La science de la durabilité serait la science de l'intégration. Intégration des échelles, des disciplines et des intérêts des acteurs. Une piste pour intégrer ces différents éléments est de développer des indicateurs de développement durable. Parmi ces indicateurs, les indicateurs d'interactions ont une importance clé car ils doivent permettre de relier entre eux les objectifs sociaux, les dynamiques écologiques et les activités humaines. <br />Cette thèse cherche à évaluer la pertinence des indicateurs d'interactions existants ainsi que des méthodes de construction innovantes qui se fixent pour objectif de développer des outils de co-gestion adaptative de la biodiversité

Les microorganismes sont essentiels au maintien et au fonctionnement des écosystèmes. Dans certains produits alimentaires, la communauté microbienne, composée principalement de levures et de bactéries lactiques, fermente les sucres, affecte positivement les qualités organoleptiques du produit et augmente sa durée de conservation. C’est le cas du levain de panification. Cette thèse visait principalement à décrire les patterns de diversité des levures de levains français produits à partir de farine issue de l’agriculture biologique et à conserver une partie de cette diversité. Grâce à des méthodes d’analyses culturales et non culturales de la diversité des levures, nous avons mis en évidence une diversité spécifique caractéristique de chaque levain étudié. Nous avons aussi montré la dominance du genre Kazachstania et la convergence des souches isolées de levain pour la capacité à consommer du raffinose et du saccharose. Bien que la densité et la composition en espèces varient entre deux levains, aucune structuration spatiale de la diversité n’a été mise en évidence. Les pratiques de panification et leurs effets sur la diversité des communautés microbiennes ont également été analysés. Deux typologies de pratiques de panification (plutôt « intensives » et plutôt « extensives »), affectant l’espèce dominante des populations de levures, ont été révélées. / Microorganisms are essential for the maintenance and functioning of the ecosystems. In some food products, microbial community, mainly composed by yeasts and lacid actic bacteria which ferment sugars, positively affects organoleptic qualities and shelf life of the product. It is the case of bread sourdough. This PhD aimed at describing yeast diversity patterns of organic French bread sourdoughs and conserving a part of this diversity. Using cultural-Based and non-Cultural based analyses of yeast diversity, we highlighted a unique specific diversity of each sourdough. We also shown the predominance of Kazachstania genus and a convergence of sourdoughs’ yeasts isolates for the ability to consume raffinose and sucrose. Although density and species composition varied between sourdoughs, no spatial pattern was highlighted. Bread-Making practices and their effects on microbial communities’ diversity were also analyzed. Two bread-Making practice typologies (quite « intensive » and quite « extensive »), affecting dominant yeast species were also revealed.

Alors que nous faisons face à une crise biologique majeure, acteurs institutionnel et ONGs exhortent les entreprises à s’engager pour enrayer cette érosion écologique. L’objectif de la thèse est d’analyser, évaluer et faire évoluer la contribution potentielle des entreprises à la conservation de la biodiversité dans le cadre de leur responsabilité sociétale (RSE).Un cadre d’analyse est développé pour évaluer la prise en charge par une entreprise de ses responsabilités écologiques en termes de moyens – les initiatives RSE a priori favorables à la biodiversité mises en œuvre – et de résultats – la compatibilité des activités de l’entreprise avec la conservation de la biodiversité. Après avoir caractérisé les initiatives RSE à partir de l’étude d’engagements d’entreprises endossés comme contributions à la Stratégie nationale pour la biodiversité, une méthode est proposée pour détecter si les activités d’une entreprise sont écologiquement non-durables. Le postulat est que le respect des capacités de charge des écosystèmes est un prérequis à la conservation effective de la biodiversité. Cette méthode, adaptée de l’évaluation environnementale absolue de la durabilité, est appliquée, dans le cadre de deux projets de recherche-intervention, au portfolio alimentaire du Groupe Casino et au cycle de vie de deux installations de stockage de déchets dangereux de SARP Industries. Des orientations stratégiques visant à éviter-réduire-compenser les pressions non durables sont proposées. Soulignant l’importance de renforcer la prise en charge des pressions étendues, cette thèse ouvre plus largement des perspectives pour les secteurs d’activité et les politiques publiques. / As we are experiencing a major biological crisis, institutional actors and NGOs are calling on businesses to engage efforts aiming at halting biodiversity loss. The objective of the thesis is to analyze and evaluate the potential contribution of corporate social responsibility (CSR) to biodiversity conservation.A framework is developed to analyze to which extent a company takes in charge its ecological responsibilities. After characterizing CSR initiatives based on the case study of business commitments to contribute to the French National Biodiversity Strategy, a method is proposed to test whether business activities exert unsustainable pressures on ecosystems. It is assumed that compatibility with ecosystems’ carrying capacities is a prerequisite for effective biodiversity conservation. This method, adapted from the “absolute environmental sustainability assessment” (AESA) approach, is applied in the context of research-intervention projects to the food portfolio of the mass-market retailer Groupe Casino and to the life cycle of two facilities of SARP Industrie specialized in the disposal and storage of hazardous waste. The comparison of the company’s environmental footprints with the ecological constraints is used to draw a comprehensive strategy based on the mitigation hierarchy. As our results highlight the opportunity to strengthen the management of extended pressures through CSR, possible implications for sectors and public policies are discussed.

La compensation écologique, envisagée dans le respect de la séquence éviter-réduire-compenser les impacts, cherche à apporter des réponses à la crise actuelle d’érosion de la biodiversité. L’objectif de la thèse est de comprendre quels sont les enjeux organisationnels et institutionnels de la mise en œuvre du principe de compensation écologique pour les impacts sur les écosystèmes aquatiques marins et continentaux en Europe et aux Etats-Unis. La thèse mobilise le cadre théorique de l’économie néo-institutionnelle. Les organisations de type hiérarchique (compensation au cas par cas) ont pour principales limites d’avoir une efficacité écologique discutable et de ne pas permettre le suivi et le contrôle des mesures compensatoires ce qui conduit souvent à ce que la compensation ne soit pas ou peu mise en œuvre. Aux Etats-Unis, les banques de compensation consistent en une réponse anticipée et mutualisée aux dommages à l’environnement. Il s’agit d’une forme organisationnelle alternative hybride fortement régulée à mi-chemin entre la hiérarchie et le marché. Cependant, les acteurs ont des stratégies collectives et individuelles qui engendrent des négociations ayant des conséquences sur les enjeux de développement économique et de maintien des objectifs de conservation de la biodiversité. Le système des banques de compensation crée un double phénomène de redistribution des coûts de transaction et de diminution de ceux-ci mais il semble que l’évolution de l’ensemble du cadre d’application de la compensation écologique américain permet aujourd’hui une complémentarité institutionnelle entre ces deux formes organisationnelles plutôt qu’une disparition des formes hiérarchiques. / Biodiversity offset, as the last step of the mitigation hierarchy (avoid/reduce/offset), aims to address the current biodiversity loss crisis. The main goal of this PhD, which relies on the new institutional economics approach as a theoretical framework, is to understand the organizational and institutional issues of implementing biodiversity offsets policies for impacts on continental and offshore wetlands in Europe and the United-States. Hierarchical organizations (i.e. permittee responsible mitigation) often lead to little to no implementation of biodiversity offsets because the ecological effectiveness of case-by-case compensatory measures is unproven and the monitoring and control of numerous measures are difficult. In the United-States, the mitigation banking system aims to compensate for multiple small impacts on wetlands by carrying out restoration projects on fewer but larger wetland areas in order to reach the goal of no net loss of biodiversity. This hybrid organizational form is highly regulated and therefore stands halfway between hierarchical and market organizations. However, actors have individual and collective strategies that generate negotiations with consequences on economic development and biodiversity conservation stakes. The mitigation banking system leads to a decrease of transaction costs and a change of the actors bearing them. It seems that the evolution of the whole framework of biodiversity offsets policy implementation in the United-States leans toward an institutional complementarity between these two organizational forms rather than a disappearance of hierarchical organizations.