Pour faire face à la complexité des grands systèmes logiciels orientés objets, les programmeurs organisent les classes en sous-systèmes en utilisant les concepts de module ou de package. Une telle structure modulaire permet aux systèmes logiciels d’évoluer face aux nouvelles exigences. L’organisation des classes dans des packages et / ou sous-systèmes, que nous appelons la modularisation du logiciel, suit habituellement les relations entre les classes. Il est d'usage de vouloir les packages faiblement couplés et assez cohésifs. Cependant, les études montrent que quand les systèmes logiciels s’adaptent aux exigences et aux modifications de l’environnement, leurs modularisations dérivent et perdent progressivement leur qualité. En conséquence, la modularisation des systèmes logiciels doit être maintenue. Il est donc important de comprendre, d’évaluer et d’optimiser l’organisation des packages et de leurs relations. Le point défendu dans la thèse est que le maintien des modularisations logiciels de grande taille et complexes requiert des approches qui contribuent à: (1) la compréhension des packages et de leurs relations; (2) l’évaluation de la qualité d’une modularisation, ainsi que la qualité d’un package dans le contexte d’une modularisation donnée; (3) l’optimisation de la qualité d’une modularisation existante. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur trois domaines de recherche: visualisations de programmes, métriques et algorithmes. Dans un premier temps, nous définissons deux visualisations qui aident les mainteneurs à: (1) la compréhension de la structure des packages, et de leurs utilisations et leurs relations; (2) l’identification des modèles; et (3) l’identification des anomalies structurelles. En plus de visualisations, nous définissons un ensemble de métriques qui aident à évaluer la qualité d’un package (i.e., la cohésion et le couplage). Nous définissons également des métriques qui permettent d’évaluer la qualité d’une collection des packages inter-dépendants. Ceci en prenant en compte le degré de couplage et de cycles entre les packages. Enfin, nous définissons un algorithme de recherche qui réduit automatiquement le couplage et les cycles entre les packages, en déplaçant seulement les classes sur les packages existants. Notre approche d’optimisation prend explicitement en compte l’organisation des classes et la structure originale des packages. Il permet également aux mainteneurs de contrôler le processus d’optimisation en spécifiant: (1) le nombre maximal des classes qui peuvent changer leurs packages; (2) les classes qui sont candidates pour se déplacer et celles qui ne doivent pas changer leurs packages; (3) les packages qui sont candidates pour la restructuration et ceux qui ne doivent pas se changer; et (4) le nombre maximal des classes qu’un package donné peut contenir. Les approches présentées dans cette thèse ont été appliquées à des systèmes logiciels orienté objets, réels et de grand taille. Les résultats obtenus démontrent l’utilité de nos visualisations et métriques, et l’efficacité de notre algorithme d’optimisation. / To cope with the complexity of large object-oriented software systems, developers organize classes into subsystems using the concepts of module or package. Such modular structure helps software systems to evolve when facing new requirements.The organization of classes into packages and/or subsystems represents the software modularization. the software modularization usually follows interrelationships between classes. Ideally, packages should to be loosely coupled and cohesive to a certain extent. However, Studies show that as software evolves to meet requirements and environment changes, the software modularization gradually drifts and looses quality. As a consequence, the software modularization must be maintained. It is thus important to understand, to assess and to optimize the organization of packages and their relationships. Our claim is that the maintenance of large and complex software modularizations needs approaches that help in: (1) understanding package shapes and relationships; (2) assessing the quality of a modularization, as well as the quality of a single package within a given modularization; (3) optimizing the quality of an existing modularization. In this thesis, we concentrate on three research fields: software visualizations, metrics and algorithms. At first, we define two visualizations that help maintainers: (1) to understand packages structure, usage and relationships; (2) to spot patterns; and (3) to identify misplaced classes and structural anomalies. In addition to visualizations, we define a suite of metrics that help in assessing the package design quality (i.e., package cohesion and coupling). We also define metrics that assess the quality of a collection of inter-dependent packages from different view points, such as the degree of package coupling and cycles. Finally, we define a search-based algorithm that automatically reduces package coupling and cycles only by moving classes over existing packages. Our optimization approach takes explicitly into account the original class organization and package structure. It also allows maintainers to control the optimization process by specifying: (1) the maximal number of classes that may change their packages; (2) the classes that are candidate for moving and the classes that should not; (3) the packages that are candidate for restructuring and the packages that should not; and (4) the maximal number of classes that a given package can entail.The approaches presented in this thesis have been applied to real large object-oriented software systems. The results we obtained demonstrate the usefulness of our visualizations and metrics; and the effectiveness of our optimization algorithm.

Dans cette thèse, on s’intéresse au problème de l’explosion combinatoire du model-checking sur des systèmes modulaires. Les techniques d’abstractions hiérarchiques permettent de construire de manière incrémentale une abstraction d’un modèle en composant des abstractions de ses parties. Cette opération doit en outre préserver les propriétés d’intérêt du modèle.Dans un premier temps, on définit le formalisme des réseaux de régulation modulaires, dans le but de pouvoir étudier des systèmes biologiques en utilisant de l’abstraction hiérarchique. On utilise ensuite cette méthode pour détecter les états stables accessibles depuis un état donné sur un modèle multicellulaire intervenant lors du développement embryonnaire de la drosophile. L’opération d’abstraction SAFETY utilisée préserve l’accessibilité de tous les états stable. C’est une réduction classique et générique dans le sens ou elle préserve également toutes les propriétés de sûreté d’un système. Dans un second temps, on suppose que l’on a connaissance de la formule globale (exprimée en μ-calcul) que l’on veut vérifier, ainsi que de l’état initial du module. On défini alors deux opérations de réduction différentes. Ces réductions ont pour seule contrainte de préserver la valeur global de la formule et il est donc possible d’obtenir des réductions plus importantes qu’avec les méthodes génériques (le but reste le même : réduire la taille d’un module ou d’un sous-système donné sans avoir connaissance du reste du système). Lors du calcul de cette réduction, on effectue de l’analyse partielle pour déterminer si le sous-système contient assez d’information pour connaître la valeur de vérité de la for-mule sur le système global. Si c’est le cas, on peut arrêter là l’analyse par abstraction hiérarchique ; sinon, cette étape est tout de même utile pour réduire le module.Enfin, on teste la première de ces réductions à l’aide d’un prototype sur quelques exemples simples. En plus de constater les coefficients de réduction obtenus, cela permet de fournir des données pour s’attaquer par la suite au problème du meilleur ordre d’analyse hiérarchique. C’est en effet un problème difficile et l’ordre d’analyse a une grande influence sur les performances de ces méthodes. / In this thesis, we are interested in limiting the combinatorial explosion that happens when model-checking modular systems. We use hierarchical abstraction techniques, which allow one to build an abstraction of a modular system by composing abstractions of his part, while ensuring that this abstraction does not change the temporal properties we are interested in. At first, we define the modular regulation networks formalism in or-der to apply hierarchical abstraction techniques to the study of biological systems. We then use this approach to find the reachable stable states of a multi-cellular model involved in the development of the fruit fly embryo. For this, we use the abstraction called SAFETY which reduces a system while keeping all of its reachable stable states. This is a classical reduction which is quite general in the sens that it also preserves all the safety properties of the model. After this, we define two new reduction operations, which are dependent on the μ-calculus formula we seek to verify on the global system. We also assume that we know the initial state of the module or sub-system to be reduced. Since these reductions must only preserve the value of one formula over the global system, they should be able to return smaller systems than the general ones. While computing these reductions on one module or sub-system, we use partial analysis techniques to test if it contains enough information to conclude about the truth value of the formula on the global system. If it is the case, we can stop the incremental analysis right away ; otherwise, this step is still useful for the computation of the reduced sub-system. Finally, we use a prototype to test the first one of our reduction operations on some simple examples. This enables us to observe how big the reductions are as well as getting data in order to tackle the problem of the order of analysis in the future. It is a difficult question and an important one since the hierarchical order in which we build the abstraction has a huge weight on the efficiency of these methods.

La modularité du code favorise la réutilisation. Les concepteurs de langages de programmation se sont principalement consacrés à la modularité des méthodes. À l’inverse, la modularité du code d’initialisation a souvent été négligé. Le code d’initialisation de beaucoup de langages orientés objets à classe est laborieux dans plusieurs cas: par exemple, quand quelques champs (i.e., variables d’instances) ont plusieurs options d’initialisation (e.g., un rectangle peut être initialisé avec des coordonnées Cartésiennes ou polaires), ont une initialisation optionnelle (e.g., un rectangle peut être positionné à une coordonnée fournie ou à l’origine (0,0) si aucune coordonnée n’est fournie) ou héritent d’une initialisation de la super classe (e.g., un rectangle coloré doit redéfinir tous les constructeurs de sa super classe pour ajouter la notion de couleur). Dans de telles circonstances, le nombre de constructeurs augmente exponentiellement avec les options d’initialisation car l’approche d’initialisation manque de modularité.Nous proposons une approche d’initialisation novatrice s’inspirant du langage prototypique Magda. Cette approche est basée sur des modules d’initialisation composables plus petits que les constructeurs classiques. De plus, le nombre de ces modules augmente linéairement avec les options d’initialisation. Nous appliquons cette approche à Pharo, un langage orienté objets dynamiquement typé inspiré de Smalltalk. L’adaptation à Pharo de l’approche d’initialisation de Magda implique la résolution de nouveaux défis issus du passage d’un contexte statiquement typé à un contexte dynamique. / Code modularity is important for code reuse. Language designers mainly focused on method code modularity. On the contrary, initialization code modularity has usually been neglected. The initialization code of many class-based object-oriented languages becomes cumbersome in different situations: for example, when some fields have multiple initialization options (e.g., a rectangle can be positioned by providing Cartesian or polar coordinates), have optional initialization (e.g., a rectangle can be positioned in the origin (0,0) if no other coordinates are provided), or have superclass initialization (e.g., a colored rectangle must redefine all the constructors of its rectangle superclass to add the notion of color). In such cases, the number of constructors increases exponentially in the size of the initialization options, since the initialization approach lacks modularity.We propose a novel approach to field initialization, inspired by the prototypical language Magda. This approach is based on easy-to-compose initialization modules, which result to be smaller compared to classical constructors. Moreover, their number grows linearly in the size of the initialization options. We apply such approach to Pharo, a dynamically-typed object-oriented programming language inspired by Smalltalk. The adaptation to Pharo of Magda’s initialization approach implies solving some new challenges related to moving from a statically typed context to a dynamically typed one.

Les simulations connexionnistes évolutionnaires combinent réseaux de neurones et algorithmes génétiques. La notion de modularité cognitive-neuronale désigne une architecture constituée de sous-réseaux dont les caractéristiques innées sont l'encapsulation, la localisation et la spécialisation fonctionnelle. Nous soutenons que les simulations connexionnistes évolutionnaires peuvent être utilisées pour développer une théorie de l'évolution de la modularité possédant une structure épistémologique et une méthodologie mutuellement adéquates. Elles sont mutuellement adéquates, car les simulations connexionnistes évolutionnaires permettent de faire des arguments par modèles (au sens logique) sur les relations d'implication et de consistance, et la théorie contient des lois qui sont des conséquences logiques de la théorie de l'évolution et des postulats neurocomputationnels. L'utilisation du connexionnisme évolutionnaire pour développer une telle théorie n'est pas qu'une possibilité abstraite ; des pas importants ont déjà été faits, et cette thèse apporte à ce domaine une contribution originale par le biais de simulations servant à valider des hypothèses existantes sur l'évolution de la modularité et à en formuler de nouvelles. Dans le premier chapitre, nous passons en revue les principales conceptions de la modularité et définissons, justifions et opérationnalisons la notion qui est utilisée par la suite. Dans le second chapitre, nous précisons le statut épistémologique et la structure que devrait avoir une théorie de l'évolution de la modularité. Dans le troisième chapitre, nous établissons les fondements méthodologiques des simulations connexionnistes évolutionnaires et montrons comment cette méthodologie s'articule particulièrement bien aux caractéristiques épistémologiques de la théorie présentées au second chapitre. Dans le quatrième chapitre, nous examinons et rejetons les arguments théoriques visant à établir déductivement la nécessité de la modularité. Nous faisons dans le cinquième chapitre une revue d'un ensemble de modèles de l'évolution de la modularité sous certaines conditions, modèles basés pour la plupart sur une tâche dite de localisation et de catégorisation. Dans le sixième chapitre enfin, nous produisons de nouvelles simulations, et des tests plus approfondis sont effectués pour mieux comprendre les simulations déjà existantes. Nos résultats permettent entre autre de mieux comprendre le paradigme expérimental dominant dans ce domaine, de montrer comment l'interaction de l'apprentissage et de l'évolution permet de contourner les obstacles à l'évolution de la modularité, et comment l'évolution de biais innés spécialisés dans un module favorise la capacité de généralisation dans une tâche. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Modularité, Évolution, Connexionnisme.

La vaste majorité des plantes terrestres sont impliquées dans des interactions symbiotiques avec des champignons du sol. Ces interactions, appelées mycorhizes, jouent un rôle clé dans l’écologie des plantes en influençant plusieurs facettes de leur croissance ou de leur reproduction (e.g., nutrition, protection contre les pathogènes, activation du système immunitaire). Toutefois, nous connaissons encore très peu de choses sur l’assemblage des communautés mycorhiziennes en milieu naturel : existe-t-il de la spécificité entre certaines espèces de plantes et de champignons, ou ces associations sont-elles le fruit du hasard et des conditions locales seulement? Cette question pose un défi tant sur le plan fondamental, où nous cherchons à comprendre comment les mutualismes persistent évolutivement, que sur la plan appliqué, où nous aimerions connaître comment les écosystèmes naturels s’assemblent pour guider nos pratiques de restauration écologique. Ainsi, mon doctorat a gravité autour de cette question : quels sont les mécanismes responsables de l’assemblage des communautés mycorhiziennes? En d’autres termes, qu’est-ce qui détermine qu’une plante s’associera avec certains champignons, et ne s’associera pas avec d’autres, en milieu naturel. En premier lieu, j’ai approché cette question sur le plan théorique en utilisant la théorie des réseaux comme outil pour détecter les associations préférentielles entre plantes et champignons. J’ai aussi développé, pour prédire ces associations préférentielles, un cadre théorique basé sur les traits fonctionnels des organismes, en adaptant le triangle CSR de J.P. Grime. Finalement, j’ai pu tester mes hypothèses par des observations en milieu naturel et des expériences en milieu contrôlé. L’ensemble de mes travaux ont contribué à mettre en lumière deux éléments clés de l’assemblage des communautés mycorhiziennes. Premièrement, l’assemblage semble se faire de manière hiérarchique, où d’abord des contraintes neutres comme l’abondance et la distribution spatiale déterminent quelles espèces auront l’opportunité d’interagir entre elles et ensuite, une sélection déterministe des partenaires s’opère, où les ii plantes ayant des traits fonctionnels similaires tendent à interagir avec un pool similaire de champignons mycorhiziens. Deuxièmement, bien qu’il semble y avoir de la sélection déterministe de partenaires, tant en milieu naturel qu’en milieu contrôlé, ce choix de partenaires demeure extrêmement flexible et dépend probablement des conditions locales et de phénomènes stochastiques (e.g., conditions du sol, luminosité, effets de priorité par les plantes voisines, etc.). Ces résultats permettent de mieux comprendre la spécificité dans la symbiose mycorhizienne. Ils suggèrent aussi que ces communautés symbiotiques seront fortement résilientes aux perturbations (e.g., extinction locale d’une espèce), car la spécificité dans le choix de partenaires que l’on observe sur le terrain ne semble pas résulter d’évènements de coévolution réciproque et de spécialisation.

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Actuellement, le marché est caractérisé par un haut niveau de compétitivité et des variations très fréquentes. L'examen critique des systèmes manufacturiers conventionnels révèle que ces systèmes ne sont pas capables de répondre aux exigences imposées au marché actuel; ces exigences sont principalement le coût et la qualité des produits et la réactivité du système. Par conséquent, la mise en place d'un nouveau paradigme de système manufacturier capable de répondre à ces exigences est nécessaire. Le système manufacturier reconfigurable ou le RMS est ce nouveau paradigme; il est censé être assez réactif pour faire face aux changements soudains du marché tout en gardant la qualité des produits à un coût bas. Le principal défi des RMS est leur conception. La plupart des méthodes proposées dans la littérature n'abordent pas le problème de conception d’un RMS dans son ensemble; elles traitent une partie du problème. Dans cette thèse, on propose une méthodologie générique de conception d’un RMS basée sur les principes de l'ingénierie systèmes. Cette méthodologie supporte la conception d’un RMS tout au long du processus de développement. Elle est dérivée principalement de la norme ISO/IEC/IEEE-15288. / Nowadays, the market is characterized by a high level of competitiveness and very frequent and sudden variations in the production context. The critical review of the existing manufacturing paradigms which are the dedicated manufacturing lines DMLs and the flexible manufacturing systems FMSs reveals that these systems are not capable of fulfilling the requirements imposed by the actual market; these requirements are mainly resumed in cost, quality and reactivity. Therefore, the need for a new manufacturing paradigm that could fulfill these requirements has arisen. Reconfigurable Manufacturing System or RMSs is this new paradigm; it is supposed to be reactive enough to cope with the sudden changes of the market while keeping the products quality high with a low cost. The main challenge in RMS is their design. Most of the proposed methods in the literature do not address the RMS design issue as a whole; they treat just part of the problem. Hence, as a contribution, we propose in this paper, a generic RMS design methodology based on systems engineering SE. This methodology will support the RMS design along the development process. It is based specifically on the standard ISO/IEC/IEEE15288.

Dans cette thèse, nous développons un nouveau modèle de déformation pour étudier les formes. Les déformations, et les difféomorphismes en particulier, jouent un rôle fondamental dans l'étude statistique de formes, comme un moyen de mesurer et d'interpréter les différences entre des objets similaires. Les difféomorphismes résultent généralement d'une intégration d'un flot régulier de champs de vitesses, dont les paramètres n'ont jamais encore vraiment permis de contrôler localement les déformations. Nous proposons un nouveau modèle dans lequel les champs de vitesses sont construits grâce à la combinaison de quelques champs de vecteurs locaux et interprétables. Ces champs de vecteurs sont générés à l'aide d'une structure que nous appelons module de déformation. Un module de déformation génère un champ de vecteurs d'un type particulier (e.g. homothétie) choisi à l'avance: cela permet d'incorporer des contraintes dans le modèle de déformation. Ces contraintes peuvent correspondre à un savoir que l'on a sur les formes étudiées, ou à un point de vue à partir duquel on veut étudier ces formes. Dans un premier chapitre nous définissons les modules de déformation et nous en donnons des exemples variés. Nous expliquons également comment construire facilement un module de déformation adapté à des contraintes complexes en combinant des modules de déformations simples. Ensuite nous construisons des grandes déformations modulaires en tant que flot de champs de vecteurs générés par un module de déformation. Les champs de vecteurs générés par un module de déformation sont paramétrés par deux variables : une géométrique (descripteur géométrique) et une de contrôle. Nous associons également un coût à chaque couple de descripteur géométrique et de contrôle. Dans un deuxième chapitre nous expliquons comment utiliser un module de déformation donné pour étudier des formes. Nous construisons tout d'abord une structure sous-Riemannienne sur l'espace défini comme le produit de l'espace de formes et de celui des descripteurs géométriques. La métrique sous-Riemannienne vient du coût choisi : nous munissons le nouvel espace d'une métrique choisie, qui en générale n'est pas le pull-back d'une métrique sur les champs de vecteurs mais tient compte la manière dont les champs de vecteurs sont construits à partir des contraintes. Grâce à cette structure nous définissons une distance sous-Riemannienne et nous montrons l'existence des géodésiques (trajectoires dont la longueur vaut la distance entre les points de départ et d'arrivée). L'étude des géodésiques se ramène à un problème de contrôle optimal, elles peuvent être obtenues grâce à un formalisme Hamiltonien. En particulier nous montrons qu'elles peuvent être paramétrées par une variable initiale, le moment. Après cela nous présentons les grandes déformations modulaires optimales transportant une forme source sur une forme cible. Nous définissons également l'atlas modulaire d'une population de formes par la donnée d'une forme moyenne et d'une grande déformation modulaire par forme. Dans la discussion nous étudions un modèle alternatif dans lequel les géodésiques sont paramétrées en dimension plus petite. Dans un troisième chapitre nous présentons l'algorithme implémenté pour obtenir les grandes déformations ainsi que la descente de gradient estimant les atlas. Dans un dernier chapitre nous présentons plusieurs exemples numériques grâce auxquels nous étudions certains aspects de notre modèle. En particulier nous montrons que le choix du module de déformation utilisé influence la forme moyenne, et que choisir un module de déformation adapté permet d'effectuer simultanément des recalages rigides et non linéaires. Dans le dernier exemple nous étudions des formes sans a priori, nous utilisons donc un module correspondant à des contraintes faibles et nous montrons que l'atlas obtenu est toujours intéressant. / This thesis is dedicated to the development of a new deformation model to study shapes. Deformations, and diffeormophisms in particular, have played a tremendous role in the field of statistical shape analysis, as a proxy to measure and interpret differences between similar objects but with different shapes. Diffeomorphisms usually result from the integration of a flow of regular velocity fields, whose parameters have not enabled so far a full control of the local behaviour of the deformation. We propose a new model in which velocity fields are built on the combination of a few local and interpretable vector fields. These vector fields are generated thanks to a structure which we name deformation module. Deformation modules generate vector fields of a particular type (e.g. a scaling) chosen in advance: they allow to incorporate a constraint in the deformation model. These constraints can correspond either to an additional knowledge one would have on the shapes under study, or to a point of view from which one would want to study these shapes. In a first chapter we introduce this notion of deformation module and we give several examples to show how diverse they can be. We also explain how one can easily build complex deformation modules adapted to complex constraints by combining simple deformation modules. Then we introduce the construction of modular large deformations as flow of vector fields generated by a deformation module. Vector fields generated by a deformation module are parametrized by two variables: a geometrical one named geometrical descriptor and a control one. We build large deformations so that the geometrical descriptor follows the deformation of the ambient space. Then defining a modular large deformation corresponds to defining an initial geometrical descriptor and a trajectory of controls. We also associate a notion of cost for each couple of geometrical descriptor and control. In a second chapter we explain how we can use a given deformation module to study data shapes. We first build a sub-Riemannian structure on the space defined as the product of the data shape space and the space of geometrical descriptors. The sub-Riemannian metric comes from the chosen cost: we equip the new (shape) space with a chosen metric, which is not in general the pull-back of a metric on vector fields but takes into account the way vector fields are built with the chosen constraints. Thanks to this structure we define a sub-Riemannian distance on this new space and we show the existence, under some mild assumptions, of geodesics (trajectories whose length equals the distance between the starting and ending points). The study of geodesics amounts to an optimal control problem, and they can be estimated thanks to an Hamiltonian framework: in particular we show that they can be parametrized by an initial variable named momentum. Afterwards we introduce optimal modular large deformations transporting a source shape into a target shape. We also define the modular atlas of a population of shapes which is made of a mean shape, and one modular large deformation per shape. In the discussion we study an alternative model where geodesics are parametrized in lower dimension. In a third chapter we present the algorithm that was implemented in order to compute these modular large deformations and the gradient descent to estimate the optimal ones as well as mean shapes. In a last chapter we introduce several numerical examples thanks to which we study specific aspects of our model. In particular we show that the choice of the used deformation module influences the form of the estimated mean shape, and that by choosing an adapted deformation module we are able to perform in a satisfying and robust way simultaneously rigid and non linear registration. In the last example we study shapes without any prior knowledge, then we use a module corresponding to weak constraints and we show that the atlas computation still gives interesting results.

L’organisation sociale est un élément important dans la biologie d’une espèce. Dans le monde animal, il existe différents types d’organisation sociale. Certaines espèces affichent un comportement solitaire, tandis que d’autres sont grégaires. Lorsque la socialité est favorisée, une organisation sociale de type communautaire peut prendre forme, où les liens d’associations sont majoritairement entre les individus des mêmes communautés. Ces liens peuvent être modulés par des associations préférentielles, par des stratégies comportementales ou par un apparentement génétique. Cependant, l’organisation sociale est soumise à des changements avec la mortalité, les naissances, l’immigration et l’émigration des individus. Ces variables démographiques peuvent altérer les relations sociales et par le fait même l’organisation sociale. L’analyse des réseaux sociaux est utilisée pour représenter et analyser la structure sociale d’une population. Cette technique permet de quantifier la structure de communauté d’un réseau. En utilisant une base de données d’observations obtenues sur plusieurs années, mon projet de maitrise explore l’organisation sociale chez les femelles chamois (Rupicapra rupicapra) au Parc des Alpes Maritimes, Italie. La base de tous les comportements sociaux est l’association. L’interaction dyadique entre deux individus est la principale voie pour le transfert de l'information. En utilisant ces associations, j’ai reconstruit, sur une base annuelle, la structure sociale des femelles chamois. Une fois la structure sociale établie, j’ai discerné les différentes communautés présentes dans la population. J’ai ensuite effectué une analyse de stabilité des communautés et déterminé si la composition des communautés répondait à un apparentement génétique. Les chamois femelles ont une organisation sociale impliquant des communautés avec de multiples liens d’associations à l’intérieur, mais quelque peu dirigés à l’extérieur de ces communautés. Les relations sociales d’une femelle chamois sont généralement conservées d’une année à l’autre. De plus, ces communautés attestent d’une grande stabilité inter annuelle. Peu d’individus changent de communauté d’une année à l’autre. Le changement de communauté est associé avec un faible nombre de liens d’associations et également avec des groupes de faible taille. Les communautés détectées ne semblent pas être basées sur un apparentement génétique. Grâce à l’analyse des réseaux sociaux, mes travaux de maîtrise sont les premiers à quantifier statistiquement l’organisation sociale des femelles chamois. Grâce à l’exploration de l’organisation sociale de ces femelles chamois, nos résultats apporteront de nouvelles informations sur les ongulés alpins et permettront une gestion adéquate des populations.

La cognition se réfère aux mécanismes par lequel l'animal perçoit, apprend, mémorise et agit selon les informations auquel il est confronte dans son environnement. Les animaux on chacun leur propre monde sensoriel et il est primordial qu'ils s'y adaptent en développant des compétences spécialisées en fonction des informations sensorielles qui lui sont le plus utile. Il en est de même des informations qu'il est utile de stocker afin de pouvoir les utiliser ultérieurement. Les mécanismes sous-jacents à ces processus d'adaptation comportementale sont lies à la plasticité du système. Comment cette plasticité permet la mise en place de modules adaptatif reste actuellement une question sans complète explication. Le thème de cette thèse porte sur la plasticité et la modularité des capacités d'apprentissage et de mémoire olfactive chez Drosophila melanogaster. Dans la nature, la drosophile est confrontée à des environnements sensoriels complexes comprenant plusieurs stimuli sensoriels qu'elle doit associées à des renforcements négatifs ou positifs selon les conditions. En laboratoire il est possible de reproduire ce genre d'événement et j'ai ainsi pu tester le niveau d'adaptation des drosophiles à différent niveaux de traitement de l'information. Je démontre dans ce manuscrit que l'adaptation se produit à différents niveaux que ce soit la perception de l'information, les mécanismes de stockage des informations pertinentes et aussi la mise a jour de mémoires qui ne sont plus utiles. Ces processus ont révèle l'existence de modules cognitifs plus ou moins spécialisés qui permettent a l'animal de s'adapter spécifiquement a son milieu. De plus, la réalisation d'une sélection artificielle sur les compétences à stocker les informations révèle l'implication de l'évolution dans la mise en place de ces modules.