Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genus Pinus is highlight in the forestry sector, especially in southern Brazil, by production of wood and cellulose. However, their seeds are vulnerable to attack by fungi causing diseases in nurseries. The present study aims to evaluate the physiological and sanitary quality of Pinus spp. seeds. from different origins; morphological and molecular identification of fungal species isolated from seeds of Pinus sp.; evaluate the pathogenic potential these fungi; and testing the efficacy of biocontrol agents for the treatment of seeds. For initial characterization of seed were evaluated germination and sanity tests. Four lots were utilized and samples were composed of 400 seeds for each test. The morphological characterization of the fungal isolates was accomplished based on specific keys to the genera Fusarium and Lasiodiplodia. For the molecular identification, ITS region and elongation factor, were sequenced. The pathogenicity test consists of the inoculation of the pine seeds by contact with a fungal culture of the pathogen, the substrate was sterilized sand, the test was kept in a growth room (25 ± 3 °C and photoperiod of 12 h) during 45 days. For biocontrol tests were used commercial products based on Trichoderma and Bacillus; and an isolated Bacillus themselves obtained from pine seeds. The in vitro control was conducted by direct confrontation betweem antagonist and pathogen. The in vivo test was carried out in conditions of vegetation for 60 days, the variables evaluated were emergence, stem diameter, fresh weight and dry seedling. The germination percentage of lots was higher 70%. The fungal genera associated with seeds were: Fusarium, Lasiodiplodia, Aspergillus, Penicillium and Trichoderma. Based on morphological and molecular characteristics identified the species F. oxysporum, F. verticillioides and Lasiodiplodia theobromae as pathogenic species to Pinus spp., causing pre and post-emergence damping-off. The antagonists show control potential of F. oxysporum, F. verticillioides and Lasiodiplodia theobromae in vitro. In vivo tests does not interfere with the development of the seedlings, until the 60 days of test. / O gênero Pinus destaca-se no setor florestal, especialmente na região Sul do Brasil, pela produção de madeira e celulose. Entretanto, suas sementes apresentam vulnerabilidade sanitária e doenças causadas por fungos são ocorrências decisivas na fase de produção de mudas nos viveiros. Diante disso, o presente estudo tem como objetivo avaliar a qualidade fisiológica e sanitária de sementes de Pinus spp. oriundas de diferentes procedências; identificar morfologicamente e molecularmente os isolados fúngicos associados as sementes; avaliar o potencial patogênico desses fungos; e testar a eficiência de agentes biocontroladores no tratamento das sementes. Para a caracterização inicial das sementes foram utilizados os testes de germinação e sanidade, avaliando-se quatro lotes e as amostras foram compostas por 400 sementes, para cada teste. A caracterização morfológica dos isolados fúngicos foi realizada com base em chaves específicas para os gêneros Fusarium e Lasiodiplodia, já para a identificação molecular, foram sequenciadas as regiões ITS e fator de elongação. O teste de patogenicidade consistiu na inoculação das sementes de Pinus via contato com a cultura fúngica do patógeno, sendo o substrato utilizado areia esterilizada com o teste mantido em sala de germinação (25 ± 3 °C e fotoperíodo de 12 h) durante 45 dias. Para os testes de biocontrole foram utilizados produtos comerciais à base de Trichoderma e Bacillus e um isolado de Bacillus obtido das próprias sementes de Pinus. O controle in vitro foi realizado pelo método de confronto pareado de culturas (antagonista x patógeno) e o teste in vivo foi desenvolvido em condições de casa de vegetação, durante 60 dias; as variáveis avaliadas foram emergência, diâmetro do colo, peso fresco e seco de mudas. O percentual de germinação dos lotes foi superior a 70%. Os gêneros fúngicos identificados nas sementes foram: Fusarium, Lasiodiplodia, Aspergillus, Penicillium e Trichoderma. Com base nas características morfológicas e moleculares identificaram-se as espécies Fusarium oxysporum, F. verticillioides e Lasiodiplodia theobromae como patogênicas a espécie em estudo, causando damping off de pré e pós-emergência. Os agentes antagonistas mostraram potencial de controle in vitro sobre F. oxysporum, F. verticillioides e L. theobromae e quando confrontados in vivo com L. theobromae não interferiram no desenvolvimento das mudas, até os 60 dias de condução do teste.