Resumo: O objetivo deste trabalho foi estudar a variabilidade genética das características de carcaça obtidas por ultrassom e de escores visuais, bem como suas associações genéticas em bovinos da raça Nelore. Foram utilizados registros de 13.285, 13.061, 12.811, 3.484, 3.484, 3.483 e 3.303 animais, para área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EG), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), estrutura (E), precocidade (P), musculosidade (M) e umbigo (U), respectivamente. Considerou-se nas análises como o efeito fixo o grupo de contemporâneos, o efeito aleatório genético aditivo direto, além das covariáveis idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) e idade do animal (efeitos linear e quadrático), dependendo da característica. Foi utilizado como âncora nas análises 46.157 observações de peso padronizado aos 120 dias (P120). As estimativas dos componentes de (co)variâncias foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita aplicando um modelo animal em análise multicaracterística. As estimativas de herdabilidade para as características AOL, EG, EGP8, E, P, M e U foram de 0,33 ± 0,028, 0,24 ± 0,024, 0,28 ± 0,027, 0,24 ± 0,039, 0,38 ± 0,054, 0,29 ± 0,048 e 0,38 ± 0,063, respectivamente. As correlações genéticas entre os escores visuais e a área de olho de lombo foram positivas e moderadas, variando de 0,37 a 0,44. Estes valores indicam que a utilização da AOL como critério de seleção poderá produzir animais com maiores escores para essas características. As correlações entre P e M com as espessuras de gordura (EG e EGP8) apresentaram resultado semelhante. Entretanto, as correlações genéticas entre as espessuras de gordura e E variaram de -0,02 a 0,12. As correlações genéticas entre umbigo e estrutura, e umbigo e as características de carcaça indicam que as mesmas não são geneticamente associadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this work was to study the genetic variability for carcass traits obtained by ultrasound and visual scores traits, and their genetic relationship in Nelore cattle. A total of 13,285; 13,061; 12,811; 3,484; 3,484; 3,483 and 3,303 records of longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), obtained between the 12th and 13th ribs, rump fat thickness (RF), body structure score (E), precocity score (P), muscle score (M) and navel score (U) were utilized. The model included the fixed effect of contemporary group, the age of dam at calving and age of animal as covariable (linear and quadratic effects). The direct additive genetic effect was included as random effect in the model. The (co)variance components and genetic parameters estimates were obtained by the restricted maximum likelihood method, applying an animal model in multi-trait analyses. The heritability estimates for LMA, BF, RF, E, P, M and U were 0.33 ± 0.028, 0.24 ± 0.024, 0.28 ± 0.027, 0.24 ± 0.039, 0.38 ± 0.054, 0.29 ± 0.048 and 0.38 ± 0.063, respectively. The genetic correlation estimates between LMA with visual scores were positive and moderate, varying from 0.37 to 0.44. The genetic correlation estimates between backfat and rump fat with visual scores shown the same trend. However, the genetic correlation estimates between E with BF and RF were low, -0.02 to 0.12, respectively. These results shown that applying LMA as selection criteria will increase the visual scores. The genetic correlation estimates between U and E, and between U and carcass traits pointed out a weak relationship between these traits. Selection to improved carcass traits and E would not affect the navel score. Visual scores would not replace the carcass traits as selection criteria to improve the meat and carcass quality / Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Mestre

Orientador: Rinaldo Cesar de Paula / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Miguel Luiz Menezes Freitas / Resumo: Com o objetivo de avaliar a eficiência da seleção precoce e tamanho ótimo de parcelas em Eucalyptus spp., foram usados dados de dois testes clonais avaliados quanto ao crescimento em altura (ALT), diâmetro à altura do peito (DAP) e volume individual de madeira (VOL) aos 25, 50 e 72 meses de idade. O delineamento experimental nos dois testes clonais foi o de blocos casualizados, com 30 tratamentos (clones), seis repetições, sendo um deles com seis plantas por parcelas (teste clonal 1) e o outro com 10 plantas (teste clonal 2). Foram obtidas as estimativas de coeficiente de determinação genotípico e de correlações genotípicas entre os caracteres nas idades juvenis e na idade de rotação. Para verificar a viabilidade da aplicação da seleção precoce foi simulada a seleção de 30% dos clones nas idades juvenis e na idade de rotação, para cada um dos caracteres e idades avaliadas, obtendo-se as estimativas de ganhos com a seleção direta e indireta. Para verificar o tamanho de parcelas, foi utilizado o coeficiente de repetibilidade calculado através dos métodos: Análise de Variância, dos Componentes Principais e o de Análise Estrutural, os dois últimos calculados através da matriz de correlação. Houve diferenças significativas entre os clones avaliados nos dois experimentos para todos os caracteres e idades. Com os resultados obtidos, recomenda-se a seleção precoce sobre DAP praticada em torno de dois anos de idade. O uso de seis repetições constituídas de pelo menos quatro plantas por parcela e a avaliação em apenas uma idade proporciona coeficiente de determinação superior a 80%. / Abstract: Aiming evaluate the Eucalyptus spp. early selection efficiency and optimum size of plots, were used data of height, diameter at breast height and individual wood volume evaluated in two clonal tests at 25, 50, and 72 months old. The experimental design in both clonal tests was randomized blocks, using 30 treatments (clones), 6 replications, at 3.0 x 3.0m spacing and linear plots, and one of them with 6 plants per plot (clonal test 1) and the other with 10 plants (clonal test 2). Variance analysis to each trait and age was done to each experiment. The estimates of genotypic determination coefficient and the correlation between the early and mature age traits were obtained. To check the viability of early selection, was simulated the selection in young and mature age, adopting 30% of selection to each one of the traits and ages evaluated, estimating the gains by the direct and indirect selection. To check the size of plots, we used the repeatability coefficient calculated by the methods: Analysis of Variance, and the Principal Components of Structural Analysis, the last two calculated through the matrix of correlation. There were significant differences among clones evaluated in the two experiments to all traits and ages. From the results obtained is suggested the practice of early selection from 2 years old age to eucalyptus clonal tests. The use of six replications consisting of at least four plants per plot and evaluation at one age provides a coefficient of determination more than 80%. / Mestre

Resumo: Foram estimados parâmetros genéticos para pesos do nascimento à idade adulta de animais da raça Canchim por meio de análises uni, bi e multicaracterística, e por modelos de regressão aleatória. Os dados analisados são provenientes do rebanho da raça Canchim da Embrapa Pecuária Sudeste, localizada no município de São Carlos, São Paulo. Os pesos foram obtidos do nascimento até os nove anos e meio de idade. Nas análises uni, bi e multicaracterística foram utilizados pesos em ao nascimento, desmama, 12, 18, 24 e 30 meses de idade e, na idade adulta. Na análise unicaracterística foram utilizados quatro modelos, em que, diferentes efeitos aleatórios (efeito genético materno e de ambiente permanente materno) foram adicionados em seqüência. Nas análises de regressão aleatória, foram utilizados pesos de fêmeas do nascimento até os nove anos e meio de idade, considerando como funções base polinômios de Legendre e funções "b-splines". A variância residual foi modelada utilizando 1, 4, 11 e 19 classes. Foram utilizados 12 modelos de regressão aleatória sobre polinômios de Legendre de segunda à sétima ordem para modelar a trajetória da variância dos efeitos genético aditivo direto e aditivo materno e de ambiente permanente direto e materno. Vinte modelos de regressão aleatória sobre funções "bsplines" foram considerados, empregando polinômios linear, quadrático e cúbico para cada segmento individual. Polinômios do mesmo grau foram considerados no modelo para todos os efeitos aleatórios. Até sete segmentos foram utilizados para os efeitos genético direto e de ambiente permanente do animal. Para os efeitos genético aditivo materno e de ambiente permanente materno foi utilizado um único segmento com dois nós nos extremos da curva Os efeitos maternos influenciam os pesos do nascimento aos dois anos de idade sendo o peso à desmama... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic parameters were estimated for weights taken from birth to mature age in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) cattle of breed by one, two and multitrait analyses and by random regression models. The data analyzed were from a herd of Canchim beef cattle belonging to Embrapa's Southeast Cattle Research Center, located in São Carlos county, state of São Paulo. Weights were taken from birth to nine and half years of age. Weights at birth, weaning, 12, 18, 24 and 30 months of age and at mature age were analyzed using one, two and multitrait models. In onetrait analyses, four models were tested, in which different random effects (genetic and environment permanent maternal effects) were added. For random regression models age of cow varied from birth to 3.542 days of age. Legendre polynomials and b-splines functions of age at recording were used as basis functions in random regression models. Residual variances were modeled by a step function with 1, 4, 11 and 19 classes. A total of 12 random regression models using Legendre polynomials as basis functions, from second to seventh order, were used to model direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects. A total of twenty analyses, considering linear, quadratic and cubic b-splines functions and up to nine knots, were carried out. Spline functions of the same order were considered for all random effects. Maternal effects influenced weights from birth until two years of age, being weaning weight the most affected by maternal effects. Direct heritabilities obtained by twotrait and multitrait analyses were higher than estimates obtained from onetrait analyses. In order to estimate genetic parameters for weights after selection it is important to consider weights before selection and the multitrait analyses is the most adequate. The model with direct and maternal genetic effects, animal and maternal... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientadora: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Com o objetivo de estudar a interação genótipo - ambiente (IGA) no peso ao sobreano, foram utilizados 99.366 registros provenientes de diferentes rebanhos da raça Nelore de cinco estados brasileiros (São Paulo, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás e Minas Gerais). Os dados são provenientes de animais nascidos entre 1991 a 2006 participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN). As informações foram coletadas pelos próprios criadores, sendo posteriormente transferidas à Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP) e então incorporadas ao banco de dados. Neste estudo foram utilizados apenas os dados dos animais criados exclusivamente a pasto. Os componentes de (co)variância foram obtidos através de uma análise unicaracterística (onde considerou-se o peso como mesma característica em todos os estados) e multicaracterística (na qual considerou-se a expressão do peso em cada estado como uma característica distinta). As estimativas foram obtidas por meio de inferência bayesiana, e o modelo de análise incluiu os efeitos fixos de grupos de contemporâneos e, como aleatórios, os efeitos genético aditivo direto e residual. A interação genótipo - ambiente foi verificada através da correlação genética (rg). As interações foram consideradas importantes quando os valores de rg ficaram abaixo de 0,80. Posteriormente, verificou-se o efeito da interação sobre a seleção considerando uma análise uni ou multicaracterística. As estimativas de herdabilidade em Mato Grosso (0,39±0,03) e Mato Grosso do Sul (0,37±0,02) foram mais baixas que as encontradas em Goiás (0,51±0,02), São Paulo (0,44±0,02) e Minas Gerais (0,41±0,04). As correlações genéticas estimadas entre os pesos nos diferentes estados foram positivas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The goal was to study genotype by environment interaction (GEI) for yearling weight. Records of 99,366 Nellore cattle from five Brazilian states (São Paulo, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goias and Minas Gerais) were used. Animals were born between 1991 to 2006 belonging to the Nellore Cattle Breeding Program (NCBP). Information was collected by farmers then, was transferred to the National Association of Breeders and Researchers (NABR) and incorporated into the database. This study used only data from animals raised exclusively on pasture. The (co)variance components were obtained using univariate (considering record as same trait in all states) and multiple-trait models, considering record from each state as a different trait. Estimates were obtained by Bayesian inference. The model for yearling weight included genetic fixed factor of contemporary groups and random animal genetic and residual effects. The genotype environment interaction was verified by genetic correlation (rg), where values below 0.80 indicated important interaction. Subsequently, the effect of interaction was verified on the selection considering a univariate or multiple-trait models. The direct heritability estimates of yearling weight in Mato Grosso (0.39±0.03) and Mato Grosso do Sul (0.37±0.02) were lower than Goiás (0.51±0.02), São Paulo (0.44±0.02) and Minas Gerais (0.41±0.04). The acrossstates estimates of genetic correlations were positive and moderate (0.67 to 0.75) between the states Goiás and Mato Grosso, Goias and Minas Gerais, São Paulo and Minas Gerais, and between Mato Grosso do Sul and Minas Gerais. These estimates indicates that genotype by environment interactions are biologically important. These results show that the animals selected will not be the same depending of the considered state, reducing the response... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: A presença de interação genótipo-ambiente é caracterizada pela resposta diferente de genótipos às variações ambientais, e pode ocasionar alteração na classificação de desempenho dos genótipos em diferentes ambientes. Assim é de fundamental importância sua investigação para se obter maior precisão na seleção dos animais. O objetivo deste estudo foi investigar a presença de interação genótipo−ambiente para peso ao sobreano em bovinos da raça Canchim criados no Brasil no período de 1989 a 2000. As metodologias utilizadas foram: 1-comparação de dois modelos: com e sem o efeito não correlacionado touro−ambiente; 2-correlação genética entre o peso ao sobreano em diferentes ambientes; 3-correlação de Pearson e de Spearman entre os valores genéticos dos animais obtidos nos diferentes ambientes, em análises uni e multicaráter; e 4-normas de reação dos animais sobre um gradiente ambiental, obtidas por regressão aleatória. Os ambientes estudados nas metodologias 1, 2 e 3 foram quatro regiões do Brasil (1-Paraná, 2-São Paulo, 3-Minas Gerais e 4- Mato Grosso e Mato Grosso do Sul) e três grupos de municípios do Estado de São Paulo, formados por técnica estatística multivariada para definir grupos de ambientes por meio de variáveis climáticas. Para a metodologia 4, o gradiente ambiental foi obtido por meio das soluções de grupo de contemporâneos. Os modelos utilizados nos métodos 1, 2 e 3 incluíram efeitos fixos de grupo de contemporâneos e de idade ao sobreano como covariável, e os efeitos aleatórios aditivos diretos e residuais. Para o método 4, o modelo incluiu o efeito fixo de idade ao sobreano como covariável, os efeitos aleatórios de grupo de contemporâneos e efeitos genéticos aditivo do intercepto e da inclinação da norma de reação. Os resultados indicaram diferenças nos modelos comparados (com e sem o efeito touro−ambiente)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genotype-environment interaction presence is characterized by different answers of genotypes to ambient variations, and can cause changes in the classification of the genotypes performances in different environments. The objective in this study was to investigate the presence of genotype - environment interaction for post-yearling weight of Canchim cattle raised in Brazil in the period of 1989 to 2000. The methodologies used were: 1-comparison of two models: with and without the uncorrelated sire−environment effect; 2-genetic correlation between postyearling weight in different environments; 3- Pearson's and Spearman's correlations between animal's breeding values in different environments in one and multitrait analyses; and 4- reaction norms of animals on environmental gradient obtained by random regression. The environments investigated in methods 1, 2 and 3 were four regions of Brazil (1-State of Paraná, 2- State of São Paulo, 3- State of Minas Gerais, and 4- States of Mato Grosso and Mato Grosso do Sul) and three city clusters of the State of São Paulo, formed by multivariate methods to define homogeneous environments of production through climatic variables. For method 4 the environmental gradient was obtained through solutions of contemporary groups. The models used in methods 1, 2 and 3 included fixed effects and random additive direct and residual effects. The model for method 4 included the fixed effect of post-yearling age as covariate, the random effect of contemporary group, and the random additive genetic effecs of intercept and inclination of the reaction norms. The results indicated that differences in the models compared (with and without sire−environment effect), low genetic correlations (0.07 to 0.51) among post-yearling weight in different environments, reclassification of the animals in environments, a scale effect in reaction norms... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Mauricio Mello de Alencar / Coorientador: Fernando Flores Cardoso / Banca: Joanir Pereira Eler / Banca: Alfredo Ribeiro de Freitas / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: João Ademir de Oliveira / Doutor

Orientador: Marinônio Lopes Cornélio / Banca: Marcelo Andres Fossey / Banca: Hamilton Cabral / Resumo: Este trabalho apresenta um estudo do processo de desenovelamento da papaína via temperatura. Para tanto, foi utilizada a técnica espectroscópica de fluorescência, em conjunto com a espectroscopia de correlação bidimensional, com as análises sample-sample e variável- variável aplicadas à região do infravermelho médio. Desta forma, foi possível determinar três temperaturas de pré-transição: 34, 54 e 61ºC; sendo que a temperatura de 54ºC foi evidenciada tanto por fluorescência quanto pela análise sample-sample. Já as temperaturas de 34 e 61ºC foram evidenciadas somente na análise sample-sample. Além disso, a análise variável-variável descreveu a dinâmica conformacional durante o processo de desenovelamento. Assim, pode-se relacionar a temperatura e a dinâmica conformacional. / Abstract: This work presents a study of the unfolding of papain via temperature. In order to do so, the fluorescence spectroscopy technique was used along with two- dimensional correlation spectroscopy by sample-sample and variable-variable analyses applied to the medium infrared region. Thus, it was possible to determine the three papain thermal pre-transition temperatures, 34, 54 and 61º C. The 54º C one was obtained by fluorescence spectroscopy and sample-sample analyses; whereas the 34 and 61ºC, ones, were detected by sample-sample alone. Additionally, through variable-variable analysis it was possible to describe the conformational dynamics during the unfolding process. Therefore, the relationship between temperature and conformational dynamics could be matched. / Mestre

Orientadora: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Cláudio de Ulhôa Magnabosco / Banca: Maurício Mello de Alencar / Resumo: O objetivo do presente trabalho foi estudar os fatores genéticos e ambientais que afetam as características de carcaça, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EG), e espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), quantificadas por meio do ultra-som em bovinos da raça Nelore. Além disso, verificar as possíveis associações genéticas entre as características de carcaça, e dessas com peso, circunferência escrotal, padronizados aos 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365 e CE365), 450 (P450 e CE450) e 550 (P550 e CE550) dias de idade e altura do posterior (ALT). O banco de dados foi composto por cerca de 22.778 animais machos e fêmeas, dos quais, aproximadamente 2.590 continham medidas de características de carcaça e ALT coletadas entre os anos de 2002 e 2004, com idades entre 450 e 599 dias, provenientes de dez fazendas de seis estados brasileiros. Para o estudo dos efeitos de ambiente sobre as características de carcaça, foi utilizada a metodologia dos quadrados mínimos, empregando-se modelos fixos, considerando os efeitos de fazenda, ano (AN) e estação de nascimento, sexo, manejo alimentar, e as covariáveis idade da vaca ao parto (IVP - efeitos linear e quadrático) e idade do animal (efeitos linear e quadrático para a AOL e linear para a EG e EGP8). Os parâmetros genéticos foram estimados em análises uni, bi e tri-caracteres utilizando máxima verossimilhança restrita. Todos os fatores de ambiente afetaram significativamente as características de carcaça, com exceção do AN que não influenciou EG e EGP8 e da IVP que não afetou AOL, de forma significativa. As estimativas de herdabilidade para AOL, EG e EGP8 foram de 0,29 ± 0,07, 0,50 ± 0,09 e 0,39 ± 0,08, respectivamente. Esses resultados indicam que as características de carcaça possuem alta variabilidade genética, podendo ser incluídas em programas de melhoramento genético... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this work was to study the genetic and environmental factors that affect carcass traits, longissimus muscle area (ULMA) backfat thickness (UBF) and rump fat thickness (URF) quantified using real-time ultrasound in Nellore cattle. Besides verifying the possible genetic associations among those traits and of those with weight and scrotal circumference standardized to 102 (W120), 210 (W210), 365 (W365 and SC365), 450 (W450 and SC450), and 550 (W550 and SC550) days of age and hip height (HH) on scan date. The data set was composed close to 22,778 male and female animals, of which, approximately 2,590 contained measures of carcass traits and HH collected between 2002 and 2004, with ages between 450 and 599 days and distributed on ten farms across six Brazilian states. The Least Squares methods was used to study the effect of environment on carcass traits, using a fixed model, considering farm, year and season of birth (YB and SB), sex and type of feed, besides the covariates, age of dam (AOD - linear and quadratic effects) and age of animal at measurement (linear and quadratic effects for ULMA and linear for UBF and URF). The genetic parameters were estimated in one, two and three-traits analyses, using restricted maximum likelihood. All environmental factors significantly affected carcass traits, with the exception of YB for UBF and URF and AOD for ULMA. The heritability estimates for ULMA, UBF and URF were respectively 0.29 ± 0.07, 0.50 ± 0.09 and 0.39 ± 0.08. These estimates indicate that carcass traits have high genetic variability, might be include beef improvement programs and should respond on individual selection quickly. The genetic correlations suggest that genetic progress may be achieved without producing antagonistic effects on weight and scrotal circumference. The selection for HH would likely produce animals that are late-maturing, in terms of carcass fat deposition. / Mestre

Orientador: Ricardo Tokio Higuti / Banca: Alexandre César Rodrigues da Silva / Banca: Flávio Buiochi / Resumo: A estimação do tempo de atraso entre dois sinais de ultra-som é uma tarefa muito comum e importante em diversas aplicações, como em sistemas de posicionamento para medição de distâncias, medidores de espessura em ensaios não-destrutivos, células de medição de propriedades de materiais, entre outros. Em algumas aplicações há necessidade de elevada acurácia e precisão na determinação do tempo de atraso, que dependem de diversos parâmetros do transdutor, de sua excitação e do meio em que a onda se propaga, além do método de estimação e representação numérica. Neste trabalho são avaliados três estimadores de tempo de atraso, com implementações em ponto-fixo e ponto-flutuante: correlação cruzada com interpolação parabólica, transformada de Hilbert da correlação e envoltória do sinal analítico. Os estimadores são avaliados em MATLAB, em ponto-flutuante, com sinais sintetizados e com sinais reais obtidos em laboratório, e em ponto-fixo, usando um processador digital de sinais TMS320VC5416, da Texas Instruments. São explorados parâmetros como freqüência central do transdutor, freqüência de amostragem, largura de banda, relação sinal-ruído e atenuação do meio. O desempenho dos métodos é comparado por meio dos erros médios e desvios-padrão das medidas / Abstract: Time-delay estimation between two ultrasonic signals is a very common and important task in several applications, such as distance measurement in positioning systems, thickness measurement in nondestructive testing, measurement cells of materials properties, among others. Some applications require high accuracy and precision on the determination of the time-delay, which depend on several transducer parameters, excitation and medium of propagation, as well as the estimation method and numerical representation. In this work, three time-delay estimators are evaluated, with fixed- and floating-point implementations: cross-correlation with parabolic interpolation, Hilbert transform of correlation and analytic signal envelope. The estimators are evaluated in MATLAB with floating-point representation, using synthesized signals and real signals acquired in laboratory, and in fixed-point using a Texas Instruments TMS320VC5416 digital signal processor. Parameters as transducer central frequency, sampling frequency, bandwidth, signal-to-noise ratio and medium attenuation are considered. The performances of the methods are compared by means of errors (or bias) and standard deviations / Mestre