O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

Orientador: Helio Langoni / Resumo: A refrigeração é um importante método de conservação do leite, porém quando ocorre por longo período, a qualidade desse produto pode ser alterada devido, principalmente, a multiplicação de bactérias psicrotróficas. Dentro desse grupo de micro-organismos, entre os gêneros patogênicos, destaca-se Listeria monocytogenes. A identificação deste patógeno em alimentos é de interesse não somente pelos efeitos nocivos aos animais, mas também pelos efeitos na saúde humana. O objetivo do presente estudo foi investigar a presença de L. monocytogenes em 95 amostras de leite bovino de conjunto de pequenas propriedades leiteiras de agricultura familiar. As amostras de leite foram cultivadas nos meios seletivos de PALCAM e ALOA e as colônias características foram avaliadas por métodos fenotípicos e moleculares, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), para detecção de L. monocytogenes. Apesar dos resultados negativos no cultivo e na PCR, a patogenicidade de L. monocytogenes para os animais e os riscos em saúde pública, justificam estudos continuados para vigilância epidemiológica do agente em produtos de origem animal como o leite. / Abstract: Refrigeration is an important milk preservation method. However, milk quality may deteriorate if the product is refrigerated for long periods, mainly due to the growth of psychrotrophic bacteria. This group of microorganisms includes pathogenic genera, most notably Listeria monocytogenes. The detection of this bacterium in food is important, given its pathogenic effects on human and animal health and also its economic relevance. This study focused on detecting the presence of L. monocytogenes in milk samples collected at small family-owned dairy farms. Samples were cultivated on PALCAM and ALOA agars for microbiological analysis and a molecular analysis by polymerase chain reaction (PCR) was performed for the detection of L. monocytogenes. Despite the negative results obtained in both these analyses, further studies are recommended to confirm or refute the negligible effect of L. monocytogenes on small dairy farms. / Mestre

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

Submitted by Gabriela Capriogli Oliveira null (gabriela.capriogli@gmail.com) on 2017-09-30T18:07:42Z No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-10-04T18:54:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-04T18:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) Previous issue date: 2017-08-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A refrigeração é um importante método de conservação do leite, porém quando ocorre por longo período, a qualidade desse produto pode ser alterada devido, principalmente, a multiplicação de bactérias psicrotróficas. Dentro desse grupo de micro-organismos, entre os gêneros patogênicos, destaca-se Listeria monocytogenes. A identificação deste patógeno em alimentos é de interesse não somente pelos efeitos nocivos aos animais, mas também pelos efeitos na saúde humana. O objetivo do presente estudo foi investigar a presença de L. monocytogenes em 95 amostras de leite bovino de conjunto de pequenas propriedades leiteiras de agricultura familiar. As amostras de leite foram cultivadas nos meios seletivos de PALCAM e ALOA e as colônias características foram avaliadas por métodos fenotípicos e moleculares, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), para detecção de L. monocytogenes. Apesar dos resultados negativos no cultivo e na PCR, a patogenicidade de L. monocytogenes para os animais e os riscos em saúde pública, justificam estudos continuados para vigilância epidemiológica do agente em produtos de origem animal como o leite. / Refrigeration is an important milk preservation method. However, milk quality may deteriorate if the product is refrigerated for long periods, mainly due to the growth of psychrotrophic bacteria. This group of microorganisms includes pathogenic genera, most notably Listeria monocytogenes. The detection of this bacterium in food is important, given its pathogenic effects on human and animal health and also its economic relevance. This study focused on detecting the presence of L. monocytogenes in milk samples collected at small family-owned dairy farms. Samples were cultivated on PALCAM and ALOA agars for microbiological analysis and a molecular analysis by polymerase chain reaction (PCR) was performed for the detection of L. monocytogenes. Despite the negative results obtained in both these analyses, further studies are recommended to confirm or refute the negligible effect of L. monocytogenes on small dairy farms. / FAPESP: 2015/11571-4

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

O objetivo do presente estudo foi: a) comparar dois métodos de detecção e contagem de S. agalactiae, (cultura microbiológica e qPCR) em leite de vacas e de tanques; b) determinar a sensibilidade analítica e a repetibilidade do diagnóstico por qPCR em relação à cultura microbiológica para detecção de S. agalactiae em amostras compostas de leite de vaca e de tanque. Foram utilizadas amostras de leite de vaca (n=31) e de tanque (n=150), as quais foram submetidas à cultura microbiológica e contagem de S. agalactiae por cultura de microbiologia convencional e qPCR. Para avaliar a sensibilidade analítica, foi construída uma curva padrão com amostras de leite desnatado reconstituído estéril contaminado artificialmente com S. agalactiae (ATCC 13813). Em apenas duas amostras não foi possível amplificação de DNA, o que indica que a qPCR foi capaz de detectar S. agalactiae, em 96% e 97%, do leite de vaca e de tanque, respectivamente. Embora a técnica qPCR tenha apresentado alta sensibilidade analítica, não houve equivalência de resultados de contagem S. agalactiae entre os dois métodos propostos. Os coeficientes de variação interensaio utilizados para avaliar a técnica qPCR foram < 5%, o que demonstra que a técnica possui repetibilidade adequada. Portanto, não houve equivalência entre a contagem de S. agalactiae por cultura microbiológica padrão e a técnica de qPCR, provavelmente pela alta sensibilidade da técnica qPCR em quantificar DNA de células inviáveis. No entanto, a qPCR apresentou-se como uma técnica sensível para identificação de S. agalactiae em amostras de leite de vaca e de taque. / The aim of this study was to: a) to compare two methods of detection and enumeration of S. agalactiae (microbiological culture and qPCR) in cow`s milk and bulk tank milks, b) to determine the analytical sensitivity and repeatability of the diagnosis by qPCR in relation to microbiological culture for detection of S. agalactiae on composite samples of cow\'s milk and bulk tank milk. Samples of cow\'s milk (n = 31) and bulk tank milk (n = 150), which were submitted to microbiological culture and enumeration of S. agalactiae by conventional microbiology culture and qPCR. To evaluate the analytical sensitivity, a standard curve was made with samples of sterile reconstituted skim milk artificially contaminated with S. agalactiae (ATCC - 13813). In two samples was not possible the amplification of DNA, indicating that qPCR was able to detect S. agalactiae, 96% and 97% cow\'s milk and bulk tank milk, respectively. Although the technique has presented qPCR high analytical sensitivity, there was no equivalent result of counting S. agalactiae between the two proposed methods. The interassay coefficients of variation technique used to evaluate the qPCR were <5%, which demonstrate that the technique has adequate repeatability. So there was no equivalence between the counts of S. agalactiae by standard microbiological culture and qPCR technique, probably due to the high sensitivity of qPCR technique to quantify DNA of unviable cells. However, the qPCR presented as a sensitive technique for identifying S. agalactiae in samples of cow\'s milk and bulk tank milk.

O objetivo do presente estudo foi: a) comparar dois métodos de detecção e contagem de S. agalactiae, (cultura microbiológica e qPCR) em leite de vacas e de tanques; b) determinar a sensibilidade analítica e a repetibilidade do diagnóstico por qPCR em relação à cultura microbiológica para detecção de S. agalactiae em amostras compostas de leite de vaca e de tanque. Foram utilizadas amostras de leite de vaca (n=31) e de tanque (n=150), as quais foram submetidas à cultura microbiológica e contagem de S. agalactiae por cultura de microbiologia convencional e qPCR. Para avaliar a sensibilidade analítica, foi construída uma curva padrão com amostras de leite desnatado reconstituído estéril contaminado artificialmente com S. agalactiae (ATCC 13813). Em apenas duas amostras não foi possível amplificação de DNA, o que indica que a qPCR foi capaz de detectar S. agalactiae, em 96% e 97%, do leite de vaca e de tanque, respectivamente. Embora a técnica qPCR tenha apresentado alta sensibilidade analítica, não houve equivalência de resultados de contagem S. agalactiae entre os dois métodos propostos. Os coeficientes de variação interensaio utilizados para avaliar a técnica qPCR foram < 5%, o que demonstra que a técnica possui repetibilidade adequada. Portanto, não houve equivalência entre a contagem de S. agalactiae por cultura microbiológica padrão e a técnica de qPCR, provavelmente pela alta sensibilidade da técnica qPCR em quantificar DNA de células inviáveis. No entanto, a qPCR apresentou-se como uma técnica sensível para identificação de S. agalactiae em amostras de leite de vaca e de taque. / The aim of this study was to: a) to compare two methods of detection and enumeration of S. agalactiae (microbiological culture and qPCR) in cow`s milk and bulk tank milks, b) to determine the analytical sensitivity and repeatability of the diagnosis by qPCR in relation to microbiological culture for detection of S. agalactiae on composite samples of cow\'s milk and bulk tank milk. Samples of cow\'s milk (n = 31) and bulk tank milk (n = 150), which were submitted to microbiological culture and enumeration of S. agalactiae by conventional microbiology culture and qPCR. To evaluate the analytical sensitivity, a standard curve was made with samples of sterile reconstituted skim milk artificially contaminated with S. agalactiae (ATCC - 13813). In two samples was not possible the amplification of DNA, indicating that qPCR was able to detect S. agalactiae, 96% and 97% cow\'s milk and bulk tank milk, respectively. Although the technique has presented qPCR high analytical sensitivity, there was no equivalent result of counting S. agalactiae between the two proposed methods. The interassay coefficients of variation technique used to evaluate the qPCR were <5%, which demonstrate that the technique has adequate repeatability. So there was no equivalence between the counts of S. agalactiae by standard microbiological culture and qPCR technique, probably due to the high sensitivity of qPCR technique to quantify DNA of unviable cells. However, the qPCR presented as a sensitive technique for identifying S. agalactiae in samples of cow\'s milk and bulk tank milk.

O objetivo geral do estudo foi avaliar os fatores de risco associados com práticas de manejo e a qualidade higiênica do leite cru, e caracterizar o nível de conhecimento e opiniões de produtores de leite sobre controle de mastite e qualidade do leite. Os objetivos específicos foram avaliar os fatores de risco associados com a qualidade higiênica do leite, determinar o efeito do tipo de agente causador de mastite sobre a qualidade do leite cru, e avaliar a associação entre o nível de conhecimento dos produtores e a contagem de células somáticas (CCS) do leite de tanque. O presente estudo foi dividido em três experimentos. No experimento 1, para avaliação de práticas de manejo associadas à qualidade higiênica do leite cru em rebanhos leiteiros, foram selecionados 120 rebanhos de acordo com a média geométrica da contagem bacteriana total (CBT) de 10 amostras de leite/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor dois grupos: 60 com alta CBT (1,11x104 UFC/mL) e 60 com baixa CBT (4,4x103 UFC/mL). Após a seleção, amostras de leite foram coletadas uma vez por semana durante dois meses para determinação da CBT, contagem do leite com incubação preliminar (CIP), contagem do leite pasteurizado (CLP), contagem de coliformes (CC), CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. Após a realização das análises, 63 rebanhos foram selecionados e visitados para aplicação de questionário sobre: a) informações gerais de manejo do rebanho; b) manejo de ordenha; c) procedimentos de limpeza de equipamento de ordenha e utensílios; d) programa de controle da mastite; e) condições de limpeza do úbere. Para o experimento 2, o nível de conhecimento e as opiniões dos produtores de leite sobre mastite e qualidade do leite, foram avaliados em 63 rebanhos selecionados e distribuídos de acordo com as médias geométricas da CCS (8 coletas semanais consecutivas durante dois meses) em três grupos: a) baixa CCS: &#8804; 250.000 céls/mL(n = 16); b) média CCS: >250.000 &#8804; 400.000 céls/mL (n = 24); c) alta CCS: > 400.000 céls/mL(n = 23). Nos rebanhos selecionados, foram aplicados questionários aos responsáveis pelo manejo do rebanho, com questões sobre: características socioeconômicas, conhecimentos a respeito de CCS, CBT e mastite e comportamentos dos produtores com relação a práticas de prevenção da mastite. No experimento 3, para avaliação da associação entre patógenos causadores de mastite e qualidade do leite, foram selecionados 90 rebanhos com base na CCS do tanque de 10 amostras/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor os seguintes grupos: a) &#8804; 250.000 céls/mL (n = 30); b) >250.000 &#8804; 600.000 céls/mL (n = 30); c) >600.000 céls/mL (n = 30). As amostras do leite de tanque foram coletadas, a cada 15 dias por um período de 3 meses, para determinação da contagem de Staphylococcus aureus, contagem de Streptococcus agalactiae, contagem de estafilococos coagulase-negativa, contagem de estreptococos ambientais, contagem de Escherichia coli, contagem de coliformes totais, CBT, CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. A alta quantidade de matéria orgânica presente na válvula de saída do tanque de expansão é um fator de risco para a qualidade higiênica do leite cru; o uso do desinfetante de tetos pré e pós-ordenha são práticas de manejo que reduzem a contagem dos principais indicadores de qualidade higiênica do leite e a prática de ordenha com o bezerro ao pé da vaca está associada ao aumento de CBT, CIP e CC. Outros fatores socioeconômicos como ter o leite como principal atividade econômica na propriedade, o tipo de ordenha utilizada no rebanho, o uso de métodos para detecção de mastite e o conhecimento das exigências legais de CCS e CBT foram fatores associados à CCS do leite de tanque. Adicionalmente, altas contagens de Streptococcus agalactiae reduzem a qualidade do leite de tanque por estarem correlacionadas com o aumento de CCS. / The overall objectve of this study was to evaluate risk factors associated with management practices and hygienic raw milk quality, and to caracterize the farmer\'s knowledge and opinions about mastitis control and milk quality. The specific objectives were to evaluate the risk factors associated with hygienic milk quality, to determine the effect of mastitis pathogens on raw milk quality and to assess the association between framers knowledge about mastitis control and somatic cell count (SCC) of bulk tank. Therefore, we proposed three experiments. For experiment 1, to evaluate management practices associated with hygienic quality of raw milk in dairy farms, 120 dairy herds were selected according to the geometric mean of the total bacterial count (TBC) from 10 milk samples collected during two consecutive months, which were distributed in two groups: high TBC (1.11 x104 CFU / mL, n = 60) and low TBC (4.4 x103 CFU / mL, n = 60). After selection of herds, milk samples were collected weekly for two months to perform analyzes of TBC, preliminary incubation count (PIC), laboratory pasteurization count (LPC), coliform count (CC), somatic cell count (SCC) and fat, protein and total solids concentrations. After laboratory analysis, 63 herds were visited for on-farm data collection by a questionnaire about: a) general aspects of farm management; b) milking management; c) milking equipment and utensils cleaning procedures; d) mastitis control; e) udder cleaning conditions. For experiment 2, to evaluate the knowledge and opinions of dairy farmers about mastitis control and milk quality, 63 herds were selected and distributed according to geometric means of SCC (8 weekly milk sampling during two consecutive months) into three groups: a) low SCC: &#8804; 250,000 cells / mL (n = 16); b) medium SCC: >250,000 &#8804; 400,000 cells / mL (n = 24); c) high SCC:> 400,000 cells / mL (n = 23). Previously formulated questionnaires were submitted to the herd manager, with questions about the following topics: socioeconomic characteristics, knowledge about SCC, TBC, mastitis and mastitis prevention practices. For experiment 3, to evaluate the association between mastitis pathogens, SCC and TBC, 90 herds were selected based on the SCC of 10 milk samples collected during two consecutive months, to compose the following groups: a) &#8804; 250,000 cells / mL (n = 30), b) >250,000 &#8804; 600,000 cells / mL (n = 30), c)> 600,000 cells / mL (n = 30). Bulk Tank milk samples were collected every 15 days for a period of three months, for Staphylococcus aureus count, Streptococcus agalactiae count, coagulase-negative staphylococci count, environmental streptococci count, Escherichia coli count, coliform count, TBC, SCC and fat, protein and total solids concentrations. The high amount of organic matter in the bulk tank outlet valve is a risk factor for the raw milk hygienic quality, the use of pre and post teat dipping is associated with a reduction of major indicators of raw milk hygienic quality and the presence of suckling calves before milking was associated with increased TBC, PIC and CC. Other social and economical factors, such as the milk as main economic activity in the farm, type of milking procedures used, the use of methods for mastitis detection and knowledge about legal requirements for SCC and TBC were correlated with CCS in bulk tank milk. Additionally, high Streptococcus agalactiae counts is associated with reduced bulk tank milk quality because of increased SCC.

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo de caso-controle pareado, bem como discutir estratégias de construção de modelos. Para estimar a prevalência de rebanho, amostras de tanque de leite foram selecionadas aleatoriamente (n = 314) de uma população (N = 1604). A prevalência real de BVDV foi de 24,3% (IC95% = 20,1-29,3%). Para o estudo de caso-controle, rebanhos positivos para BVDV (altos níveis de anticorpos) foram classificados como casos (n = 21) e pareados (n = 63) por produção de leite com rebanhos que apresentaram baixos títulos de anticorpos (razão 1:3). Para análise, três modelos multivariáveis foram construídos: 1) modelo completo, onde todas as 21 variáveis independentes foram oferecidas, e dois modelos foram criados de acordo com conhecimento empírico e similaridades entre as variáveis independentes, 2) modelo de fatores animais e 3) modelo de biossegurança. Um questionário foi aplicado (n = 84) para obtenção de informações a respeito de possíveis fatores de risco para BVDV. O modelo completo (Modelo 1) identificou as seguintes variáveis: idade com critério de eliminação (OR = 0,10; IC95% = 0,02 – 0,39; P < 0,01); propriedades que forneceram leite a outras cooperativas anteriormente (OR = 4,13; IC95% = 1,17 - 14,49; P = 0,02) e a presença de piquete de isolamento para animais doentes (OR = 0,14; IC95% = 0,01 – 0,26; P = 0,02). O modelo de biossegurança (Modelo 3) revelou uma associação significativa com o uso de monta natural (OR = 9,03; IC95% = 2,14 – 38,03; P < 0,01); presença de piquete de isolamento para animais doentes (OR = 0,06; IC95% = 0,05 – 0,83; P = 0,03); anos fornecendo leite para a mesma cooperativa (OR = 0,94; IC95% = 0,91 – 0,97; P < 0,01) e contato direto pela cerca entre bovinos de propriedades vizinhas (OR = 5,78; IC95% = 1,41 – 23,67; P = 0,04). O modelo de biossegurança pode ser considerado o “melhor”, pois obteve AIC = 43,880 e BIC = 48,058 menores quando comparado com o modelo completo que obteve AIC = 50,445 e BIC = 53,779. Esta dissertação tem a intenção de promover a discussão sobre as estratégias de construção de modelos especialmente quando se trata de saúde animal. Recomenda-se a aplicação de agrupamento de variáveis independentes como uma boa alternativa na construção de modelos, uma vez que este processo pode levar a uma melhor compreensão a respeito da associação entre cause e efeito de doenças. / Bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important diseases of cattle in terms of economic costs and welfare, since it is widespread in the dairy cattle population. The aims were to estimate herd prevalence and investigate factors associated with antibodies in bulk tank milk (BTM) in dairy herds through a matched case-control design as well as discuss model-building strategies. To estimate herd prevalence, BTM samples were randomly selected (n = 314) from a population (N = 1604). The true prevalence of BVDV was 24.3% (CI95% = 20.1 - 29.3%). For the case-control study, BVDV antibody-positive herds (high antibody titers) were classified as cases (n = 21) and matched (n = 63) by milk production with herds presenting low antibody titers (ratio of 1:3). For analysis, three multivariable models were built: 1) full model, holding all 21 independent variables; and two models divided according to empirical knowledge and similarity among independent variables, i.e., 2) animal factor model and 3) biosecurity model. A questionnaire was applied (n = 84) to get information about possible BVDV risk factors. The full model (model 1) identified the following variables: age as a culling criteria (OR = 0.10; IC95% = 0.02 – 0.39; P < 0.01); farms that provided milk to other industries previously (OR = 4.13; IC95% = 1.17 – 14.49; P = 0.02); and isolation paddocks for ill animals (OR = 0.14; IC95% = 0.01 – 0.26; P = 0.02). The biosecurity model (model 3) revealed a significant association with the use of natural mating (OR = 9.03; IC95% = 2.14 – 38.03; P < 0.01); isolation paddocks for ill animals (OR = 0.06; IC95% = 0.05 – 0.83; P = 0.03); years providing milk for the same industry (OR = 0.94; CI95% = 0.89 - 0.99; P = 0.02); and direct contact over fences among cattle of neighboring farms (OR = 5.78; IC95% = 1.41 – 23.67; P = 0.04). The biosecurity model could be considered the “best” since AIC = 43,880 and BIC = 48,058 when compared with the full model where AIC = 50,445 and BIC = 53,579. This paper intends to promote discussion about the model-building strategy when animal-health-modeling is on the line. We recommend the application of grouping predictors as a good choice for model building since it could lead to a better understanding of disease-exposure associations.

A bovinocultura de leite é importante para o abastecimento do mercado interno brasileiro, tendo o Estado do Rio Grande do Sul como o segundo maior produtor. Doenças virais ocasionam diversos prejuízos na cadeia de produção bovina. Com o objetivo de manter e aprimorar o nível de produção, torna-se importante estabelecer programas sanitários que permitam o controle de doenças que possam resultar em grandes perdas econômicas. Para o sucesso de tais programas, é importante levar em consideração o conhecimento da epidemiologia da doença em conjunto com técnicas laboratoriais adequadas, além de buscar fatores associados à permanência do vírus no rebanho Os objetivos desse estudo foram o de avaliar a prevalência e fatores de risco do vírus da diarreia viral bovina (BVDV) e herpervirus bovino tipo 1 (BoHV-1) em rebanhos leiteiros não vacinados de uma cooperativa de produtores de leite no Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Amostras de tanques de leite de 281 rebanhos leiteiros selecionados de forma aleatória simples foram testados para anticorpos contra o BVDV utilizando um kit comercial de ELISA e contra glicoproteína B do BoHV-1 através de um kit comercial de ELISA de bloqueio. Em cada propriedade avaliada, aplicou-se um questionário epidemiológico para investigar os fatores de risco para estas doenças. Uma prevalência de rebanho de 42,70% (120/281; IC 95%: 36% - 48%) para infecção pelo BVDV e de 27,88% (75/269; IC 95%: 22% - 33%) para infecção pelo BoHV-1 foram encontradas na população estudada. Dentre os fatores de risco avaliados, a utilização de inseminação artificial foi considerado como fator de risco para infecção pelo vírus da diarreia viral bovina e possuir suínos na propriedade foi considerado como fator de proteção para infecção pelo herpesvirus bovino tipo 1. O presente estudo identificou 10,3% de rebanhos com infecção ativa de BVDV e uma prevalência moderada para ambas as doenças em uma população de pequenos rebanhos leiteiros criados em sistemas semi-intensivos de produção que não utilizam medidas específicas de controle de infecção. / The dairy cattle is important to supply the Brazilian market, with the state of Rio Grande do Sul as the second largest producer. Viral diseases cause several damages in the bovine production. In order to maintain and improve the level of production, it becomes important to establish health programs that allow the control of diseases that can result in large economic losses. For the success of such programs, it is important to take into account the knowledge of the epidemiology of the disease in conjunction with appropriate laboratory techniques, and risk factors associated with persistence of the virus in the herd. The objectives of this study were to assess the prevalence and risk factors for the bovine viral diarrhea virus (BVDV) and bovine herpesvirus type 1 (BoHV-1) in unvaccinated dairy herds of a cooperative of milk producers in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Bulk tank milk samples from 281 dairy herds selected by simple random sampling were tested for BVDV antibodies using a commercial ELISA kit and against the glycoprotein B of BoHV-1 using a commercial ELISA kit of blocking. In each assessed property, we applied an epidemiological questionnaire to investigate risk factors for these diseases. A herd prevalence of 42.70% (120/281, 95% CI: 36% - 48%) for BVDV infection and 27.88% (75/269, 95% CI: 22% - 33%) for BoHV-1 were observed in the studied population. Among the risk factors evaluated, the use of artificial insemination was considered as a risk factor for infection with bovine viral diarrhea virus and pigs on the property have been considered as a protective factor for infection by bovine herpesvirus type 1. The present study identified 10.3% of herds with active BVDV infection and a moderate prevalence for both diseases in a population of small dairy herds reared in semi-intensive systems of production which do not use specific measures to control infection.