Ontologias são especificações formais e explícitas usadas para descrever entidades de um domínio e seus relacionamentos. Estatísticas recentes do projeto Linked Open Data (LOD) indicam a existência de milhares de ontologias heterogêneas publicadas na nuvem do LOD, impondo um desafio para a integração de ontologias. Um passo fundamental na integração é o emparelhamento, processo que obtém elementos correspondentes entre ontologias heterogêneas. Visando superar o desafio de efetuar o emparelhamento em larga escala, desenvolveu-se uma estratégia baseada em clusterização das ontologias, a qual particiona as ontologias em subontologias, clusteriza as subontologias e restringe o processo de emparelhamento aos elementos de um mesmo cluster. Porém, observa-se que as soluções do estado da arte necessitam explorar mais os múltiplos aspectos que as subontologias possuem. As clusterizações de cada aspecto podem ser combinadas, por meio de um consenso. Cluster Ensembles é uma técnica que permite obter esse consenso. Além disso, estudos comparativos indicaram que o uso de Cluster Ensembles Bayesianos (CEB) resulta em uma clusterização de maior acurácia do que a obtida por outras técnicas de Cluster Ensembles. Um dos principais objetivos deste trabalho foi desenvolver uma nova metodologia de emparelhamento de ontologias baseada em clusterização consensual de múltiplos aspectos de comunidades, de forma a estruturar um arcabouço metodológico, por meio do qual diferentes técnicas e aspectos podem ser incorporados e testados. De acordo com a metodologia desenvolvida neste trabalho, inicialmente aplicaram-se técnicas de Detecção de Comunidades para particionar as ontologias. Em seguida, consideraram-se os seguintes aspectos das comunidades obtidas: terminológico, estrutural e extensional. Fez-se, separadamente, a clusterização das comunidades segundo cada aspecto e aplicaram-se diferentes técnicas de clusterização consensual para obter um consenso entre as clusterizações de cada aspecto: CEB, técnicas baseadas em similaridades e técnicas baseadas em métodos diretos. Para os diferentes consensos, o processo de emparelhamento foi feito apenas entre elementos das ontologias que pertencessem a um mesmo cluster consensual. As soluções consensuais destacaram-se nos estudos de caso efetuados quanto à precisão e cobertura dos alinhamentos, enquanto a solução baseada no aspecto terminológico destacou-se quanto ao valor de F-measure. A principal contribuição deste trabalho relaciona-se à metodologia desenvolvida, que constitui um arcabouço metodológico, por meio do qual diferentes aspectos e técnicas podem ser incorporados e testados quanto ao seu desempenho de clusterização e de alinhamento de ontologias. / Ontologies are formal and explicit specifications used to describe entities of a domain and its relationships. Recent statistics of the Linked Open Data (LOD) project indicate the existence of thousands of heterogeneous ontologies in the LOD cloud, posing a challenge to ontology integration. A fundamental step in integration is matching, a process that finds correspondent elements between heterogeneous ontologies. Aiming to overcome the challenge of large-scale ontology matching, researchers developed a strategy based on clustering, which divides ontologies into subontologies, clusters subontologies and restricts the matching process to elements of the same cluster. However, state-of-the-art solutions need to explore more the multiple aspects that subontologies have. Clustering solutions of each aspect can be combined, by means of a consensus. Cluster Ensembles is a technique that allows obtaining this consensus. Besides, comparative studies indicated that Bayesian Cluster Ensembles has higher clustering accuracy than other Cluster Ensembles techniques. One of the main goals of this work was to develop a new methodology for ontology matching based on consensus clustering of multiple aspects of communities, structuring a methodological framework that enables the use and tests of different techniques and aspects. According to the methodology adopted in this work, initially, Community Detection techniques were applied to partition the ontologies. In the sequence, the following aspects of the communities were considered: terminological, structural and extensional. Clustering according to each aspect was performed separately and different consensus clustering techniques were applied to obtain a consensus among clustering solutions of each aspect: Bayesian Cluster Ensembles, techniques based on similarities and techniques based on direct methods. For the different consensuses, matching was done only between elements of the two ontologies that belonged to the same consensual cluster. For the case studies applied in this work, the consensual solutions were a standout in precision and recall, while the terminological-based solution was a standout in F-measure. The main contribution of this work is related to the developed methodology, which constitutes a methodological framework, through which different aspects and techniques can be incorporated and tested concerning their ontology clustering and alignment performance.

Community detection (or clustering) in large-scale graph is an important problem in graph mining. Communities reveal interesting characteristics of a network. Louvain is an efficient sequential algorithm but fails to scale emerging large-scale data. Developing distributed-memory parallel algorithms is challenging because of inter-process communication and load-balancing issues. In this work, we design a shared memory-based algorithm using OpenMP, which shows a 4-fold speedup but is limited to available physical cores. Our second algorithm is an MPI-based parallel algorithm that scales to a moderate number of processors. We also implement a hybrid algorithm combining both. Finally, we incorporate dynamic load-balancing in our final algorithm DPLAL (Distributed Parallel Louvain Algorithm with Load-balancing). DPLAL overcomes the performance bottleneck of the previous algorithms, shows around 12-fold speedup scaling to a larger number of processors. Overall, we present the challenges, our solutions, and the empirical performance of our algorithms for several large real-world networks.

Orientador: Prof. Dr. Fabrício Olivetti de França / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2017. / Um dos tópicos estudados em Ciência das Redes é o de detecção de comunidades, que são sub-redes com características que se destacam dentro de seu conjunto. Diversos algoritmos de detecção de comunidades foram criados, se diferenciando na natureza da comunidade estimada. Esta dissertação tem como objetivo principal analisar diferentes algoritmos de detecção de comunidades da literatura para criação de um modelo de escolha de algoritmos de detecção de comunidade a partir das características da rede. Para isso, três hipóteses. Foram testadas: i) os melhores algoritmos de detecção de comunidade se complementam em relação à redes em que obtém seu melhor desempenho; ii) o desempenho de cada algoritmo de detecção de comunidade esta ligada diretamente _a propriedade da rede. iii) uma vez que as propriedades da rede são mensuradas, é possível fazer uma escolha dos melhores algoritmos de detecção de comunidade para essa rede. Para a primeira hipótese foram testados sete algoritmos do estado da arte e avaliados seus desempenhos individuais sobre redes artifiais, em termos da métrica de Informação Mutua Normalizada (NMI). Veríamos a existência de um conjunto de algoritmos que obtiveram o maior NMI para determinados tipos de redes e nenhum outro algoritmo obteve esse mesmo valor, concluindo que a escolha adequada do algoritmo de acordo com as características da rede é importante. Para a segunda hipótese foram testados modelos de regressão com o objetivo de verificar a possibilidade de estimar o desempenho de cada algoritmo baseado nas caracteristicas da rede. Verifcamos que a maioria dos modelos foram superiores aos da base de referencia utilizados, principalmente ao remover as redes infectaveis. Para a terceira hipótese foram testados algoritmos de classicação com o objetivo de escolher um ou mais algoritmos de acordo com a características da rede. Verificamos que o desempenho dos modelos obtidos pelos algoritmos foram superiores aos da base de referencia, com algumas ressalvas. / One of the topics studied in Network Science is the community detection, that are subnetworks with features that stand out as a whole. Many algorithms were developed for the detection of communities, difering in the nature of the estimated community. This dissertation has as its main objective, the analysis of diferent community detection algorithms from the literature to create models to help choosing the best algorithms given the features from the network. For this purpose, three hypotheses were tested: i) whether the best algorithms for detecting communities complement each other in relation to the networks in which they obtain better performance; ii) whether the performance of each community detection algorithm is directly associated with the network property, and iii) once the network properties are measured, whether it is possible to choose the best community detection algorithms for this network. For the first hypothesis, seven stateof- the-art algorithms were tested and their individual performances in articial networks were evaluated in terms of the NMI metric. We verifed the existence of a set of algorithms that obtained the highest NMI for certain types of networks and no other algorithm obtained that same value, concluding that the proper choice of the algorithm according to the network features is important. For the second hypothesis, regression models were tested to verify the possibility of estimate the performance of each algorithm based on the features of the network. We verifed that most of the models were superior to the baseline used, mainly in the removal of infeasible networks. For the third hypothesis, the classifcation algorithms were tested to choose one or more algorithms according to the network features. We veried that the performance of the models obtained by the algorithms was higher than those of the baseline, with some caveats.

Ontologias são especificações formais e explícitas usadas para descrever entidades de um domínio e seus relacionamentos. Estatísticas recentes do projeto Linked Open Data (LOD) indicam a existência de milhares de ontologias heterogêneas publicadas na nuvem do LOD, impondo um desafio para a integração de ontologias. Um passo fundamental na integração é o emparelhamento, processo que obtém elementos correspondentes entre ontologias heterogêneas. Visando superar o desafio de efetuar o emparelhamento em larga escala, desenvolveu-se uma estratégia baseada em clusterização das ontologias, a qual particiona as ontologias em subontologias, clusteriza as subontologias e restringe o processo de emparelhamento aos elementos de um mesmo cluster. Porém, observa-se que as soluções do estado da arte necessitam explorar mais os múltiplos aspectos que as subontologias possuem. As clusterizações de cada aspecto podem ser combinadas, por meio de um consenso. Cluster Ensembles é uma técnica que permite obter esse consenso. Além disso, estudos comparativos indicaram que o uso de Cluster Ensembles Bayesianos (CEB) resulta em uma clusterização de maior acurácia do que a obtida por outras técnicas de Cluster Ensembles. Um dos principais objetivos deste trabalho foi desenvolver uma nova metodologia de emparelhamento de ontologias baseada em clusterização consensual de múltiplos aspectos de comunidades, de forma a estruturar um arcabouço metodológico, por meio do qual diferentes técnicas e aspectos podem ser incorporados e testados. De acordo com a metodologia desenvolvida neste trabalho, inicialmente aplicaram-se técnicas de Detecção de Comunidades para particionar as ontologias. Em seguida, consideraram-se os seguintes aspectos das comunidades obtidas: terminológico, estrutural e extensional. Fez-se, separadamente, a clusterização das comunidades segundo cada aspecto e aplicaram-se diferentes técnicas de clusterização consensual para obter um consenso entre as clusterizações de cada aspecto: CEB, técnicas baseadas em similaridades e técnicas baseadas em métodos diretos. Para os diferentes consensos, o processo de emparelhamento foi feito apenas entre elementos das ontologias que pertencessem a um mesmo cluster consensual. As soluções consensuais destacaram-se nos estudos de caso efetuados quanto à precisão e cobertura dos alinhamentos, enquanto a solução baseada no aspecto terminológico destacou-se quanto ao valor de F-measure. A principal contribuição deste trabalho relaciona-se à metodologia desenvolvida, que constitui um arcabouço metodológico, por meio do qual diferentes aspectos e técnicas podem ser incorporados e testados quanto ao seu desempenho de clusterização e de alinhamento de ontologias. / Ontologies are formal and explicit specifications used to describe entities of a domain and its relationships. Recent statistics of the Linked Open Data (LOD) project indicate the existence of thousands of heterogeneous ontologies in the LOD cloud, posing a challenge to ontology integration. A fundamental step in integration is matching, a process that finds correspondent elements between heterogeneous ontologies. Aiming to overcome the challenge of large-scale ontology matching, researchers developed a strategy based on clustering, which divides ontologies into subontologies, clusters subontologies and restricts the matching process to elements of the same cluster. However, state-of-the-art solutions need to explore more the multiple aspects that subontologies have. Clustering solutions of each aspect can be combined, by means of a consensus. Cluster Ensembles is a technique that allows obtaining this consensus. Besides, comparative studies indicated that Bayesian Cluster Ensembles has higher clustering accuracy than other Cluster Ensembles techniques. One of the main goals of this work was to develop a new methodology for ontology matching based on consensus clustering of multiple aspects of communities, structuring a methodological framework that enables the use and tests of different techniques and aspects. According to the methodology adopted in this work, initially, Community Detection techniques were applied to partition the ontologies. In the sequence, the following aspects of the communities were considered: terminological, structural and extensional. Clustering according to each aspect was performed separately and different consensus clustering techniques were applied to obtain a consensus among clustering solutions of each aspect: Bayesian Cluster Ensembles, techniques based on similarities and techniques based on direct methods. For the different consensuses, matching was done only between elements of the two ontologies that belonged to the same consensual cluster. For the case studies applied in this work, the consensual solutions were a standout in precision and recall, while the terminological-based solution was a standout in F-measure. The main contribution of this work is related to the developed methodology, which constitutes a methodological framework, through which different aspects and techniques can be incorporated and tested concerning their ontology clustering and alignment performance.

abstract: In most social networking websites, users are allowed to perform interactive activities. One of the fundamental features that these sites provide is to connecting with users of their kind. On one hand, this activity makes online connections visible and tangible; on the other hand, it enables the exploration of our connections and the expansion of our social networks easier. The aggregation of people who share common interests forms social groups, which are fundamental parts of our social lives. Social behavioral analysis at a group level is an active research area and attracts many interests from the industry. Challenges of my work mainly arise from the scale and complexity of user generated behavioral data. The multiple types of interactions, highly dynamic nature of social networking and the volatile user behavior suggest that these data are complex and big in general. Effective and efficient approaches are required to analyze and interpret such data. My work provide effective channels to help connect the like-minded and, furthermore, understand user behavior at a group level. The contributions of this dissertation are in threefold: (1) proposing novel representation of collective tagging knowledge via tag networks; (2) proposing the new information spreader identification problem in egocentric soical networks; (3) defining group profiling as a systematic approach to understanding social groups. In sum, the research proposes novel concepts and approaches for connecting the like-minded, enables the understanding of user groups, and exposes interesting research opportunities. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Computer Science 2013

O problema de agrupamento de dados em grafos consiste em encontrar clusters de nós em um dado grafo, ou seja, encontrar subgrafos com alta conectividade. Esse problema pode receber outras nomenclaturas, algumas delas são: problema de particionamento de grafos e problema de detecção de comunidades. Para modelar esse problema, existem diversas formulações matemáticas, cada qual com suas vantagens e desvantagens. A maioria dessas formulações tem como desvantagem a necessidade da definição prévia do número de grupos que se deseja obter. Entretanto, esse tipo de informação não está contida em dados para agrupamento, ou seja, em dados não rotulados. Esse foi um dos motivos da popularização nas últimas décadas da medida conhecida como modularidade, que tem sido maximizada para encontrar partições em grafos. Essa formulação, além de não exigir a definição prévia do número de clusters, se destaca pela qualidade das partições que ela fornece. Nesta Tese, metaheurísticas Greedy Randomized Search Procedures para dois modelos existentes para agrupamento em grafos foram propostas: uma para o problema de maximização da modularidade e a outra para o problema de maximização da similaridade intra-cluster. Os resultados obtidos por essas metaheurísticas foram melhores quando comparadas àqueles de outras heurísticas encontradas na literatura. Entretanto, o custo computacional foi alto, principalmente o da metaheurística para o modelo de maximização da modularidade. Com o passar dos anos, estudos revelaram que a formulação que maximiza a modularidade das partições possui algumas limitações. A fim de promover uma alternativa à altura do modelo de maximização da modularidade, esta Tese propõe novas formulações matemáticas de agrupamento em grafos com e sem pesos que visam encontrar partições cujos clusters apresentem alta conectividade. Além disso, as formulações propostas são capazes de prover partições sem a necessidade de definição prévia do número de clusters. Testes com centenas de grafos com pesos comprovaram a eficiência dos modelos propostos. Comparando as partições provenientes de todos os modelos estudados nesta Tese, foram observados melhores resultados em uma das novas formulações propostas, que encontrou partições bastante satisfatórias, superiores às outras existentes, até mesmo para a de maximização de modularidade. Os resultados apresentaram alta correlação com a classificação real dos dados simulados e reais, sendo esses últimos, em sua maioria, de origem biológica / Graph clustering aims at identifying highly connected groups or clusters of nodes of a graph. This problem can assume others nomenclatures, such as: graph partitioning problem and community detection problem. There are many mathematical formulations to model this problem, each one with advantages and disadvantages. Most of these formulations have the disadvantage of requiring the definition of the number of clusters in the final partition. Nevertheless, this type of information is not found in graphs for clustering, i.e., whose data are unlabeled. This is one of the reasons for the popularization in the last decades of the measure known as modularity, which is being maximized to find graph partitions. This formulation does not require the definition of the number of clusters of the partitions to be produced, and produces high quality partitions. In this Thesis, Greedy Randomized Search Procedures metaheuristics for two existing graph clustering mathematical formulations are proposed: one for the maximization of the partition modularity and the other for the maximization of the intra-cluster similarity. The results obtained by these proposed metaheuristics outperformed the results from other heuristics found in the literature. However, their computational cost was high, mainly for the metaheuristic for the maximization of modularity model. Along the years, researches revealed that the formulation that maximizes the modularity of the partitions has some limitations. In order to promote a good alternative for the maximization of the partition modularity model, this Thesis proposed new mathematical formulations for graph clustering for weighted and unweighted graphs, aiming at finding partitions with high connectivity clusters. Furthermore, the proposed formulations are able to provide partitions without a previous definition of the true number of clusters. Computational tests with hundreds of weighted graphs confirmed the efficiency of the proposed models. Comparing the partitions from all studied formulations in this Thesis, it was possible to observe that the proposed formulations presented better results, even better than the maximization of partition modularity. These results are characterized by satisfactory partitions with high correlation with the true classification for the simulated and real data (mostly biological)

Algoritmos Evolutivos que utilizam modelos probabilísticos de distribuição dos valores das variáveis (para orientar o processo de busca da solução de problemas) são chamados Algoritmos de Estimação de Distribuição (AEDs). Esses algoritmos têm apresentado resultados relevantes para lidar com problemas relativamente complexos. O desempenho deles depende diretamente da qualidade dos modelos probabilísticos construídos que, por sua vez, dependem dos métodos de construção dos modelos. Os melhores modelos em geral são construídos por métodos computacionalmente complexos, resultando em AEDs que requerem tempo computacional alto, apesar de serem capazes de explorar menos pontos do espaço de busca para encontrar a solução de um problema. Este trabalho investiga modelos probabilísticos obtidos por algoritmos de reconstrução de filogenias, uma vez que alguns desses métodos podem produzir, de forma computacionalmente eficiente, modelos que representam bem as principais relações entre espécies (ou entre variáveis). Este trabalho propõe algumas estratégias para obter um melhor uso de modelos baseados em filogenia para o desenvolvimento de AEDs, dentre elas o emprego de um conjunto de filogenias em vez de apenas uma filogenia como modelo de correlação entre variáveis, a síntese das informações mais relevantes desse conjunto em uma estrutura de rede e a identificação de grupos de variáveis correlacionadas a partir de uma ou mais redes por meio de um algoritmo de detecção de comunidades. Utilizando esses avanços para a construção de modelos, foi desenvolvido uma nova técnica de busca, a Busca Exaustiva Composta, que possibilita encontrar a solução de problemas combinatórios de otimização de diferentes níveis de dificuldades. Além disso, foi proposta uma extensão do novo algoritmo para problemas multiobjetivos, que mostrou ser capaz de determinar a fronteira Pareto-ótima dos problemas combinatórios investigados. Por fim, o AED desenvolvido possibilitou obter um compromisso em termos de número de avaliações e tempo de computação, conseguindo resultados similares aos dos melhores algoritmos encontrados para cada um desses critérios de desempenho nos problemas testados. / Evolutionary Algorithms that use the distribution of values of variables as probabilistic models (to direct the search process of problem solving) are called Estimation of Distribution Algorithms (EDAs). These algorithms have presented relevant performance in handling relatively complex problems. The performance of such algorithms depends directly on the quality of probabilistic models constructed that, in turn, depend on the methods of model building. The best models are often constructed by computationally complex methods, resulting in AEDs that require high running time although they are able to explore less points in the search space to find the solution of a problem. This work investigates probabilistic models obtained by algorithms of phylogeny reconstruction since some of them can produce models in an efficient way representing the main relationships among species (or among variables). This work proposes some strategies for better use of phylogeny-based models in the development of EDAs, such as the employment of a set of phylogenies instead of only one phylogeny as a model of correlation among variables, the synthesis of the most relevant information from a set of phylogenies into a structure of network and the identification groups of correlated variables from one or more networks by an algorithm of community detection. Using those advances for model construction, a new search technique, called Composed Exhaustive Search, was developed in order to find solutions for combinatorial optimization problems with different levels of difficulty. In addition, an extension of the new algorithm for multi-objective problems was proposed, which was able to determine the Pareto-optimal front of the combinatorial problems investigated. Finally, the developed EDA makes possible to obtain a trade-off in terms of number of evaluations and running time, finding results that are similar to the ones achieved by the best algorithms found for each one of these performance criteria in the problems tested.

Les graphes sont des structures mathématiques capable de modéliser certains systèmes complexes.Une des nombreuses problématiques liée aux graphes concerne la détection de communautés qui vise à trouver une partition en sommet d'un graphe en vue d'en comprendre la structure. A titre d'exemple, en représentant des contratsd'assurances par des noeuds et leurs degrés de similarité par une arête,détecter des groupes de noeuds fortement connectésconduit à détecter des profils similaires, et donc a voir des profils à risques.De nombreux algorithmes ont essayé de répondreà ce problème.Une des méthodes est la propagation de labels qui consiste à ce quechaque noeud puisse recevoir un label par un vote majoritaire de ses voisins.Bien que cette méthode soit simple à mettre en oeuvre,elle présente une grande instabilité due au non déterminisme del'algorithme et peut dans certains cas ne pas détecter de structures communautaires.La première contribution  de cette thèse sera de i) proposerune méthode de stabilisation de la propagation de labelstout en appliquant des barrages artificiels pour limiter les possibles mauvaises propagations.Les réseaux complexes ont également comme caractéristique que certains noeuds puissent appartenir à plusieurs communautés, on parle alors de recouvrements.  C'est en ce sens que la secondecontribution de cette thèse portera sur ii) la créationd'un algorithme auquel seront adjointes des fonctions d'appartenancespour détecter de possibles recouvrements via des noeuds candidats au chevauchement.La taille des graphes est également une notion à considérer dans  la mesure où certains réseaux peuvent contenir plusieursmillions de noeuds et d'arêtes.Nous proposons iii) une version parallèleet distribuée de la détection de communautés en utilisant la propagation de labels par coeur.Une étude comparative sera effectuée pour observerla qualité de partitionnement et de recouvrement desalgorithmes proposés. / Graphs are mathematical structures amounting to a set of nodes (objects or persons) in which some pairs are in linked with edges. Graphs can be  used to model complex systems.One of the main problems in graph theory is the community detection problemwhich aims to find a partition of nodes in the graph to understand its structure.For instance, by representing insurance contracts by nodes and their relationship by edges,detecting groups of nodes highly connected leads to detect similar profiles and to evaluate risk profiles. Several algorithms are used as aresponse to this currently open research field.One of the fastest method is the label propagation.It's a local method, in which each node changes its own label according toits neighbourhood.Unfortunately, this method has two major drawbacks. The first is the instability of the method. Each trialgives rarely the same result.The second is a bad propagation which can lead to huge communities without sense (giant communities problem).The first contribution of the thesis is i)  proposing a stabilisation methodfor the label propagation with artificial dams on edges of some networks in order to limit bad label propagations. Complex networks are also characterized by some nodes which may belong to several communities,we call this a cover.For example, in Protein–protein interaction networks, some proteins may have several functions.Detecting these functions according to their communities could help to cure cancers. The second contribution of this thesis deals with the ii)implementation of an algorithmwith functions to detect potential overlapping nodes .The size of the graphs is also to be considered because some networks  contain several millions of nodes and edges like the Amazon product co-purchasing network.We propose iii) a parallel and a distributed version of the community detection using core label propagation.A study and a comparative analysis of the proposed algorithms will be done based on the quality of the resulted partitions and covers.

Les réseaux complexes, issus de relevés de terrain d’origines trèsvariées, en biologie, science de l’information ou sociologie,présentent une caractéristique remarquable dénommée structurecommunautaire. Des groupes, ou communautés, à l’intérieur duréseau, ont une cohésion interne forte et des liens entre eux plusfaibles. Sans connaissance a priori du nombre de communautés, ladifficulté réside dans la caractérisation d’un bon partitionnement encommunautés. La modularité est une mesure globale de qualité departitionnement très utilisée qui capture les contraintes de cohésioninterne forte et de liens externes faibles. Elle transforme le problèmede détection de communautés en problème d’optimisationNP-difficile. Elle souffre d’un défaut, la limite de résolution, qui tendà rendre indétectables les très petites communautés d’autant plusque le réseau est grand. L’algorithme le plus efficace pour optimiserla modularité, dit de Louvain, procède par fusion de communautés.Cette thèse s’attache à modifier cet algorithme pour qu’il réalisemajoritairement des fusions pertinentes, qui n’aggravent pas lalimite de résolution, en utilisant une condition de fusion. De plus, enl’associant à un algorithme mémétique, les partitions proposéessont très proches des partitions attendues pour des graphesgénérés par un modèle qui reproduit les caractéristiques desréseaux complexes. Enfin, cet algorithme mémétique réduitfortement l’inconsistance de solution, défaut de la modularité selonlequel deux partitions trouvées à partir d’un examen des noeudsdans un ordre aléatoire, pour le même graphe, peuvent êtrestructurellement très différentes, rendant leur interprétation délicate. / From various applications, in sociology or biology for instance,complex networks exhib the remarquable property of communitystructure. Groups, sometimes called communities, has a stronginternal cohesion and poor links between them. Whithout priorknowledge of the number of communities, the difficulty lies in thecharacterization of a good clustering. Modularity is an overallmeasure of clustering quality widely used to capture the doubleconstraint, internal and external, of well formed communities. Theproblem became a NP-hard optimization problem. The main weakof modularity is the resolution limit, which tends to makeundetectable very small communities especially as the network islarge. The algorithm of Louvain, one of the most efficient one tooptimize modularity, proceeds by merging communities. This thesisattempts to modify the algorithm so that it mainly produces relevantmerges that do not make worse the effects of resolution limit, usinga merge condition. In addition, by combining it with a memeticalgorithm, proposed clusterings are very close to the expected onesfor graphs generated by a model that reproduces the characteristicsof complex networks. Finally, the memetic algorithm greatly reducesthe inconsistency of solution, another weakness of modularity suchthat, for the same graph, two partitions found from an exploration ofnodes in a random order can be structurally very different, makingthem difficult to interpret.

Microorganisms are all around us. Some of them even live in our body and are essential for our healthy being. Study of microbial communities based on their genetic content has become very popular with the development of new technologies, which enable easy reading of DNA or RNA. The key role of these studies is usually to characterize significant microbial patterns of an environment. However, currently used visualization tools have many drawbacks for such analyses. The subject of this thesis is to design a R/Bioconductor package for simple creation of bipartite graphs from microbial data. This type of visualization brings many advantages for microbiome analysis. Benefits of bipartite graphs are further demonstrated by analysis of main parameters affecting computer processing of microbial data.