Fatty acid binding proteins (FABPs) are a family of proteins involved in the transport of a wide variety of hydrophobic molecules within the cytosol of cells. Tissues with high levels of fatty acid (FA) metabolism such as adipocytes, intestine and liver have a correspondingly high levels of FABPs which correlate to the rate of cellular FA uptake and utilization. Moreover, many of the 11 FABP family members are mainly expressed in a tissue specific manner. For example, FABP6 is predominantly expressed in adult animals in the ileum where it is involved in intracellular transport of bile acids, however it has also been identified in the steroid hormone producing cells of the ovary and adrenal glands in mammals and zebrafish where it may participate in steroid metabolism. Since very few studies have been conducted in aves, the objective of the present study was to determine the tissue and cell specific distribution of FABP6 transcripts and protein through the use of PCR, sequence verification, immunoblotting, and immunohistochemical staining approaches in both female and male chickens and turkey embryos. The purpose of this study is to compose a comparative analysis between FABP6 gene expression in mammals and poultry, and identify the similarities between bile acid and steroid hormone metabolism that may further identify the role of this protein in cellular physiology. Unlike mammals, FABP6 was not restricted to the distal region of the small intestine, but rather distributed across the intestine with a significant abundance in the ileum in the embryo, broilers, and layers. This was confirmed by immunohistochemical images that have a high reactivity of FABP6 in the epithelium of the ileum, with lower quantities found in the duodenum. This study is the first to identify the presence of FABP6 mRNA and protein in the testis, supporting the proposed overlapping function of FABP6 in bile acid and steroid hormone metabolism. Furthermore, FABP6 was examined in various stages of follicular development, being identified in all phases of follicular development, with the greatest abundance in the small yellow follicles. In mammals, FABP6 was identified strictly in the progesterone producing cells of the luteum; while in chickens FABP6 is found in both the granulosa and theca cells that are not limited to progesterone production. / Les protéines de liaison des acides gras (FAPBs) sont une famille de protéines impliquées dans le transport d'une grande variété de molécules hydrophobes dans le cytosol des cellules. Les tissus avec des niveaux élevés d'acides gras (AG) du métabolisme tels que les adipocytes, l'intestin et le foie ont un niveau élevé de FABPs qui sont en corrélation avec le taux important d'absorption cellulaire et d'utilisation de FA. De plus, plusieurs des 11 membres de la famille FABP sont principalement exprimés dans un tissu spécifique. Par exemple, FABP6 est principalement exprimé chez les animaux adultes au niveau de l'iléon, où il est impliqué dans le transport intracellulaire des acides biliaires, mais il a également été identifié dans les cellules de l'ovaire et des glandes surrénales chez les mammifères et chez les poissons zèbres où il peut participer dans le métabolisme des stéroïdes. Étant donné le petit nombre d'études qui ont été menées chez Aves, l'objectif de la présente étude était de déterminer le tissu et la distribution de cellules spécifiques des transcrits de FABP6 et des protéines grâce à l'utilisation de la PCR, de la vérification séquentielle, de l'immunoblot et des approches à la fois dans la coloration immunohistochimique dans des embryons féminins et masculins de poulets et de dindes. Le but de cette étude est de composer une analyse comparative entre l'expression des gènes FABP6 chez les mammifères et chez la volaille, et d'identifier les similitudes entre les acides biliaires et le métabolisme des hormones stéroïdiennes qui peuvent également préciser le rôle de cette protéine dans la physiologie cellulaire. Contrairement aux mammifères, FABP6 n'était pas limitée à la région distale de l'intestin grêle, mais plutôt répartis dans l'intestin avec une abondance significative dans l'iléon dans l'embryon, les poulets de chair, et les couches. Cela a été confirmé par des images immunohistochimiques qui ont une forte réactivité de FABP6 dans l'épithélium de l'iléon, avec des quantités plus faibles dans le duodénum. Cette étude est la première à identifier la présence d'ARNm de FABP6 ainsi que celle de la protéine dans le testicule, en soutenant la fonction proposée dans le chevauchement des acides biliaires FABP6 et du métabolisme des hormones stéroïdes. Par ailleurs, FABP6 a été examiné à divers stades de développement folliculaire et a été identifié dans toutes les phases du développement folliculaire, avec la plus grande abondance dans les petits follicules jaunes. Chez les mammifères, FABP6 a été strictement identifié dans les cellules du corps jaune produisant la progestérone, tandis que chez les poulets, FABP6 se trouve dans les cellules de la granulosa et de la thèque qui ne sont pas limités à la production de progestérone.

The first part of the thesis discusses about the fatty acid composition of bovine milk fat. One morning milk sample was collected from each of 3185 dairy cows between February and June 2010 from 52 commercial herds enrolled in the Quebec Dairy Production Centre of Expertise, Valacta. Individual fatty acid percentages (g/100g of total fatty acids) were determined for each sample by gas chromatography. After necessary editing, final data included 2573 cows representing 46 herds. The objectives of the first study were to study the effects of parity, age at calving and stage of lactation on fatty acid composition of milk of Canadian Holsteins. The model included the fixed effects of parity, age at calving and stage of lactation nested within parity and random effects of herd-year-season of calving and residual. The mixed model was fitted using restricted maximum likelihood (REML) methodology. Parity of cow was significantly (P < 0.05) related to the variation in most fatty acids in milk fat. First parity cows had relatively higher proportions of some beneficial fatty acids and lower proportions of potentially harmful saturated fatty acids as compared to later parity cows. Stage of lactation significantly affected fatty acid composition of cows. The short and medium chain fatty acids were low in the beginning of lactation and increased during the early part of lactation, whereas, an opposite trend was observed for long chain fatty acids. The objective of the second study was to estimate heritabilities of and genetic and phenotypic correlations among fatty acids in milk of Canadian Holsteins using fatty acid data from the first study. Genetic parameters were estimated using multitrait animal models fitted under REML. The estimates of heritability ranged from 0.01 to 0.39 with standard errors ranging from 0.01 to 0.06. Generally, monounsaturated (0.20 to 0.39) and saturated fatty acids (0.02 to 0.34) showed higher heritability estimates than polyunsaturated fatty acids (0.01 to 0.21) and trans fatty acids (0.01 to 0.05). Overall, saturated fatty acids were negatively genetically correlated with monounsaturated and polyunsaturated fatty acids. Most of the genetic correlation estimates between monounsaturated and polyunsaturated fatty acids were positive. In order to change milk fat composition in a desirable direction, selection for one or more monounsaturated fatty acids may be more effective than selection against saturated fatty acids.The objective of the third study (Part 2 of thesis) was to estimate genetic correlations between feed intake and type traits with a view to considering the potential of indirect genetic selection for feed intake using type traits in dairy cattle. Feed intake data on 119388 first lactation Holstein cows were obtained from the Quebec Dairy Production Centre of Expertise, Valacta. The two trait animal models were fitted under restricted maximum likelihood (REML). Estimates of heritabilities ± standard errors for DMI, NELI and CPI were 0.12 ± 0.01, 0.13 ± 0.01 and 0.13 ± 0.01, respectively. Estimates of heritabilities ± standard errors of dairy strength, angularity, body depth, stature and final score were 0.31 ± 0.01, 0.24 ± 0.01, 0.30 ± 0.01, 0.50 ± 0.01 and 0.22 ± 0.01, respectively. All phenotypic and genetic correlation estimates between feed intake and type traits were positive. Angularity showed the highest genetic correlation estimates with feed intake traits (0.60 to 0.65) followed by dairy strength (0.48 to 0.54), stature and body depth (0.29 to 0.36) with all three feed intake traits. Angularity, dairy strength, stature and body depth may be useful for indirect selection of feed intake traits in dairy cattle. / La première partie du mémoire traite sur la composition en acides gras de la matière grasse du lait de bovins. Un échantillon de lait du matin a été recueilli de chacune des 3185 vaches laitières entre Février et Juin 2010 à partir de 52 troupeaux commerciaux inscrits dans le Centre d'Expertise de Production Laitière du Québec, de Valacta. Pourcentages individuels d'acides gras (g/100 g d'acides gras totaux) ont été déterminées pour chaque échantillon par chromatographie de phase gazeuse. Après l'édition de l'information, les données finales ont inclus 2573 vaches représentant 46 troupeaux. Les objectifs du premier étude on été d'étudier les effets de la parité, l'âge au vêlage et le stade de lactation sur la composition en acides gras du lait de vaches Holstein canadiennes. La parité de la vache a été significativement (P <0,05) liée à la variation dans la plupart des acides gras dans la graisse du lait. Vaches primipares ont des proportions relativement élevées de certains acides gras bénéfiques et de plus faibles proportions de potentiellement dangereux comme les acides gras saturés par rapport aux vaches de parité plus tard. Le stade de lactation a significativement affectée la composition en acides gras du lait des vaches. Les acides gras à chaîne courte et moyenne ont été faibles au début de la lactation et ont augmenté au cours de la première partie de la lactation, alors qu'une tendance inverse a été observée pour les acides gras à chaîne longue.L'objectif du second étude a été d'estimer l'héritabilité de et les corrélations génétiques et phénotypiques entre les acides gras dans le lait de vaches Holstein canadiennes en utilisant des données d'acides gras du premier étude. Les paramètres génétiques ont été estimés en utilisant des modèles animaux plusieurs caractéristiques montés sous REML. Les estimations de l'héritabilité variaient de 0,01 à 0,39 avec une erreur standard allant de 0,01 à 0,06. En règle générale, acides gras mono insaturés (0,20 à 0,39) et acides gras saturés (0,02 à 0,34) ont montré des estimations d'héritabilité plus élevés que les acides gras polyinsaturés (0,01 à 0,21) et les acides gras trans (0,01 à 0,05). Dans l'ensemble, les acides gras saturés ont été négativement corrélée génétiquement avec acides gras mono insaturés et polyinsaturés. La plupart des estimations de corrélation génétique entre mono insaturés et polyinsaturés acides gras ont été positifs. Afin de modifier la composition en matières grasses laitières dans une direction souhaitable, la sélection pour un ou plusieurs acides gras mono insaturés peut être plus efficace que la sélection contre les acides gras saturés.L'objectif du troisième étude (Partie 2 de la thèse) était d'estimer les corrélations génétiques entre la consommation alimentaire et les traits de type avec une vue d'examiner le potentiel de la sélection génétique indirecte sur la consommation alimentaire en utilisant les caractères propres des bovins laitiers. Les modèles ont été ajustés au titre du REML. Les estimations d'héritabilité ± erreurs standards pour DMI, NELI et de l'CPI était de 0,12 ± 0,01, 0,13 ± 0,01 et 0,13 ± 0,01, respectivement. Les estimations d'héritabilité ± erreurs standards de la force laitière, angularité, la profondeur du corps, la stature et le score final était de 0,31 ± 0,01, 0,24 ± 0,01, 0,30 ± 0,01, 0,50 ± 0.01and 0,22 ± 0,01, respectivement. Toutes les estimations de corrélation phénotypiques et génétiques entre la prise alimentaire et les traits de type ont été positifs. Angularité montré les estimations les plus élevées de corrélation génétiques avec les traits ingestion (0,60 à 0,65), suivie par la force des produits laitiers (0,48 à 0,54), la stature et la profondeur du corps (0,29 à 0,36) avec les trois traits ingestion d'aliments. Profondeur Angularité, puissance laitière, la stature et le corps peut être utile pour la sélection indirecte des traits ingestion chez les vaches laitières.

A large dataset of test-day milk records for cows having calved between January 2000 and May 2007, was obtained from the Quebec Dairy Herd Improvement Programme, Valacta, Quebec, Canada. This dataset contained 919,814 test-day milk yield records from 45520 Ayrshire cows on 956 dairy farms, 133,690 records from 7493 Jersey cows on 910 dairy farms, and 118,996 records from 5693 Brown Swiss on 476 dairy farms. Test-day records from the first three parities after editing served in the estimation of genetic parameters using a Restricted Maximum Likelihood method. The genetic parameters of six milk yield traits — milk, fat, lactose and protein yields, somatic cell score, and milk urea nitrogen (MUN) — were estimated using various random regression test-day models in the first three parities separately. Random regression test-day animal models for a single trait with Legendre polynomials of 2nd to 4th order and the Wilmink function with an exponential term of 0.01 to 0.09 with a step size of 0.02 were used for the estimation of daily heritability of the traits. Bivariate random regression test-day animal models with Legendre polynomials as regression coefficients served to estimate genetic and permanent environmental correlations among the milk yield traits. Single-trait random regression models were compared using BIC, AIC, residual sum of squares and mean absolute error. The models using Legendre polynomials for the fixed and random effects were among the best models; the Wilmink function resulted in unrealistic heritability estimates for some of the traits. For Ayrshire cows, mean heritability estimates were 0.39, 0.30 and 0.41 for MUN and 0.39, 0.20 and 0.33 for lactose yield, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. For Brown Swiss cows, mean heritability estimates were 0.28, 0.26 and 0.13 for MUN, and 0.30, 0.20 and 0.42 for lactose yields, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. Likewise, for Jersey cows, mean heritability estimates were 0.26, 0.20 and 0.14 for MUN, and 0.42, 0.51 and 0.12 for lactose yield, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. The largest heritability estimates were obtained for the Ayrshire breed in the first parity and the lowest estimates were obtained for the Jersey and Brown Swiss breeds, particularly in the later parities. Genetic correlations of MUN with other yield traits were negative and near zero in the 1st parity for Ayrshire cows, with the exception of SCS, where the genetic correlation was positive and near zero. In the 2nd parity the genetic correlations of MUN with other yield traits were positive and low. In the 3rd parity the genetic correlations of MUN with other yield traits were positive and low, except the genetic correlations with SCS, which was positive and moderate. The genetic and permanent environmental correlations between MUN and other yield traits were close to zero. The genetic and permanent environmental correlations among milk fat, protein and lactose yields were positive and high in the first three parities for the three breeds. The genetic correlation and permanent environment correlation between SCS and all other traits were negative and moderate to high except in the 1st and 2nd parity for the Jersey breed, where genetic correlations between MUN and SCS were positive and near zero. / Le Programme d'analyse des troupeaux laitiers du Québec (Valacta, Québec, Canada) a fourni une imposante base de données de relevées laitiers au jour du contrôle pour des vaches ayant vêlé entre janvier 2000 et mai 2007. Cette base de données contenait 919,814 relevées de production laitière au jour du contrôle provenant de 45520 vaches de race Ayrshire sur 956 fermes laitières, 133,690 relevés provenant de 7493 vaches de race Jersey sur 910 fermes laitières, et 118,996 relevés de 5693 vaches de race Suisse Brune sur 476 fermes laitières. Les relevées au jour du contrôle pour les trois premiers rangs de vêlage une fois édités servirent à faire l'estimation de paramètres génétiques grâce à une méthode de maximum de vraisemblance restreint. Pour chacun des trois premiers rangs de vêlage, les paramètres génétiques de six caractères laitiers, soit le rendement en lait, gras, lactose, et protéine totale, la cote de cellules somatiques et la teneur en azote uréique (TAU), furent estimés à l'aide de divers modèles de régression aléatoire de jour du contrôle. Des modèles de régression aléatoire, utilisant des polynômes de Legendre de 2e à 4e ordre ou une fonction Wilmink avec un terme exponentiel variant de ¬-0.01 to -0.09 en pas de 0.02, servirent à l'estimation des niveaux d'héritabilité quotidiens de chacun de ces caractères. Des modèles de régression aléatoire à deux variables de jour du contrôle pour animaux avec polynômes de Legendre comme coefficients de régression, servirent à l'estimation des corrélations génétiques et environnementales entre les caractères du rendement laitiers. L'exactitude des modèles de régression aléatoire à simple variable furent comparés selon le critère d'information Bayésien (CIB), le critère d'information de Akaike (CIA), la somme des carrés résiduelle, et l'erreur absolue moyenne. Les modèles utilisant les polynômes de Legendre pour les effets fixes et aléatoires furent parmi les meilleurs, tandis que pour certains caractères la fonction Wilmink mena à des estimées irréalistes de l'héritabilité. Pour les vaches de race Ayrshire cows, les héritabilités estimées moyennes furent de 0.39, 0.30 et 0.41 pour la TAU et de 0.39, 0.20 et 0.33 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. Pour les vaches de race Suisse Brune estimées moyennes furent de 0.28, 0.26 et 0.13 pour la TAU, et 0.30, 0.20 et 0.42 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. De façon semblable, pour les vaches de race Jersey, les héritabilités estimées moyennes furent de 0.26, 0.20 et 0.14 pour la TAU, et 0.42, 0.51 et 0.12 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. À l'exception faite de la cote de cellules somatiques, avec laquelle la corrélation génétique était très petite mais positive, des corrélations génétiques négatives mais proches de zéro existèrent entre la TAU et les autres caractères du rendement pour le 1e rang de vêlage des vaches de la race Ayrshire. Pour les 2e et 3e rangs de vêlage les corrélations génétiques furent petites et positives, à l'exception de celles pour la cote de cellules somatiques au 3e rang de vêlage, où la corrélation génétique était positive et modérée. Donc, en général, la corrélation génétique et la corrélation environnementale entre la TAU et les autres caractères de rendement furent proches de zéro. Ces mêmes corrélations furent positives et élevées entre le rendement en gras, protéine et lactose du lait pour les trois premiers rangs de vêlage des trois races. A l'exception du 1e et 2e rang de vêlage de la race Jersey où les corrélations entre la TAU et la cote de cellules somatiques s'avérèrent positifs mais proches de zéro, les corrélations entre la cote de cellules somatiques et les autres caractères s'avérèrent négatifs, variant de modéré à élevé.

The cost of artificial lighting is a major expense in the greenhouse production industry, especially during the winter where supplemental lighting is required to maintain production. Current technology uses broad spectrum high pressure sodium lamps (HPS), which, despite being excellent luminous sources, are not the most efficient light source for plant production. Specific light frequencies have been shown to impact photosynthesis more directly than others (especially in the red and blue ranges); focusing on specific wavelengths, light-emitting diodes (LEDs) could diminish lighting costs due to their high efficiency and lower operating temperatures. LEDs can be selected to target the wavelengths absorbed by plants, enabling the growers to customize the wavelengths of light required to maximize production and limit wavelengths that do not significantly impact plant growth. The primary purpose of this experiment was to test tomato plants (Solanum lycopersicum), in a research greenhouse using a full factorial design with three light intensities (High: 135 µmol m-2 s-1, Medium: 115 µmol m-2 s-1 and Low: 100 µmol m-2 s-1) at three red to blue ratio levels (5:1, 10:1 and 19:1) compared to 100% HPS, and a control (no supplemental lighting). The exact wavelengths chosen were 449 nm for the blue and 661 nm for the red. Secondary treatments were also tested using 100% red light supplied from the top, 100% red light supplied from the bottom, a 50%:50% LED:HPS and a replicate of the 10:1 ratio with High light intensity. The experiment was replicated over two different seasons (Summer-Fall 2011 and Winter-Spring 2011-2012). During the experiment, the highest biomass production (excluding fruit) occurred with the 19:1 ratio (red to blue), with increasing intensity resulting in more growth, whereas a higher fruit production was obtained using the 5:1 ratio. The highest marketable fruit production (fruit over 90 g, Savoura internal standard) was the 50%:50% LED:HPS, followed by 5:1 High and 19:1 High. From this research, LEDs have been shown to be superior in fruit production over HPS alone, and LEDs can improve tomato fruit production with HPS and have the ability to become the dominant supplemental greenhouse lighting system. / Le coût de l'éclairage artificiel est une dépense importante dans le secteur de la production en serre, surtout en hiver lorsqu'un éclairage supplémentaire est nécessaire pour maintenir le niveau de production. La technologie actuelle utilise des lampes à haute pression de sodium (HPS), qui en dépit d'être d'excellentes sources lumineuses, ne sont pas les sources lumineuses les plus efficaces pour la production végétale. Certaines fréquences spécifiques de lumière ont montré avoir un impact plus direct sur la photosynthèse que d'autres (en particulier dans les gammes de rouge et de bleu); en mettant l'accent sur certaines longueurs d'onde, les diodes électroluminescentes (LED) pourraient diminuer les coûts d'éclairage, en raison du rendement élevé et des températures plus basses de ce type de lampe. Les LED peuvent cibler les principales fréquences de lumière mieux absorbées par les plantes, ce qui permettrait aux producteurs de créer une lumière aux longueurs d'onde adaptées à la production optimale des plantes. Le principal objectif de cette expérience était de tester les lampes sur des plants de tomate (Solanum lycopersicum) dans une serre de recherche en utilisant un plan factoriel complet avec trois intensités lumineuses (Haute: 135 μmol m-2 s-1, Moyenne: 115 μmol m-2 s-1 et Basse: 100 μmol m-2 s-1) et trois proportions de rouge et bleu (5:1, 10:1 et19: 1), et comparer leur performance à celle de 100% HPS, et d'un contrôle (pas d'éclairage supplémentaire). Les longueurs d'onde choisies sont 449 nm (bleu) et 661 nm (rouge). Certains traitements secondaires ont également été testés, dont 100% rouge (éclairage par le haut ou le bas), un 50%:50% LED:HPS et une reproduction du 10:1 à haute intensité. L'expérience a été menée au cours de deux saisons différentes (été-automne et hiver-printemps). La production végétative la plus importante s'est produite avec le rapport 19:1 (rouge : bleu). La production de fruits était la plus élevé avec le rapport 5:1. La production en fruits commercialisables la plus importante (fruits de 90 g et plus : étalon interne de Savoura) a été pour le 50%:50% LED:HPS, suivi du 5:1 et 19:1 à haute intensité. Les LED se sont montrés supérieures aux HPS quant à la production de tomates.

This thesis addresses the City of Detroit`s transformation from a thriving center of trade and commerce to its present abandoned state. Due to the decentralization of industry and massive suburbanization since the 1950s, Detroit presently resembles a ‘middle landscape,’ somewhere between urban and rural. This thesis proposes an urban design strategy for Detroit that mediates between nature and culture, through the vehicle of a design for a new technical college campus. First, investigation into the ‘zone of in?uence’ explores the city`s present conditions including its infrastructure, buildings, and its current relationship with the natural environment. Secondly, the ‘zone of control’ proposes a new urban typology that is appropriate to the proposed college institution. Lastly, this thesis considers the ‘zone of effect,’ which displays the in?uence the proposed campus could have in promoting land development in the city`s residential areas, Eastern Market District, and Rivertown Warehouse District along the Detroit River waterfront.

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