Orientador: Romolo Sandrini / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós graduação em Pediatria / Resumo:O tumor de córtex de supra-renal é raro em crianças. Contudo, sua incidência está aumentada na Região Sul do Brasil e no Estado de São Paulo. O tumor adrenocortical é freqüentemente associado ao síndrome de Li-Fraumeni. Foram avaliados 51 pacientes com diagnóstico de tumor de córtex adrenocortical. Obteve-se a história de câncer em familiares de 48 pacientes, provenientes de 46 famílias. Utilizouse o índice relativo de grau de parentesco genético para avaliar a probabilidade de transmissão de um gene comum associado com cânceres familiares. Foi realizado o seqüenciamento do gene TP53 a partir de sangue total em 31 pacientes e 12 familiares. A mediana de idade dos pacientes foi de 2,3 anos; a relação sexo feminino:masculino de 3,3:1. Das 46 famílias estudadas, 8 não apresentaram história familiar de presença de câncer, 24 apresentavam casos esporádicos de câncer (índice relativo de grau de parentesco genético entre 0,12 e 1,1) e 14 famílias com freqüência aumentada de câncer (índice maior que 1,1), porém nenhuma delas preenche os critérios para o diagnóstico de síndrome de Li-Fraumeni ou "Li-Fraumeni-like"'. Em 2 pacientes foram estudados os exons 5 a 9 e em 29 pacientes os exons 2 a 11. O seqüenciamento do gene apresentou mutação no exon 10, codon 337, base 1010, com substituição de arginina (CGC) por histidina (CAC) em todas as amostras cujo exon 10 foi avaliado. As mães de 6 pacientes apresentaram a mesma mutação; sendo que em 2 famílias as mães apresentavam a mutação e os pais eram normais; em outra família, a amostra da mãe era mutada e a dos três irmãos do paciente eram normais; 1 mãe apresentou o seqüenciamento do gene TP53 normal. Treze amostras de pacientes de um centro norte-americano foram utilizados como comparação; destes, 3 apresentaram mutação nos exons 6, codons 196, 213 e 219, e um no exon 7, codon 248; 9 mostraram seqüenciamento normal. Concluiu-se que a presença de tumores adrenocorticais na infância, em nossa região, não está associada à presença de cânceres em familiares, contudo está relacionada à mutação germinativa do p53, no exon 10, codon 337 com substituição de arginina por histidina. / Abstract: An adrenocortical tumor occurs rarely in children. The actual incidence of this tumor is unknown but it is estimated to be 0.3 cases per million per year in children under 16 years. The incidence of childhood adrenocortical tumors (ACT) is relatively higher in southern Brazil. This high incidence seems to be restricted to only two Brazilian states: Sao Paulo and Parana. An unexpected high incidence of this tumor is also noted among individuals carrying germline p53 mutations (Li-Fraumeni Familial Cancer Syndrome). Detailed family cancer histories were obtained in 46.families of 48 Brazilian patients with ACT. None of these families had history of cancer similar to that of the Li-Fraumeni Syndrome. The probability of the transmission of a common gene associated with cancer was estimated by the method of genetic relative index. Of 46 families, eight did not have history of cancer (index: zero), 24 had sporadic cases of cancer (index: 0.12-1.1) and 14 families had an apparent increased incidence o f cancer (index: >1.1). Sequence analysis of the p53 gene, exons 2 to 11, was performed in 29 patients. Additional 2 patients had this analysis limited to exons 5 to 9. DNA sequencing in all patients, for whom the exon 10 was analyzed, showed a specific mutation in codon 337, with a substitution of arginine by histidine. No patient had mutations in exons 5 through 9 that are typically mutate in the Li-Fraumeni Syndrome. The mothers o f six patients were also positive for the mutation; one mother had normal p53 sequencing. In three diverse families, in which the mothers were positive for the p53 mutation, two fathers and three siblings of a same family did not have this genetic abnormality. For comparison, of 13 patients admitted to St. Jude Children Research Hospital in Memphis, three had mutations in the p53 gene exons 6 and one in exon 7. Nine patients had normal p53 sequences. Four of these latter patients had extended p53 analysis that included the exon 10 and in all of them, there were no abnormalities. In conclusion, family members of children with ACT from southern Brazil do not present the spectrum o f cancer seen in the LiFraumeni Syndrome. Moreover, they do not exhibit the p53 mutations usually associated with the Li-Fraumeni Syndrome. However, it appears that a specific mutation in the exon 10 of the p53 gene is associated with ACT in these children.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:14:33Z : No. of bitstreams: 1 santoro_a_me_botib.pdf: 947565 bytes, checksum: 9b8b73aa8568ce2e4062e8221c067755 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Florestas de eucalipto no Brasil estão entre os ecossistemas mais produtivos do mundo. A madeira do eucalipto é principalmente utilizada pelas empresas de papel e celulose. Contudo, fatores abióticos e bióticos afetam a expansão dessas florestas. A disponibilidade de água é uma das maiores limitações para o desenvolvimento das espécies, afetando a produção de biomassa. O hormônio ácido abscísico (ABA) desencadeia respostas de resistência a estresses abióticos, em particular a seca. O objetivo deste trabalho foi identificar Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) no gene NCED (nove-cis-epoxicarotenóide dioxigenase), da rota biossintética do ácido abscísico (ABA), em Eucalyptus. Através da utilização da sequencia de aminoácido da enzima de Arabidopsis (AtNCED3) e do banco de dados de Expressed Sequence Tags (ESTs) de Eucalyptus foi possível o desenvolvimento de três oligonucleotídeos, os quais amplificaram a região desejada do gene. Então, primers específicos foram desenhados e os produtos de amplificação de diferentes indivíduos submetidos ao sequenciamento direto. O alinhamento e as análises das sequencias revelaram a ocorrência de sete SNPs no gene NCED, em uma região de 1230 pares de bases. A razão transição/transversão foi 1.33. Após a predição da proteína, no site Softberry e Expasy, foram verificados cinco SNPs presentes na região codificadora, os quais geraram mutações sinônimas. Através do software DnaSP, sete haplótipos foram encontrados na amostra de 65 indivíduos gerando 15 genótipos, distribuídos entre as espécies E. grandis, E. urophylla e no híbrido Urograndis. Para os sete sítios polimórficos foram desenhados conjuntos de primers específicos que permitirão a genotipagem em larga escala para estudos de genética de população e em programas de melhoramento assistido / Eucalyptus plantations in Brazil are among the most productive ecosystems in the world. The eucalyptus wood has its principal use in the paper and cellulose industry. However, abiotic and biotic factors affect the expansion of forest plantation. Water availability is the major limitation to development of species affecting biomass production. The plant hormone abscisic acid (ABA) triggers resistance responses to abiotic stresses, in particular to drought. The objective of this study was to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) in nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase (NCED), enzyme of ABA biosynthetic pathway, in Eucalyptus. Through the utilization of amino acid sequence of this enzyme of Arabidopsis (AtNCED3) and using availability Expressed Sequence Tags (ESTs) database of Eucalyptus, as possible the development of three PCR primers that amplified the desirable regions of the gene. Thus, specifics primers were designed and amplification products of different individuals submitted to direct sequencing. The alignment and analysis of sequences revealed the occurence of seven SNPs in NCED gene, in a region of 1230 base pairs. The rate of transition/transversion was 1.33. After the prediction of protein, by the sites Softberry and Expasy, it was verified five SNPs, in coding region, that generated synonymous substitutions. Using the DnaSP program, seven haplotypes were found in a sample of 65 individuals, consisting of the species E. grandis, E. urophylla and the hybrid Urograndis. For these seven polymorphic sites were designed SNPs markers sets that will allow large-scale genotyping for population genetic studies and assisted breeding programs

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:53:58Z : No. of bitstreams: 1 martin_lc_me_botib.pdf: 1513851 bytes, checksum: b337e010131dce6a4e203f7b96730b8f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estresses abióticos, como a seca, podem reduzir significativamente os rendimentos no cultivo de espécies comercialmente importantes, tais como o eucalipto na produção de celulose e papel. Quando submetidas às condições de déficit hídrico, as plantas desenvolvem alguns mecanismos de defesa. As betaínas participam destes mecanismos, sendo seu soluto mais comum a glicina betaína. Esta é uma amina quaternária distribuída extensamente em diversas espécies de plantas superiores, sintetizada em elevadas taxas, tendo como função, manter a turgescência celular. A identificação e estudo de genes relacionados à tolerância à seca são importantes para os programas de melhoramento florestal. Este estudo teve por objetivo identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) no gene colina monooxigenase relacionado ao metabolismo da glicina betaína em Eucalyptus. A sequência do gene em estudo foi encontrada em genomas de plantas modelos através do banco de dados GenBank, sendo as mesmas, utilizadas para a procura de similaridades no banco de dados de ESTs de eucalipto FORESTs – FAPESP. Após a constatação de homologia no banco de dados de eucalipto, foram confeccionados oito pares de “primers” para flanquear essas regiões, sendo estes, avaliados, amplificando fragmentos únicos. Depois de realizado o seqüenciamento do gene colina monooxigenase, foi utilizado a ferramenta BLAST no GenBank, confirmando com sucesso a identidade da sequência. Em seguida, as sequências foram alinhadas e os SNPs encontrados. No total, foram identificados 49 SNPs, sendo 12 em regiões codificantes e 37 em regiões UTRs e íntrons. Somente os SNPs localizados nas regiões codificantes foram utilizados neste trabalho, sendo 83,3% deles possuindo mutações sinônimas e 16,7% não-sinônimas. Em seguida, foi utilizada uma população mais abrangente composta de E. grandis... / Abiotic stress, such as drought, can reduce significantly the yield in the important commercially species crop, such as the eucalyptus in the cellulose and paper. When submitted to the water stress conditions, the plants develop some defense mechanisms. The betaines are part of these mechanisms , being their solute more common to the glycine betaine. This is a quaternary amine extensively distributed in several species of higher plants synthesized in high taxes with the function of maintaining the cellular turgescence. Identifying and studying the genes related to the drought tolerance are important for the forest improvement programs. This work aimed at identifying SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) in choline monooxygenase related to the glycine betaine in Eucalyptus. The gene sequence was found in model plants genomes through the databank GenBank, being used for searching similarities in the databank ESTs of eucalyptus FORESTs – FAPESP. After noticing homology in the eucalyptus databank, eight pairs of primers were made to amplify these regions, being evaluated, amplifying unique fragments. After the choline monooxygenase sequencing was performed, it was used the BLAST in the GenBank, confirming successfully the sequence identity. Then, the sequences were aligned and the SNPs were found. In the total, 49 SNPs were identified, being 12 in coding regions and 37 in UTRs and intron regions. Only the SNPs located in coding regions were used in this work, being 83.3% of the SNPs with synonymous mutation and 16.7% non-synonymous. Following, it was used a wider population made up of de E. grandis, E. Urophylla and the hybrid “Urograndis” to perform the SNPs genotyping, establishing the formation of 18 haplotypes and 16 possible haplotypical combinations which revealed that some genotypes were exclusive for the species E. grandis and E. urophylla. With the objective of decreasing costs... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:49:37Z : No. of bitstreams: 1 ramalho_mo_me_rcla.pdf: 1153054 bytes, checksum: 32cae0408bbd4ae1666b4a4cfd8b3f36 (MD5) / A formiga Camponotus textor é uma espécie tecelã, que constrói seu ninho a partir da seda produzida pelas suas próprias larvas. Existem poucos estudos sobre esta espécie e estes acabam abordando comportamento, genética, endossimbiontes e filogenia. De acordo com dados da literatura, o sequenciamento do gene citocromo oxidase I tem sido extensamente utilizado como um DNA barcoding na diferenciação e identificação de espécies, e o citocromo oxidase II é um dos mais utilizados para estudos em insetos. Relatos de ocorrências de endobactérias são comuns em artrópodes e vem sendo muito estudadas em formigas. Dentre elas, pode se destacar a Blochmannia e a Wolbachia. Sendo assim, o presente trabalho realizou o sequenciamento fragmento COI, tRNA, COII do DNA mitocondrial de colônias distintas de Camponotus textor para ser utilizado como marcador molecular, tornando-se uma ferramenta para determinação das relações filogenéticas entre estas colônias e espécies relacionadas. A análise de correlação de Pearson entre distância genética e a geográfica indicou que existe uma relação - maior distância geográfica- maior distância genética, caracterizando um padrão filogenético de colonização antiga. A análise filogenética das colônias (máxima parcimônia e baesiana) e a rede de haplótipos confirmaram a existência dessa correlação. Também ficou evidenciada uma grande diversidade de haplótipos mitocondriais, a qual podem ter ocorrido também pela alta incidência de infecção por Wolbachia. Na investigação da presença e da frequência das endobactérias Wolbachia e Blochmannia das colônias de C. textor, utilizaramse os pares de primers do MLST, mais o wsp como um marcador adicional (para Wolbachia), e os primers Bloch 16S-462F e Bloch 16S-1299R (para evidenciar a Blochmannia). Como ficaram evidentes... / The ant Camponotus textor is a weaver species, which builds its nest from the silk produced by their own larvae. There are few studies on this species addressing behavior, genetics, phylogeny and endosymbionts. According to literature data, the sequencing of the cytochrome oxidase I gene has been widely used as a DNA barcoding in the differentiation and identification of species, and cytochrome oxidase II is one of the most widely used for studies on insects. Reports endobactérias occurrences are common in arthropods and has been extensively studied in ants. Among them, we can highlight the Blochmannia, and Wolbachia. Thus, this paper carried out the sequencing fragment COI, tRNA, COII mitochondrial DNA from different colonies of Camponotus textor to be used as a molecular marker, becoming a tool for determining the phylogenetic relationships between these colonies and related species. The Pearson correlation analysis of genetic distance and geographical entity has indicated that there is a relation - greater geographic distance-largest genetic distance, featuring a standard phylogenetic old colonization. Phylogenetic analysis of the colonies (maximum parsimony and bayseana) network and haplotype confirmed the existence of this correlation. It was also shown a great diversity of mitochondrial haplotypes, which may have occurred due to the high incidence of Wolbachia infection. In investigating the presence and frequency of Wolbachia and endobactérias Blochmannia colonies of C. textor, we used the primer pairs of MLST, the more wsp as an additional marker (for Wolbachia), and primers 462F and Bloch 16S-16S Bloch-1299R (to show the Blochmannia). As became evident Blochmannia multiple infections, cloning was necessary for the isolation of the strains. All individuals analyzed presented Blochmannia infection, and beyond... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-27Bitstream added on 2014-06-13T19:40:30Z : No. of bitstreams: 1 ferro_m_dr_rcla_parcial.pdf: 557493 bytes, checksum: fcae382eb9a89592e907d3171f912924 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-05-04T12:07:27Z: ferro_m_dr_rcla_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-05-04T12:07:58Z : No. of bitstreams: 1 000713741.pdf: 1451277 bytes, checksum: 241fb4d825af417c9645365b1885c071 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As formigas Attini são destacadas pragas agrícolas e invertebrados modelos em estudos em genômica, metagenômica, sistemática e evolução molecular. Tais estudos têm gerado milhares de sequências nucleotídicas, cuja análise demanda o uso de diferentes programas de Bioinformática em processamentos automatizados. Pensando nisso, foram desenvolvidos protocolos para análises de ESTs e de bibliotecas de sequências ITS e 16S obtidas de formigas Attini. Foi desenvolvida uma arquitetura baseada no padrão MVC e J2EE responsável por todos os processos cliente-servidor. Os protocolos foram implementados na forma de pipelines em que cada componente é um serviço web em REST acoplado a arquitetura desenvolvida. bESTscan realiza a anotação de sequências EST transcriptômicas, 16Scan e ITScan realizam análises de ecologia microbiana, para bactérias (sequências 16S) e para fungos (sequências ITS) respectivamente, bem como identifica as sequências através de pesquisas em bancos de dados públicos. O sistema computacional desenvolvido automatiza a anotação de sequências para um pequeno volume de sequências como as obtidas por Sanger ou para grande volume de dados como as geradas por Sequenciadores de Nova Geração, reduzindo o tempo de processamento e facilitando a análise dos resultados. Todos os pipelines desenvolvidos foram validados com sequências de Attini, obtidas por Sanger e Illumina, geradas a partir de diferentes projetos do nosso laboratório e estão disponíveis na web nos endereços http://evol.rc.unesp.br/lem/?q=bioinformatics / The Attini ants are agricultural pests and invertebrate models for studies on genomics, metagenomics, molecular systematics and evolution. These studies have generated thousands of nucleotide sequences whose analysis requires the use of different Bioinformatics tools and automated processing. We developed automated sequence annotation protocols for ESTs and ITS and 16S libraries analysis for Attini ants. We developed an architecture model based on J2EE and MVC patterns which is responsible for all client-server processes and each tool in the pipeline is a REST web service coupled in the architecture model developed. The bESTscan pipeline to perform the EST transcriptome annotation, 16Scan e ITScan realize microbial ecology studies for both, bacteria (16S sequences) and for fungi (ITS sequences), as well as identify sequences through public databases. The computer system developed automates the annotation for both a small volume of sequences obtained by Sanger and for a large number of data generated by the Next Generation Sequencers (NGS), reducing processing time and with high performance. Pipelines were developed and validated using sequences Sanger and Illumina generated with different projects from our laboratory and are available at http://evol.rc.unesp.br/lem/?q=bioinformatics