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Pomar de sementes por mudas em Eucalyptus camaldulensis e Hymenaea stigonocarpa : uma opção para o melhoramento e a conservação genética em espécies arbóreas exóticas e nativas /Zaruma, Darlin Ulises Gonzalez January 2020 (has links)
Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: As espécies florestais possuem grande importância econômica, pois oferecem diversos produtos fundamentais para a sociedade, mas dada a impossibilidade de se separar ações de melhoramento das de conservação de recursos genéticos, técnicas como os testes combinados de progênies e procedências, tanto para espécies exóticas ou nativas, visam a seleção de árvores pelo valor genético e a transformação dos experimentos em PSM (pomares de semente por mudas). Os pomares de sementes são os vetores de produção de sementes de alta qualidade genética, que ligam as atividades de melhoramento das árvores às práticas de conservação. No anterior contexto, sementes de polinização aberta provenientes de uma população base de Eucalyptus camaldulensis e de um fragmento de Cerrado com Hymenaea stigonocarpa, foram coletadas e plantadas na Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira (FEIS/UNESP), em Selvíria-MS. O objetivo deste trabalho foi verificar a variação genética e ganhos genéticos a partir do desbaste dentro de progênies de E. camaldulensis aos 10 anos de idade e estimar parâmetros genéticos populacionais, por meio de marcadores moleculares do tipo microssatélites para H. stigonocarpa, com vistas ao melhoramento genético e conservação, respectivamente. Para análise quantitativa, os caracteres altura (ALT), diâmetro a altura do peito (DAP), volume (VOL), densidade básica (DBM) e sobrevivência (SOB) foram utilizados. Assim os valores observados para sobrevivência (>90%) de E. camaldulensis indic... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Forest species are of great economic importance, as they offer several fundamental products for society, but given the impossibility of separating actions to improve those from the conservation of genetic resources, techniques such as the combined testing of progenies and provenances for both exotic and native species, aim at the selection of trees by their genetic value and the transformation of the experiments in PSM (seed orchards by seedlings). Seed orchards are the vectors of seed production of high genetic quality, which link tree improvement activities to conservation practices. In the previous context, open pollination seeds from a base population of Eucalyptus camaldulensis and a fragment of Cerrado with Hymenaea stigonocarpa, were collected and planted at the Faculty of Engineering of Ilha Solteira (FEIS/UNESP), in Selvíria-MS. The objective of this work was to evaluate the genetic variation and genetic gains from thinning within E. camaldulensis progeny at 10 years of age, and to estimate population genetic parameters, using microsatellite molecular markers for H. stigonocarpa, with a view to genetic improvement and conservation, respectively. For quantitative analysis, the characters height (H), diameter at breast height (DBH), volume (VOL), basic density (DBM) and survival (SUR) were used, thus the values observed for survival (> 90%) indicate good adaptation of the species to the place. Estimates considered to be of high magnitude were obtained for the coefficie... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Estudo da estrutura genética populacional e dos efeitos do programa de melhoramento genético em um rebanho Nelore / Study of population genetic structure and effects of breeding program in a Nellore herdOliveira, Heloise Patrícia Quintino de 12 March 2010 (has links)
O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura genética populacional e os efeitos do programa de melhoramento genético em um rebanho Nelore comercial, que visa a venda de reprodutores avaliados geneticamente. O banco de dados era composto pelos registros de produção de 417.552 animais, nascidos entre 1984 e 2007, e o de pedigree de 483.748 animais. Com o intuito de estudar a estrutura populacional, foram utilizados os softwares ENDOG v. 4.6 e POPREPORT para se calcular o coeficiente de endogamia (F), o coeficiente médio de parentesco individual (AR), numero efetivo de ancestrais e de fundadores, numero de ancestrais que contribuem com 50% da variabilidade genética da população e intervalo de gerações. O coeficiente de endogamia calculado para a população em estudo foi igual a 0,12% e o AR a 0,18%. Os números efetivos de ancestrais (fa) e de fundadores (fe) foram iguais a 64 e 147, respectivamente. Para a população estudada, 70 indivíduos explicam sua variabilidade genética. O intervalo de geração calculado para os quatro passos gaméticos pai-filho, pai-filha, mãe-filho, mãe-filha foram de 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 anos, respectivamente, quando se considera somente as progênies que se tornaram reprodutores no programa de melhoramento, e de 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 anos, respectivamente, quando se considera todas as progênies nascidas. O progresso genético esperado para as características peso a desmama (PD), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP345), perímetro escrotal (PE) e musculatura era de 1,10 kg/ano, 1,05 kg/ano, 0,28 cm/ano e 0,04 un/ano, respectivamente. Entretanto, o progresso genético observado para as mesmas características foram iguais a 0,51 kg/ano, 1,03 kg/ano, 0,11 cm/ano e 0,03 un/ano, respectivamente. / The objective of the present research was to analyze the population genetic structure and the effects of breeding program in a Nellore commercial herd, aimed at the sale of breeders genetically evaluated. The database was composed by production records by 417552 animals, born between 1984 and 2007, and the pedigree records by 483748. For describe the population structure, to ENDOG v. 4.6 and POPREPORT were used to calculate inbreeding coefficient (F), average relatedness coefficients (AR), effective number of ancestors and founders, number of ancestors that contribute with 50% of genetic variability of population and generation intervals. The inbreeding coefficient calculated to the population in study is 0.12% and AR is 0.18%. The effective number of ancestors (fa) and founders (fe) was 64 and 147, respectively. For the population in study, 70 individuals explain 50% of genetic variability. The generation\'s intervals for the four paths genetic, sire-son, siredaughter, dam-son, dam-daughter, was 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 years, respectively, when considered only progenies kept reproduction, and was 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 years, respectively, when all born progenies are considered. The genetic progress waited to the characteristics weaning weight (WW), weight gain from weaning to 18 months (WG345), scrotal circumference (CE) and muscle were 1.10 kg.year-1, 1.05 kg.year-1, 0.28 cm.year-1 and 0.04 unit.year-1, respectively. However, the genetic progress observed to the same characteristics was 0.51 kg.year-1, 1.03 kg.year-1, 0.11 cm.year-1 and 0.03 unit.year-1, respectively.
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Estrutura populacional e tendência genética de características de crescimento e adaptação de bovinos da raça Nelore, linhagem Lemgruber / Population structure and genetic trends of growth and adaptability traits in Nellore cattle, Lemgruber lineOliveira, Priscila Silva 21 December 2009 (has links)
O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional, estimar parâmetros (coeficientes de herdabilidade e correlações) e determinar as tendências genéticas e fenotípicas de características de crescimento e adaptação em bovinos da raça Nelore, linhagem Lemgruber. O banco de dados utilizado nas análises constituiu-se de 39.290 animais no arquivo de pedigree e de 24.353 animais no arquivo de produção. Os parâmetros populacionais foram obtidos por meio dos softwares POPREP (GROENEVELD et al., 2009) e ENDOG v 3.2 (GUTIÉRREZ e GOYACHE, 2005). As estatísticas descritivas e os parâmetros genéticos para cada característica estudada foram estimadas por meio de quatro análises hepta-característica utilizando o programa VCE-6 (KOVAC & GROENEVELD, 2003) sob modelo animal completo. As tendências genéticas e fenotípicas foram obtidas pela regressão dos valores genéticos e fenotípicos respectivamente sobre o ano de nascimento dos animais e os coeficientes da regressão foram estimados por meio do método de quadrados mínimos. Apesar da endogamia média do rebanho ser considerada moderada verificou-se alta porcentagem de indivíduos endogâmicos e reduzido tamanho efetivo populacional. Além disso, o incremento contínuo de endogamia ao longo dos anos demonstra a necessidade de intervenção na seleção dos indivíduos para reprodução, de modo que, problemas futuros possam ser evitados. Os coeficientes de herdabilidade direta foram estimados em 0,24, 0,31, 0,31, 0,21, 0,19, 0,30, 0,41, 0,19 e 0,17 respectivamente para peso ao nascimento (PN), peso aos 120 dias de idade (P120), peso à desmama (PD), peso ao ano (PES12), ganho de peso pós desmama, de 205 aos 550 dias (GP345), ganho de peso na prova à pasto da ABCZ, em 224 dias (GP224), perímetro escrotal (PE), temperamento (TEMP), e repelência (REP) e indicam que a variabilidade genética aditiva existente é suficiente para a obtenção do ganho genético em resposta à seleção desde que sejam realizados ajustes, tanto nas estratégias de seleção adotadas para a obtenção de maiores ganhos nos valores genéticos, como também nos fatores ambientais que possam possibilitar ao máximo, a expressão do potencial genético dos animais. / The present study had as objective to evaluate the population structure, to estimate parameters (coefficients of heritability and correlation) and to determine the phenotypic and genetic trends for growth and adaptability traits in Nellore cattle, Lemgruber line. The database used in the analysis consisted of 39,290 animals in the pedigree and 24,353 animals in the production file. The population parameters were obtained from the software POPREP (Groeneveld et al., 2009) and ENDOG v 3.2 (Gutierrez and GOYACHE, 2005). The descriptive statistics and genetic parameters for each characteristic studied were estimated by four seven-traits analysis using the program VCE-6 (Kovac & GROENEVELD, 2003) which uses the animal model. The phenotypic and genetic trends were obtained by means of phenotypic and genetic values respectively on the year of birth of the animals and the regression coefficients were estimated by the method of least squares. Although the average inbreeding of the herd being considered moderate, there was high percentage of inbred individuals and small effective population size. Furthermore, the continuous increase in inbreeding over the years demonstrates the need for intervention in the selection of individuals for reproduction, so that future problems can be avoided. Direct heritability coefficients were estimated as 0.24, 0.31, 0.31, 0.21, 0.19, 0.30, 0.41, 0.19 and 0.17 respectively for birth weight (PN), weight 120 days of age (P120), weaning weight (PD), weight at 12 months of age (PES12), weight gain after weaning from 205 to 550 days (GP345), weight gain during the pasture test of ABCZ in 224 days (GP224), scrotal circumference (PE), docility (TEMP) and repellency (REP) and indicate that the additive genetic variability is sufficient to obtain genetic gain in response to selection as far as adjustments in selection strategies are adopted to achieve larger gains in breeding values, and environmental factors that may allow the expression of the genetic potential of the animals.
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Seleção genética de progênies de irmãos completos obtidos entre espécies de Eucalyptus sp, visando a produção de carvão vegetal / Genetic selection of progenies of full siblings obtained between different species of Eucalyptus sp, aiming the production of charcoalHenriques, Eduardo Pinheiro [UNESP] 14 December 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-12-14 / Testes de Progênies de polinização aberta ou controlada são técnicas que permitem ao melhorista orientar o seu programa de melhoramento com base no potencial genético do material de que dispõe. Na atualidade são empregados programas computacionais avançados com base em modelos matemáticos de genética quantitativa. A partir dos dados dos parâmetros genéticos quantitativos, parâmetros moleculares calculados com dados de DNA, avaliações aos 2, 5 e 7 anos de idade dos caracteres altura das plantas (ALT) (m), diâmetro à altura do peito (DAP) (cm), volume individual das árvores (VOL) (m), genotipagem de 33 genitores femininos e 41 masculinos, quando foram analisados 14 locos microssatélites SSR, pode-se traçar a linha de trabalho de melhoramento com segurança nos resultados almejados. O objetivo deste estudo foi (i) formar um pomar de recombinação, (ii) formar um pomar de hibridação com as melhores progênies das famílias, (iii) identificar as famílias excepcionais para propagação seminal e clonal, (iv) selecionar as 10 melhores progênies para clonagem e (v) formar um Pomar de Semente Testada com as populações genitoras feminina e masculina. O delineamento experimental do teste foi de blocos casualisados com 286 tratamentos (cruzamentos), em 8 repetições de parcelas lineares de 6 plantas. O teste da razão de verossimilhança (LTR) revelou diferenças de alta significância, ao nível de 1% de probabilidade (p<0,001), entre todos os caracteres avaliados e em todas as idades de avaliação. A herdabilidade individual entre os sexos no sentido restrito (h2 a) foi de aproximadamente o dobro da herdabilidade dos efeitos de dominância entre machos e fêmeas (h2 dom). A herdabilidade individual entre os sexos nos sentido amplo, ou seja, dos efeitos genotípicos totais (h2 g) foi de 0,4 aos dois anos, 0,34 aos cinco anos e de 0,21, para o caráter altura aos sete anos de idade. Estes valores indicam sucesso na seleção dentro da população. As acurácias geral de machos (Acgm), geral de fêmeas (Acgf) e geral dos cruzamentos (Acgcruz) são altas, tendo em vista que se 2 situam acima de 0,75 para todos os caracteres em todas as idades estudadas. Isto indica que a seleção a ser realizada terá garantia de acerto acima de 70%. Os parâmetros moleculares evidenciaram não haver endogamia, coancestria e nem parentesco entre os indivíduos das populações dos genitores. A identidade genética é da ordem de 0,800 e a distância de 0,222. As populações de genitores compartilham apenas duas estruturas genéticas do genoma. Foram selecionadas (i) 32 famílias excepcionais e nelas (ii) 256 indivíduos para formação do pomar de recombinação, com produtividade média de 74,24 m³ ha-1 ano-1, (iii) 65 progênies para estabelecimento do pomar de hibridação com a mesma produtividade média. No “ranking” de indivíduos foram selecionados os melhores, para clonagem, com produtividade média de 86,08 m³ ha-1 ano-1. / Progeny tests of open or controlled pollination are techniques that allow the breeder to guide its improvement program based on the genetic material of the available material. At the present time advanced computer programs based on mathematical models of quantitative genetics are used. From data of the quantitative genetic parameters, molecular parameters calculated with DNA data, evaluations at 2, 5 and 7 years of age of characters, height of plants (HGT) (m), diameter at breast height (DBH) (cm), individual volume of trees (VOL) (m) and genotyping of 33 female and 41 male parents, when fourteen SSR microsatellite loci were analyzed, it is possible to draw the working line for safely improving the desired results. The objective of this study is (i) forming a recombination orchard, (ii) forming a hybridization orchard with the best progenies of the families, (iii) identifying exceptional families to seed and clonal propagation, (iv) selecting the 10 best progenies for cloning and (v) creating an Orchard of Tested Seeds with female progenitor population. The experimental design of the test was the one of randomized blocks with 286 treatments (crossings) in eight repetitions of linear parcels of 6 plants. The likelihood ratio test (LRT) revealed differences of high significance, at the level of 1% of probability (p<0.001), between all evaluated characters and in all evaluating ages. Individual heritability between sexes in the restricted sense (h2 a) was approximately the double or the heritability of dominance effects between males and females (h2 dom). Individual heritability between sexes in the broad sense, in other words, of total phenotypic effects (h2 g) was 0.4 at two years, 0.34 at five years and 0.21 at seven years of age. Those values indicate success of population selection. General accuracy of males (Gacm), general accuracy of females (Gafm) and general accuracy of plant breeding (Gacgcross) are high, considering that they are over 0.75 for all characters in all studied ages. This indicates that the selection to be performed will have a guaranteed accuracy over 70%. Molecular parameters evidenced that there are no endogamy and no relatedness between individuals from the genitors’ 4 populations. Genetic identity is in the order of 0.800 and distance 0.222. Genitors’ populations shared only two genetic structures of the genome. Thirty-two exceptional families (i) were selected and from them (ii) 256 individuals for formation of recombination orchard, with mean production of 74.24 m³ ha-1 year-1, (iii) 65 progenies for establishment of hybridization orchard with the same average production. In the ranking of individuals, the best ones were selected, for cloning, with mean productivity of 86.08 m³ ha-1 year-1.
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Endogamia, componentes da vari?ncia e heterose em caracteres agron?micos em milheto perola (Pennisetum glaucum, (L) R. Brown) / Inbreeding, components of variance and heterosis of agronomics characters of pearl millet (Pennisetum glaucum, (L) R. Brown)Soares, Elizene Damasceno Rodrigues 25 July 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-07-25 / Funda??o Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / This work was divided in two chapters. Chapter had as objective to evaluate the effect of inbreeding and to estimate genetic parameters using free pollination (S0) and of self pollination (S1) progenies, in a pearl millet population originated from a bulk obtained by the mixture of three cultivar, Souna III, HKP and Guerguera. Chapter II had as objective to study general (GCA) and specific (SCA) combination ability and reciprocal effects using the methodology proposed by Griffing (1956), and the effect of heterosis by the methodology proposed by Gardner and Eberhart (1966) in a diallel cross among six pearl millet cultivar: SOUNA III, HKP and GUERGUERA, (African origin) and BRS 1501, BN2 and IAPAR (Brazilian origin). In chapter one, fifty plants from the bulk were used to obtain S0 (open pollination) and S1 (self pollination) families. The 100 families were evaluated in a triple latice 10x10. Results indicate that there was significant mean depression (P <0,01) for all characters, except for the number of leaves and angle of the second leaf. Four families that jointly presented the characters for grain yield and biomass simultaneously with low depression were selected. The mean heritability estimated was larger in S1 families for all the characters, except for diameter of the stem. The individual heritability presented the smaller values in S1. The variance components D1 and D2 presented high values for all the characters, and all D1 estimates were negatives. Simulations of the quadratic components of the genetic variance (additive variance, dominance variance, D1, D2 and H2) and for genetic progress, with different self pollination rates, showed that, for all characters, estimates practically did not vary up to a rate of 10% of self pollination. In chapter II, the results indicated that HKP, Guerguera and BRS 1501 had the largest values for GCA for the characteristics of biomass. Considering the values of CGC and CEC, the most promising combinations were: IAPAR x BRS 1501, mainly because CEC and Guerguera x Souna III, that had high values of CGC and CEC. HKP, Guerguera and BRS 1501 had the largest values of CGC for panicle length, BRS 1501, Guerguera and Souna III had the largest values of CGC for panicle diameter, traits that compose grain yield. For grain yield, considering the values of CGC and CEC, the most promising combinations were: GUERGUERA X BRS 1501 and SOUNA III X BRS 1501. For these progenitors, heterosis for biomass and grains yield was not significant. However, heterosis was significant for plant height, stem diameter, leaves number, leaf length, which influence on the biomass production, and in the characters panicles length and diameter, which are component of grains yield. / Esse trabalho foi dividido em dois cap?tulos. O Cap?tulo I teve como objetivo avaliar o efeito da endogamia e estimar par?metros gen?ticos utilizando prog?nies de poliniza??o livre (S0) e de autofecunda??o (S1), em uma popula??o de milheto p?rola proveniente de um composto obtido pela mistura das cultivares Souna III, HKP e Guerguera. O Cap?tulo II teve como objetivo avaliar a capacidade geral de combina??o (CGC), capacidade espec?fica de combina??o (CEC) e o efeito rec?proco (ER) no cruzamento dial?lico atrav?s da metodologia proposta por Griffing (1956), e estudar o efeito da heterose pela metodologia proposta por Gardner e Eberhart (1966). Para isso, utilizaram-se seis cultivares de milheto p?rola: Souna III, HKP e Guerguera, (origem africana) e BRS 1501, BN2 e IAPAR (origem brasileira). Quanto ao cap?tulo I, cinq?enta plantas tomadas ao acaso da popula??o base foram utilizadas para obten??o das fam?lias S0 e S1. As 100 fam?lias foram avaliadas em um l?tice triplo 10x10. Os resultados indicaram que houve depress?o m?dia significativa (P < 0,01) para todos os caracteres, exceto para o n?mero de folhas e ?ngulo da 2? folha. Foram selecionadas quatro fam?lias que agregaram simultaneamente os caracteres produ??o de gr?os e de palhada que apresentaram m?dias desejadas e como baixa depress?o. As estimativas de herdabilidade ao n?vel de m?dias foram maiores nas fam?lias S1 para todos os caracteres, exceto para di?metro do colmo. J? as estimativas das herdabilidades individuais apresentaram os valores na S1 menores. Os componentes de vari?ncia D1 e D2 apresentaram valores altos para todos os caracteres, sendo as estimativas do D1 todas negativas. Simula??es efetuadas dos componentes quadr?ticos da vari?ncia gen?tica (σ2A, σ2D, D1, D2 e H2 ) e para progresso gen?tico em fun??o de diferentes taxas de autofecunda??o, mostraram que para todos os caracteres as estimativas praticamente n?o variaram at? uma taxa de autofecunda??o igual a 10%. Quanto ao cap?tulo II, os resultados indicaram que HKP, Guerguera e BRS 1501 tiveram os maiores valores para CGC para as caracter?sticas que comp?em a massa seca. Considerando os valores da CGC e CEC, as combina??es mais promissoras foram: IAPAR x BRS 1501, que se destacou principalmente devido ? CEC e Guerguera x Souna III, que teve valores altos para CGC e CEC. HKP, Guerguera e BRS 1501 tiveram os maiores valores para CGC para comprimento da pan?cula, BRS 1501, Guerguera e Souna III tiveram os maiores valores para CGC para di?metro da pan?cula, caracter?sticas que comp?em a produ??o de gr?os. Considerando os valores da CGC e CEC, as combina??es mais promissoras para produ??o de gr?os foram: Guerguera x BRS 1501 e Souna III x BRS 1501. Para os progenitores estudados, a heterose para os caracteres massa seca e produ??o de gr?os n?o foi significativa. Por?m, foi significativa nos caracteres altura da planta, di?metro do colmo, n?mero de folhas, comprimento da folha, os quais influem na produ??o de massa seca, e nos caracteres comprimento e di?metro das pan?culas, os quais s?o componentes da produ??o de gr?os. Portanto, ? poss?vel direcionar o melhoramento do milheto para a forma??o de h?bridos.
Palavras chaves: Endogamia, componentes da vari?ncia, herdabilidade, milheto p?rola.Esse trabalho foi dividido em dois cap?tulos. O Cap?tulo I teve como objetivo avaliar o efeito da endogamia e estimar par?metros gen?ticos utilizando prog?nies de poliniza??o livre (S0) e de autofecunda??o (S1), em uma popula??o de milheto p?rola proveniente de um composto obtido pela mistura das cultivares Souna III, HKP e Guerguera. O Cap?tulo II teve como objetivo avaliar a capacidade geral de combina??o (CGC), capacidade espec?fica de combina??o (CEC) e o efeito rec?proco (ER) no cruzamento dial?lico atrav?s da metodologia proposta por Griffing (1956), e estudar o efeito da heterose pela metodologia proposta por Gardner e Eberhart (1966). Para isso, utilizaram-se seis cultivares de milheto p?rola: Souna III, HKP e Guerguera, (origem africana) e BRS 1501, BN2 e IAPAR (origem brasileira). Quanto ao cap?tulo I, cinq?enta plantas tomadas ao acaso da popula??o base foram utilizadas para obten??o das fam?lias S0 e S1. As 100 fam?lias foram avaliadas em um l?tice triplo 10x10. Os resultados indicaram que houve depress?o m?dia significativa (P < 0,01) para todos os caracteres, exceto para o n?mero de folhas e ?ngulo da 2? folha. Foram selecionadas quatro fam?lias que agregaram simultaneamente os caracteres produ??o de gr?os e de palhada que apresentaram m?dias desejadas e como baixa depress?o. As estimativas de herdabilidade ao n?vel de m?dias foram maiores nas fam?lias S1 para todos os caracteres, exceto para di?metro do colmo. J? as estimativas das herdabilidades individuais apresentaram os valores na S1 menores. Os componentes de vari?ncia D1 e D2 apresentaram valores altos para todos os caracteres, sendo as estimativas do D1 todas negativas. Simula??es efetuadas dos componentes quadr?ticos da vari?ncia gen?tica (σ2A, σ2D, D1, D2 e H2 ) e para progresso gen?tico em fun??o de diferentes taxas de autofecunda??o, mostraram que para todos os caracteres as estimativas praticamente n?o variaram at? uma taxa de autofecunda??o igual a 10%. Quanto ao cap?tulo II, os resultados indicaram que HKP, Guerguera e BRS 1501 tiveram os maiores valores para CGC para as caracter?sticas que comp?em a massa seca. Considerando os valores da CGC e CEC, as combina??es mais promissoras foram: IAPAR x BRS 1501, que se destacou principalmente devido ? CEC e Guerguera x Souna III, que teve valores altos para CGC e CEC. HKP, Guerguera e BRS 1501 tiveram os maiores valores para CGC para comprimento da pan?cula, BRS 1501, Guerguera e Souna III tiveram os maiores valores para CGC para di?metro da pan?cula, caracter?sticas que comp?em a produ??o de gr?os. Considerando os valores da CGC e CEC, as combina??es mais promissoras para produ??o de gr?os foram: Guerguera x BRS 1501 e Souna III x BRS 1501. Para os progenitores estudados, a heterose para os caracteres massa seca e produ??o de gr?os n?o foi significativa. Por?m, foi significativa nos caracteres altura da planta, di?metro do colmo, n?mero de folhas, comprimento da folha, os quais influem na produ??o de massa seca, e nos caracteres comprimento e di?metro das pan?culas, os quais s?o componentes da produ??o de gr?os. Portanto, ? poss?vel direcionar o melhoramento do milheto para a forma??o de h?bridos.
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O papel da endogamia na preservação do ethos do presbiterianismo do Brasil / The role of endogamy in preserving the ethos of Presbyterianism in BrazilSouza Junior, Alceu Lourenço de 03 February 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-02-03 / The religious endogamy is a social institution historically well established in the Presbyterian tradition. However, an important part of church members get involved emotionally, dating and marrying people outside of approved religious group. This study researched how was the spread, maintenance and social legitimacy of endogamy concept in the Brazilian Presbyterianism, since the missionary Presbyterianism introduction in the country, trying to understand how religious endogamy has been justified in brazilians social and religious plurality. This study is specially importante nowadays, qhen some people believe that religious institutions legitimacy determine behavior patterns is getting out of use. Comparative studies on endogamy among immigrant populations, the history of endogamous precept in Christianity, the analysis of biblical texts that underlie endogamy and a field survey among attendees at a Presbyterian community on São Paulo, Brazil, contributed to the understanding of the issue from the point of view of the institution and from the perspective of its faithful ones. / A endogamia religiosa é uma instituição social bem estabelecida historicamente na tradição presbiteriana. Entretanto, uma parcela importante dos adeptos da igreja se envolve afetivamente, namora e se casa com pessoas de fora do grupo religioso aprovado. A pesquisa averiguou como se deu a difusão, legitimação e manutenção social do conceito de endogamia no presbiterianismo brasileiro, desde o período da implantação do presbiterianismo de missão no país, procurando compreender como a endogamia religiosa tem se justificado em meio à pluralidade social e religiosa brasileira, especialmente na contemporaneidade em que se aponta um enfraquecimento da legitimidade das instituições religiosas para determinar o padrão de conduta e pensamento de seus fiéis. A comparação com estudos sobre endogamia entre populações imigrantes, a história do preceito endogâmico no Cristianismo, a análise dos textos bíblicos que fundamentam a endogamia e uma pesquisa de campo entre os frequentadores de uma comunidade presbiteriana paulistana contribuíram para a compreensão da questão tanto do ponto de vista da instituição quanto da perspectiva dos seus fiéis.
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Seleção e depressão por endogamia para a cultivar de mamona FCA-PB, em progênies obtidas por diferentes métodos de polinização / Selection and inbreeding depression for the castor bean FCA-PB, in progenies obtained by different pollination methodsSilva, Jackson da 18 July 2018 (has links)
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Previous issue date: 2018-07-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A mamona (Ricinus communis) está presente em inúmeras aplicações na área industrial e na produção de biodiesel, tendo assim, relevante importância econômica. Contudo, no ano de 2017, o Brasil apresentou produtividade de 470 kg ha-1, muito aquém do seu real potencial, devido à falta de genótipos adaptados a cada região produtora. A síntese de híbridos produtivos passa pela obtenção de linhagens puras com o mínimo de endogamia, para maior exploração do vigor de híbrido, que proporcionam plantas mais uniformes e mais produtivas. Assim, o presente trabalho teve por objetivo estimar a depressão por endogamia em progênies obtidas por autofecundação, polinização cruzada e polinização livre advindas do cultivar de mamona FCA-PB. Os experimentos foram implantados em delineamento em blocos casualizados, no esquema fatorial 90 x 2 x 2, sendo 90 progênies advindas de três tipos de polinização, em 2 ambientes (São Manuel e Araçatuba) e em 2 safras (2004/2005 e 2005/2006), e no esquema fatorial 30 x 3, sendo 30 progênies e 3 tipos de polinização, em 2 ambientes e em 2 safras, com três repetições. Com relação à safra 2005/2006, a progênie 49 cultivada no município de São Manuel produziu 4171 kg ha-1 de grãos, podendo o seu desempenho ser explicado pelo tipo de fecundação que foi originada, polinização cruzada, sendo este método o que ocasiona no maior nível de heterose. Na avaliação da depressão por endogamia verificou-se que a polinização cruzada apresentou maior produtividade de grãos e menor coeficiente de endogamia. Por outro lado, a menor produtividade foi observada na autopolinização, a qual obteve maior coeficiente de endogamia. Considerando o potencial produtivo das 20 % melhores progênies, podem ser selecionadas as progênies 1, 5, 6, 8, 15, 18, 19, 21, 27, 31, 35, 36, 38, 45, 49, 55, 56 e 58. Verificou-se também, que o coeficiente de endogamia na produtividade apresenta comportamento inversamente proporcional. / Castor bean (Ricinus communis) is present in numerous applications in the industrial area and in the production of biodiesel, having thus, relevant economic importance. However, in the year 2017, Brazil presented productivity of 470 kg ha-1, far short of its real potential, due to the lack of genotypes adapted to each producing region. The synthesis of productive hybrids passes through the obtaining of pure lineages with the minimum of endogamy, for greater exploitation of hybrid vigor, which provide more uniform and more productive plants. Thus, the present study aimed to estimate depression by inbreeding in progenies obtained by self-fertilization, cross pollination and free pollination from the cultivar of castor bean FCA-PB. The experiments were in a randomized block design, in the factorial scheme 90 x 2 x 2, being 90 progenies coming from three types of pollination, in 2 environments and 2 crops, and in the factorial scheme 30 x 3, being 30 progenies and 3 types of pollination, in 2 environments (São Manuel and Araçatuba) and in 2 crops (2004/2005 and 2005/2006), with three replications. In relation to the 2005/2006 crop, the progeny 49 grown in the municipality of São Manuel produced 4171 kg ha-1 of grains, and its performance can be explained by the type of fertilization that originated, cross pollination, being this method that causes in the greater level of heterosis. In the assessment of inbreeding depression it has been found that cross pollination presented greater productivity of grain and lower coefficient of inbreeding. On the other hand, the lower productivity was observed in self-pollination, which obtained higher coefficient of inbreeding. Considering the productive potential of the 20 % best progenies, can be selected the progenies 1, 5, 6, 8, 15, 18, 19, 21, 27, 31, 35, 36, 38, 45, 49, 55, 56 and 58. It was verified also, that the coefficient of inbreeding in productivity presents inversely proportional behavior. / 830842/1999-3
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Estrutura populacional e tendências genética e fenotípica da raça Guzerá criada no Nordeste do Brasil / Population genetic structure and trends and race phenotype of Guzera created in Northeastern BrazilSantos, Leonardo Hunaldo dos January 2008 (has links)
SANTOS, Leonardo Hunaldo dos. Estrutura populacional e tendências genética e fenotípica da raça Guzerá criada no Nordeste do Brasil. 2008. 49 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Zootecnia, Fortaleza-CE, 2008 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-03T13:25:06Z
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Previous issue date: 2008 / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11 ± 0.02 (W205), 0.18 ± 0.02 (W365) and 0.18 ± 0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01 ± 0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5±4.5 (Father-Son), 7.9±3.9 (Father-Son), 7.8±4.2 (Mother-Son), 7,9 ±4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9 ± 4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuínos da raça Guzerá de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimação dos parâmetros genéticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e análise do comportamento das linhas de tendência genética, fenotípica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a análise do pedigree e a estimação dos parâmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de gerações e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variância foram obtidos por meio da metodologia da Máxima Verossimilhança Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatórios genéticos, direto e materno, e de ambiente permanente, além do efeito fixo de grupo de contemporâneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porém, apenas o efeito genético direto como efeito aleatório. A estimativa das tendências genética, fenotípica e de ambiente para as características foram obtidas pela regressão linear ponderada da média da variável dependente (valores genéticos, pesos observados e solução dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de gerações por passagem gamética foram: 7,5±4,5 (Pai-Filho), 7,9±4,8 (Pai-Filha), 7,8±4,2 (Mãe-Filho), 7,9±3,9 anos (Mãe-Filha), com intervalo médio de 7,9 ± 4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os períodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma redução de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensão, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sétima geração, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a média de endogamia para animais endogâmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo período. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11±0,02(P205), 0,18±0,02(P365) e 0,18±0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01±0,02. A tendência genética direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendência genética materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendências genéticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendências fenotípica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuídos às melhorias no ambiente. O tamanho efetivo é ótimo e a população não apresenta riscos de extinção. Os intervalos de geração foram altos, o que ocasionou perdas genéticas, logo, a utilização de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar redução nos intervalos de geração e consequentemente, aumento nos ganhos genéticos
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Estrutura genômica de uma população de suínos base Landrace / Genomic structure of admixed Landrace pig populationJoaquim, Letícia Borges [UNESP] 22 February 2016 (has links)
Submitted by LETÍCIA BORGES JOAQUIM null (leticiajoaquim@gmail.com) on 2016-03-18T19:56:09Z
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Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os painéis de marcadores de alta densidade têm demonstrado a sua funcionalidade nos estudos de estrutura da população e conservação genética. Esses painéis permitem avaliar similaridades no padrão do desequilíbrio de ligação em toda população, assim como informações sobre parentesco da população. Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landrace genotipados com o painel Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs (“Single Nucleotide Polymorphism”) que falharam em mais de 10% das amostras (“call rate”) e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose foram detectados para os cromossomos autossômicos com o programa computacional PLINK v.1.9, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Os segmentos de homozigose detectados foram utilizados para cálculo do coeficiente de endogamia genômica e como indicativo do histórico da população. A estratificação da população foi avaliada utilizando análises de componentes principais e pelo modelo de ancestralidade por metodologia bayesiana aplicado no programa STRUCTURE. Na análise de ancestralidade foram testados valores de K (número de “clusters”) variando de um a oito usando período de burn-in de 1.000 iterações e Cadeia de Markov e Monte Carlo de 10.000 iterações. As análises foram repetidas dez vezes para cada K e a determinação do melhor número para K foi estimada utilizando a estatística Delta K. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,291 ± 0,312. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e de registros de pedigree foram de 0,119 e 0,00011, respectivamente. A baixa correlação (r<0,04) encontrada entre os coeficientes de endogamia pode ser explicada pelo efeito de recombinação gênica sobre aqueles estimados a partir dos segmentos de homozigose que não é considerada nas estimativas obtidas à partir de registros de pedigree e devido aos erros de identificação dos animais no pedigree. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode ser indicativa de endogamia recente na população estudada. O estudo da estratificação da amostra indicou que a mesma estaria dividida em duas populações (k=2), sendo que a separação pode ser explicada pelo cruzamento entre as raças ocidentais e orientais utilizadas na formação da linhagem. Os dados de genotipagem permitiram concluir que a população estudada possui endogamia recente, sugerindo-se que seja priorizado acasalamento entre indivíduos menos aparentados para assegurar a manutenção da diversidade genética. / High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set. Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP and one missing SNP were allowed within the sliding window of 50 SNPs. The individual genomic inbreeding and population history were identified from estimated ROH. The population structure was evaluated using principal component analysis and Bayesian admixture model. The number of clusters (K) was tested from two to eight considering a burning period of 1,000 followed by 10,000 Markov chain Monte Carlo repetitions and replicated ten times for each K. The best K was estimated using the Delta K statistic. For all SNPs adjacent less than 100 kilobase (kb) apart, the average r2 was 0.291 ± 0.312. The average inbreeding coefficient, calculated by ROH and pedigree analyses, were 0.119 and 0.00011, respectively. The low correlation between the inbreeding coefficients can be justified by the genetic recombination effect over those estimated from runs of homozygosity that were no considered on the estimates from the traditional pedigree. The high number of long ROH is an evidence of recent inbreeding in this population. The population structure analysis revealed K=2 was the best number of clusters and separation. This result can be explained by the crossbreeding between the Eastern and Western breeds used in the formation of the line. The genotyping data helped confirm that the inbreeding in the studied population is recent, which suggests that mating between individuals less related occurred to ensure the maintenance of genetic diversity.
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Mate selection in aquaculture species / Seleção de acasalamentos em espécies aquícolasYoshida, Grazyella Massako 26 February 2018 (has links)
Submitted by GRAZYELLA MASSAKO YOSHIDA null (grazyoshida@hotmail.com) on 2018-03-22T20:50:40Z
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Previous issue date: 2018-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste trabalho foram: (i) testar a eficiência do algoritmo de seleção de acasalamento (MS) em controlar o nível de endogamia e coascendência, além de aumentar os ganhos genéticos; (ii) incluir a variabilidade genética da futura progênie como componente de otimização na função objetiva de seleção de acasalamento usando dados de dois programas de melhoramento aquícolas; e (iii) comparar a MS com a seleção truncada (TS) e contribuição genética ótima (OCS), combinados com diferentes estratégias de acasalamentos para controlar a endogamia e manter os mesmo níveis de ganhos genéticos. Para os objetivos (i) e (ii), o total de 8.782 tilápias do Nilo (NT) de cinco gerações e 79.144 salmões coho (CS) de oito gerações foram utilizados para otimizar as funções objetivos e vinte gerações discretas foram simuladas para o objetivo (iii), considerando 50 famílias e 2.000 filhos por geração, e uma característica com herdabilidade igual a 0.30. As OFs foram otimizadas considerando a coascendência média dos pais, o mérito genético esperado, a endogamia da futura progênie para os objetivos (i) e (iii) e a variabilidade genética da futura progênie foi adicionada na OF para o objetivo (ii). Para o objetivo (i), a MS permitiu reduzir a endogamia em até 73% para tilápia do Nilo, em comparação com a seleção truncada e até 20% para o salmão coho, em comparação com o cenário real de acasalamento. No objetivo dois, a MS permitiu produzir progênie com maior (DP = 0.77 e 0.30 para NT e CS, respectivamente) ou menor (DP = 0.25 e 0.14 para NT e CS, respectivamente) dispersão dos valores genéticos, dependendo da função objetivo otimizada. A seleção de acasalamentos superou a seleção truncada e o cenário real de acasalamento e também foi possível alterar a variabilidade genética da futura progênie, quando esse componente foi considerado na OF utilizado os dados reais. Para os dados simulados, a MS teve melhor performance comparada com a TS e a OCS combinada com acasalamentos aleatórios. A curto-prazo, a MS foi mais eficiente do que a OCS combinada com os acasalamentos que minimizam a endogamia em controlar a endogamia sob o mesmo nível de ganho genético. Porém, a longo prazo os resultados entre as duas estratégias foram muito semelhantes. De forma geral, o algoritmo de seleção de acasalamentos foi eficiente e flexível em otimizar a função objetiva usando diferentes componentes, em diferentes aplicações práticas na aquicultura. / The aims of this work were: (i) test the efficiency of mate selection (MS) algorithm in controlling the inbreeding and coancestry level, as well, increase the genetic gain; (ii) include the genetic variability of the future progeny as component for the optimization of the MS objective function in two aquaculture real dataset; and (iii) compare MS among truncation selection (TS) and optimum contribution selection (OCS) scenarios combined to different mating strategies to assess the best method in controlling inbreeding and maintain the genetic gain, for aquaculture breeding using simulated dataset. For objective (i) and (ii), a total of 8,782 Nile tilapias (NT) from five generations and 79,144 coho salmon (CS) from eight generations were used to optimize the objective functions (OF) and twenty discrete generations were simulated for the objective (iii), considering 50 families and 2,000 offspring per generation, and a trait with heritability of 0.30. The OFs were optimized accounting to coancestry of parents, expected genetic merit and inbreeding of the future progeny for the objective (i) and (iii) and in addition the genetic variability of the future progeny was considered for the objective (ii). For the objective (i), the mate selection allowed reducing inbreeding up to 73% for NT, compared with truncation selection, and up to 20% for CS, compared with realized scenario. In the objective (ii), MS allowed producing animals with higher (SD = 0.77 and 0.30 for NT and CS, respectively) or lower (SD = 0.25 and 0.14 for NT and CS, respectively) dispersion of estimated breeding value, depending on the objective function optimized. For real data set the MS outperformed the real mates and truncation selection and in addition the genetic variability of the future progeny could be changed when this component was considered in the OF. For the simulated dataset, the MS outperformed the TS and OCS followed by random mating. In the short-term, MS was more efficient than OCS + inbreeding minimizing in controlling inbreeding under the same genetic gain. However, in the long-term, OCS and MS resulted in similar genetic progress and average inbreeding, under the same weight on coancestry. In general, the mate selection algorithm was efficient and flexible to optimize objective functions accounting for different components, under practical applications in aquaculture breeding. / 14/20626-4 e 15/25232-7
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