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Analyse fonctionnelle des protéines Hit1 et Bcd1 impliquées dans la biogenèse des snoRNP à boîtes C/D eucaryotes / Functional analysis of the Hit1p and Bcd1p proteins involved in eukaryotic box C/D snoRNP biogenesis

Tiotiu, Decebal 10 October 2016 (has links)
Chez les eucaryotes, la biogenèse des ribosomes débute dans le nucléole par la maturation et la modification des ARN ribosomiques (ARNr), et fait intervenir des centaines de particules ribonucléoprotéiques (RNP) distinctes, comme les petites RNP nucléolaires (snoRNP) à boîtes C/D, qui portent une activité méthyl transférase ciblée sur la position 2’-OH des riboses. Leur biogenèse nécessite l’intervention transitoire de facteurs protéiques constituant une machinerie d’assemblage spécifique. Mon travail de thèse a visé à étudier le rôle fonctionnel de deux de ces facteurs chez la levure S. cerevisiae les protéines Hit1 et Bcd1. Hit1p avait été trouvée au laboratoire être impliquée dans la biogenèse des snoRNP à boîtes C/D, et il était connu que l’expression de Bcd1p est essentielle à la viabilité cellulaire et pour la stabilité des snoRNA à boîtes C/D. Lors de ce travail, nous avons retrouvé le domaine fonctionnel de Hit1p et identifié les acides aminés impliqués dans l’interaction avec Rsa1p, un autre facteur d’assemblage. Par une approche similaire, nous avons recherché les domaines nécessaires à la fonctionnalité de Bcd1p. Le mécanisme par lequel Bcd1p influence spécifiquement les taux de snoRNA à boîtes C/D reste inconnu, mais au cours de ce travail j’ai identifié un nouveau partenaire potentiel pour cette protéine - la chaperonne d’histone Rtt106p. La dernière partie de mon travail a visé à rechercher le lien fonctionnel entre Rtt106p et l’expression des snoRNA à boîtes C/D / In eukaryotes, ribosome biogenesis begins in the nucleolus, by maturation and modification of ribosomal RNAs (rRNA) and involves hundreds of distinct ribonucleoprotein particles, like box C/D small nucleolar RNPs (snoRNPs). Their assembly requires the transient intervention of protein factors constituting a specific assembly machinery. My PhD work aimed to investigate the functional role of two such factors, Bcd1p and Hit1p, in the yeast S. cerevisiae. Hit1p involvement in box C/D snoRNP biogenesis was revealed in our lab, and it was known that Bcd1p expression is essential to cell viability and box C/D snoRNA stability. During this work, we identified the functional domain of Hit1p, and the aminoacids involved in its interaction with Rsa1, another assembly factor. By a similar approach we identified the functional domains of Bcd1p. The mechanism by which Bcd1p specifically influences box C/D snoRNA levels is unknown. However, I identified a potentially new partner for this protein – the Rtt106p histone chaperone. The last part of my work aimed to search for a functional link between this histone chaperone and box C/D snoRNA expression
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Étude des processus de biogenèse des petites particules ribonucléoprotéiques nucléolaires à boîtes C/D (snoRNP C/D) chez la levure Saccharomyces cerevisiae : caractérisation fonctionnelle et structurale d'une machinerie dédiée à l'assemblage de ces RNP / Study of the biogenesis process of box C/D small nucleolar ribonucleoparticles (C/D snoRNPs) in the yeast Saccharomyces cerevisiae : functional and structural characterization of a machinery dedicated to assembly of these RNPs

Rothé, Benjamin 30 March 2012 (has links)
Les protéines de la famille L7Ae sont les constituants de nombreuses RNP essentielles. Chez les vertébrés, les particules snoRNP C/D et H/ACA sont impliquées dans la biogenèse des ribosomes, la UsnRNP U4 dans l'épissage des pré-ARNm, le complexe télomérase dans la réplication des télomères, et les mRNP SECIS dans la traduction des sélénoprotéines. Comme c'est le cas pour la majorité des RNP eucaryotes, leur assemblage, sous forme d'entités fonctionnelles, ne constitue pas un processus autonome et requiert l'intervention de facteurs spécialisés. En basant notre étude sur l'assemblage des snoRNP C/D, dans l'organisme modèle Saccharomyces cerevisiae, et en utilisant des approches de biologie moléculaire, de biochimie et de génétique, nous avons entrepris de caractériser ces événements. Nos travaux ont contribué à identifier un ensemble de protéines, agissant de façon coordonnée au sein d'une machinerie conservée entre la levure et l'homme. Cette dernière est composée de deux principales sous-unités : (i) Rsa1p/NUFIP, une protéine plate-forme, qui interagit avec certaines protéines de la famille L7Ae et facilite l'assemblage des RNP, (ii) le complexe R2TP (Rvb1p/TIP49, Rvb2p/TIP48, Pih1p/PIH1, Tah1p/SPAGH), qui pourrait opérer des remodelages conformationnels nécessaires à la formation des RNP matures. En plus de ces acteurs centraux, d'autres facteurs sont apparus intimement liés à ce mécanisme. La protéine Hit1p/TRIP3, interagit notamment avec Rsa1p/NUFIP et s'est avéré requise pour assurer sa stabilité chez la levure. La chaperonne HSP90, dont le rôle est prédominant chez l'homme, exerce son activité sur certains constituants des RNP. Enfin, la protéine Bcd1p/BCD1 pourrait être associée à cette machinerie dans le cadre spécifique de l'assemblage des snoRNP C/D / The L7Ae family proteins are essential components of many RNPs. In vertebrates, C/D and H/ACA snoRNPs are involved in ribosome biogenesis, the U4 snRNP in pre-mRNA splicing, the telomerase complex in telomeres replication, and mRNP SECIS in selenoproteins translation. Like most eukaryotic RNPs, assembly in functional entities is not an autonomous process and requires the intervention of specialized factors. Basing our study on the assembly of C/D snoRNP in the model organism Saccharomyces cerevisiae, and using approaches of molecular biology, biochemistry and genetics, we undertook to decipher these mechanisms. Our work has helped to identify a set of proteins, acting in a coordinated manner within a machinery conserved between yeast and human. This machinery consists of two major subunits: (i) Rsa1p/NUFIP, a platform protein that interacts with some proteins of the L7Ae family and facilitates the RNPs assembly, (ii) the R2TP complex (Rvb1p/TIP49, Rvb2p/TIP48, Pih1p/PIH1, Tah1p/SPAGH), which could induce conformational remodeling necessary for the formation of mature RNPs. In addition to these key players, other factors appeared closely linked to this mechanism. The Hit1p/TRIP3 protein interacts with Rsa1p/NUFIP and is required to ensure its stability in yeast. HSP90 chaperone, whose role is predominant in human, operates on some components of the RNPs. Finally, the Bcd1p/BCD1 protein is associated specifically with this machinery during C/D snoRNPs assembly

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