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Temperature stress, gene expression, and innate immunity at the onset of cnidarian-dinoflagellate symbiosis /Schnitzler, Christine E. January 1900 (has links)
Thesis (Ph. D.)--Oregon State University, 2011. / Printout. Includes bibliographical references (leaves 159-179). Also available on the World Wide Web.
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Expression and characterization of a novel orange flourescent protein cloned from the cnidarian tube anemone cerianthus sp. / CUHK electronic theses & dissertations collectionJanuary 2007 (has links)
A crystal structure of OFP has been solved at 2.0 A resolution. It reveals that OFP is tetrameric and exists as a dimer of homo-dimer. It adopts the characteristic 11-stranded beta-can structure of GFP-like proteins. Based on the crystal structure, four special mutants were created primarily by site-directed random mutagenesis and error-prone PCR techniques. The first mutant is named Y37F in which a substitution of tyrosine (Y37) for phenylalanine creates a green emitter with an excitation maximum of 480 nm. The emission spectrum of Y37F is similar to that of EGFP and peaked at 498 nm. The second mutant is named K79R in which a substitution of lysine (K79) for arginine creates a red emitter with an excitation maximum of 548 nm. While the excitation maximum of K79R was literally unchanged with respected to OFP, the two emission maxima of K79R are both red-shifted to 512.5 nm and 583 nm. The third mutant is a dimeric mutant named OFP2 with W118K and V120E mutations. The absorption spectrum of OFP2 is identical to that of OFP. The emission spectrum of OFP2 has two emission maxima at 498 nm and 568 nm, respectively. Only bright orange fluorescence maximum at 568 nm is observed when OFP2 is excited at 515 nm or above. When OFP is excited between 430 nm and 470 nm, however, roughly equal amount of green emission maximum at 498 nm is also observed. The fluorescence quantum yield of OFP2 is about the same as OFP. The last mutant is named OFPm. It is a monomeric mutant of OFP2. A total of seven extra mutations (T141A/T144H/F155V/Y188P/K192S/R194S1N199A) were introduced on OFP2. The absorption maximum of OFPm is slightly red-shifted to 560 nm as compared to OFP2. The emission spectrum of OFPm has two emission maxima at 504 nm and 576.5 nm, respectively. Only red fluorescence maximum at 576.5 nm is observed when OFPm is excited at 525 nm or above. When OFPm is excited between 430 nm and 470 nm, however, the emission is mainly green fluorescence peaked at 504 nm with small amount red light peaked at 576.5 nm. The fluorescence quantum yield of OFPm is about 0.32. / A novel Orange Fluorescent Protein (OFP) was cloned from the tentacles of Cnidarian tube anemone Cerianthus sp. This protein consists of 222 amino acid residues with the calculated molecular mass of 25.1-kDa. A BLAST protein sequence homology search revealed that native OFP has 81% sequence identity to Cerianthus membranaceus green fluorescent protein (cmFP512), 38% identity to Entacmaea quadricolor red fluorescent protein (egFP611), 37% identity to Discosoma red fluorescent protein (DsRed), 36% identity to Fungia concinna Kusabira-Orange fluorescent protein (KO), and a mere 21% identity to Aequorea victoria green fluorescent protein (GFP). Spectroscopic analysis indicated that it has a wide absorption spectrum peak at 548 nm with two shoulders at 483 and 515 nm. Bright orange fluorescence maximum at 568 nm was observed when OFP was excited at 515 nm or above. When OFP was excited well below 500 nm, a considerable amount of green emission maximum at 498 nm was also observed. It has a fluorescence quantum yield (phiF) of 0.64 at 25°C. The molar absorption coefficients (epsilon) of folded OFP at 278 and 548 nm are 47,000 and 60,000 M-1 · cm -1, respectively. Its fluorescent brightness (epsilon · phi F) at 25°C is 38,400 M-1 · cm -1. Fluorescent intensity of OFP is detectable over a pH range of 3 to 12. OFP was readily expressed as soluble protein in Escherichia coli at 37°C. / Ip, Tsz Ming. / "November 2007." / Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 69-08, Section: B, page: 4733. / Thesis (Ph.D.)--Chinese University of Hong Kong, 2007. / Includes bibliographical references (p. 139-149). / Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Electronic reproduction. [Ann Arbor, MI] : ProQuest Information and Learning, [200-] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Abstracts in English and Chinese. / School code: 1307.
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Estudo faunístico e da distribuição das hidromedusas (Cnidaria, Hydrozoa) da região compreendida entre Cabo Frio (RJ) e Cabo de Santa Marta Grande (SC), Brasil / Faunistic and distribution of hydromedusae (Cnidaria, Hydrozoa) from the region between Cabo Frio (RJ) and Cabo de Santa Marta Grande (SC), BrasilTronolone, Valquiria Baddini 31 January 2008 (has links)
O Brasil possui uma extensão de costa marítima de mais de 9.200 km. Contudo, os componentes vivos presentes em suas águas costeiras e neríticas são parcamente conhecidos em termos taxonômicos, biogeográficos e ecológicos. Embora constitua um dos principais grupos de predadores pelágicos, seja abundante e de dimensões relativamente grandes, o plâncton gelatinoso é normalmente subestimado nos estudos de plâncton. A classe Hydrozoa é um dos grupos de invertebrados gelatinosos mais bem representados e comuns no plâncton. Dentre os trabalhos sobre hidromedusas, somente alguns abrangeram áreas extensas da plataforma continental brasileira, embora coleções oriundas de campanhas oceanográficas, como as realizadas pelo Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo (IO-USP), estejam disponíveis para estudo. O objetivo do presente é inventariar as espécies de hidromedusas oriundas de duas campanhas oceanográficas realizadas pelo IO-USP na plataforma continental entre Cabo de Santa Marta Grande (SC) e Cabo Frio (RJ) (Plataforma Continental Sudeste - PCSE), nos anos de 1991 e 2001: Sardinha 1 e PADCT 2. A composição da fauna foi analisada quanto à diversidade de espécies e distribuição geográfica. Os dados foram interpretados procurando-se inferir correlações na distribuição das espécies com as massas de água características da região (Água Costeira AC; :Água Tropical AT; Água Central do Atlântico Sul ACAS). Dados brutos de distribuição também foram utilizados em uma Análise de Parcimônia de Endemicidade (PAE), no intuito de averiguar possíveis áreas de endemismo das espécies. Nas 155 amostras analisadas foram encontradas 51.808 espécimes de hidromedusas, identificados em 20 morfotipos: 10 Anthoathecata, 5 Leptothecata, 3 Trachymedusae e 2 Narcomedusae. Tanto a diversidade quanto a abundância das espécies foram menores nas amostras referentes à campanha PADCT 2 (figuras 2.2 a 2.5) quando comparadas com as da campanha Sardinha 1. Todas as espécies já haviam sido registradas para a costa brasileira, no entanto, algumas tiveram suas distribuições geográficas ampliadas. Liriope tetraphylla e Aglaura hemistoma foram as espécies mais freqüentes e abundantes nas amostras das campanhas Sardinha 1 e PADCT 2, respectivamente. As distribuições geográficas de algumas espécies mostram-se associadas, como Aglaura hemistoma e Corymorpha gracilis; Solmundella bitentaculata e a co-ocorrência do par Aglaura hemistoma-Liriope tetraphylla; e Turritopsis nutricula e Proboscidactyla ornata, estas últimas co-ocorrem sobretudo quando abundantes. O relativo baixo número de espécies de hidromedusas encontrado no presente trabalho pode ser conseqüência do método de amostragem utilizado, o qual não visava o plâncton gelatinoso. No entanto, entre os 20 táxons identificados encontram-se as espécies mais freqüentes registradas para a PCSE, como Aglaura hemistoma, Liriope tetraphylla, Rhopalonema velatum, Solmundella bitentaculata e Turritopsis nutricula. Algumas espécies apresentam relação com a presença predominante de ACAS seguida por AC: Turritopsis nutricula, Niobia dendrotentaculata, Proboscidactyla ornata, Solmundella bitentaculata e Corymorpha gracilis. Enquanto que a maioria dos exemplares de Liriope tetraphylla e Eucheilota duodecimalis,esteve associada à presença de AC. Aglaura hemistoma e Rhopalonema velatum estiveram relacionadas à ACAS ou AT+ACAS, respectivamente. A Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE) destaca duas áreas, a primeira majoritariamente compreendida entre as isóbatas de 50 e 200 m, apresenta predomínio de ACAS em suas estações de coleta, com a presença Bougainvillia carolinensis e Dipurena sp. e o predomínio de abundância de Corymorpha gracilis, Ectopleura dumortieri, Niobia dendrotentaculata, Proboscidactyla ornata. A segunda apresenta grande abundância de Rhopalonema velatum e localiza-se principalmente a leste da isóbata de 200 m, praticamente acompanhando a distribuição das estações com AT como massa de água principal e ACAS como secundária. / Brazil has an extensive marine coast of over 9.200 km. However, the taxonomical, biogeographical and ecological knowledge of the organisms present in coastal and neritic waters is scanty. Although the gelatinous plankton constitutes one of the main groups of pelagic predators, is abundant and relatively large, in size, it is usually underestimated in number and importance by the traditional sampling methods. Hydrozoa are one of the most numerous and common groups in this planktonic community. Among the works on hydromedusae, only some included extensive areas of the Brazilian continental shelf, although sampling of oceanographic expeditions, as the ones accomplished by the Instituto Oceanográfico of the Universidade de São Paulo (IO-USP), are available for study. The goal of this study is to survey the hydromedusae species collected by two oceanographic expeditions by the Brazilian vessel carried out by IO-USP along the continental shelf between Cabo Frio (RJ) and Cabo de Santa Marta Grande (SC) (South Brazil Bight - SBB), in 1991 and 2001: Sardinha 1 and PADCT 2. The diversity and geographic distribution of the hydromedusae fauna were analyzed. Data were interpreted trying to infer correlations in the distribution of the species with the characteristic water masses present in the area (Coastal Water - CW; Tropical Water - TW; South Atlantic Central Water - SACW). The distribution data were also used in a Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), to verify possible endemic areas of the species. From the 155 samples a total of 51,808 hydromedusae specimens were found, belonging to 20 species/morphotypes: 10 Anthoathecata; 5 Leptothecata; 3 Trachymedusae; 2 Narcomedusae. The diversity and abundance of the species were lower in the samples of PADCT 2 when compared to Sardinha 1. All of the species had already been recorded for the Brazilian coast; however, some had their geographical distributions enlarged. Liriope tetraphylla and Aglaura hemistoma were the most frequent and abundant species in the samples of the Sardinha 1 and PADCT 2, respectively. There are indications that the geographical distributions of some species are associated, as Aglaura hemistoma and Corymorpha gracilis; Solmundella bitentaculata and the pair Aglaura hemistoma-Liriope tetraphylla; Turritopsis nutricula and Proboscidactyla ornata, the last association usually occurring when both species are abundant. The relative low number of hydromedusae species found in SBB can be consequence of the sampling method, which did not aim at the gelatinous plankton. However, among the 20 identified species/morphotypes are the most frequent species already recorded for SBB, as Aglaura hemistoma, Liriope tetraphylla, Rhopalonema velatum, Solmundella bitentaculata and Turritopsis nutricula.. Some species distributions are associated to specific water masses like Turritopsis nutricula, Niobia dendrotentaculata, Proboscidactyla ornata, Solmundella bitentaculata and Corymorpha gracilis in a mixture of SACW and CW. Most individuals of Liriope tetraphylla and Eucheilota duodecimalis were related to the exclusive presence of CW, while the majority of Aglaura hemistoma and Rhopalonema velatum individuals were associated with SACW or TW+SACW, respectively. Two areas were identified in a Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), the first located between 50 and 200 m deep and predominance of SACW, with the presence of Bougainvillia carolinensis, Dipurena sp. and the predominance in abundance of Corymorpha gracilis, Ectopleura dumortieri, Niobia dendrotentaculata, and Proboscidactyla ornata. The second area was characterized by high abundance of Rhopalonema velatum, being located east of the 200 m bathymetric line, along the occurrence of TW (main water mass) and SACW (secondary water mass).
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Characterisation of anterior patterning genes in the staghorn coral, Acropora millepora (Cnidaria: Anthozoa: Scleratina) /Hislop, Nikki Rochelle. January 2003 (has links)
Thesis (Ph.D.) - James Cook University, 2003. / Typescript (photocopy) Bibliography: leaves 181-201.
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Estudo faunístico e da distribuição das hidromedusas (Cnidaria, Hydrozoa) da região compreendida entre Cabo Frio (RJ) e Cabo de Santa Marta Grande (SC), Brasil / Faunistic and distribution of hydromedusae (Cnidaria, Hydrozoa) from the region between Cabo Frio (RJ) and Cabo de Santa Marta Grande (SC), BrasilValquiria Baddini Tronolone 31 January 2008 (has links)
O Brasil possui uma extensão de costa marítima de mais de 9.200 km. Contudo, os componentes vivos presentes em suas águas costeiras e neríticas são parcamente conhecidos em termos taxonômicos, biogeográficos e ecológicos. Embora constitua um dos principais grupos de predadores pelágicos, seja abundante e de dimensões relativamente grandes, o plâncton gelatinoso é normalmente subestimado nos estudos de plâncton. A classe Hydrozoa é um dos grupos de invertebrados gelatinosos mais bem representados e comuns no plâncton. Dentre os trabalhos sobre hidromedusas, somente alguns abrangeram áreas extensas da plataforma continental brasileira, embora coleções oriundas de campanhas oceanográficas, como as realizadas pelo Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo (IO-USP), estejam disponíveis para estudo. O objetivo do presente é inventariar as espécies de hidromedusas oriundas de duas campanhas oceanográficas realizadas pelo IO-USP na plataforma continental entre Cabo de Santa Marta Grande (SC) e Cabo Frio (RJ) (Plataforma Continental Sudeste - PCSE), nos anos de 1991 e 2001: Sardinha 1 e PADCT 2. A composição da fauna foi analisada quanto à diversidade de espécies e distribuição geográfica. Os dados foram interpretados procurando-se inferir correlações na distribuição das espécies com as massas de água características da região (Água Costeira AC; :Água Tropical AT; Água Central do Atlântico Sul ACAS). Dados brutos de distribuição também foram utilizados em uma Análise de Parcimônia de Endemicidade (PAE), no intuito de averiguar possíveis áreas de endemismo das espécies. Nas 155 amostras analisadas foram encontradas 51.808 espécimes de hidromedusas, identificados em 20 morfotipos: 10 Anthoathecata, 5 Leptothecata, 3 Trachymedusae e 2 Narcomedusae. Tanto a diversidade quanto a abundância das espécies foram menores nas amostras referentes à campanha PADCT 2 (figuras 2.2 a 2.5) quando comparadas com as da campanha Sardinha 1. Todas as espécies já haviam sido registradas para a costa brasileira, no entanto, algumas tiveram suas distribuições geográficas ampliadas. Liriope tetraphylla e Aglaura hemistoma foram as espécies mais freqüentes e abundantes nas amostras das campanhas Sardinha 1 e PADCT 2, respectivamente. As distribuições geográficas de algumas espécies mostram-se associadas, como Aglaura hemistoma e Corymorpha gracilis; Solmundella bitentaculata e a co-ocorrência do par Aglaura hemistoma-Liriope tetraphylla; e Turritopsis nutricula e Proboscidactyla ornata, estas últimas co-ocorrem sobretudo quando abundantes. O relativo baixo número de espécies de hidromedusas encontrado no presente trabalho pode ser conseqüência do método de amostragem utilizado, o qual não visava o plâncton gelatinoso. No entanto, entre os 20 táxons identificados encontram-se as espécies mais freqüentes registradas para a PCSE, como Aglaura hemistoma, Liriope tetraphylla, Rhopalonema velatum, Solmundella bitentaculata e Turritopsis nutricula. Algumas espécies apresentam relação com a presença predominante de ACAS seguida por AC: Turritopsis nutricula, Niobia dendrotentaculata, Proboscidactyla ornata, Solmundella bitentaculata e Corymorpha gracilis. Enquanto que a maioria dos exemplares de Liriope tetraphylla e Eucheilota duodecimalis,esteve associada à presença de AC. Aglaura hemistoma e Rhopalonema velatum estiveram relacionadas à ACAS ou AT+ACAS, respectivamente. A Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE) destaca duas áreas, a primeira majoritariamente compreendida entre as isóbatas de 50 e 200 m, apresenta predomínio de ACAS em suas estações de coleta, com a presença Bougainvillia carolinensis e Dipurena sp. e o predomínio de abundância de Corymorpha gracilis, Ectopleura dumortieri, Niobia dendrotentaculata, Proboscidactyla ornata. A segunda apresenta grande abundância de Rhopalonema velatum e localiza-se principalmente a leste da isóbata de 200 m, praticamente acompanhando a distribuição das estações com AT como massa de água principal e ACAS como secundária. / Brazil has an extensive marine coast of over 9.200 km. However, the taxonomical, biogeographical and ecological knowledge of the organisms present in coastal and neritic waters is scanty. Although the gelatinous plankton constitutes one of the main groups of pelagic predators, is abundant and relatively large, in size, it is usually underestimated in number and importance by the traditional sampling methods. Hydrozoa are one of the most numerous and common groups in this planktonic community. Among the works on hydromedusae, only some included extensive areas of the Brazilian continental shelf, although sampling of oceanographic expeditions, as the ones accomplished by the Instituto Oceanográfico of the Universidade de São Paulo (IO-USP), are available for study. The goal of this study is to survey the hydromedusae species collected by two oceanographic expeditions by the Brazilian vessel carried out by IO-USP along the continental shelf between Cabo Frio (RJ) and Cabo de Santa Marta Grande (SC) (South Brazil Bight - SBB), in 1991 and 2001: Sardinha 1 and PADCT 2. The diversity and geographic distribution of the hydromedusae fauna were analyzed. 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Protein engineering of orange fluorescent protein. / CUHK electronic theses & dissertations collectionJanuary 2012 (has links)
Chan, Man Hon. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2012. / Includes bibliographical references (leaves 141-144). / Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Abstracts also in Chinese.
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Molecular investigation of the cnidarian-dinoflagellate symbiosis and the identification of genes differentially expressed during bleaching in the coral Montipora capitata /Hauck, Laura L. January 1900 (has links)
Thesis (Ph. D.)--Oregon State University, 2007. / Printout. Includes bibliographical references (leaves 152-158). Also available on the World Wide Web.
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Mesozooplâncton do Estuário do Rio Formoso, Pernambuco, Brasil, Com Ênfase Em CnidariaLima, Bruno Fernandes Rocha 31 January 2012 (has links)
Submitted by Eduarda Figueiredo (eduarda.ffigueiredo@ufpe.br) on 2015-03-12T13:33:04Z
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Previous issue date: 2012 / CAPES / Este estudo teve como objetivo descrever a comunidade zooplanctônica localizada na
região de Rio Formoso, no litoral sul de Pernambuco. Foram avaliadas as variações
sazonais, nictemerais e espaciais. As amostras foram coletadas em três estações dispostas ao longo da região. Foram analisados os parâmetros ambientais pluviosidade,
temperatura, salinidade, assim como a composição do zooplâncton, sua densidade e
freqüência de ocorrência. Foram coletadas 36 amostras com rede de plâncton de 200 μm de abertura de malha por meio de arrastos horizontais superficiais ao longo de um ano. Foram identificados 66 taxa de organismos zooplanctônicos, dentre eles 12 pertencentes ao filo Cnidaria. Houve dominância de Copepoda, sendo as espécies Pseudodiaptomus acutus Dahl,1894, Parvocalanus crassirostris Dahl,1894 e Acartia lilljeborgi Giesbrecht, 1889 as mais freqüentes. Dentre os Cnidaria, a dominância foi de Phialella quadrata Forbes, 1848 e Coryne prolifera. Foram registrados pela primeira vez as espécies Dipurena reesi, Dipurena halterata e Dipurena baukalion para o Nordeste do Brasil e para águas estuarinas. O zooplâncton de uma forma geral apresentou variação nictemeral significativa (p<0,05), assim como variação espacial entre os transectos mais distantes da desembocadura do rio Formoso. Não foi verificada a esma variação temporal para os Cnidaria, embora haja diferença significativa entre os locais de coleta (p=0,039).
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Avaliação do Octoral Carijoa Rissei (Cnidaria, Anthozoa) como engenheiro ecossistêmicos da praia de Porto de Galinhas Pernambuco, Brasil.Vieira Bruto da Costa, Leonardo 31 January 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012 / O objetivo foi avaliar a potencialidade do octocoral Carijoa riisei como engenheiro
ecossistêmico na praia de Porto de Galinhas Pernambuco, Brasil. Para atingir a hipótese
de que C. riisei é um engenheiro ecossistêmico, foi realizado um estudo biótico (macrofauna
associada) dos dois principais substratos biogênicos (C. riisei e Macroalgas) e uma
caracterização abiótica do local (corrente, sedimento, temperatura, salinidade e densidade
da água). Nos dados bióticos coletou-se 28 amostras de Carijoa riisei e 28 de Macroalgas,
com um quadrado de PVC de 15x15cm acondicionou as amostras em sacos plásticos,
fixando com formol a 4% em campo. No laboratório, as amostras sofreram lavagens
sucessivas e foram filtradas em peneira de 250[m para remover a fauna associada. Toda a
fauna removida foi acondicionada em potes com alcool 70% e depois triadas e identificadas
ao menor nível taxonômico possível. Utilizando um correntômetro modelo Sensordata SD-
6000, armadilhas de sedimento e um CTD SBE-19 SeaCat coletou-se os dados abióticos no
período seco (janeiro) e chuvoso (agosto) nos quatro estágios de maré. Um total de 129
táxons foram encontrados, sendo 12 no Carijoa riisei, 35 nas macroalgas e 82 comuns. Uma
abundância de 51385 indivíduos, dos quais 49378 estavam no octocoral. A análise de
similaridade quantitativa (Bray-Curtis) demonstrou uma diferença significativa na
composição das comunidades associadas entre os dois habitats (one-way ANOSIM:
r=0,747, p<0,05). Para os dados abióticos, a temperatura, salinidade e densidade, não
apresentaram significancia entre os pontos amostrados. As correntes estavam entre o
intervalo 1,0 ≤ v ≤16,8
r
cm·s-1 e não apresentaram uma estratificação vertical nem padrão de
direção horizontal. Os sedimentos demonstraram que no ambiente onde o C. riisei estava
presente o decaimento de partículas é menor que no local sem o octocoral. Na análise geral
dos dados o octocoral Carijoa riisei atua como um engenheiro ecossistêmico na praia de
Porto de Galinhas, modulando alguns parâmetros abióticos (corrente e sedimentação) que
proporcionam um novo habitat para o assentamento de novas espécies na paisagem
estudada. Desta maneira o octocoral C. riisei cumpre um papel fundamental no ecossistema
recifal da praia de Porto de Galinhas, tornado-a uma espécie de especial interesse em
programas de gestão e conservação ambiental
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Avaliação do Octocoral Carijoa Riisei (Cnidaria, Anthozoa) Como Engenheiro Ecossistêmico da Praia de Porto de Galinhas - Pernambuco, Brasil.COSTA, Leonardo Vieira Bruto da 31 January 2012 (has links)
Submitted by Nayara Passos (nayara.passos@ufpe.br) on 2015-03-04T13:39:36Z
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Previous issue date: 2012 / CNPq
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