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Création d'outils pour l'automatisation d'analyses phylogénétiques de génomes d'organites

Gagnon, Jules. January 1900 (has links) (PDF)
Thèse (M.Sc. )--Université Laval, 2004. / Titre de l'écran-titre (visionné le 29 novembre 2004). Bibliogr.
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Utilisation de biomarqueurs cellulaires chez plusieurs espèces d'invertébrés pour l'évaluation de la contamination des milieux duçaquicoles / Use of a set of biomarkers in several freshwater invertebrate species for the assessment of the contamination of freshwater ecosystems

Guerlet, Edwige 12 October 2007 (has links)
Pour valider une suite de biomarqueurs cellulaires en milieu dulçaquicole, nous avons étudié la structure des systèmes lysosomal et peroxysomal et les variations de contenus en lipofuscines et lipides neutres insaturés dans les tissus digestifs de plusieurs invertébrés, à travers une approche couplant histochimie et analyse d’images. Les expérimentations in situ et bioessais à plus ou moins long terme ont montré la pertinence des réponses cellulaires étudiées pour la mise en évidence de gradients de contamination. Les profils de réponse les plus communs chez les mollusques incluent un gonflement lysosomal, des déplétions de lipides neutres insaturés, une accumulation de lipofuscines et/ou un système peroxysomal plus volumineux. Ces réponses cellulaires précoces peuvent être associées, au niveau individuel, à une désynchronisation de la reproduction entre individus ou à une diminution de l’indice de condition. L’étude mensuelle à long terme (2 ans) a souligné l’absence de niveaux de base saisonniers de ces biomarqueurs et l’influence importante de la disponibilité trophique sur les contenus tissulaires en lipides neutres. Une mise en dépuration de 15 jours du bivalve, Dreissena polymorpha, sur son site d’origine, n’a pas montré de réversibilité du profil des réponses cellulaires à un gradient de contamination in situ, mais elle a tout de même de limité la déplétion des lipides neutres. Les réponses cellulaires les plus précoces et discriminatives sont le gonflement lysosomal et la déplétion en lipides neutres. Une comparaison d’outils d’analyse intégrative a montré le pouvoir discriminatif accru de la suite de biomarqueur entière, par rapport aux réponses individuelles / To validate a cellular biomarker suite, we studied the lysosomal and peroxisomal structures as well as the variations of the lipofuscin and unsaturated neutral lipid contents in the digestive tissues of several freshwater invertebrates, by using histochemistry coupled to image analysis. Cellular responses, studied through field and laboratory experiments proved relevant to highlight contamination gradients. The most frequent response profiles in molluscs were lysosomal enlargement, unsaturated neutral lipid depletions, lipofuscin accumulations and a more voluminous peroxisomal system. These early cellular responses may be associated, at the individual level, to a desynchronisation of the reproduction or to decreased condition index. A long-term monthly experiment showed no seasonal baseline levels of these biomarkers and underlined the important influence of trophic factors on the unsaturated neutral lipid contents. A 15-day depuration period of the bivalve, Dreissean polymorpha, at the site of origin after an exposure to a comparison of integrative analysis tools proved that the whole biomarker suite discriminates better between sites than individual responses
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Réponses physiologiques des végétaux supérieurs aux stress métalliques. Caractérisation du rôle des parois cellulaires dans les statégies défensives des cellules de tomate (Solanum lycopersicum Mill.) face aux éléments traces métalliques ) / Physiologic responses of higher plants to metallic stress. : role of cell walls in defensive strategy of tomato cells (Lycopersicum esculentum, Mill.) against heavy metal stress.

Muschitz, Aurélie 28 August 2009 (has links)
Le travail présenté dans ce mémoire est une contribution à l’étude prospective des effetsprovoqués par des éléments traces métalliques (Zn, Cd et Pb) sur des suspensions cellulaires detomate (Solanum lycopersicum, L.). L’objectif principal de l’investigation est de démontrerl’implication de la paroi dans la réaction de défense des cellules contre le stress métallique à l’instarde celles qu’elles sont capables de développer contre les agressions biotiques.Le premier chapitre a consisté à caractériser des paramètres quantitatifs (croissance, hydratation) etqualitatifs (viabilité, réactivité enzymatique) pour mettre en évidence les effets généralement nocifscausés par l’introduction des éléments traces métalliques (ETM) dans les milieux de culture aumoment de la phase exponentielle de croissance. Outre la diminution de la croissance (arrêt et mortcellulaire), l’état physiologique des cellules, apprécié par leur perte de turgescence, témoigne de lacapacité de tolérance des cellules de tomate vis-à-vis du Zn, par rapport aux deux autres ETM.Le second chapitre a permis de montrer que les cellules de tomate se sont défendues contreles agressions métalliques en augmentant leur biomasse pariétale, notamment en présence de zinc.En outre, la paroi apparaît dans tous les cas comme le principal compartiment de séquestration desETM en excès. La comparaison entre les trois espèces métalliques montre que les parois des cellulesde tomate retiennent mieux le cadmium que le zinc et le plomb.Le troisième chapitre, consacré à l’étude de la composition osidique des parois dans unchamp expérimental réduit aux plus faibles doses de zinc, a fourni des données inédites,notamment à propos des pectines extraites ou non par les procédés employés (CDTA, EPGase). Lesrésultats (quantités et caractéristiques des extraits pectiques) ont été discutés en fonction destraitements subis par les cellules mais également avec le souci de trouver des explications à larétention du zinc dans la paroi et un schéma de structure hypothétique de la paroi a été proposé.En définitive, ce travail répond à la question posée initialement et apparaît comme unepréparation à caractère académique d’un projet environnemental d’utilisation des végétaux pour laphytoremédiation. / The aim of this work was to evaluate the effects of heavy metals (Zn, Cd, Pb) on tomato(Solanum lycopersicum, L.) suspension-cultured cells. The main objective was to demonstrate thattomato cells subjected to metal stress react by modifying their cell walls as they can do in responseof a pathogen attack.In the first chapter, cell parameters were characterized with both quantitative(growth, water content) and qualitative (viability, enzymatic activities) aspects to highlightdeleterious effects of heavy metal (HM) when added in the culture medium during exponential cellgrowth. In addition to growth reducing (growth break, turgor pressure loss and cell death), tomatocells have showed higher tolerance capacity to Zn compared to Cd and Pb.The second chapter demonstrated that tomato cells were able to protect themselvesagainst HM stress by increasing their cell wall biomass and also the HM amount retained by cellwall polymers. Cell walls appeared to assume important roles in HM accumulation (Cd>Zn>Pb)and could therefore limit their influx into the cells. Our results also suggested that HM fixation bycell walls was not only due to an increase in cell wall biomass but also to an improvement of itsbinding capacity.The last chapter, devoted to study the osidic composition of tomato primary cell walls forthe lowest Zn doses, has provided original data particularly about pectins. Results have beendiscussed in order to understand the binding capacity of cell walls in function of Zn treatments.Then, an hypothetical structure of tomato cell wall of cultured cells has been proposed.Finally, this work has answered to the initial question and has constituted a preparativestudy for next phytoremediation projects.
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Rôle des récepteurs à nucléotides dans l'activation des lymphocytes Th17 humains

Hamoudi, Chakib 30 August 2022 (has links)
Les lymphocytes Th17 représentent une sous-population lymphocytaire hautement inflammatoire, due à leur particularité à produire des cytokines pro-inflammatoires dont notamment l'IL-17 qui représente leur cytokine signature. Les Th17 jouent un rôle central dans le développement de plusieurs maladies inflammatoires auto-immunes, cependant les mécanismes intervenant dans la régulation de leur fonction effectrice, notamment dans le contexte de ces maladies, demeurent peu connus. Des études récentes ont montré que la signalisation purinergique joue un rôle dans la régulation de la réponse immune et inflammatoire notamment dans l'activation des lymphocytes T CD4⁺ naïfs. Dans cette maitrise, j'ai porté mon intérêt sur le rôle des nucléotides extracellulaires et leurs récepteurs dans l'activation et la différenciation des lymphocytes Th17 humains. Nous avons démontré par RT-PCRq que les Th17 expriment les récepteurs à nucléotides P2X4,5,7 et P2Y₁₁. En utilisant des antagonistes spécifiques pour chacun des récepteurs P2, sauf pour le P2X5 qui n'est pas fonctionnel chez l'humain, nous avons démontré que l'inhibition du P2X4, contrairement à celle des autres récepteurs à nucléotides, bloque la polarisation des lymphocytes T CD4⁺ vers la voie Th17 et diminue la production d'IL-17 suite de l'activation des Th17 polarisés par des anticorps anti-CD3 et anti-CD28. Par contre, la voie de polarisation des Th1 n'est pas affectée par l'antagonisme du P2X4. De plus, l'inhibition de P2X4 a diminué également la prolifération des lymphocytes T, alors qu'un antagoniste des récepteurs P2X7 et P2Y₁₁ n'a eu aucun effet. Ces résultats montrent que le récepteur P2X4 joue un rôle majeur dans la différenciation et l'activation des Th17 et pourrait réguler le développement des maladies inflammatoires.
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Rôle du trafic endocytaire dans la biogenèse des organites du complexe apical de l'agent de la malaria, Plasmodium falciparum

Galaup, Thomas 18 October 2022 (has links)
En 2020, la malaria a provoqué 241 millions de cas d'infections et 627 000 morts. La faible efficacité du vaccin disponible et la résistance aux traitements rendent indispensable l'identification de cibles thérapeutiques. Plasmodium falciparum (Pf) envahit les érythrocytes pour s'y répliquer. Pour cela, de protéines contenues dans des organites d'invasion, tels que les micronèmes et les rhoptries rassemblés à un complexe apical, sont sécrétées. Le trafic des protéines entre l'appareil de Golgi et les organites d'invasion est médié par la PfSortiline. Dans les organismes modèles, la sortiline est recyclée entre les organites cibles et l'appareil de Golgi via le complexe protéique rétromère composé des protéines de tri vacuolaire (Vps) Vps26-29-35. Ce complexe est recruté via les complexes VpsC, composé de Vps11-16-18-33, CORVET composé de Vps3-8 et HOPS, composé de Vps39-41. Chez Pf, l'ensemble des composants des complexes VpsC et rétromère sont conservés. Seulement PfVps3 du complexe CORVET est retrouvée et le complexe HOPS est absent. L'hypothèse du projet est que ces protéines conservées sont impliquées dans la biogenèse des organites du complexe apical via le recyclage de la PfSortiline vers l'appareil de Golgi. Pour vérifier cela, des souches de parasites exprimant les protéines de fusion PfVps3-11-16-18-29 étiquetées à un domaine GFP ont été construites. Des techniques de Western Blot et de microscopie à fluorescence ont montré que ces protéines de fusion sont exprimées lors du cycle érythrocytaire. Il semble que PfVps29-GFP localise à des structures semblables aux endosomes et partiellement aux micronèmes. Les protéines PfVps16-18-GFP semblent localiser aux micronèmes et partiellement aux rhoptries et à l'appareil de Golgi. Finalement, des souches dans lesquelles les protéines PfVps3-16-29-GFP peuvent être délocalisées de façon conditionnelle ont été construites. Il a été montré que PfVps16-GFP semble essentielle à la survie de Pf. Ce projet participe à la caractérisation de nouvelles pistes thérapeutiques antipaludiques. / Malaria was responsible for 627,000 deaths and 241 million infections in 2020 alone. Drug resistance, and the poor efficacy of the only available vaccine, are strong arguments supporting the need to identify therapeutic targets. The malaria parasite Plasmodium falciparum (Pf) invades erythrocytes and multiplies inside them. To do so, it secretes invasion proteins located inside organelles, like micronemes and rhoptries, which are localised at an apical complex. Protein trafficking from the Golgi apparatus to these organelles is dependent on PfSortilin. In model organisms, this protein is recycled between the target organelles and the Golgi Apparatus by a protein complex called retromer. This complex is composed of Vacuolar Sorting Proteins (Vps)-26-29-35. The retromer complex is recruited by complexes, composed of Vps11-16-18-33, CORVET, composed of Vps3-8, and HOPS, composed of Vps39-41. In Pf, all components of the retromer and the VpsC complexes are conserved. However, only PfVps3 of the CORVET complex is conserved and the HOPS complex is absent. We hypothesized that conserved proteins play a key role in apical complex biogenesis by recycling PfSortilin to the Golgi apparatus. To verify the hypothesis, parasite strains coding the fusion proteins PfVps3-11-16-18-29 tagged with a GFP were generated. Western Blot and fluorescence microscopy showed that those proteins are expressed during the erythrocyte life cycle. PfVps29-GFP seemed to localize at endosome-like structures and partially at micronemes. PfVps16-18 seemed to localise at micronemes too and partially at rhoptries and at the Golgi apparatus. Finally, strains where PfVps3-16-29 could be functionally mislocalized have been generated. This technique showed that PfVps16-GFP were essential for Pf survival. Our work could lead to the characterization of new antimalarial drug targets.
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Le rôle du récepteur NOD2 : un régulateur de l'infection virale et de la réponse inflammatoire

Egarnes, Benoit 10 October 2018 (has links)
Trois classes majeures de récepteurs de l’immunité innée sont reconnues pour être impliquées dans la reconnaissance de pathogènes : les Toll-like receptors (TLRs), les Retinoic acid-inducible gene I-like receptors (RLRs) ainsi que les Nucleotide-binding oligomerization domain-like receptors (NLRs). NOD2, un des membres de la famille des NLRs, a été initialement reconnu comme étant impliqué dans la reconnaissance du muramyl dipeptide (MDP), un composé de la paroi de peptidoglycane bactérienne. NOD2 est également connu pour être un facteur de risque associé à plusieurs maladies inflammatoires humaines, en particulier la maladie de Crohn et le syndrome de Blau. Récemment, il a été démontré que NOD2 a également la capacité de reconnaitre des motifs viraux à ARN simple brin, tel que celui du virus de l’influenza du type A. Bien que les fonctions antimicrobiennes de NOD2 soient maintenant supportées par de nombreuses études, son rôle dans la réponse inflammatoire reste à clarifier. Chez les patients atteints de la maladie de Crohn, il n’est pas clair à l’heure actuelle si les mutations dans le gène NOD2 sont liées à une incapacité de contrôler l’élimination bactérienne, ou si l’inflammation résulte d’une non régulation de la réponse inflammatoire. Dans notre laboratoire, nous avons mis en évidence que le traitement avec le MDP peut influencer l’homéostasie immunitaire dans divers modèles inflammatoires chez la souris. Le but de ce travail de recherche fut d’investiguer les populations cellulaires et les éventuels mécanismes sous-jacents à l’activation de la voie NOD2 par le MDP et de déterminer leurs implications dans le contrôle de la réponse inflammatoire, à l’aide de différents modèles murins. Ces études nous ont permis d’approfondir les divers mécanismes potentiels ainsi que les populations cellulaires impliquées dans la réponse immunitaire liée à l’activation de NOD2 par le MDP. Les résultats des études regroupées dans cette thèse soulignent le rôle de la voie NOD2 dans le contrôle de l’inflammation. En effet, nous avons mis en évidence le rôle de NOD2 dans le développement des monocytes patrouilleurs Ly6Clow, des macrophages alvéolaires (MA) ainsi que des lymphocytes T régulateurs (Treg) et leur implication dans la régulation de l’inflammation lors d’une infection par le virus de l’influenza. Ces travaux de recherche ont permis d’accroitre notre compréhension de la voie NOD2 et de son effet bénéfique dans le contrôle de l’inflammation et suggèrent que cela pourrait constituer une cible thérapeutique intéressante pour le traitement de maladies inflammatoires et virales. / Three major classes of innate immunity receptors are known to be involved in pathogen recognition: the Toll-like receptors (TLRs), the Retinoic acid-inducible gene I-like receptors (RLRs), and the Nucleotide-binding oligomerization domain-like receptors (NLRs). NOD2, a member of the NLR family, was initially known to be involved in the recognition of muramyl dipeptide (MDP), a compound of the bacterial peptidoglycan wall. NOD2 is suspected to be associated with inflammatory diseases such as Crohn's disease and Blau's syndrome. Recently, NOD2 receptor was shown to have the capacity to recognize viral single-stranded RNA motifs, such as Influenza A virus. However, although the antimicrobial functions of NOD2 are now supported by numerous studies, its role in the inflammatory response remains to be clarified. In patients with Crohn disease, it is unclear whether the mutations in NOD2 lead to an inability to control bacterial clearance, or if the inflammation results from a non-regulation of the inflammatory response. In our laboratory, we highlighted that MDP treatment could control immune homeostasis in various inflammatory models in mice. The purpose of this work was to investigate the cell populations and the eventual mechanisms underlying the activation of the NOD2 pathway by MDP and determine their implications for controlling the inflammatory response using different murine models. These studies allowed us to deepen the various potential mechanisms as well as the cell populations involved in the immune response linked to the activation of NOD2 by MDP. The results underline the promising role of the NOD2 pathway in the control of inflammation. Indeed, we highlighted the role of NOD2 in the development of Ly6Clow patrolling monocytes, alveolar macrophages and Treg cells and their involvement in the regulation of inflammation, during influenza A virus infection. This work has therefore increased our understanding of the NOD2 pathway and its beneficial effects in the control of inflammation and suggests that it could be an interesting therapeutic target to treat inflammatory and viral diseases
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Ligands biotechnologiques des récepteurs couplés aux protéines G : vers des applications diagnostiques ou thérapeutiques

Charest-Morin, Xavier 25 April 2018 (has links)
Problématiques : 1) Mes travaux de maitrise ont démontré qu’il était possible de fusionner des hormones peptidiques avec la protéine fluorescente verte (EGFP) pour obtenir des ligands de haute affinité avec un haut poids moléculaire supportant des expériences d’imagerie. Cela a permis de détecter les deux récepteurs de la bradykinine (BK; B1R et B2R) ainsi que le récepteur PTH1 de la parathormone (PTH, PTH1R), trois récepteurs couplés aux protéines G (GPCR). Malgré la haute affinité de ces sondes, les applications restent limitées à des systèmes surexprimant le récepteur cible recombinant. Cela s’explique par les deux raisons suivantes : a) la faible abondance des récepteurs endogènes et b) le faible rendement de la fluorescence. 2) La génération de ligands de haut poids moléculaire et la démonstration que ceux-ci avaient toujours une activité pharmacologique pourrait permettre de résoudre une problématique majeure reliée à l’administration thérapeutique de BK. Malgré l’accumulation de preuves du rôle protecteur de la BK sur le système vasculaire, les récepteurs de la BK sont des cibles pharmacologiques quasi inexploitées, car les effets délétères causés par les agonistes de la BK, notamment au niveau de l’inflammation et de la génération de douleur, semblent limiter leur développement. Objectifs : 1) Étudier la pharmacologie de la maximakinine (MK), un analogue de la BK, et le potentiel de ce peptide comme module conférant l’affinité au récepteur B2 dans la conception de ligands biotechnologiques. 2) Générer des protéines de fusion ligands des deux principales familles de GPCRs (A : B2R; B : PTH1R). 3) Utiliser ces protéines de fusion pour permettre la détection de faibles niveaux de récepteurs difficilement détectables par les stratégies conventionnelles. 4) Évaluer l’activité pharmacologique de ces protéines de fusion. Résultats : Deux des trois protéines de fusion PTH générées (PTH-myc et PTHHRP) sont capables de détecter de manière spécifique les niveaux endogènes de PTH1R exprimés par les cellules HOS (ostéosarcome humain) grâce à leur domaine peroxydase intrinsèque ou assemblé. La protéine de fusion PTH-HRP est la plus prometteuse, et peut aussi être utilisée comme ligand non-isotopique dans un essai de compétition de liaison pour identifier de nouveaux ligands du PTH1R humain. La MK est un agoniste direct du récepteur B2 de rat, mais n’a qu’une affinité marginale pour le récepteur B2 humain. L’essai de contractilité de la veine ombilicale humaine a démontré que la MK était une pro-drogue pour le B2R humain, activée par des peptidases présentes dans ce tissu. La MK ne stimule pas la dégranulation des mastocytes via le récepteur MRGPRX2, malgré sa forte charge positive. Chez le rat, la MK est un agoniste persistant, résistant à la dégradation et de haute affinité pour le B2R. La protéine de fusion fluorescente EGFP-MK est un agoniste spécifique du B2R de rat, mais pas du B2R humain. Des études in vitro ont démontré qu’elle était aussi un agoniste persistant de haute affinité pour le B2R de rat. La protéine de fusion avec domaine peroxydase APEX2-(NG)15-MK permet la détection du récepteur B2 de rat recombinant de manière spécifique et efficace. De plus cette protéine de fusion peut être utilisée comme ligand non-isotopique dans des essais de compétition de liaison pour identifier de nouveaux ligands du B2R de rat. Il est possible de générer des protéines de fusion contenant la MK agoniste du B2R de rat de très haut poids moléculaire (>66 kDa), mais ceux-ci peuvent avoir une activité pharmacologique limitée par l’encombrement stérique entre la protéine de fusion et le récepteur. Conclusions et perspectives : Il est possible de générer des protéines de fusion avec des domaines enzymatiques agonistes des récepteurs B2 et PTH1. Cela permet une amplification significative du signal émis par les iv protéines de fusion comparativement aux protéines de fusion fluorescentes. La détection des niveaux endogènes de GPCRs par des protéines de fusion pourrait permettre de les utiliser dans des tests diagnostiques. Ces travaux, qui ont démontré qu’il était possible de générer des ligands biotechnologiques de haut poids moléculaire agonistes des principales classes de GPCRs (A et B), pourraient être appliqués aux autres ligands membres de ces familles en accord avec les modèles de liaisons de chaque ligand.
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Rôle des récepteurs à nucléotides dans l'activation des lymphocytes Th17 humains

Hamoudi, Chakib 30 August 2022 (has links)
Les lymphocytes Th17 représentent une sous-population lymphocytaire hautement inflammatoire, due à leur particularité à produire des cytokines pro-inflammatoires dont notamment l'IL-17 qui représente leur cytokine signature. Les Th17 jouent un rôle central dans le développement de plusieurs maladies inflammatoires auto-immunes, cependant les mécanismes intervenant dans la régulation de leur fonction effectrice, notamment dans le contexte de ces maladies, demeurent peu connus. Des études récentes ont montré que la signalisation purinergique joue un rôle dans la régulation de la réponse immune et inflammatoire notamment dans l'activation des lymphocytes T CD4⁺ naïfs. Dans cette maitrise, j'ai porté mon intérêt sur le rôle des nucléotides extracellulaires et leurs récepteurs dans l'activation et la différenciation des lymphocytes Th17 humains. Nous avons démontré par RT-PCRq que les Th17 expriment les récepteurs à nucléotides P2X4,5,7 et P2Y₁₁. En utilisant des antagonistes spécifiques pour chacun des récepteurs P2, sauf pour le P2X5 qui n'est pas fonctionnel chez l'humain, nous avons démontré que l'inhibition du P2X4, contrairement à celle des autres récepteurs à nucléotides, bloque la polarisation des lymphocytes T CD4⁺ vers la voie Th17 et diminue la production d'IL-17 suite de l'activation des Th17 polarisés par des anticorps anti-CD3 et anti-CD28. Par contre, la voie de polarisation des Th1 n'est pas affectée par l'antagonisme du P2X4. De plus, l'inhibition de P2X4 a diminué également la prolifération des lymphocytes T, alors qu'un antagoniste des récepteurs P2X7 et P2Y₁₁ n'a eu aucun effet. Ces résultats montrent que le récepteur P2X4 joue un rôle majeur dans la différenciation et l'activation des Th17 et pourrait réguler le développement des maladies inflammatoires.
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Rôle du trafic endocytaire dans la biogenèse des organites du complexe apical de l'agent de la malaria, Plasmodium falciparum

Galaup, Thomas 18 October 2022 (has links)
En 2020, la malaria a provoqué 241 millions de cas d'infections et 627 000 morts. La faible efficacité du vaccin disponible et la résistance aux traitements rendent indispensable l'identification de cibles thérapeutiques. Plasmodium falciparum (Pf) envahit les érythrocytes pour s'y répliquer. Pour cela, de protéines contenues dans des organites d'invasion, tels que les micronèmes et les rhoptries rassemblés à un complexe apical, sont sécrétées. Le trafic des protéines entre l'appareil de Golgi et les organites d'invasion est médié par la PfSortiline. Dans les organismes modèles, la sortiline est recyclée entre les organites cibles et l'appareil de Golgi via le complexe protéique rétromère composé des protéines de tri vacuolaire (Vps) Vps26-29-35. Ce complexe est recruté via les complexes VpsC, composé de Vps11-16-18-33, CORVET composé de Vps3-8 et HOPS, composé de Vps39-41. Chez Pf, l'ensemble des composants des complexes VpsC et rétromère sont conservés. Seulement PfVps3 du complexe CORVET est retrouvée et le complexe HOPS est absent. L'hypothèse du projet est que ces protéines conservées sont impliquées dans la biogenèse des organites du complexe apical via le recyclage de la PfSortiline vers l'appareil de Golgi. Pour vérifier cela, des souches de parasites exprimant les protéines de fusion PfVps3-11-16-18-29 étiquetées à un domaine GFP ont été construites. Des techniques de Western Blot et de microscopie à fluorescence ont montré que ces protéines de fusion sont exprimées lors du cycle érythrocytaire. Il semble que PfVps29-GFP localise à des structures semblables aux endosomes et partiellement aux micronèmes. Les protéines PfVps16-18-GFP semblent localiser aux micronèmes et partiellement aux rhoptries et à l'appareil de Golgi. Finalement, des souches dans lesquelles les protéines PfVps3-16-29-GFP peuvent être délocalisées de façon conditionnelle ont été construites. Il a été montré que PfVps16-GFP semble essentielle à la survie de Pf. Ce projet participe à la caractérisation de nouvelles pistes thérapeutiques antipaludiques. / Malaria was responsible for 627,000 deaths and 241 million infections in 2020 alone. Drug resistance, and the poor efficacy of the only available vaccine, are strong arguments supporting the need to identify therapeutic targets. The malaria parasite Plasmodium falciparum (Pf) invades erythrocytes and multiplies inside them. To do so, it secretes invasion proteins located inside organelles, like micronemes and rhoptries, which are localised at an apical complex. Protein trafficking from the Golgi apparatus to these organelles is dependent on PfSortilin. In model organisms, this protein is recycled between the target organelles and the Golgi Apparatus by a protein complex called retromer. This complex is composed of Vacuolar Sorting Proteins (Vps)-26-29-35. The retromer complex is recruited by complexes, composed of Vps11-16-18-33, CORVET, composed of Vps3-8, and HOPS, composed of Vps39-41. In Pf, all components of the retromer and the VpsC complexes are conserved. However, only PfVps3 of the CORVET complex is conserved and the HOPS complex is absent. We hypothesized that conserved proteins play a key role in apical complex biogenesis by recycling PfSortilin to the Golgi apparatus. To verify the hypothesis, parasite strains coding the fusion proteins PfVps3-11-16-18-29 tagged with a GFP were generated. Western Blot and fluorescence microscopy showed that those proteins are expressed during the erythrocyte life cycle. PfVps29-GFP seemed to localize at endosome-like structures and partially at micronemes. PfVps16-18 seemed to localise at micronemes too and partially at rhoptries and at the Golgi apparatus. Finally, strains where PfVps3-16-29 could be functionally mislocalized have been generated. This technique showed that PfVps16-GFP were essential for Pf survival. Our work could lead to the characterization of new antimalarial drug targets.
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Étude des mécanismes régulant le guidage axonal des neurones dopaminergiques du mésencéphale en aval du récepteur PlexinC1

Lafrechoux, Caroline 06 May 2019 (has links)
Sémaphorine 7A est une molécule de guidage axonal pour les neurones dopaminergiques en développement. Elle permet de ségréguer les neurones de la voie nigrostriée et mésolimbique. Nous montrons dans cette étude qu’elle participe également à l’organisation de la voie mésocorticale. L’effet chémorépulsif de la molécule Sémaphorine 7A se fait via sa liaison avec le récepteur membranaire PlexinC1, présent tout au long du développement embryonnaire dans les neurones de l’aire tegmentale ventral. Il se manifeste in vitro par une modulation morphologique du cône de croissance, ainsi qu’une réduction de l’arborisation dendritique. Les kinases de la famille des Src sont les médiatrices de ces effets. En forçant leur inactivation, on peut empêcher l’apparition des effets chémorépulsifs de Sémaphorine 7A. Il est intéressant de noter que les kinases de la famille des Src sont également activées in vivo dans les cônes de croissance de neurones dopaminergiques en développement. La liaison de Sémaphorine 7A à PlexinC1 mène aussi à une inactivation de la protéine de liaison à l’actine cofiline. L’identification de cet acteur moléculaire permet de faire un lien entre l’activation du récepteur et la modulation subséquente du cytosquelette, une étape essentielle afin de médier le mouvement du cône de croissance. En somme, cette étude permet de mettre en évidence certains mécanismes moléculaires agissant au niveau du cône de croissance, et dont l’effet est nécessaire au guidage des neurones dopaminergiques par Sémaphorine7A. / Semaphorin7A is an important axon guidance molecule for developing dopaminergic neurons. It allows to segregate the neurons of the nigrostriate and mesolimbic pathway. In this study, we bring to light its role in the organization of the mesocortical pathway. The chemorepulsive effect of Semaphorin 7A occur via its binding with the PlexinC1 membrane receptor, present throughout embryonic development in the neurons form the Ventral Tegmental Area. These effects include, in vitro a morphological modulation of the growth cone, as well as a reduction of the dendritic arborization. Src family kinases mediate these effects and when inactivated, they prevent both chemorepulsion and growth cone morphology changes induced by Séma7A. Interestingly, Src family kinases are also activated in vivo in growth cones of developing dopaminergic neurons. The binding of Séma7A to PlexinC1 also leads to inactivation of the actin binding protein cofilin. The identificatio; n of this molecular actor links the activation of the receptor and the subsequent modulation of the cytoskeleton, an essential step in order to mediate the movement of the growth cone. In sum, this study reveals the molecular mechanisms acting at the level of the growth cone in midbrain dopaminergic neurons during axonal guidance by Semaphorin7A.

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