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Titre de l'écran-titre (visionné le 12 octobre 2023) / En tant qu'êtres humains, nous percevons naturellement les incohérences d'éclairage. Cette caractéristique rend primordiale la modélisation correcte de la lumière lors de la composition d'objets virtuels et réels. Ces dernières années, les approches d'apprentissage profond ont montré que de nombreuses propriétés de scène peuvent être estimées de manière robuste dans des systèmes de composition automatique à partir d'une seule image. Cela est particulièrement vrai pour les environnements extérieurs, car ils partagent la propriété d'être éclairés par le ciel terrestre, sous le soleil. Cependant, les approches actuelles d'apprentissage en profondeur pour l'estimation de l'éclairage ne produisent pas de textures précises pour les ciels nuageux, et celles qui génèrent des textures de nuages ne garantissent pas la fidélité à l'éclairage estimé. Quant à ce qui est modélisé en l'absence de lumière, les interactions entre les ombres réelles et synthétiques ne sont pas non plus gérées avec élégance par les méthodes existantes, qui supposent généralement un arrière-plan sans ombre. Ainsi, cette thèse a deux objectifs principaux : modéliser et éditer des ciels réalistes peu importe les conditions météorologiques et l'heure du jour, et modéliser des ombres réelles de manière à permettre des interactions avec des ombres synthétiques. Pour atteindre le premier objectif, nous proposons un modèle de ciel photoréaliste contrôlable par des paramètres, à notre connaissance le premier dans la littérature. Ensuite, pour le deuxième objectif, nous présentons la première méthode de composition d'images de la litérature pour l'éclairage extérieur capable de produire des interactions réalistes entre des ombres réelles et virtuelles dans des scènes inconnues. Pour atteindre nos objectifs, de nombreux défis intermédiaires ont également dû être relevés, notamment l'ajustement paramétrique soleil-ciel, la détection de pénombres et la détection d'ombres haute résolution. Nous introduisons également des jeux de donnés pour la détection des pénombres et le masquage d'ombres avec des vérités terrain annotées et fournissons des annotations paramétriques qui surpassent l'état de l'art pour le jeu de données Laval HDR Skies. En utilisant une multitude d'images au contenu varié et complexe provenant de diverses sources, nous effectuons des comparaisons quantitatives et qualitatives démontrant la supériorité de nos approches face aux alternatives existantes. Enfin, nous discutons des limites et proposons des pistes pour les travaux futurs. / As humans, we are naturally capable of perceiving lighting inconsistencies. This trait makes it paramount to model light correctly when compositing virtual and real objects together. In recent years, deep learning approaches have shown many scene properties can be robustly estimated in automatic single-image compositing systems. This is especially true for outdoor environments, as they share the property of being lit by Earth's sky, under the sun. However, current deep learning approaches for lighting estimation do not produce accurate textures for cloudy skies, and the ones that generate cloud textures do not guarantee fidelity to the estimated lighting. As for what is modeled in the absence of light, interactions between real and synthetic shadows are also not handled gracefully by existing methods, which typically assume a shadow-free background. Thus, this thesis has two main goals: to model and edit realistic skies regardless of weather, and to model real shadows in a way that allows for interactions with synthetic ones. To achieve the first goal, we propose a photorealistic, all-weather sky model controllable through parameters, to our knowledge the first in the literature. Then, for the second goal, we present the first compositing pipeline for outdoor lighting that is capable of producing realistic interactions between real and virtual shadows in unknown scenes. To achieve our goals, numerous intermediate challenges also had to be tackled, including parametric sun-sky fitting, soft shadow detection, and high-resolution shadow detection. We also introduce datasets for soft shadow detection and shadow matting with annotated ground truths and provide state-of-the-art parametric annotations for the Laval HDR Skies dataset. By using challenging outdoor images from multiple distributions, we perform quantitative and qualitative comparisons that show our approaches produce more realistic results than existing alternatives. Finally, we discuss limitations and propose pathways for future work.

L'utilisation de gluten de maïs (GM) jaune dans les moulées d'aquaculture est une pratique de plus en plus courante. En plus d'être très digeste, le GM est faible en phosphore et contient plus de 60% de protéines digestes. Le GM jaune est très concentré en pigments caroténoïdes xanthophylles jaunes. TI a cependant été démontré que ces pigments ont un pouvoir colorant indésirable sur la chair des salmonidés. Le GM est aussi pauvre en lysine et les régimes alimentaires contenant un haut niveau de GM peuvent montrer une légère déficience en lysine, ce qui limite la déposition protéique chez les poissons. Quatre régimes alimentaires (36% de protéines digestibles, 19 MJ kg-1 d'énergie digestible, 50 ppm d' astaxanthine) ont été formulés pour contenir 12% de farine de poisson et 30% de GM blanc ou jaune. Un régime contenant 36% de farine de poisson et aucun GM a également été utilisé. Les moulés ont été distribuées à des truites arc-en-ciel (poids initial = 119 g) élevés à 12° C pendant 140 jours. Le premier objectif de cette étude était d'étudier l'effet des pigments xanthophylles sur la déposition des pigments dans la chair de la truite arc-en-ciel. Le second objectif consistait à étudier l'effet de différents niveaux de lysine dans la moulée sur les performances et la pigmentation de la truite arc-en-ciel.

Darbe tirtas spalvinio spausdintuvo ,,Ricoh Aficio 3006“ spalvų atgaminimo tikslumas – viena iš svarbiausių jo charakteristikų. Tyrimas atliktas analizuojant keturių spalvų (CMYK) gradacines kreives – zoninių optinių tankių atitiktį etalonui ir gradacinių skalių spausdinimo stabilumą pagal zoninių optinių tankių verčių sklaidą. Spalvų iškraipymas tirtas spektrofotometriniu metodu nustatant spalvų CIE L*a*b* koordinates ir spalvų skirtumus lyginant su etalonu ΔE. Tyrimai atlikti 8 spausdinimo režimams ir keičiant tų režimų nustatymus. Nustatyta, kad spausdintuvas „Ricoh“ spalvas reprodukuoja netiksliai, tačiau spalvų atgaminimo kokybė patenkinama spalvų reprodukavimo aukštos kokybės nereikalaujantiems darbams. Spalvų gradacijos gerokai skiriasi nuo teorinių, bet kai kurie režimai („Gamma“, „Brightness“, „CMYK simulation“) leidžia atspaudų gradacijas priartinti prie teorinių. Nepaisant didelių gradacinių visų spalvų skirtumas nuo teorinių nėra didelis galimai dėl spausdintuvo programinio spalvų koregavimo. Šios programos leidžia koreguoti atspaudų kokybę priklausomai nuo originalo pobūdžio. Išnagrinėjus eksperimentinio tyrimo rezultatus pateikiamos baigiamojo darbo išvados. Darbą sudaro 7 dalys: įvadas, literatūros apžvalga (2 dalys), darbo tikslas ir uždaviniai, tyrimo metodika, išvados ir siūlymai, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 73 p. teksto be priedų, 51 iliustr., 6 lent., 25 bibliografiniai šaltiniai. / It was made an investigation of the „Ricoh Aficio 3006“ color printer color reproduction accuracy - one of the most important characteristics. The study was conducted by analyzing the four-color (CMYK) gradation curves - zonal absorbance compliance with the standard references and gradation according to the stability of the control scale valuže scattering. Colors were measured spectrophotometrically determining the color CIE L*a*b* coordinates and color differences ΔE in comparison with standards. Investigation was carried out in eight printing regimes and their modes. It was found that the printer Ricoh reproduces the color grades inaccurately, but color reproduction quality is sufficient for printing data, that don ot require high accuracy of color reproduction. Color gradations significantly differs from the theoretical, but some regimes (Gamma, Brightness, CMYK simulation) allows to aproach the theoretical values. Despite the high inaccuracy of the gradation the color differences are not so high due to corrections made by software. These programs allow to adjust the print quality depending on the nature of the original. The conclusions are made of the experimental results. Thesis consists of: introduction, literature review (2 parts), research goalsand tasks, research methodology, conclusions and recommendations, references. Work volume - 73 pages of text except appendixes, 51 illustrations, 6 tables., 25 references.

L'étude a pour but de mettre au point une stratégie nutritionnelle de réduction de la charge en phosphore (P) des effluents piscicoles au Québec. Elle a duré 112 jours et consisté à évaluer les effets de trois types d'alternances répétées (à 1, 2 et 4 semaines) de régimes carencé ou RO (0,2 % P disponible) et équilibré ou RIO (0,3 % P disponible) en P sur la croissance et l'excrétion de P chez Oncorhynchus mykiss. Ces alternances ont été comparées à l'alimentation en continu avec RO, RIO et un régime témoin, bien équilibré, ou RG (0,5 % P disponible). Les alternances n'ont pas différé significativement (P<0,05) entre elles pour la croissance, la minéralisation des tissus et les rejets de P. Elles ont été globalement meilleures par rapport à l'alimentation en continu avec RO et RIO. C'est le RG ±en continu¿ qui a, cependant, eu des valeurs plus élevées pour la croissance, mais aussi des rejets de P plus élevés (4,2 contre 2 g de P par kg de poids frais). L'étude a montré qu'une alternance de régimes carencé et équilibré en P est une avenue intéressante pouvant permettre d'atteindre et même de dépasser l'objectif provincial du Québec en matière de rejet de P.

La truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss), espèce d'élevage majeure en Europe et notamment en France, est l'une des espèces de poisson les mieux connues dans un grand nombre de domaines, y compris l'immunologie. Les virus qui l'infectent ont aussi été bien caractérisés, en particulier deux Novirhabdovirus, le virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI), tous deux connus pour provoquer des pertes importantes dans les élevages aquacoles. Quelques travaux, conduits notamment à l'INRA, ont mis en évidence l'existence d'une variabilité génétique de la résistance à ces infections chez la truite (Quillet et al., 2007). Une approche combinant analyse génétique et étude des réponses cellulaires a été développée pour tenter de mieux caractériser la réponse de la truite contre le VSHV. L'objectif est de développer des outils d'amélioration de la santé dans les élevages piscicoles et de mieux comprendre les mécanismes de résistance antivirale chez les vertébrés. Tout d'abord, une démarche de cartographie de QTL (quantitative trait locus) a permis de détecter un QTL majeur de résistance au VSHV dans la région télomérique du groupe de liaison 31 de la truite arc-en-ciel. Ce QTL contrôle la survie des poissons et la croissance in vitro du virus sur explants de nageoire (VREFT), ce qui suggère fortement l'implication de mécanismes innés dans la résistance. Le QTL est retrouvé dans des croisements impliquant des reproducteurs de résistance variée, et peut expliquer jusqu'à 65% (survie) et 49% (VREFT) de la variance phénotypique observée. Enfin, l'effet du QTL est conservé quel que soit le mode d'infection employé (balnéation ou injection intrapéritonéale), suggérant que la résistance n'est pas liée à des particularités des tissus superficiels (peau, mucus), premiers sites de contact entre le virus et son hôte. En parallèle, des lignées cellulaires ont été dérivées à partir d'ovaires de truites appartenant à des lignées isogéniques présentant des niveaux de résistance variable à l'infection par le VSHV. Une corrélation remarquable est observée entre la résistance à l'infection des lignées cellulaires et la survie des poissons dont elles sont issues, confirmant définitivement le rôle déterminant de mécanismes innés dans la résistance. Ce modèle cellulaire a également permis de montrer que le contrôle précoce de la prolifération virale était une étape clé de la résistance. Le parallélisme entre résistance in vitro et in vivo semble conservé lors de l'infection par un second rhabdovirus, le VNHI, bien qu'aucune corrélation dans la résistance à ces deux infections n'ait été observée dans cette étude. Par ailleurs, le QTL à effet fort identifié pour la résistance au VSHV ne joue pas un rôle majeur dans la variabilité de résistance au VNHI. Ceci suggère que, même si ils concourent à l'activation de voies de signalisation communes, les facteurs clés de la résistance aux deux virus sont différents, et leur expression contrôlée par des zones génomiques distinctes. Les résultats obtenus dans cette étude ont permis de démontrer sans équivoque le rôle clé des mécanismes innés dans la résistance de la truite à l'un de ses principaux virus, et l'existence d'une forte variabilité génétique sous-tendant l'expression des facteurs impliqués. En proposant des bases nouvelles pour aborder l'analyse des interactions hôte-virus chez la truite, ils ouvrent la voie à la découverte de mécanismes potentiellement nouveaux dans la réponse des poissons à ces infections et à une meilleure compréhension de ces mécanismes chez les vertébrés. / The rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) is one of most significant fish model in many scientific fields, including immunology. Due to its importance in aquaculture, viruses that can infect this species have been well characterized. Two well-known Novirhabdoviruses, the viral haemorrhagic septicemia virus (VHSV) and the infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) cause serious damage in fish farms and represent a significant threat for aquaculture in a number of countries. Our laboratories have previously reported a wide range of susceptibility to these infections in rainbow trout depending on the host genetic background (Quillet et al., 2007). In this work, we undertook a dual approach to better characterize the antiviral response in fish. A without a priori approach led to the detection of a major QTL (quantitative trait locus) for resistance to VHSV in the telomeric region of the rainbow trout linkage group 31. This QTL controls both fish survival and viral replication in excised fin tissue (VREFT), suggesting the involvement of innate mechanisms in the resistance, and can explain up to 65% (survival) and 49% (VREFT) of the observed phenotypic variation. Additionally, this major locus was retrieved in a number of genetic backgrounds, and regardless of the infection route (waterborne infection or injection), suggesting that the virus entry in fish is not the main factor of resistance. In parallel, cell lines were derived from ovaries of several rainbow trout isogenic lines with various levels of susceptibility to infection with VHSV. Resistance of cell lines to infection by the virus was remarkably correlated with the survival of fish from which they were derived, confirming the importance of innate factors for the resistance. This model also showed that the early stage response is critical for the cellular fate after infection. The parallelism between resistance in vitro and in vivo has finally been observed after infection by a second rhabdovirus, IHNV, although no correlation in resistance to these two viruses could be detected. Moreover, no major QTL for IHNV resistance was found in the region of the VHSV QTL. This observation suggests that the key factors of resistance are different, even if they contribute to the activation of common signaling pathways. The expression of these factors is in any case controlled by distinct regions of the genome. Our work demonstrates a strong genetic determinism of resistance to a major virus in rainbow trout, based on innate mechanisms. We believe that these results pave the way for the discovery of new host response mechanisms against viruses, leading to a better understanding of antiviral immunity in vertebrates.

Pour contribuer à la compréhension des processus d'arrachement et de fragmentation de la roche par l'explosif en ciel ouvert, le travail de recherche présenté dans ce mémoire vise à affiner les techniques empiriques de prédiction de fragmentation existantes. Un programme expérimental conséquent réalisé en échelle réelle sur site minier apporte des données ainsi que de nouveaux éléments par rapport à l'existant dans la littérature. En particulier, une comparaison entre résultats de tirs de charge unique et résultats de tirs à plusieurs charges est faite. Dans le contexte roche/explosif du site test, les résultats démontrent que le bénéfice industriel d'une prédiction charge par charge est limité. Une approche numérique a été mise en œuvre en parallèle du travail expérimental ; elle met à contribution un modèle rhéologique d'endommagement développé spécifiquement pour l'étude de laf ragmentation par l'explosif (Rouabhi, 2004). Des calculs 2D avec réduction d'échelle ont été réalisés ; l'utilisation d'un tel modèle d'endommagement s'avère indispensable, et la nécessité de coupler dans le futur les effets des ondes de choc et des gaz d'explosion dans la modélisation est soulignée. On explique par ailleurs de manière originale les résultats d'une étude expérimentale en laboratoire (Miklautsch et al., 2002). En fin de mémoire, plusieurs méthodologies de prédiction charge par charge aisément reproductibles sont testées et ajustées aux résultats du programme expérimental. On finit par montrer que la meilleure méthode offre même davantage de précision lorsqu'elle est appliquée avec les paramètres moyens des tirs et non charge par charge.

Certains métaux peuvent agir comme perturbateurs endocriniens: les truites arc-en-ciel vivant dans les lacs contaminés au cadmium (Cd) ou au zinc (Zn) présentent une sécrétion cortisolique affaiblie en réponse au stress comparativement à celles non exposées. Des études in vitro ont révélé que le Cd et le Zn agissent directement sur la cellule adrénocorticale et nous avons démontré que le ¹⁰⁹Cd est transporté dans ces cellules par un système de transport spécifique. Comme la sécrétion cortisolique en réponse à l'adrénocorticotrophine (ACTH) impliquerait un influx de calcium (Ca), nous avons émis l'hypothèse que le Cd et le Zn inhiberaient cet influx. Les effets réciproques du Cd et du Ca, ainsi que du Zn, sur le transport de ¹⁰⁹Cd et de ⁴⁵Ca ont été caractérisés dans des cellules adrénocorticales isolées de truites d'élevage. Nous avons utilisé des milieux d'incubation inorganiques et avons analysé les résultats en terme de spéciation des métaux. Nos résultats démontrent l'existence d'un transport spécifique pour le ⁴⁵Ca. Des inhibitions réciproques entre le Cd et le Ca ont été observées en conditions optimisant les niveaux de Cd²⁺ comparativement aux chloro-complexes (CdCln²¯n). Le Zn inhibe préférentiellement le transport de ¹⁰⁹CdCln²¯n sans affecter l'accumulation de ⁴⁵Ca. Le Cd pourrait donc perturber la sécrétion de cortisol en diminuant la biodisponibilité du Ca dans les cellules stéroïdogéniques du tissu interrénal, mais il est peu probable que le Zn agisse ainsi. Le transport de ¹⁰⁹Cd étant inhibé par le Zn, ces deux métaux n'agiraient pas en synergie sur la fonction hormonale. Cette étude valide l'utilisation de cellules adrénocorticales isolées pour mieux comprendre la défaillance cortisolique observée chez les poissons vivant en écosystèmes contaminés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Cadmium, Zinc, Calcium, Cortisol, Spéciation, Inhibition réciproque.

La truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss), espèce d'élevage majeure en Europe et notamment en France, est l'une des espèces de poisson les mieux connues dans un grand nombre de domaines, y compris l'immunologie. Les virus qui l'infectent ont aussi été bien caractérisés, en particulier deux Novirhabdovirus, le virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI), tous deux connus pour provoquer des pertes importantes dans les élevages aquacoles. Quelques travaux, conduits notamment à l'INRA, ont mis en évidence l'existence d'une variabilité génétique de la résistance à ces infections chez la truite (Quillet et al., 2007). Une approche combinant analyse génétique et étude des réponses cellulaires a été développée pour tenter de mieux caractériser la réponse de la truite contre le VSHV. L'objectif est de développer des outils d'amélioration de la santé dans les élevages piscicoles et de mieux comprendre les mécanismes de résistance antivirale chez les vertébrés. Tout d'abord, une démarche de cartographie de QTL (quantitative trait locus) a permis de détecter un QTL majeur de résistance au VSHV dans la région télomérique du groupe de liaison 31 de la truite arc-en-ciel. Ce QTL contrôle la survie des poissons et la croissance in vitro du virus sur explants de nageoire (VREFT), ce qui suggère fortement l'implication de mécanismes innés dans la résistance. Le QTL est retrouvé dans des croisements impliquant des reproducteurs de résistance variée, et peut expliquer jusqu'à 65% (survie) et 49% (VREFT) de la variance phénotypique observée. Enfin, l'effet du QTL est conservé quel que soit le mode d'infection employé (balnéation ou injection intrapéritonéale), suggérant que la résistance n'est pas liée à des particularités des tissus superficiels (peau, mucus), premiers sites de contact entre le virus et son hôte. En parallèle, des lignées cellulaires ont été dérivées à partir d'ovaires de truites appartenant à des lignées isogéniques présentant des niveaux de résistance variable à l'infection par le VSHV. Une corrélation remarquable est observée entre la résistance à l'infection des lignées cellulaires et la survie des poissons dont elles sont issues, confirmant définitivement le rôle déterminant de mécanismes innés dans la résistance. Ce modèle cellulaire a également permis de montrer que le contrôle précoce de la prolifération virale était une étape clé de la résistance. Le parallélisme entre résistance in vitro et in vivo semble conservé lors de l'infection par un second rhabdovirus, le VNHI, bien qu'aucune corrélation dans la résistance à ces deux infections n'ait été observée dans cette étude. Par ailleurs, le QTL à effet fort identifié pour la résistance au VSHV ne joue pas un rôle majeur dans la variabilité de résistance au VNHI. Ceci suggère que, même si ils concourent à l'activation de voies de signalisation communes, les facteurs clés de la résistance aux deux virus sont différents, et leur expression contrôlée par des zones génomiques distinctes. Les résultats obtenus dans cette étude ont permis de démontrer sans équivoque le rôle clé des mécanismes innés dans la résistance de la truite à l'un de ses principaux virus, et l'existence d'une forte variabilité génétique sous-tendant l'expression des facteurs impliqués. En proposant des bases nouvelles pour aborder l'analyse des interactions hôte-virus chez la truite, ils ouvrent la voie à la découverte de mécanismes potentiellement nouveaux dans la réponse des poissons à ces infections et à une meilleure compréhension de ces mécanismes chez les vertébrés.

Afin de modéliser correctement les phénomènes liés à l'évaporation, les numériciens souhaitent obtenir des mesures expérimentales fiables, leur permettant d'améliorer leurs modèles. A l'opposé, de nombreux industriels souhaitent pouvoir réaliser des mesures in situ, avec des techniques expérimentales appliquées aux conditions réelles.C'est dans ce cadre que s'est inscrite cette thèse. L'objectif principal, a été de démontrer la faisabilité, et la stabilité, de mesures en réfractométrie d'arc-en-ciel sur des gouttes uniques en écoulement afin d'obtenir le taux d'évaporation de ces gouttes.L'utilisation d'un dispositif dédié habituellement à la PIV a servi à réaliser des acquisitions de couples d'images, séparées par un délai temporel variable. Une méthode très fine de la mesure de variation de diamètre a été introduite, autorisant la mesure du taux d'évaporation instantané d'une goutte en écoulement par le biais du déphasage de la structure de ripple.