Orientador : Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-14T03:36:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baptistella_LuciaHelenaBrito_D.pdf: 19795784 bytes, checksum: 54aa81c70d982e272dcc67c9acc09059 (MD5) Previous issue date: 1987 / Doutorado

O desenvolvimento de técnicas complementares a métodos experimentais clássicos, tais como a cristalografia de raios-X e a ressonância magnética nuclear (RMN), capazes de descrever e prever a diversidade estrutural e conformacional de carboidratos e glicoconjugados, consiste em um potencial impacto no entendimento dos processos biológicos em que estas moléculas estão envolvidas. Neste sentido, o presente trabalho tem por objetivo: 1) a validação de um conjunto de parâmetros, desenvolvidos no nosso grupo de pesquisas, na reprodução de dados de RMN descrevendo a conformação de uma série de glicoproteínas em solução aquosa, e 2) a avaliação do emprego de geometrias de dissacarídeos em solução como modelo para a construção de glicanas complexas, na ausência de dados experimentais. Através do emprego de técnicas de modelagem molecular como cálculos ab initio, construção de mapas de contorno para dissacarídeos e simulações de dinâmica molecular (DM) em escalas de tempo de até 0.1 ms, os resultados obtidos confirmam a adequação dos parâmetros gerados na descrição da conformação de carboidratos e glicoproteínas. Adicionalmente, sugerem que o emprego de populações de confôrmeros de dissacarídos em solução, obtidos através de simulações de DM, constitui-se em uma estratégia promissora na obtenção de modelos de glicanas condizentes com condições biológicas. Esperamos, a partir destas observações, que os resultados obtidos na presente dissertação possam contribuir no crescimento do número de trabalhos de DM abordando carboidratos e glicoproteínas biológicas e, assim, no crescimento do entendimento de processos biológicos nos quais estas biomoléculas estejam envolvidas. / The development of novel techniques, capable of describing and predicting the structural and conformational diversity of carbohydrates and glycoconjugates, in complement to experimental methods as X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR), might bring a potential impact in the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved. In this context, this work aims to: 1) validate a set of parameters, developed by our research group, to reproduce NMR data describing the conformation of a series of glycoproteins in aqueous solutions; and 2) evaluate the use of solution geometries of disaccharides to assemble complex glycans, in the absence of experimental data. Employing molecular modelling techniques as ab initio calculations, construction of energy contour plots for disaccharides and molecular dynamics (MD) simulations with time scales up to 0.1 ms, the obtained results confirm the adequacy of the studied parameters to describe the conformation of carbohydrates and glycoproteins. Additionaly, such data suggest that the use of solution conformations of disaccharides, as obtained through MD simulations, consists in a promissing strategy to obtain glycans representation in accordance to biological conditions. We expect, with such observations, that the obtained results contribute to increase the number of works employing MD simulations of biological carbohydrates and glycoproteins and, thus, to raise the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved.

Orientadora : Maria Gisele dos Santos / Dissertaçao (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçao em Educaçao Física. Defesa: Curitiba, 2004 / Inclui bibliografia e anexos / Área de concentraçao: Exercício e esporte

O desenvolvimento de técnicas complementares a métodos experimentais clássicos, tais como a cristalografia de raios-X e a ressonância magnética nuclear (RMN), capazes de descrever e prever a diversidade estrutural e conformacional de carboidratos e glicoconjugados, consiste em um potencial impacto no entendimento dos processos biológicos em que estas moléculas estão envolvidas. Neste sentido, o presente trabalho tem por objetivo: 1) a validação de um conjunto de parâmetros, desenvolvidos no nosso grupo de pesquisas, na reprodução de dados de RMN descrevendo a conformação de uma série de glicoproteínas em solução aquosa, e 2) a avaliação do emprego de geometrias de dissacarídeos em solução como modelo para a construção de glicanas complexas, na ausência de dados experimentais. Através do emprego de técnicas de modelagem molecular como cálculos ab initio, construção de mapas de contorno para dissacarídeos e simulações de dinâmica molecular (DM) em escalas de tempo de até 0.1 ms, os resultados obtidos confirmam a adequação dos parâmetros gerados na descrição da conformação de carboidratos e glicoproteínas. Adicionalmente, sugerem que o emprego de populações de confôrmeros de dissacarídos em solução, obtidos através de simulações de DM, constitui-se em uma estratégia promissora na obtenção de modelos de glicanas condizentes com condições biológicas. Esperamos, a partir destas observações, que os resultados obtidos na presente dissertação possam contribuir no crescimento do número de trabalhos de DM abordando carboidratos e glicoproteínas biológicas e, assim, no crescimento do entendimento de processos biológicos nos quais estas biomoléculas estejam envolvidas. / The development of novel techniques, capable of describing and predicting the structural and conformational diversity of carbohydrates and glycoconjugates, in complement to experimental methods as X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR), might bring a potential impact in the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved. In this context, this work aims to: 1) validate a set of parameters, developed by our research group, to reproduce NMR data describing the conformation of a series of glycoproteins in aqueous solutions; and 2) evaluate the use of solution geometries of disaccharides to assemble complex glycans, in the absence of experimental data. Employing molecular modelling techniques as ab initio calculations, construction of energy contour plots for disaccharides and molecular dynamics (MD) simulations with time scales up to 0.1 ms, the obtained results confirm the adequacy of the studied parameters to describe the conformation of carbohydrates and glycoproteins. Additionaly, such data suggest that the use of solution conformations of disaccharides, as obtained through MD simulations, consists in a promissing strategy to obtain glycans representation in accordance to biological conditions. We expect, with such observations, that the obtained results contribute to increase the number of works employing MD simulations of biological carbohydrates and glycoproteins and, thus, to raise the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved.

O desenvolvimento de técnicas complementares a métodos experimentais clássicos, tais como a cristalografia de raios-X e a ressonância magnética nuclear (RMN), capazes de descrever e prever a diversidade estrutural e conformacional de carboidratos e glicoconjugados, consiste em um potencial impacto no entendimento dos processos biológicos em que estas moléculas estão envolvidas. Neste sentido, o presente trabalho tem por objetivo: 1) a validação de um conjunto de parâmetros, desenvolvidos no nosso grupo de pesquisas, na reprodução de dados de RMN descrevendo a conformação de uma série de glicoproteínas em solução aquosa, e 2) a avaliação do emprego de geometrias de dissacarídeos em solução como modelo para a construção de glicanas complexas, na ausência de dados experimentais. Através do emprego de técnicas de modelagem molecular como cálculos ab initio, construção de mapas de contorno para dissacarídeos e simulações de dinâmica molecular (DM) em escalas de tempo de até 0.1 ms, os resultados obtidos confirmam a adequação dos parâmetros gerados na descrição da conformação de carboidratos e glicoproteínas. Adicionalmente, sugerem que o emprego de populações de confôrmeros de dissacarídos em solução, obtidos através de simulações de DM, constitui-se em uma estratégia promissora na obtenção de modelos de glicanas condizentes com condições biológicas. Esperamos, a partir destas observações, que os resultados obtidos na presente dissertação possam contribuir no crescimento do número de trabalhos de DM abordando carboidratos e glicoproteínas biológicas e, assim, no crescimento do entendimento de processos biológicos nos quais estas biomoléculas estejam envolvidas. / The development of novel techniques, capable of describing and predicting the structural and conformational diversity of carbohydrates and glycoconjugates, in complement to experimental methods as X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR), might bring a potential impact in the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved. In this context, this work aims to: 1) validate a set of parameters, developed by our research group, to reproduce NMR data describing the conformation of a series of glycoproteins in aqueous solutions; and 2) evaluate the use of solution geometries of disaccharides to assemble complex glycans, in the absence of experimental data. Employing molecular modelling techniques as ab initio calculations, construction of energy contour plots for disaccharides and molecular dynamics (MD) simulations with time scales up to 0.1 ms, the obtained results confirm the adequacy of the studied parameters to describe the conformation of carbohydrates and glycoproteins. Additionaly, such data suggest that the use of solution conformations of disaccharides, as obtained through MD simulations, consists in a promissing strategy to obtain glycans representation in accordance to biological conditions. We expect, with such observations, that the obtained results contribute to increase the number of works employing MD simulations of biological carbohydrates and glycoproteins and, thus, to raise the comprehension of the biological processes in which such molecules are involved.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:52:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4530_1.pdf: 1054201 bytes, checksum: c7f147e6b1005ac6280b50c21e15fdd8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Este trabalho foi realizado com o objetivo de comparar e estudar a produção fermentativa e a enzimática de fruto-oligossacarídeos, bem como estudar formas de biosseparação das frações leves de levana. No estudo da produção de FOS por fermentação, foram testadas temperaturas de 30, 35 e 40ºC, parâmetro de forte influência no tamanho das cadeias formadas. Para a produção enzimática, a levanassacarase foi submetida a diferentes condições de temperatura, de pH e de concentração de sacarose. A purificação das frações leves de levana, tanto pelo método clássico de adição de um não-solvente quanto por partição em três fases, foi estudada. Os resultados obtidos mostraram que a melhor temperatura para a produção de FOS por via fermentativa e mais favorável à atividade de transfrutosilação da levanassacarase é de 40ºC, dentre as testadas. Nos processos fermentativos, a temperaturas que favorecem a produção de oligossacarídeos são contrárias às que favorecem a produção de levana. A construção de diagramas ternários para os sistemas água / fração de levana / etanol mostrou que as curvas de solubilidade das referidas frações neste sistema apresentaram-se diferentes do esperado. No entanto, evidenciou-se a eficiência do método, uma vez que pode ser aplicado em soluções bastante diluídas de frações leves de levana. Nos sistemas de partição em três fases testados para a recuperação da levana total e das frações leves da levana hidrolisada, os rendimentos foram muito baixos. O melhor rendimento obtido foi para a fração 90, da qual se recuperou uma porção de 27% do total do carboidrato. É possível que este rendimento possa ser elevado após um estudo de otimização do método

Orientador: Raquel Marques Braga / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-27T02:23:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Valle_MarceloSiqueira_M.pdf: 5329915 bytes, checksum: b712d6e2e3e5c9801739baed9efb69d6 (MD5) Previous issue date: 2000 / Mestrado

Orientador: Yong Kun Park / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-02T01:58:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Passos_LucianaMariaLiboni_D.pdf: 22421623 bytes, checksum: e98e183502d09b07df170798fe1542d8 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: o yacon é uma raiz andina, rica em frutooligossacarídeos, e de fácil cultivo. Além da presença de grande quantidade de açúcares, há evidências da presença de enzimas do tipo beta-frutofuranosidases, como invertases, em seu metabolismo. Raízes de yacon (Smallanthus sonchifolia) foram colhidas e armazenadas em diferentes condições. Foram acompanhados o conteúdo de carboidratos e a atividade enzimática de invertases destas raízes. Em termos de carboidratos as maiores mudanças observadas, nas raízes de yacon, foram no conteúdo de frutose e 1-kestose. A atividade enzimática variou bastante durante os diferentes armazenamentos, sendo a atividade máxima de invertase obtida após 15 dias de armazenamento a 4°C. As concentrações dos açúcares variaram bastante, sendo que os açúcares que se encontraram em maiores concentrações foram frutose e 1-kestose. As concentrações dos açúcares como um todo aumentaram durante os diferentes armazenamentos. Enzimas do tipo beta-frutofuranosidase foram extraídas de yacon. A otimização da extração foi realizada utilizando diferentes tampões, com diferentes valores de pH, e com diferentes tipos de fracionamento de proteínas. O extrato enzimático de yacon apresentou invertase com pH ótimo igual a 5,5 e temperatura ótima igual a 40° C, e valores Km e Vmáx, para substrato sacarose, iguais a 0,0258M e O,1265 umol/mL/mim, respectivamente. O extrato apresentou atividade de invertase detectada por açúcares redutores resultantes da reação enzimática. As enzimas apresentaram estabilidade a valores de pH entre 5,0 e 5,5, e estabilidade à temperatura entre 25° C e 40° C. As invertases de yacon extraídas foram semipurificadas e caracterizadas. O perfil cromatográfico e SDS-PAGE indicaram a presença de isoformas na fração final da purificação enzimática, bem como o seu comportamento com relação a temperatura e pH. O pH ótimo de atuação da invertase semipurificada foi de 5,5, e a temperatura ótima de atuação foi a 60° C. O peso molecular da invertase foi estimado em 68 KDa por eletroforese SDS-PAGE e filtração em gel Sephacril S200. A enzima apresentou baixa estabilidade ao pH, e estabilidade a temperatura somente entre 35° C e 40° C. / Abstract: Yacon is an Andean root, rich in fructooligosaccharides, and easy to grow. It contains great amount of sugars, and evidence of the presence of enzymes of the beta-fructofuranosidase type, such as invertases, in its metabolism. Yacon (Smallanthus sonchifolia) roots were harvested and stored under different conditions. The sugar contents and invertase activity of these roots were followed. The greatest changes in the sugar contents occurred with fructose and 1-kestose. The enzymatic activity varied with the different storage conditions, and the maximum activity was after 15 days storage at 4°C. The sugar concentrations varied a lot, and the highest sugar concentrations were found for fructose and 1-kestose. All the sugar concentrations increased during the different storage conditions and times. Enzymes of the type p-fructofuranosidase were extracted from yacon. The extraction optimization was accomplished using different buffers, different pH values and different types of protein precipitation. The enzymatic extract was biochemically characterized, showing an optimum pH of 5.5, optimum temperature of 40° C and the following kinetic parameters: Km= 0.0258 and Vmax = 0.1265. The extract presented invertase activity, detected by the production of reducing sugars from the enzyme reaction. The enzymes showed pH stability between 5,0 and 5,5, and temperature stability between 25° C and 40° C. The yacon invertases were semipurified and characterized. The chromatographic profile and SDS-PAGE indicated the presence of isoforms in the final fraction of the purification, as well as its behavior with respect to temperature and pH. The optimum pH of the semipurified invertase was 5.5 and the optimum temperature was 60° C. The molecular weight of the invertase was 68 Kda, determined by eletroforese SDS/PAGE and gel filtration in Sephacril S-200. The enzyme presented low stability to pH, and temperature stability only between 30° C and 40° C. / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

O consumidor exige pêssegos de bom tamanho e boa coloração para consumo"in natura". Estas características de qualidade são resultantes de fatores climáticos, edáficos e das práticas culturais que atuam sobre o produto, além do manejo de pós-colheita. Considerando que a precocidade de maturação vem sendo o principal fator de sucesso econômico ao persicultor paulista, há uma demanda muito grande por novas técnicas de manejo que melhorem a qualidade dos frutos. Várias estratégias visando o aumento de produtividade das plantas e melhoria da qualidade dos frutos são pesquisadas, desde o plantio até a colheita, porém todas elas baseiam-se direta ou indiretamente, do aproveitamento das reservas e das relações entre a demanda de sólidos solúveis e os tecidos de reserva e/ou órgãos produtores de carboidratos. O trabalho conduzido em um pomar experimental, localizado na Escola Superior de Agricultura"Luiz de Queiroz", em Piracicaba, teve por objetivo estudar os teores de carboidratos solúveis totais, açúcares redutores e carboidratos livres (sacarose) em pessegueiros cultivar 'Ouromel-2', submetidos a dois tipos de poda, poda verde leve e poda verde de renovação. O delineamento experimental utilizado foi o de parcelas subdivididas, com blocos inteiramente casualizados. Cada bloco era constituído de duas parcelas com três repetições cada. Por ocasião da instalação do experimento, as plantas encontravam-se com cinco anos de idade, instaladas no espaçamento 6,0 x 4,0 m2 (417 plantas/ha) e conduzidas no sistema de vaso aberto. As podas foram realizadas logo após a colheita, no final de setembro de 1998, quando da ocasião da instalação do experimento. Foram coletadas amostras de raiz e de ramos, que foram trituradas, secas em estufa, moídas e submetidas a análises de laboratório. Verificou-se os teores de carboidratos solúveis totais, açúcares redutores e carboidratos translocáveis (sacarose) na copa e na raiz das plantas de pessegueiro. Os resultados mostraram que o teor de carboidratos variou de acordo com a época dentro do ciclo da planta. Também mostraram que os tipos de poda interferiram nos teores de carboidratos no sistema radicular, porém não interferiram na copa. Os tipos de poda interferiram na produção do pessegueiro / not available

Neste estudo visamos analisar as formas de contribuição da utilização da metodologia de Estudos de Caso para o desenvolvimento profissional dos estudantes dos cursos de Química Licenciatura e Bacharelado da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Neste sentido, foram elaborados Casos sobre a Química dos Carboidratos para serem resolvidos pelos estudantes que cursaram a disciplina de Química Orgânica de Biomoléculas no segundo semestre de 2015, a fim de analisar a viabilidade do desenvolvimento de conteúdos conceituais, procedimentais e atitudinais inerentes aos futuros profissionais da Química. A fundamentação teórica da investigação quanto à metodologia de ensino Estudos de Caso foi pautada no aporte teórico de pesquisadores como Salete Linhares Queiroz, Luciana Passos Sá e Clyde Feeman Herreid, assim como de David L. Nelson e Michael M. Cox quanto aos carboidratos. Esta pesquisa tem natureza qualitativa e trata-se de um Estudo de Caso. Para a coleta de dados utilizamos o Diário de Campo onde foram registrados os acontecimentos ao longo das atividades desenvolvidas, para tal nos valemos da Observação Participante, as atividades também foram gravadas em áudio. A fim de compreender a percepção dos estudantes sobre as atividades, utilizamos questionários com questões abertas e do tipo likert. Os relatórios elaborados pelos estudantes sobre a resolução dos casos nos forneceram dados sobre suas compreensões acerca do tema carboidratos. Para a análise dos dados obtidos utilizamos as orientações de Bogdan e Biklen para a elaboração de categorias de codificação, estas categorias foram elaboradas de acordo com os objetivos específicos da pesquisa. De acordo com a análise dos dados, a metodologia de ensino contribuiu para o desenvolvimento de conhecimentos relacionados aos conteúdos conceituais de carboidratos, conteúdos procedimentais como a argumentação oral e escrita, e conteúdos atitudinais como o espírito investigativo. Detectamos dificuldades quanto à execução das atividades por parte dos estudantes, como na organização das apresentações, na tomada de decisão e no trabalho em grupo. Dessa forma, propomos algumas mudanças na sequência didática utilizada para possibilitar a participação mais efetiva dos estudantes e o estudo dos carboidratos em um nível de aprofundamento conceitual maior. Acreditamos que a utilização dos Estudos de Caso com maior frequência, no seu processo formativo, pode possibilitar o amadurecimento dos estudantes em relação à importância dos conhecimentos de áreas afins da química e do desenvolvimento de habilidades como trabalhar em grupo, tomar decisões e resolver problemas. / In this study we aimed to analyze the contribution by the use of teaching methodology of Case Study for the professional development of the students of the of the Undergraduate Education and Bachelor chemistry students from the Federal University of Rio Grande do Sul. In this sense, Cases were elaborated about the Chemistry of Carbohydrates for to be solved by the students who studied the discipline of Organic Chemistry of Biomolecules in the second half of 2015, in order to analyze the feasibility of developing conceptual, procedural and attitudinal contents inherent to future chemistry professionals. The teaching methodology Case Studies was based on the theoretical contribution of researchers such as Salete Linhares Queiroz, Luciana Passos Sá and Clyde Feeman Herreid, as well as David L. Nelson and Michael M. Cox regarding carbohydrates. This research is a qualitative nature and it is a Case Study. For the data collection we used the Field Diary where the events were recorded along the activities developed, for that we use Participant Observation, the activities were also recorded in audio. In order to understand the students' perceptions about the activities, we used questionnaires with open questions and likert type. Student reports on case resolution provided us with insights into their understanding about carbohydrates. For the analysis of the obtained data, we used the Bogdan and Biklen guidelines for the elaboration of coding categories, these categories were elaborated according to the specific objectives of the research. According to the data analysis, the teaching methodology contributed to the development of knowledge related to the conceptual contents of the carbohydrates, procedural contents as oral and written argumentation, and attitudinal contents as the investigative spirit. We found difficulties in the execution of activities by students, such as the organization of presentations, decision making and group work. We propose some changes in the didactic sequence used to allow more effective participation of the students and the conceptual deepening study of carbohydrates. We believe that the use of Case Studies more frequently in the formation process can enable the students to mature in relation to the importance of knowledge in related areas the chemistry and in the development of skills such as group work, decision making and problem solving.