Titre de l'écran-titre (visionné le 15 mai 2023) / La métagénomique virale a permis l'identification de milliers de nouvelles séquences de phages dans une variété d'écosystèmes. Leur caractérisation est limitée par leur grande diversité, puisque la majorité des nouvelles séquences virales ne ressemble à aucun phage connu et répertorié. Pour faire face à ce défi, de nouveaux outils de la bio-informatique doivent être développés permettant de mieux comprendre les interactions phages-bactéries et ainsi élucider le rôle des phages dans leur écosystème. Une approche pour étudier les interactions phages-bactéries repose sur l'exploitation des systèmes CRISPR-Cas. Chez les bactéries et les archées, ces systèmes servent de mécanismes de défense contre le matériel génétique envahisseur comme le génome des phages. Grâce à de courtes séquences appelées espaceurs, incorporées dans leur locus CRISPR, les bactéries qui portent ce système peuvent reconnaître rapidement un génome de phage, le couper et ainsi bloquer l'infection. Les espaceurs sont archivés et continuent d'être ajoutés au fil des infections, rendant le locus CRISPR très dynamique. Pour les analyses bio-informatiques, les espaceurs ont plusieurs utilités, notamment pour le typage de souches bactériennes et pour la prédiction des hôtes bactériens de séquences virales. Cependant, les quelques outils existants ont été développés avant l'accélération massive dans la découverte de nouvelles séquences de phages offerte par la métagénomique virale. Ainsi, beaucoup de travail répétitif, manuel et non standardisé était requis pour utiliser les espaceurs CRISPR dans le contexte d'études de métagénomique. Les deux premiers chapitres de cette thèse sont dédiés au développement d'outils bio-informatiques exploitant les loci CRISPR. Dans un premier temps, le logiciel CRISPRStudio a été développé pour automatiser la création de figures représentant les loci CRISPR. Ce logiciel offre une grande polyvalence, tout en accélérant la production de figures. Dans un deuxième temps, un second logiciel a été créé pour prédire les hôtes bactériens des phages. Celui-ci s'appuie sur une base de données d'espaceurs de plus de 11 millions de séquences et d'une série de critères fondés sur la biologie des systèmes CRISPR-Cas pour sélectionner l'hôte bactérien le plus probable d'un phage. Cet outil a permis d'améliorer les performances, la standardisation et la facilité d'utilisation des approches de prédiction de l'hôte utilisant les espaceurs CRISPR. Puis, les deux outils ont été mis à profit dans le troisième chapitre pour l'étude spécifique des interactions phages-bactéries entre Escherichia coli et ses phages, dans le contexte du microbiote intestinal. La caractérisation des loci CRISPR a permis d'élucider le rôle probable du système CRISPR-Cas chez cette espèce, soit un mécanisme anti-prophages. À ma connaissance, il s'agit également de la première étude identifiant une aussi grande proportion des cibles des espaceurs, en trouvant l'origine de 60 % des proto-espaceurs. / Viral metagenomics has allowed the identification of thousands of new phage sequences in various ecosystems. Yet, their characterization is still limited by their great diversity, as the majority of new viral sequences resembles no known phages in reference databases. To tackle this challenge, new bioinformatic tools are needed to better understand phage-bacteria interactions and to elucidate the role of phages in their ecosystem. One approach to study phage-bacteria interactions consists in taking advantage of CRISPR-Cas systems. In bacteria and archaea, these systems act as defense mechanisms against invading genetic material, such as phage genomes. Thanks to short sequences called spacers incorporated in their CRISPR locus, bacteria that carry this system can rapidly recognize a phage genome and block its infection, analogous to an adaptive immune system. Spacers are archived and continue to be added upon phage infection, which makes the CRISPR locus highly dynamic. In bioinformatics analyses, spacers can be utilized to perform strain typing and to predict the bacterial hosts of phages. However, the few existing tools were developed before the metagenomics era and the massive discovery of new phage sequences. Thus, exploiting CRISPR loci for viral metagenomics projects requires repetitive, manual, and non-standardized work. The first two chapters of this thesis are dedicated to developing bioinformatics tools exploiting CRISPR loci. First, a software was developed to automatize the creation of figures representing CRISPR loci. CRISPRStudio offers versatility, is user-friendly and accelerates the figure production. Second, another software was created to predict the bacterial hosts of phages. It relies on a spacer database containing more than 11 million sequences and on a set of criteria inspired by CRISPR-Cas biology to select the most likely bacterial host for a phage genome. This tool improved the performances, the standardization, and the ease of use of host prediction approaches using CRISPR spacers. In the third chapter, the two tools were used to specifically study phage-bacteria interactions between Escherichia coli and its phages, present in the gut microbiota. CRISPR characterization allowed us to uncover the probable role of the CRISPR-Cas system in this species, being an anti-prophage mechanism. To my knowledge, this is the first study that identified a large proportion of spacer targets, by finding the origin of 60% of the protospacers.

L'infirmière-chef (IC) et l'infirmière clinicienne spécialisée (ICS) ont un rôle à jouer sur le plan de la qualité de soins. À l'aide de la théorie d'adaptation de Roy (2009) et du Nursing role effectiveness model d'Irvine, Sidani et McGillis Hall (1998) inspiré de la conception de Donabedian (1966), une étude de cas multiples a permis d'identifier les éléments de complémentarité et les facteurs qui facilitent et contraignent la complémentarité des rôles de l'IC et de l'ICS sur le plan de la qualité des soins. Trois études de cas ont été réalisées : un centre hospitalier (cas 1) où les éléments de processus, structure et résultats (Donabedian, 1966) qui influencent la complémentarité des rôles de l'IC et de l'ICS ont été examinés et deux dyades IC-ICS (cas 2 et 3) oeuvrant sur deux unités de soins pouvant être situées dans deux unités de soins de deux hôpitaux d'un même centre hospitalier. Les données sont issues de neuf entrevues individuelles (n=9), deux groupes de discussion (n=8), deux périodes d'observation et une consultation de documents officiels. Les résultats suggèrent que l'IC et l'ICS sont complémentaires pour réaliser des activités demandées par la structure organisationnelle visant des soins de qualité (l'analyse des incidents et accidents, la planification des besoins de formation et la mise en oeuvre d'un projet clinique). Pour la complémentarité de leur rôle, l'expertise clinique de l'ICS et de l'IC et leur proximité sont facilitantes, mais les multiples dossiers sont contraignants.

Cette étude rétrospective des dossiers dentaires des patients traités par les résidents en parodontie de l’Université Laval a pour but d’évaluer l’évolution des profondeurs des poches parodontales à la suite de la thérapie initiale, suivie d'un lambeau positionné apicalement avec résection osseuse. Ce sont 127 dossiers dentaires qui ont été sélectionnés, totalisant 830 dents à l’examen parodontal initial. Les molaires inférieures sont celles avec les profondeurs des poches les plus élevées, suivies des molaires supérieures. Les prémolaires et les antérieures démontrent une évolution similaire dans le temps. Les poches parodontales initiales de 1 à 3 mm ont une augmentation de la profondeur des poches de 0,36 mm à la suite de la thérapie initiale et une diminution de 0,3 mm à la suite de la thérapie chirurgicale. Pour les poches de 4 à 6 mm et ≥ 7 mm, il y a une diminution de la profondeur des poches à la suite de la thérapie initiale de 0,75 mm et 2,21 mm, respectivement et après la phase chirurgicale une diminution de 1,15 mm et 1,9 mm, respectivement. Les mesures prises au niveau des surfaces interproximales sont celles possédant les profondeurs initiales les plus élevées et diminuent dans le temps d’une manière assez similaire. Les hommes ont tendance à avoir des profondeurs des poches initiales légèrement plus importantes, mais qui diminuent dans le temps pour rejoindre celle des femmes. Les fumeurs, les anciens fumeurs et les non-fumeurs répondent de la même manière aux traitements. Les instructions d’hygiène permettent de diminuer la quantité de plaque dentaire. Cette étude a trouvé qu’il n’est pas pertinent d’envisager une thérapie chirurgicale pour les profondeurs des poches de moins de 4 mm. Selon le jugement du praticien, un traitement chirurgical est suggéré à partir d’une profondeur des poches de 5 mm. / This retrospective study of dental records from patients treated by Université Laval’s periodontal residents aimed to measure the evolution of periodontal pocket depths following initial treatment and periodontal pocket reduction surgery. 127 dental records were sampled, totalizing 830 teeth at initial periodontal examination. Lower molars had the deepest pockets, followed by upper molars. Premolars and anterior teeth showed a similar evolution across time. Initial periodontal pockets measuring 1 to 3 mm had an increased depth of 0,36 mm following initial treatment and a decreased depth of 0,3 mm following surgical treatment. Pockets measuring 4 to 6 mm and ≥ 7 mm had a decreased depth of respectively 0,75 mm and 2,21 mm following initial treatment. After the surgical phase, that decrease was respectively of 1,15 mm and 1,9 mm. Measures taken at interproximal surfaces had the highest initial pocket depths and decreased across time in a similar way. Men tended to have a more significant depth for initial pockets, which decreased across time to reach that of women. Smokers, ex-smokers and non-smokers responded the same way to treatments. Hygiene instructions helped reducing dental plaque. This study found that surgical treatment is not relevant for pocket depths measuring less than 4 mm. According to the practitioner’s clinical judgment, surgical treatment is recommended for pocket depths measuring 5 mm and more

Die Form der Kettenlinie lädt dazu ein, diese als eine Kerbgeometrie zu nutzen. Eine rechtwinklige Aussparung soll im CAD so aufgefüllt werden, dass dies der Kontur der Kettenlinie entspricht. In dem Vortrag wird gezeigt, wie mittels elementarer Elemente der Ingenieurmathematik und der Nutzung von Mathcad die Kettenlinie als eine Kurve mit festem Laufparameter und einem Formparameter dargestellt werden kann. Die Nutzung der Kettenlinie als Kerbgeometrie und die Bestimmung des optimalen Formparameters mittels einer Sensitivitätsanalyse, beschreibt Herr Dr. Jakel im Beitrag "Using a Catenary Equation in Parametric Representation for Minimizing Stress Concentrations at Notches"

Les objectifs de la recherche étaient de décrire prospectivement les comportements de prescriptions des médecins spécialistes en soins palliatifs suivant un delirium diagnostiqué chez les patients atteints de cancer avancé et d'évaluer la conformité de ces médecins aux recommandations pharmacologiques pour le traitement du delirium. Les antipsychotiques, les benzodiazepines, les corticostéroïdes et les opioïdes sont les classes thérapeutiques qui ont été retenues et analysées. L'effectif réel de patients recrutés (n = 9) étant inférieur à celui estimé (n = 150), seule une étude de cas a permis de documenter les traitements employés suivant la confirmation d'un diagnostic de delirium. En revanche, l'élaboration d'une étude rétrospective a permis de démontrer que les médecins optaient pour l'usage de faibles doses d'antipsychotiques suivant un diagnostic de delirium. L'utilisation des trois autres classes thérapeutiques demeure incertaine. Seul l'emploi des antipsychotiques a pu être comparé aux recommandations ; les médecins s'y sont conformés.

Au site minier Goldex d'Agnico Eagle, un parc à résidus a été construit au début du projet minier en 2007. Le parc à résidus, qui jusqu'à présent a été utilisé comme parc à résidus secondaire, sera à l'avenir utilisé comme parc à résidus principal. La compagnie minière souhaite donc améliorer ses connaissances du contexte hydrogéologique actuel du site afin d'assurer la protection des eaux souterraines lors des futures opérations minières. Des nouveaux travaux sur le terrain comprenant l'implantation de nouveaux piézomètres, des tests de perméabilité in situ, des tests au perméamètre de Guelph, des essais granulométriques et un levé de résistivité électrique ont été effectués. Un modèle 2D a été développé à l'aide du logiciel SEEP/W et a d'abord été calibré en régime permanent pour les données d'été et d'automne. Le modèle 2D a ensuite été recalibré en régime transitoire en utilisant des conditions climatiques réelles. Pendant la calibration, il était difficile de reproduire les niveaux d'eau élevés dans les résidus près des digues. Les analyses de sensibilité ont mis en évidence l'importance des conductivités hydrauliques des résidus et des matériaux naturels ainsi que les propriétés de la courbe de rétention d'eau des résidus. Ces paramètres pourraient être des cibles pour la caractérisation future du site. Un modèle 3D développé à l'aide du code FEFLOW a montré, qu'avec les conditions imposées, la majeure partie de l'eau circulant dans les résidus refait surface au pied de la digue du bassin de sédimentation. Cependant, il est important de considérer que l'eau provenant des résidus et les futurs contaminants potentiels devraient se déplacer plus rapidement via les divers étangs de surface et le drainage de surface que par l'écoulement souterrain. Les zones critiques et sensibles du modèle ont également été identifiées. / At Agnico Eagle's Goldex mine site, a tailings facility was constructed at the start of the mining project in 2007. The tailings facility, which until now has been used as a secondary tailings facility, will in the future be used as the primary tailings facility. The mining company therefore wishes to improve its knowledge of the current hydrogeological context of the site in order to ensure the protection of groundwater during future mine operations. New fieldwork was carried out to characterize the site, including installation of new piezometers, in-situ piezometer tests, Guelph permeameter tests, sieve tests and an electrical resistivity survey. A 2D model was developed using the SEEP/W code and was first calibrated under summer and fall steady-state conditions, with respective time-averaged water level data. The 2D model was then re-calibrated in a transient state using current climate conditions. Model calibration was generally good, but high-water levels in the tailings near the dikes were difficult to reproduce accurately. A sensitivity analysis was performed under steady-state and transient-state conditions. The analysis highlighted the importance of the hydraulic conductivities of the tailings, sublittoral sediments, and bedrock, as well as the properties of the tailings' water retention curve which could be targets for improved future site characterization. A 3D catchment-scale model was subsequently developed using the FEFLOW code which showed, under the imposed conditions, that most of the water flowing through the tailings resurfaces at the toe of the sedimentation pond dike. However, it is important to consider that the flow of water from the tailings and hence transport of any future potential contaminants is expected to occur more rapidly via the various surface ponds and surface drainage compared to subsurface flow. Critical and sensitive areas of the model have also been identified.

Ces travaux s'articulent autour de l'apprentissage expansif et de la méthodologie du Laboratoire du changement comme approche pour soutenir la collaboration entre des acteurs clés dans la réflexion autour d'une question socialement vive en santé : la légalisation du cannabis. En 2018, le gouvernement canadien adopte la Loi sur le cannabis qui le rend légal à la consommation récréative pour les plus de 21 ans au Québec. Ce contexte nouveau et complexe représente un lot de défis pour les écoles. Elles sont confrontées à une absence de recommandation quant aux outils pour aborder la question avec les élèves et les approches traditionnelles en sensibilisation ne présentent pas les résultats escomptés. L'arrivée de la légalisation offre donc une occasion unique d'étudier la mise en place de partenariats qui favoriseront l'éducation à la santé des adolescents en matière de consommation de cannabis. Au cours d'une intervention s'échelonnant sur une durée de quatre mois, trois rencontres regroupant sept membres d'une équipe-école secondaire ont été tenues. Ainsi, les participants se sont réunis pour échanger sur les problèmes en lien avec l'implantation de la nouvelle loi et proposer des solutions potentielles. La 3 e génération de la théorie de l'activité a été utilisée comme cadre théorique pour documenter les contraintes qu'ils ont rencontrées dans leurs tentatives de co-modélisation d'une approche nouvelle. La double stimulation qui sous-tend le Laboratoire du changement a mené au développement et à la mise en œuvre de deux outils concrets qui ont permis aux participants de reformuler le problème initial et de résoudre certaines situations conflictuelles : le manque de collaboration avec les élèves et les parents. Les résultats indiquent aussi que les difficultés dans la redéfinition de la division du travail lors de l'introduction d'une nouvelle pratique ont représenté un frein à l'agentivité des participants et au développement de l'activité souhaitée. / This work discusses about expansive learning and the Change Lab methodology as an approach to support collaboration between key players in thinking about a socio-scientific issue in health: the legalization of cannabis. In 2018, the Canadian government adopted the Cannabis Act, which made it legal for recreational use for those over 21 years of age in Quebec. This new and complex context represents a lot of challenges for schools. They are confronted with a lack of recommendations regarding the tools to address the issue with students and traditional approaches to awareness do not have the expected results. The advent of legalization provides a unique opportunity to explore the development of partnerships that will promote adolescent health education around cannabis use. During a four-month intervention, three meetings were held with seven high school team members. The participants met to discuss the problems encountered in relation to the new law and the solutions to be put in place. The third generation of activity theory was used as a theoretical framework to document the constraints encountered by participants when attempting to co-model a new approach. The principle of dual stimulation underlying the Change Lab led to the development and implementation of two concrete tools that enabled participants to reframe the initial problem and resolve some conflicting situations: lack of collaboration with students and parents. The results also indicate that difficulties in redefining the division of labor when introducing a new practice were a hindrance to the participants' agency and the development of the desired activity.

Depuis au moins trois décennies, plusieurs municipalités rurales du Québec se sont tournées vers l'approche de développement local pour favoriser l'occupation dynamique de leur territoire et pour offrir de meilleures conditions de vie à leurs résidents. Cependant, les communautés font face à des défis économiques, sociaux et environnementaux qui sont complexes et qui exigent que les personnes impliquées possèdent certaines connaissances et compétences afin de mener à terme ces diverses initiatives. Le but poursuivi par la présente recherche est d'explorer quels sont les phénomènes qui contribuent au développement de la capacité d'agir des personnes impliquées dans une démarche de développement local en milieu rural. L'analyse a permis de mettre en relation les écrits théoriques décrivant l'approche de développement local en organisation communautaire et deux composantes du concept de l'empowerment individuel – la participation et les compétences – avec les données empiriques colligées à partir de l'étude d'un cas de développement en milieu rural. Les résultats de cette recherche qualitative révèlent que l'acquisition d'apprentissages dépend de divers éléments tels que le profil des personnes impliquées, les facteurs favorisant la présence des personnes au sein de projets collectifs, l'accompagnement qui est offert ainsi que les modes d'apprentissage et les moyens pédagogiques utilisés pour augmenter le développement des connaissances et des compétences.

Depuis le début des années 2010, des discours concernant la venue d'une nouvelle révolution industrielle se font de plus en plus entendre dans les sphères politiques et économiques. Considérée comme intrinsèquement perturbatrice, cette Quatrième révolution industrielle se caractériserait par la prolifération des nouvelles technologies numériques dans le monde du travail (Schwab, 2017). Pour le secteur manufacturier, historiquement sensible aux changements technologiques, une pression plus importante est faite sur les organisations pour investir dans cette transformation numérique (Pardi et al., 2020). Ce mémoire cherche à comprendre et expliquer la relation entre cette nouvelle vague de changements technologiques et l'organisation du travail dans le secteur manufacturier. Nous adoptons une posture critique qui tentera de distinguer le discours de la réalité empirique telle que vécue par les acteurs dans les milieux de travail au Québec. Pour ce faire, nous mobilisons trois approches théoriques, soit la structuration sociale des technologies, les théories du procès de travail et les ressources de pouvoir. Sur le plan méthodologique, ce mémoire est structuré autour de trois études de cas provenant du sous-secteur de la fabrication de produits en caoutchouc au Québec. Nos données qualitatives proviennent de quatre sources : des entretiens semi-dirigés avec des gestionnaires, des dirigeants syndicaux et des travailleurs (30), de l'observation non participante, de l'analyse de conventions collectives et de la recherche documentaire. Bien qu'à certains égards perturbateurs pour l'organisation du travail, nos résultats démontrent que ces technologies semblent reconduire les logiques de production déjà en place. Les dynamiques de marché et les technologies préexistantes, mais aussi les rapports de pouvoir entre les acteurs sociaux de l'entreprise, façonnent la conception et l'intégration technologique et contribuent à une certaine contingence de leurs effets sur l'organisation du travail.

Cette thèse contribue à l’avancement des connaissances dans le domaine de l’évaluation de programme en présentant une nouvelle stratégie de développement d’indicateurs de résultats. Une hypothèse de recherche a été dégagée à la suite d’une revue de littérature en évaluation de programme et de certaines lacunes observées dans la pratique, dont un fonctionnement de travail en silo chez les groupes d’expertise concernés par l’évaluation de programme et un manque de soutien et d’accompagnement pour « faire du sens » avec toute l’information nécessaire à cet exercice. Une stratégie d’identification d’indicateurs de résultats de programme pertinente, faisable et efficace a été élaborée dans un premier temps pour soutenir le travail de l’évaluateur et, dans un deuxième temps, pour favoriser l’utilisation des résultats de l’évaluation dans la prise de décision pour les gestionnaires de programme. La stratégie proposée, qui se veut un processus itératif novateur, repose sur une modalité de réalisation particulière basée sur l’accompagnement et quatre étapes importantes à respecter : 1 re étape : utiliser le modèle logique de programme « détaillé » pour documenter le programme et son contexte de mise en œuvre, et communiquer; 2 e étape : consulter les groupes d’acteurs concernés par le programme pour élaborer une liste d’indicateurs potentiels qui serviront à apprécier le programme; 3 e étape : identifier et classer les indicateurs selon les composantes du programme concerné et 4 e étape : apprécier les indicateurs retenus selon les caractéristiques de pertinence, de faisabilité et d’importance accordée par les acteurs concernés par le programme. Un programme à évaluer ainsi qu’un milieu de pratique ont été choisis pour expérimenter la stratégie d’identification de résultats de programme. Au total, 39 personnes ont participé dont 27 pour expérimenter la stratégie et 12 pour valider les indicateurs de résultats identifiés par le groupe expérimental. Les principaux résultats qui se dégagent de l’expérimentation montrent que la stratégie proposée est pertinente, réalisable et efficace pour identifier des indicateurs de résultats de programme qui sont pertinents, faisables et importants pour les acteurs concernés par le programme Fluppy. Grâce à la stratégie, 45 indicateurs de résultats ont été identifiés par les acteurs concernés par le programme Fluppy, programme de développement des habiletés sociales pour les enfants de maternelle d’écoles ayant un indice de défavorisation élevé. Tous ces indicateurs ont eu un score moyen variant entre 3,43 et 4,86 sur 5 pour la pertinence, entre 2,57 et 4,50 pour la faisabilité, et entre 3,29 et 4,64 pour l’importance accordée par les acteurs. La discussion a permis également de pousser plus loin l’analyse des résultats et de mettre en évidence des améliorations à apporter aux cinq éléments mis en place lors du développement de la stratégie. / This thesis contributes to the advancement of knowledge in the area of program evaluation by presenting a new strategy for the development of outcome indicators. A research hypothesis was formulated following a literature review on program evaluation and some of the shortcomings observed in practice, a research hypothesis regarding the method used by the expert groups involved in the evaluation, as well as a lack of support and collaboration between these groups to "make sense" of all the information needed for this exercise was uncovered. Firstly, a relevant, feasible and effective strategy for identifying outcome indicators was developed in order to support the work of the evaluator and, secondly, to promote the use of the evaluation results in decision-making for program managers. The proposed strategy, which hopes to be an innovative and iterative process, is contingent on a specific procedure of implementation based on accompaniment and four important stages : 1 st stage : use the detailed logical model of the program in order to document the program, the context of its implementation and to communicate; 2 nd stage : consult the stakeholders concerned with the program to design a list of potential indicators which will serve to appraise the program; 3 rd stage : identify and classify the indicators according to the components of the relevant program and 4 th stage : appraise the retained indicators according to the characteristics of relevance, feasibility and weight accorded to by the stakeholders concerned with the program. To carry out this research, a program to be evaluated, as well as a practice environment were chosen to experiment the strategy of identifying program results. From a total of 39 participants, 27 experimented the strategy and 12 validated the outcome indicators that were identified by the experimental group. The main results from the experiment show that the devised strategy is relevant, feasible, and reliable to indentify indicators of program results which are relevant, feasible and important to the stakeholders concerned by the FLUPPY program. 45 outcome indicators have been identified by the actors involved in the Fluppy program, a social skills development program for kindergardeners in schools with a high poverty index. All these indicators had an average score varying between 3.43 and 4.86 for relevance, between 2.57 and 4.5 for feasibility and between 3.29 and 4.64 regarding the importance given by the actors. The discussion also served to further analyze the results and to highlight improvements needed to establish the five elements implemented during the development of the strategy.