Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-05-12T19:07:01Z No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:08:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Penaeidae family occurs in all oceans, particularly in tropical regions and represents an important global fishing resource. In Brazil, penaeid species have been shown decline, of their populations, which are considered overexploited. Therefore, a greater knowledge about these species is required for the developing of appropriate conservation actions. However, genetic studies of penaeids, including phylogeography, geographic distribution and phylogeny, are still scarce. In the present work, genetic structure and genetic relationships were characterized for different marine shrimp species belonging to the Penaeidae family, with special emphasis on those of occurrence in the Brazilian coast (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Mitochondrial and nuclear markers were used in order to clarify aspects related to the geographic distribution and genetic relationships among the studied penaeid species and the implications for conservationist approaches. Specific oligonucleotides were designed to amplify four mtDNA regions (COI, 16S, Cytb and DLoop). The results showed efficient patterns for 16 native species of Brazilian and Mozambican coasts. Numts presence and its implication for penaeid genetics were investigated using specific and universal primers for COI gene. Pseudogenes were detected for some penaeid species. Cytb pseudogene for the Penaeidae family was reported by the first time. DNA barcoding approach was tested in several species from Brazilian coast. The barcoding analysis evidenced a high range of intraspecific distance, suggesting the necessity of taxonomic review into Penaeidae. The existence of species complex was investigated for both X. kroyeri and F. subtilis. Phylogeographical signs and population structure were no observed for F. subtilis along the Brazilian coast. F. paulensis populations, collected in Lagoa dos Patos (RS) and Cananéia (SP), showed genetic structuring by analyzing of COI gene. That data can be reflecting the existence of differentiated-genetically adult stocks or ancient structure. Two recent population expansions, one of them before and the other one after the last period of the maximum glacial, were observed for F. paulensis. mtDNA and RAD-seq data were using to study the species X. kroyeri populations. The mtDNA analysis suggested that the upwelling from Cabo Frio (RJ) consists in a semipermeable barrier to X. kroyeri species, limiting the genetic flow between populations from North and South of Cabo Frio for. The analysis of approximately three thousand SNPs revealed three different genetic stocks, possibly related to the hydrodynamic characteristics of the sampled geographic regions, which may be holding different larvae pools. The study herein brings important information about genetic relationships and population structure for Penaeidae species, mainly those species occurring in Brazil. Such data can be help to foment future actions aiming the conservation of penaeid species, which present ecological and socioeconomic relevance. / A família Penaeidae ocorre em todos os oceanos, principalmente nas regiões tropicais e presenta grande importância econômica mundial. No Brasil, os peneídeos têm mostrado declínio nas populações, as quais são consideradas sobreexplotadas. Dessa forma, melhor conhecimento dessas espécies se faz necessário para que medidas conservacionistas mais adequadas sejam tomadas. Estudos genéticos em peneídeos, fincluindo filogeografia, distribuição geográfica e filogenia ainda são escassos. No presente estudo, a estrutura genética e as relações genéticas foram caracterizarizadas para distintas espécies de camarões marinhos pertencentes à família Penaeidae, com ênfase especial nas de ocorrência no litoral brasileiro (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Marcadores mitocondriais e nucleares, foram usados com o intuito de esclarecer aspectos relacionados à distribuição geográfica e relações genéticas entre as espécies estudadas e suas implicações conservacionistas. Oligonucleotideos específicos foram desenvolvidos para amplificação de quatro regiões mtDNA (COI, 16S, Cytb e DLoop), os quais foram eficientes para 16 espécies nativas da costa brasileira e moçambicana. A presença de numts e suas implicações para a genética de peneideos foi investigada utilizando primers específicos e universais para o gene COI, sendo observada a presença pseudogene em algumas espécies. Foi evidenciada pela primeira vez em Penaeidae a presença de pseudogene Cytb. A eficiência do DNA Barcode foi testada em diversas espécies coletadas no litoral brasileiro. Foi observada uma alta variação da distancia intraespecífica, indicando a necessidade de uma revisão nesta família. A existência de um complexo de espécies foi verificada nas espécies X. kroyeri e F. subtilis. Sinais filogeográficos ou estruturação populacional não foram observadas ao longo da costa brasileira para F. subtilis. Uma leve estruturação populacional foi encontrada para Farfantepenaeus paulensis entre populações da Lagoa dos Patos-RS e Cananéia-SP, utilizando-se o gene COI. Este dado pode estar refletindo a existência de estoques de adultos geneticamente diferentes ou uma estruturação antiga. Duas expansões populacionais recentes foram observadas para esta espécie, sendo uma antes e outra após o período da última glaciação máxima. Dados de mtDNA e RAD-seq foram tilizados para estudar as populações de X. kroyeri. A análise mitocondrial sugeriu que ressurgência em Cabo Frio-RJ apresenta-se como uma barreira semipermeável para esta espécie, limitando o fluxo gênico entre populações situadas ao norte e ao sul de Cabo Frio. A análise de aproximadamente 3mil SNPs revelou três possíveis estoques genéticos, possivelmente relacionado a características hidrodinâmicas das regiões amostradas, as quais podem estar retendo larvas. O presente estudo trás importantes informações sobre as relações genéticas, estrutura de populações e filogeografia de espécies da família Penaeidae, principalmente as de ocorrência no litoral brasileiro. Essas informações podem ajudar futuras tomadas de decisão que visem a conservação dessas espécies, as quais apresentam relevância ecológica e/ou socioeconomica, representando um importante recurso pesqueiro.

The given master's thesis is devoted to the research of migration role in the demographic development of the population structure of South Kazakhstan region in the period from 1999 to 2008. The region differs from other regions by a relatively high birth rate a low death rate and a high migratory exchange, both in an internal migration and in interregional migration. On the one hand, South Kazakhstan region is a donor for other regions in the country, and, on the other hand, is a recipient in international migration. On this basis the research considers migration role in the change of the total number of the population, and also in the changes of sex-age structures of the population which is exposed to changes owing to migration. The urgency and importance of the given research consists in considering the role of migration in changes of the population of the region. While considering the general changes, which migration makes in population structure, the streams of migration were divided into international and interregional migration. That's why this research shows the level of the influence of international and interregional migration on changes of the population structure. Key words: Kazakhstan, South Kazakhstan region, population development, development of age- sex structure, the role of migration.

Introdução: Parques inseridos na malha urbana de grandes metrópoles possuem potencial para manter o ciclo biológico de diversas espécies vetoras de patógenos, como as espécies Culex quinquefasciatus e Culex nigripalpus. Consideradas antropofílicas, essas espécies têm importância epidemiológica e são abundantemente encontradas na cidade de São Paulo. Porém, pouco se sabe sobre as características genéticas dessas espécies em escala microgeográfica. Visando o melhor entendimento sobre a estrutura populacional dessas espécies, foi analisado os padrões da forma alar e a caracterização genética por marcadores de microssatélites, afim de se obter informações que contribuam para o entendimento da situação populacional desses vetores dentro do município. Objetivos: (1) Analisar a variabilidade da forma alar nas populações de Cx. quinquefasciatus e Cx. nigripalpus; (2) Analisar a variabilidade genética e o fluxo gênico nas mesmas populações; (3) Testar a funcionabilidade de primers desenvolvidos para regiões de microssatélites nas populações de Cx. nigripalpus. Material e Métodos: No total, foram estudadas cinco populações de Cx. quinquefasciatus e sete populações de Cx. nigripalpus, coletados em parques urbanos da cidade de São Paulo. Análises discriminantes, como variável canônica, teste de reclassificação cruzada e dendrograma de Neighbor-joining, utilizando os software Morpho J e Past, foram realizadas para a compreensão do formato e tamanho da asa direita nas populações. Em relação ao estudo da estruturação genética, foram testados 12 pares de primers de microssatélites em mosquitos Cx. quinquefasciatus e 33 pares de primers em mosquitos Cx. nigripalpus. Resultados: Análise da morfometria geométrica alar nas populações de Cx. quinquefasciatus demonstrou homogeneidade nos formatos alares, sendo um caracter preservado nessa espécie pela cidade, contudo, há tênues diferenças na população coletada em ambiente mais silvestre. O mesmo foi observado para as populações de Cx. nigripalpus, onde foi possível visualizar uma subestruturação na forma alar dentro da população Shangrilá. Dos primers testados, 12 amplificaram de forma consistente em todas as populações de Cx. quinquefasciatus e seis primers nas populações de Cx. nigripalpus. Os resultados encontrados sugerem que ambas as espécies possuem baixa estruturação genética, com fluxo gênico moderado entre as populações de Cx. quinquefasciatus e baixo entre as de Cx. nigripalpus, apresentando alto índice de heterozigosidade, onde as únicas populações que estão em expansão são as que foram coletadas em ambientes onde a urbanização está avançando. Discussão: Processos de urbanização, somados às mudanças causadas no ambiente, beneficiam e tendem a elevar a abundância dessas espécies em ambientes antropizados. A baixa estruturação genética e morfométrica das asas dessas espécies indicam a adaptação delas na cidade, havendo segregação devido à heterogeneidade do ambiente em que as populações se encontram. Conclusão: Evidências de baixa estruturação entre as populações e indícios de expansão em populações de ambientes mais silvestres indicam que essas espécies estão atreladas ao processo de urbanização da cidade de São Paulo / Introduction: Urban parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquitoes such as Culex quinquefasciatus and Culex nigripalpus, both are anthropophilic species with epidemiological importance and very abundant in São Paulo city. However, their genetics characteristics are poorly know. Aiming the better understanding of the population structure of these species in microregion, was evaluated the wing shape variation and selected microsatellite loci. In this way, the information obtained can contribute to the understanding of the population situation of these vectors in São Paulo city. Objectives: (1) To evaluate the wing shape variability in populations of Cx. quinquefasciatus and Cx.nigripalpus; (2) To evaluate the genetic variability and gene flow in the Cx. quinquefasciatus and Cx.nigripalpus populations (3) Test microsatellite markers functionality parameters in Cx. nigripalpus, previously used successfully in other Culex species. Material and Methods: Were studied, five populations of Cx. quinquefasciatus and seven population of Cx. nigripalpus collected in urban parks in São Paulo city. Discriminant analysis was made to evaluate the wing shape patterns, such as Canonical variate analysis, cross validated test and Neghbor-joninin dendrogram using Morpho J and Past softwares, were perfomed to understand the size and shape of the right wing in these populations. For the study of genetic structuring, there were tested 12 pairs of microsatellite loci in Cx. quinquefasciatus samples and 33 pairs of microsatellite loci in Cx. nigripalpus samples. Results: The wing shape patterns in Cx. quinquefasciatus population were homogeneous, showing a preserved character in this population, however, has been tenuous differences in the more sylvatic population. The same pattern was observed in Cx. nigripalpus populations and was observed substructuring in the Shangrilá population. From the tested primers, 12 were functional and amplified consistently in the all five Cx. quinquefasciatus population and for Cx. nigripalpus, six primers were amplified. The results suggest both species having low genetic structure, moderate gene flow and the only populations which are expading were collected in areas that the urbanization is increasing. Discussion: Urbanization processes added to the environmental changes benefit and tend to raise the abundance of these species in anthropized locals. The low genetic structure and alar morphometry indicates the adaptation of these species in São Paulo city, there being segregated due to the environment heterogeneity which the population inhabit. Conclusion: Evidence of low structure between populations studied and signs of expansion in populations of more sylvatic environments indicate that these species are linked to urbanization process

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-15T16:10:24Z No. of bitstreams: 1 Clarissa Gomes Reis Lopes (1).pdf: 1021119 bytes, checksum: 8d291962a84690e30bd756708155fc47 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-15T16:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clarissa Gomes Reis Lopes (1).pdf: 1021119 bytes, checksum: 8d291962a84690e30bd756708155fc47 (MD5) Previous issue date: 2011-06-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Tropical dry forests have been intensively disturbed, however knowledge of their regenerating processes is still restrict. The aim of this study is to evaluate if 16 years of regeneration in an area which the agriculture was descontinued are sufficient for the regeneration of structural and floristic features of an abondoned agricultural field and if the time of abandonment, the precipitation and the distance from a preserved fragment influence the regeneration of this area in Caruaru, PE, Brazil. All individuals with diameter ≥ 3 cm a level of soil were marked and had the height and diameter measured. Structure and floristic data were compared with secondary data of the forest fragment and of other regenerating areas of dry forest, and also to test the influence of the fragment upon the regeneration of the abandoned field. The population dynamics of aroeira, braúna and catingueira were evaluated in 105 plots (5 X 5 m) during two years. All individuals of these three species within the plots were counted and marked; the plots were monitored mensaly to record births and deaths. The field presented lower density, basal area and number of species than the forest fragment; however the number of families and the diversity were similar. Species composition and population density in altered areas of caatinga were more influenced by the precipitation than by the time of abandonment. The density, mean height and maximum diameter of individuals within the plots were not related to the distance from the forest, except for some species. The distance from the forest influenced the number of births and the density of aroeira and braúna, but it was not true for catingueira. The number of births and deaths and the population density varied between years. The total density of the area is one of the parameters of faster recuperation, whereas the basal area and the composition of species are slower ones. The results indicated that 16 years of abandonment were not sufficient for the regeneration of area. Role of preserved fragment on regeneration of antropized area influenced the species differently and this relation is stronger in M. urundeuva and S. brasiliensis. Annual variation in demography of tre species may be related to variations on rainfall. This study confirms the importance of forest fragments in the regeneration of altered areas, and suggests the importance of their preservation. / As florestas tropicais secas têm sido intensamente degradadas. Apesar disso, o conhecimento sobre o seu processo regenerativo em áreas abandonadas ainda é restrito. Objetivou-se avaliar se 16 anos de regeneração em uma área onde a agricultura foi descontinuada são suficientes para que volte a apresentar caracterísiticas estruturais e florísticas similares à encontrada na floresta madura e se o tempo de abandono, a precipitação e a distância de um fragmento preservado influenciam na regeneração em Caruaru, PE, Brasil. Todos os indivíduos com diâmetro maior ou igual a 3 cm a nível do solo foram marcados e medidos quanto a altura e diâmetro. Os dados estruturais e florísticos foram comparados com dados secundários tanto do fragmento florestal próximo quanto de outras áreas em regeneração. Os estudos floristicos e fitossociológicos em áreas antropizadas da caatinga publicados em periódicos que disponibilizaram os dados de composição e riqueza de espécies, densidade, área basal, precipitação anual e tempo de regeneração foram selecionados. As dinâmicas populacionais de Myracrodruon urundeuva Allemão, Schinopsis brasiliensis Engl. e Poincianella pyramidalis (Tul.) L.P.Queiroz foram avaliadas em 105 parcelas (5 X 5 m) durante dois anos. No interior das parcelas, todos os indivíduos destas três espécies foram contados e marcados e, mensalmente, as parcelas foram monitoradas para contagem dos nascimentos e mortes. O campo apresentou menor densidade, área basal e número de espécies que o fragmento preservado próximo, porém não diferiu significativamente em relação a número de famílias e diversidade. A composição de espécies e a densidade das populações nas áreas antropizadas da caatinga mostraram-se mais influenciada pela precipitação dos habitats do que pelo tempo de abandono. A densidade, a altura média e o diâmetro máximo dos indivíduos nas parcelas não tiveram a distância da mata, mas nas populações de algumas espécies houve relações significativas. A distância da mata influenciou o número de nascimentos e a densidade populacional de M. urundeuva e S. brasiliensis, mas não de P. pyramidalis. O número de nascimentos, mortes e densidade populacional variaram bastante entre os anos. A densidade total da área é um dos parâmetros de rápida recuperação, enquanto a área basal e a composição de espécies são mais lentos. Mesmo numa área pouco perturbada, 16 anos de abandono não foram suficientes para recuperação de uma área de agricultura em um ambiente semiárido. O papel do fragmento preservado na regeneração da área antropizada influenciou de forma diferenciada as espécies, sendo mais forte em M. urundeuva e S. brasiliensis. A variação anual na demografia das três espécies pode estar relacionada com variações nos totais de precipitação. Este estudo confirma a importância dos fragmentos florestais na regeneração de áreas antropizadas, sendo importante o desenvolvimento de políticas públicas voltadas para proteção destes fragmentos.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-10-23T15:45:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-10-26T20:05:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-10-26T20:10:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-26T20:10:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertaçao - Ana Francisca Tibúrcia Amorim Ferreira e Ferreira.pdf: 1305242 bytes, checksum: 1127ee4c263f9ff4d20ed1b5e301cccb (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The fungus Corynespora cassiicola is a plant pathogen that has worldwide distribution and has been reported causing disease on leaves, fruits, branches, nematode eggs, and even human skin. In Brazil, this pathogen has already caused serious damage to soybeans, papaya, acerola, and the northern region of the country, this pathogen has great importance in papaya, cucumber and tomato crops. Develop control strategies for a disease depends, among other factors, an understanding of the genetic variability and structure of the pathogen population, these being the goals of this work. We collected 169 isolates from papaya, tomato and cucumber, coming from the cities of Manaus, Iranduba and Presidente Figueiredo, Amazonas state, Brazil, 9 populations totaling.The genetic diversity was analyzed with 8 ISSR primers, 191 polymorphic locus getting, and the polymorphism rate was 100%. The genetic diversity was high in all populations, where the highest genetic diversity index was found in MA2 population (M= 0.43), and the smallest in population of Presidente Figueiredo: PE3 (H = 0.13) and MA3 (H = 0.15). All genotypes showed similar frequencies in the population (E5 = 1.0). Genotypic diversity (G0) ranged from 0.7 to 2.2, and in general was low in all populations, thus proving the absence of recombination. Random association tests detected high levels of linkage disequilibrium, eliminating the null hypothesis (IA> 0), being significant at 1% probability, the highest rates were found in MA1 populations (IA= 6.08) and MA2 (IA= 5:24). Bayesian analysis detected four genetic groups with mixture of genotypes in groups 2 and 3, suggesting gene flow and structure in a host in group 1 (papaya) and 4 (tomato). The population is structured with great distinction between them. MA3 and TO1 populations had higher (θ = 0.27), and the lowest value was found in TO3; TO2 and PE3, PE2 (θ= 0.05). Analysis of AMOVA, the biggest change is occurring within populations (84.3%), while 15.70% is occurring among populations. / O fungo ascomyceto Corynespora cassiicola é um fitopatógeno de ampla distribuição mundial, e já foi relatado causando doenças em folhas, frutos, ramos, ovos de nematóide, e inclusive na pele humana. No Brasil, C. cassiicola já causou sérios danos à soja, mamão e acerola, e na região norte do país, este patógeno tem grande importância nas culturas do mamão, pepino e tomate. Desenvolver estratégias de controle para uma doença, depende, entre outros fatores, de uma compreensão acerca da variabilidade e da estrutura genética de população do patógeno, sendo esses os objetivos desse trabalho. Foram coletados 169 isolados obtidos de mamão, tomate e pepino, oriundos dos municípios de Manaus, Iranduba e Presidente Figueiredo, do estado do Amazonas, Brasil, totalizando 9 populações. A diversidade genética de C. cassiicola foi analisada com 8 primers ISSR, obtendo 191 locus polimórficos, e o percentual de polimorfismo foi 100%. A diversidade gênica foi alta em todas as populações, onde o maior índice de diversidade gênica foi encontrado na população MA2 (H=0,43), e os menores em populações do município de Presidente Figueiredo: PE3 (H=0,13) e MA3 (H=0,15). Todos os genótipos tiveram frequências idênticas na população (E5= 1,0). Diversidade genotípica (G0) variou de 0.7 a 2.2, e em geral foi baixa em todas as populações, provando assim ausência de recombinação nas populações. Os testes de associação aleatória detectaram altos níveis de desequilíbrio de ligação, dispensando a hipótese nula (IA>0), sendo significativo a 1% de probabilidade, os índices mais altos foram encontrados nas populações MA1 (IA= 6.08) e MA2 (IA=5.24). Pela análise bayesiana detectou-se 4 grupos genéticos com mistura de genótipos nos grupos 2 e 3, sugerindo fluxo gênico e com estruturação por hospedeiro no grupo 1(mamão) e 4(tomate). A população está estruturada, com grande diferenciação entre elas. Populações MA3 e TO1 apresentaram maior valor (θ= 0,27), e o menor valor de foi encontrado em TO3;TO2 e PE3;PE2 (θ=0,05). A análise da AMOVA mostrou que a maior variação esta ocorrendo dentro das populações (84,3%), enquanto que 15.70% esta ocorrendo entre as populações.

Introdução: Parques inseridos na malha urbana de grandes metrópoles possuem potencial para manter o ciclo biológico de diversas espécies vetoras de patógenos, como as espécies Culex quinquefasciatus e Culex nigripalpus. Consideradas antropofílicas, essas espécies têm importância epidemiológica e são abundantemente encontradas na cidade de São Paulo. Porém, pouco se sabe sobre as características genéticas dessas espécies em escala microgeográfica. Visando o melhor entendimento sobre a estrutura populacional dessas espécies, foi analisado os padrões da forma alar e a caracterização genética por marcadores de microssatélites, afim de se obter informações que contribuam para o entendimento da situação populacional desses vetores dentro do município. Objetivos: (1) Analisar a variabilidade da forma alar nas populações de Cx. quinquefasciatus e Cx. nigripalpus; (2) Analisar a variabilidade genética e o fluxo gênico nas mesmas populações; (3) Testar a funcionabilidade de primers desenvolvidos para regiões de microssatélites nas populações de Cx. nigripalpus. Material e Métodos: No total, foram estudadas cinco populações de Cx. quinquefasciatus e sete populações de Cx. nigripalpus, coletados em parques urbanos da cidade de São Paulo. Análises discriminantes, como variável canônica, teste de reclassificação cruzada e dendrograma de Neighbor-joining, utilizando os software Morpho J e Past, foram realizadas para a compreensão do formato e tamanho da asa direita nas populações. Em relação ao estudo da estruturação genética, foram testados 12 pares de primers de microssatélites em mosquitos Cx. quinquefasciatus e 33 pares de primers em mosquitos Cx. nigripalpus. Resultados: Análise da morfometria geométrica alar nas populações de Cx. quinquefasciatus demonstrou homogeneidade nos formatos alares, sendo um caracter preservado nessa espécie pela cidade, contudo, há tênues diferenças na população coletada em ambiente mais silvestre. O mesmo foi observado para as populações de Cx. nigripalpus, onde foi possível visualizar uma subestruturação na forma alar dentro da população Shangrilá. Dos primers testados, 12 amplificaram de forma consistente em todas as populações de Cx. quinquefasciatus e seis primers nas populações de Cx. nigripalpus. Os resultados encontrados sugerem que ambas as espécies possuem baixa estruturação genética, com fluxo gênico moderado entre as populações de Cx. quinquefasciatus e baixo entre as de Cx. nigripalpus, apresentando alto índice de heterozigosidade, onde as únicas populações que estão em expansão são as que foram coletadas em ambientes onde a urbanização está avançando. Discussão: Processos de urbanização, somados às mudanças causadas no ambiente, beneficiam e tendem a elevar a abundância dessas espécies em ambientes antropizados. A baixa estruturação genética e morfométrica das asas dessas espécies indicam a adaptação delas na cidade, havendo segregação devido à heterogeneidade do ambiente em que as populações se encontram. Conclusão: Evidências de baixa estruturação entre as populações e indícios de expansão em populações de ambientes mais silvestres indicam que essas espécies estão atreladas ao processo de urbanização da cidade de São Paulo / Introduction: Urban parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquitoes such as Culex quinquefasciatus and Culex nigripalpus, both are anthropophilic species with epidemiological importance and very abundant in São Paulo city. However, their genetics characteristics are poorly know. Aiming the better understanding of the population structure of these species in microregion, was evaluated the wing shape variation and selected microsatellite loci. In this way, the information obtained can contribute to the understanding of the population situation of these vectors in São Paulo city. Objectives: (1) To evaluate the wing shape variability in populations of Cx. quinquefasciatus and Cx.nigripalpus; (2) To evaluate the genetic variability and gene flow in the Cx. quinquefasciatus and Cx.nigripalpus populations (3) Test microsatellite markers functionality parameters in Cx. nigripalpus, previously used successfully in other Culex species. Material and Methods: Were studied, five populations of Cx. quinquefasciatus and seven population of Cx. nigripalpus collected in urban parks in São Paulo city. Discriminant analysis was made to evaluate the wing shape patterns, such as Canonical variate analysis, cross validated test and Neghbor-joninin dendrogram using Morpho J and Past softwares, were perfomed to understand the size and shape of the right wing in these populations. For the study of genetic structuring, there were tested 12 pairs of microsatellite loci in Cx. quinquefasciatus samples and 33 pairs of microsatellite loci in Cx. nigripalpus samples. Results: The wing shape patterns in Cx. quinquefasciatus population were homogeneous, showing a preserved character in this population, however, has been tenuous differences in the more sylvatic population. The same pattern was observed in Cx. nigripalpus populations and was observed substructuring in the Shangrilá population. From the tested primers, 12 were functional and amplified consistently in the all five Cx. quinquefasciatus population and for Cx. nigripalpus, six primers were amplified. The results suggest both species having low genetic structure, moderate gene flow and the only populations which are expading were collected in areas that the urbanization is increasing. Discussion: Urbanization processes added to the environmental changes benefit and tend to raise the abundance of these species in anthropized locals. The low genetic structure and alar morphometry indicates the adaptation of these species in São Paulo city, there being segregated due to the environment heterogeneity which the population inhabit. Conclusion: Evidence of low structure between populations studied and signs of expansion in populations of more sylvatic environments indicate that these species are linked to urbanization process

The diploma thesis deals with the determination and expansion of numerical structures for Cloven-hoofed game ie. for roe deer (Capreolus capreolus), red deer (Cervus elaphus), fallow deer (Dama dama), sika deer (Cervus nippon), white-tailed deer (Odocoileus virginianus), mouflon (Ovis musimon), chamois (Rupicapra rupicapra) and wild boar (Sus scrofa). The social structures of female game numbers for different sex ratios have been developed and can be used in different types of breeding. Based on the model cases performed, it has been confirmed that, with a limited number of individuals in the population, the number of youngsters and the number of adults decreases in nature at the sex ratio in favor of females due to spontaneous game reduction. As a result, the average age of adults is reduced, and younger years are getting into reproduction. Another negative aspect of this unbalanced sex ratio is the increase in cloven-hoofed game and related damage and intraspecific stress. In addition, for some game reserves, if the sex ratio is increased for males, there are problems of a similar character, which are being overcome by greater losses in heat fights. This creates additional economic damage. Model cases have shown and confirmed that, with a limited number of game and around a balanced gender ratio of 1:1 to about 1.2:1 in favor for males and 1:1.2 in favor for females, there are no problems with population control because it is predictable. Once the gender ratio is wider, basic problems arise and that is poorly breeding. These wider gender ratios are on one side and the other unnatural in nature and therefore carry many problems.

<p>Prouzrokovač pepelnice (Blumeria graminis f. sp. tritici) je stalni pratilac proizvodnje p&scaron;enice u agroekolo&scaron;kim uslovima Srbije. Sposobnost seksualne i aseksualne reprodukcije, kao i visok genetski protok patogena, čine da je prouzrokovač pepelnice genetski veoma divergentan, značajnog potencijala za adaptabilnost i promenu u virulentnosti populacije. Do sada je utvrđen znatan broj patotipova ovog patogena, dok se veliki broj konstantno stvara, te je efikasna otpornost p&scaron;enice kratkotrajne prirode. Rad na selekciji na otpornost p&scaron;enice prema prouzrokovaču pepelnice je važan zadatak oplemenjivačkih programa &scaron;irom sveta.&nbsp; Cilj istraživanja je bio utvrđivanje strukture virulentnosti populacije patogena B. graminis f. sp. tritici koja potiče sa teritorije Srbije, kao i dinamike njene promene tokom godina. U polnoj populaciji prouzrokovača pepelnice identifikovana je virulentnost prema svim genima p&scaron;enice za otpornost prema prouzrokovaču pepelnice (Pm geni), tokom ispitivanih godina i u svim ispitivanim lokalitetima. Utvrđene su statistički značajne razlike u virulentnosti gena patogena prema Pm genima domaćina, kao i linearni trend promene frekvencije virulentnosti gena polne populacije B. graminis f. sp. tritici. Najnižu frekvenciju virulentnosti u populaciji tokom ispitivanog perioda ispoljila je kombinacija gena V-5+6, dok je frekvencija virulentnih gena V-6 i V-7 gena bila na konstantno visokom nivou. Najznačajnija promena u populaciji je karakteristična za kombinaciju gena V-2+4b+6. U polnoj populaciji patogena u ispitivanom periodu nijedan izolat nije ispoljio virulentnost prema kombinaciji gena Pm17, Pm2+, Pm2+6 i Pm5+6. Klaster analizom utvrđen je visok stepen genetičkog diverziteta izolata u zavisnosti od godine. Analizom veze između gena avirulentnih lokusa utvrđena je pozitivna avirulentna veza između parova gena virulentnih prema Pm17 i Pm2+6, Pm2 i Pm2+; Pm2+ i Pm3a; Pm2+ i Pm1+2+9; Pm2+ i Pm2+4a+6; Pm3a i Pm8; Pm3a i Pm1+2+9; Pm3a i Pm2+6; Pm8 i Pm17; Pm17 i Pm1+2+9; Pm17 i Pm2+6 i parova gena</p><p><br /><br /><br /><br />Pm1+2+9 i Pm2+6. Piramiding ovih parova gena može biti dobra strategija za produžetak perioda efikasnosti otpornosti određene sorte. Najniža frekvencija virulentnosti polne populacije utvrđena je u lokalitetu Sremska Mitrovica. Najveći koeficijent genetičke udaljenosti utvrđen je između izolata koji potiču sa datog lokaliteta i izolata koji potiču sa ostalih ispitivanih lokaliteta. Između genetičke i geografske udaljenosti izolata prouzrokovača pepelnice za ispitivane lokalitete nije utvrđena statistički značajna linearna veza.&nbsp; Analiza strukture virulentnosti bespolne populacije ukazala je da komplekstnost patotipova prouzrokovača pepelnice raste sa porastom useva. Geni patogena za virulentnost prema genima Pm3a i Pm2+ nisu utvrđeni. Najvi&scaron;u frekvenciju virulentnosti imao je gen za virulentnost prema Mld genu za otpornost p&scaron;enice prema prouzrokovaču pepelnice. Statistički značajne korelacije su utvrđene između polne i bespolne populacije ispitivanog patogena. Istraživanja su imala za cilj i određivanje otpornosti genotipova p&scaron;enice koja je uslovljena promenom u populaciji prouzrokovača pepelnice. Visok nivo parcijalne otpornosti ispoljilo je sedam genotipova koji u svojoj genealogiji imaju roditelja sa kombinacijom gena Pm5+6, kao i kombinacijom gena&nbsp; Pm5+6 i Pm2+4b+6. Na osnovu ispitivanja strukture virulentnosti populacije prouzrokovača pepelnice smatra se da je kombinacija gena Pm5+6 nosioc otpornosti datih genotipova.</p> / <p>Powdery mildew (caused by Blumeria graminis f. sp. tritici) is the common disease of wheat in the agroecological conditions of Serbia. The ability of sexual and asexual reproduction, as well as a high genetic flow of this pathogen, make B. graminis f. sp. tritici genetically very divergent, with a significant potential for adaptability and change in the virulence of its population. So far, a large number of pathotypes of this pathogen have been identified, while a large number is constantly produced and effective resistance of wheat is short-termed. Improving wheat resistance to powdery mildew is an important task of breeding programs worldwide. The objective of this research was to determine and characterize the virulence structure of the B. graminis f. sp. tritici population that originate from the territory of Serbia, as well as the dynamics of its change over the years. During the examined period virulence of sexual stage of B. graminis f. sp. tritici population was identified for all wheat resistance genes (Pm genes) and in all investigated locations. Cluster analysis showed a high degree of genetic diversity of B. graminis f. sp. tritici isolates, depending on the year. Statistically significant differences were found between the virulence genes, as well as the linear trend of change in the virulence frequency of the genes during the investigated period. The lowest frequency of virulence in the population was found for the combination of the V-5+6 gene, while the frequency of the virulent genes V-6 and V-7 was at a consistently high level. The most significant change in the population was characteristic for the combination of the V-2+4b+6.&nbsp; Data were analyzed for associations among pairs of avirulence genes, and a positive avirulent relationship was established between the pairs of genes virulence to Pm17 and Pm2+6, Pm2 and Pm2 +; Pm2 + and Pm3a; Pm2 + and Pm1+2+9; Pm2+ and Pm2+4a+ 6; Pm3a and Pm8; Pm3a and Pm1+2+9; Pm3a and Pm2+6; Pm8 and Pm17; Pm17 and Pm1+2+9; Pm17 and Pm2 6 and gene pairs Pm1+2+9 and Pm2+6.</p><p><br /><br /><br /><br />Pyramiding these gene pairs can be a good strategy for extending the period of effectiveness of the resistance of a particular variety of wheat. The lowest frequency of virulence of the sexual stage of population was determined at the location of Sremska Mitrovica. The highest coefficient of genetic distances is established between isolates originating from a given location and isolates originating from other investigated locations. Between the genetic and geographical distance of B. graminis f. sp. tritici isolates a statistically significant linear relationship was not found. Virulence structure of the asexual population indicated that the complexity of the powdery mildew pathotypes grows with the crop growth. In this part of population the genes virulence to Pm3a and Pm2 + have not been found. The highest frequency of virulence had gene virulence to Mld resistance gene. Statistically significant correlations were found between the sexual and asexual population of the examined pathogen. The research was also aimed at determining the resistance of wheat genotypes to powdery mildew. High level of partial resistance was found in seven tested wheat genotypes whose parents have combination of the Pm5+6 gene, as well as a combination of the Pm5+6 and Pm2+4b+6 genes. Based on the study of the virulence structure of the powdery mildew population in this research, it is considered that the combination of the Pm5+6 gene is the carrier of the resistance of the given genotypes</p>

This thesis focus on the effect that selection has on the ancestry of a spatially structured population. In the absence of selection, the ancestry of a sample from the population behaves as a system of random walks that coalesce upon meeting. Backwards in time, each ancestral lineage jumps, at the time of its birth, to the location of its parent, and whenever two ancestral lineages have the same parent they jump to the same location and coalesce. Introducing selective forces to the evolution of a population translates into branching when we follow ancestral lineages, a by-product of biased sampling forwards in time. We study populations that evolve according to the Spatial Lambda-Fleming-Viot process with selection. In order to assess whether the picture under selection differs from the neutral case we must consider the timescale dictated by the neutral mutation rate Theta. Thus we look at the rescaled dual process with n=1/Theta. Our goal is to find a non-trivial rescaling limit for the system of branching and coalescing random walks that describe the ancestral process of a population. We show that the strength of selection (relative to the mutation rate) required to do so depends on the dimension; in one and two dimensions selection needs to be stronger in order to leave a detectable trace in the population. The main results in this thesis can be summarised as follows. In dimensions three and higher we take the selection coefficient to be proportional to 1/n, in dimension two we take it to be proportional to log(n)/n and finally, in dimension one we take the selection coefficient to be proportional to 1/sqrt(n). We then proceed to prove that in two and higher dimensions the ancestral process of a sample of the population converges to branching Brownian motion. In one dimension, provided we do not allow ancestral lineages to jump over each other, the ancestral process converges to a subset of the Brownian net. We also provide numerical results that show that the non-crossing restriction in one dimension cannot be lifted without a qualitative change in the behaviour of the process. Finally, through simulations, we study the rate of convergence in the two-dimensional case.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3006.pdf: 1341440 bytes, checksum: fae98217cd72e30df97045d459945022 (MD5) Previous issue date: 2010-03-03 / Universidade Federal de Minas Gerais / The situation of a population can only be assessed through demographic studies, considering its dynamics in terms of changes on fecundity, recruitment and mortality of individuals. Considering the peculiarities of the vegetation in State of Sao Paulo and the ability that some plant species have to occupy some of these different ecosystems, this study aims to assess the ecology of two populations of Tapirira guianensis Aubl. (Anacardiaceae), in the restinga located at the Parque Estadual da Ilha do Cardoso and in the cerrado at the Estação Ecológica de Assis. This project was carried out within the permanent plots of the project funded by Biota. There, were randomly allocated 50 plots of 20m x 20m (total area of 2 ha/environment) and all individuals of Tapirira guianensis found within these plots were identified and measured. Individuals were classified into ontogenetic stages in accordance with the Troll´s Model. We found allometric differences between the populations that might be related to the phenotypic plasticity to environmental variations. The population structure of T. guianensis was significantly different between restinga and cerrado (t-test, p <0.001). In the restinga, the structure shows the form of "j" reverse while in the cerrado, the population does not present this form of distribution. The difference between the populations is mainly due to the absence of seedlings in the cerrado. We found no differences between plant density and soil types, which suggest that T. guianensis is indifferent to soil caracteristics. The population growth rate indicated that both populations from restinga (&#955; = 0.96) and from cerrado (&#955; = 0.91) are close to 1.0, so these two populations seems to be in equilíbrium. However, we verified differences on demographic parameters between these populations. We suggest that variation between populations is related to phytogeographic conditions in restinga and cerrado, and to the interaction between various environmental factors. / A ecologia de uma população pode ser avaliada substancialmente por meio de um estudo demográfico, principalmente quando são realizados estudos da sua dinâmica, incluindo o acompanhamento da fecundidade dos indivíduos, recrutamento e taxa de mortalidade. Diante da peculiaridade das formações vegetais no Estado de São Paulo e do interessante ponto de vista de distribuição de ochloespecies, este trabalho tem o objetivo de avaliar a ecologia de duas populações de Tapirira guianensis Aubl. (Anacardiaceae), uma ocorrente em área de restinga, no Parque Estadual da Ilha do Cardoso e outra em área de cerradão, na Estação Ecológica de Assis. Este projeto foi desenvolvido dentro das parcelas do projeto temático Parcelas Permanentes - BIOTA/FAPESP. Foram sorteadas 50 parcelas de 20m x 20m (totalizando uma área de 2 ha/ambiente), dentro das quais todos os indivíduos foram individualizados e medidos trimestralmente. Estabelecemos a estrutura da população por estádios ontogenéticos de acordo com o Modelo de Troll. Encontramos diferenças nas relações alométricas das populações, relacionadas com plasticidade fenotípica nos diferentes ambientes. Encontramos diferenças para a estrutura de população de T. guianensis na restinga e cerradão (t-test, p<0.001). A população de T. guianensis da restinga apresenta forma de j invertido , diferentemente da população de cerradão, que não apresenta esta distribuição na forma de j invertido . A diferença entre as populações está principalmente na ausência de plântulas no cerradão. A taxa de crescimento populacional indicou que tanto as populações da restinga (&#955; = 0.96) quanto as do cerradão (&#955; =0.91) apresentam valores próximos de 1, portanto, estando as duas populações em estase. A dinâmica das populações de T. guianensis apresenta diferenças na restinga e cerradão estudados. Embora as taxas de crescimento populacionais sejam similares para as duas populações, as estratégias de crescimento são diferentes nos dois ambientes. Enquanto a população de T. guianensis que ocorre na restinga prioriza a sobrevivência, a população de T. guianensis no cerradão investe mais em crescimento. Portanto, podemos reconhecer diferenças nos parâmetros demográficos que compõem a dinâmica das populações de T. guianensis em diferentes ambientes. Este resultado, assim, pode demostrar a ocorrencia de plasticidade fenotipica em nível populacional para esta espécie, á partir do uso de estratégias diferenciadas de crescimento em ambientes diferentes de forma a alcançar estabilidade.