Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-19Bitstream added on 2014-06-13T18:49:58Z : No. of bitstreams: 1 silva_ls_me_sjrp.pdf: 743298 bytes, checksum: 2f464575e4025f3b9eb2a23dd8bfd2a8 (MD5) / Neste trabalho a tripsina pancreática bovina é utilizada como proteína alvo na aplicação da espectroscopia de correlação bidimensional investigando os processos de desenovelamento e re-enovelamento. A espectroscopia de correlação bidimensional generalizada proposta por Noda (Noda, 1993) tem crescido em aplicações e novas técnicas de correlação 2D têm sido desenvolvidas. Assim como em RMN 2D, picos espectrais são espalhados em uma segunda dimensão, simplificando a visualização de espectros complexos, por serem constituídos de bandas sobrepostas ajudando na resolução espectral, de similar modo foi desenvolvido técnicas de analises para o infravermelho. O desenvolvimento de um software para obtenção da correlação generalizada e correlação sample-sample (Sasic, et al., 2000) foi uma etapa importante neste estudo, entretanto a associação entre estes resultados torna a abordagem do problema de desenovelamento e re-enovelamento mais rica em detalhes. A análise de correlação bidimensional sample-sample (2D-SS) indica uma temperatura de desenovelamento em 48°C que é corroborado por DSC (49C). Além dessa, temperaturas de pré-transição em 31°, 37° e 43°C e pós-transição em 54°, 59° e 69°C foram reveladas por 2D sample-sample. O perfil do termograma obtido por DSC indica que o processo de desenovelamento é do tipo múltiplo estado o que valida a descoberta de temperaturas de pré e pós-transição. A análise generalizada revela as estruturas secundárias e os eventos seqüenciais envolvidos em cada uma destas transições. A partir da equação de van’t Hoff é obtido o valor da entalpia de desenovelamento 28,1 kcal/mol, já a análise calorimétrica por sua vez fornece um valor para a entalpia aparente de 59,3 kcal/mol. / In this work the bovine pancreatic trypsin is used as the target protein in the application of two-dimensional correlation spectroscopy investigating the processes of unfolding and refolding. The two-dimensional generalized correlation spectroscopy proposed by Noda (Noda, 1993) has grown into applications and new 2D correlation techniques have been developed. As well as in 2D NMR spectral peaks are spread across a second dimension, simplifying the complex spectra view because they are made up of overlapping bands increasing the spectral resolution of similar way was developed techniques of analysis to the infrared technique. The development of software for obtaining generalized correlation and correlation sample-sample (Sasic, et al., 2000) was an important step in this study, however the association between these results makes the approach to the problem of unfolding and refolding richer in detail. The two-dimensional sample-sample correlation analysis (2D-SS) indicates a temperature of unfolding at 48 °C which is corroborated by DSC (49 °C). In addition to this, pre transitions temperatures in 31 ° 37° and 43 °C and post transition in 54°, 59° and 69°C were revealed by 2D-SS. The profile of the thermogram obtained by DSC indicates that the process of unfolding is of the type of multiple state that validates the discovery of temperatures of pre and post transition. The generalized analysis reveals the secondary structures and sequential events involved in each of these transitions. From the van't Hoff equation is retrieved a value of the unfolding enthalpy of 28.1 kcal/mol, from the calorimetric analysis the value for the apparent enthalpy was 59.3 kcal/mol.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2014. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-11-20T16:24:55Z No. of bitstreams: 1 2014_MarcusViníciusChaffimCosta.pdf: 5080995 bytes, checksum: d1b95c9423e26df76de7a4ec625b6a69 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-05-13T16:57:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_MarcusViníciusChaffimCosta.pdf: 5080995 bytes, checksum: d1b95c9423e26df76de7a4ec625b6a69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T16:57:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_MarcusViníciusChaffimCosta.pdf: 5080995 bytes, checksum: d1b95c9423e26df76de7a4ec625b6a69 (MD5) / Este trabalho apresenta a aplicação de codificadores bidimensionais para a compressão de sinais de eletromiografia de superfície (S-EMG) adquiridos durante contrações isométricas e dinâmicas. Os dados dos sinais de S-EMG são primeiramente arranjados em uma matriz N×M, composta de M segmentos de sinal com comprimento N. Então, um préprocessamento é realizado para aumentar a correlação bidimensional da matriz. Isso é alcançado pelo reordenamento das colunas da matriz de modo que a correlação entre as colunas adjacentes seja maximizada. Finalmente, um codificador de entropia é utilizado para comprimir a informação lateral de cabeçalho (a saber, a lista da ordem das colunas na matriz processada e os parâmetros temporais do sinal) e um algoritmo de compressão de imagens normatizado e amplamente adotado é utilizado para reduzir o volume de dados. Na presente proposta são avaliados sinais de S-EMG mensurados no músculo bíceps braquial de quatro voluntários do gênero masculino, saudáveis, durante contrações musculares estáticas (isométricos) e sinais de S-EMG medidos nos músculos vasto medial e vasto lateral de nove voluntários saudáveis (seis homens e três mulheres) realizando atividades dinâmicas (ciclismo). Pode-se demonstrar o aumento da correlação bidimensional, oferecido pelo estágio de pré-processamento proposto, e o aumento da eficiência de compressão, alcançada quando tal estágio é utilizado. A aplicação desta proposta demonstra que a utilização dos codificadores de imagem – algoritmos JPEG2000, H.264/AVC e HEVC – é eficiente para a compressão de sinais de S-EMG. Ademais, foi realizada uma avaliação quantitativa do desempenho destes codificadores com os algoritmos preconizados por Norris et al. (2001) e Berger et al. (2006). _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work reports the use of two-dimensional data encoders for compression of surface electromyographic (S-EMG) signals measured during isometric and dynamic contractions. The S-EMG data is first arranged into an N×M matrix, composed of M signal segments of length N. Then, a preprocessing step is used to increase the two-dimensional correlation of this matrix. This is achieved by rearranging the columns of the matrix such that the correlation between adjacent columns is maximized. Finally, entropy encoding is used to compress lateral overhead information (the column-order list in the new matrix and temporal parameters), and an off-the-shelf image compression standard algorithm is used for reducing data size. The proposed approach is evaluated on S-EMG recordings measured on the biceps brachii muscle of four healthy male volunteers during isometric exercise and on S-EMG recordings measured on the vastus lateralis and vastus medialis muscles of nine healthy volunteers (six men, three women) during dynamic (cycling) exercise. We show the increase in two-dimensional correlation provided by the proposed preprocessing stage, and quantitatively demonstrate the improvement in compression efficiency achieved when such stage is used. Using the proposed approach, this work shows that off-the-shelf image encoders — namely the JPEG2000, the H.264/AVC and the HEVC algorithms — are efficient for compression of S-EMG signals. Finally, we quantitatively compare the performance of these algorithms with the S-EMG encoders proposed by Norris et al. (2001) and Berger et al. (2006).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-27Bitstream added on 2014-06-13T20:29:19Z : No. of bitstreams: 1 martins_db_me_sjrp.pdf: 1774906 bytes, checksum: cae913e873e102a5cfd5c4dddccc9e4d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Esse trabalho tem por objetivo estudar as transições conformacionais, induzidas termicamente, na Ribonuclease A. Esta abordagem foi realizada aplicando!se a técnica de calorimetria diferencial de varredura (DSC) e infravermelho médio com transformada de Fourier (FTIR), associando a técnica de análise de correlação bidimensional (2D! COS), variável!variável (VV) e sample sample (SS). A partir dos dados de DSC determinamos a variação de entalpia do sistema (∆Hcal) que foi de 587 kJ/mol. Também identificamos as temperaturas de pré (36, 39, 43, 49 e 59°C), pós transição (71°C) e temperatura de melting (65°C), além da determinação do ∆Hcal para cada uma das transições. A análise de correlação bidimensional sample!sample (SS) também foi capaz de identificar as mesmas temperaturas encontradas por DSC. Por sua vez, a análise de correlação bidimensional variável!variável (VV) descreveu a evolução conformacional das estruturas secundárias da proteína durante o desenovelamento térmico / This work aims to study the thermally!induced conformational transitions in Ribonuclease A. This approach was performed by applying the technique of differential scanning calorimetry (DSC) and medium infrared Fourier transform spectroscopy (FTIR), linking the technique of correlation analysis (2D!COS), variable!variable (VV) and sample !sample (SS). From DSC data determine the enthalpy change of the system (SHcal) which was 587 kJ / mol. We identified the pre temperatures (36, 39, 43, 49 and 59 ° C), post transition (71 ° C) and melting temperature (65 ° C), besides determination of SHcal for each transition. The two!dimensional correlation analysis sample! sample (SS) was also able to identify the same temperatures found by DSC. In turn, the two!dimensional correlation analysis of variable!variable (VV) described the conformation evolution of the protein secondary structures during thermal unfolding

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-17Bitstream added on 2014-06-13T20:08:00Z : No. of bitstreams: 1 goncalves_er_me_sjrp_parcial.pdf: 124608 bytes, checksum: 0a4bcc296ede029511807eb42a3bd883 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-08-22T14:57:05Z: goncalves_er_me_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-08-22T15:02:08Z : No. of bitstreams: 1 000607885.pdf: 2203958 bytes, checksum: 2ad68620c13ca42941cc766689b448fd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho apresenta um estudo do processo de desenovelamento da papaína via temperatura. Para tanto, foi utilizada a técnica espectroscópica de fluorescência, em conjunto com a espectroscopia de correlação bidimensional, com as análises sample-sample e variável- variável aplicadas à região do infravermelho médio. Desta forma, foi possível determinar três temperaturas de pré-transição: 34, 54 e 61ºC; sendo que a temperatura de 54ºC foi evidenciada tanto por fluorescência quanto pela análise sample-sample. Já as temperaturas de 34 e 61ºC foram evidenciadas somente na análise sample-sample. Além disso, a análise variável-variável descreveu a dinâmica conformacional durante o processo de desenovelamento. Assim, pode-se relacionar a temperatura e a dinâmica conformacional. / This work presents a study of the unfolding of papain via temperature. In order to do so, the fluorescence spectroscopy technique was used along with two- dimensional correlation spectroscopy by sample-sample and variable-variable analyses applied to the medium infrared region. Thus, it was possible to determine the three papain thermal pre-transition temperatures, 34, 54 and 61º C. The 54º C one was obtained by fluorescence spectroscopy and sample-sample analyses; whereas the 34 and 61ºC, ones, were detected by sample-sample alone. Additionally, through variable-variable analysis it was possible to describe the conformational dynamics during the unfolding process. Therefore, the relationship between temperature and conformational dynamics could be matched.

Orientador: Celio Pasquini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-06T07:12:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_ClaudeteFernandes_D.pdf: 2102754 bytes, checksum: 94aabfeb5b023dd70dc648a8f2343f52 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A espectroscopia de correlação bidimensional (2D) foi utilizada neste trabalho como ferramenta de seleção de variáveis espectrais na região do infravermelho próximo (NIR) para a determinação dos seguintes parâmetros de qualidade de gasolinas: teor de etanol, MON e RON. Para tanto, foi sugerido um sistema de perturbação de concentração em fluxo. Tal sistema apresenta algumas vantagens em relação aos sistemas de perturbação em batelada: os experimentos são realizados em sistema fechado; uma maior velocidade na aplicação da perturbação é obtida, além de se trabalhar em micro-escala. Em outra etapa do trabalho, sugeriu-se a construção de um espectropolarímetro baseado em Filtro Óptico Acústico Sintonizável (AOTF) que opera na região do Infravermelho próximo (800 ¿ 1600 nm). A medida de rotação óptica no instrumento proposto é feita utilizando-se a razão entre os dois feixes difratados pelo AOTF (espectro de rotação óptica), a qual é proporcional ao ângulo de rotação da luz polarizada imposto pela amostra. O instrumento foi empregado na obtenção de espectros de rotação óptica na região NIR de sacarose, glicose, frutose e cânfora. Esses espectros são proporcionais às concentrações das espécies estudadas e curvas analíticas com bons coeficientes de correlação foram obtidas / Abstract: The two-dimensional correlation spectroscopy was used in this work as a tool for spectral variable selection in the near-infrared (NIR) region aiming the determination of the following quality parameters of gasoline: ethanol content, MON (Motor Octane Number) and RON (Research Octane Number). To achieve this objective, it was developed a flow system to automated the perturbation by concentration. This system presents some advantages in relation to batch systems employed to the same purpose: the experiments are accomplished in a closed system; a greater velocity in the application perturbation can be obtained and the experiments are made in micro-scale. In another part, this work presents the construction of a spectropolarimeter based on the acousto-optic tunable filter (AOTF), which works on the near-infrared region (800 ¿ 1600 nm). The measure of optical rotation on the instrument is made using the ratio between two diffracted beams by the AOTF (optical rotation spectrum), which is proportional to the rotation angle of the polarized light imposed by the sample. The instrument was applied in the investigation of NIR optical rotation spectra of sucrose, glucose, fructose and camphor. These spectra are proportional to the concentration of species studied and analytical curves with good correlation coefficients were obtained. / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Ciências