O desempenho de seis métodos de extração de DNA de oocistos de Cryptosporidium spp. em fezes foram avaliados pela nested PCR do gene SSU rRNA. Os métodos consistem na combinação com pequenas variações de duas técnicas para a liberação de esporozoítos (indução de excistamento/E ou choque térmico/C) e três técnicas de purificação de DNA (fenol-clorofórmio/F, GuSCN-sílica/S ou kit QIAmp DNA Stool Mini/K). Para a avaliação da sensibilidade analítica, os testes foram realizados a partir de diluições seriadas de oocistos purificados, na ausência e na presença de 100 μl de fezes bovinas. A sensibilidade diagnóstica foi avaliada pela comparação com o método microscópico de centrífugo-flutuação em sacarose (padrão-ouro) em 15 amostras fecais de diferentes hospedeiros naturalmente infectados. Na ausência de fezes, foram avaliados apenas os métodos EF, ES, CF e CS, sendo que EF apresentou sensibilidade analítica superior, possibilitando a detecção de até 1 oocisto. Na presença de fezes, os métodos EF, EK e CK apresentaram desempenhos equivalentes, com sensibilidade de 104 oocistos. As maiores sensibilidades diagnósticas foram obtidas pelos métodos EK e CK, que possibilitaram a detecção de 13 (86,7%) das 15 amostras. Devido à alta sensibilidade analítica de EF em amostras purificadas, avaliou-se sua sensibilidade diagnóstica em amostras de oocistos purificados pelo método de centrífugo-flutuacão em sacarose, obtendo-se 100% de detecção. A presença de inibidores nas amostras fecais reduziu fortemente a sensibilidade das reações de PCR a partir de DNA extraído pelos métodos avaliados, sendo recomendável o emprego de técnicas de purificação de oocistos previamente à extração de DNA. Os resultados apontam para uma melhor eficiência dos métodos de indução de excistamento e kit QIAmp DNA Stool Mini. / The performance of six methods for DNA extraction from Cryptosporidium spp. oocysts in feces were evaluated by nested PCR of SSU rRNA gene. The methods are the combination with small variations of two techniques for the release of sporozoites (induction of excystation/E or thermal shock/C) and three techniques for DNA purification (phenol-chloroform/F, GuSCN-silica/S or QIAmp DNA Stool Mini kit/K). For the evaluation of analytical sensitivity, tests were made from serial dilutions of purified oocysts, in absence and in presence of 100 μl of cattle feces. The diagnostic sensitivity was assessed by comparison with the microscopic method of centrifugalflotation in sucrose (gold standard) in 15 fecal samples from different naturally infected hosts. In the absence of feces, only methods EF, ES, FC, and CS were tested. EF had the highest analytical sensitivity, enabling the detection of up to 1 oocyst. In the presence of feces, methods EF, EK, and CK showed similar performance, with sensitivity of 104 oocysts. The highest sensitivities were obtained by methods EK and CK, which enabled the detection of 13 (86.7%) of 15 samples. Due to the high analytical sensitivity of EF in purified samples, its diagnostic sensitivity was evaluated in samples of purified oocysts by the method of centrifugal-flotation in sucrose, resulting in 100% detection. The presence of inhibitors in fecal samples greatly reduced the sensitivity of the PCR reactions from DNA extraction methods evaluated, and the use of techniques for purification of oocysts prior to DNA extraction is recommended. The results show a better performance of the methods of induction of excystation and QIAmp DNA Stool Mini kit.

O desempenho de seis métodos de extração de DNA de oocistos de Cryptosporidium spp. em fezes foram avaliados pela nested PCR do gene SSU rRNA. Os métodos consistem na combinação com pequenas variações de duas técnicas para a liberação de esporozoítos (indução de excistamento/E ou choque térmico/C) e três técnicas de purificação de DNA (fenol-clorofórmio/F, GuSCN-sílica/S ou kit QIAmp DNA Stool Mini/K). Para a avaliação da sensibilidade analítica, os testes foram realizados a partir de diluições seriadas de oocistos purificados, na ausência e na presença de 100 μl de fezes bovinas. A sensibilidade diagnóstica foi avaliada pela comparação com o método microscópico de centrífugo-flutuação em sacarose (padrão-ouro) em 15 amostras fecais de diferentes hospedeiros naturalmente infectados. Na ausência de fezes, foram avaliados apenas os métodos EF, ES, CF e CS, sendo que EF apresentou sensibilidade analítica superior, possibilitando a detecção de até 1 oocisto. Na presença de fezes, os métodos EF, EK e CK apresentaram desempenhos equivalentes, com sensibilidade de 104 oocistos. As maiores sensibilidades diagnósticas foram obtidas pelos métodos EK e CK, que possibilitaram a detecção de 13 (86,7%) das 15 amostras. Devido à alta sensibilidade analítica de EF em amostras purificadas, avaliou-se sua sensibilidade diagnóstica em amostras de oocistos purificados pelo método de centrífugo-flutuacão em sacarose, obtendo-se 100% de detecção. A presença de inibidores nas amostras fecais reduziu fortemente a sensibilidade das reações de PCR a partir de DNA extraído pelos métodos avaliados, sendo recomendável o emprego de técnicas de purificação de oocistos previamente à extração de DNA. Os resultados apontam para uma melhor eficiência dos métodos de indução de excistamento e kit QIAmp DNA Stool Mini. / The performance of six methods for DNA extraction from Cryptosporidium spp. oocysts in feces were evaluated by nested PCR of SSU rRNA gene. The methods are the combination with small variations of two techniques for the release of sporozoites (induction of excystation/E or thermal shock/C) and three techniques for DNA purification (phenol-chloroform/F, GuSCN-silica/S or QIAmp DNA Stool Mini kit/K). For the evaluation of analytical sensitivity, tests were made from serial dilutions of purified oocysts, in absence and in presence of 100 μl of cattle feces. The diagnostic sensitivity was assessed by comparison with the microscopic method of centrifugalflotation in sucrose (gold standard) in 15 fecal samples from different naturally infected hosts. In the absence of feces, only methods EF, ES, FC, and CS were tested. EF had the highest analytical sensitivity, enabling the detection of up to 1 oocyst. In the presence of feces, methods EF, EK, and CK showed similar performance, with sensitivity of 104 oocysts. The highest sensitivities were obtained by methods EK and CK, which enabled the detection of 13 (86.7%) of 15 samples. Due to the high analytical sensitivity of EF in purified samples, its diagnostic sensitivity was evaluated in samples of purified oocysts by the method of centrifugal-flotation in sucrose, resulting in 100% detection. The presence of inhibitors in fecal samples greatly reduced the sensitivity of the PCR reactions from DNA extraction methods evaluated, and the use of techniques for purification of oocysts prior to DNA extraction is recommended. The results show a better performance of the methods of induction of excystation and QIAmp DNA Stool Mini kit.

A tuberculose bovina, cujo agente etiológico é o Mycobacterium bovis, é uma zoonose de caráter crônico que representa uma das principais enfermidades em rebanhos bovinos. Devido às perdas consideráveis de bacilos viáveis nos processos de descontaminação, e também pelo consumo de várias semanas entre o isolamento primário e a identificação final da espécie, métodos moleculares funcionam como metodologia diagnóstica auxiliar à bacteriologia clássica. Estes métodos têm ampla aplicação no diagnóstico e tipificação da tuberculose bovina, no entanto, a baixa sensibilidade quando aplicados diretamente sobre homogeneizados de tecidos tem limitado sua difusão como método diagnóstico de rotina. A solução do problema, ao que tudo indica, passa por métodos de extração mais eficientes e menos vulneráveis aos fatores inibidores da amplificação. Assim, foram selecionadas 60 lesões granulomatosas de 60 bovinos condenados em abatedouro, 30 positivas ao isolamento de Mycobacterium bovis (padrão ouro positivo) e 30 negativas (padrão ouro negativo). Dessas lesões foram obtidos homogeneizados que foram submetidos a diferentes protocolos de extração de DNA, que por sua vez foram todos submetidos ao mesmo protocolo de amplificação. Os resultados mostraram que o protocolo de BOOM et al. (1990) modificado apresentou sensibilidade superior ao isolamento de M. bovis pelo método clássico. / The bovine tuberculosis, whose etiological agent is the Mycobacterium bovis, is a major zoonosis of cattle, of chronical course. Due to the expressive loss of viable bacilli during the decontamination processes and the long period between the primary isolation and the final identification of the specie, molecular methods are being used as auxiliary diagnostic methods to the classical bacteriology. These methods have a broad scope of application in the diagnosis and typification of bovine tuberculosis. However, the low sensibility when applied directly to tissue homogenates have limited its application as routine diagnostic method. The answer to this problem, as it seems, is the development of extraction methods that are more efficient and less vulnerable to inhibition factors of amplification. Therefore, 60 granulomatous lesions of 60 condemned bovines at abattoir were selected, 30 Mycobacterium bovis isolation positives (positive gold standard), and 30 negatives (negative gold standard). The homogenates were obtained from these lesions and were subjected to different DNA extraction protocols, all of which were submitted to the same amplification protocol. The results showed that BOOM et al. (1990) modified protocol showed superior sensibility than the M. bovis isolation through the classical method.

A tuberculose bovina, cujo agente etiológico é o Mycobacterium bovis, é uma zoonose de caráter crônico que representa uma das principais enfermidades em rebanhos bovinos. Devido às perdas consideráveis de bacilos viáveis nos processos de descontaminação, e também pelo consumo de várias semanas entre o isolamento primário e a identificação final da espécie, métodos moleculares funcionam como metodologia diagnóstica auxiliar à bacteriologia clássica. Estes métodos têm ampla aplicação no diagnóstico e tipificação da tuberculose bovina, no entanto, a baixa sensibilidade quando aplicados diretamente sobre homogeneizados de tecidos tem limitado sua difusão como método diagnóstico de rotina. A solução do problema, ao que tudo indica, passa por métodos de extração mais eficientes e menos vulneráveis aos fatores inibidores da amplificação. Assim, foram selecionadas 60 lesões granulomatosas de 60 bovinos condenados em abatedouro, 30 positivas ao isolamento de Mycobacterium bovis (padrão ouro positivo) e 30 negativas (padrão ouro negativo). Dessas lesões foram obtidos homogeneizados que foram submetidos a diferentes protocolos de extração de DNA, que por sua vez foram todos submetidos ao mesmo protocolo de amplificação. Os resultados mostraram que o protocolo de BOOM et al. (1990) modificado apresentou sensibilidade superior ao isolamento de M. bovis pelo método clássico. / The bovine tuberculosis, whose etiological agent is the Mycobacterium bovis, is a major zoonosis of cattle, of chronical course. Due to the expressive loss of viable bacilli during the decontamination processes and the long period between the primary isolation and the final identification of the specie, molecular methods are being used as auxiliary diagnostic methods to the classical bacteriology. These methods have a broad scope of application in the diagnosis and typification of bovine tuberculosis. However, the low sensibility when applied directly to tissue homogenates have limited its application as routine diagnostic method. The answer to this problem, as it seems, is the development of extraction methods that are more efficient and less vulnerable to inhibition factors of amplification. Therefore, 60 granulomatous lesions of 60 condemned bovines at abattoir were selected, 30 Mycobacterium bovis isolation positives (positive gold standard), and 30 negatives (negative gold standard). The homogenates were obtained from these lesions and were subjected to different DNA extraction protocols, all of which were submitted to the same amplification protocol. The results showed that BOOM et al. (1990) modified protocol showed superior sensibility than the M. bovis isolation through the classical method.