Le territoire est le support d’interactions entre les êtres vivants et leur espace de vie. Parmi ces interactions, il est aujourd’hui reconnu que les activités anthropiques sont une cause déterminante de l’érosion de la biodiversité. Dans ce contexte, la séquence « Eviter-Réduire-Compenser» (ERC) est un instrument réglementaire visant l’absence de perte nette de biodiversité (no net loss) en aménagement du territoire. Or, il semblerait qu’elle ne permette pas de remédier à la perte chronique de biodiversité. Au-delà de ses limites pratiques et théoriques, parmi les causes de cette inefficacité on peut mentionner : la focalisation sur la « compensation » et sur l’échelle « projet » ou encore la convergence des études vers la problématique des grands projets d’aménagement. Ainsi, en partant de questions issues du terrain, en adoptant une posture à l’interface entre recherche et action, et en choisissant une démarche pluridisciplinaire, cette thèse repose sur l’hypothèse que les difficultés actuelles sont liées à des défis scalaires et qu’un changement d’échelle spatiale, temporelle et fonctionnelle est nécessaire pour permettre à l’instrument de prétendre à son objectif. A travers une analyse qualitative et quantitative de l’application de la séquence ERC dans le cadre de petits projets d’aménagement, nous identifions une série de limites associées à l’échelle « projet ». Cela nous amène à analyser, tout d’abord théoriquement puis empiriquement grâce à l’étude de collectivités territoriales responsables de la planification de l’aménagement, les implications d’un changement d’échelle vers une mise en œuvre de la séquence ERC à l’échelle territoriale et stratégique de la planification. Enfin, nous conduisons une réflexion sur l’élaboration d’une démarche méthodologique d’anticipation de la séquence ERC dès la planification, appliquée au cas concret de Montpellier Méditerranée Métropole.In fine, ces recherches nous permettent d’apporter des compléments de réponse à la question des fins effectives de l’instrument : éviter ou plutôt légitimer la perte de biodiversité ? Nos propositions et perspectives pour les praticiens et les chercheurs vont dans le sens d’une mise en œuvre de la séquence ERC plus en phase avec son objectif de no net loss. / Territory provides the support for interactions between humans avec their living environment. Among these interactions, it is well known that anthropic activities are a major cause of biodiversity erosion. In this respect, the mitigation hierarchy (avoidance, reduction and offsetting impacts) is a regulatory tool whose objective is to achieve a “no net loss” of biodiversity following urban development. However, the efficiency of the tool is questioned because of its practical and theoretical limits, and the recurring focus on biodiversity offsets and on the “project” scale, or the convergence of studies on large development projects.Based on questions arising from practical action and by adopting a multi-disciplinary approach and posture at the knowledge-action interface, this thesis hypothesizes that the current lack of efficiency is the result of a problem of scale and that a temporal, spatial and functional switch in scale could help the mitigation hierarchy to reach its objectives. Through quantitative and qualitative analysis of the mitigation hierarchy implementation for small-scale development projects, we identify a set of limits associated with studies done at scale of individual projects. These findings illustrate the need to upscale towards a territorial and strategic approach to the implementation of the mitigation hierarchy. Finally, we initiate a reflexion on the development of a methodological framework to anticipate the mitigation hierarchy implementation at the urban planning stage, and we test it on the Montpellier metropolitan territory.Finally, these research studies provide new answers to the question of the effective purpose of the tool: is its aim to avoid or legitimise biodiversity loss? Our propositions and perspectives for practitioners and scientists are in line with a mitigation hierarchy implementation that is more likely to reach no net loss objectives.

Face à l’érosion mondiale de la biodiversité causée par les activités humaines, la compensation écologique, et plus largement la séquence « Eviter Réduire Compenser » (ERC), s’est développée depuis les années 1970, avec l’ambition de concilier développement au niveau des projets d’aménagement et préservation de la biodiversité. L’objectif de cette séquence est d’atteindre « zéro perte nette » (No net Loss, NNL) de biodiversité. Un des enjeux clé pour y arriver consiste à démontrer l’équivalence écologique entre les gains apportés par la compensation et les pertes occasionnées par les impacts. Malgré les avancées règlementaires, le cadre français n’inclut pas de méthode à suivre pour déterminer l’équivalence et aucune n’est unanimement reconnue. Cela amène à des pratiques hétérogènes et une difficulté d’atteindre le NNL. Dans ce contexte, ces travaux de thèse visent à développer un cadre méthodologique standardisé (CMS) d’évaluation de l’équivalence, combinant à la fois opérationnalité, bases scientifiques et exhaustivité (prise en compte des quatre dimensions de l’équivalence : écologique, spatiale, temporelle et les incertitudes). Dans un premier temps, 13 méthodes utilisées à l’étranger sont analysées afin d’identifier des éléments structurant pour le développement du CMS adapté au contexte français. La construction du CMS est décomposée en trois étapes. La première consiste à sélectionner un lot organisé d’indicateurs sur lesquels baser l’évaluation de l’équivalence, permettant de répondre aux exigences règlementaires et reflétant la complexité de la biodiversité : évaluation à deux échelles spatiales (sur le site et dans un périmètre élargi) et à trois niveaux d’enjeu (général, habitat ou espèce). La deuxième étape porte sur la prédiction de l’évolution dans le temps des valeurs initiales des indicateurs, sous l’effet des impacts et de la compensation, en prenant en compte les incertitudes associées. La troisième étape conduit à la détermination de règles de calcul des pertes et des gains aboutissant à l’évaluation globale de l’équivalence. Le CMS ainsi construit est ensuite testé sur deux sites d’étude afin d’en démontrer la plus-value et d’en éprouver les limites. Des perspectives d’amélioration du CMS, et plus largement de l’évaluation de l’équivalence sont dégagées. En dernier lieu, l’ensemble de ces éléments nous permettent de questionner l’efficacité de la compensation écologique pour lutter contre l’érosion de la biodiversité. / In light of the global erosion of biodiversity caused by human activities, biodiversity offsets and, more broadly the Mitigation Hierarchy, are increasingly used since the 1970s, with the ambition of reconciling economic development and biodiversity conservation. Its objective is to achieve "No Net Loss" (NNL) of biodiversity. One of the key issues to achieve this goal is to demonstrate ecological equivalence between the gains from offsets and the losses caused by impacts. Despite regulatory improvements, the French law does not include a method for assessing equivalence, and no method is unanimously recognized. This leads to heterogeneous practices and difficulties in reaching the NNL objective. In this context, this thesis aims to develop a standardized methodological framework (SMF) for assessing equivalence, which combines operationality, scientific basis and comprehensiveness (taking into account the four dimensions of equivalence: ecological, spatial, temporal and uncertainties). First, 13 methods used abroad are analysed in order to identify structural elements for the development of a SMF adapted to the French context. The construction is decomposed into three steps. The first consists in selecting an organized set of indicators, on which equivalence assessment should be based in order to meet legislative requirements and reflect the complexity of biodiversity. The assessment is to be done at two spatial scales (on-site and within an expanded perimeter) and at three levels reflecting general or specific issues (habitat or species). The second step regards the prediction of the values of the indicators over time, consequently to the impacts and offsets, taking into account the implied uncertainties. The third step leads us to establish rules for calculating losses and gains, as well as for the overall assessment of equivalence. Finally, this SMF is tested on two study sites in order to demonstrate the added value and to identify its limits. Prospects for improving the SMF, and more broadly the evaluation of equivalence, are then suggested. Finally, all these elements make it possible to question the effectiveness of offsets in order to tackle biodiversity erosion.

La compensation écologique, envisagée dans le respect de la séquence éviter-réduire-compenser les impacts, cherche à apporter des réponses à la crise actuelle d’érosion de la biodiversité. L’objectif de la thèse est de comprendre quels sont les enjeux organisationnels et institutionnels de la mise en œuvre du principe de compensation écologique pour les impacts sur les écosystèmes aquatiques marins et continentaux en Europe et aux Etats-Unis. La thèse mobilise le cadre théorique de l’économie néo-institutionnelle. Les organisations de type hiérarchique (compensation au cas par cas) ont pour principales limites d’avoir une efficacité écologique discutable et de ne pas permettre le suivi et le contrôle des mesures compensatoires ce qui conduit souvent à ce que la compensation ne soit pas ou peu mise en œuvre. Aux Etats-Unis, les banques de compensation consistent en une réponse anticipée et mutualisée aux dommages à l’environnement. Il s’agit d’une forme organisationnelle alternative hybride fortement régulée à mi-chemin entre la hiérarchie et le marché. Cependant, les acteurs ont des stratégies collectives et individuelles qui engendrent des négociations ayant des conséquences sur les enjeux de développement économique et de maintien des objectifs de conservation de la biodiversité. Le système des banques de compensation crée un double phénomène de redistribution des coûts de transaction et de diminution de ceux-ci mais il semble que l’évolution de l’ensemble du cadre d’application de la compensation écologique américain permet aujourd’hui une complémentarité institutionnelle entre ces deux formes organisationnelles plutôt qu’une disparition des formes hiérarchiques. / Biodiversity offset, as the last step of the mitigation hierarchy (avoid/reduce/offset), aims to address the current biodiversity loss crisis. The main goal of this PhD, which relies on the new institutional economics approach as a theoretical framework, is to understand the organizational and institutional issues of implementing biodiversity offsets policies for impacts on continental and offshore wetlands in Europe and the United-States. Hierarchical organizations (i.e. permittee responsible mitigation) often lead to little to no implementation of biodiversity offsets because the ecological effectiveness of case-by-case compensatory measures is unproven and the monitoring and control of numerous measures are difficult. In the United-States, the mitigation banking system aims to compensate for multiple small impacts on wetlands by carrying out restoration projects on fewer but larger wetland areas in order to reach the goal of no net loss of biodiversity. This hybrid organizational form is highly regulated and therefore stands halfway between hierarchical and market organizations. However, actors have individual and collective strategies that generate negotiations with consequences on economic development and biodiversity conservation stakes. The mitigation banking system leads to a decrease of transaction costs and a change of the actors bearing them. It seems that the evolution of the whole framework of biodiversity offsets policy implementation in the United-States leans toward an institutional complementarity between these two organizational forms rather than a disappearance of hierarchical organizations.