Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: As características de qualidade de carne, por serem de difícil mensuração, raramente são contempladas em programas de melhoramento genético. Porém, é necessário conhecer sobre os genes e os mecanismos moleculares que controlam essas características, isso poderá auxiliar na avaliação de animais de forma precoce. Objetivo desse estudo foi identificar e analisar genes e isoformas de mRNA diferencialmente expressos no tecido do músculo Longissimus thoracis de bovinos da raça Nelore, fenotipicamente divergentes para características cor da carne, marmoreio e maciez da carne (avaliada através das metodologias de WBSF e MFI) usando dados de RNA-Seq. Além disso, esse estudo visa a identificação dos efeitos de variantes estruturais em “splice sites” de transcriptos diferencialmente expressos em animais fenotipicamente divergentes para as características de color e marmoreio da carne. Uma média de 37 mil transcritos foram detectados sendo expressos no músculo de bovinos Nelore. Foram identificados 40 e 28 isoformas de mRNA (p-valor < 0,001) diferencialmente expressas para os fenótipos de WBSF e MFI, respectivamente. Além disso, foram identificados sendo diferencialmente expressos os mRNAs [WBSF (SYNPO-201) e MFI (ANKRD23-202)], e entre outras isoformas de mRNA relacionadas a genes que afetam a velocidade de degradação das fibras musculares durante o processo de envelhecimento da carne, como e.g. [para WBSF (MYOT, CASQ1, TPM2, MB e SYNM) e para MFI (FGFRL1 e NEB)]. Na análise de enriquec... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The measurement of meat quality traits are costly, because of that it is rarely included in breeding programs. However, it is necessary to know about the genes and the molecular mechanisms that control these traits, this may help in the evaluation of animals at an early stage.Thus, the identification of mRNA isoforms and the associated splice variants affecting meat quality traits in Nellore cattle could allow to better understanding the genetic architecture of these complex traits. The objective of this study was to identify and analyze genes and mRNA isoforms differentially expressed in the Longissimus thoracis muscle tissue of Nellore cattle, phenotypically divergent for meat color, marbling and meat tenderness (evaluated using WBSF and MFI methodologies) traits, using RNA-Seq data. In addition, to identify structural variants affecting splice sites of differencially expressed mRNA isoforms for marbling and meat color traits. An average of 37 thousand transcripts were detected in the Nellore muscle transcriptomic analysis. A total of 40 and 28 mRNA isoforms (p-value |<| 0.001) were differentially expressed between divergent groups for WBSF and MFI phenotypes, respectively. The differentially expressed mRNA isoforms [WBSF(MYL1, MYL3, MYH1 and MYBPC2) and MFI (MYL6) traits], which are myosin encoders, was the family with most abundantly number of mRNA isoforms detected as diferencially expressed. In addition, we identified as DE [WBSF (SYNPO-201 isoform) and for MFI (ANKRD23... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study aimed to evaluate performance, behavior as well as meat and carcass characteristics of beef cattle with different sexual conditions, finished at 18 months, raised on Aruana (Panicum maximum Jacq cv. Aruana) pasture, receiving energy supplementation. The treatments consisted of surgically castrated, immunocastrated or non-castrated animals. The experiment consisted of 39 contemporary male bovine animals with initial body weight of 284.1 ± 31.4 kg and average age of 14 months. Chemical composition analysis and patterns of pasture production did not differ among treatments. Average daily gain, final weight and live weight gain per hectare, were not influenced by the sexual condition. In assessing the agonistic behavior of the animals, non-castrated animals more often displayed aggressive activities such as threats and fights when compared to immunocastrated animals. Feeding behavior, grazing time, rumination and idleness were not affected by treatments. Non-castrated animals spent more time at the feeder (56.20 minutes) than either surgically castrated (41.43 minutes) or immunocastrated, (32.38 minutes).. As for carcass attributes, no difference was found for slaughter weight, hot and cold carcass weight and their respective yields. Regarding Muscle and fat yield per 100 kg of cold casting, non-castrated animals had higher muscle ratio (67.9%) vs. castrated calves (65.1%) or immunocastrated (64,1%) in detriment of the greater proportion of fat found in castrated animals. Regarding meat characteristics, meat from immunocastrated and surgically castrated animals demonstrated color with greater intensity of red and yellow hues. The characteristics evaluated by the taste panel did not differ for any of the evaluated sexual conditions and were classified as "slightly above average". The combination of the correct handling of Aruana grazing and the use of supplementation was promising for finishing cattle with different sexual conditions at 18 months of age, considering that there was no difference in average daily gain, final weight and gain liveweight per hectare. Castrates both surgically as immunocastrated obtained higher yield of fat in the carcass while uncastrated animals have higher muscle performance. In the flesh, there was difference in the color, and steers (surgically or immunocastrated) produced meat prone to lighter red color compared to uncastrated cattle. In choosing the method recommended castration this latter, to be a less invasive method for cattle, which determines greater preservation of animal welfare. / Objetivou-se, mensurar o desempenho, o comportamento e as características de carcaça e carne de bovinos de corte com diferentes condições sexuais, terminados aos 18 meses em pastagem de Aruana, recebendo suplementação energética. Os tratamentos consistiram em novilhos castrados cirurgicamente, imunocastrados ou não castrados. Foram utilizados, para o experimento, 39 bovinos machos, contemporâneos, com peso corporal e idade inicial média de 284,1 ± 31,4 kg e 14 meses, respectivamente. Os resultados referentes à análise da composição bromatológica e os parâmetros produtivos da pastagem não diferiram para os tratamentos. As variáveis, ganho médio diário, peso final e ganho de peso vivo por hectare, não sofreram influência da condição sexual. Ao avaliar o comportamento agonístico dos novilhos verifica-se que os não castrados apresentaram maior número de atividades como ameaças e brigas em relação aos imunocastrados. No comportamento ingestivo, os tempos de pastejo, ócio e ruminação não foram influenciados pelos tratamentos. O tempo de permanência no comedouro dos animais não castrados, 56,20 minutos, foi superior ao detectado para castrados cirurgicamente ou imunocastrados, 41,43 e 32,38 minutos. Nos atributos de carcaça, não foi encontrada diferença para peso de abate, peso de carcaça quente e fria, bem como para seus respectivos rendimentos. No que se refere aos rendimentos de músculo e gordura por 100 kg de carcaça fria, os novilhos não castrados obtiveram maior proporção de músculo (67,9%) ao comparar com novilhos castrados cirurgicamente (65,1%) ou imunocastrados (64,1%), em detrimento da maior proporção de gordura dos animais castrados. Para as características de carne, os novilhos castrados cirurgicamente e imunocastrados dispuseram de carnes com maior intensidade de vermelho e amarelo. As características avaliadas pelo painel de degustadores não diferiram para nenhuma das condições sexuais trabalhadas neste ensaio, sendo classificadas como levemente acima da média . A combinação entre o correto manejo da pastagem de Aruana e o uso de suplementação se mostrou promissora para a terminação de bovinos com diferentes condições sexuais aos 18 meses de idade, considerando-se que não houve diferença para ganho médio diário, peso final e ganho de peso vivo por hectare. Animais castrados tanto cirurgicamente quanto imunocastrados obtiveram maior rendimento de gordura na carcaça, enquanto, animais não castrados apresentam maior rendimento de músculo. Na carne, observou-se diferença para a cor, sendo que novilhos castrados (cirurgicamente ou imunocastrados) produziram carne com tendência a coloração vermelho mais claro, comparado aos bovinos não castrados. Na escolha do método de castração se recomenda essa última, por ser um método menos invasivo para o bovino, o que determina maior preservação do bem- estar animal.