Le microbiote du lait cru est un déterminant majeur de sa qualité et de celle des produits dérivés. Dans les fermes laitières, l'hygiène et la santé du pis, les fèces, la litière et les fourrages conservés sont les principales sources de microorganismes qui contaminent l'environnement de l'étable et qui peuvent se retrouver dans le lait. Les ensilages de légumineuses et de graminées produits par fermentation lactique, outre les bactéries lactiques, sont riches en espèces microbiennes dont la prévalence, la diversité et l'abondance dépendent de facteurs incontrôlables tels que les paramètres environnementaux, et de facteurs contrôlables tels que les pratiques de gestion adoptées par les fermiers. Le choix du type de fourrages parmi lesquels le foin, les ensilages d'herbe/légume ou de maïs, l'utilisation ou non d'inoculants, le type d'inoculant commercial utilisé et les types de structures d'entreposage sont autant d'éléments qui influencent la composition microbienne des ensilages et dont la gestion a un impact peu documenté sur la qualité microbiologique du lait cru. Les travaux de cette thèse portent sur l'écologie microbienne des fourrages préservés et l'évaluation de leur contribution à la contamination du lait cru de vache. Pour ce faire, des méthodes de préservation d'échantillons de lait cru à base d'azidiol ou de bronopol ont été évaluées pour leur capacité à maintenir intactes la viabilité et l'abondance des communautés bactériennes présentes. Des échantillons de foin, d'ensilages inoculés et non inoculés, et de lait cru ont été prélevés deux fois, à l'automne 2015 et au printemps 2016 dans 24 fermes laitières au Québec. Les analyses métataxonomiques et des charges microbiennes déterminées par PCR quantitative après le traitement ou non des cellules microbiennes au propidium monoazide ont montré que l'azidiol combiné au diméthyle sulfoxide et une température de -20 °C permet de stabiliser le microbiote du lait cru pendant au moins 30 jours, et que l'azidiol seul maintient l'intégrité des communautés bactériennes pendant 10 jours à 4 °C. Ces études ont également démontré que le séquençage à haut-débit des régions V3-V4 et V6-V8 du gène codant pour l'ARN ribosomique 16S génère des données dont l'exploitation peut conduire à des conclusions plus ou moins divergentes selon les hypothèses de départ. L'importance d'un choix judicieux de la région hyper variable à séquencer est soulignée. Nos résultats ont révélé des différences entre le microbiote du foin et celui des ensilages, ainsi qu'entre les types d'ensilage inoculés et non inoculés. De plus, les rations alimentaires à base de foin, d'ensilage d'herbe/légume non inoculé, d'un mélange d'ensilage d'herbe/légume non inoculé et d'ensilage de maïs inoculé, ou d'un mélange d'ensilage d'herbe/légume et de maïs inoculés et non inoculés partagent jusqu'à 31 % de leur microbiote identifié au niveau de variants de séquences avec le lait cru produit dans les fermes correspondantes. Les taxons plausiblement transférés des fourrages au lait appartiennent surtout aux Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria. Les résultats obtenus suggèrent que la contamination bactérienne du lait cru par les fourrages se fait de manière aléatoire. Il ressort de nos études que ces taxons supposément transférés des ensilages sont en grande partie responsables des différences observées entre les communautés bactériennes du lait des cinq types de rations. Bien que les structures phylogénétiques des échantillons de lait produits par les vaches alimentées avec les rations d'ensilages non inoculés ou inoculés se soient montrées significativement différentes, il est difficile de conclure sur l'impact réel des inoculants sur la qualité microbiologique du lait cru. L'analyse des réseaux de co-occurrence et de co-exclusion au sein du microbiote a révélé d'une part, dans les ensilages les interactions entre les bactéries lactiques et non-lactiques qui pourraient considérablement influencer le processus de fermentation et ultimement la qualité du produit final, et d'autre part, dans le lait des niches microbiennes associées aux sites de contamination du lait dans l'environnement à la ferme. Par l'implémentation des méthodes d'analyses multivariées et multi-table intégrant le microbiote et les paramètres physico-chimiques des matrices alimentaires échantillonnées, cette thèse propose une approche d'exploitation des données de métataxonomique permettant d'approfondir nos connaissances de la microbiologie du lait cru et des produits laitiers. / The microbiota of raw bovine milk is tightly associated with its quality and that of derivatives. On dairy farms, udder health, faeces, beddings, and fermented forage are among the main sources of milk microbial contaminants. Grass/legume and corn silage obtained by lactic fermentation harbour complex microbial community of which the diversity, the prevalence, and abundance are driven by uncontrollable factors such as environmental conditions, or controllable factors inherent to farm management practices. Forage types including hay, grass/legume or corn silage, the use of microbial additives and their commercial types, and the types of storage structures may influence community assembly of mature silage. However, the impact of forage management practices on the raw milk microbiota is not fully understood. This thesis aimed at investigating the microbial ecology of preserved forage and assessing their contribution to the raw milk contamination. To do so, the ability of milk sample preservation methods based on azidiol or bronopol to maintain viable and stable microbiota over time was assessed. Forage and raw milk samples were collected twice from 24 dairy farms in Quebec, in the fall 2015 and the spring 2016. Analyses of metataxonomic and qPCR-based bacterial load data derived from cells treated or not with propidium monoazide to account for viability showed that azidiol combined with dimethyl sulfoxide prevented the microbiota instability of raw milk stored at -20 °C for at least 30 days. Azidiol used alone was additionally found to keep the microbiota in milk samples intact for up to 10 days when stored at 4 °C. It was demonstrated that for hypothesis-driven microbiota studies, divergent conclusions can be drawn from hight-throughput sequencing of the V3-V4 and V6-V8 hypervariable regions of the 16S rRNA gene pool. The importance of the hypervariable region to target is therefore highlighted. Our study revealed differences between hay microbiota and that of silage, whether inoculated or not. Moreover, forage ration combinations shared up to 31 % of their bacterial phylotypes with raw milk samples produced in the corresponding farms. Taxa that were probably transferred from forage ration combinations to raw milk encompassed the phyla Proteobacteria, Firmicutes, and Actinobacteria. Our results suggested that raw milk contamination on the farm occurs erratically, and that transferred taxa were mainly involved in differential abundance outcomes. Although the microbiota of milk samples associated with the five forage ration combinations exhibited differences in phylogenetic composition, concluding on the effects of microbial additives used for ensiling is a challenge. In this thesis, the analysis of bacteria interaction networks showed that co-occurrence or co-exclusion of lactic and non-lactic bacteria might considerably affect the microbiological quality of mature silage at feed-out. On the other hand, the same analysis performed with milk samples revealed microbial niches associated with milk contamination points on the farm environment. Through the implementation of multivariate multi-table analysis methods that integrated data from the microbiota and from the physicochemical characteristics of the sampled matrices, this thesis suggests methodological approaches that exploit metataxonomic data to deepen our knowledge of the raw milk microbiota and dairy products.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Dans les projets de restauration écologique, bien qu'un des buts soit communément de réintroduire des communautés végétales diversifiées, peu d'attention est généralement accordée au rétablissement de la diversité en bryophytes après la restauration. C'est notamment le cas des tourbières à sphaignes restaurées par la méthode de transfert de la couche muscinale (MTCM) après l'extraction mécanique de tourbe pour l'horticulture. Ce sont ces écosystèmes qui sont au cœur de la présente recherche, où les pools d'espèces de bryophytes et de lichens ont d'abord été comparés dans 41 paires de sites donneurs naturels - secteurs de tourbière restaurée. La proportion des espèces muscinales transférées des sites donneurs se rétablissant avec succès après la restauration (taux de transfert) a pu être établie à 69 ± 2 %, ou à en moyenne 13 des 18 espèces de bryophytes réintroduites. Seulement quatre espèces ont été identifiées comme récalcitrantes - présentes dans les sites donneurs, mais absentes des secteurs restaurés : Calypogeia neesiana, C. sphagnicola, Ptilidium ciliare et Sphagnum quinquefarium. La flore muscinale et lichénique des tourbières ayant servi de site donneur est, toutefois, moins diversifiée que celle des tourbières restaurées, où la richesse en bryophytes diminue au fil des années post-restauration. Après l'application de la MTCM, il y a expansion du tapis de sphaignes en régénération et recouvrement des substrats perturbés (e.g. tourbe à nu, soulèvement gélival, paille, litière). Cela entraîne la disparition progressive des bryophytes apparues spontanément - absentes du matériel transféré et souvent des espèces de début de succession, - permettant aux communautés muscinales des tourbières restaurées par MTCM d'évoluer vers celles typiques de leurs équivalents naturels, soit des tourbières de type « bog ouvert ». La méthode de restauration permet ainsi le rétablissement de la diversité de la bryoflore typique des tourbières à sphaignes, les bryophytes identifiées comme récalcitrantes étant surtout associées à des conditions ombragées, lesquelles peuvent ne pas être disponibles entre 6 et 26 ans post-restauration. Considérant que l'écosystème de référence ciblé par la restauration est, après tout, le « bog ouvert », aucune intervention autre que de laisser s'écouler davantage de temps depuis celle-ci n'est suggérée pour favoriser le rétablissement des quatre espèces récalcitrantes. / In ecological restoration projects, although one common goal is to reintroduce diverse plant communities, little attention is generally given to the restoration of bryophyte diversity. This is particularly the case for Sphagnum-dominated peatlands restored using the Moss Layer Transfer Technique (MLTT) after mechanical peat extraction for horticulture. These ecosystems are the focus of the present study, where the species pools of bryophytes and lichens were initially compared between 41 pairs of natural donor sites and restored peatland sectors. The proportion of transferred bryophyte species successfully re-establishing after restoration (transfer rate) was determined to be 69 ± 2% (13 out of 18 reintroduced bryophytes). Only four species were identified as recalcitrant - present in donor sites but absent in restored sectors: Calypogeia neesiana, C. sphagnicola, Ptilidium ciliare, and Sphagnum quinquefarium. However, the bryophyte and lichen flora of the donor peatlands was less diverse than that of the restored peatlands, where bryophyte richness decreased over the post-restoration years. Following MLTT application, there was expansion of regenerating Sphagnum cover and revegetation of disturbed substrates (e.g., bare peat, frost heaving, straw, litter). This led to the progressive disappearance of spontaneously established bryophytes, which are absent from the transferred material and often represent early successional species. As a result, the bryophyte communities of MLTT-restored peatlands evolved towards those typical of their natural counterparts, namely « open bog » type peatlands. The restoration method thus facilitates the recovery of typical bryophyte diversity in Sphagnum-dominated peatlands, as the recalcitrant bryophytes are mostly associated with shaded conditions that may not be available between 6 and 26 years post-restoration. Considering that the targeted reference ecosystem for restoration is ultimately the « open bog », no intervention other than allowing more time to elapse since restoration is suggested to promote the recovery of the four recalcitrant species.

Les lichens constituent une composante importante de la biodiversité en milieu arctique et subarctique et y jouent plusieurs rôles écologiques. En raison de leur métabolisme poïkilohydrique et de leur croissance lente, les lichens apparaissent toutefois comme étant vulnérables dans le présent contexte de changement climatique. Afin de mieux comprendre les conséquences des changements climatiques sur les lichens, nous avons identifié les patrons et déterminants de l’abondance et de la diversité des lichens le long d’un gradient latitudinal au Nunavik et évalué l’impact du couvert arbustif sur les communautés lichéniques. Nos résultats révèlent que les types de formation végétale, qui influencent les interactions compétitives entre les espèces, et la latitude, qui agit comme indicateur du climat régional, sont les principaux déterminants de l’abondance, de la diversité et de la composition des communautés lichéniques à l’échelle du gradient. À l’échelle locale, le couvert arbustif et graminoïde réduit l’abondance et la diversité, ce qui témoigne de la faible compétitivité des lichens. La comparaison des communautés lichéniques en milieu ouvert et sous arbuste révèle un déclin du couvert lichénique de plus de 50% sous la canopée. De plus, les arbustes engendrent une réduction de la diversité lichénique qui augmente avec le temps, et modifient la composition des communautés en excluant les espèces nécessitant les conditions environnementales spécifiques aux milieux ouverts. En combinant deux approches distinctes, nous avons démontré l’importance de l’impact de la végétation vasculaire sur les lichens. Nos résultats laissent présager une restructuration majeure des communautés lichéniques, alors que les changements climatiques favorisent un déplacement des zones de végétation vers le nord ainsi qu’une expansion croissante des arbustes. En permettant une meilleure compréhension des facteurs environnementaux influençant les lichens, ce projet s’inscrit dans un effort visant à comprendre la dynamique des écosystèmes nordiques, en vue de mieux prédire les changements de végétation futurs. / Lichens are a key component of arctic and subarctic ecosystems, as they constitute an important part of biodiversity and are involved in many ecological processes. However, lichens appear vulnerable in the present context of climate change because of their poikilohydric metabolism and their slow growth rate. In order to understand the implications of climate change on lichens, we identified patterns and determinants of lichen abundance and diversity along a latitudinal gradient in Nunavik and evaluated the impact of shrubs on lichen communities. Our results reveal that vegetation types, which influence competitive interactions, and latitude, which is used as a proxy of regional climate, are the main factors involved in driving lichen abundance, diversity and community composition at the gradient scale. At the local scale, shrub and graminoid cover induces a lower lichen cover and diversity, highlighting the low competitive abilities of lichens. When comparing lichen communities in open area and under shrubs, we observe a decline of lichen cover of more than 50% under shrub canopy. Shrubs also induce a decline of lichen diversity that seems to intensify with time, and modify community composition by excluding species that require the open environment conditions. By combining two distinct methods, we highlighted the predominance of vascular plants in profiling lichen communities. As climate change is promoting further shrub expansion and a northward shift of vegetation zones, a major restructuration of lichen communities is likely to be observed in the next decades. By identifying environmental drivers of lichen communities at different spatial scales, this project takes part in a global effort towards a better understanding of northern ecosystems dynamics that aims to improve our ability to predict future changes in vegetation.

Les bassins de rétention, infrastructures vertes servant à recueillir les eaux de ruissellement, sont de plus en plus utilisés dans la gestion des eaux pluviales le long des grands axes routiers. Or, la colonisation végétale associée à ces structures a été peu étudiée. Dans un contexte de forte diminution des superficies occupées par les milieux humides, la contribution de ces bassins au maintien de la diversité végétale associée aux milieux humides est d'un grand intérêt. L'objectif de l'étude est de comparer la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés végétales établies dans les bassins de rétention à celles d'écosystèmes de référence et d'évaluer l'influence de divers facteurs environnementaux locaux et régionaux sur la composition spécifique de ces communautés. Pour ce faire, 20 bassins de rétention autoroutiers localisés le long de quatre autoroutes du Québec ont été inventoriés et comparés à 40 milieux humides de référence, dont 20 étaient situés près d'une route et 20 autres à plus de 50 mètres d'une route. L'étude révèle que la composition spécifique différait grandement entre les bassins de rétention et les milieux humides de référence. Les bassins de rétention présentaient une richesse spécifique légèrement supérieure aux milieux humides de référence, alors que ces derniers avaient une diversité bêta nettement plus grande. L'inclinaison de la pente des berges ainsi que le pH et la conductivité de l'eau étaient plus élevés dans les bassins de rétention et ceux-ci présentaient une richesse fonctionnelle plus élevée, mais une divergence fonctionnelle plus faible que les milieux humides de référence. Nos résultats suggèrent que les bassins de rétention peuvent contribuer à la diversité végétale des milieux humides, mais leur apport est limité. Il est probable que cette contribution puisse être améliorée en modifiant les approches d'aménagement lors de leur conception. / Stormwater ponds, basins designed to collect surface flow water, are increasingly used for water management along the highways. However, few studies have been conducted on plant colonization in these green infrastructures. In a context where road development can lead to wetlands losses, assessing the ecological value of stormwater ponds is of great interest. This project aims to compare the taxonomic and functional diversity of plant communities established in stormwater ponds with the one found in reference wetlands and evaluate the effect of various local and environmental factors on those communities. Twenty stormwater ponds located along side four highways in the province of Quebec were surveyed and compared to 60 reference wetlands located in the same region, 20 of which along side a pavedroad and 20 others at more than 50 meters of a paved road. Our results show that species composition differed significantly between stormwater ponds and reference wetlands. Specific richness was slightly higher in stormwater ponds, but beta diversity was much higher in reference wetlands. The slope and water pH conductivity were all higher in stormwater ponds. Functional richness was higher in stormwater ponds, while functional divergence was lower. Our results suggest that stormwater ponds somewhat promote wetland plant diversity, but their contribution seems limited. However, modifications in their layout would likely enhance their ecological qualities.

Dans le contexte des changements globaux, la biodiversité en Méditerranée est menacée, notamment par une sécheresse plus intense, avec des modifications probables du fonctionnement des écosystèmes. Cette thèse étudie l’effet de la sécheresse accrue sur la végétation et la modulation des effets par la diversité végétale, par une expérimentation d’exclusion de pluie dans une garrigue au nord de Marseille avec un gradient naturel de diversité. Les performances des 4 arbustes dominants, la diversité spécifique et fonctionnelle, les relations interspécifiques et la relation diversité-productivité de la garrigue ont été étudiés sous deux niveaux de pluieAprès 2,5 années, les effets de la sécheresse accrue sur la performance des 4 arbustes dépendent de l’espèce et du paramètre évalués et peuvent être modulés par la diversité des co-dominantes. Q.coccifera parait plus résistante et résiliente, suivie de R.officinalis et finalement de C.albidus et U.parviflorus. Ceci s’explique en partie par leurs différentes stratégies d’acquisition, utilisation et conservation du carbone et de l’eau. Les traits foliaires et la diversité fonctionnelle et spécifique ne sont pas affectés significativement par la réduction des pluies, mais dépendent du nombre, l’identité et le recouvrement des dominantes. Au vu de l’effet différentiel de la sécheresse accrue sur les espèces dominantes, on peut s’attendre à un effet négatif indirect de la sécheresse sur la biodiversité et donc sur le fonctionnement de la garrigue. On confirme l’importance d’intégrer les facteurs biotiques dans les modèles visant à prévoir le fonctionnement et les services des écosystèmes dans le cadre du changement climatique. / In the global change context, the biodiversity in the Mediterranean is under threat, mainly due to the more intense drought, which could lead to modification of ecosystem functioning. This thesis focuses on the effects of higher drought on the aboveground vegetation and the modulation of these effects by plant diversity thanks to a precipitation exclusion experiment in a shrubland in the south of France whith a natural diversity gradient. The 4 dominant shrub species performances, the specific and functional diversity, the interspecific interaction, and the biodiversity-productivity relationship were studied under 2 rain levelsAfter 2,5 years the effects of increased drought on the 4 dominant shrub performances was species- and parameter-dependant and can be modulated by the diversity of the co-dominant species. Q. coccifera seems the most resistant and resilient, followed by R. officinalis and finally by C. albidus and U. parviflorus. This is partly explained by the different strategies of acquisition, utilization and conservation of carbon and water of the four species. The leaf traits, the functional and specific diversity are not significantly affected by the precipitation decrease, but they depend on the number, the identity and the cover of the dominant shrubs. Given the differential effect of higher drought on the dominant species performances, we could expect an indirect negative effect of drought on the shrubland diversity and so on ecosystem functioning. We confirm the importance of taking into account the biotic factors in models aiming to predict the ecosystem functioning and environmental risks and services under future in the climate change context

Les sols pollués par des métaux lourds sont colonisés par des communautés de microorganismes qui ont développé différentes adaptations leur permettant de résister à ces contaminants. Afin d'analyser au niveau moléculaire la diversité de ces adaptations, une approche expérimentale innovante basée sur l'étude du méta transcriptome eucaryote des sols a été utilisée pour comparer les fonctions exprimées au sein d'une communauté de microorganismes eucaryotes colonisant un sol contaminé, anciennement contaminé et non contaminé par des métaux lourds. Les banques d'ADNc eucaryotes construites à partir des ARNm extraits directement de ces sols ont été criblées par séquençage aléatoire de leurs inserts et par complémentation fonctionnelle de mutants de levures sensibles au cadmium.Cette étude a permis d'identifier de nouveaux gènes et de nouveaux mécanismes impliqués dans la résistance au cadmium ainsi qu'un nombre important de nouvelles protéines hypothétiques. Ceci démontre l'intérêt appliqué de cette approche pour la recherche de nouveaux bio catalyseurs et molécules bio actives.En parallèle, la diversité microbienne eucaryote a été révélée et comparée entre les sols par le clonage-séquençage du gène codant la petite sous-unité ribosomique 18S. Cette étude a mis en évidence une diversité inattendue de microorganismes eucaryotes dans ces sols et une analyse phylogénétique a permis de découvrir un nouveau clade de protistes (Rhizaria,Cercozoa).

Cette thèse s'intéresse à la mesure et à l'analyse des effets de la diversité liée aux lieux (pays) de naissance d'une population. Nous montrons que la «diversité des lieux de naissance» est une dimension nouvelle de la diversité d'une population, qu'elle est conceptuellement et statistiquement distincte de la diversité ethnolinguistique ou génétique et que, contrairement à celles-ci, elle est corrélée positivement avec la productivité à long terme. Cet effet est plus important pour les immigrants qualifiés dans les pays riches. Nous montrons également que l'effet productif de la diversité est plus grand pour les immigrants qui sont proches culturellement des natifs du pays d'accueil - mais pas trop proches - et qui sont originaires de pays plus riches. Encore, étudions le lien entre la diversité des lieux de naissance et les attitudes vis-à-vis de l'immigration. Nous utilisons le World Values Survey pour 72 pays et montrons que les natifs qualifiés augmentent leur soutien à l'immigration lorsque la diversité des immigrants qualifiés est élevée. Les résultats sont robustes à l'utilisation du European Social Survey. Enfin, nous analysons le lien entre la diversité des lieux de naissance et les attitudes vis-à-¬vis de la redistribution en Europe. En utilisant des données de 29 pays Européens, nous constatons que les autochtones ont tendance à réduire leur soutien aux politiques de redistribution lorsque l'immigration est élevée. En outre, cet effet varie le long de la répartition des compétences des natifs et converge vers zéro pour les personnes éduquées; il est de plus robuste à l'utilisation de mesures plus précises des niveaux de compétences sur le marché du travail. / This thesis deals with the economic analysis of population diversity, specifically diversity in terms of people's countries of origin. We propose an index of birth-place diversity for the work force of 195 countries in the years 1990 and 2000. We show that birthplace diversity is a new dimension of population diversity that is conceptually and empirically distinct from ethno-linguistic and genetic measures of diversity and, unlike these, is positively correlated with long-run economic output. This effect is larger for skilled immigrants in richer countries and robust in a SLS setting. We also find the productive effect of diversity to be larger for immigrants who are culturally close (but not too close) to natives and those who come from richer origin countries. We also investigate the link between birthplace diversity and attitudes to immigration. Using the World Values Survey with data for 72 countries, we find that skilled natives increase their support for immigration when diversity of skilled immigrants is high. results are robust to using the European Social Survey and also persist in a SLS model. We also find evidence for negative preference effects of immigrant diversity for more ethnocentric individuals. Lastly, we analyze the link between birthplace diversity and attitudes to redistribution in Europe. Using data for 29 European countries, we find that native workers tend to lower their support for redistribution of income when immigration is high. In addition, this effect varies along the skill distribution of natives, converges towards zero for highly educated individuals and is robust to using more detailed measures of labor market skill.

La recherche vise à mettre en perspective les problématiques de gestion de la diversité auxquelles sont confrontées les entreprises d’aujourd’hui, avec leur situation spécifique dans les zones où elles sont implantées : dans quelle mesure les entreprises implantées dans les territoires en difficultés mettent-elles en place des pratiques de GRH spécifiques ? Elle consiste donc à (re)penser les relations entre les entreprises et les territoires qui les accueillent. Elle s’appuie sur le cas emblématique des quartiers nord d’Aulnay-sous-Bois et de trois entreprises implantées à proximité.Il s’agit dans un premier temps de présenter le contexte de la recherche (chapitre 1). La présentation de l’environnement macro-économique et social de la question de recherche introduira un travail de définition du territoire puis des territoires en difficultés, qui aboutira à la présentation du territoire comme nouvel enjeu de GRH.L’émergence puis la montée en puissance de préoccupations telles que la RSE, ont favorisé la lutte contre les discriminations et les actions en faveur de la diversité (chapitre 2). En réponse aux questions posées par la diversité, les entreprises ont mis en place des politiques de gestion de la diversité, notamment, au travers de leur GRH (chapitre 3).La méthodologie qualitative mise en oeuvre (entretiens semi-directifs avec analyse de contenu) s’appuie sur l’étude des territoires en difficultés d’Aulnay-sous-Bois et de trois entreprises implantées à proximité (chapitre 4). Elle permet d’analyser le contexte économique et social de ces territoires et de mettre ainsi au jour l’existence d’un processus dynamique de ségrégation multiple(chapitre 5). Une analyse de la question de la diversité dans les entreprises locales est également conduite (chapitre 6).Les résultats de la recherche permettent, de caractériser précisément les enjeux et les questions de diversité dans le cas des quartiers nord d’Aulnay-sous-Bois, puis de montrer les avancées et les limites des politiques et des pratiques de gestion de cette diversité dans les entreprises étudiées.La thèse se termine par une réflexion théorique qui vise à montrer les interactions constantes entre environnement spécifique et pratiques des entreprises. / The research aims to put into perspective management diversity challenges faced by firms nowadays, including the specificity of areas in which they operate: to what extent companies operating on territories in difficulty put in place specific Human Resource Management practices?Therefore, it consists to (re)think the relationship between firms and territories that host them. It is based on the emblematic case of the northern districts of Aulnay-sous-Bois and three companies located nearby.The preliminary objective is to present the context of the research (Chapter 1). The presentation of the macro-economic and social environment of the research will introduce a definition of the territory and the territories in difficulty, culminating in the presentation of the territory as a new challenge for Human Resource Management.The emergence and rise of concerns such as corporate social responsibility (CSR), promoted the fight against discrimination and actions in favor of diversity (Chapter 2). In response to questions raised by diversity, firms have implemented diversity management policies through their HRM (Chapter 3).The qualitative methodology used (semi-structured interviews with content analysis) is based on the study of territories in difficulty of Aulnay -sous -Bois and three firms located nearby ( Chapter 4). It analyzes the economic and social context of these territories and thus to reveal the existence of a dynamic process of multiple segregation (Chapter 5). Moreover, an analysis of the diversity issue in local companies is also driven (Chapter 6).The results of the research are used to characterize precisely the challenges and issues of diversity in the case of the northern districts of Aulnay -sous -Bois, then show the progress and limitations of policies and practices to manage this diversity in the firms studied. The thesis concludes with a theoretical reflection that aims to show the constant interaction between specific environment and business practices.

Titre de l'écran-titre (visionné le 9 avril 2024) / Recouvrant la glace surélevée de Ward Hunt (traduction libre de *Ward Hunt Ice Rise, WHIR*) (Nunavut, Canada), des trous reconnus comme étant des points chauds de diversité microbienne avec des taux d'infection virale très élevés y sont retrouvés. La WHIR est actuellement stable, mais elle fait face aux conséquences des changements climatiques drastiques. Ce milieu naturel est éloigné des activités anthropiques et peut servir de référence avant d'être irréversiblement impacté. De plus, les communautés microbiennes des cryoconites ont su développer des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) loin de l'influence anthropique. Ainsi, les objectifs seront de caractériser la diversité et l'abondance virale et bactérienne dans l'eau de fonte et les sédiments des cryoconites. De plus, la présence de GRA, associés ou non aux virus sera identifiée. Les hypothèses sont les suivantes ; i) que les sédiments présentent une richesse relativement élevée de taxons viraux et bactériens par rapport à l'eau de fonte ; ii) que l'eau de fonte et les sédiments hébergeront des taxons spécifiques, entraînant un indice de dissimilarité élevé ; et iii) que les sédiments agiront comme un réservoir naturel de multiples GRA et que les virus joueront un rôle dans la dissémination de ces gènes. Une analyse par métagénomique a permis de conclure que l'eau de fonte présente une diversité microbienne plus élevée en comparaison avec les sédiments et que huit familles de GRA ont été retrouvées dans les sédiments de cryoconites, mais aucun GRA n'a été associé aux virus. Cette étude apporte donc de nouvelles données sur la diversité microbienne et recense la présence de GRA des cryoconites de l'Arctique canadien situés sur la WHIR. / Covering the Ward Hunt Ice Rise (Nunavut, Canada), meltwater-filled holes recognized as hotspots of microbial and viral diversity are present. While the Ward Hunt Ice Rise (WHIR) is currently stable, it is experiencing drastic climatic changes. Consequently, this pristine and remote environment can serve as a reference point for the future impacts of climate change. Moreover, cryoconite communities may support antimicrobial resistance gene (ARG) profiles, which have developed in isolation from anthropogenic antimicrobial pollution. Identifying environmentally intrinsic ARGs could serve as a comparative baseline to future community change. The objectives of this work were to characterize viral and bacterial diversity and abundance in meltwater and sediments. Additionally, the presence of ARGs within cryoconites was assessed, as was their association or lack thereof, with viral genomes. The hypotheses are: i) that sediments exhibit a relatively high richness of viral and bacterial taxa compared to meltwater; ii) that meltwater and sediments potentially harbor specific taxa, leading to a high dissimilarity index; and iii) it is hypothesized that sediments will act as a natural reservoir for multiple ARGs, with viruses playing a role in the dissemination of these genes. Metagenomic analyses revealed that meltwater represents the highest microbial diversity compared to sediments. Eight families of ARGs were identified in cryoconite sediments, but none were associated with viruses. This study provides new insights into microbial diversity and documents the presence of ARGs from Canadian Arctic cryoconites in the LIA.

L'objectif de cette thèse a été de caractériser les patrons spatiaux de diversité inter- et intraspécifique au sein des réseaux dendritiques, d'expliciter les processus évolutifs et écologiques qui les sous-tendent, et d'isoler les possibles covariations spatiales et interactions existant entre ces différentes facettes de biodiversité. Pour cela, j'ai tout d'abord développé de nouvelles méthodes statistiques permettant l'analyse, par des modèles causaux, de données sous la forme de matrices de distances, afin de pouvoir analyser plusieurs facettes de biodiversité dans un unique cadre statistique au niveau alpha et bêta. J'ai par la suite étudié de manière intégrative les patrons de diversité interspécifique et intraspécifique génétique d'une part, et intraspécifique génétique et intraspécifique phénotypique d'autre part, au sein du bassin versant Garonne- Dordogne. Enfin, j'ai utilisé un modèle de dynamique éco-évolutive afin d'étudier l'impact de la structure et des gradients environnementaux caractérisant les réseaux dendritiques sur l'adaptation locale au sein de ces réseaux. / The aim of this thesis was to characterized the spatial patterns of inter- and intraspecific diversity within riverine networks, to better understand the ecological and evolutionary processes underlying them and to explore how the different facets of biodiversity interact with one another. First, I developed novel statistical approaches allowing the application of causal modeling to data in the form of pairwise matrices, thus allowing the study within integrative frameworks of several biodiversity facets at the alpha and beta levels. I then studied integratively the patterns of interspecific and intraspecific genetic diversity and of intraspecific genetic and intraspecific phenotypic diversity within the Garonne-Dordogne river basin. Finally, I used an eco-evolutionary metapopulation dynamics model to assess the impacts of the structure and environmental gradients that characterize riverine networks on local adaptation.