Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-02-07T17:49:14Z No. of bitstreams: 1 2017 - Gilmar Ferreira Vita.pdf: 2611067 bytes, checksum: abac55cdad10547db6f65387f7124c20 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T17:49:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Gilmar Ferreira Vita.pdf: 2611067 bytes, checksum: abac55cdad10547db6f65387f7124c20 (MD5) Previous issue date: 2017-03-29 / CAPES / The present study was developed from 2013 to 2016 in the Laboratory of Zoology of the Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro and the Department of Animal Parasitology of the Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, State of Rio de Janeiro. The objective was to test in vitro and in vivo the efficiency of the medicinal plants Baccharis trimera (Less.) DC., Eucalyptus globulus Labill., Mentha piperita Linnaeus, and Spigelia anthelmia Linnaeus, in phytotherapeutic and homeopathic forms, as an alternative way to control endoparasites of the Gallus gallus Linnaeus, 1758 (red junglefowl). Endoparasites are a serious problem that affects domestic bird rearing and development. They cause growth retardation, decrease in the food conversion index, increase in the susceptibility to infectious diseases, and culminate in death. The methodologies used were recommended by Coles et al. (1992), supported by the World Association for the Advancement of Veterinary Parasitology (WAAVP), reference to anthelmintic tests, and by Hubert and Kerboeuf (1992). The plants B. trimera and M. piperita showed moderate efficiency rate in in vitro tests, with maximum values of 80.00%, and low efficiency rate in in vivo test, with maximum values of 9.31%. The plants E. globulus and S. anthelmia, showed high efficiency rate in in vitro and in vivo tests, with values above 80.00%. The present study recorded the presence of the genera Ascaridia, Capillaria, and Heterakis. The plants sometimes showed indices above the traditional product used (Febendazol). / A pesquisa foi desenvolvida no Laborat?rio de Zoologia da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro e Setor de Parasitologia Animal da Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, estado do Rio de Janeiro, no per?odo de 2013 a 2016. O objetivo foi testar in vitro e in vivo a efic?cia das plantas medicinais Baccharis trimera (Less.) DC., Eucalyptus globulus Labill., Mentha piperita Linnaeus e Spigelia anthelmia Linnaeus, nas formas fitoter?pica e homeop?tica, como meios alternativos para o controle de endoparasitos de Gallus gallus Linnaeus, 1758 (Galinha Caipira), um s?rio problema que afeta a cria??o e desempenho de aves dom?sticas, ocasionando morte quando muito intenso, retardo de crescimento, redu??o de ?ndice de convers?o alimentar e aumento na suscetibilidade ?s doen?as infecciosas. As metodologias utilizadas foram preconizadas por Coles et al. (1992), creditada pela World Association for the Advancement of Veterinary Parasitology (WAAVP), organiza??o refer?ncia para testes anti-helm?nticos, e Hubert e Kerboeuf (1992). Para as plantas B. trimera e M. piperita, os ensaios in vitro demonstraram moderada taxa de efic?cia com valores m?ximos de 80,00%, e o ensaio in vivo, baixa taxa de efic?cia, com valores m?ximos de 9,31%. Para E. globulus e S. anthelmia, os ensaios in vitro e in vivo demonstraram alta taxa de efic?cia, com valores acima de 80,00%. A pesquisa evidenciou a presen?a dos g?neros Ascaridia, Capillaria e Heterakis. As plantas demonstraram em certos momentos ?ndices superiores ao produto tradicional utilizado (Febendazol).

A criptosporidiose é considerada uma das principais infecções por protozoários em aves, e já foi descrita em mais de 30 espécies de aves de várias Ordens, como Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis. Além dessas espécies, há vários genótipos distintos geneticamente das espécies de Cryptosporidium já descritas em aves, como os genótipos I, II, III e IV de aves. Há vários relatos de infecção por Cryptosporidium nos tratos gastrintestinal, respiratório e na bursa de Fabricius, resultando em perdas econômicas e mortalidade. O objetivo desse estudo foi a detecção de Cryptosporidium e sua caracterização molecular, em amostras de fezes de aves domésticas e de aves exóticas mantidas em cativeiro no Brasil. Foram coletadas 966 amostras de fezes de 18 famílias de aves. As amostras foram conservadas em solução de dicromato de potássio 2,5% a 4º C, até o processamento. Para purificação e concentração dos oocistos, foi utilizada a técnica de centrífugo-flutuação em solução de Sheather seguida de análise microscópica, em 463 amostras, por meio da técnica de coloração negativa com verde malaquita e de extração do DNA genômico dos oocistos, em amostra positivas à microscopia, ou, alternativamente, a extração de DNA foi realizada, sem a realização prévia de microscopia, em outras 503 amostras. A análise molecular foi realizada por meio da reação de nested-PCR, para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e do gene da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 47 (4,86 %) amostras. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação das três espécies que infectam aves: C. galli> em canário (Serinus canaria), galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) e calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis e C. baileyi em galinha doméstica (G. g. domesticus), Cryptosporidium genótipo I de aves em pavão azul (Pavocristatus) e canário (Serinus canaria), Cryptosporidium genótipo III de aves em agapornis (Agapornis roseicolis) e calopsita (N. hollandicus) e Cryptosporidium genótipo II de aves em avestruzes (Struthio camelus). / Cryptosporidiosis is considered a major protozoan infection in birds, and has been described in more than 30 species of birds of various orders, as Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are considered valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and Cryptosporidium meleagridis. Besides these species, there are several genotypes genetically distinct from the species of Cryptosporidium described in birds, as avian genotypes I, II, III and IV. There are several reports of gastrointestinal, respiratory and bursa of Fabricius infections in birds, resulting in major economic losses and mortality. The aim of this study was the detection and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in fecal samples of domestic birds and in exotic birds kept in captivity in Brazil. A total of 966 samples from 18 families of birds were collected and stored in 2.5% potassium dichromate solution at 4º C until processing. Oocysts were purified in Sheather sugar solution following microscopic analyses, in 463 samples, by malachite green negative stain and extraction of genomic DNA of oocysts in samples positive by microscopy or, alternatively, DNA extraction was accomplished without previous microscopic analyses in another 503 samples. Molecular analyses were performed using n-PCR for amplification of fragments of the 18S subunit of rRNA gene and of the actin gene. It was observed amplification for Cryptosporidium DNA fragments in 47 (4.86%) samples. Sequencing of amplified fragments and phylogenetic analyses allowed the identification of the three species that infect birds: C. galli in canaries (Serinus canaria), domestic chicken (Gallus gallus domesticus) and calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis and C. baileyi in domestic chicken (G. g. domesticus), Cryptosporidium avian genotype I in peacock (Pavo cristatus) and canary (Serinus canaria), Cryptosporidium avian genotype III in agapornis (Agapornis roseicolis) and cockatiel (N. hollandicus), and Cryptosporidium avian genotype II in ostriches (Struthio camelus).

Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.

A criptosporidiose é considerada uma das principais infecções por protozoários em aves, e já foi descrita em mais de 30 espécies de aves de várias Ordens, como Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis. Além dessas espécies, há vários genótipos distintos geneticamente das espécies de Cryptosporidium já descritas em aves, como os genótipos I, II, III e IV de aves. Há vários relatos de infecção por Cryptosporidium nos tratos gastrintestinal, respiratório e na bursa de Fabricius, resultando em perdas econômicas e mortalidade. O objetivo desse estudo foi a detecção de Cryptosporidium e sua caracterização molecular, em amostras de fezes de aves domésticas e de aves exóticas mantidas em cativeiro no Brasil. Foram coletadas 966 amostras de fezes de 18 famílias de aves. As amostras foram conservadas em solução de dicromato de potássio 2,5% a 4º C, até o processamento. Para purificação e concentração dos oocistos, foi utilizada a técnica de centrífugo-flutuação em solução de Sheather seguida de análise microscópica, em 463 amostras, por meio da técnica de coloração negativa com verde malaquita e de extração do DNA genômico dos oocistos, em amostra positivas à microscopia, ou, alternativamente, a extração de DNA foi realizada, sem a realização prévia de microscopia, em outras 503 amostras. A análise molecular foi realizada por meio da reação de nested-PCR, para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e do gene da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 47 (4,86 %) amostras. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação das três espécies que infectam aves: C. galli> em canário (Serinus canaria), galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) e calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis e C. baileyi em galinha doméstica (G. g. domesticus), Cryptosporidium genótipo I de aves em pavão azul (Pavocristatus) e canário (Serinus canaria), Cryptosporidium genótipo III de aves em agapornis (Agapornis roseicolis) e calopsita (N. hollandicus) e Cryptosporidium genótipo II de aves em avestruzes (Struthio camelus). / Cryptosporidiosis is considered a major protozoan infection in birds, and has been described in more than 30 species of birds of various orders, as Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are considered valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and Cryptosporidium meleagridis. Besides these species, there are several genotypes genetically distinct from the species of Cryptosporidium described in birds, as avian genotypes I, II, III and IV. There are several reports of gastrointestinal, respiratory and bursa of Fabricius infections in birds, resulting in major economic losses and mortality. The aim of this study was the detection and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in fecal samples of domestic birds and in exotic birds kept in captivity in Brazil. A total of 966 samples from 18 families of birds were collected and stored in 2.5% potassium dichromate solution at 4º C until processing. Oocysts were purified in Sheather sugar solution following microscopic analyses, in 463 samples, by malachite green negative stain and extraction of genomic DNA of oocysts in samples positive by microscopy or, alternatively, DNA extraction was accomplished without previous microscopic analyses in another 503 samples. Molecular analyses were performed using n-PCR for amplification of fragments of the 18S subunit of rRNA gene and of the actin gene. It was observed amplification for Cryptosporidium DNA fragments in 47 (4.86%) samples. Sequencing of amplified fragments and phylogenetic analyses allowed the identification of the three species that infect birds: C. galli in canaries (Serinus canaria), domestic chicken (Gallus gallus domesticus) and calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis and C. baileyi in domestic chicken (G. g. domesticus), Cryptosporidium avian genotype I in peacock (Pavo cristatus) and canary (Serinus canaria), Cryptosporidium avian genotype III in agapornis (Agapornis roseicolis) and cockatiel (N. hollandicus), and Cryptosporidium avian genotype II in ostriches (Struthio camelus).

Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.