Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-10-05T11:46:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 734811 bytes, checksum: c43a864d0a2a4f31227bc4d69664ca6d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-05T11:46:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 734811 bytes, checksum: c43a864d0a2a4f31227bc4d69664ca6d (MD5) Previous issue date: 2017-09-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O maracujázeiro azedo (Passiflora edulis Sims) é uma espécie nativa do Brasil que apresenta frutos ricos em vitaminas e sais minerais, comercializados in natura ou industrializados. A cultura se encontra em constante expansão, no entanto, a exigência em fotoperíodo e temperatura para o florescimento e frutificação são considerados fatores limitantes. Um dos objetivos do melhoramento da espécie é o desenvolvimento de novas variedades com maior capacidade produtiva, baixa exigência em fotoperíodo e boa adaptação a baixas temperaturas. Neste trabalho, inicialmente foi estudada a contribuição de genitores masculinos e a diversidade genética existente entre e dentro de progênies de polinização aberta por meio de marcadores microssatélites. Os resultados indicaram que as progênies de polinização aberta apresentam composição genotípica não representativa da verificada na população original, e a variação genética dentro destas progênies foi superior à existente entre as progênies. Simultaneamente, foram estimados os parâmetros genéticos em nove progênies de irmãos completos. As progênies foram avaliadas em delineamento em blocos casualizados quanto as principais características dos frutos e em relação a capacidade de florescimento e frutificação sob fotoperíodo e temperatura reduzidos. Foi verificada alta variabilidade genética para as características massa de fruto, massa de polpa, massa de casca e espessura de casca. Para estas características foram verificados coeficientes de herdabilidade variando de 0,34 a 1,00. A seleção combinada proporcionou os maiores ganhos genéticos, seguida da seleção entre e dentro de famílias. Os índices de Mulamba e Mock e Smith e Hazel apresentaram estimativas de ganhos totais respectivamente de 35,39 e 31,62 %. O florescimento e a frutificação foram verificados durante todo o ano. As características físicas dos frutos produzidos no período de temperatura mais elevadas e fotoperíodo mais longo diferiram significativamente daqueles produzidos em situação contrária, apresentando estimativas superiores para a maioria das características. Os estudos demonstraram que em progênies de polinização aberta a composição genotípica das progênies não representa a carga genética observada na população de origem da planta mãe. Os híbridos avaliados floresceram durante todo o ano, independente de condições de fotoperíodo reduzido e baixas temperaturas, apresentando variabilidade genética para ganhos com a seleção, sendo a seleção combinada, o método que proporcionou os maiores ganhos. / The passion fruit (Passiflora edulis Sims) is a native species of Brazil that presents fruits rich in vitamins and minerals, commercialized in natura or industrialized. The crop is in constant expansion, however, the requirement in photoperiod and temperature for flowering and fruiting are considered limiting factors. One of the objectives of the improvement of the species is the development of new varieties with greater productive capacity, low requirement in photoperiod and good adaptation to the low temperatures. In this work, we initially studied the contribution of male parents and the genetic diversity between and within open pollinated progenies through microsatellite markers. The results indicated that the open pollinated progenies present a genotypic composition not representative of that verified in the original population, and the genetic variation within these progenies was superior the existing among the progenies. Simultaneously, the genetic parameters were estimated in nine progenies of complete siblings. The progenies were evaluated in a randomized complete block design. The main fruit traits and the flowering and fruiting capacity under reduced photoperiod and temperature were evaluated. High genetic variability was verified for fruit mass, pulp mass, bark mass and bark thickness. For these characteristics, heritability coefficients varying between 0.34 and 1.00. Combined selection provided the highest expected genetic gains, followed by selection between and within families. The Mulamba and Mock and Smith and Hazel indices showed total gains estimates of respectively 35.39 and 31.62%. Flowering and fruiting were verified throughout all the year. The physical characteristics of fruits produced under higher temperatures and longer photoperiod differed significantly from those produced in the opposite situation, presenting higher estimates for most of the characteristics. Studies have shown that in open-pollinated progenies, the genotypic composition of the progenies does not fit the genetic constitution of the parent plant population. The evaluated hybrids flourished throughout the year, regardless of reduced photoperiod and low temperatures, presenting genetic variability for selection gains, and the combination selection was the method that provided the greatest gains.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-06-12T15:21:59Z No. of bitstreams: 1 Ildja Viviane de Queiroz.pdf: 2231099 bytes, checksum: c547257fdbeecee05a6cd50fd290d5d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T15:21:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ildja Viviane de Queiroz.pdf: 2231099 bytes, checksum: c547257fdbeecee05a6cd50fd290d5d0 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Knowing the genetic variability, production characteristics and nutritive values of Desmanthus species is essential to identifying promising germplasm within this genus. The objective was to study the genetic variability of Desmanthus spp., namely the morphological, production, and evaluation of plants submitted to moisture stress as well as evaluate of plants submitted to 75 or 120-day cutting intervals. To study the genetic variability we used four accesses native species D. pernambucanus (L.) Thellung (7G, 100C, 43F e 89F) from the Federal Rural University of Pernambuco germplasm bank in Serra Talhada-PE, and Desmanthus pubescens AusTRC, from Embrapa Tabuleiros Costeiros –Sergipe. Through amplified fragment length polymorphism (AFLP), 38 primers were tested, 32 combinations amplified 707 fragments, of which 436 (62%) were polymorphic and 271 (38%) monomorphic, indicating a wide variability among the five accessions. NEI genetic distance matrix indicated that 89F and AusTRC, distinct species collected from different locations (Bom Jardim and Saint Croix, USA, respectively), had less genetic distance (33.5%) compared to 43F and 100C belonging to D. pernambucanus but collected in Bom Jardim and Sertania, with 57% distance. The geographically closest D. pernambucanus accessions, 43F and 89F, had the greatest genetic distance (63%). We submitted three Desmanthus spp. accessions to moisture stress, in a greenhouse: two native species D. pernambucanus (43F e 89F) and one accession, Desmanthus spp. (AusT), from Embrapa Tabuleiros Costeiros –Sergipe, were submitted to moisture stress 7 and 21-day. The 43F accession showed a decrease (P≤0.05) in growth rate of 0.03 cm day-1 in diameter, Aust and 89F accessions showed (P≤0.05) growth rate average of 8.40 and 4.27 cm, respectively in water suspension of 21 days. We also observed reductions (P≤0.05) in the number of branches, number of leaves, length of leaves and stem diameter. However, 89F and Aust accesses showed an increase (P≤0.05) in width of water hanging on leaves after 21 days. Occurred proline accumulation in moisture stress 21-day of 90.22 mg kg-1, and greater 43F shown (P≤0.05) accumulation of 89.46 mg kg-1 differing from 89F (24.91 mg kg-1) and AusT (45.01 mg kg-1) accesses. Accumulation of total soluble carbohydrates were observed in leaves of plants submitted to moisture stress 21-day in 43F (32.62 g kg-1) and 89F (33.07 g kg-1), AusT showed accumulation lower of 13.64 g kg-1. AusT presented in leaves, the higher (P≤0.05) crude protein (229.03 g kg-1), higher (P≤0.05) carbon (390.52 g kg-1), the lower (P≤0.05) C:N ratio (10.65) and higher (P≤0.05) chlorophyll a (25.33 μg g-1) and b (10.48 μg g-1) submitted to moisture stress 21-day compared to D. pernambucanus. accesses. It was observed that SPAD is not suitable for evaluating chlorophyll content in Desmanthus spp. submitted to moisture stress 21-day. As such, 43F and 89F were more susceptible to water 21 day moisture stress. Accession AusT is indicated for cultivation under water suspension of 21 days, with better morphological and chemical behavior. The third study included D. pernambucanus accessions 6G, 7G and AusTR. The field trial took place at the Experimental Cane Sugar Carpina, Federal Rural University of Pernambuco, Carpina City. The accessions were submitted to two cutting of 75 and 120-days intervals, between March and October 2015. 6G exhibited greater growth in the rainy season at 75-day intervals (53.01 cm) compared to the dry season 120-day interval (11.01 cm). The 120-day interval resulted in 0.36% greater stem diameter (2.29 cm), 41% greater leaf DM content (484.87 g kg-1), 17.37% less leaf crude protein (CP; 202.07 g kg-1), with 194.45% greater binding to condensed tannins (CT), where 78.27 g kg-1 protein precipitable phenols (PPP) were measured plants cut at 75-day intervals. Compared to 6G and 7G which did not differ from each other, AusTR had 14% greater DM (450.87 g kg-1). The 6G and 7G access not differ from each other, with 397.87 and 393.03 g kg-1 values, respectively. Higher (P≤0,05) CP was found in AusTR (233.91 g kg-1) with PPP of 36.85 g kg-1, as the 6G (214.44 g kg-1) and 7G (210.54 g kg-1) access had lower (P≤0,05) CP (214.44 g kg-1 and 210.54 g kg-1, respectively) and PPP 50.93 g kg-1 and 69.50 g kg-1, respectively. AusTR C:N ratio was 11.05, indicating greater N liberation during leaf decomposition compared to 6G with 12.37, and 7G with 12.48. In vitro DM disappearance for 6G was 651.67 g kg-1, 614.32 for 7G, and 666.71 for AusTR at 75-day intervals and 586.09, 617.11 e 580.75 g kg-1, respectively, for 120-day intervals. Seventy-five-day cutting intervals for these Desmanthus species resulted in the best nutritional values and yields compared to 120-day intervals. Compared to the D. pernambucus accessions, AusTR had greater regrowth and nutritive value. / Conhecer a variabilidade genética e caracterização produtiva e nutritiva das espécies de Desmanthus spp. é essencial para identificação de materiais promissores. Objetivou-se avaliar a variabilidade genéticas de acessos de Desmanthus spp.; caracterizar a morfologia, produção e composição de plantas submetidas a suspensão hídrica de 7 e 21 dias, bem como caracterizar plantas manejadas sob dois intervalos de corte (75 e 120 dias). Para o estudo da variabilidade genética foram utilizados quatro acessos nativos da espécie Desmanthus pernambucanus (L.) Thellung (7G, 100C, 43F e 89F) provenientes do Banco de germoplasma (BAG) da UFRPE localizado em Serra Talhada-PE, e um acesso fornecido pela Embrapa Tabuleiros Costeiros - Sergipe (AusTRC, oriundo do banco de germoplasma, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation-Austrália), identificado como Desmanthus pubescens B. L. Turner. Através da técnica de polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP), observou-se em 32 combinações, 707 fragmentos amplificados, dos quais 436 (62%) foram polimórficos e 271 (38%) comuns aos cinco acessos, evidenciando a grande variabilidade existente entre os acessos avaliados. Além disso, a distância genética (Dg) não foi limitada pela distância geográfica, uma vez que, acessos 89F e AusTRC pertencentes a espécies distintas e oriundos de locais diferentes, Bom Jardim e Saint Croix (EUA), respectivamente, apresentaram menor Dg (33,5%). Acessos 43F e 100C pertencentes à mesma espécie oriundas dos municípios de Bom Jardim e Sertânia, respectivamente, apresentam maior Dg (57%). Os acessos mais próximos geograficamente (43F e 89F) e pertencentes à espécie D. pernambucanus apresentam alta Dg (0,6303), o que esta associada a uma variação intraespecífica. Avaliaram-se acessos de Desmanthus spp. submetidos à suspensão hídrica, em casa de vegetação, sendo três acessos de Desmanthus spp., dois nativos da espécie D. pernambucanus (43F e 89F) e um fornecido pela Embrapa Tabuleiros Costeiros - Sergipe (AusT, oriundo do BAG CSIRO-Austrália) identificado apenas como Desmanthus spp., os quais foram submetidos a 7 e 21 dias de suspensão hídrica. Utilizou-se delineamento de blocos ao acaso, em esquema fatorial 3 x 2 (acesso e suspensão hídrica), quatro repetições, durante 252 dias de avaliação. A suspensão hídrica interferiu nas características morfológicas, produtivas e químicas dos acessos de Desmanthus spp. O acesso 43F apresentou decréscimo (P≤0,05) na taxa de crescimento de 0,03 cm dia-1, os acessos AusT e 89F apresentaram (P≤0,05) taxa de crescimento médio de 8,40 e 4,27 cm, respectivamente, em suspensão hídrica de 21 dias. Também foram observadas reduções (P≤0,05) no número de ramos, número de folhas, comprimento das folhas e diâmetro do caule. Entretanto, os acessos 89F e AusT apresentaram aumento (P≤0,05) na largura das folhas em suspensão hídrica de 21 dias. Ocorreu acúmulo de prolina na suspensão hídrica de 21 dias de 90,22 mg kg-1, tendo o acesso 43F apresentado maior (P≤0,05) acúmulo de 89,46 mg kg-1 diferindo dos acessos 89F (24,91 mg kg-1) e AusT (45,01 mg kg-1). Acúmulos de carboidratos solúveis totais foram observados nas folhas das plantas submetidas à suspensão hídrica de 21 dias nos acessos 43F (32,62 g kg-1) e 89F (33,07 g kg-1), já o acesso AusT apresentou menor (P≤0,05) acúmulo de 13,64 g kg-1. O acesso AusT apresentou, nas folhas das plantas, maior (P≤0,05) proteína bruta (229,03 g kg-1), maior (P≤0,05) carbono (390,52 g kg-1), menor (P≤0,05) relação C:N (10,65) e maior (P≤0,05) clorofila a (25,33 μg g-1) e b (10,48 μg g-1) na suspensão hídrica de 21 dias e em relação aos acessos D. pernambucanus. Observou-se que o índice SPAD não é indicado para avaliar Desmanthus spp. submetidos a suspensão hídrica de 21 dias. Existe grande variabilidade no grau de tolerância à seca entre espécies e dentro da espécie. Os acessos 43F e 89F foram mais susceptíveis a suspensão hídrica de 21 dias. O acesso AusT em cultivo sob suspensão hídrica de 21 dias, apresentou melhor desenvolvimento e composição química. Avaliou-se também acessos de D. pernambucanus (6G, 7G e AusTR) cultivados em Carpina-PE, na Estação Experimental de Cana de açúcar, da Universidade Federal Rural de Pernambuco. Os acessos foram submetidos a dois intervalos de corte de 75 e 120 dias, Março e Outubro de 2015, respectivamente, em delineamento inteiramente casualizado em parcelas subdivididas, com quatro repetições. Apenas o acesso 6G apresentou queda na taxa de crescimento de plantas entre os intervalos de corte, com taxa de crescimento maior (P≤0,05) na estação chuvosa (intervalo de 75 dias) de 53,01 cm, e menor (P≤0,05) na estação seca (intervalo de 120 dias) de 11,01 cm. O intervalo de corte de 120 dias proporcionou maior (P≤0,05) diâmetro do caule (2,29 cm), maior (P≤0,05) matéria seca (MS) nas folhas (484,87 g kg-1), menor (P≤0,05) proteína bruta (PB) nas folhas (202,07 g kg-1) com alta ligação aos taninos condensados (TC), onde foram observados valores de 78,27 g kg-1 de PPP (proteína precipitada em fenóis) nesse intervalo. O AusTR apresentou maior (P≤0,05) MS (450,87 g kg-1). Os acessos 6G e 7G não diferindo entre si, apresentando valores de 397,87 e 393,03 g kg-1, respectivamente. Maior (P≤0,05) PB foi encontrada no AusTR (233,91 g kg-1) com valor de PPP de 36,85 g kg-1, já os acessos 6G (214,44 g kg-1) e 7G (210,54 g kg-1) apresentaram menor (P≤0,05) PB (214,44 g kg-1 e 210,54 g kg-1, respectivamente) e PPP de 50,93 g kg-1 e 69,50 g kg-1, respectivamente. A relação C:N foi de 11,05 (AusTR), 12,37 (6G) e 12,48 (7G), indicando maior rapidez na liberação de nitrogênio na decomposição da fração folha do acesso AusTR, em relação aos acessos 6G e 7G. O desaparecimento in vitro da MS nos acessos 6G, 7G e AusTR foi de 651,67, 614,32 e 666,71 g kg-1, respectivamente no intervalo de corte de 75 dias e de 586,09, 617,11 e 580,75 g kg-1 , respectivamente no intervalo de corte de 120 dias. Intervalos de 75 dias entre cortes para plantas da espécie D. pernambucanus são mais indicados, resultando em melhor composição química e maior taxa de crescimento das plantas. O acesso AusTR apresenta as maiores taxas de crescimento e melhor valor nutritivo.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:35:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12070_Dissertação_Fernanda Mariano Garcia.pdf: 3239009 bytes, checksum: d9dfe15fc9ef8127dc0144cec5fa3160 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / O Zika virus (ZIKV) é um arbovírus do gênero Flavivirus pertencente à família Flaviviridae. Duas principais linhagens são reconhecidas, Asiática e Africana, sendo a linhagem Asiática encontrada no Brasil. Os sintomas da infecção de ZIKV geralmente são brandos, mas existem relatos de casos de óbitos e manifestações neurológicas. Variações genéticas virais estão relacionadas com as diferenças nas manifestações clínicas da doença, portanto pesquisas sobre o genoma, filogenia e distribuição geográfica do vírus podem esclarecer como essas variações afetam a manifestação clínica do ZIKV, além de servir para o desenvolvimento de produtos biotecnológicos. Apesar da importância, poucos estudos avaliam as variações genéticas virais. Este estudo realizou uma abordagem epidemiológica e filogenética a nível populacional que analisou a diversidade genética do ZIKV no Espírito Santo (ES), e as relações filogenéticas das cepas de ZIKV identificadas com sequências virais disponíveis no GenBank. Constatou-se que os municípios de Vitória, Cariacica e Cachoeiro de Itapemirim foram os mais afetados, sendo a linhagem Asiática a circulante no ES, assim como no restante do país. Foram encontradas 4 variações em 2 genes estudados, no gene E A1023G e C1050T e no gene NS5 C1891T e T1945C. As variações A1023T e C1891T foram descritas pela primeira vez em linhagens Asiáticas neste trabalho, e as variações C1050T e T1945C foram descritas anteriormente em linhagem Asiática apenas uma vez em uma sequência do Rio de Janeiro e três sequências na China, respectivamente. Por fim, apesar das variações genéticas encontradas nas sequências do ES não estarem associadas à mudança de aminoácidos, não se pode descartar que outras mudanças, seja em ligações entre enzimas e o RNA, seja na estrutura das proteínas finais, podem ser causadas por essas variações. Os resultados apresentados podem ser úteis a futuros trabalhos permitindo uma expansão da base de dados apresentando uma visão mais clara da epidemiologia do ZIKV, o que poderá ajudar a determinar a origem geográfica de um novo surto e, além disso, monitorar a eficácia das medidas de controle.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-05T15:33:59Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Gleica Soyan Barbosa Alves.pdf: 3821920 bytes, checksum: 34ccc3da66a047e6488478b0c0743aa5 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-05T15:34:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Gleica Soyan Barbosa Alves.pdf: 3821920 bytes, checksum: 34ccc3da66a047e6488478b0c0743aa5 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-05T15:34:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Gleica Soyan Barbosa Alves.pdf: 3821920 bytes, checksum: 34ccc3da66a047e6488478b0c0743aa5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-05T15:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Gleica Soyan Barbosa Alves.pdf: 3821920 bytes, checksum: 34ccc3da66a047e6488478b0c0743aa5 (MD5) Previous issue date: 2016-04-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cryptococcosis is a systemic mycosis caused by the inhalation of resected propagules of Cryptococcus fungus. The two main species that cause disease are Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. In this study the objective was to evaluate the presence of cryptococcosis agents in residences of a rural community of Amazonas and characterize the environmental isolates of C. neoformans and C. gattii for genetic diversity using multilocus sequencing typing (MLST) and antifungal susceptibility using E-test. The total of 103 samples of indoor dust were analyzed, in 12 houses the isolation of Cryptococcus neoformans and / or C. gattii molecular types VNI and VGII were possible. The STs knowed for C. gattii ST46 and ST93 for C. neoformans were found. In addition, new alleles were found, resulting in new STs for the two species. The evaluation of the antifungal susceptibility revealed the presence of two strains of C. gattii with fluconazole resistance. All residents had negative results CrAg, despite the dust of their homes present cryptococcosis agents. / A criptococose é uma micose sistêmica ocasionada pela inalação de propágulos ressecados do fungo Cryptococcus. As duas principais espécies causadoras de doença são Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii. Nesse trabalho o objetivo foi avaliar a presença de agentes da criptococose em moradores e moradias de uma comunidade rural do Amazonas e caracterizar os isolados ambientais de C. neoformans e C. gattii quanto à diversidade genética utilizando a técnica de sequenciamento de multilocus (MLST) e a susceptibilidade a cinco antifúngicos utilizando fitas de E-test. Foram analisadas 103 amostras de poeira domiciliar, destas em 12 casas foi possível realizar isolamento de Cryptococcus neoformans e/ou C. gattii dos tipos moleculares VNI e VGII. Foram encontrados os STs já conhecidos ST46 para C. gattii e ST93 para C. neoformans e novos alelos, resultando em novos STs para as duas espécies. A avaliação da susceptibilidade a antifúngicos revelou a presença de dois isolados de C. gattii resistentes a fluconazol. Todos os moradores tiveram resultado de CrAg negativo, apesar de na poeira das suas moradias serem isolados os agentes de criptococose.

O objetivo principal deste trabalho foi a caracterização e quantificação da variabilidade isoenzimática observada no germoplasma de mandioca (M. esculenta) na agricultura autóctone do sul do estado de São Paulo. A técnica utilizada foi a de eletroforese de isoenzimas em gel de penetrose 30 à 13%. Foram determinados e estudados 12 locos isoenzimáticos, sendo 9 polimórficos, pertencentes a cinco sistemas: malato desidrogenase (MDH - E.C. 1.1.1.37), leucina aminopeptidase (LAP - E.C. 3.4.11.1), xiquimato desidrogenase (SKDH - E.C. 1.1.1.25), alfa-esterase (Alfa-EST - E.C. 3.1.1.1) e aspartato aminotransferase (AAT - E.C. 2.6.1.1). O sistema da peroxidase (PER - E. C. 1. 1 1 .1.7) foi descartado por não apresentar polimorfismo de bandas. O polimorfismo isoenzimático observado nas populações estudadas é função da distribuição geográfica, uma vez que as populações do Litoral sul de São Paulo apresentam maior variabilidade que as populações do Vale do Ribeira. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo feno gramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A. (Unweighted pair-group method average), entre outros. O sistema de agricultura autóctone praticado pelos agricultores das comunidades negras e caiçaras matem e amplifica o nível de variabilidade intraespecífica, através de processos de hibridação introgressiva, troca de material entre agricultores, fluxo gênico, recombinação, introdução de variedades novas e mutação. Entre as principais conclusões destacam-se as seguintes: Os parâmetros de heterozigosidade média estimados demostraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=O,242), sendo superiores à média de dados observados na literatura (Ho=O,225). Os resultados mostraram maior grau de variabilidade dentro das roças, sendo a roça 1 (roça Pedrinhas-1) a mais polimórfica (75,0% de variabilidade ). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural do local. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. As etnovariedades pertencentes às populações do litoral apresentaram maior variabilidade do que as populações do vale. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo fonogramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A., entre outros. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos. O sistema AAT mostrou-se um bom marcador bioquímico para a identificação das etnovariedades. Parâmetros heterozigosidade média estimados demonstraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=0,242), sendo superiores ao da literatura (Ho=0,225). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural-local . As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. Dados de isoenzimas servem para auxiliar os melhoristas nas estratégias de melhoramento genético da mandioca nas roças de agricultura autóctone, no sentido de detectar a distribuição da variabilidade genética presente nas populações. / not available

Agricultores tradicionais autóctones são responsáveis por manter etnovariedades conservadas in situ, e são responsável por processos dinâmicos de amplificação de variabilidade genética. A variabilidade manipulada por estes agricultores pode ser maior do que a variabilidade reconhecida e nomeada sob a forma de etnovariedades. Através da avaliação da variabilidade de mandioca (Manihot esculenta Crantz) manejada por agricultores tradicionais autóctones do sul do litoral paulista e do Vale do Ribeira de Iguape, foram estudadas 10 roças, com os seguintes objetivos: a) Determinar a variabilidade intraespecífica de mandioca, ao nível das etnovariedades, presente num sistema agrícola de corte e queima, através do uso de marcadores bioquímicos (isoenzimas), e de caracteres morfológicos; b) Avaliar e comparar a variabilidade reconhecida e nomeada pelo agricultor e a variabilidade intra-roça presente e não necessariamente reconhecida; c) Interpretar os padrões de variabilidade sob um modelo de dinâmica evolutiva da mandioca. Foram utilizadas para estes fins, 3 técnicas de amostragem em 10 roças em locais diferentes, e em ciclos agrícolas diferentes: 1) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor com interferência dele na escolha de cada amostra; 2) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor sem interferência dele na escolha de cada amostra; 3) amostragem aleatória dentro da roça sem nomeação individualizada. Ao todo foram estudados 356 indivíduos, sendo avaliados 21 caracteres e sendo feitas posteriormente as seguintes análises: cálculo de distância euclidiana média entre amostras, análise de agrupamento, e análise de componentes principais (PCA). Os indivíduos foram submetidos à eletroforese de isoenzimas, sendo então utilizada presença e ausência de bandas isoenzimáticas, cálculo do índice de similaridade genética (coeficiente de semelhança simples,"Simple Matching'), análise de agrupamento e análise de coordenadas principais (PCO). As distâncias obtidas a partir de cada conjunto de dados foram comparadas através de correlação de Mantel. A partir dos resultados, foi possível concluir que os agricultores subestimam a variabilidade presente intra-roça, dando o mesmo nome a genótipos diferentes. Além disso, foi possível concluir que cada etnovariedade de mandioca é constituída por genótipos distintos, com grande semelhança na morfologia, compondo uma população heterogênea. Através da interpretação dos resultados sob o modelo de dinâmica evolutiva de mandioca é possível inferir sobre a origem destes genótipos via hibridação intraespecífica. Sendo assim, os processos sexuais existentes amplificam a variabilidade de mandioca dentro das roças, interagindo com as técnicas de manejo empregadas secularmente. / not available

Visando caracterizar e aglomerar variedades em grupos de diversidade, foram avaliadas as variações quantitativas nas proteínas de grão, separadas por SDS-PAGE entre 67 germoplasmas de arroz (Oryza sativa L.) (59 brasileiros e 8 japoneses). A avaliação quantitativa foi desenvolvida através de análise densitométrica dos padrões eletroforéticos. Os dados obtidos permitiram determinação de distância genética entre pares de variedades, utilizando-se a distância euclidiana média e a formação de 10 grupos de diversidade (método de Tocher) e um dendograma (método do vizinho mais próximo). Foi observado, que em termos gerais, o gradiente de diferenciação está relacionado com a procedência dos materiais e com o nível de melhoramento das variedades. A análise de função discriminante confirmou que é possível uma clara discriminação entre variedades brasileiras e japonesas. Entretanto, a diferenciação entre variedades melhoradas e não melhoradas não foi tão manifesta. As técnicas estatísticas aplicadas aos componentes proteicos mencionados indicam que o conhecimento das proteínas de semente permite a avaliação da afinidade genética entre variedades e facilita a formação de grupos de diversidade e a diferenciação entre variedades de backgrounds genéticos similares / Variation among 67 rice cultivars (Oryza sativa L.) was evaluted comparing their soluble grain proteins profiles on SDS-PAGE gels. The protein fractions were quantitatively analysed by densitometric scanning of the gels. Utilizations of this methodology allowed an evaluation of genetic distances among pairs of cultivars by estimation of the mean distances. Ten groups of diversity were formed by the Tocher's method of conglomeration analysis, which were confirmed by the dendrogram of afinity relations (single linkage method). In general, the results showed that differentiation grades were related to the origin of the materials and their level of improvement. Graphic analysis of discriminant function showed a clear discrimination between brazilian and japonese cultivars. However, differenciation between improved (M) and non improved (O) cultivars was not so clear, showing a transition range between them. Statistical techniques applied to protein components indicate that knowledge of seed proteins allows to evaluate the genetic affinity among varieties and enables to from diversity groups and to discriminate them with similar genetic backgroung

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-06-14T17:03:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 776479 bytes, checksum: d6218293489455ed750d4c93125ad7ba (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T17:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 776479 bytes, checksum: d6218293489455ed750d4c93125ad7ba (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Jatropha curcas L. é uma espécie vegetal oleaginosa de grande potencial para produção de biocombustíveis, devido ao elevado teor de óleo de suas sementes. Porém,há escassez de cultivares comerciais e programas de melhoramento para esta espécie são raros.Estudos apontam que a espécie apresenta estreita variabilidade genética, sendo necessárias pesquisas que esclareçam essa problemática.O objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade genética entre e dentro de 28 famíliasdo Banco Ativo de Germoplasma de J. curcas da Universidade Federal de Viçosa (BAG-UFV)por meio de marcadores moleculares microssatélites (SSRs). Foram testados 39 pares de primersSSRs, dos quais seis forampolimórficos, totalizando 18 alelos com média de três alelos/locos. Estes seis marcadores permitiram estimar a variabilidade genética entre e dentro das famílias. O conteúdo de informação de polimorfismo variou de 0,08 a 0,57, com média de 0,36, indicando moderada informatividade dos primers. As heterozigosidades esperada (He)e observada (Ho) foram elevadas (0,44 e 0,48, respectivamente).O coeficiente de endogamia (f) foi baixo (-0,03) e a variabilidade entre e dentro das famílias, com base no índice de Shannon-Wiener (H’), foi considerada alta (H’=0,71). O agrupamento de todos os acessos revelou a formação de 11 grupos. A análise bayesiana classificou as famílias em quatro grupos gênicos.A análise de variância molecular revelou que a maior parte da variabilidade (92,4%) está contida dentro das famílias. Por fim, o valor de Φ ST (0,07) indicou expressiva diferenciação entre as famílias. Em razão destes resultadosrecomenda-se priorizar a seleção de genótipos dentro das famílias, pois é onde se encontra maior variabilidade.Estes resultados corroboram com a estratégia utilizada na implantação do BAG, que priorizou a coleta de mais plantas por família, reunindo de forma eficiente maior variabilidade genética no BAG-UFV. / Jatropha curcas L. is an oilseed plant with great potential for biofuels, due to high oil content in their seeds. However, there are no commercial cultivars available and breeding programs for this species are rare. Recent research indicate narrow genetic variability outside its center of diversity, further studies on this topic are necessary to clarify this problem and to develop new cultivars. Thus, the aim of this study was characterize the genetic variability among and within 28 families fromJatropha curcas L. Germplasm Bank of Universidade Federal deViçosa (BAG) using SSR markers. A total of 39SSRprimerpairs were tested, that six were polymorphic, totaling 18 alleles with a mean of three alleles/locos.These six markers allowed estimating genetic variability among and within families, through statistics of diversity.Polymorphic informationcontent value ranged from 0.08 to 0.57 with an average of 0.36 indicating moderatelevel of informativenessof these primers. High expected heterozygosity (He=0.44) and observed heterozygosity (Ho=0.48) were identified. Inbreeding coefficient (f =-0.03)is considerate low and high variability between and within families with the Shannon’s information index (H’=0.71). A cluster analysiswith all accessions revealed 11 groups. Bayesian analysis ranking the accessions into four genetic groups. Analysis of molecular variance revealed that the greatest variation (92.4%)occurs within families. Finally, the value of Φ ST (0.07) indicated anexpressive differentiation between families. Therefore, we recommend prioritizing the selection of genotypes within the lines, since it is where greater variability is found.These results corroborate with the strategy used in the implementation of UFV genebank families, practiced with the collection of many plants per family, efficiently bringing together greater genetic variability to BAG-UFV.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-19T07:31:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6452406 bytes, checksum: 11a9270502dc083faeefb66ee407bd7f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T07:31:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6452406 bytes, checksum: 11a9270502dc083faeefb66ee407bd7f (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Fruteiras de clima temperado são de grande importância econômica mundial e são suscetíveis a diversos patógenos transmissíveis por insetos ou nematoides. Seu caráter perene e a propagação vegetativa resultam no aparecimento de diversas doenças complexas, algumas das quais ainda etiologicamente desconhecidas. Em pomares e vinhedos brasileiros frequentemente são observados sintomas de possível origem viral, mas os agentes não foram identificados. Com o objetivo de prospectar agentes virais associados a estas culturas, 74 amostras de fruteiras foram coletadas em diferentes regiões produtoras e avaliadas por PCR e RCA. Um novo vírus altamente divergente, monossegmentado, com genoma de ssDNA circular de aproximadamente 3.400 nucleotídeos, apresentando características moleculares semelhantes às de vírus classificadas nas famílias Circo-, Nano- e Geminiviridae foi detectado em plantas de macieira, pereira e videira. A associação com os hospedeiros foi confirmada e sua infectividade comprovada por meio de inoculação com um clone correspondente ao genoma completo. A análise de sequências e suas características moleculares indicam que este novo vírus poderá pertencer a um novo gênero ou família viral. Os begomovírus (família Geminiviridae) são patógenos de grande importância econômica em diversas culturas, principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Eles regulam, direta ou indiretamente, diversos mecanismos de defesa do hospedeiro, a exemplo da via dos pequenos RNAs (smRNAs), de forma a facilitar a infecção viral. O segundo objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil de smRNAs em plantas de Nicotiana benthamiana infectadas pelo begomovírus Tomato yellow spot virus (ToYSV). Utilizando sequenciamento de nova geração, bibliotecas de smRNAs de plantas de N. benthamiana, sadias e infectadas com o ToYSV, foram sequenciadas a fim de investigar sua complexidade e compreender os mecanismos regulatórios envolvidos na patogênese. Os resultados indicam que os begomovírus são alvo das vias de silenciamento de RNA (VSR) nas etapas iniciais da infecção e que suas proteínas supressoras de silenciamento atuam in trans para interferir com as VSRs. O sucesso da infecção viral e a indução de sintomas estariam assim, ao menos em parte, correlacionados com a regulação negativa das VSRs, com a mudança do perfil de smRNAs e com a regulação da expressão de diversos genes do hospedeiro que transcrevem mRNAs e miRNAs. A proteína de movimento (MP) dos begomovírus bissegmentados é responsável pelo movimento célula-a-célula, indução de sintomas e na determinação da gama de hospedeiros. O terceiro objetivo deste trabalho foi identificar proteínas de hospedeiros do ToYSV candidatas a interagirem com a MP. Complexos proteicos provenientes de plantas expressando constitutiva- ou transientemente NTAPi-MP foram purificados, seguido de identificação por espectrometria de massas. Entretanto, não foi possível encontrar proteínas que interagissem com MP do ToYSV. Ensaios de pull-down com a proteína MP fusionada a uma etiqueta de seis histidinas (6His-MP) identificaram 64 proteínas da planta candidatas a interagirem com a MP. Destas, 25 foram selecionadas para avaliação da interação pelo sistema duplo-híbrido em levedura, contudo, os resultados foram negativos para todas as 25 proteínas. / Temperate fruit trees are of great economical importance worldwide and are susceptible to several insect or nematode-transmitted pathogens. Their perennial nature and vegetative mode of propagation result in the appearance of several complex diseases, some of which are aetiologically undetermined. In Brazilian orchards and vineyards, virus-like symptoms are often observed, but the causal agents have not been identified. With the objective of prospecting viral agents associated with these plants, 74 fruit tree samples were collected at different regions and evaluated by PCR and RCA. A novel, highly divergent virus with a monopartite circular ssDNA genome of approximately 3400 nucleotides, with molecular characteristics similar to viruses in the Circo-, Nano- and Geminiviridae families was identified in apple, pear tree and grapevine plants. Its association with the hosts was confirmed and its infectivity was proven by inoculation with a full-length genomic clone. Sequence analysis and molecular characteristics indicate that this novel virus will be classified in a new viral genus or family. Begomoviruses (Geminiviridae family) cause diseases of major economic importance in many crops, especially in tropical and subtropical regions. They regulate, directly or indirectly, several host defense mechanisms such as small RNA (smRNA) pathways so as to facilitate viral infection. The second objective of this work was to evaluate the profile of smRNAs in Nicotiana benthamiana plants infected by the begomovirus Tomato yellow spot virus (ToYSV). Using Next Generation Sequencing approaches, we sequenced smRNA libraries from healthy or ToYSV-infected N. benthamiana plants to understand their complexity and to explore the regulatory mechanisms involved in pathogenesis. The results indicate that begomoviruses are targets of RNA silencing pathways (RSP) early in the infection and that their silencing suppressor proteins act in trans to interfere with RSP. The success of viral infection and the appearance of ToYSV-induced symptoms may be correlated, at least in part, with RSP downregulation, smRNA profile change and regulation of expression of several host genes (mRNA- and miRNA-transcribing). The movement protein (MP) of bipartite begomoviruses is responsible for cell-to-cell movement, symptom induction and determination of host range. The third objective of this work was to identify host proteins that interact with the ToYSV MP. Protein complexes were purified from plants expressing NTAPi-MP either constitutively or transiently, followed by mass spectrometry-based identification. However, no candidate host proteins were identified. Pull-down assays using the MP with a six histidine tag (6His-MP) identified 64 candidate proteins, 25 of which were selected for evaluation of the interaction using the yeast two- hybrid system. However, results were negative for all 25 proteins.

A mancha bacteriana, doença causada por Xanthomonas campestres pv. passiflorae, apresenta-se como uma das mais importantes doenças do maracujazeiro, podendo limitar a produção dessa frutífera em algumas regiões do País. O uso de resistência genética e controle químico, juntamente com o emprego de medidas de exclusão, são as práticas de controle da doença mais recomendadas. Cinqüenta isolados patogênicos de Xanthomonas campestres pv. passiflorae, coletados em áreas produtoras de maracujá, foram genotipados com marcadores do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) afim de se estabelecer o grau de similaridade genética entre eles. Os resultados indicaram que todos os isolados diferiram entre si. Não foi encontrado nenhum isolado idêntico. A análise de agrupamento separou os isolados em 11 diferentes grupos, considerando 90% como valor limite de similaridade genética. Houve um alto grau de variabilidade genética entre os isolados, com valores de 82 a 95%, não havendo contudo correlação aparente entre origens geográficas e similaridade genética. Isso pode ser uma indicativa de que populações de X. c. pv. passiflorae são compostas por um mosaico de genótipos. Em adição, isolados geneticamente distintos foram isolados de uma mesma planta, indicando a possibilidade de infecções múltiplas. Com base no dendrograma, os cinco isolados mais divergentes foram selecionados para ensaios de inoculação em plantas de maracujá. Os resultados indicaram a existência de variação em níveis de agressividade entre isolados, verificado pela variação significativa da porcentagem de área lesionada, que variou de 3,086 a 31,825 cm2. Este é o primeiro relato da variação de patogenicidade desta espécie de Xantomhonas e esses resultados mostraram a importância de se considerar o genótipo bacteriano na seleção de variedades resistentes. Doze isolados foram testados quanto a sua sensibilidade in vitro a cobre e aos antibióticos streptomicina e oxitetraciclina. Os isolados de X. c. pv. passiflorae apresentaram pouca variação em relação a sensibilidade a cobre quando cultivadas na presença de 100ppm deste elemento. Apesar disto, todos os isolados tiveram seu crescimento reduzido acima de 80% nesta concentração. Nenhuma correlação foi encontrada entre as diferenças na sensibilidade e a origem geográfica dos isolados. Em geral, os mesmos resultados foram encontrados no teste com antibióticos. Algumas diferenças foram encontradas a 1.200 ppm e 2.400 ppm do produto comercial Agrimicina, todos os isolados tiveram seu crescimento reduzido a níveis de 96% a 1.200 ppm e acima de 98% a 2.400. Estes resultados indicam níveis de sensibilidade normal dos isolados coletados e reforçam a importância desses produtos como agentes de controle de X. c. pv. passiflorae. / The disease bacterial spot, caused by Xanthomonas campestris pv. passiflorae, is one of the most important disease of passion-fruit, which can limit its production in some regions of Brazil. The use of genetic resistance and chemical control, as well as the adoption of exclusion measures are the more recommended practices for the control of this disease. Fifty pathogenic isolates of Xanthomonas campestris pv. passiflorae, collected from production areas, were genotyped with RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA) in order to establish the degree of their genetic similarities. The results indicated that all the isolates differed from each other, i.e., no identical isolates were found. Clustering analysis grouped the isolates in 11 clusters considering 90% of similarity as the threshold value. There was a high degree of genetic variability among isolates, which varied from 82 to 95%, and no apparent correlation between their geographical origin and their clustering pattern, indicating that populations of Xanthomonas campestris pv passiflora are composed of a mosaic of genotypes. In addition, distinct isolates were found in the same plant, indicating the possibility of multiple infection. Based on the dendrogram, the five more divergent isolates were selected for inoculation trials in Passiflora edulis f. flavicarpa plants. The results showed a variation in the agressivness, as indicated by significant variation in the percentage of lesioned area, which ranged from 3,086 to 31,825 cm2. This is the first report of variation in pathogenicity in X. c. passiflora and the results highlights the importance of considering the genotype of the bacterium during the selection of resistant varieties. Five isolates were tested for their in vitro sensitivity to copper and the antibiotics streptomycin and oxytetracyclin. X. c. pv. passiflorae isolates varied slightly regarding their sensitivity to copper when grown in the presence of 100 ppm of this element. Notwithstanding, all isolates had their growth reduced to levels above 80% at this concentration. No correlation was found between the differences in sensitivity and the geographic origin of the isolates. In general, the same results were found in the screening with antibiotics. Albeit some differences were found at 1.200 and 2.400 ppm of the commercial product Agrimicin, all isolates had their growth reduced to levels above 96% at 1.200 ppm and above 98% at 2.400. These results indicate normal sensitivity levels of the bacterium collected from these areas and reinforce the importance of these chemicals as control agents of X. c. pv. passiflorae.