Mettre en place des mesures de protection efficaces contre la dégradation et la fragmentation de l'habitat d'une espèce nécessite d'être capable de comprendre l'impact de l'environnement sur sa dynamique de population ainsi que sa sensibilité à la perte de connectivité entre les populations. Obtenir ces informations est déjà un défi en soi, qui se complique encore pour les espèces trop sensibles au dérangement pour être suivies de manière classique. Lors de ce travail, nous avons étudié la dynamique et la génétique des populations d'une chauve-souris forestière qui a subi un très fort déclin dans le nord de l'Europe, le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), à l'aide de méthodes non-invasives (comptages, génétique non-invasive).Nos résultats ont montré que le climat et le paysage autour des colonies de maternités influence la taille et la dynamique des populations du Petit rhinolophe. Nous avons également confirmé un impact direct du paysage sur la survie des juvéniles. Enfin, nous avons observé que la diversité génétique des populations pouvait être fortement diminuée par leurs histoires démographiques et par un manque de connectivité entre les populations. Ces résultats ont des implications directes pour la conservation du Petit rhinolophe mais aussi pour le développement des analyses intégrant des données de génétique non-invasive pour la biologie de la conservation. / Efficient conservation management against habitat degradation and fragmentation of a species requires understanding how the environment impacts its population dynamics and the species’ sensitivity to connectivity loss. Acquiring sufficient knowledge about these processes is challenging for any species, and is even more complicated for species too sensitive to be studied with classical methods. During this work, we studied the population dynamics and genetics of a woodland specialized bat who has undergone a serious decline in the north of Europe, the lesser horseshoe bat (Rhinolophus hipposideros), with non-invasive methods (counts, non-invasive genetics).Our results shown that climate and landscape around maternity colonies explain population size variations and dynamics of the lesser horseshoe bat. We also confirmed a direct impact of landscape on juvenile survival. We finally observed that genetic diversity could be strongly decreased by population history and a lack of connectivity between populations. Our results have direct implications for the lesser horseshoe bat conservation but also for the development of analyses integrating non-invasive genetic data in conservation biology.

Cette thèse étudie l’influence de la diversité des tactiques d’histoire de vie sur la dynamique des populations de deux salmonidés à migration partielle: le saumon Atlantique, Salmo salar et la truite commune, Salmo trutta. Ces deux espèces ont de fortes valeurs écologique et économique, mais les rôles respectifs des individus résidents et migrateurs sur la dynamique et la résilience des populations à des changements environnementaux demeurent méconnus. Nous avons abordé ces questions par des approches démographiques, génétiques et de modélisation. Nous avons démontré que la détermination de la tactique d’histoire de vie est en partie plastique et permet aux individus juvéniles de migrer en réponse à un changement de l’environnement. De plus, cette thèse démontre que la diversité des tactiques permet aux populations à migration partielle de bénéficier d’un changement favorable de l’environnement et de réduire l’effet d’un changement défavorable sur la dynamique de populationCes deux processus pourraient expliquer la plus forte résilience des populations à migration partielle face aux variations environnementales par rapport aux populations strictement résidentes ou migratrices. Toutefois, étant donné les différences de stratégies chez le saumon Atlantique et la truite commune, nos résultats suggèrent que la truite a une meilleure capacité de réponse aux changements environnementaux et un niveau de résilience plus élevé que le saumon Atlantique / This thesis investigates the influence of the tactic diversity on population dynamics in two partially migratory salmonids: Atlantic salmon, Salmo salar and brown trout, Salmo trutta. These two species have high ecological and economic values but the role of migrant and resident individuals on population dynamics and resilience to environmental changes is currently largely unknown. I undertook a multidisciplinary approach combining demographic, genetic, and modeling tools to address these issues in populations from France. I found that tactic determination is partly plastic as juveniles can respond to environmental variations by migrating. In addition, this thesis showed that tactics diversity in partially migratory populations enables a better use of favorable environmental conditions and buffer the effects of unfavorable conditions on their dynamics.These two processes might promote a higher resilience of partially migratory populations to environmental change, including anthropogenic effects, than in solely migratory or resident populations. Nonetheless, given the different strategies in Atlantic salmon and brown trout, my results suggested that brown trout should have better abilities to response to environmental changes and a higher level of resilience than Atlantic salmon.