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Etude structure fonction de quorum senseurs de la famille RNPP / Structure function study of quorum sensors from the RNPP family

Talagas, Antoine 18 October 2016 (has links)
Au siècle dernier, les maladies infectieuses avaient pu être endiguées dans les pays développés grâce au développement des antibiotiques. Cependant, l’apparition de bactéries résistantes aux traitements antimicrobiens remet ce problème de santé publique au premier plan. De plus, on observe l’apparition de poly-résistances de plus en plus fréquentes, notamment en milieu hospitalier, et les organisations de santé ont donc, depuis le début des années 2000, appelé à utiliser les antibiotiques avec parcimonie afin de stopper la propagation des résistances. Aujourd’hui, un effort doit être fait pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.Une des voies envisagées consiste à cibler le système de communication appelé quorum sensing que les bactéries utilisent pour réguler de façon concertée l’expression de leurs gènes afin de s’adapter aux pressions environnementales. Le quorum sensing est basé sur l’échange de molécules signal sécrétées appelées phéromones qui sont détectées par des récepteurs transmembranaires ou cytoplasmiques appelés quorum senseurs.Chez les pathogènes à Gram positif, des phéromones peptidiques re-internalisées par les bactéries viennent réguler l’activité des quorum senseurs appelés RNPP, pour les premiers membres identifiés : Rap, NprR, PlcR et PrgX. Ces systèmes de quorum sensing régulent le changement de comportement de la population bactérienne. Ils sont impliqués dans des processus cellulaires importants tels que la sporulation, la formation de biofilm, la compétence et la virulence.Mon projet a porté sur l’analyse structure-fonction de deux des membres de la famille : NprR, du groupe Bacillus cereus, et ComR, un nouveau membre récemment identifié chez les Streptocoques. En combinant la cristallographie aux rayons X avec des approches biochimiques et génétiques, nous avons pu élucider le mécanisme moléculaire qui régule l’activité de ces deux systèmes de quorum sensing.NprR est un régulateur bifonctionnel qui, chez Bacillus thuringiensis, régule la survie de la bactérie jusqu’à la sporulation dans le cadavre des insectes infectés par cet entomopathogène. Alors que NprR agit comme régulateur transcriptionnel en présence de son peptide signal NprX, nous avons montré qu’en son absence il fixe la phosphotransférase Spo0F et agit comme inhibiteur de la sporulation.ComR régule quant à lui l’état de compétence qui permet aux streptocoques de prélever une molécule d’ADN libre dans leur environnement. Nous avons mis en évidence un mécanisme de régulation par le peptide ComS différent de celui des autres régulateurs transcriptionnels de la famille RNPP. Enfin, la spécificité du peptide pour son régulateur a également été caractérisée.Enfin, la comparaison de ces résultats avec les données structurales des autres RNPP nous a permis de mettre en évidence un mode de fixation du peptide conservé mais un mécanisme d’activation propre à chaque membre de la famille. Cette étude pose donc les bases structurales nécessaires à la mise au point rationnel d’inhibiteurs de RNPP pouvant répondre au problème de résistance aux antibiotiques dans la lutte contre la recrudescence des maladies infectieuses. / In the last century, infectious diseases had been successfully stopped in developed countries through the development of antibiotics. However, the emergence of bacteria resistant to the antimicrobial treatments brings this public health issue back at the forefront of concerns. In addition, increasing appearance of poly resistances is observed since the early 2000s, particularly in hospitals, and healthcare organizations have therefore called to a reduction of the use of antibiotics in order to stop the spread of resistances. Today, an effort should be made to the development of new therapeutic strategies.One of the approaches consists in targeting the communication system called quorum sensing used by the bacteria to regulate the expression of their genes in a concerted manner in order to adapt to their environment. Quorum sensing is based on the exchange of secreted signaling molecules called pheromones, which are detected by transmembrane or cytoplasmic receptors called quorum sensors.In pathogenic Gram positive bacteria, peptidic pheromones re-internalized by bacteria regulate the activity of quorum sensors called RNPP for the first identified members: Rap, NprR, PlcR and PrgX. These quorum sensing systems regulate behavior changes in the bacterial population. They are involved in important cellular processes such as sporulation, biofilm formation, competence and virulence.My project focused on the structure-function analysis of two members of the RNPP family: NprR, from the Bacillus cereus group, and ComR, a new member recently identified in Streptococci. By combining X-ray crystallography with biochemical and genetic approaches, we were able to elucidate the molecular mechanism that regulates the activity of these two quorum sensing systems.NprR is a bifunctional regulator which, in Bacillus thuringiensis, regulates the survival of the bacteria until sporulation in the cadaver of insects infected by this entomopathogene. While NprR acts as a transcriptional regulator in the presence of its peptide signal NprX, we showed that in its absence, NprR binds to the phosphotransferase Spo0F and acts as inhibitor of sporulation.ComR regulates the competence state that allows Streptococci to uptake free DNA molecules in their environment. We showed that the regulatory mechanism of its cognate peptide ComS is different from other transcriptional regulators of the RNPP family. The specificity of the peptide for its regulator was also characterized.Finally, a comparison of these results with the structural data of other RNPP allowed us to demonstrate a conserved peptide binding mode but an activation mechanism specific to each family member. This study thus brings the structural basis for the future rational design of RNPP inhibitors which may help respond to the antibiotic resistance problem in the fight against the resurgence of infectious diseases.
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Structure et assemblage de complexes des enzymes Mur, essentielles pour la synthèse de la paroi bactérienne / Structure and assembly of Mur enzyme complexes, essential for bacterial cell wall biosynthesis

Laddomada, Federica 22 December 2017 (has links)
Les enzymes de la famille Mur (MurA-MurG) sont essentielles pour la survie bactérienne, car elles catalysent les étapes cytoplasmiques de la biosynthèse du peptidoglycane, la principale composante de la paroi cellulaire. En outre, les Murs métabolisent des molécules qui sont absentes chez les eucaryotes, et ces enzymes sont structurellement et biochimiquement tractables. Cependant, malgré le fait que nombreux inhibiteurs anti-Mur ont été développés, un nombre tres réduit de ces molécules ont montré une activité antibactérienne prometteuse, ce qui a incité l'hypothèse selon laquelle, dans le cytoplasme bactérien, les enzymes Mur peuvent exister dans un complexe où les sites actifs sont à proximité, bloquant donc l'accès de petites molécules venant de l'extérieur. Cette hypothèse est soutenue par l'observation selon laquelle, dans de nombreux organismes, les gènes codant pour les enzymes Mur sont présents dans un seul opéron, souvent dans le même ordre; en outre, souvent des paires de gènes sont fusionnées pour générer un seul polypeptide, préconisant la possibilité que des complexes entre ces enzymes pourraient être formés dès qu'ils sont synthétisés. Nous avons obtenu les premières informations structurales et fonctionnelles sur la forme fusionnée MurE-MurF, présente dans le pathogène humain Bordetella pertussis, et nous avons montré qu'elle interagit avec la glycosyltransférase périphérique MurG, ce qui suggère la présence d'un complexe enzymatique ternaire. De façon intéressante, nous avons constaté que MurG de B. pertussis est capable de s'associer avec elle-même et de former différentes espèces oligomériques. Cette découverte pourrait renforcer le rôle de MurG en tant que protéine agissant comme une plateform capable d'ancrer d'autres enzymes Mur à la face interne de la membrane cytoplasmique bactérienne. Nos resultats pourront également être explorés pour comprendre le rôle potentiel de MurG en tant que régulateur de l'activité des enzymes de synthèse du PG. Ces résultats passionnants ouvriront le chemin vers la compréhension du mecanisme d’interaction des enzymes Mur dans le cytoplasme bactérien et pourraient permettre l'emploi éventuel des Murs comme cibles de facto pour développer de nouveaux antibiotiques. / Enzymes of the Mur family (MurA-MurG) are essential for bacteria, since they catalyse the cytoplasmic steps of peptidoglycan biosynthesis, the major component of bacterial cell wall; they metabolize molecules that do not exist in eukaryotes, and are structurally and biochemically tractable. However, despite the fact that many anti-Mur inhibitors have been developed, few of these molecules have shown promising antibacterial activity, which has prompted the hypothesis that within the bacterial cytoplasm Mur enzymes may exist in a complex where the active sites are in closed proximity, blocking small molecule access from the outside. This suggestion is supported by the observation that in many organisms, genes encoding Mur enzymes are present in a single operon, often in the same order, and often pairs of genes are fused to generate a single polypeptide, advocating the possibility that complexes between these enzymes could be formed as soon as they are synthesized. We have obtained the first structural and functional information on the MurE-MurF fused form, present in the human pathogen Bordetella pertussis, and shown that it interacts with the peripheral glycosyltransferase MurG, suggesting the presence of a ternary enzymatic complex. Interestingly, we have found that B. pertussis MurG is able to self-associate and form different oligomeric species. This finding could strengthen the hypothesis of MurG as a scaffold protein capable of anchoring other Murs to the inner face of bacterial inner membrane, but could be also further explored to understand its potential role as a regulator of the activity of PG synthesis enzymes. These exciting results will open the path towards the understanding of how Mur enzymes interact within the bacterial cytoplasm, and could permit the eventual employment of Mur enzymes as de facto targets for novel antibiotic development.
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Structural studies of the Roundabout protein family / Etudes structurales de la famille des protéines Roundabout

Bisiak, Francesco 05 February 2018 (has links)
Les systèmes neuronaux et vasculaires nécessitent un réseau complexe pour exécuter correctement leurs fonctions. Les processus impliqués dans la création de ce réseau s'appuient sur des voies coordonnées, souvent activées par des systèmes protéine/récepteur communs, qui conduisent au remodelage du cytosquelette.En général, les cellules neuronales et vasculaires répondent aux stimuli extracellulaires sous forme de protéines solubles sécrétées, qui interagissent avec les récepteurs de surface pour favoriser l'attraction ou la répulsion vers la source des protéines sécrétées. Ce processus, appelé guidage, est régulé par sept familles de récepteurs et leurs ligands respectifs, qui s'influencent les uns sur les autres et peuvent agir sur le système neuronal, le système vasculaire ou les deux ensembles.Cette étude est centrée sur deux récepteurs transmembranaires à passage unique, les membres des familles de protéines Roundabout et UNC5 qui sont principalement impliquées dans l'angiogenèse: Robo4 et UNC5B.L'information structurelle sur la région extracellulaire de plusieurs de ces récepteurs, et comment le signal est relayé à travers la membrane, fait défaut.La déglycosylation enzymatique a confirmé que les domaines extracellulaires de Robo4 et UNC5B sont largement glycosylés avec des glycanes liés en azote du complexe type. La mutagenèse dirigée des sites de glycosylation prédits de Robo4 perturbe son expression, indiquant que ces résidus sont nécessaires pour la stabilité de la protéine et que leur glycosylation, ou leur passage dans la voie de glycosylation, pourrait être nécessaire pour un repliement correct. Les données MALS et SAXS montrent qu'en solution, Robo4 ecto est un monomère flexible de forme allongée. Les domaines ne présentent pas des caractéristiques distinctes dans le modèle construit à partir des données SAXS. Plusieurs Fabs se liant au domaine extracellulaire de Robo4 ont été caractérisés, avec l'espoir d'identifier les Fab qui pourraient inhiber l'interaction Robo4 / UNC5B rapportée pour une caractérisation plus poussée. La formation du complexe a été vérifiée par SEC-MALS et SAXS, et les constantes d'interaction ont été déterminées en utilisant SPR. Des cristaux de certains complexes domaine Fab / domaine extracellulaire Robo4 ont été produits, bien que la structure du complexe n'ait pas pu être résolue à l'heure actuelle.Les expériences de pull-down, SEC-MALS et SPR montrent que Robo4 ecto et UNC5B ecto n'interagissent pas entre elles, malgré une étude par un autre groupe montrant le contraire. Étant donné que différentes lignées cellulaires ont été utilisées, des modèles de glycosylation spécifiques, ou une tierce partie non détectée, pourraient être nécessaires pour l'interaction. En raison de leur implication avec les récepteurs extracellulaires, les héparanes sulfates sont un candidat probable, mais d'autres partenaires devraient être envisagés.La structure cristallographique de l'UNC5B ecto est similaire aux structures existantes de UNC5A et UNC5D. Le haut degré de conservation des domaines del’Ig pourrait être une indication de l'importance de cette région, qui est responsable de la liaison à Netrin. Bien que la région de liaison de Netrin soit connue pour être dans les domaines Ig, le site de liaison précis n'a pas encore été déterminé, mais il pourrait être situé à proximité ou à l'intérieur des surfaces chargées négativement présentes sur les domaines Ig observées dans la structure d’UNC5B.Le travail présenté ici devrait servir de base à une meilleure caractérisation biochimique et structurale des récepteurs extracellulaires Robo4 et UNC5B. / Neuronal and vascular systems require a complex network to properly perform their functions. The processes involved in creating this network rely on coordinated pathways, often activated through common protein/receptor systems, which lead to cytoskeletal remodelling. In general, neuronal and vascular cells respond to extracellular stimuli in the form of soluble secreted proteins, which interact with surface receptors to mediate attraction or repulsion towards the source of the secreted proteins. This process, called guidance, is regulated by seven families of receptors and their respective ligands, which influence each other and can act on the neuronal system, the vascular system or both.Structural information about the extracellular region of many of these receptors, and how signal is relayed across the membrane, is lacking.This study is focused around the extracellular domain of two single-pass transmembrane receptors of the Roundabout and UNC5 protein families that are majorly involved in angiogenesis: Robo4 and UNC5B.Based on the findings of this study, the Robo4 and UNC5B extracellular domains are extensively glycosylated with N-linked glycans of the complex type. Site-directed mutagenesis of the predicted Robo4 glycosylation sites disrupts protein expression, indicating that they are necessary for protein stability and passage through the glycosylation pathway might be necessary for correct folding. MALS and SAXS data show that in solution the Robo4 extracellular domain is a flexible monomer with extended shape. Several Fabs binding to the extracellular domain of Robo4 were characterised, with the expectation to identify those Fabs that could inhibit the reported Robo4/UNC5B interaction for further characterisation. Complex formation was verified by SEC-MALS and SAXS, and interaction constants were determined using SPR. Crystals of some Robo4 extracellular domain/Fab complexes were produced, although the structure of the complex could not be solved at the present time.Despite a study by another group showing otherwise, pull-down, SEC-MALS and SPR experiments show that the Robo4 and UNC5B extracellular domains do not interact with each other. It is proposed that the difference may be caused by different glycosylation patterns specific to the cell lines used for each study, or by an undetected third party necessary for interaction. This, however, still requires further study. SEC-MALS analysis showed that the UNC5B extracellular domain is a monomer in solution and its crystal structure was solved at 3.4 Å resolution. Comparison to the existing structures of human UNC5A and rat UNC5D shows striking similarities and a high degree of evolutionary conservation of the Ig domains might be indication of the importance of this region, which is responsible for binding to the guidance cue Netrin. Although the Netrin binding region is known to be within the Ig domains, the precise binding site has not yet been determined, but it might be located in proximity, or within, the negatively charged surfaces present on the Ig domains which are observed in the UNC5B structure.It is hoped that the work presented here will give the basis for better biochemical and structural characterisation of these two receptors.
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Moments dipolaires des composés Ar Cr (CO) z-y (P (C6 H5) 3)y et structure cristalline et moléculaire du composé C5 H5 Mn (CO)2 (P (C6 H5) 3)

Ricard, Louis 30 January 2019 (has links)
Dans une première partie, nous avons étudié, à l'aide des moments dipolaires et des spectres infrarouge, le comportement d'une série de complexes méthylbenzêne chrome tricarbonyle et de leurs dérivés mono et bisubstitués avec la triphénylphosphine. En faisant quelques approximations simples, on arrive à trouver des distributions de charges dans ces molécules qui sont raisonnables et qui permettent de calculer les moments dipolaires avec une assez bonne précision, compte tenu des erreurs expérimentales sur ces moments. Dans une deuxième partie, nous avons déterminé la structure moléculaire d'un complexe monosubstitué du manganèse cyclopentadiényle tricarbonyle afin de vérifier si les postulats de Bigorgne concernant l'invariance de la structure lors d'une substitution sont acceptables. Il semble bien qu'on puisse négliger ces déformations en première approximation, mais il existe bien une déformation angulaire appréciable dans le complexe étudié. Plusieurs points demeurent cependant obscurs et il faudrait compléter les données accumulées jusqu'à maintenant par d'autres afin de se faire une image plus fidèle de la liaison dans ce type de complexes. On ne peut en effet affirmer sur la base d'une seule étude qu'un postulat par ailleurs bien établi est valide ou non. D'autres études structurales s'imposent donc si on veut vérifier la validité des dits postulats. De même, il serait souhaitable de compléter les données obtenues à l'aide des moments dipolaires dans l'étude des distributions de charges par les données que peuvent fournir d'autres techniques comme la résonance quadrupole nucléaire, les potentiels d'ionisation des électrons 2p ou la résonance magnétique nucléaire. Ces techniques permettent d'obtenir des mesures directes ou presque des distributions de charges dans les molécules. A ce titre, elles permettraient d'obtenir des renseignements que les moments dipolaires ne livrent qu'indirectement et de vérifier les autres postulats de Bigorgne. De telles études devraient nous conduire à une meilleure image de la liaison dans les complexes des métaux carbonyle. / Montréal Trigonix inc. 2018
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Structures de glace des cours d'eau à forte pente : cristallographie et processus de croissance

Dubé, Mathieu 20 April 2018 (has links)
Réunissant une série de trois articles scientifiques, ce mémoire offre une description et une quantification des processus dynamiques de glace dans les cours d’eau à forte pente. Menée sur trois cours d’eau du bassin versant de la rivière Montmorency (à proximité de Québec, QC, Canada), cette recherche démontre grâce à l’analyse par CAT scan que la glace de fond et les barrages de glace se développent principalement par croissance in-situ des cristaux de frasil-fixé. La porosité des structures de frasil-fixé varie entre 23% et 52% alors que celle de des structures de glace colonnaire, uniquement retrouvées dans les barrages de glace, varie entre 0% et 1,5%. De plus, les taux de croissance et de fonte des barrages de glace varient de façon importante autour d’une moyenne d’environ 1 cm/h. Le développement complet d’un barrage de glace a été simulé avec succès à l’aide d’un modèle physique comportant plusieurs degrés de liberté. / Uniting three scientific papers, this thesis offers a description and a quantification of dynamic ice processes taking place in steep channels. This research was led on three channels located in the Montmorency River watershed near Quebec City, Canada. CAT scan analyses showed that the development of anchor ice and ice dams is mainly caused by in-situ growth of fixed-frazil ice crystals. Porosity of fixed-frazil ice structures ranges between 23% and 52% while porosity of columnar ice structures, only found in ice dams, ranges from 0% to 1.5%. Moreover, ice dam growth and decay rates greatly vary around the mean value of about 1 cm/h. The complete development of a single ice dam was successfully simulated using a physical model that demonstrated the large number of degrees of freedom inherent in the process.
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Effets de la texture cristallographique sur les propriétés mécaniques statiques de l'alliage aéronautique AL-LI 2099

Bois-Brochu, Alexandre 24 April 2018 (has links)
L'ajout de lithium dans les alliages d'aluminium permet de diminuer leur masse volumique tout en augmentant leur rigidité. En considérant des propriétés mécaniques aux moins égales aux alliages traditionnels d'aluminium, il est facile de comprendre pourquoi ces nouveaux alliages deviennent intéressants dans le domaine de l'aéronautique. En effet, la diminution de la masse volumique permettra de diminuer la consommation d'essence due au poids plus faible des composantes. Le domaine de l'aéronautique demandant des contraintes de sécurité majeures, il est donc important de bien comprendre les propriétés mécaniques des alliages d'aluminium-lithium ainsi que les différents phénomènes influençant ces propriétés. La résistance mécanique des alliages d'aluminium-lithium est améliorée par la présence de plusieurs types de précipités qui entravent le mouvement des dislocations. Les alliages Al-Li-x actuels utilisent plusieurs précipités semi-cohérents et cohérents pour le durcissement. L'avantage d'utiliser une co-précipitation de δ' (Al₃Li), T1 (Al₂CuLi) et de S' (Al₂CuMg) provient du fait que ces phases métastables précipitent sur différents plans, ce qui optimise le blocage du mouvement des dislocations. La microstructure obtenue en est une qui est rarement recristallisée dû à la présence de précipités cohérents Al₃Zr qui empêche la recristallisation. Par conséquent, ces alliages présentent des propriétés mécaniques anisotropes, qui ne sont pas équivalentes dans toutes les directions. Ceci est causé par la présence de textures cristallographiques, particulièrement la texture fibre <111>. Les propriétés mécaniques obtenues dans l'alliage 2099 T83 étudié varient selon les emplacements et selon l'orientation des échantillons par rapport à l'axe de déformation (extrusion). Les résistances sont plus élevées dans la direction longitudinale d'un profilé cylindrique qui présente aussi les plus fortes intensités de texture fibre <111>. Grâce à la caractérisation mécanique, microstructurale et de la texture cristallographique, des modèles permettant de prédire l'anisotropie et les propriétés mécaniques en fonction de l'intensité de la texture fibre <111> ont pu être développés. Par la suite, l'effet de la densité de précipités T₁ sur l'anisotropie des propriétés mécaniques statiques a pu être démontrée.
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Installation et mise en oeuvre d'un détecteur de rayons X à pixels hybrides sur un diffractomètre de laboratoire : applications aux études de densité électronique et aux expériences de cristallographie résolues en temps / Installation and commissioning of a hybrid pixels X-ray detector on a laboratory diffractometer : Applications to electron density studies and time-resolved crystallography

Wenger, Emmanuel 29 May 2015 (has links)
Par rapport aux détecteurs de rayons X couramment utilisés pour la cristallographie, les détecteurs à pixels hybrides apportent des avantages majeurs qui proviennent principalement de l’utilisation d'une chaîne de comptage propre à chaque pixel permettant de compter les photons individuellement et très rapidement. Les principales innovations de ces détecteurs sont les suivantes : (1) Suppression quasi totale du bruit ; (2) Obturateur électronique ultra rapide (de l'ordre de 100 ns) ; (3) Vitesse d'acquisition de 500 images par seconde. Ces avantages déjà mis à profit depuis une petite dizaine d’années sur les lignes synchrotron, sont également très prometteurs pour les diffractomètres de laboratoire. L’objet de la thèse a été de développer un diffractomètre expérimental de laboratoire équipé d’un détecteur à pixels hybrides, XPAD, et de réaliser les premières mesures de diffraction sur monocristal. Ces mesures ont permis de déterminer les corrections et calibrations du détecteur nécessaires pour les mesures sur monocristaux. Conjointement, les méthodes et techniques de traitement des images pour intégrer les intensités de diffraction ont été étudiées. L’intérêt du très faible bruit du détecteur pour l’étude de modèles de densité électronique a été démontré ; le prototype avec le détecteur XPAD a donné de meilleurs résultats que les diffractomètres usuels. Une deuxième application a consisté à utiliser les qualités de vitesse du détecteur pixel pour la mise en œuvre de mesures résolues en temps à l’échelle de la milliseconde. Des mesures sous champs électrique commuté ont permis de montrer le potentiel de ce type de détecteur dans ce domaine de recherche / Compared to X-ray detectors commonly used for crystallography, hybrid pixels detectors provide major advantages primarily due to the use of a counting system proper to each pixel allowing for very fast and individual photon counting. The main innovations of these detectors are: (1) Almost total suppression of noise ; (2) Ultra-fast electronic shutter (about 100 ns) ; (3) Acquisition rate of 500 images per second. These advantages have already been exploited over the past ten years on synchrotron beam lines and are also very promising for laboratory diffractometers. The thesis work was to realize a prototype laboratory diffractometer equipped with such a detector, XPAD, and to achieve single crystal X-ray diffraction measurements. The necessary corrections and calibrations of the detector required for diffraction measurements on single crystals were determined. The methods and image processing techniques to integrate the diffraction intensities were studied. Benefits of the very low noise of the detector for electron density models study were demonstrated; the prototype diffractometer equipped with an XPAD detector gave better results than conventional diffractometers. A second type of application was to use the pixel detector for the implementation of time-resolved diffraction measurements at millisecond timescale. Measurements under switched electric fields have shown the potential of this type of detector in this area of research
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Etude des relations structure-dynamique-fonction au sein de l`acetylcholinesterase

Colletier, Jacques-Philippe 21 July 2006 (has links) (PDF)
L'acétylcholinestérase est une enzyme très rapide, essentielle à la neurotransmission cholinergique. Elle est la cible de toutes les molécules actuellement utilisées dans le traitement de la maladie d'Alzheimer, et les progrès à venir dans la modulation de son activité réclament une connaissance plus fine de sa structure et de sa dynamique. Dans cette thèse, nous décrivons trois approches expérimentales ayant permis d'obtenir des informations structurales sur la dynamique de l'acétylcholinestérase. Nous rapportons, dans un premier temps, la structure de cette enzyme en complexe avec un putatif médicament anti-Alzheimer de seconde génération. Nous décrivons, par ailleurs, une approche de mise à l'équilibre réactionnel de complexes enzyme/substrat cristallins, grâce à laquelle le trafic des substrats au sein de l'acétylcholinestérase a pu être suivi structuralement. Nous présentons, enfin, le développement d'une stratégie nouvelle en cristallographie cinétique des protéines, basée sur l'utilisation d'un précurseur photosensible du produit de réaction enzymatique, sa photolyse in-crystallo par le biais d'un laser, et l'application subséquente de profils de température adéquats afin de permettre la survenue des mouvements moléculaires nécessaires à l'expulsion des produits de photolyse. Prises conjointement, les différents résultats de cette thèse permettent une description détaillée du trafic des substrats et produits au sein de l'acétylcholinestérase, et fournissent un aperçu structural de son paysage conformationnel.
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Intermédiaires réactionnels de la fructose-1,6-biphosphate aldolase de Leishmania mexicana : comparaison avec l'enzyme de mammifère et recrutement de la région C-terminale

Lafrance-Vanasse, Julien January 2006 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Ablation des matériaux carbonés : lien entre la nanotexturation et la réactivité / Ablation of carbon materials : relation between nanotexture and reactivity

Delehouzé, Arnaud 06 December 2012 (has links)
La problématique énoncée par l’utilisation de matériaux composites C/C denses implique la connaissance et la maîtrise des processus de dégradation auxquels ils sont soumis. L’utilisation de moyens de caractérisation in-situ de ces voies de dégradation constitue alors un atout considérable pour leur anticipation. Ainsi, l’utilisation de la MEBE en Température associée à une caractérisation cristallographique par MET et une confrontation ex-situ par Analyse thermogravimétrique a abouti à l’obtention de lois cinétiques caractérisant la propagation de l’oxydation dans toutes les directions de l’espace. A la suite de cette étape expérimentale, une approche numérique basée sur l’utilisation d’algorithmes de Monte-Carlo Cinétique, a alors été mise en place pour modéliser ces observations tant sur le plan atomique avec la modélisation de la loi cinétique d’oxydation linéique, que meso et macroscopique par la simulation de la loi cinétique de perte de masse dans le cas particulier du HOPG. / The problem stated by the use of composites C / C dense implies knowledge and control of degradation processes to which they are subjected. The use of in-situ characterization of these means of degradation pathways then is a considerable asset for their advance. Thus, the use of ESEM in temperature associated with a crystallographic characterization by TEM and ex situ confrontation by thermogravimetric analysis resulted in obtaining kinetic laws characterizing the propagation of oxidation in all directions. Following this experimental stage, a numerical approach based on the use of algorithms Kinetic Monte-Carlo, was then introduced to model these observations both at the atomic level with the modeling of the oxidation kinetics law linear, as meso-and macro-simulation by the kinetic law of mass loss in the case of HOPG.

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