV em Salvador-Bahia, no período de Janeiro a Julho de 2012, o presente estudo analisou 105 amostras fecais de crianças menores de 5 anos de idade que deram entrada na emergência de uma Unidade Hospitalar com quadro clínico de gastroenterite aguda. Através da extração do DNA e posterior reação do nested-PCR foi possível observar que o HBoV estava presente em 42% das amostras testadas, percentual de positividade considerado alto quando comparado a outros estudos onde a frequência do vírus havia sido menor. Além disso, testes imunoenzimáticos também foram realizados nessas amostras para verificar a presença de viroses entéricas (NoV, HRV e AdV), revelando que 27% das amostras positivas para HBoV estavam co-infectadas com NoV e AdV, enquanto a maior parte tratava-se de infecção apenas por HBoV. O sequenciamento e análise filogenética das sequências virais mostraram que estas pertencem as espécies HBoV-1 e HBoV-2A, sendo esta última, até o momento, nunca relatada no Brasil. Por fim, o presente trabalho busca, de forma inovadora e pioneira no estado da Bahia, direcionar as pesquisas para este novo agente etiológico que vem sendo identificado em pacientes com sintomas de gastroenterite aguda em todo o mundo e que agora também foi detectado na população de Salvador.

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-09-25T12:22:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Brunno Câmara Lopes Costa - 2018.pdf: 3761382 bytes, checksum: 9df697870cea1a53a75ea6dad69c9e91 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-09-26T11:34:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Brunno Câmara Lopes Costa - 2018.pdf: 3761382 bytes, checksum: 9df697870cea1a53a75ea6dad69c9e91 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-26T11:34:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Brunno Câmara Lopes Costa - 2018.pdf: 3761382 bytes, checksum: 9df697870cea1a53a75ea6dad69c9e91 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-08-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Human Bocavirus (HBoVs) are classified in the Parvoviridae family and are associated with respiratory and gastrointestinal symptoms. Viral infections are an important cause of morbimortality in immunocompromised patients such as allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT) recipients. The aim of the present study was to evaluate the positivity rate and loads of HBoVs in clinical samples (feces and sera) of patients who were subjected to allo-HSCT at a reference center for bone marrow transplantation in Goiânia, Goiás. A total of 105 fecal samples and 145 sera samples were collected from 21 consecutive patients, during October 2012 to October 2014. Samples were screened by qPCR TaqMan assay, with specific probe and primers targeting all HBoVs genotypes (HBoV-1 to -4), and viral loads were determined using serial dilutions of a recombinant plasmid, targeting the NP1 gene. The results showed that 53.4% (11/21) of the patients were male, aged between four and 61 years-old (mean 35 years). The most observed hematologic malignancy was myeloid leukemia (acute or chronic), accounting for 57.1% (12/21) of the cases. The HBoVs were detected in 42.9% (9/21) of the patients and 77.7% (7/9) were positive in both fecal and serum samples. The viral load in fecal samples were higher than in the sera samples and a prolonged fecal shedding were observed, with two patterns: one intermittent and another continuous. Of all HBoV positive patients, six (66.6%) had the first positive sample before the transplantation, and a rise of the viral loads after the allo-HSCT occurred when comparing to the loads before the allo-HSCT. Furthermore, on most cases the highest viral loads were detected during the first 100 days after the allo-HSCT. Considering the symptoms presented by the patients, 66.6% (6/9) had diarrhea at the same period of the viral genome detection in feces, but no statistical significance was observed. Three fecal samples were characterized as being HBoV-1, with more than 99% of nucleotide identity among them. The present data shows a high occurrence and loads of HBoVs in allo-HSCT recipients, with first positivity in fecal samples and later viral detection in sera. These results suggest that fecal samples could be the sample of choice in HBoV monitoring of these patients both before and after the transplant. / Os Bocavírus humanos (HBoVs) pertencem à família Parvoviridae e têm sido associados a sintomas respiratórios e gastroentéricos. As infecções virais são uma importante causa de morbimortalidade em pacientes imunocomprometidos, como os pacientes submetidos a transplante alogênico de células progenitoras hematopoiéticas (TACPH). Dados sobre a ocorrência de HBoV nesses pacientes ainda são escassos. Os objetivos deste estudo foram avaliar a frequência e a carga de HBoVs em amostras clínicas (fezes e soro) de pacientes submetidos a TACPH e avaliar as características gerais e sintomas apresentados, e caracterizar as amostras positivas. Foram incluídos no estudo 21 pacientes consecutivos, dos quais foram coletadas 105 amostras fecais e 145 amostras de soro, em um centro de transplante de medula óssea em Goiânia, Goiás, durante o período de outubro de 2012 a outubro de 2014. As amostras foram testadas por qPCR TaqMan®, com sonda e iniciadores específicos para todos os genótipos de HBoVs (HBoV-1 a -4), e a carga viral nas amostras foi determinada pela construção de uma curva padrão de diluições seriadas de um plasmídeo recombinante, contendo como inserto a região NP1. Os resultados mostraram que 53,4% (11/21) dos pacientes eram do sexo masculino, com idade entre quatro e 61 anos de idade (mediana 35 anos). A neoplasia hematológica mais observada foi a leucemia mieloide (aguda e crônica), totalizando 57,1% (12/21) dos casos. Os HBoVs foram detectados em 42,9% (9/21) dos pacientes, sendo que em 77,7% (7/9) desses houve positividade em ambas amostras de soro e fezes. A carga de HBoV nas amostras fecais foi significativamente maior do que nas amostras séricas, sendo observado dois padrões principais de excreção nas fezes, um intermitente e outro contínuo. Dos nove pacientes, seis (66,6%) tiveram a primeira amostra positiva antes de serem submetidos ao transplante, sendo observado aumento nas cargas de HBoV pós-TACPH em comparação às cargas pré-TACPH e, na maioria dos casos, os picos da carga viral foram detectados durante os 100 primeiros dias após o TACPH. Considerando os sintomas apresentados pelos pacientes, 66,6% (6/9) desses apresentavam diarreia no mesmo período da detecção de HBoV nas amostras fecais, porém não houve significância estatística entre a positividade e os sintomas gastroentéricos. Três amostras fecais foram caracterizadas como sendo o genótipo HBoV-1, com mais de 99% de identidade nucleotídica entre elas. Os dados apresentados mostram uma alta ocorrência e elevada carga de HBoVs nos pacientes submetidos ao TACPH, além de detecção inicial nas fezes com posterior positividade no soro. Esses resultados sugerem que as fezes poderiam ser a amostra clínica de escolha para o monitoramento desses pacientes, tanto antes quanto após o transplante.

O HBoV é um novo parvovírus que foi isolado pela primeira vez em 2005 nas secreções respiratórias de pacientes humanos que tiveram pneumonia. Desde então, é associado a doenças do trato respiratório superior e doença gastrointestinal em pacientes adultos e pediátricos, desde a sua descoberta na Suécia e posteriormente em diversos países no Mundo. Quase todos os estudos foram realizados em amostras de secreção do trato respiratório, normalmente, de crianças com menos de 2 anos de idade e a maioria com infecção respiratória. As taxas de prevalência variam de 1,5% a 19% nos diferentes países. A Análise filogenética deste novo vírus demonstrou que tratava-se de um parvovirus, mais estreitamente relacionado ao parvovírus bovino e ao minuto vírus canino e por isso foi denominado de Bocavírus Humano. A variabilidade genética do HBoV é baixa e estudos filogenéticos indicam que duas linhagens circulam paralelamente ao redor do mundo. Entretanto, como ainda é um vírus relativamente novo, devem se feitos estudos mais detalhados de suas variantes. Em nosso estudo, com a finalidade de determinar a prevalência e conhecer a variabilidade genética do HBoV circulante, foram analisados de janeiro de 2008 a fevereiro de 2010, 935 amostras de aspirado de nasofaringe de crianças com menos de 2 anos de idade, com doença respiratória aguda, internadas no Hospital da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo. Pela técnica de PCR, obtivemos 47 (4,7%) amostras positivas para HBoV e dessas 27 amostras apresentaram coinfecção com outros vírus respiratórios, 45 amostras foram seqüenciadas na região da VP1/VP2 de um fragmento de 658 nt. A análise filogenética, quando comparada com seqüência do genBank representativas de vários países, mostrou a circulação, em nossa amostragem, de grupos de HBoV semelhantes aos que circulam no Japão e Taiwan. A variabilidade genética entre as nossas amostras foram inferiores a 1%, tanto entre si como quando comparadas com as amostras do genBank. / HBoV is a new parvovirus which was first isolated in 2005 from respiratory secretions from human patients who had pneumonia. It has been associated with respiratory and gastrointestinal diseases in adult and pediatric patients since its discovery in Sweden and later in several countries worldwide. Almost all studies were performed on samples of secretions from the respiratory tract, usually in children under 2 years of age. Prevalence rates vary from 1.5% to 19% in different countries. The phylogenetic analysis of this new virus showed that it was a parvovirus, more closely related to bovine parvovirus and canine minute virus, and therefore called Human Bocavirus. The genetic variability of HBoV is low and phylogenetic studies indicate that there are two strains circulating alongside around the world. However, as it is still a relatively new virus, more detailed studies of its variants should be carried out. In our study, 935 samples of nasopharyngeal aspirate from children under 2 years old with acute respiratory disease, patients at Santa Casa de Misericordia Hospital, São Paulo, were analyzed from February 2008 to February 2010 in order to determine the prevalence and genetic variability of HBoV stock. Using the PCR method, we obtained 47 (4.7%) positive samples for HBoV from which 27 showed coinfection with other respiratory viruses; 45 samples from a fragment of 658 nt were sequenced in the VP1/VP2 region. The phylogenetic analysis, when compared with GenBank sequences representing several countries, showed the presence in our samples of groups of HBoV similar to those circulating in Japan and Taiwan. Genetic variation in our samples were below 1%, both among themselves and when compared with samples from GenBank.

O HBoV é um novo parvovírus que foi isolado pela primeira vez em 2005 nas secreções respiratórias de pacientes humanos que tiveram pneumonia. Desde então, é associado a doenças do trato respiratório superior e doença gastrointestinal em pacientes adultos e pediátricos, desde a sua descoberta na Suécia e posteriormente em diversos países no Mundo. Quase todos os estudos foram realizados em amostras de secreção do trato respiratório, normalmente, de crianças com menos de 2 anos de idade e a maioria com infecção respiratória. As taxas de prevalência variam de 1,5% a 19% nos diferentes países. A Análise filogenética deste novo vírus demonstrou que tratava-se de um parvovirus, mais estreitamente relacionado ao parvovírus bovino e ao minuto vírus canino e por isso foi denominado de Bocavírus Humano. A variabilidade genética do HBoV é baixa e estudos filogenéticos indicam que duas linhagens circulam paralelamente ao redor do mundo. Entretanto, como ainda é um vírus relativamente novo, devem se feitos estudos mais detalhados de suas variantes. Em nosso estudo, com a finalidade de determinar a prevalência e conhecer a variabilidade genética do HBoV circulante, foram analisados de janeiro de 2008 a fevereiro de 2010, 935 amostras de aspirado de nasofaringe de crianças com menos de 2 anos de idade, com doença respiratória aguda, internadas no Hospital da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo. Pela técnica de PCR, obtivemos 47 (4,7%) amostras positivas para HBoV e dessas 27 amostras apresentaram coinfecção com outros vírus respiratórios, 45 amostras foram seqüenciadas na região da VP1/VP2 de um fragmento de 658 nt. A análise filogenética, quando comparada com seqüência do genBank representativas de vários países, mostrou a circulação, em nossa amostragem, de grupos de HBoV semelhantes aos que circulam no Japão e Taiwan. A variabilidade genética entre as nossas amostras foram inferiores a 1%, tanto entre si como quando comparadas com as amostras do genBank. / HBoV is a new parvovirus which was first isolated in 2005 from respiratory secretions from human patients who had pneumonia. It has been associated with respiratory and gastrointestinal diseases in adult and pediatric patients since its discovery in Sweden and later in several countries worldwide. Almost all studies were performed on samples of secretions from the respiratory tract, usually in children under 2 years of age. Prevalence rates vary from 1.5% to 19% in different countries. The phylogenetic analysis of this new virus showed that it was a parvovirus, more closely related to bovine parvovirus and canine minute virus, and therefore called Human Bocavirus. The genetic variability of HBoV is low and phylogenetic studies indicate that there are two strains circulating alongside around the world. However, as it is still a relatively new virus, more detailed studies of its variants should be carried out. In our study, 935 samples of nasopharyngeal aspirate from children under 2 years old with acute respiratory disease, patients at Santa Casa de Misericordia Hospital, São Paulo, were analyzed from February 2008 to February 2010 in order to determine the prevalence and genetic variability of HBoV stock. Using the PCR method, we obtained 47 (4.7%) positive samples for HBoV from which 27 showed coinfection with other respiratory viruses; 45 samples from a fragment of 658 nt were sequenced in the VP1/VP2 region. The phylogenetic analysis, when compared with GenBank sequences representing several countries, showed the presence in our samples of groups of HBoV similar to those circulating in Japan and Taiwan. Genetic variation in our samples were below 1%, both among themselves and when compared with samples from GenBank.