Thesis (Ph. D.)--West Virginia University, 2004. / Title from document title page. Document formatted into pages; contains xv, 181 p. : ill. (some col.). Vita. Includes abstract. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2000. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 128-157).

Theses (Ph. D.)--Marshall University, 2004. / Title from document title page. Includes abstract. Document formatted into pages: contains xiv, 192 p. including illustrations. Bibliography: p. 157-192.

Thesis (M.S.)--Florida State University, 2006. / Advisor: Timothy S. Moerland, Florida State University, College of Arts and Sciences, Dept. of Biological Science. Title and description from dissertation home page (viewed Sept. 15, 2006). Document formatted into pages; contains x, 33 pages. Includes bibliographical references.

Thesis (M.S.)--University of Delaware, 2005. / Principal faculty advisor: Norman J. Karin, Dept. of Biological Sciences. Includes bibliographical references.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-14Bitstream added on 2014-06-13T20:08:43Z : No. of bitstreams: 1 000754514.pdf: 1170892 bytes, checksum: 2e07af1d94d3f5fbc4f47fea88dd613c (MD5) / O presente trabalho retrata estudo metaloproteômico no tecido muscular de bovinos da raça Nelore (Bos indicus) contrastantes para a característica de maciez da carne baseado em métodos de separação de proteínas por eletroforese bidimensional (2D-PAGE), identificação dos íons cálcio nos spots proteicos por fluorescência de raio-X (SR-XRF) e caracterização das proteínas por espectrometria de massas (ESI-MS). Os animais selecionados para compor o grupo M (carne macia) expressaram valores de força de cisalhamento (FC) entre 3,39 e 3,98 kg, já os animais selecionados para o grupo D (carne dura) expressaram valores de FC entre 7,11 e 7,45 kg. Foi incluído um terceiro grupo (P) de animais da raça Piemontês (Bos taurus) como modelo comparativo do grau de maciez da carne. O número médio de spots proteicos encontrados nas repetições dos géis dos grupos M, D e P foram de 186 ± 20, 146,5 ± 16,5 e 175 ± 15, respectivamente. As correlações obtidas nas repetições dos géis indicaram que os procedimentos de extração da proteína total foram eficientes e preservaram a estrutura metal-proteína. A maior detecção (56%) qualitativa de cálcio por SR-XRF nos spots proteicos de animais com carne macia é um indicativo da ocorrência da atividade proteolítica no tecido muscular durante o período post mortem. A 2D-PAGE foi eficiente no fracionamento das proteínas presentes em amostras de tecido muscular (Longissimus dorsi). As correlações obtidas nas repetições dos géis indicaram que os procedimentos de extração da proteína total foram eficientes e preservaram a estrutura metal-proteína / The present article describes a metalloproteomics study of bovine muscle tissue with different grades of meat tenderness from animals of the Nellore breed (Bos indicus) based on protein separation by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE), the identification of calcium ions in protein spots by Synchrotron Radiation X-ray Fluorescence (SR-XRF) and the characterization of proteins by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS). The meat from the animals selected to form the Te group (tender meat) expressed shear force (SF) values ranging from 3.39 to 3.98 kg, and the meat from the animals selected for the To group (tough meat) expressed values ranging from SF 7.11 to 7.45 kg. A third group (P) of Piedmontese animals (Bos taurus) was included as a comparative model for the level of meat tenderness. The mean number of protein spots found in the gel replicates of the Te, To and P groups were 186 ± 20, 146.5 ± 16.5 and 175 ± 15, respectively. The correlations found in the gel replicates indicated that the total protein extraction procedures were efficient and preserved the metal-protein structure. The higher qualitative detection of calcium (56%) by SR-XRF in the protein spots of animals with tender meat was indicative of the occurrence of proteolytic activity in the muscle tissue during the post mortem period. The 2D-PAGE was efficient fractionation of proteins present in muscle tissue samples (Longissimus dorsi). The correlations obtained in repetitions of the gels indicated that the procedures for extraction of total protein were efficient and preserved the structure metal-protein

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A troponina C é o componente do complexo heterotrimérico troponina ao qual o Ca2+ se associa. Essa associação torna a contração muscular um processo regulado por Ca2+. Pearlstone et al. (Biochemistry 31, 6545, (1992)) utilizaram o cDNA da troponina C de músculo esquelético de galinha (sTnC) para construir um mutante onde a fenilalanina da posição 29 foi substituída por triptofano (mutante F29W). Esse mutante permitiu que a ligação de Ca2+ aos sítios regulatórios amino terminais fosse acompanhada através de técnicas fluorescentes. Entretanto, algumas propriedades da sTnC foram alteradas pela mutação (Li et al. (1995) Biochemistry 34, 8330). No presente estudo, ensaios de ligação direta de Ca2+ bem como titulações de Ca2+ seguidas por fluorescência foram usadas para melhor se entenderem os efeitos da mutação Phe→Trp na posição 29 bem como a influência de certos aminoácidos componentes do sítio de ligação de Ca2+ nas propriedades do domínio regulatório. Dois novos mutantes foram construídos nos quais os análogos do triptofano 5-hidroxitriptofano ou 7 -azatriptofano foram introduzidos na posição 29 (resultando nos mutantes F29HW e F29ZW, respectivamente). Os dados mostraram que, quando comparada com a sTnC, a afinidade por Ca2+ dos sítios amino terminais foi elevada na F29W em aproximadamente seis vezes, três vezes na F29ZW e levemente diminuída na F29HW . A curva de fluorescência associada à ligação de Ca2+ à F29ZW mostrou-se bimodal, com cada fase podendo ser relacionada à ligação de Ca2+ a cada um dos sítios regulatórios. Esta é a primeira descrição através de técnicas de fluorescência da ligação sequencial de Ca2+ aos sítios amino terminais. Para investigar a influência de cada um dos sítios amino terminais nas propriedades de ligação ao Ca2+ ou propriedades fluorescentes da sTnC, F29W, F29HW e F29ZW , construímos mutantes duplos e triplos através da substituição do aspartato da posição 30 ou 66 (ou ambos) por alanina. Essas mutações afetam respectivamente a capacidade de ligação ao Ca2+ dos sítios I e II. Os dados mostraram que: 1) nas concentrações de Ca2+ analisadas, a mutação Asp→Ala na posição 30 impede somente a ligação de Ca2+ ao sítio I, enquanto a mutação Asp → Ala na posição 66 impede a ligação de Ca2+ aos sítios I e II, e 2) a mutação Asp → Ala na posição 30 torna silenciosa a substituição da fenilalanina da posição 29 por Trp, 5-hidroxitriptofano ou 7-azatriptofano. Concluímos que o sítio I é essencialmente inativo sem a ligação prévia de Ca2+ ao sítio II e que a posição 29 influencia a afinidade ao Ca2+ do sítio I \"ajustado\". / Troponin C is the Ca2+ binding component of heterotrimeric troponin. It makes skeletal muscle contraction a Ca2+ regulated process. We have previously used the cDNA of chicken skeletal TnC (sTnC) to construct a mutant where phenylalanine at position 29 was replaced by tryptophan (F29W mutant) [Pearlstone et al. (1992) Biochemistry 31, 6545]. This mutant allowed calcium binding to the regulatory amino terminal sites to be followed through fluorescence techniques, but altered some properties of sTnC [Li et al. (1995) Biochemistry 34, 8330]. In the present study, direct calcium binding assays and fluorescence followed calcium titrations were used to better understand the effects of the Phe→Trp mutation at position 29 as well as the influence of each amino site on the calcium binding properties of the regulatory domain. Two new mutants were constructed in which the tryptophan analogs 5-hydroxytryptophan or 7-azatryptophan were introduced at position 29 (resulting in F29HW and F29ZW mutants, respectively). The data showed that when compared to sTnC, the Ca2+ affinity of amino sites was increased sixfold in F29W, nearly threefold in F29ZW and slightly decreased in F29HW. The F29ZW fluorescence followed Ca2+ titration displayed a bimodal curve that could be related to Ca2+ binding to each of the amino sites. This is the first report of fluorescence detection of the sequential Ca2+ binding to the regulatory sites. To investigate the influence of each amino site in the calcium binding or fluorescence properties of sTnC, F29W, F29HW and F29ZW, we have constructed double and triple mutants by replacing aspartate at position 30 or 66 (or both) by alanine. These mutations affect respectively the binding capacity of sites I and II. The data showed that: 1) in the calcium concentration range analyzed, the Asp→Ala mutation at position 30 impairs calcium binding to site I on1y, while Asp→Ala mutation at position 66 impairs calcium binding to both sites I and II, and 2) the Asp→Ala mutation at position 30 makes silent the replacement of Phe at position 29 by Trp, 5-hydroxytryptophan or 7-azatryptophan. We conclude that site I is essentially defunct without previous binding to site II and that position 29 influences the affinity of this adjusted site I.

Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2004. / Vita. Bibliography: 149-163