Le but de notre étude était de mettre en place une méthode qui puisse nous permettre d’identifier, en aveugle, des perturbateurs de voies biologiques, et qui soit d’une part généralisable pour toute espèce de poissons et d’autre part applicable quel que soit le cours d’eau considéré. Nous nous sommes intéressés aux gènes différentiellement exprimés dans le foie, en utilisant la technologie du séquençage Illumina de banques ADNc. Nous avons étudié trois espèces de cyprinidae (C. nasus, P. toxostoma, S. cephalus) dans le bassin de la Durance, servant à l’alimentation en eau de plusieurs millions de personnes. Nous avons mis en place une suite logicielle pour inférer un transcriptome pour chacune des trois espèces étudiées, et effectué un travail en bioinformatique pour l’identification des spécimens hybrides. Cette méthode nous permet d’assigner les 596 millions de séquences générées (293 spécimens) à l’une des trois espèces et à 16606 gènes identifiés. Les résultats biologiques montrent des variations de l’expression de gènes touchant des voies biologiques associées à des réponses aux xénobiotiques le long de l’axe amont-aval de la rivière. Ils montrent aussi que les spécimens échantillonnés dans le canal EDF présentent des réponses atténuées aux xénobiotiques par rapport aux individus en rivière. Ce résultat peut s’expliquer par l’effet de dilution des polluants dans une masse d’eau plus importante. Cette étude met en évidence les capacités adaptatives des populations de poissons à court terme, via des modifications de l’expression des gènes à un ensemble de perturbateurs environnementaux. Ce travail permet d’envisager la mise en place d’un outil de gestion incontournable. / The aim of our study was to establish a method that allows the identification (in blind) of biologicalpathway disrupters, for all species of fish and applicable regardless of the watercourse considered. Wefocused on differentially expressed genes (and the biological pathways in which they act) in the liver,using the Illumina sequencing technology of cDNA libraries. We studied three species of cyprinidae (C.nasus, P. toxostoma, S. cephalus) in the Durance basin that constitutes water resource for several millionpeople. We have implemented a pipeline to infer the transcriptome for each of the three species studied,and developed a bioinformatics framework for the identification of hybrid specimens. This methodallows us to assign the 596 million sequences generated (representing 293 specimens) to one of the threespecies and to 16,606 identified genes. The biological results display variations in the expression of genesaffecting biological pathways associated with xenobiotic responses (estrogens, Hap, heavy metals) alongthe upstream-downstream axis of the river. They also yield that the specimens sampled in the EDFchannel displayed an attenuated responses to xenobiotics, in comparison to individuals that inhabitethe river, possibly a benefit of the dilution effect of pollutants in a larger body of water. This studyhighlights short-term adaptive capacities (acclimation) of fish populations to a set of environmentaldisrupters via changes in gene expression levels. It will open a way to an essential tool for managementpolicies.

La Durance est une large rivière méditerranéenne à charge grossière et à lit divagant. Le fonctionnement hydro-sédimentaire de son bassin versant a été profondément modifié par la mise en place d'aménagements hydro-électriques et par les extractions de graviers, qui ont entraîné une rétraction de sa bande active et une incision marquée de son lit. Ces évolutions morphologiques correspondent à des enjeux majeurs en termes de gestion du territoire en moyenne et basse Durance, du fait de la nécessité du maintien d'une capacité d'écoulement du lit en crue, et de la mobilité latérale du lit, souvent incompatible avec l'occupation de la vallée. Cette thèse, basée sur la collecte de données de terrain, vise à développer un schéma de fonctionnement du transport sédimentaire dans les rivières à charge grossière de grande largeur, en intégrant les différentes échelles spatiales (et donc temporelles). Elle a également pour objectif de donner des clefs de compréhension pour la gestion des flux sédimentaires en Durance. Les mécanismes de la mobilité des particules sédimentaires et des formes fluviales sont étudiés dans une démarche ascendante de reformulation scientifique de questionnements opérationnels. / The Durance River (South-Eastern France) is a large and steep wandering gravel-bed river, deeply impacted by gravel mining and flow diversion in its whole catchment area. The Durance River is characterized by a sediment deficit that led to a reduction of active channel width and river bed degradation. These lateral and vertical dynamics lead to important issues in terms of landscape management, because of (i) maintaining the bed hydraulic capacity to evacuate flood discharges and (ii) planform evolution of the river that conflicts with landscape use. This field-based thesis aims at developing a functioning scheme of bedload transport in large gravel bed rivers at various spatial (and consequently temporal) scales and gives keys to understanding for sediment fluxes management on the Durance River. Particle and bedform mobility mechanisms are studied with a scientific approach closely linked to management issues.