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Promoção de crescimento e potencial de indução de resistência em tomateiro à mancha-alvo mediadas por rizobactérias

Caniato, Matheus Miranda 30 January 2018 (has links)
Submitted by Jorge Cativo (jorge.cativo@inpa.gov.br) on 2018-08-23T14:38:12Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Matheus Miranda Caniato.pdf: 2877850 bytes, checksum: 9f5a34aab328acaeb1c5681aefacab65 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-23T14:38:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Matheus Miranda Caniato.pdf: 2877850 bytes, checksum: 9f5a34aab328acaeb1c5681aefacab65 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-01-30 / The use of rhizobacteria to increase crop productivity by promoting growth and management of the target spot through the induction of systemic resistance to plant diseases are shown as tool capable of allowing the expansion of tomato North region. Thus, the objectives of this work were to evaluate the influence of biochar in the population of cultivable soil bacteria, besides the root colonization capacity of bacterial isolates, growth promotion, phosphate solubilization, indole acetic acid production and induction of resistance to Corynespora almost. The influence of the isolates origin on the mentioned variables was also evaluated. As well as the identification of the bacterial isolates. The influence of the bio-carbon on the population of cultivable soil bacteria was carried out using the colony-forming unit counting methodology. Verification of root colonization was performed using techniques for visualizing turbidity zones in tubes with agar-water (0.8%), optical microscopy and root plating. Growth promotion and induction of resistance were evaluated in greenhouse and the experimental design adopted for both experiments was completely randomized and inoculation of the bacteria was performed by microbiolization. Identification was performed by sequencing the 16S rRNA gene. The results indicate that doses up to 34 t ha-1 positively influence the population of cultivable soil bacteria in the 0-10 cm layer. The three methods used to evaluate root colonization were efficient and complement each other in the interpretation of the results. The isolates ISO4T2, ISO22T3, ISO53T1, ISO17T3 and ISO113T1 promoted an increment in the confirmation test and present potential to be evaluated in the field in the future. Isolates 7T1, 114T1 and 52T2 induced partial resistance against C. cassiicola and present potential to be evaluated under field conditions. The origin of the isolates has influence on the ability to colonize the root system of tomato plants and solubilize phosphate, but does not affect the other variables. The partial sequencing of the 16S rRNA gene allowed the identification of 23 isolates at the genus and group level, but not in species. / A inoculação de rizobactérias visando o aumento da produtividade das culturas, por meio da promoção de crescimento e o manejo da mancha alvo por meio da indução de resistência sistêmica a doenças em plantas, mostram-se como ferramentas capazes de permitirem a expansão do cultivo de tomate na Região Norte. Assim, os objetivos desse trabalho foram avaliar a influência do biocarvão sobre a população de bactérias cultiváveis do solo, além da capacidade de colonização radicular dos isolados bacterianos, promoção de crescimento, solubilização de fosfato, produção de ácido indól acético e indução de resistência a Corynespora casiicola. A influência da origem dos isolados sobre as variáveis mencionadas também foi avaliada. Assim como foi realizada a identificação dos isolados bacterianos. A influência do biocarvão sobre a população de bactérias cultiváveis do solo foi realizada por meio da metodologia de contagem de unidade formadora de colônias. A verificação da colonização radicular foi realizada por meio das técnicas de visualização de zonas de turbidez em tubos com ágar-água (0,8%), microscópia de luz e plaqueamento de raízes. A promoção de crescimento e a indução de resistência foram avaliadas em casa de vegetação e o delineamento experimental adotado para ambos os experimentos foi o inteiramente casualizado e a inoculação das bactérias foi realizada por microbiolização. A identificação foi realizada por meio do sequenciamento do gene 16S rRNA. Os resultados indicaram que doses até 34 t ha-1 influenciaram de forma positiva a população de bactérias cultiváveis do solo na camada de 0-10 cm. Os três métodos utilizados para avaliação da colonização radicular se mostraram eficientes e se complementaram na interpretação dos resultados. Os isolados ISO4T2, ISO22T3, ISO53T1, ISO17T3 e ISO113T1 promoveram incremento no teste de confirmação e apresentaram potencial para serem avaliados futuramente em campo. Os isolados, 7T1, 114T1 e 52T2 induziram resistência parcial a C. cassiicola e apresentaram potencial para serem avaliados em condição de campo. A origem dos isolados influenciou a capacidade de colonizar o sistema radicular de plântulas de tomateiro e de solubilizar fosfato. O sequenciamento parcial do gene 16S rRNA, permitiu identificar 23 isolados em nível de gênero e grupo, mas não em espécie.
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Prospodium tuberculatum e Corynespora cassiicola como agentes de biocontrole de Lantana camara / Prospodium tuberculatum and Corynespora cassiicola as biocontrol agents of Lantana camara

Pereira, José Maurício 06 February 2001 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-20T16:53:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 651098 bytes, checksum: 85ca0fb82c04c030ea7483d33581e061 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T16:53:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 651098 bytes, checksum: 85ca0fb82c04c030ea7483d33581e061 (MD5) Previous issue date: 2001-02-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram realizados estudos para ampliar o conhecimento dos fitopatógenos Prospodium tuberculatum e Corynespora cassiicola, e possibilitar o seu uso como agentes de biocontrole de Lantana camara. Nos estudos relacionados a P. tuberculatum procurou-se elucidar o ciclo de vida do patógeno. Observações de campo num período de quatro anos mostraram a predominância de apenas dois tipos de esporos: uredosporos e teliosporos, sendo os últimos presentes geralmente durante o período de outono-inverno. Nas inoculações controladas com uredosporos, observou-se uma maior severidade da doença quando as plantas foram mantidas por 48 horas no escuro ou sujeitas a baixa temperatura. Apesar de H 2 O 2 e NaOCl não promoverem a germinação de teliosporos, esta foi obtida quando os esporos foram mantidos a 15 o C em ágar-água por pelo menos 24 horas. Diferentes ensaios de inoculação com basidiosporos do fungo foram conduzidos sem resultar em infecção. Eciosporos de Aecidium lantanae, uma espécie na qual apenas o estádio aecídico é conhecido, não foram infectivos quando inoculados em biótipos de L. camara. A comparação molecular, para estudar a possível conexão entre A. lantanae e P. tuberculatum, utilizando-se o par de primers ITS1 e ITS4, demonstrou serem estas espécies distintas. As basídias de P. tuberculatum, observadas após técnica de coloração apresentaram tamanho, forma e número de núcleos variáveis. Baseado nas evidências obtidas e na informação já disponível na literatura científica considerou-se como que P. tuberculatum é provavelmente uma ferrugem autoécia com ciclo de vida reduzido. Considerando-se também a elevada especificidade demonstrada com inoculações de uredosporos, em testes anteriores, concluiu- se que os riscos desta ferrugem vir a infectar outras plantas que não L. camara após sua introdução em outros países como agente de biocontrole seria pequeno. Sua introdução na Austrália está em andamento. Corynespora cassiicola, um fungo mitospórico encontrado pela primeira vez no Brasil associado à L. camara, foi estudado isoladamente e em associação com L. camara. Inoculações em diversos hospedeiros demonstraram uma elevada especificidade de C. cassiicola isolado de lantana (C.c.l.), restrita a determinados biótipos de lantana. Determinou-se que as melhores condições, entre as testadas, para promover a esporulação de C.c.l., foram com crescimento em meio de cultura CVA, mantido sob luz contínua durante 15 dias, a uma temperatura entre 20 e 28 o C, com um ótimo de 23 o C. A concentração mínima do inóculo para provocar doença foi de 1 x 10 5 conídios/ml. Quando expostas a um mínimo de seis horas de molhamento foliar as plantas de lantana inoculadas com C.c.l. apresentaram 100% de severidade da doença e mais de 70% de desfolha. Havendo até seis horas de atraso no molhamento foliar, após a inoculação, observou-se não haver prejuízo para a severidade da doença. Plantas inoculadas por duas vezes consecutivas apresentaram maior severidade nos sintomas e dificuldade no desenvolvimento, podendo chegar à morte. Foi demonstrada a presença de substância fitotóxica no filtrado derivado de conídios germinados do fungo. O fungo esporulou bem em diversos substratos sólidos, em especial grãos de arroz, sorgo e raiz de mandioca, facilitando a sua produção massal. Concluiu- se que C.c.l. possui um grande potencial para ser utilizado como agente de biocontrole de determinados biótipos de L. camara. / Studies were carried out as part of a programme aimed at evaluating the pathogenic fungi Prospodium tuberculatum and Corynespora cassiicola as biocontrol agents of Lantana camara. Attempts at elucidating the life cycle of P. tuberculatum were made. Field observations during four years showed the predominance of two types of spores: uredospores and teliospores. Teliospores were only present in the autumn-winter period. Disease severity was increased when plants were inoculated with uredospores and maintained for 48 hours in the dark or at low temperatures. Teliospores treated with H 2 O 2 and NaOCl did not germinate, while up to 20% teliospores maintained at 15 o C in water agar media for 24 hours germinated. Trials using different inoculation methods based on teliospores were conduced, but the spores did not germinate and infect the plants. Inoculations with aeciospores from Aecidium lantanae did not result in infection of any of the lantana biotypes included in the test. Molecular comparison between A. lantanae and P. tuberculatum based in ITS primers showed that they are distinct species, although occasionally occurring on the same individual host in the field . Stained basidia of P. tuberculatum showed variable nucleus size, shape and number. Results obtained on these studies and information from scientific literature suggest that P. tuberculatum is probably an autoecious rust with a reduced life cycle. Previous host-range tests, which were carried out using uredospores, had proven a high host-specificity of this fungus to some lantana biotypes. It was concluded that P. tuberculatum was safe for introduction as classical biocontrol agent. Introduction of this fungus in Australia was approved on February 2001. Corynespora cassiicola was found for the first time in Brazil (Paraná), attacting L. camara. A series of tests were then made in order to evaluate its biocontrol potential. Inoculations of selected hosts showed a high specificity of the isolate of the C. cassicola lantana strain (C.c.l.). Its hability to cause disease was restricted to some L. camara biotypes. The best conditions for C.c.l. germination, were growth in a vegetable broth agar media, under continuous light during 15 days, with temperatures ranging from 20 to 28 o C (optimal of 23 o C). Mininum concentration of inoculum necessary for causing disease was 1 x 10 5 conidia/ml. Lantana plants showed 100% of disease severity and more than 70% of the defoliation when exposed to at least six hours of dew period. Inoculated plants left outside the dew chamber for up to six hours after inoculation, still showed a high level of disease severity. Plants that were inoculated twice at a 15 days interval, showed a higher severity level of disease and some of the plants included in the test died. The production of a phytotoxic substance by C.c.l. was suspected and a test involving applications of filtrate of germinated conidia had proven that hypothesis. The fungus had good sporulation in some solid substratum, particularly in grains rice, sorghum and cassava roots. In general, results showed that C.c.l. has a high potential as biocontrol agent of certain L. camara biotypes. / Tese importada do Alexandria
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Indutores de resistência em pepineiro (Cucumis sativus L.) contra a mancha de Corinéspora [Corynespora cassiicola (Berk. e Curt.) Wei]

Bezerra, Elisângela de Jesus da Silva 30 September 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-11T13:56:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elisangela de Jesus da Silva Bezerra.pdf: 1220632 bytes, checksum: 1bf600d0d5582fc5f6fba0866c977bb7 (MD5) Previous issue date: 2009-09-30 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The search for alternative methods for plant disease control has been the target of several researches aiming to reduce the use of pesticides. Accordingly, this research evaluated the effect of chemical resistance inductors in the control of the corinespora s leaf spot [Corynespora cassiicola (Berk. end Curt.) Wei] in cucumber plants in a green house. Initially, an experiment was established to evaluate the effect in vitro of the inductors in the development of C. cassiicola. The products studied were the following Bion® in dose of 0.050 and 0.025g/500, Ecolife® in dose of 1.0 and 2.5 mL/500 and Fertisil® in dose of 0.025 and 0.05g/500 incorporated the BDA culture medium. The experiment was was randomly delineated with ten repetitions. The evaluations were achieved by measuring the colony diameters and evaluating the spore s production by the counting method in drop. The following commercial genotypes of cucumber plants were evaluated regarding the resistance and susceptibility to the aforementioned disease: Aodai, General Lee F1, Hokushim, Hybrid Japanese F1 (Soudai), Joia, Marketmore 76 (long green), Natsubayashi, Natsu suzumi, Sprint 440 II and Tsuyataro. The plants were inoculated at an age of 30 days with an inoculum s suspension in the concentration of 104 conidia/mL of the pathogen..The evaluation of the disease severity was made in agreement with the scale of gradings described by Oliveira et al. (2006). The genotypes Tsuyataro and Aodai were selected as susceptible and disease resistance, respectively, and used in the experiments with the resistance inductors. The inductors were tested in a green house, using plants of the Tsuyataro and Aodai genotypes, in random delineation with five repetitions. Doses in the range of 0.025, 0.050, 0.075 and 0.15g of Bion®/500mL; 1.0, 2.5, 3.0 and 7.5 mL of Ecolife®/500mL; 4.0, 7.5, 12.0 and 22.5g of Fertisil®/500mL were tested in cucumber plants. These products were applied 48 hours before inoculation with the pathogen. The severity, number and lesion size and the fungal incubation period were evaluated for each treatment. The data was statistically analyzed and the average compared by the Tukey s test (5%) using the SAEG statistic program. In the in vitro assays, the fungus was highly sensible to Fertisil® for the dosage used, causing a fungitoxic effect. The treatments with Bion® and Ecolife® had no effect upon mycelial growth and the fungal spore production. The application of inductors in a green house was not efficient to control the disease in the tested dose. / A busca por métodos alternativos para o controle de doenças de plantas tem sido alvo de diversas pesquisas, visando reduzir o uso de agrotóxicos. Neste sentido buscou-se avaliar o efeito de indutores químicos de resistência no controle da mancha de corinéspora [Corynespora cassiicola (Berk. e Curt.) Wei] em pepineiro. Inicialmente foi avaliado o efeito dos indutores in vitro sobre o desenvolvimento de C. cassiicola. Foram estudas os produtos Bion® nas doses de 0,050 e 0,025g/500, Ecolife® nas doses de 1,0 e 2,5mL/500 e Fertisil® nas doses de 0,025 e 0,050g/500 incorporado no meio de cultura BDA. O delineamento experimental foi ao acaso com dez repetições. As avaliações foram realizadas através de medição do diâmetro das colônias e a produção de esporos foi avaliada pelo método de contagem em gota. Os genótipos comerciais de pepineiro Aodai, General Lee F1, Hokushim, Japonês Híbrido F1 (Soudai), Jóia, Marketmore 76 (verde comprido), Natsubayashi, Natsu suzumi, Sprint 440 II e Tsuyataro foram avaliados quanto à resistência e suscetibilidade à doença. As plantas foram inoculadas aos 30 dias de idade com uma suspensão de esporos na concentração de 104 conídios/mL do patógeno. A avaliação da severidade da doença foi feita de acordo com escala de notas descrita por Oliveira et al. (2006). Foram selecionados os genótipos Tsuyataro, como suscetível e Aodai, como resistente à doença, para serem usados nos experimentos com os indutores de resistência. Os indutores foram testados em casa de vegetação, utilizando plantas dos genótipos Tsuyataro e Aodai, em delineamento ao acaso com cinco repetições. Os tratamentos constituíram nas doses de 0,025, 0,050, 0,075 e 0,15g de Bion®/500mL; 1,0, 2,5, 3,0 e 7,5mL de Ecolife®/500mL; 4,0, 7,5, 12,0 e 22,5g de Fertisil®/500mL aplicados 48 horas antes da inoculação com o patógeno. Foi avaliado a severidade, número e tamanho de lesões e período de incubação do fungo em cada tratamento. Os dados foram analisados estatisticamente e as médias dos tratamentos comparadas pelo teste Tukey (5%) utilizando o programa estatístico SAEG. Nos ensaios in vitro o fungo foi sensível ao Fertisil® nas dosagens utilizadas causando em efeito fungitóxico. Nos tratamentos com Bion® e Ecolife® não houve efeito sobre o crescimento micelial e a produção de esporos do fungo. A aplicação dos indutores em casa de vegetação não foi eficiente para controlar a doença nas doses testadas.
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Fungos endofíticos e extratos vegetais no controle alternativo da mancha-alvo do tomateiro

Costa, Socorro Cristina Tavares da, 92-99396-6020 30 April 2018 (has links)
Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-06-13T19:02:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FUNGOS ENDOFÍTICOS E EXTRATOS VEGETAIS NO CONTROLE ALTERNATIVO DA MANCHA-ALVO.pdf: 1834924 bytes, checksum: 559ecffd91838e06bc0c870d7174f04f (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-06-13T19:03:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FUNGOS ENDOFÍTICOS E EXTRATOS VEGETAIS NO CONTROLE ALTERNATIVO DA MANCHA-ALVO.pdf: 1834924 bytes, checksum: 559ecffd91838e06bc0c870d7174f04f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T19:03:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) FUNGOS ENDOFÍTICOS E EXTRATOS VEGETAIS NO CONTROLE ALTERNATIVO DA MANCHA-ALVO.pdf: 1834924 bytes, checksum: 559ecffd91838e06bc0c870d7174f04f (MD5) Previous issue date: 2018-04-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Secondary metabolites present in endophytic fungi and medicinal plants have several biological properties, including antifungal activity. In this context, 141 endophytic fungi isolated from guaraná leaves and seeds (Paullinia cupana Kunth), crude aqueous extracts of leaves of Picrolemma sprucei Hook.f (caferana), Croton cajucara Benth. (sacaca), Piper marginatum Jacq. (caapeba) and rhizome of Curcuma zedoaria (Christin.) Rosc (curcuma) prepared at the concentrations of 0 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 % and 50 %, and hexanic, ethyl acetate and methanolic fractions phytopathogen Corynespora cassiicola. Thirteen endophytic isolates showed inhibition between the antagonist and the pathogen, whereas the isolates 3012 R1 and 3031 R2 presented the highest inhibition value, showing their potential for future studies on the biocontrol of fungi of the genus Corynespora. In vitro bioassays (mycelial growth, sporulation, spore germination, direct bioautography and minimal inhibitory concentration) and in vivo (effect of the crude aqueous extract of P. marginatum on tomato seedlings) showed that the hexane and ethyl acetate fractions of P. marginatum reduced mycelial growth, sporulation and germination of the pathogen, and that the crude extract of P. sprucei presented the highest percentages of inhibition of these variables. In direct bioautography, zones of inhibition of mycelial growth were detected in the hexanic and acetate-ethylic fractions of P. marginatum, which presented a minimum inhibitory concentration (MIC) of 2.5 mg.mL-1. The in vivo test showed that control of the target spot in tomato was not feasible under the tested conditions of the crude extract of P. marginatum. / Metabólitos secundários presentes em fungos endofíticos e em plantas medicinais apresentam várias propriedades biológicas, incluindo a atividade antifúngica. Neste contexto, foram testados 141 fungos endofíticos isolados de folhas e sementes de guaranazeiro (Paullinia cupana Kunth), extratos brutos aquosos de folhas de Picrolemma sprucei Hook.f (caferana), Croton cajucara Benth. (sacaca), Piper marginatum Jacq. (caapeba) e rizoma de Curcuma zedoaria (Christin.) Rosc (curcuma) preparados nas concentrações de 0 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 % e de 50 %, e frações hexânicas, acetato-etílicas e metanólicas contra o fitopatógeno Corynespora cassiicola. Treze isolados endofíticos apresentaram inibição entre o antagonista e o patógeno, sendo que os isolados 3012 R1 e 3031 R2 apresentaram o maior valor de inibição, mostrando seus potenciais para futuros estudos no biocontrole de fungos do gênero Corynespora. Bioensaios in vitro (crescimento micelial, esporulação, germinação de esporos, bioautografia direta e concentração inibitória mínima) e in vivo (efeito do extrato bruto aquoso de P. marginatum em mudas de tomate) mostraram que as frações hexânica e acetato-etílica de P. marginatum reduziram o crescimento micelial, a esporulaççao e a germinação do patógeno, e que o extrato bruto de P. sprucei apresentou as maiores porcentagens de inibição dessas variáveis. Na bioautografia direta, foram detectadas zonas de inibição de crescimento micelial nas frações hexânica e acetato-etílica de P. marginatum, que apresentaram concentração inibitória mínima (CIM) de 2,5 mg.mL-1. O teste in vivo mostrou que o controle da mancha-alvo em tomateiro não foi viável nas condições testadas do extrato bruto de P. marginatum.
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Controle biológico de Miconia calvescens DC (Melastomataceae) com fitopatógenos / Biological control of Miconia calvescens DC. (Melastomataceae) with plant pathogens

Seixas, Claudine Dinali Santos 19 June 2002 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-19T18:31:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2827726 bytes, checksum: 18b4d06b8a88ef2c01250c49a1ddbcb6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-19T18:31:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2827726 bytes, checksum: 18b4d06b8a88ef2c01250c49a1ddbcb6 (MD5) Previous issue date: 2002-06-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Miconia calvescens é uma planta da família Melastomataceae nativa das Américas do Sul e Central que se tornou uma invasora agressiva no Taiti e Havaí. Objetivou-se determinar a patobiota associada a Miconia calvescens e gerar informações úteis para a avaliação, seleção e manipulação de potenciais agentes de controle biológico desta planta invasora. No levantamento realizado nos Estados de Minas Gerais, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo, no Brasil, e em algumas regiões da Costa Rica e do Equador, foram encontradas 11 espécies fúngicas, sendo que duas ainda não descritas: Guignardia miconiae (causando mancha de piche) e Korunomyces prostratum (causando queima foliar). Além destas foram identificados: Coccodiella miconiae (agente da acne negra), Glomerella cingulata, Corticium sp., Melanconium sp., Myrothecium sp., Pestalotiopsis sp., Phomopsis sp., Phyllachora sp., Pseudocercospora tamonae e Pythium sp. Um nematóide (Ditylenchus drepanocercus – causador da mancha angular) e um fitoplasma (causador de envassouramento) foram também encontrados e estudados. Entre os fungos com maior potencial para biocontrole, destaca-se Coccodiella miconiae, que foi estudado para elucidação de aspectos relacionados com a sua biologia e determinação da influência de fatores meteorológicos sobre a intensidade da doença no campo. Testaram-se diferentes métodos de inoculação artificial; estudaram-se a ejeção e a germinação de ascósporos sob diferentes temperaturas; métodos de preservação de folhas infectadas e controle químico do micoparasita Sagenomella sp. Em Dionísio-MG e em Viçosa-MG, ramos e folhas de M. calvescens foram marcados para avaliar a incidência e severidade da doença sob influência dos fatores meteorológicos. Também foram registradas as incidências do anamorfo (Hemidothis sp.) e de micoparasitas sobre estromas de C. miconiae. Dentre os métodos de inoculação testados nenhum resultou em sintomas de acne negra em plantas de M. calvescens. A liberação de ascósporos ocorreu entre 5 a 35 o C, mas foi maior a 25 a 35 o C, e a germinação foi fa vorecida por temperaturas de 20 a 22 o C, luz e água livre. A germinação de ascósporos aumentou quando os estromas foram pré-acondicionados a 5 o C por 2 dias. Material infectado mantido a 10 o C por no máximo 6 dias ainda se manteve viável e com bom nível de germinação de ascósporos. A doença ocorreu o ano todo nas duas localidades avaliadas. Em Viçosa-MG, a incidência não se correlacionou com nenhuma das variáveis climáticas estimadas (temperatura, umidade relativa e precipitação) e a severidade se correlaciono u negativamente com a temperatura. Em Dionísio-MG, a incidência correlacionou-se negativamente com a temperatura. Tanto o anamorfo quanto os hiperparasitas ocorreram durante todo o período avaliado, mas a incidência de ambos não se correlacionou com nenhuma das variáveis climáticas. O cloro foi o produto mais eficiente para o controle do hiperparasita Sagenomella sp., mas foi deletério a Coccodiella miconiae também. Além de Sagenomella alba var.nov. synematosa foram observados, no campo, os seguintes micoparasitas: Sagenomella dimorphica sp.nov.; Cladosporium oxysporum; Corynespora cassiicola; Redbia annulata sp.nov. e Paranectriella juruana. A mancha angular causada por um nematóide foi observada no Brasil, Costa Rica e Equador. O nematóide foi identificado como Ditylenchus drepanocercus. Indivíduos de ambos os sexos possuem um apêndice na extremidade da cauda em forma de foice. Os nematóides ficam alojados no parênquima lacunoso, cujas células aumentam de 7 a 13 vezes de tamanho. Dentre três métodos artificiais, atomização de suspensão contendo indivíduos de diferentes estádios de desenvolvimento sobre folhas feridas previamente destacou-se como o método mais eficiente para inoculação do nematóide. Plantas de M. calvescens apresentaram sintomas da mancha angular 20 dias após a inoculação. A doença ocorreu durante os 12 meses de avaliação em Viçosa-MG e Dionísio-MG. Em Viçosa, a incidência não se correlacionou com nenhuma das variáveis meteorológicas. Em Dionísio, a incidência correlacionou-se positivamente com a umidade relativa e com a temperatura. No teste de gama de hospedeiros, 107 espécies de plantas foram testadas. Além de M. calvescens, o nematóide foi detectado em M. prasina e M. phanerostila. A presença de um fitoplasma associado às plantas apresenta ndo sintomas de envassouramento foi confirmada por exame de diversas amostras em microscopia eletrônica de transmissão. Tanto Coccodiella miconiae, quanto Ditylenchus drepanocercus, mostraram bom potencial como agentes de biocontrole, mas alguns obstáculos, tais como, verificação da existência de especialização fisiológica nos dois patossistemas; método de preservação de inóculo e estudos mais completos sobre a especificidade do nematóide; método de inoculação e condições de incubação mais adequados para C. miconiae, ainda têm que ser superados antes de uma eventual introdução em ambiente exótico . / Miconia calvescens of Melastomataceae family is native of Central and South America and has become an aggressive invader in Haiti and Hawaii. This work was done to find pathogenic biota associated with this plant and generate information that will be useful for evaluation, selection and manipulation of potential biocontrol agents of this plant. In the surveys done in the states of Minas Gerais, Bahia, Espirito Santo, Rio de Janeiro and some regions of Costa Rica and Ecuador, 11 fungal species were found. These included two undescribed species, Guignardia miconiae (causing tar spot) and Korunomyces prostratum (causing foliar blight). Other described species were: Coccodiella miconiae (black blister), Glomerella cingulata, Corticium sp., Melanconium sp., Myrothecium sp., Pestalotiospsis sp., Phomopsis sp., Pseudocercospora tamonae and Pythium sp. One nematode (Ditylenchus drepanocercus - causing angular leaf spot) and a phytoplasm (causing witch's broom) were also found and studied. Among the fungi C. miconiae showed maximum biocontrol potential, therefore was studied for elucidation of aspects related to its biology and meteorological factors affecting disease intensity in field. Methods of inoculation, ascospore ejection and germination under different temperatures, methods for preservation of infected leaves and chemical control of mycoparasite Sagenomella sp. were elaborated. In Dionisio- MG and Viçosa- MG, branches and leaves of M. calvescens were marked to evaluate incidence and severity of the disease under the influence of climatic factors. Incidence of anamorph (Hemidothis sp.) and of the mycoparasites on the stroma also was recorded. None of the inoculation method tested produced black blister symptom in M. calvescens plants. The ascospore liberation occurred between the 5 and 35 o C but was higher at 25 to 35 o C, and their germination was favored by light and free water at 20 to 22 o C. The ascospores germination increased if stroma was stored at 5 o C for 2 days. Infected material stored at 10 o C for a maximum of 6-day period remained viable with good proportion of ascospore germination. The disease occurred throughout the year in the both the localities. Disease incidence in Viçosa- MG it did not correlate to any evaluated climatic variable (temperature, relative humidity and precipitation) but the severity negatively correlated to temperature, however in Dionisio-MG the disease incidence negatively correlated to temperature. The anamorph and the hyperparasites occurred during the entire evaluation period, without any correlation to climatic variables. Chlorine was most effective in controlling the Sagenomella sp., but also was detrimental to C. miconiae. Besides Sagenomella alba var. nov. synematosa, following mycoparasites were observed in field: S. dimorphica sp. nov.; Cladosporium oxysporum; Corynospora cassiicola; Redbia annulata sp. nov. and Paranectriella juruana. The angular leaf spot caused by the nematode D. drepanocercus was observed in Brazil, Costa Rica and Ecuador. The individuals of both the sexes this species have a sickle shaped appendix on the tail end. The nematode lodged in the lacunose parenchyma whose cell size increased by 7 to 13 times. Among the three methods of inoculation tested, spraying pre-wounded leaves with a suspension containing individuals of different developmental stages was most efficient. The angular leaf spot symptoms appeared 20 days after inoculation The disease in field occurred during the entire 12-month evaluation period in Viçosa-MG and Dionisio-MG. In Viçosa, the disease incidence did not correlate to any climatic variable but in Dionisio it correlated positively to relative humidity and temperature. One hundred and seven plant species were tested to determine host range, and the nematode was detected in M. prasina and M. phanerostila. Presence of a phytoplasm in plants with witch's broom symptoms was confirmed in many samples examined by transmission electronic microscope. Coccodiella miconiae and D. drepanocercus appear to have good potential as biocontrol agents of M.calvescens, but aspects such as, physiological specialization in both the pathosystems; inoculum preservation, specificity of the nematode; appropriate inoculation method and incubation conditions for C. miconiae, need to be elucidated before eventual introduction into an exotic ecosystem. / Tese importada do Alexandria
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Medição interativa por imagens de colônias de isolados do Corynespora cassiicola em placas de petri / Interactive measurement by images of isolated of Corynespora cassiicola colonies in petri dishes

Kai, Priscila Marques 11 July 2018 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-06T11:20:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscila Marques Kai - 2018.pdf: 8253899 bytes, checksum: 434f30c52017af9e1b62f134e846b0ec (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-06T11:51:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscila Marques Kai - 2018.pdf: 8253899 bytes, checksum: 434f30c52017af9e1b62f134e846b0ec (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-06T11:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscila Marques Kai - 2018.pdf: 8253899 bytes, checksum: 434f30c52017af9e1b62f134e846b0ec (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-07-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The use of chemicals as a form of prevention, protection and control to combat diseases that affect plants, is a feasible solution involving control measures, that over the years, with the improvement of these products, raise the effectiveness of such chemicals. However, due to the emergence of microorganisms resistant to these products, new tests need to be performed in the laboratory, requiring the effort of the specialist in phytopathology and to investigate these microorganisms, with research of genetic analysis, resistance to chemical products, among others. One of the methods used includes laboratory tests, periodically verifying the growth of the fungal colony with measurements using a ruler or caliper. However, this method, although it is most commonly used, is also imprecise, since measurements of the same plaque by different professionals may result in different measurements. Due to this, the development of a method that assists professionals in phytopathology, for measurement of fungal colony growth in Petri dishes, provides other means of measurement besides the traditional use of visual analysis by ruler or pachymeter. For this, processes were developed involving region segmentation, unnecessary information removal and colony size calculation by color analysis. The study was developed using images containing Petri dishes with growing fungus colonies, comparing the manual method performed by the specialist in Phytopathology and the performed by digital image processing. It was possible to verify the application and potential of the method developed for creating mobile applications. Therefore, this work presents a method for measuring fungal colony on Petri dishes from isolates of the fungus Corynespora cassiicola, using techniques involving processing from images captured by mobile device, with the purpose of assisting the professional, providing other means besides a manual process. / O uso de produtos químicos como forma de prevenção, proteção e controle para o combate a doenças que afetam plantas, é uma solução factível envolvendo medidas de controle, que ao passar dos anos, com o melhoramento desses produtos, elevam a efetividade de tais químicos. No entanto, devido ao surgimento de microrganismos resistentes a esses produtos, novos testes precisam ser realizados em laboratório, exigindo esforço do especialista em fitopatologia a fim de investigar estes microrganismos, com pesquisas a partir da análise genética, resistência a produtos químicos, dentre outros. Um dos métodos utilizados engloba testes laboratoriais, verificando periodicamente o crescimento da colônia de fungos com medições com uso de régua ou paquímetro. Entretanto, este método, apesar de ser o mais comumente utilizado, é também impreciso, pois medições de uma mesma placa por profissionais diferentes podem resultar emmedidas distintas. Devido a isto, o desenvolvimento de um método que auxilie profissionais em fitopatologia, para medição do crescimento da colônia de fungos em placas de Petri, fornece outros meios de medição além do uso tradicional de análise visual por régua ou paquímetro. Para isto, foram desenvolvidos processos de manipulação de imagens, envolvendo segmentação de regiões, remoções de informações desnecessárias e o cálculo do tamanho da colônia por análise de cores. O estudo foi desenvolvido com uso de imagens contendo placas de Petri com colônias de fungo em crescimento, realizando comparações entre o método manual realizado pelo especialista em Fitopatologia e o realizado pelo processamento digital de imagens. Foi possível verificar a aplicação e potencial do método desenvolvido para criação de aplicações para dispositivos móveis. Portanto, este trabalho apresenta um método para medição da colônia de fungos em placas de Petri, de isolados do fungo Corynespora cassiicola, utilizando técnicas envolvendo processamento a partir de imagens captadas por dispositivo móvel, com objetivo de auxiliar o profissional, disponibilizando outros meios além do processo manual.
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Importance de la cassiicoline en tant qu'effecteur de la Corynespora Leaf Fall (CLF) chez l'hévéa : Développement d'outils pour le contrôle de la maladie / Importance of Cassiicolin as an effector in the Corynespora Leaf Fall (CLF) disease of rubber tree : development of disease control tools

Deon, Marine 24 April 2012 (has links)
L’hévéa (Hevea brasiliensis) est actuellement la seule source commerciale de caoutchouc naturel. Parmi les maladies affectant l’hévéa, la CLF (« Corynespora Leaf Fall ») causée par le champignon Corynespora cassiicola, est devenue en une cinquantaine d’années un fléau pour l’ensemble des pays hévéicoles d’Asie et d’Afrique. Actuellement, la gestion du problème consiste à arracher les clones les plus sensibles et à traiter les arbres avec des fongicides en cas d’épidémie. Cependant, le nombre de clones touchés par la maladie ne cessant d’augmenter, il devient urgent de sélectionner de nouveaux clones à la fois tolérants et aptes à la production. Nos travaux ont permis de caractériser le gène codant la cassiicoline, toxine protéique glycosylée secrétée par C. cassiicola, et d’analyser sa diversité. Une étude comparative portant sur trois isolats de C. cassiicola d’agressivité contrastée a montré la présence du gène Cas1 chez les isolats de forte et moyenne agressivité, alors qu’il n’est pas détecté chez l’isolat de faible agressivité. Les niveaux d’agressivité des isolats sont corrélés aux niveaux de transcrits du gène de cassiicoline. Le rôle de la cassiicoline serait prépondérant dans les phases précoces de l’infection. L’analyse de diversité du gène de cassiicoline à partir d’une collection d’isolats provenant de différents hôtes et d’origines géographiques variées, a révélé l’existence d’au moins six isoformes protéiques (Cas1 à Cas6). La structuration génétique globale des isolats basée sur des marqueurs neutres est similaire à la structuration basée sur le gène de cassiicoline. Les isolats prélevés sur hévéa se regroupent en clades spécialisés, dont un correspondant aux isolats porteurs du gène Cas1, identifiés comme étant les plus agressifs sur hévéa. Cependant, 58 % des isolats testés semblent dépourvus de gène de cassiicoline, bien que certains génèrent des symptômes modérés sur hévéa, ce qui suggère l’existence d’autres effecteurs. Des formes endophytiques de C. cassiicola ont été isolées à partir de feuilles asymptomatiques provenant du Brésil, zone encore indemne de CLF. Les gènes de cassiicoline portés par ces souches (isoformes Cas3 et 4) ne semblent pas exprimés lors de l’interaction avec l’hévéa. Nous avons montré par ailleurs que les champignons endophytes de l’hévéa appartenant aux genres Trichoderma et Xylaria présentent une forte activité mycoparasitaire sur C. cassiicola, in vitro. Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives pour le contrôle de la maladie (diagnostic précoce, sélection de clones tolérants, lutte biologique). / Rubber tree (Hevea brasiliensis) is the only source of commercial natural rubber. The “Corynespora Leaf Fall” (CLF) disease, caused by the fungus Corynespora cassiicola, has become over the last 50 years a very serious problem in the Asian and African rubber producing countries. Currently, the main methods to face the problem are the uprooting of the most susceptible cultivars and chemical treatments in case of severe outbreaks. However, the number of cultivars affected by the disease keeps increasing, and the selection of new cultivars, both tolerant and high yielding, is urgent. In this study, the gene encoding cassiicolin, a toxic glycosylated protein secreted by C. cassiicola, was characterized and its diversity analyzed. The analysis of three C. cassiicola isolates with contrasted levels of aggressiveness revealed the presence of identical cassiicolin genes in the highly and moderately aggressive isolates but none in the isolate of mild aggressiveness. The levels of aggressiveness were correlated to the cassiicolin gene transcript levels. The cassiicolin gene was preferentially expressed in the early phase of the infection. Analysis of the cassiicolin gene diversity among isolates from various host and various geographical origins revealed the existence of at least six protein isoforms (Cas1 to Cas6). The genetic structure of the isolates based on neutral markers was closely related to the genetic structure based on the cassiicolin gene. The isolates sampled on rubber tree were grouped in several specialized clades, including one clade regrouping all the Cas1 isolates, which were the most aggressive on rubber tree. However, 58 % of the isolates seemed to be deprived of cassiicolin gene, although some of them generate moderate symptoms on rubber tree, suggesting the existence of other effectors. Endophytic C. cassiicola isolates were found in asymptomatic rubber tree leaves from Brazil, a region were CLF outbreak was never reported. No expression of the cassiicolin genes carried by these isolates could be detected in interaction with rubber tree. In addition, we found that the Trichoderma and Xylaria species, all fungal endophytes of rubber tree, were antagonists of C. cassiicola, in vitro. This work opens new perspectives for the control of CLF (through early diagnosis, selection of tolerant clones, or biocontrol).
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Rôle de la cassiicoline dans l'interaction compatible Hevea brasiliensis / Corynespora cassiicola : vers la sélection assistée par effecteur : Biologie végétale / Role of cassiicolin in Hevea brasiliensis / Corynespora cassiicola compatible interaction : towards effector-based selection

Ribeiro, Sébastien 28 January 2019 (has links)
L'hévéa (Hevea brasiliensis) est la seule source de caoutchouc naturel commercialisé à travers le monde. En Afrique et en Asie, la maladie 'Corynespora Leaf Fall' (CLF), causée par le champignon nécrotrophe Corynespora cassiicola, affecte les plantations hévéicoles en provoquant des défoliations massives sur les clones les plus sensibles. L’évaluation précoce de la sensibilité des clones dans les programmes de sélection est un enjeu majeur pour écarter les individus les plus sensibles des programmes de développement et ainsi réduire la pression de la maladie. Une des méthodes d’évaluation envisagée consiste à tester indirectement la sensibilité des clones aux effecteurs fongiques responsables de la virulence (test toxinique). Parmi tous les effecteurs potentiels du champignon identifiés in silico, seule la cassiicoline Cas1 a été purifiée et caractérisée à ce jour. Il s’agit d’une petite glycoprotéine sécrétée qui jouerait un rôle dans les phases précoces de l’infection en induisant la nécrose des tissus. Les souches porteuses du gène Cas1 sont parmi les plus agressives sur les clones d'hévéa testés. Néanmoins, certaines souches de C. cassiicola ne produisant pas de cassiicoline présentent tout de même une agressivité modérée, suggérant l'implication d'autres effecteurs dans l'établissement de la maladie CLF. Les objectifs de cette thèse sont (i) de déterminer si la sensibilité à la cassiicoline Cas1 est un critère de sélection pertinent pour identifier les clones d’hévéa les plus sensibles à la maladie CLF, et (ii) d’identifier chez l’hévéa des facteurs de sensibilité à la cassiicoline Cas1. Nous avons d'abord analysé l’inoculum naturel et montré que les souches porteuses du gène Cas1 représentent un quart de la population de C. cassiicola dans les plantations d’hévéa d’Afrique de l’Ouest, le reste étant majoritairement constitué de souches dépourvues du gène codant la cassiicoline (Type A/Cas0). Nous avons ensuite créé un mutant de délétion du gène Cas1 pour la souche de référence CCP et comparé sa virulence à celle de la souche sauvage. Nous avons ainsi pu montrer que la cassiicoline Cas1 est bien un effecteur de nécrotrophie déterminant pour la virulence de C. cassiicola chez l’hévéa puisque la souche délétée perd toute virulence sur les clones testés. Enfin, nous avons recherché chez l'hévéa des facteurs de sensibilité à la cassiicoline Cas1 à travers deux approches. La technique de "double hybride en levures" nous a permis d'identifier une trentaine de protéines candidates qui pourraient interagir physiquement avec la toxine. Une approche transcriptomique, nous a permis d’identifier les gènes d’hévéa dont l’expression est modifiée suite à l’application de la cassiicoline purifiée, en comparant un clone sensible (PB260) et un clone tolérant (RRIM600). En conclusion, ces travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans l'interaction compatible entre C. cassiicola et l'hévéa et ouvrent la voie de la sélection assistée par effecteur. / The rubber tree (Hevea brasiliensis) is the primary commercial source of natural rubber worldwide. In Asia and Africa, H. brasiliensis is affected by the Corynespora leaf fall (CLF) disease, caused by the broad-spectrum necrotrophic fungus Corynespora cassiicola. During severe attacks, massive fall of young leaves can occur in susceptible cultivars. Early evaluation of the susceptibility of rubber clones in breeding programs is required to avoid developing highly susceptible clones that would amplify the disease. An indirect phenotyping procedure envisaged consists in testing the sensitivity to the fungal toxins (or effectors) rather than the susceptibility to the fungus itself (toxin test). Among all putative effectors identified in silico, only cassiicolin Cas1 has been purified and characterized to date. This small secreted glycoprotein was for long suspected to play a role in the early phase of infection by inducing tissue necrosis. Strains carrying the Cas1 gene are the most aggressive on tested rubber clones. However, strains without cassiicolin gene (called Cas0) still show moderate aggressiveness, suggesting the existence of effectors other than cassiicolin. The objectives of this study are (i) to determine if susceptibility to cassiicolin Cas1 is a relevant selection criterion to eliminate the rubber clones most susceptible to CLF disease, and (ii) identify molecular factors involved in the sensitivity to Cas1, in rubber tree. We have thus analyzed the typology of a large set of C. cassiicola isolates collected from various rubber plantations in West Africa. Our results show that isolates carrying the cassiicolin isoform Cas1 are widely represented, but that the most represented type (A/Cas0) are isolates without cassiicolin gene. Here we show that deletion of the cassiicolin gene in the isolate CCP resulted in a total loss of virulence. This clearly demonstrated that cassiicolin is indeed a necrotrophic effector required for the virulence of isolate CCP in rubber tree. Finally, we have investigated susceptibility factors to cassiicolin Cas1 on rubber tree with two different approaches. We identified about thirty candidate proteins that could physically interact with the toxin, through the two-hybrid assay. A transcriptomic approach allowed us to identify the rubber genes differentially expressed in response to the purified cassiicolin, comparing a susceptible clone (PB260) and a tolerant clone (RRIM600). In conclusion, we think that the necrotrophic effector Cas1 can be an interesting tool for effector-based selection of tolerant clones for African plantations; however, efforts should also be placed on A/Cas0 isolates, in order to identify potential necrotrophic effector(s) responsible for their virulence. This would enlarge the potential of effector-based selection.
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Diversidade genética e estrutura de população entre isolados de Corynespora cassiicola no Estado do Amazonas

Ferreira, Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e 28 February 2014 (has links)
Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-10-23T15:45:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-10-26T20:05:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-10-26T20:10:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-26T20:10:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The fungus Corynespora cassiicola is a plant pathogen that has worldwide distribution and has been reported causing disease on leaves, fruits, branches, nematode eggs, and even human skin. In Brazil, this pathogen has already caused serious damage to soybeans, papaya, acerola, and the northern region of the country, this pathogen has great importance in papaya, cucumber and tomato crops. Develop control strategies for a disease depends, among other factors, an understanding of the genetic variability and structure of the pathogen population, these being the goals of this work. We collected 169 isolates from papaya, tomato and cucumber, coming from the cities of Manaus, Iranduba and Presidente Figueiredo, Amazonas state, Brazil, 9 populations totaling.The genetic diversity was analyzed with 8 ISSR primers, 191 polymorphic locus getting, and the polymorphism rate was 100%. The genetic diversity was high in all populations, where the highest genetic diversity index was found in MA2 population (M= 0.43), and the smallest in population of Presidente Figueiredo: PE3 (H = 0.13) and MA3 (H = 0.15). All genotypes showed similar frequencies in the population (E5 = 1.0). Genotypic diversity (G0) ranged from 0.7 to 2.2, and in general was low in all populations, thus proving the absence of recombination. Random association tests detected high levels of linkage disequilibrium, eliminating the null hypothesis (IA> 0), being significant at 1% probability, the highest rates were found in MA1 populations (IA= 6.08) and MA2 (IA= 5:24). Bayesian analysis detected four genetic groups with mixture of genotypes in groups 2 and 3, suggesting gene flow and structure in a host in group 1 (papaya) and 4 (tomato). The population is structured with great distinction between them. MA3 and TO1 populations had higher (θ = 0.27), and the lowest value was found in TO3; TO2 and PE3, PE2 (θ= 0.05). Analysis of AMOVA, the biggest change is occurring within populations (84.3%), while 15.70% is occurring among populations. / O fungo ascomyceto Corynespora cassiicola é um fitopatógeno de ampla distribuição mundial, e já foi relatado causando doenças em folhas, frutos, ramos, ovos de nematóide, e inclusive na pele humana. No Brasil, C. cassiicola já causou sérios danos à soja, mamão e acerola, e na região norte do país, este patógeno tem grande importância nas culturas do mamão, pepino e tomate. Desenvolver estratégias de controle para uma doença, depende, entre outros fatores, de uma compreensão acerca da variabilidade e da estrutura genética de população do patógeno, sendo esses os objetivos desse trabalho. Foram coletados 169 isolados obtidos de mamão, tomate e pepino, oriundos dos municípios de Manaus, Iranduba e Presidente Figueiredo, do estado do Amazonas, Brasil, totalizando 9 populações. A diversidade genética de C. cassiicola foi analisada com 8 primers ISSR, obtendo 191 locus polimórficos, e o percentual de polimorfismo foi 100%. A diversidade gênica foi alta em todas as populações, onde o maior índice de diversidade gênica foi encontrado na população MA2 (H=0,43), e os menores em populações do município de Presidente Figueiredo: PE3 (H=0,13) e MA3 (H=0,15). Todos os genótipos tiveram frequências idênticas na população (E5= 1,0). Diversidade genotípica (G0) variou de 0.7 a 2.2, e em geral foi baixa em todas as populações, provando assim ausência de recombinação nas populações. Os testes de associação aleatória detectaram altos níveis de desequilíbrio de ligação, dispensando a hipótese nula (IA>0), sendo significativo a 1% de probabilidade, os índices mais altos foram encontrados nas populações MA1 (IA= 6.08) e MA2 (IA=5.24). Pela análise bayesiana detectou-se 4 grupos genéticos com mistura de genótipos nos grupos 2 e 3, sugerindo fluxo gênico e com estruturação por hospedeiro no grupo 1(mamão) e 4(tomate). A população está estruturada, com grande diferenciação entre elas. Populações MA3 e TO1 apresentaram maior valor (θ= 0,27), e o menor valor de foi encontrado em TO3;TO2 e PE3;PE2 (θ=0,05). A análise da AMOVA mostrou que a maior variação esta ocorrendo dentro das populações (84,3%), enquanto que 15.70% esta ocorrendo entre as populações.
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Characterization of Corynespora cassiicola resistance to the quinone outside inhibitor fungicides, elucidation of fitness parameters, and defining alternative fungicide product strategies in Mississippi soybean

Wang, Xiaopeng 13 May 2022 (has links)
Target spot, caused by Corynespora cassiicola, is a common lower canopy disease of soybean in the southern United States. Given the recent resurgence of target spot and increasing reports of resistance to the quinone outside inhibitor (QoI) fungicide class within C. cassiicola, a survey of C. cassiicola from the Mississippi soybean production system was initiated in 2019 to determine the nature of its resistance mechanisms. A total of 819 monoconidial isolates were collected from 228 geographic field locations in 75 Mississippi counties. The molecular mechanism of resistance was determined using a PCR-RFLP analysis by comparing nucleotide sequences in the cytochrome b gene. The percentage of isolates containing the G143A substitution increased from 71.3% in 2016 to 93.5% in 2021. In all, 85.8% of the C. cassiicola isolates carried the G143A substitution. The EC50 values of QoI-resistant and -sensitive isolates to azoxystrobin varied significantly with QoI-sensitive isolates exhibiting lower EC50 values than QoI-resistant isolates. Moreover, results of fitness evaluations indicated that QoI-resistant isolates are more competitive than QoI-sensitive isolates and there were no fitness costs associated with QoI resistance in C. cassiicola. Additionally, the sensitivity of six C. cassiicola isolates to eight fungicide active ingredients in four fungicide classes were evaluated. Results indicated that three succinate dehydrogenase inhibitors benzovindiflupyr, fluxapyroxad, and pydiflumetofen were the most effective in inhibiting mycelial growth regardless of isolate phenotype followed by the methyl benzimidazole carbamate thiophanate-methyl, two demethylation inhibitors (DMI) difenoconazole and flutriafol, the QoI pyraclostrobin, and the DMI prothioconazole. Furthermore, the efficacy of seven commercial fungicides on target spot was evaluated in the greenhouse and field. Pydiflumetofen + difenoconazole, fluxapyroxad + pyraclostrobin, and thiophanate-methyl delayed disease progress and protected soybean yield, which indicated their effectiveness in managing target spot. Pydiflumetofen + difenoconazole also significantly reduced defoliation. Notably, fungicides applied at R3 were more effective in reducing disease severity and defoliation than additional growth stage timings. The current study revealed a reduction in C. cassiicola sensitivity to QoI fungicides and a shift to QoI-resistant populations exhibiting fitness advantages. Our findings provide pertinent information for growers as to which fungicides should be recommended to manage target spot.

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