Resumo: Os objetivos deste trabalho foram a padronização de metodologia alternativa de genotipagem do SNP AY_731081:g.1900T>C do gene CD14 equino por PCR-RFLP, bem como a caracterização em equinos da raça Mangalarga deste e de outros dois polimorfismos, o AY_005808: c.1530A>G do TLR4 e o AX_463789: g.133T>C do Cε, a fim de promover o embasamento necessário para futuras pesquisas visando associação entre marcadores de DNA e características relacionadas à fisiologia do sistema imune na raça. Para tanto, foram utilizados 151 animais Mangalarga, de ambos os sexos e de idades variadas, representativos da população do estado de São Paulo. O método de PCR-RFLP mostrou-se adequado para a genotipagem do SNP AY_731081: g.1900T>C do gene CD14 equino. Entretanto, tal polimorfismo provavelmente não ocorre em equinos Mangalarga, impossibilitando estudos de associação com o marcador na raça. Os parâmetros genético-populacionais obtidos para os polimorfismos AY_005808:c.1530A>G do gene TLR4 e o AX_463789:g.133T>C do gene Cε demonstraram a possibilidade de realização de pesquisas visando a associação entre os marcadores e características relacionadas ao sistema imune na raça Mangalarga / Abstract: The objective of this work was to contribute to the molecular characterization of the equine Mangalarga, aiming at future studies on the association of DNA polymorphisms and traits associated with the immune system physiology of this equine breed. An alternative PCR-RFLP genotyping method was developed for the SNP AY_731081:g.1900T>C, in the gene CD14. Furthermore, this SNP plus the AY_005808: c.1530A>G, in the gene TLR4, and the AX_463789: g.133T>C, in the gene Cε, were used to analyze 151 Mangalarga individuals. The analyzed horses are representative of the São Paulo State population and consisted of male and female animals of several ages. The PCR-RLP method has been demonstrated to be suitable for equine genotyping using the SNP AY_731081: g.1900T>C of the gene CD14. However, this polymorphism is apparently absent in the Mangalarga breed. The population genetic data obtained for the polymorphisms AY_005808:c.1530A>G, of the gene TLR4, and the AX_463789:g.133T>C, in the gene Cε, indicated the feasibility of these SNPs for further studies aiming at the association of molecular markers with traits related to the immune system of the Mangalarga horse breed / Orientador: Marcílio Dias Silveira da Mota / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Lenira El Faro Zadra / Mestre