Cette thèse étudie l’influence de la diversité des tactiques d’histoire de vie sur la dynamique des populations de deux salmonidés à migration partielle: le saumon Atlantique, Salmo salar et la truite commune, Salmo trutta. Ces deux espèces ont de fortes valeurs écologique et économique, mais les rôles respectifs des individus résidents et migrateurs sur la dynamique et la résilience des populations à des changements environnementaux demeurent méconnus. Nous avons abordé ces questions par des approches démographiques, génétiques et de modélisation. Nous avons démontré que la détermination de la tactique d’histoire de vie est en partie plastique et permet aux individus juvéniles de migrer en réponse à un changement de l’environnement. De plus, cette thèse démontre que la diversité des tactiques permet aux populations à migration partielle de bénéficier d’un changement favorable de l’environnement et de réduire l’effet d’un changement défavorable sur la dynamique de populationCes deux processus pourraient expliquer la plus forte résilience des populations à migration partielle face aux variations environnementales par rapport aux populations strictement résidentes ou migratrices. Toutefois, étant donné les différences de stratégies chez le saumon Atlantique et la truite commune, nos résultats suggèrent que la truite a une meilleure capacité de réponse aux changements environnementaux et un niveau de résilience plus élevé que le saumon Atlantique / This thesis investigates the influence of the tactic diversity on population dynamics in two partially migratory salmonids: Atlantic salmon, Salmo salar and brown trout, Salmo trutta. These two species have high ecological and economic values but the role of migrant and resident individuals on population dynamics and resilience to environmental changes is currently largely unknown. I undertook a multidisciplinary approach combining demographic, genetic, and modeling tools to address these issues in populations from France. I found that tactic determination is partly plastic as juveniles can respond to environmental variations by migrating. In addition, this thesis showed that tactics diversity in partially migratory populations enables a better use of favorable environmental conditions and buffer the effects of unfavorable conditions on their dynamics.These two processes might promote a higher resilience of partially migratory populations to environmental change, including anthropogenic effects, than in solely migratory or resident populations. Nonetheless, given the different strategies in Atlantic salmon and brown trout, my results suggested that brown trout should have better abilities to response to environmental changes and a higher level of resilience than Atlantic salmon.

La compréhension de l'émergence des maladies infectieuses végétales causées par les bactéries passe par l'identification des populations sources, des routes d'invasion et des voies de dissémination, ainsi que par l'estimation des paramètres biotiques et abiotiques associés. Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est l'agent pathogène responsable du chancre Asiatique des agrumes. La bactérie est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine par ceux où elle est absente. Nous avons abordé l'épidémiologie moléculaire de Xcc à deux échelles spatio-temporelles grâce à un schéma de 14 microsatellites (MLVA-14) et un schéma de 31 marqueurs minisatellites (MLVA-31). Le typage MLVA-14 s'est montré adapté au génotypage d'une bactérie monomorphe comme Xcc. Le typage MLVA-31 a permis de diviser le pathovar Xcc en quatre groupes génétiques distincts correspondant aux différences de gammes d'hôtes mise en évidence chez cette bactérie. Le pathotype A (souches à large gamme d'hôtes parmi les rutacées) est séparé en deux groupes génétiques, tandis que les pathotypes A* et Aw (souches à gamme d'hôtes restreinte au limettier Mexicain et quelques espèces proches) constituent chacun un groupe génétique. Alors que l'expansion géographique de Xcc depuis son aire d'origine dans la première moitié du XXème siècle a quasi exclusivement concerné un seul groupe génétique, trois des quatre groupes décrits ont contribué à l'émergence de Xcc en Afrique au cours de la dernière décennie. La bactérie est pré-adaptée et a été introduite avec son hôte depuis sa population d'origine, faisant de la barrière migratoire la seule étape à franchir pour rencontrer un succès d'invasion. L'objectif de cette thèse a été de décrire les différentes populations émergentes grâce à des approches d'épidémiologie moléculaire et inférentielles, et identifier les différentes origines, routes et acteurs de la dissémination. Nous avons dans un premier temps montré la coexistence de deux groupes génétiques distincts au Mali : DAPC1 qui est dispersé dans quatre provinces du pays et DAPC2 qui est resté cantonné à l'espace péri-urbain de Bamako. L'analyse de l'émergence de Xcc au Sénégal a révélé le succès invasif de DAPC2 dans un autre environnement. La structure des populations DAPC1 du Mali et DAPC2 du Sénégal suggèrent que les plants de pépinières constituent une voie de dissémination majeure dans ces pays. À l'opposé, DAPC2 de Bamako n'est pas détecté en pépinières au Mali et n'a pas montré de caractère invasif. L'existence d'une population « tête de pont » invasive de souches DAPC1 au Mali donnant lieu à une épidémie au Burkina Faso a été mise en évidence par une approche ABC (calcul Bayésien approché). Les populations DAPC2 du Mali et du Sénégal ne présentent pas de lien épidémiologique direct mais partagent des liens de parenté avec des souches présentes dans le sous-continent Indien. Dans un deuxième temps, l'analyse d'une population de souches appartenant au pathotype A* en Ethiopie nous a permis de procéder à des estimations de paramètres démographiques, tels que les tailles efficaces. Nous avons montré que l'approche inférentielle nous permettait d'éclairer l'histoire démographique de Xcc dans un cas d'émergence, et de mettre en avant une dynamique saisonnière accentuant probablement le déséquilibre mutation-dérive lié à la situation d'émergence. L'émergence de Xcc en Afrique est principalement associée aux activités humaines. Sa dissémination locale et globale peut alors être considérablement limitée par des mesures de gestion plus stricte au niveau des pépinières et des flux de commerces. / Several plant emerging infectious diseases are caused by bacteria. To improve our understanding of their emergence, a description of the emerging populations, the reconstruction of invasion routes and pathways, as well as the identification of involved biotic and abiotic parameters are fundamental. The bacterium Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) is responsible for Asiatic citrus canker. It is present in many citrus producing countries and listed as a quarantine organism in canker-free countries.Two MLVA schemes were used for molecular epidemiological analyses of Xcc. The first one, MLVA-14, targeted 14 microsatellite markers, and is useful to describe the genetic diversity of this monomorphic bacterium. The second, MLVA-31, targeted 31 minisatellite markers, is suited to global epidemiology analyses. Based on MLVA-31 data, Xcc is divided in four genetic groups (referred to as DAPC clusters) corresponding to Xcc pathotype classification based on host range. Three pathotypes were described: pathotype A strains are able to infect most citrus species, while pathotypes A* and AW strains are naturally restricted to fewer host species.DAPC 1 is responsible for almost all cases of geographical expansion of Xcc over the first half of the 20th century, we show that three Xcc genetic clusters have emerged in Africa over the last decade. Xcc is pre-adapted to its host species. Invasive success of Xcc is then mostly conditioned by migration events. Our objectives were to describe these invasive populations using a molecular epidemiology approach and to assess the origin, routes and actors of this dissemination in Africa. Two genetic clusters were found in Mali: DAPC1 is present in four provinces while DAPC2 is restricted to the Bamako urban environment. In contrast, DAPC2 emerging populations in Senegal showed an invasive succes in an other environment. Populations structures of DAPC1 in Mali and DAPC2 in Senegal highlighted the role of nurseries in Xcc dissemination. On the contrary, DAPC2 strains in Bamako were not detected in Malian nurseries and showed a limited invasive success. Approximate Bayesian Computation highlighted an invasive bridgehead scenario between DAPC1 in Mali and Burkina Faso. DAPC2 populations in Mali and Senegal were not found epidemiologically related but were genetically related to strains previously reported from the Indian subcontinent.Demographic parameters inference, such as effective population sizes, were inferred from Ethiopian pathotype A* populations. The inference approach was useful to decipher the demographic history of this emerging population, and suggested seasonal fluctuations in population sizes over time.Emergence of Xcc in Africa was found strongly related to human activities. Therefore, the local and global dispersion could be limited by a better management of nurseries and trade.

The ranging behaviour, habitat preferences, genetic structure, and demographic parameters of bottlenose dolphins living in the Azores were studied using data collected from 1999 to 2004. Only 44 dolphins out of 966 identified were frequently sighted within and between years and showed strong site fidelity. The remaining individuals were either temporary migrants from within or outside the archipelago, or transients. Estimates of home range size were three times larger than previously reported for this species, possibly as a result of the lower availability of food resources. Mitochondrial DNA sequences showed very high gene and nucleotide diversity. There was no evidence of population structuring within the Azores. The Azorean population was not differentiated from the pelagic population of the Northwest Atlantic, suggesting the "unproductive" waters of the Atlantic do not constitute a barrier to dispersal. Population size, survival and temporary emigration rates were estimated using open-population models and Pollock's robust design. A few hundreds of dolphins occur in the area on a given year, though the majority should use it temporarily, as suggested by the high emigration rates. Bottlenose dolphins preferentially used shallow areas with high bottom relief. Temporal and spatial persistence of dolphin-habitat associations documented in this study further supports the idea of a close relationship between certain bathymetric features and important hydrographic processes and suggests the occurrence of prey aggregations over these areas may be, to some extent, predictable. Several results of this study suggest there are no reasons for concern about the status of this population. Yet, the resident group may be negatively affected by increasing pressure from the whale watching activity. Although the proposed Marine Park constitutes important habitat for resident dolphins, at present, the area is clearly insufficient to satisfy their spatial requirements and its conservation value may be limited.