Severe acute respiratory syndrome (SARS)-CoV-2 emerged in late 2019, then became an unprecedented public health crisis. Hundreds of millions of people have been affected. What is worse, many researchers have revealed that COVID-19 may have long-term effects on varieties of organs even after recovery. Consequently, there is a need for the study of its sequelae. The purpose of this project is to use machine learning algorithms to study the relationship between patients’ EMR data and long-term sequelae, especially kidney diseases. Inspired by a recent learning disentangled representation for recommendation work, this project proposes a method that (i) predicts the development trend of the kidney disease; (ii) learn representations that uncover and disentangle factors related to kidney diseases. The major contribution is that this model has high interpretability which enables medical works to infer the development of patients' condition.

Dans les annales de l'Intelligence Artificielle (IA), la quête incessante pour émuler la cognition humaine dans les machines a sous-tendu l'évolution technologique, repoussant les limites du potentiel humain et des capacités de résolution de problèmes. L'intégration de l'IA a catalysé des progrès remarquables, pénétrant divers domaines et redéfinissant des industries. Cependant, un défi demeure imperturbable : l'obstacle de la généralisation hors de la distribution (OOD). Alors que l'IA triomphe avec des données familières, elle échoue avec des données en dehors de son domaine d'entraînement. En santé, en finance et au-delà, les limitations de l'IA entravent l'adaptation à des scénarios nouveaux. Cette lacune découle de l'écart entre les schémas appris et les caractéristiques causales et invariantes sous-jacentes, entravant l'adaptabilité à des scénarios inexplorés. Cette thèse franchit des étapes significatives pour aborder cette question en innovant et en exploitant des méthodes issues de l'apprentissage de structure causale et de représentation. Le parcours commence par un algorithme novateur d'apprentissage de structure, les ``Reusable Factor Graphs'', qui tire parti des biais inductifs issus de la causalité et de la cognition humaine pour une meilleure généralisation. Ensuite, en explorant l'apprentissage de représentation causale, nous découvrons des représentations désenchevêtrées centrées sur les objets en utilisant une supervision faible basée sur une connaissance partielle de la structure causale des données. Ces connaissances se conjuguent pour préconiser l'apprentissage conjoint de la structure causale et de la représentation. L'architecture proposée, les ``Reusable Slotwise Mechanisms'' (RSM), relie théorie et pratique, démontrant une promesse réelle à travers ses représentations centrées sur les objets et ses mécanismes causaux réutilisables. Cette fusion offre une solution potentielle pour surmonter les limitations de la généralisation OOD en IA. / In the annals of Artificial Intelligence (AI), an enduring quest to emulate human cognition in machines has underpinned technological evolution, driving the boundaries of human potential and problem-solving capabilities. The integration of AI has catalyzed remarkable progress, infiltrating various domains and redefining industries. Yet, a challenge remains unshaken: the hurdle of out-of-distribution (OOD) generalization. While AI triumphs with familiar data, it falters with data outside its training realm. In healthcare, finance, and beyond, AI's limitations hinder adaptation to novel scenarios. This deficiency arises from the gap between learned patterns and underlying causal and invariant features, hindering adaptability to uncharted scenarios. This thesis takes significant steps toward tackling this issue by innovating and leveraging methods from causal structure and representation learning. The journey begins with an innovative structure learning algorithm, Reusable Factor Graphs, leveraging inductive biases from causality and human cognition for improved generalization. Next, delving into causal representation learning, we uncover object-centric disentangled representations using weak supervision from partial knowledge of the causal structure of data. These insights synergize in advocating joint learning of causal structure and representation. The proposed Reusable Slotwise Mechanisms (RSM) architecture bridges theory and practice, demonstrating real-world promise through its object-centric representations and reusable causal mechanisms. This fusion offers a potential solution for tackling OOD generalization limitations in AI.