Contexte : Dans la foulée d'une éclosion multicentrique de cas de diarrhée associée au Clostridium difficile (DACD) au Québec, la surveillance s'est accrue, mais les facteurs de risque de cette maladie sont encore mal connus. Les données provenant de la littérature sont en effet multiples et parfois contradictoires. L'objectif de cette étude est de départager l'importance relative des facteurs de risque dans la survenue de la DACD. Méthodologie. Il s'agit d'une étude cas-témoins rétrospective avec revue des dossiers des cas de DACD identifiés à l'Hôpital Charles LeMoyne en 2004 ainsi que de témoins appariés selon la période administrative, le service médical et la durée de séjour. Pour, être éligibles, les témoins devaient avoir reçu au moins un antibiotique. Les facteurs de risque recueillis incluaient les caractéristiques du patient, la médication et les interventions médico-chirurgicales. Les analyses statistiques ont été effectuées par régression logistique conditionnelle. Résultats. Parmi les 189 cas et les 378 témoins appariés, l'âge médian est de 70 ans et la durée de séjour moyenne est de 21 jours. Dans les analyses univariées, la DACD est significativement associée aux quinolones, à la céfoxitine, à la céfépime, à la vancomycine intraveineuse, au nombre total d'antibiotiques reçus et à la durée totale de l'antibiothérapie. La chimiothérapie, la malnutrition, la neutropénie, l'insuffisance rénale sévère et l'alimentation entérale montrent également une association significative avec la DACD. Dans une première analyse multivariée excluant le nombre d'antibiotiques et la durée de l'antibiothérapie, l'alimentation entérale (RC = 2,4; IC 95 % = 1,2-4,8), la céfoxitine (RC = 2,7; IC 95% = 1,4-5,3), la chimiothérapie (RC = 2,6; IC 95% = 1,5-4,6), la vancomycine intraveineuse (RC = 2,3; IC 95% = 1,3-4,0) et les quinolones (RC = 2,2; IC 95% = 1,5-3,3) sont associées à un risque accru de DACD. Dans une seconde analyse incluant le nombre d'antibiotiques et la durée de l'antibiothérapie, ces dernières variables sont associées à la DACD (RC = 1,3; IC 95% =1,1-1,5 pour chaque antibiotique additionnel et RC = 1,03; IC 95% = 1,001-1,06 pour chaque jour additionnel de traitement). La chimiothérapie (RC = 2,8; IC 95% = 1,6-4,9), l'alimentation entérale (RC = 2,2; IC 95% = 1,1-4,6), la céfoxitine (RC = 2,3; IC 95% = 1,1-4,6) et les quinolones (RC = 1,6; IC 95% = 1,1-2,4) demeurent également significatives dans ce deuxième modèle. Les aminoglycosides se révèlent protecteurs dans les deux modèles (RC = 0,6; IC 95% = 0,3-0,98 et RC = 0,4; IC 95% = 0,2-0,7). Conclusion. Notre étude soulève l'importance de considérer le nombre total d'antibiotiques et la durée totale de l'antibiothérapie lorsque l'on s'intéresse aux facteurs de risque de la DACD.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La diarrhée post-sevrage causée par Escherichia coli entérotoxigénique présentant le fimbriae F4 (ETEC F4+) cause actuellement des pertes économiques importantes dans l’industrie porcine canadienne. Afin de mieux contrôler cette maladie, et afin d’offrir une alternative à l’utilisation excessive d’antibiotiques, le projet décrit dans ce mémoire évalue la capacité de la sous-unité majeure du fimbriae F4, FaeG, à protéger les porcelets contre ETEC F4+. Trois phases animales ont été réalisées afin de tester séparément et de façon combinée l’effet de FaeG sous forme d’émulsion orale et sous forme d’injection intramusculaire (IM). Les analyses de dosages d’anticorps spécifiques et de proliférations lymphocytaires effectuées sur les échantillons recueillis à chaque phase animale permirent d’évaluer la réponse immunitaire mucosale et systémique. Les résultats finaux obtenus ont démontré un effet des injections IM sur l’activation de la production d’anticorps sanguins ainsi que sur la prolifération de cellules mononucléées sanguines (CMS). L’évaluation de l’expression de différents gènes dans les ganglions mésentériques et dans la muqueuse iléale a permis d’observer une modulation de l’expression de certains gènes (TLR4, NFκBIA, IFNg, CCL20, CXCL2, IL4 et IL17), mais également l’absence de modulation sur plusieurs gènes attendus. Au final, certains effets secondaires observés lors des immunisations de la dernière phase animale, tels que la diarrhée, la difficulté à respirer et la faiblesse, ont nécessité des analyses supplémentaires. Il a ainsi été déterminé que plusieurs porcelets ont subi une réaction de type anaphylactique aux immunisations reçues à la dernière phase animale, bien que la composante exacte causant cette réaction soit inconnue. En conclusion, bien qu’une réponse immunitaire puisse être déclenchée par FaeG, d’autres études seront nécessaires afin de développer un vaccin oral contre ETEC F4+

Les gastroentérites aiguës (GEA) représentent un lourd fardeau pour la population pédiatrique. Elles sont responsables d’une mortalité importante, particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays à faibles revenus, et ont un impact socio-économique non négligeable dans les pays à hauts revenus. La prévalence des différents entéropathogènes potentiellement impliqués dans les GEA varie selon les études, dépendamment de la technique diagnostique utilisée, de la population étudiée – âge des patients, co-morbidités, situation géographique et socio-économique – et du moment où l’étude a été réalisée.Campylobacter est l’un des pathogènes entériques majeurs dans les pays à hauts revenus. Les espèces Campylobacter jejuni et coli sont les plus fréquemment retrouvées par les méthodes de culture sur des milieux sélectifs utilisées en routine dans la plupart des laboratoires de microbiologie. Cependant l’utilisation d’autres méthodes, comme la technique « de filtration » ou les techniques de PCR, permet de mettre en évidence d’autres campylobacters tels que Campylobacter concisus dont le rôle dans les GEA est sujet à controverse.Dans ce contexte, l’objectif général de ce travail de thèse est l’amélioration de la prise en charge diagnostique des GEA en pédiatrie à Bruxelles. Cet objectif se détaille en deux sousobjectifs: d’abord une étude de prévalence des entéropathogènes - et potentiels entéropathogènes -, ensuite une amélioration de techniques diagnostiques. Ces éléments sont détaillés ci-dessous.La première partie de ce travail nous a permis de recruter deux groupes de patients :l’un atteint de GEA (185 cas) et l’autre asymptomatique (179 témoins), mais comparables notamment en termes d’âge, de fréquentation de la crèche ou de l’école, de vaccination contre rotavirus, et de traitement par antibiotique. Au vu des techniques diagnostiques utilisées dans notre étude, Campylobacter jejuni-coli était le principal reponsable de GEA dans notre population (14% des cas), suivi de rotavirus (11% des cas). Seules 6 souches de C. concisus ont pu être retrouvées parmi les cas et 4 parmi les contrôles, ceci ne nous permettant pas de tirer de conclusions quant à un éventuel rôle de ce germe.Malgré une couverture vaccinale satisfaisante de plus de 80% parmi les cas et les témoins recrutés, rotavirus reste le deuxième entéropathogène en termes d’importance avec 11% des cas infectés dans la population étudiée. Si le calcul de l’efficacité vaccinale réalisé dans la seconde partie de ce travail n’a pas montré de résultat statistiquement significatif, les enfants de moins de 12 mois comptaient significativement plus de cas de GEA à rotavirus chez les non vaccinés que chez les vaccinés. La couverture vaccinale pourrait donc encore être améliorée afin de mieux couvrir cet âge à risque de GEA compliquée.Le faible nombre de souches de C. concisus retrouvé dans la première partie du travail nous a poussé à tenter d’améliorer la technique de culture dite « de filtration » utilisée au LHUB-ULB pour la mise en évidence des campylobacters, particulièrement des « non jejuni-coli ». En trois étapes, nous avons pu montrer la supériorité de la combinaison comprenant la gélose Columbia contenant 5% de sang de mouton, avec des filtres en polycarbonate comportant des pores de 0,60 μm de diamètre et une mise en culture dans une atmosphère microaérophile enrichie en hydrogène (7%) afin d’obtenir une meilleure sensibilité de la technique de filtration. Ces améliorations ont fait passer C. concisus en première position en termes de fréquence de Campylobacter, devant C. jejuni.Cette proposition de standardisation de la méthode permettra de faciliter la comparaison de futures études sur le sujet et d’augmenter le nombre de souches de C. concisus isolées afin de tester les hypothèses proposées de génotypes potentiellement pathogènes et de facteurs devirulence sur un échantillon plus large de souches.Parmi les techniques diagnostiques actuelles en microbiologie, les méthodes basées sur l’amplification d’acides nucléiques sont passées sur le devant de la scène, attrayantes par leur rapidité de résultats et par leur haut taux de réponse positive. L’une de ces techniques, le Luminex xTAG GPP a pu être testé sur les échantillons des cas et des témoins. Les résultats soulèvent quelques questions concernant l’utilité de cette technique pour la prise en charge clinique des patients au vu des hauts taux de positivité chez cas et témoins impliquant une réserve dans l’interprétation des résultats, particulièrement pour Salmonella. Certains faux négatifs gênent également l’implémentation en routine de ce test :certaines bactéries retrouvées en culture (Shigella, Yersinia, Campylobacter) ne sont pas détectées par le Luminex. Son intérêt est donc faible en clinique dans l’état actuel de la méthode.Ce travail permet de poser des balises pour l’interprétation des tests microbiologiques effectués et d’attirer l’attention des cliniciens sur l’importance de rester critique en ce qui concerne les résutats obtenus :un résultat positif n’indique pas systématiquement que l’entéropathogène détecté est responsable de la clinique présentée et un négatif ne l’absout pas pour autant. Pareillement, les microbiologistes doivent connaître les besoins des cliniciens afin de proposer des tests qui peuvent y répondre, tant en réduisant le délai de réponse qu’en améliorant la pertinence de celle-ci, selon le contexte de la demande :un individu malade, une prise en charge d’épidémie, une étude épidémiologique. Autant de situations où une discussion et une réflexion sont nécessaires afin d’améliorer la prise en charge des patients et d’éliminer les tests inadéquats générant des coûts inutiles pour le patient, l’hôpital et la société. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L’épidémiologie des diarrhées aiguës (DA) hivernales a été peu décrite chez l’adulte. Ces DA sont principalement dûes à des virus entériques. Des virus influenza peuvent être détectés l’hiver dans les selles de patients grippés présentant des signes digestifs, mais on ignore s’ils peuvent être retrouvés chez des patients présentant exclusivement des troubles digestifs. Durant les hivers 2010/2011 et 2011/2012, les médecins Sentinelles (Inserm-UPMC) ont inclus 192 patients adultes consultant pour une DA et 105 patients contrôles. Un prélèvement de selles était effectué pour la recherche de norovirus (génogroupes I et II), rotavirus du groupe A, adenovirus entérique humain, astrovirus et virus influenza A(H1N1)pdm2009, A(H3N2) et B. Durant les hivers étudiés, l’incidence moyenne des DA chez l’adulte a été estimée à 3158 pour 100 000 adultes (IC 95% [2321 – 3997]). Un traitement était prescrit pour 95% des patients avec une DA, et un arrêt de travail pour 80% des patients actifs. Les examens de selles ont permis de détecter un virus entérique chez 65% des patients diarrhéiques, le plus souvent un norovirus (49%). Parmi les patients présentant une DA, 7,2% étaient positifs à un virus influenza, ces derniers n’ayant pas rapporté de signes respiratoires. Les symptômes décrits par les patients diarrhéiques adultes ne différaient pas en fonction de la présence ou absence d’un virus entérique. Les patients contrôles ne présentaient ni virus entériques ni virus influenza dans leurs selles. Aucun facteur risque évitable n’a été identifié, autre que le contact avec une personne malade au sein du foyer et/ou en dehors, rapporté chez 46,2% des patients ayant consulté pour une DA. / The epidemiology of winter acute diarrheas (AD) has not been described in adults. These AD are mainly due to enteric viruses. In winter, influenza viruses can also be detected in stools of influenza patients with digestive signs, but we don’t know if these viruses can be found in the stools of patients suffering from digestive disorders exclusively. During the 2010/2011 and 2011/2012 winters, general practitioners (GPs) from the Sentinelles network (Inserm-UPMC) included 192 adult patients consulting for an AD and 105 control patients. Stool samples were collected and tested for norovirus (genogroups I and II), group A rotavirus, human enteric adenovirus, astrovirus and influenza viruses A(H1N1)pdm2009, A(H3N2) and B.During the studied winters, the average incidence of AD in adults was estimated to be 3,158 per 100,000 adults (95% CI [2,321 – 3,997]). GPs prescribed a treatment in 95% of the patients with AD, and 80% of the working patients with AD could not go to work. Stool examinations were positive for at least one enteric virus in 65% of cases, with a predominance of noroviruses (49%). Of the patients suffuring from an AD, 7.2% tested positive for one influenza virus, none reported respiratory symptoms. Among the patients with AD, the reported clinical signs did not differ between adults with a virus in the stool sample and those with no virus found in the stool exam. None of the controls tested positive for one of the enteric and/or other influenza viruses.No preventable risk factor was identified, other than the contact with a sick person within and/or outside the household, reported by the patient in 46.2% of cases.

L’irinotécan est un agent de chimiothérapie largement utilisé pour le traitement de tumeurs solides, particulièrement pour le cancer colorectal métastatique (mCRC). Fréquemment, le traitement par l’irinotécan conduit à la neutropénie et la diarrhée, des effets secondaires sévères qui peuvent limiter la poursuite du traitement et la qualité de vie des patients. Plusieurs études pharmacogénomiques ont évalué les risques associés à la chimiothérapie à base d’irinotécan, en particulier en lien avec le gène UGT1A, alors que peu d’études ont examiné l’impact des gènes codant pour des transporteurs. Par exemple, le marqueur UGT1A1*28 a été associé à une augmentation de 2 fois du risque de neutropénie, mais ce marqueur ne permet pas de prédire la toxicité gastrointestinale ou l’issue clinique. L’objectif de cette étude était de découvrir de nouveaux marqueurs génétiques associés au risque de toxicité induite par l’irinotécan, en utilisant une stratégie d’haplotype/SNP-étiquette permettant de maximiser la couverture des loci génétiques ciblés. Nous avons analysé les associations génétiques des loci UGT1 et sept gènes codants pour des transporteurs ABC impliqués dans la pharmacocinétique de l’irinotécan, soient ABCB1, ABCC1, ABCC2, ABCC5, ABCG1, ABCG2 ainsi que SLCO1B1. Les profils de 167 patients canadiens atteints de mCRC sous traitement FOLFIRI (à base d’irinotécan) ont été examinés et les marqueurs significatifs ont par la suite été validés dans une cohorte indépendante de 250 patients italiens. Nous avons découvert dans la région intergénique en aval du gène UGT1, un nouveau marqueur (rs11563250G) associé à un moindre risque de neutropénie sévère (rapport des cotes (RC)=0.21; p=0.043 chez les canadiens, RC=0.27; p=0.036 chez les italiens, et RC=0.31 p=0.001 pour les deux cohortes combinées). De plus, le RC est demeuré significatif après correction pour multiples comparaisons (p=0.041). Par ailleurs, pour l’haplotype défini par les marqueurs rs11563250G et UGT1A1*1 (rs8175347 TA6), le RC était de 0.17 (p=0.0004). Un test génétique évaluant ces marqueurs permettrait d’identifier les patients susceptibles de bénéficier d’une augmentation de dose d’irinotécan. En revanche, une autre combinaison de marqueurs, ABCC5 rs3749438 et rs10937158 (T–C), a prédit un risque plus faible de diarrhée sévère dans les deux cohortes (RC = 0.43; p=0.001). La coexistence des marqueurs ABCG1 rs225440T et ABCC5 rs2292997A a prédit un risque accru de neutropénie (RC=5.93; p=0.0002), alors qu’une prédiction encore plus significative a été obtenue lorsque ces marqueurs sont combinés au marqueur de risque bien établi UGT1A1*28 rs8175347 (RC=7.68; p< 0.0001). Enfin, les porteurs de l’allèle de protection UGT1 rs11563250G en absence d’allèles de risque, ont montré une incidence réduite de neutropénie sévère (8.2% vs. 34.0%; p< 0.0001). Nous concluons que ces nouveaux marqueurs génétiques prédictifs pourraient permettre d’améliorer l’évaluation du risque de toxicité et personnaliser le traitement à base d’irinotécan pour les patients atteints du cancer colorectal métastatique. / Irinotecan is a cytotoxic agent widely used for the treatment of solid tumors, most particularly for metastatic colorectal cancers (mCRC). Treatment with this drug frequently results in severe neutropenia and diarrhea that can seriously impact the course of treatment and patients’ quality of life. Pharmacogenomic tailoring of irinotecan-based chemotherapy has been the subject of several investigations, especially for the UGT1A1 gene, but with limited data regarding transporter genes. In this study, we sought to discover toxicity-associated markers using a haplotype-tagging SNP (htSNP) strategy to maximize gene coverage. We examined the genetic association across the UGT1 locus, and in seven transporter genes participating in irinotecan pharmacokinetics involving the ABC transporter genes ABCB1, ABCC1, ABCC2, ABCC5, ABCG1, ABCG2 and the solute carrier organic anion transporter gene SLCO1B1. The profiles of 167 mCRC Canadian patients treated with FOLFIRI-based regimens were examined and findings were replicated in an independent cohort of 250 Italian patients. We found rs11563250G, located in the intergenic region downstream of UGT1, to be significantly associated with reduced risk of severe neutropenia (odds ratio (OR)=0.21; p=0.043 and OR=0.27; p=0.036, respectively, and OR=0.31 when combined; p=0.001), which remained significant upon correction for multiple testing in the combined cohort (p=0.041). For the two-marker haplotype rs11563250G and UGT1A1*1 (rs8175347 TA6), the OR was of 0.17 (p=0.0004). Genetic testing of this marker may identify patients who might benefit from increased irinotecan dosing. In combined cohorts, a two-marker ABCC5 rs3749438 and rs10937158 haplotype (T–C) predicted a lower risk of severe diarrhea (odds ratio (OR) of 0.43; p=0.001). The co-occurrence of ABCG1 rs225440T and ABCC5 rs2292997A predicted an increased risk of severe neutropenia (OR=5.93; p=0.0002), which was further improved when incorporating the well-known risk marker UGT1A1*28 rs8175347 (OR=7.68; p< 0.0001). In contrast, carriers of one protective marker (UGT1 rs11563250G) but none of these risk alleles experienced significantly less severe neutropenia (8.2% vs. 34.0%; p< 0.0001). This combination of predictive genetic markers could lead to better risk assessment and may thus enhance personalized treatment.

La bactérie Escherichia coli, habituelle commensale de la microflore intestinale des mammifères, peut être responsable de diarrhées chez les veaux nouveaux-nés. Parmi les E. coli pathogènes chez le veau, les souches nécrotoxinogènes de type NTEC2 produisent des adhésines de la famille des fimbriae F17. Ces fimbriae sont caractérisés par un polymorphisme de leur piline F17A et de leur adhésine F17G, qui se traduit par l'expression de variants dont plusieurs n'ont pas encore été décrits. Cette thèse rapporte la caractérisation de deux nouveaux variants F17e-A et F17f-A de la piline et d'un nouveau variant F17-G3 de l'adhésine. Le variant F17f-A, qui correspond à une combinaison des variants F17c-A et F17d-A, a été identifié sur le plasmide Vir d'une souche NTEC2 isolée d'un veau diarrhéique. Identifiés respectivement chez des souches d'E. coli isolées de veaux diarrhéiques en Iran et une souche commensale bovine d'E. coli, les variant F17e-A et F17-G3 ont été recherchés et leurs supports génétiques caractérisés au sein de souches d'E. coli isolées de veaux sains et diarrhéiques, afin de déterminer leur association à la virulence. Alors que le gène codant le variant F17-G3 est exclusivement chromosomique ‒ détecté notamment au niveau d'un probable îlot de pathogénicité, le gène codant le variant F17e-A est chromosomique ou associé aux gènes codant les toxines CNF2 et CDT-III ‒ caractéristiques des souches NTEC2 ‒ sur des plasmides IncF appartenant à une même lignée. Ces résultats confirment le lien entre fimbriae F17 et NTEC2 et mettent en évidence le rôle évolutif de supports plasmidiques dans l'émergence de ce pathovar / The bacterium Escherichia coli is commonly found in the normal intestinal microflora in mammals but may be responsible for diarrhea outbreaks in newborn calves. Among pathogenic E. coli in calves, necrotoxigenic strains of NTEC2 type produce adhesins of the F17 fimbriae family. These fimbriae are composed of the polymorphic pilin F17A and adhesin F17G, for which several variants are unknown. In this thesis, the two new pilin variants F17e-A and F17f-A and the new adhesin variant F17-G3 were reported. F17f-A is a mix of the pilin variants F17c-A and F17d-A and was identified on a Vir plasmid in a NTEC2 strain isolated from a diarrheic calf. F17e-A and F17-G3 were identified in E. coli strains isolated from diarrheic calves in Iran and from a bovine commensal E. coli strain respectively. To determine their association to virulence, a screening of these variants was performed on E. coli strains isolated from healthy and diarrheic calves. The genetic carriage of these variants was also determined. The F17-G3 encoding gene was exclusively carried by bacterial chromosome, notably on a pathogenicity island. The F17e-A encoding gene was chromosomally located or in association with the encoding genes of the NTEC2 typical toxins CNF2 and CDT-III on IncF plasmids that belong to a same plasmidic family. These results confirm the link between F17 fimbriae and NTEC2 strains and underline the role of plasmids in NTEC2 pathovar evolution and appearance

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.