Les forêts tropicales saisonnières du Sud de la Péninsule du Yucatan sont des écosystèmes dynamiques qui subissent de fortes pressions d'origine anthropique. L'hétérogénéité spatiale résultant de la fragmentation de ces forêts peut avoir d'importants effets sur le processus de sélection des habitats. Chez les espèces avec de larges domaines vitaux, comme le sarcoramphe roi, Sarcoramphus papa, un oiseau nécrophage des forêts néotropicales, le choix des aires d'alimentation peut être influencé par les effets directs de la structure du paysage ainsi que ses effets indirects (via la compétition intra- et interspécifique pour la ressource). L'objectif de ma recherche est d'identifier l'impact de la structure du paysage sur la quête alimentaire du sarcoramphe roi. Pour atteindre cet objectif, 36 carcasses ont été installées dans le sud du Yucatan en 2010-2011, selon un design pairé. Premièrement, j'ai déterminé les effets du type de couverture spatiale à l'échelle locale ainsi que de la configuration et de la composition du paysage sur l'utilisation des carcasses du sarcoramphe roi. À l'échelle locale, deux types de couverture végétale ont été pris en considération (ouvert et forêt). À plus grande échelle, le pourcentage relatif de la forêt mature, des pâturages et des forêts basses inondables ainsi que l'agrégation de la forêt mature dans des paysages de 15 km de rayon ont été estimées. D'autres variables, telles que la distance à la route et au village le plus proche ont été incluses dans les modèles. Dans un deuxième temps, j'ai identifié l'impact de la structure du paysage sur l'abondance des espèces compétitrices, l'urubu à tête rouge, Carthartes aura, et l'urubu noir, Coragyps atratus , ainsi que l'effet collatéral de l'abondance de ces compétiteurs sur la quête alimentaire du sarcoramphe roi. Les résultats soulignent premièrement qu'une couverture de forêts tropicales matures plus grande et agrégée dans l'espace (i.e. grands massifs forestiers continus) est associée à une occurrence et un nombre plus élevé de sarcoramphes aux sites d'alimentation, ce qui suggère notamment la dépendance de cette espèce à ses dortoirs communaux. De plus, une augmentation de la couverture de pâturages a une influence positive sur le nombre de sarcoramphes aux carcasses. Cependant, cette sélection des pâturages peut représenter un piège écologique car les carcasses provenant du bétail peuvent contenir des xénobiotiques pouvant se bioaccumuler dans les oiseaux nécrophages. Finalement, les résultats démontrent l'importance des interactions écologiques interspécifiques dans le processus de sélection des habitats d'alimentation du sarcoramphe roi. Un nombre croissant de la principale espèce compétitrice (i.e. l'urubu noir) aux sites d'alimentation a un effet positif sur le nombre de sarcoramphes soulignant l'importance de l'activité des autres espèces pour la détection des carcasses chez le sarcoramphe roi via l'enrichissement local. Cependant, des nombres élevés d'urubus noirs (n >18) ont été associés à une diminution du nombre de sarcoramphes, résultant probablement de la compétition interspécifique pour la ressource alimentaire. Somme toute, dans les paysages modifiés par les activités anthropiques, le sarcoramphe roi pourrait être initialement favorisé par la présence de proies facilement détectables et de grandes tailles (e.g. le bétail bovin) ainsi que par les effets de l'enrichissement local. Par contre, l'augmentation rapide des populations d'urubus noirs accompagnée d'une diminution et d'une atomisation du couvert forestier mature pourrait éventuellement influencer négativement la quête alimentaire du sarcoramphe ainsi que le maintien de ses populations. Les stratégies de conservation pour les espèces avec de larges domaines vitaux telles que le sarcoramphe roi devraient être fondée sur une connaissance approfondie des conséquences de la fragmentation du paysage sur la disponibilité des ressources clés ainsi que sur les modifications des relations écologiques entre les espèces.

Les bords de route constituent un des principaux habitats herbacés et linéaires des paysages agricoles, ils jouent le rôle de refuge pour différentes espèces et constituent aussi un habitat favorable pour des espèces adventices jugées problématiques. L’objectif de cette thèse est de mesurer les effets de la structure du paysage et des pratiques de gestion sur la flore de l’interface route – champ cultivé. Nos résultats suggèrent que les communautés végétales de l’interface ont une réponse temporellement décalée vis-à-vis des changements paysagers. L’étude de la végétation exprimée et de la dispersion des graines montre que la fauche tardive n’est pas le levier de gestion optimal pour favoriser la diversité végétale du bord de route, et que les pratiques de fauche influencent aussi la flore de la bordure intérieure du champ. Afin de limiter les influences croisées des pratiques de gestion, nous suggérons des stratégies réfléchies à l’échelle de l’interface route – champ. / Road verges constitute the main herbaceous and linear habitats of arable landscapes. They represent a refuge for different species, but also constitute a habitat for weeds considered problematic. The aim of this thesis was to measure the effects of landscape structure and management practices on the flora of the road-field boundary. Our results suggest that plant communities of road-field boundary have a time lagged response to landscape changes. The study of the vegetation and of seed dispersal showed that late mowing was not the optimal method to promote plant diversity on road verges and that mowing practices also influenced the flora of the inner field margin. To limit the cross-influence of management practices, we recommend well thought out strategies at the scale of the road-field boundary.

Dans la forêt de pin maritime (Pinus pinaster) des Landes de Gascogne (sud-ouest de France), la mortalité des pins causée par le champignon pourridié Armillaria ostoyae (Basidiomycète) a augmenté au cours des 30 dernières années. Les premiers cas de cette maladie ont été signalés quelques années après un changement majeur dans l'utilisation des terres, qui a eu lieu dans cette région suite au remplacement des landes et marais d'origine par une forêt plantée et gérée da façon intensive. Notre objectif était de comprendre les facteurs à l'origine de cette maladie émergente. Pour cela, nous avons étudié la distribution spatiale des dommages causés par le pathogène en relation avec des facteurs historiques, estimé la variabilité des traits fongiques liés au parasitisme et saprophytisme, et étudié l'histoire démographique d'A. ostoyae. La répartition actuelle de la mortalité induite par A. ostoyae est apparue dépendre de la présence des forêts préexistantes, ce qui suggère qu'A. ostoyae était fréquent dans ces zones forestières anciennes, qui ont agi comme un réservoir pour la colonisation des forêts plantées récentes. La production de rhizomorphes était significativement corrélée avec la virulence, suggérant que ce trait joue un rôle important dans le stade parasitaire d'A. ostoyae. Aucune relation significative entre le parasitisme et saprophytisme n'a été détectée, suggérant une absence de compromis évolutif entre ces traits. Enfin, le meilleur scénario démographique pour expliquer la structure de la population d'A. ostoyae dans la forêt des Landes est un scénario en deux étapes : il y aurait eu d'abord une diminution puis une expansion de la population fongique, qui semblait suivre la dynamique de la population d'hôtes. Le temps de génération d’A. ostoyae a été estimé entre 10 et 20 ans. / In the maritime pine (Pinus pinaster) forest of the Landes de Gascogne (south-western France), pine mortality due to the root rot fungus Armillaria ostoyae (Basidiomycete) has been increasing over the last 30 years. The first cases of this disease were reported a few years after a major change in land use which occurred in this region following the replacement of original moors by an intensively managed planted forest. Our aim was to understand the factors driving this disease emergence. For this, we investigated the spatial distribution of pathogen damage related to historical factors, estimated the variation in fungal traits related to parasitism and saprophytism and investigated the demographic history of A. ostoyae. The current distribution of A. ostoyae mortality appeared depending on the pre-existing forests, suggesting that A. ostoyae was commonly distributed in pre-existing forest areas which acted as a reservoir for the colonization of recent planted forests. The rhizomorphs production was significantly correlated with virulence, suggesting that this trait plays an important role in the parasitic stage of A. ostoyae, but no significant relationship between parasitism and saprophytism components was detected, which may suggest that there is no trade-off between these traits. Finally, the best demographic scenario to explain A. ostoyae population structure in the Landes forest is a two step scenario: there was first a decrease and then an expansion in the fungal population, which appeared to follow the dynamics of the host population. The generation time of A. ostoyae was estimated between 10 and 20 years.