Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-04Bitstream added on 2014-06-13T20:03:21Z : No. of bitstreams: 1 pazeto_msr_dr_jabo.pdf: 783609 bytes, checksum: 91ee1030f9bdf68e2c826ba05a29ca65 (MD5) / O gênero Jatropha pertencente à família Euphorbiaceae possui cerca de 170 espécies distribuídas nas regiões semi-áridas tropicais da África e das Américas. Dentre as espécies do gênero Jatropha, encontram-se o pinhão-manso (J. curcas L.), o pinhão-bravo (J. pohliana Müell), como é conhecido no Brasil e o pinhão-roxo (J. gossypiifolia L.). Estudos da variabilidade fenotípica e genética de uma população são importantes para melhoristas de plantas, pois auxiliam na caracterização de acessos, além de facilitar na seleção de parentais para cruzamentos direcionados. Assim, o presente estudo objetivou avaliar acessos de três espécies do gênero Jatropha de diferentes regiões do Brasil, por meio de caracteres morfológicos e marcadores moleculares ISSR, visando agrupá-los de acordo com o grau de divergência existente. Observou-se maior variabilidade interespecífica do que intraespecífica para grupos de acessos, tanto para caracteres morfológicos quanto para moleculares. Caracteres qualitativos e quantitativos mostraram variabilidade entre acessos e poderão servir como base em estudos genéticos futuros de espécies Jatropha. Não houve relação entre o padrão de similaridade e a procedência geográfica de acessos nas análises de agrupamentos pelo método UPGMA. A porcentagem média de polimorfismo encontrada para marcadores ISSR entre os acessos estudados foi de 40,6%. Houve maior similaridade genética entre acessos de J. pohliana e J. gossypiifolia e menor entre J. pohliana e J. curcas. / The genus Jatropha belongs to the Euphorbiaceae family, it has about 170 species distributed in tropical semi- arid regions of Africa and the Americas. Among the species of Jatropha are physic nut (J. curcas L.), pinhão-bravo (J. pohliana Müell), as is known in Brazil and purple pinion (J. gossypiifolia L.). Studies of phenotypic and genetic variability of a population are important for plant breeders, as they help in the characterization of accessions, and facilitate the selection of parents for crosses targeted. Thus, the present study aimed to evaluate Jatropha accessions of three species by morphological characters and ISSR molecular markers in order to group them according to the degree of divergence. There was greater variability in interspecific than intraspecific groups to access, both for morphological and molecular characters. Qualitative and quantitative characters showed variability among accessions and could serve as a basis for future genetic studies of Jatropha species. There was no relation between the pattern of similarity and geographic origin of accessions in the cluster analysis by UPGMA. The average percentage of polymorphism for ISSR found among the accessions studied was 40.6%. There was greater genetic similarity among accessions of J. pohliana and J. gossypiifolia and lower among J. pohliana and J. curcas.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-08Bitstream added on 2014-06-13T20:03:24Z : No. of bitstreams: 1 viegas_mp_dr_jabo.pdf: 946056 bytes, checksum: 35a4f6bce097b276024db20a4297c585 (MD5) / Os marcadores microssatélites têm sido utilizados com frequência como ferramenta efetiva para estudos de diversidade e sistema reprodutivo de populações, possuem aplicabilidade prática, uma vez que podem ser obtidos pela construção de bibliotecas genômicas enriquecidas. Este trabalho teve como objetivo desenvolver e validar iniciadores SSR polimórficos para a espécie Pterogyne nitens e analisar a diversidade genética e o sistema reprodutivo de duas gerações dessa espécie em duas populações distintas. Foram avaliadas uma população localizada na cidade de Jaboticabal-SP (Pop. JB) e outra na cidade de Pereira Barreto-SP (Pop. PB), sendo 10 árvores matrizes e 30 progênies de cada árvore de cada população. Observou-se um total de 48 alelos para as duas gerações da Pop. JB e 41 alelos para a Pop. PB... / Microsatellites molecular markers have been used with frequency as an effective tool for studies of diversity and reproductive system of the populations, have practical applicability, since they can be obtained by the construction of enriched genomic libraries. The aim of this work was to develop and validate SSR polymorphic iniciadores for the Pterogyne nitens species, and to analyze the genetic diversity and the reproduction system of two generations of this species in two different populations. The two populations evaluated are located in Jaboticabal-SP (Pop. JB) and Pereira Barreto-SP (Pop. PB) municipalities. It was evaluated 10 tree matrices and 30 progenies from each tree of each population. The results showed a total of 48 alleles... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-09Bitstream added on 2014-06-13T20:46:47Z : No. of bitstreams: 1 zaganini_rl_dr_botib.pdf: 2927308 bytes, checksum: 11e49aa72205c405399cf15d738d9d2d (MD5) / Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva,... / Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-18Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822497.pdf: 618015 bytes, checksum: 10e49b7cf4610742761f400fa33c5d06 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... / Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-08-13T17:59:58Z : No. of bitstreams: 1 000768387_20150110.pdf: 1793356 bytes, checksum: dbf09fd8264a446f0bfb77f63e5c47d5 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-16T10:37:53Z: 000768387_20150110.pdf,Bitstream added on 2015-01-16T10:38:36Z : No. of bitstreams: 1 000768387.pdf: 5604441 bytes, checksum: 9c1d7d0e35ff13b00ad10d08b4b335f5 (MD5) / O rio Sapucaí-Mirim, tributário da bacia do Alto Paraná apresenta grande diversidade de peixes neotropicais, em termo de riqueza de espécies. Paradoxalmente, a região que compreende a bacia do rio Paraná e alto Paraná apresenta uma grande interferência antrópica devido principalmente a construção de centrais hidrelétricas. Centrais hidrelétricas podem ser classificadas em Usinas Hidrelétricas (UHE) e Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCH), de acordo com a capacidade de gerar energia. As PCHs são colocadas por vários autores como uma das alternativas de menor interferência, por apresentarem um tamanho reduzido, sendo construídas para suprir a demanda energética de pequenos centros urbanos e rurais. No entanto, a construção de diversas PCHs somada a construções de UHE causam uma fragmentação ainda maior nos ambientes aquáticos, ocasionando a interrupção do fluxo dos rios, este evento tem se mostrado prejudicial para várias espécies de peixes, principalmente as espécies migradoras. Estas espécies têm a necessidade de movimentar-se rio acima para fins tróficos e reprodutivos uma vez ao ano, com a construção de barramentos estas encontram dificuldades para completar seu ciclo de vida. Diversos estudos apontam esse bloqueio como principal fator na redução populacional destas espécies, alertando para necessidade de ações conservacionistas, a fim de manter os estoques pesqueiros que além de apresentarem importância ecológica nos ambientes aquáticos são de grande importância na pesca comercial e de subsistência. Há diversas ações tomadas para mitigar a redução populacional destas espécies, no entanto, no Brasil, estas ações são realizadas sem informações científicas, ocorrendo de forma equivocada, especialmente em práticas de repovoamento, onde alevinos são liberados na natureza sem nenhum conhecimento prévio biológico e genético. Práticas mitigadoras realizadas sem respaldo .... / The Sapucaí-Mirim River, tributary of Alto Paraná basin presents great diversity of Neotropical fishes in terms of richness of species. Nevertheless, the region which encompasses the Paraná and Alto Paraná basins presents a great anthropic interference especially due to the construction of hydroelectric plants, these constructions can be classified as to its capacity to generate energy, in Hydroelectric plants and Small Hydroelectric Plants (SHP). The SHP are considered by several authors as one of the alternatives with less interference, due to its small size, this kind of hydroelectric are constructed to feed the energetic demand of small urban and rural centers. However, the constructions of SHPs together with hydroelectric plants constructions causes an even bigger fragmentation in the aquatic environments , which results in the interruption of rivers flow, this event has been shown as very harmful to fishes species specially the migratory species. Once a year these species move upstream to feed and reproduce, due to dams constructions migratory fishes species have difficulties to complete their life cycle. Several studies indicates the dams as a principal factor in the reduction of migratory species population , warning to necessity of conservationist actions, aiming to maintain the fisheries stocks that represent a fisheries and ecological importance in the aquatic environments. Many actions are employed aiming to minimize the reduction of migratory species population, however, in Brazil these actions are performed without scientific support, occurring in a wrongful manner, specially the restocking, where the fishes are released into the wild without any prior biological and genetic knowledge. Mitigation practices performed without scientific support may endanger the wild stocking. The development of genetics technologies has been proven of extremely importance to assist in the ecology and conservationist biology, through ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / FAPESP: 09/18326-4

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-09-24T21:52:57Z No. of bitstreams: 1 2018_AlexandreCesarPalermo.pdf: 7779427 bytes, checksum: 91804ca8b5c55be16b216ae3fdeba60a (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-09-25T19:41:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_AlexandreCesarPalermo.pdf: 7779427 bytes, checksum: 91804ca8b5c55be16b216ae3fdeba60a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-25T19:41:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_AlexandreCesarPalermo.pdf: 7779427 bytes, checksum: 91804ca8b5c55be16b216ae3fdeba60a (MD5) Previous issue date: 2018-09-19 / O mosaico vegetacional do Cerrado possui composição florística única para cada área observada. Além disso, com a presente redução da cobertura vegetal do Cerrado, diversas espécies arbóreas têm suas áreas de ocorrência diminuídas e como consequência perdem parte de sua diversidade genética. Nesse aspecto, a espécie Annona crassiflora que possui importância econômica e social sofre com a redução de sua área de ocorrência, polinização e dispersão deficientes e consequente perda de diversidade genética. O objetivo deste trabalho foi avaliar diferenças nos padrões espaciais de Annona crassiflora em quatro populações do Brasil Central, investigar a diversidade genética populacional de Annona crassiflora por meio de dados morfométricos de frutos e sementes e simular uma seleção genética por meio de parâmetros de variância por usando o programa Selegen-REML/BLUP. Os padrões de distribuição foram relacionados com o grau de antropização das áreas mostrando efeitos negativos da degradação nas populações estudadas. O aumento da endogamia gerado pela degradação culmina na redução da diversidade genética da população. De forma geral as maiores dimensões foram encontradas nas populações de Planaltina e Buritis. Diante disso as análises indicam alta diversidade genética e frutos/sementes com dimensões maiores nos locais com melhor estado de conservação. Tanto a análise de variância quanto a análise de deviance empregadas mostraram grande diversidade genética interpopulacional que se refletiu no dendrograma obtido onde as matrizes formaram oito grupos distintos. A simulação de seleção das populações mostrou que as populações FAL, Planaltina e Buritis são as mais proeminentes e que não há um predomínio de uma população na simulação. Assim, a estratégia de seleção a ser utilizada deve levar em consideração esse cenário. / The Cerrado vegetative mosaic has a unique floristic composition for each area observed. In addition, with the present reduction of the vegetation cover of the Cerrado, several tree species have their areas of occurrence diminished and as a consequence they lose part of their genetic diversity. In this aspect, the species Annona crassiflora that has economic and social importance suffers with the reduction of its area of occurrence, pollination and dispersion deficient and consequent loss of genetic diversity. The objective of this work was to evaluate differences in the spatial patterns of Annona crassiflora in four populations of Central Brazil, to investigate the population genetic diversity of Annona crassiflora by means of morphometric data of fruits and seeds and to simulate a genetic selection by means of variance parameters by using the Selegen-REML / BLUP program. The distribution patterns were related to the degree of anthropization of the areas showing negative effects of the degradation in the populations studied. The increase in inbreeding generated by the degradation culminates in the reduction of the genetic diversity of the population. In general, the largest dimensions were found in the populations of Planaltina and Buritis. Therefore, the analyzes indicate high genetic diversity and fruits / seeds with larger dimensions in the best preserved state. Both the analysis of variance and the deviance analysis employed showed great interpopulational genetic diversity that was reflected in the dendrogram obtained where the matrices formed eight distinct groups. The simulation of population selection showed that the FAL, Planaltina and Buritis populations are the most prominent and that there is no predominance of a population in the simulation. Thus, the selection strategy to be used must take into account this scenario.

O trevo vermelho é uma das leguminosas forrageiras mais utilizadas na agricultura mundial sendo adaptada a um grande número de condições edafo-climáticas. O objetivo deste trabalho foi de avaliar a diversidade genética presente na coleção nuclear de trevo vermelho usando marcadores morfológicos, moleculares e bioquímicos. Os acessos de trevo vermelho da coleção nuclear do NPGS-USDA foram analisados com 21 marcadores morfológicos, 14 loci microsatélites (SSR), 114 marcadores RAPD e 15 loci isoenzimáticos (esterase). Os marcadores moleculares, utilizados pela primeira vez na coleção nuclear, juntamente com os marcadores morfológicos e bioquímicos evidenciaram a alta diversidade genética presente na espécie, principalmente ao nível intrapopulacional. A análise de agrupamentos realizada com os dados morfológicos revelou cinco grupos distintos em relação ao florescimento precoce, médio e tardio, bem como grupos que mostraram maior persistência e produção nas condições do sul do Brasil. Um total de 78 fragmentos (SSR) foi analisado e um PIC variando de 0,70 a 0,91 com média de 0,86 foi obtido. A distância média de Rogers, baseada nos 78 fragmentos SSR, foi de 0,49. A similaridade média de Jaccard baseada nos 114 fragmentos RAPD foi de 0,21 e permitiu a identificação de todos os acessos. A heterozigosidade média (He) baseada nos dados isoenzimáticos foi de He = 0,238 e a distância média de Rogers foi de 0,14. Os dados isoenzimáticos classificaram os acessos em quatro grupos. Os grupos encontrados não separam os acessos conforme a origem geográfica ou tipo de população (cultivar, selvagem e variedade local). No entanto, algumas concordâncias foram encontradas entre as análises, uma vez que as cultivares do norte da Europa foram agrupadas em ambos os tipos de análise. Os resultados encontrados aqui evidenciaram uma grande e complexa diversidade genética na coleção nuclear de trevo vermelho. Além disso, mostraram algumas populações promissoras que podem ser usadas em programas de melhoramento de trevo vermelho no Brasil. / Red clover is one of the most utilized leguminous forage species in the world agriculture being adapted to a great number of edaphic-climatic conditions. The objective of this work was to evaluate the genetic diversity in the core collection of red clover using morphologic, molecular and biochemical traits. The accessions of red clover from the core collection of NPGS-USDA were analyzed with 21 morphological characters, 14 microsatellite loci (SSR), with 114 RAPD markers and with 15 loci of isozyme (esterase) markers. The molecular markers, used for the first time in the core collection, together with the morphological and biochemical markers pointed out for the high genetic diversity present in the species, mostly at the intrapopulational level. The cluster analysis of the morphological data revealed five distinct clusters that separated early, medium and wild blooming types as well as groups with more persistence and high dry matter production in the Southern Brazilian conditions. A total of 78 fragments (SSR) were scored and the PIC ranged from 0.70 to 0.91 with 0.86 as mean value. The mean Rogers’ genetic distance based on the 78 SSR markers was 0.49. The Jaccard’s similarity based on 114 RAPD markers was 0.21 and allowed the identification of all accessions. The mean expected heterozygosity (He), based on isozyme data, was He = 0.238 and the mean Rogers’ genetic distance was 0.14. Isozyme data clustered the accessions of red clover in four groups. The clusters found with morphological and biochemical markers were not separated according to their geographic origin or type of populations (cultivar, wild or landrace). However, some coincidences between analyses were found once cultivars from north Europe were clustered in both types of analyze. The results found here evidenced the high and complex diversity in red clover core collection. Indeed, they highlighted some promising populations that could be used in the Brazilian breeding programs of red clover.

Rizóbios são bactérias aeróbias, Gram-negativas, que fixam nitrogênio atmosférico quando associadas a leguminosas. O gênero Bradyrhizobium é de grande importância na agricultura, pois essas bactérias fixam nitrogênio em simbiose com soja [Glycine max (L.) Merrill]. A caracterização dos rizóbios é fundamental para estudos relacionados à diversidade e à distribuição ecológica desses microrganismos. Três estudos foram conduzidos nesse trabalho: i) uma estratégia baseada em amplificação por PCR para diferenciar Bradyrhizobium japonicum de B. elkanii, utilizando-se seqüências 16S rDNA; ii) a caracterização da variabilidade genética de uma população de bradirrizóbios isolada de um campo experimental, trinta anos após a inoculação de estirpes padrão; iii) a avaliação da variabilidade genética de bradirrizóbios isolados de cinco regiões produtoras de soja no Estado do Rio Grande do Sul (RS) e dos possíveis fatores ambientais que poderiam ser os responsáveis por tal diversidade. Técnicas de biologia molecular foram utilizadas na identificação, ocorrência, distribuição e estudo populacional dos rizóbios, especialmente a amplificação do gene 16S rRNA por PCR, rep-PCR e AFLP.Essas duas últimas técnicas quando combinadas permitiram uma análise mais precisa da variabilidade genética das populações estudadas. O índice de diversidade de Shannon foi utilizado para comparar o grau de diversidade observado nas diferentes populações. Também foi observada uma correlação direta entre o grau de diversidade e o pH do solo. Os resultados obtidos permitiram concluir que as populações de bradirrizóbios que nodulam as lavouras de soja do RS são altamente variáveis, podem persistir nos solos, mesmo na ausência da planta hospedeira, e sofrem influência de fatores bióticos e abióticos. / Rhizobia are Gram-negative aerobic bacteria that fix atmospheric nitrogen in symbiosis with leguminous plants. Bacteria belonging to the Bradyrhizobium genus are very important because they are able to nodulate and fix nitrogen in symbiosis with soybean [Glycine max (L.) Merrill]. Characterization of rhizobia is fundamental in studies concerning the diversity and ecological distribution of these microorganisms. Three studies have been conducted in this work: i) a strategy based on amplification by PCR to differentiate Bradyrhizobium japonicum and B. elkanii using 16S rDNA sequences; ii) the genetic variability assessment of a bradyrhizobial population isolated from an experimental field thirty years after the inoculation with reference strains; iii) the genetic variability characterization of bradyrhizobia isolated from five soybean fields in different regions in Rio Grande do Sul (RS) State and the environmental factors that can influence such diversity. Molecular biology techniques were used for the identification, occurrence, distribution, and studies of rhizobia population, specially the 16S rRNA gene amplification by PCR, rep-PCR and AFLP. When combined, these last two techniques provided an accurate analysis of the genetic diversity of the analyzed populations. Shannon diversity index was used to compare the diversity among different populations.A direct correlation was observed between diversity degree and soil pH. The results obtained have shown that bradyrhizobia nodulating soybean in RS are highly variable and were able to persist in soil even when the host legume was lacking. Besides they have shown to be influenced by abiotic and biotic parameters.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-22T20:31:59Z No. of bitstreams: 1 2016_FelipeAugustoAlvesBrige.pdf: 5144158 bytes, checksum: 535e88d0d50b4f62c09cf97e6e107ed8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-10-24T13:19:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FelipeAugustoAlvesBrige.pdf: 5144158 bytes, checksum: 535e88d0d50b4f62c09cf97e6e107ed8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-24T13:19:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FelipeAugustoAlvesBrige.pdf: 5144158 bytes, checksum: 535e88d0d50b4f62c09cf97e6e107ed8 (MD5) / Dentre as diversas espécies introduzidas nos Cerrados, o café vem apresentando um bom desempenho, principalmente quando sob irrigação. Além das áreas propícias para o cultivo com café arabica, o Cerrado possui áreas potenciais para o cultivo do café conilon, pois este é mais tolerante a altas temperaturas. Por outro lado, o café conilon tem sua limitação nas baixas temperaturas em áreas de maior altitude, porém, a sua grande diversidade genética e adaptação sugere que esta espécie possa ser cultivada com sucesso no ambiente do Cerrado. O café conilon é largamente utilizado na indústria de café solúvel, por apresentar maior teor de sólidos solúveis, e quando de boa qualidade se torna um componente de grande relevância em blends com café arábica. Nesse sentido, este trabalho objetivou-se primeiramente quantificar e caracterizar a variabilidade genética de 213 acessos de café conilon, com base em seis caracteres químicos, além de selecionar genótipos com características químicas desejáveis de qualidade superior. Posteriormente, outro objetivo foi selecionar 84 genótipos, dentre os 213, para a caracterização e estimativa de parâmetros genéticos no ano seguinte, além da caracterização quanto ao tipo e tamanho dos grãos. Os experimentos foram realizados durante os anos de 2014 e 2015, no Laboratório de Ciência e Tecnologia de Alimentos da Embrapa Cerrados, utilizando os grãos crus advindos de frutos maduros de genótipos da coleção desta unidade da Embrapa, oriundos de cruzamentos naturais da cultivar Robusta Tropical (EMCAPA 8151) em um campo experimental do Incaper-ES. A coleção foi plantada no campo experimental da unidade da Embrapa Cerrados, em Planaltina, Distrito Federal, situado a 15º35’57’’ de latitude Sul, 47º42’38’’ de longitude Oeste e à altitude de 1.007 m, irrigada por pivô central, com espaçamento de 3,5 m entre linhas e 1,0 m entre plantas, sem repetição, portanto, sem delineamento experimental. Foram avaliados os teores de cafeína, proteína, sólidos solúveis totais (SST), extrato etéreo (EE), pH e acidez titulável total dos grãos crus enquanto a classificação por tipo e tamanho foram categorizados em chato graúdo, chato médio, chato miúdo e moca. Foi realizada análise de componentes principais (ACP), a dispersão gráfica dos acessos em relação aos dois primeiros componentes e em relação ao primeiro e terceiro, além da matriz de distância genética a partir dos escores dos genótipos em relação aos dois primeiros componentes da ACP. Foi constatada variabilidade genética entre os acessos, sendo que os materiais mais divergentes foram CPAC 160 e CPAC 32. Os dados de caracteres químicos obtidos dos 84 genótipos avaliados em dois anos foram submetidos à análise de variância conjunta e as médias foram agrupadas pelo teste de Scott-Knott. Foram verificadas diferenças significativas a 1% entre os acessos para todas as características químicas avaliadas. Os altos valores de coeficiente de variação genética e de herdabilidade para todos os caracteres, exceto pH, indicaram a existência de variabilidade genética. O genótipo CPAC 171 se mostrou promissor em relação às características proteína, extrato etéreo, SST e acidez titulável total, enquanto o genótipo CPAC 235 se revelou promissor para o tipo e tamanho de grãos. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Among the various species introduced in the Cerrado, coffee has shown a good performance, especially when under irrigation. In addition to the areas suitable for cultivation with arabica coffee, the Cerrado has potential areas for cultivation of conilon coffee as it is more tolerant to high temperatures. On the other hand, the conilon coffee has its limitations in low temperatures in higher altitude areas, however, its wide genetic diversity and adaptation suggests that this species can be successfully grown in the Cerrado environment. The conilon coffee is widely used in the instant coffee industry, due to its higher content of soluble solids, and it is a very important component in blends with arabica coffee. Therefore, this study aimed to first quantify and characterize the genetic variability of 213 conilon coffee accessions, based on six chemical characters, and select genotypes with desirable chemical characteristics of superior quality. Later, another objective was to select 84 genotypes among the 213, to characterize and estimate genetic parameters in the following year, and have been characterized as the type and size of the grains. The experiments were performed during the years 2014 and 2015 in the Food Science Technology Lab of the Embrapa Cerrados, using the raw grains coming from genotype’s ripe fruit from the collection of this Embrapa’s unit, arising from natural crossing of the cultivar Robusta Tropical (EMCAPA 8151) in an experimental field at Incaper. The collection was planted in the experimental field of Embrapa Cerrados in Planaltina, Federal District, located at 15º35'57'' south latitude, 47º42'38'' longitude West and the altitude of 1.007 m, in a irrigated system by center pivot, with spacing of 3.5 m between rows and 1.0 m between plants, without repetition, so no experimental design. The chemical characteristics of the raw beans evaluated were: caffeine content, protein, total soluble solids, ether extract, pH and titratable acidity, as the classification by type and size were categorized into chato grande, chato médio, chato miúdo e moca. A principal component analysis (PCA) was performed, the graphical dispersion of scores in the first two components and for the first and third as well, besides the genetic distance matrix from the scores of genotypes in the first two components of the PCA. It has been found genetic variability among accessions and the most divergent materials were CPAC 160 and 32. The data obtained from 84 genotypes in two years were submitted to analysis of variance and the means were grouped by the Scott-Knott test. Significant differences at 1% were found between accessions to all evaluated chemical characteristics. The high values of variation genetic coefficient and heritability for all characters except pH, indicated the existence of genetic variability, with the possibility of obtaining genetic gains with selection. The CPAC 171 genotype showed promise in relation to the chemical characteristics like titratable acidity, protein, lipids and soluble solids content while CPAC 235 genotype proved promising for the type and grain size.