Os peptídeos bioactivas são fundamentais no sistema imune inato (SII), devido a que eles proveem informação importante sobre o SII. O objetivo deste estudo é caracterizar os componentes e reações do SII em quilópodes. Para isto, analisamos o transcriptoma dos hemócitos de Scolopendra subspinipes subspinipes; assim como também, extraímos, purificamos e caracterizamos os peptídeos antimicrobianos presentes na exúvia, o extrato total e a hemolinfa de S. s. subspinipes e S. viridicornis. Várias frações com atividade antimicrobiana foram isoladas da hemolinfa. Dois novos peptídeos antimicrobianos foram caracterizados e sintetizados: a Pinipesina, de S. s. subspinipes e a Lacraina, de S. viridicornis. A análise preliminar do transcriptoma apresentou que os contigs relacionados ao SII foram transcritos com mais frequência moléculas com atividade regulatória (33,7%) e de reconhecimento (11,6%), e as relacionadas a cascata de coagulação (21,4%). Uma análise mais completa do transcriptoma e das moléculas bioactivas é apresentado. / Bioactive peptides are vital in the innate immune system (IIS), because they provide substantial information about the IIS. This study aims to characterize the components and reactions that constitute the ISS in Chilopoda. For this, we analyzed the hemocytes transcriptome from Scolopendra subspinipes subspinipes; as also extracted, purified and characterized the bioactive peptides presents in the exuviae, the body extract and the hemolymph from S. s. subspinipes and S. viridicornis. Several fractions with antimicrobial activity from the hemolymph were isolated. Two new antimicrobial peptides were characterized and synthetized as well: The Pinipesin, from S. s. subspinipes, and the Lacrain, from S. viridicornis. The preliminary analysis from the transcriptome show that the contigs related to the IIS were transcribed more frequently molecules with regulatory (33,7 %) and recognition (11,6%) activities, and those involved in the coagulation cascade (21,4%). A more complete analysis of the transcriptome and the bioactive molecules is presented.