Introdução: a cromoblastomicose (CBM) é uma micose subcutânea causada por fungos melanizados de vários gêneros. Alternativas para identificação das espécies causadoras de CBM utilizando Espectroscopia no Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR) foi avaliada somente para o gênero Exophiala. Os testes de suscetibilidade aos antifúngicos não foram realizados para algumas espécies de agentes da CBM, sendo importante essa determinação para auxiliar na escolha adequada do tratamento. Embora o conhecimento de que a melanina tenha ação contra radicais livres oxidantes, poucos estudos exploraram o tema e somente o gênero Fonsecaea foi avaliado, utilizando baixo número de isolados. Objetivo: propor identificação dos agentes da CBM por FTIR e avaliar o perfil das diferentes espécies na resposta aos antifúngicos. Além disso, quantificar a melanina e avaliar a influência da mesma na sobrevivência dos isolados após estresse oxidativo e na suscetibilidade aos antifúngicos. Métodos: foram utilizados até 78 isolados clínicos em cada experimento. Para FTIR, a aquisição dos espectros de 4000-650 nm foi realizada a partir de técnica proposta; O teste de suscetibilidade a seis antifúngicos e o ensaio de estresse oxidativo frente ao peróxido de hidrogênio (H2O2) foram realizados com os isolados pareados (com e sem inibidor de melanina - triciclazol); A melanina foi extraída pelo método álcali-ácida e quantificada por gravimetria. Resultados: o modelo proposto de identificação por FTIR teve alto coeficiente de determinação e baixo erro da linha de tendência e validação cruzada obtidas. Terbinafina foi o antifúngico que apresentou menores concentrações inibitórias mínimas (CIMs) contra gêneros Fonsecaea, Phialophora e duas espécies de Rhinocladiella. Já anfotericina B e itraconazol apresentaram as CIMs mais elevadas. Além disso, outras diferenças entre gêneros e espécies foram observadas; gênero Rhinocladiella, quando a melanina não está inibida, mostrou maior sensibilidade ao estresse causado por H2O2 do que Phialophora e Fonsecaea, enquanto que os dois últimos foram os mais resistentes ao estresse oxidativo. Ao passo de que a quantidade de melanina extraída de Rhinocladiella foi significativamente menor do que Phialophora e Fonsecaea. Conclusão: Foi proposto um modelo que apresentou alta capacidade de classificar as 13 espécies de agentes causadores de CBM. A identificação e o teste de suscetibilidade aos antifúngicos nas práticas clínicas são importantes para auxiliar no tratamento. Além disso, os estudos que avaliaram a relação com melanina, tanto quantificação, estresse oxidativo e relação com antifúngicos comprovam, em agentes da CBM, o fator protetor da melanina frente a agressões externas sofridas por determinados gêneros e espécies, agressões estas relacionadas ao ambiente e ao hospedeiro. / Background: chromoblastomycosis (CBM) is a subcutaneous mycosis caused by melanized fungi of several genera. Alternative for species identification using Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) was evaluated only for the genus Exophiala. The testing of antifungal susceptibity was not evaluated for some species of CBM agents, and this determination is important to aid in the appropriate choice of treatment. Although the knowledge that melanin has an action against oxidative radicals, few studies have explored the subject and only the genus Fonsecaea has been evaluated, using a low number of isolates. Objective: to propose identification of the CBM agents by FTIR and to evaluate the profile of the different species in the response to antifungals. Furthermore, to quantify the melanin and to evaluate its influence in the survival of the isolates after oxidative stress and the susceptibility to the antifungals. Methods: up to 78 clinical isolates were used in each experiment. For FTIR, the acquisition of the 4000-650 nm spectra was performed using a proposed technique; The susceptibility test using six antifungal agents and the oxidative stress test using hydrogen peroxide (H2O2) were performed with the isolates in paired form (with and without melanin inhibitor - tricyclazole); The melanin was extracted by the alkali-acid method and quantified by gravimetry. Results: the proposed FTIR identification model had a high coefficient of determination and a low error of the trend line and cross-validation obtained. Terbinafine was the antifungal that presented smaller minimum inhibitory concentrations (MICs) against genera Fonsecaea, Phialophora and two species of Rhinocladiella. While amphotericin B and itraconazole had the highest MICs. In addition, other differences between genera and species were observed; Genus Rhinocladiella, when melanin is not inhibited, showed greater sensitivity to stress caused by H2O2 than Phialophora and Fonsecaea, while the last two genera were the most resistant to oxidative stress. Moreover, the amount of melanin extracted from Rhinocladiella was significantly lower than Phialophora and Fonsecaea. Conclusion: a model that presented high capacity to classify the 13 species of CBM agents was proposed. Identification and testing of antifungal susceptibility in clinical settings are important to aid in treatment. Furthermore, the studies that evaluated the relationship with melanin, both quantification, oxidative stress and relation with antifungals demonstrate, in CBM agents, the protective factor of melanin against external aggressions of environmental and host suffered by certain genera and species.

Introdução: a cromoblastomicose (CBM) é uma micose subcutânea causada por fungos melanizados de vários gêneros. Alternativas para identificação das espécies causadoras de CBM utilizando Espectroscopia no Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR) foi avaliada somente para o gênero Exophiala. Os testes de suscetibilidade aos antifúngicos não foram realizados para algumas espécies de agentes da CBM, sendo importante essa determinação para auxiliar na escolha adequada do tratamento. Embora o conhecimento de que a melanina tenha ação contra radicais livres oxidantes, poucos estudos exploraram o tema e somente o gênero Fonsecaea foi avaliado, utilizando baixo número de isolados. Objetivo: propor identificação dos agentes da CBM por FTIR e avaliar o perfil das diferentes espécies na resposta aos antifúngicos. Além disso, quantificar a melanina e avaliar a influência da mesma na sobrevivência dos isolados após estresse oxidativo e na suscetibilidade aos antifúngicos. Métodos: foram utilizados até 78 isolados clínicos em cada experimento. Para FTIR, a aquisição dos espectros de 4000-650 nm foi realizada a partir de técnica proposta; O teste de suscetibilidade a seis antifúngicos e o ensaio de estresse oxidativo frente ao peróxido de hidrogênio (H2O2) foram realizados com os isolados pareados (com e sem inibidor de melanina - triciclazol); A melanina foi extraída pelo método álcali-ácida e quantificada por gravimetria. Resultados: o modelo proposto de identificação por FTIR teve alto coeficiente de determinação e baixo erro da linha de tendência e validação cruzada obtidas. Terbinafina foi o antifúngico que apresentou menores concentrações inibitórias mínimas (CIMs) contra gêneros Fonsecaea, Phialophora e duas espécies de Rhinocladiella. Já anfotericina B e itraconazol apresentaram as CIMs mais elevadas. Além disso, outras diferenças entre gêneros e espécies foram observadas; gênero Rhinocladiella, quando a melanina não está inibida, mostrou maior sensibilidade ao estresse causado por H2O2 do que Phialophora e Fonsecaea, enquanto que os dois últimos foram os mais resistentes ao estresse oxidativo. Ao passo de que a quantidade de melanina extraída de Rhinocladiella foi significativamente menor do que Phialophora e Fonsecaea. Conclusão: Foi proposto um modelo que apresentou alta capacidade de classificar as 13 espécies de agentes causadores de CBM. A identificação e o teste de suscetibilidade aos antifúngicos nas práticas clínicas são importantes para auxiliar no tratamento. Além disso, os estudos que avaliaram a relação com melanina, tanto quantificação, estresse oxidativo e relação com antifúngicos comprovam, em agentes da CBM, o fator protetor da melanina frente a agressões externas sofridas por determinados gêneros e espécies, agressões estas relacionadas ao ambiente e ao hospedeiro. / Background: chromoblastomycosis (CBM) is a subcutaneous mycosis caused by melanized fungi of several genera. Alternative for species identification using Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) was evaluated only for the genus Exophiala. The testing of antifungal susceptibity was not evaluated for some species of CBM agents, and this determination is important to aid in the appropriate choice of treatment. Although the knowledge that melanin has an action against oxidative radicals, few studies have explored the subject and only the genus Fonsecaea has been evaluated, using a low number of isolates. Objective: to propose identification of the CBM agents by FTIR and to evaluate the profile of the different species in the response to antifungals. Furthermore, to quantify the melanin and to evaluate its influence in the survival of the isolates after oxidative stress and the susceptibility to the antifungals. Methods: up to 78 clinical isolates were used in each experiment. For FTIR, the acquisition of the 4000-650 nm spectra was performed using a proposed technique; The susceptibility test using six antifungal agents and the oxidative stress test using hydrogen peroxide (H2O2) were performed with the isolates in paired form (with and without melanin inhibitor - tricyclazole); The melanin was extracted by the alkali-acid method and quantified by gravimetry. Results: the proposed FTIR identification model had a high coefficient of determination and a low error of the trend line and cross-validation obtained. Terbinafine was the antifungal that presented smaller minimum inhibitory concentrations (MICs) against genera Fonsecaea, Phialophora and two species of Rhinocladiella. While amphotericin B and itraconazole had the highest MICs. In addition, other differences between genera and species were observed; Genus Rhinocladiella, when melanin is not inhibited, showed greater sensitivity to stress caused by H2O2 than Phialophora and Fonsecaea, while the last two genera were the most resistant to oxidative stress. Moreover, the amount of melanin extracted from Rhinocladiella was significantly lower than Phialophora and Fonsecaea. Conclusion: a model that presented high capacity to classify the 13 species of CBM agents was proposed. Identification and testing of antifungal susceptibility in clinical settings are important to aid in treatment. Furthermore, the studies that evaluated the relationship with melanin, both quantification, oxidative stress and relation with antifungals demonstrate, in CBM agents, the protective factor of melanin against external aggressions of environmental and host suffered by certain genera and species.

Introdução: a cromoblastomicose (CBM) é uma micose subcutânea causada por fungos melanizados de vários gêneros. Alternativas para identificação das espécies causadoras de CBM utilizando Espectroscopia no Infravermelho com Transformada de Fourier (FTIR) foi avaliada somente para o gênero Exophiala. Os testes de suscetibilidade aos antifúngicos não foram realizados para algumas espécies de agentes da CBM, sendo importante essa determinação para auxiliar na escolha adequada do tratamento. Embora o conhecimento de que a melanina tenha ação contra radicais livres oxidantes, poucos estudos exploraram o tema e somente o gênero Fonsecaea foi avaliado, utilizando baixo número de isolados. Objetivo: propor identificação dos agentes da CBM por FTIR e avaliar o perfil das diferentes espécies na resposta aos antifúngicos. Além disso, quantificar a melanina e avaliar a influência da mesma na sobrevivência dos isolados após estresse oxidativo e na suscetibilidade aos antifúngicos. Métodos: foram utilizados até 78 isolados clínicos em cada experimento. Para FTIR, a aquisição dos espectros de 4000-650 nm foi realizada a partir de técnica proposta; O teste de suscetibilidade a seis antifúngicos e o ensaio de estresse oxidativo frente ao peróxido de hidrogênio (H2O2) foram realizados com os isolados pareados (com e sem inibidor de melanina - triciclazol); A melanina foi extraída pelo método álcali-ácida e quantificada por gravimetria. Resultados: o modelo proposto de identificação por FTIR teve alto coeficiente de determinação e baixo erro da linha de tendência e validação cruzada obtidas. Terbinafina foi o antifúngico que apresentou menores concentrações inibitórias mínimas (CIMs) contra gêneros Fonsecaea, Phialophora e duas espécies de Rhinocladiella. Já anfotericina B e itraconazol apresentaram as CIMs mais elevadas. Além disso, outras diferenças entre gêneros e espécies foram observadas; gênero Rhinocladiella, quando a melanina não está inibida, mostrou maior sensibilidade ao estresse causado por H2O2 do que Phialophora e Fonsecaea, enquanto que os dois últimos foram os mais resistentes ao estresse oxidativo. Ao passo de que a quantidade de melanina extraída de Rhinocladiella foi significativamente menor do que Phialophora e Fonsecaea. Conclusão: Foi proposto um modelo que apresentou alta capacidade de classificar as 13 espécies de agentes causadores de CBM. A identificação e o teste de suscetibilidade aos antifúngicos nas práticas clínicas são importantes para auxiliar no tratamento. Além disso, os estudos que avaliaram a relação com melanina, tanto quantificação, estresse oxidativo e relação com antifúngicos comprovam, em agentes da CBM, o fator protetor da melanina frente a agressões externas sofridas por determinados gêneros e espécies, agressões estas relacionadas ao ambiente e ao hospedeiro. / Background: chromoblastomycosis (CBM) is a subcutaneous mycosis caused by melanized fungi of several genera. Alternative for species identification using Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) was evaluated only for the genus Exophiala. The testing of antifungal susceptibity was not evaluated for some species of CBM agents, and this determination is important to aid in the appropriate choice of treatment. Although the knowledge that melanin has an action against oxidative radicals, few studies have explored the subject and only the genus Fonsecaea has been evaluated, using a low number of isolates. Objective: to propose identification of the CBM agents by FTIR and to evaluate the profile of the different species in the response to antifungals. Furthermore, to quantify the melanin and to evaluate its influence in the survival of the isolates after oxidative stress and the susceptibility to the antifungals. Methods: up to 78 clinical isolates were used in each experiment. For FTIR, the acquisition of the 4000-650 nm spectra was performed using a proposed technique; The susceptibility test using six antifungal agents and the oxidative stress test using hydrogen peroxide (H2O2) were performed with the isolates in paired form (with and without melanin inhibitor - tricyclazole); The melanin was extracted by the alkali-acid method and quantified by gravimetry. Results: the proposed FTIR identification model had a high coefficient of determination and a low error of the trend line and cross-validation obtained. Terbinafine was the antifungal that presented smaller minimum inhibitory concentrations (MICs) against genera Fonsecaea, Phialophora and two species of Rhinocladiella. While amphotericin B and itraconazole had the highest MICs. In addition, other differences between genera and species were observed; Genus Rhinocladiella, when melanin is not inhibited, showed greater sensitivity to stress caused by H2O2 than Phialophora and Fonsecaea, while the last two genera were the most resistant to oxidative stress. Moreover, the amount of melanin extracted from Rhinocladiella was significantly lower than Phialophora and Fonsecaea. Conclusion: a model that presented high capacity to classify the 13 species of CBM agents was proposed. Identification and testing of antifungal susceptibility in clinical settings are important to aid in treatment. Furthermore, the studies that evaluated the relationship with melanin, both quantification, oxidative stress and relation with antifungals demonstrate, in CBM agents, the protective factor of melanin against external aggressions of environmental and host suffered by certain genera and species.

Yarrowia lipolytica a la particularité de pousser sur de nombreux substrats hydrophobes et de les métaboliser via la β-oxydation ou de les stocker dans des corps lipidiques. Le premier contact entre la cellule et les substrats hydrophobes se déroule sur la surface cellulaire. A cette étape, la composition de la paroi cellulaire en protéines, en β-glucane et en chitine pourrait jouer un rôle important sur l’adhésion et la prise en charge des substrats hydrophobes. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié l’effet d’une source de carbone hydrophobe (par rapport au glucose) et de la composition du milieu de culture sur la structure pariétale et la production de mélanine chez Y. lipolytica. Les résultats de nos analyses biochimiques et moléculaires ont montré que l’oléate de méthyle (un composé utilisé comme modèle de source de carbone hydrophobe) a induit des modifications au niveau de la paroi cellulaire et que ces modifications ont conduit ou non à l’adhésion de gouttelettes lipidiques à la surface cellulaire ; à une modification du contenu des composés pariétaux ; à la résistance des cellules à des composés toxiques ayant pour cible la paroi cellulaire ; et à la modification des profils d’expression de 27 gènes analysés codant des protéines de paroi cellulaire. L’identité des gènes surexprimés suggère la participation de leurs protéines dans l’intégrité de la paroi cellulaire, dans l’adhésion des gouttelettes lipidiques et dans la réponse au stress par l’oléate de méthyle et/ou le manque d’azote. Nos résultats ont aussi montré que la présence d’oléate de méthyle, huile de ricin et ricinoléate de méthyle a induit la production de DHN-mélanine chez une souche génétiquement modifiée de Y. lipolytica (MTLY40-2p) dont la β-oxydation est affectée / Yarrowia lipolytica can grow on many hydrophobic substrates and metabolize them via the β-oxidation pathway or store them into lipid bodies. The first contact between the cell and the hydrophobic substrates is by the cell wall. In this step, cell-wall proteins (CWP), β-glucane and chitin of the cell wall could play an important role for the adhesion and uptake of hydrophobic substrates. The aim of this work was to study the effect of a hydrophobic carbon source (compared with glucose) and the culture medium composition on the cell wall composition and the melanin production by Y. lipolytica. The results of our biochemical and molecular analysis showed that the presence of methyl oleate and the nutrients composition of the culture media have induced some modifications at the cell wall level. These modifications were linked with the adhesion or not of the lipid droplets to the cell surface; with a modified content of the cell wall components; with a resistance to compounds that are toxic for the cell wall, and with the modification of the expression patterns of 27 CWP genes analyzed in this work. The identity of the over-expressed CWP genes suggests the participation of their proteins in the cell wall integrity, in the adhesion of lipid droplets and in the stress response to methyl oleate and/or the nitrogen starvation. Our results have also shown that the presence of the lipids methyl oleate, castor oil and methyl ricinoleate induced the production of DHN-melanin by a mutant strain in which the β-oxidation is affected / Yarrowia lipolytica tiene la capacidad de crecer sobre numerosos substratos hidrofóbicos y demetabolizarlos a través de la β-oxidación o de almacenarlos en cuerpos lipídicos. El primercontacto entre la célula y los substratos hidrofóbicos se lleva a cabo mediante la pared celular.En esta etapa, la composición en proteínas, β-glucano y quitina de la pared celular podríajugar un papel importante en la adhesión y la toma de substratos hidrofóbicos. En el presentetrabajo se estudió el efecto de una fuente de carbono hidrofóbica (en comparación conglucosa) y la composición del medio de cultivo sobre la composición de la pared celular y laproducción de melanina en Y. lipolytica.Los resultados de nuestros análisis bioquímicos y moleculares mostraron que el oleato demetilo (un compuesto utilizado como fuente de carbono hidrofóbica) indujo modificacionesen la pared celular y estas modificaciones condujeron al aumento o la disminución de laadhesión de gotas lipídicas a la superficie celular; a la modificación del contenido de loscompuestos de la pared celular; a la resistencia de las células a compuestos tóxicos que tienencomo blanco la pared celular; y a la modificación del perfil de expresión de 27 genes quecodifican para proteínas putativas de la pared celular. La expresión de algunos de estos genesse indujo desde las primeras horas de cultivo en presencia de oleato de metilo. La identidad delos genes sobre-expresados sugiere la participación de sus proteínas en mecanismos como laintegridad de la pared celular, la adhesión de las gotas lipídicas a la superficie celular y larespuesta a estrés inducido por oleato de metilo y/o por la falta de nitrógeno en el medio.Nuestros resultados también mostraron que la presencia de oleato de metilo, de aceite dericino y de ricinoleato de metilo en el medio de cultivo, indujo la producción de un pigmentocafé en una cepa mutante de Y. lipolytica (MTLY40-2p) afectada en la β-oxidación. Ademásobservamos que el perfil espectroscópico la pared celular de la mutante MTYL40-2p, semodifica en función del substrato hidrofóbico presente en el medio de cultivo. Nuestrosresultados sugieren que el pigmento café es DHN-melanina y que la ausencia de peptona en elmedio de cultivo afecta la biosíntesis de esta melanina. A partir de un análisis in silicoproponemos los genes putativos para la biosíntesis de DHN-melanina en Y. lipolytica