Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The mitochondrial gene COI is widely used as a molecular marker, and the region used for DNA barcoding is getting more and more popular to species delimitation and identification. However, the evolution patterns can vary along the genes depending on factors as the gene position in genome and taxonomic group, among others. Using one unique delimited region for all groups may not be suitable to a certain targeted taxon, or to answer its evolutionary questions. We examined the patterns of COI intra- and interspecific nucleotide divergence for aeglid crustaceans and we found highly variable divergence profiles along the COI gene; a possible evolutionary pattern for the Jerry-Pat region; lacking of evolutionary pressures by concentrated divergence; intra- and interspecific divergence levels overlap, but no overlapping in substitution profiles along the gene; a putative new COI region to access the total COI diversity in aeglids. We conclude that the barcoding region does not accurately reflect the evolution of the gene COI in aeglids. / O gene mitocondrial COI é amplamente utilizado como marcador molecular, sendo a região de DNA barcoding cada vez mais popular para delimitação e identificação de espécies. No entanto, os padrões de evolução variam ao longo dos genes dependendo de fatores como posição do gene no genoma, grupo taxonômico, entre outros. O uso de uma única região delimitada para qualquer grupo pode não ser adequado para o táxon de interesse ou para responder suas questões evolutivas. Nós examinamos os padrões de divergência nucleotídica intra e interespecíficas no gene COI de crustáceos eglídeos e obtivemos: perfis de divergência altamente variáveis ao longo de todo COI; possível padrão de evolução na região de Jerry-Pat; ausência de pressões evolutivas por divergência concentrada; sobreposição de níveis de divergência intraespecífica e com interespecífica, mas sem sobreposição dos perfis de substituição ao longo do gene; sugestão de nova região para acessar a diversidade total de COI em eglídeos. Concluímos que a região de barcoding não reflete acuradamente a evolução do gene mitocondrial COI em eglídeos.