Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_daiane_de_pinho_benemann.pdf: 2735667 bytes, checksum: 56ce2e3c78770a1745bd363c525c5392 (MD5) Previous issue date: 2012-05-24 / Gerbera is one of the most important plants in the global ornamental market. Due to fierce competition in this market, obtaining different genotypes is necessary. Therefore, information on the genetic variability of this species may help breeding programs in order to select new promising genotypes. This study aimed to develop EST-SSR markers for gerbera, and to check the genetic variability among accessions by multivariate analysis using morphological (qualitative and quantitative), and molecular markers. Also to analyze the correlation between morphological and molecular markers to elucidate the genetic variability of Gerbera spp.. As a result, 17 EST-SSR markers were developed for use in studies of molecular characterization. These were highly polymorphic and allowed the differentiate of all gerbera accessions. The analysis of morphological (quantitative and qualitative) characters, by means of multivariate analysis and principal components enabled the delection of a wide genetic variability among accessions of gerbera. The correlation analysis between morphological characters show that there is some influence on other characters. The analysis of molecular and morphological data, using the sum of the dissimilarity matrices, it was possible to obtain a better grouping of the accessions studied. The results of this study may assist gerbera breeding programs in the selection of parental genotypes for controlled crossings. / A gérbera é uma das plantas mais importantes no mercado mundial de ornamentais. Dada a grande concorrência nesse mercado, a obtenção de genótipos diferenciados é uma necessidade constante, sendo assim, informações sobre a variabilidade genética desta espécie podem auxiliar programas de melhoramento, visando a seleção de novos genótipos promissores. No presente estudo buscou-se desenvolver marcadores EST-SSR para gérbera, com os objetivos de caracterizar molecularmente esta espécie, verificar a variabilidade genética entre acessos, por meio da análise multivariada utilizando caracteres morfológicos (qualitativos e quantitativos), analisar a correlação entre os caracteres morfológicos e moleculares para uma melhor elucidação da variabilidade genética de Gerbera spp.. Como resultados, 17 marcadores EST-SSRs foram desenvolvidos para uso em estudos de caracterização molecular. Estes foram altamente polimórficos e capazes de diferenciar todos os acessos de gérbera. A análise dos caracteres morfológicos (quantitativos e qualitativos), por meio de análise multivariada e componentes principais, possibilitou verificar a existência de ampla variabilidade genética entre os acessos de gérbera. Através da correlação entre os caracteres morfológicos, constatou-se que existe influência de alguns caracteres sobre outros. Na análise conjunta dos dados moleculares e morfológicos, por meio da soma das matrizes de dissimilaridade, foi possível obter um melhor agrupamento entre os acessos estudados. Os resultados obtidos neste estudo poderão auxiliar programas de melhoramento genético de gérbera na seleção de progênies promissoras para cruzamentos controlados.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T00:10:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_KarineMiranda_D.pdf: 6932327 bytes, checksum: 92b9fb104f8543695a1c804fd65bf912 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) está entre as espécies de maior importância econômica no mundo, constituindo uma das principais fontes de produção de açúcar e álcool. Apesar do Brasil ocupar posição de destaque, como o maior produtor mundial, os níveis de produtividade são considerados baixos. Os programas de melhoramento para obtenção de novas variedades de cana-de-açúcar, mais produtivas e resistentes a pragas e doenças, podem ser acelerados com o desenvolvimento de marcadores genéticos, PCR específicos, fortemente ligados a genes que controlam as características de interesse. A utilização de marcadores em estudos de mapeamento genético e de QTL¿s (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da estrutura genômica e na genética da cana-de-açúcar. Sabe-se que os ESTs (Expressed Sequence Tags) apresentam grande potencial para serem utilizados com tais finalidades. O projeto de seqüenciamento de ESTs (SUCEST), do programa Genoma da FAPESP, identificou cerca de 43 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar, potenciais para serem utilizados no desenvolvimento de marcadores genéticos. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver e mapear marcadores EST-SSRs em uma progênie derivada do cruzamento entre duas variedades pré-comerciais de cana-de-açúcar, complementando os programas de mapeamento genético desta população. Uma busca no banco de dados do SUCEST resultou na identificação de marcadores microssatélites ou SSRs (Single sequence repeats) em 2005 clusters. Trezentos e setenta e dois locos EST-SSRs foram desenvolvidos e analisados e, destes, 149 foram selecionados para estudo de mapeamento genético. Um total de 2303 marcadores polimórficos (SSRs, EST-SSRs, RFLPs, EST-RFLPs e AFLPs) foi identificado nos 100 indivíduos da progênie F1, dos quais 1669 (72%) eram marcadores em dose simples (1:1 e 3:1), segregantes na população. As análises de mapeamento foram baseadas na metodologia de identificação de marcadores em dosagem única no genoma, com o auxílio dos programas JoinMap (versão 3.0) e OneMap. Para a formação dos grupos de co-segregação (GCs) utilizou-se LOD 5 e fração de recombinação de 0.35. A função de mapeamento de Kosambi foi adotada para conversão das freqüências de recombinação em distâncias de mapa em centiMorgans (cM). Dos 1669 marcadores segregantes, 664 (40%) foram distribuídos em 192GCs, gerando um mapa com 6261.1 cM de comprimento. Os 192 GCs foram agrupados em 14 prováveis grupos de homologia. Cento e treze dos 149 EST-SSRs avaliados foram mapeados e apresentaram homologia a genes conhecidos de outras espécies. A adição dos marcadores provenientes de seqüências expressas, aumentou a cobertura e densidade do mapa prévio desta população, possibilitando também a construção do primeiro mapa funcional de cana-de-açúcar. Os EST-SSRs desenvolvidos têm potencial de utilização na detecção de QTL¿s associados a características de importância econômica para a cultura da cana-de-açúcar / Abstract: Sugarcane (Saccharum spp.) is one of the most important cash crops, highly contributing towards the production of raw sugar and bioethanol produced worldwide. Even though Brazil is the major producer, sugar yield is considered low. Breeding programs for the attainment of new improved sugarcane varieties, which are more productive and more resistant to plagues and illnesses, could be sped up with the development of genetic markers that are PCR-specific and strongly linked to genes that control the desired agronomic traits. The use of genetic markers in genetic mapping and QTL (Quantitative Trait Loci) studies has allowed important progress in the knowledge of the genomic structure and genetics of sugarcane. It is a known fact that the ESTs (Expressed Sequence Tags) have great potential to be used with such purposes. The Sugarcane Expressed Sequence Tag Project (SUCEST) has identified about 43000 clusters that represent the sugarcane genes with a potential to be used in the development of genetic markers. In this context, the objective of the present work was to develop and map EST-SSR markers in a progeny obtained by the cross between two pre-commercial sugarcane varieties, complementing the genetic mapping programs of this population. A search in the SUCEST database resulted on the identification of the microssatellites or SSR (Single sequence repeats) markers in 2005 clusters. Thus, three hundred and seventy two EST-SSR loci had been developed and analyzed and, out of these, 149 were selected for mapping analyses. A total of 2303 polymorphic markers (SSRs, EST-SSRs, RFLPs, EST-RFLPs and AFLPs) were identified among the 100 F1 individuals, of which 1669 (72.5%) were single dose (SD ¿ segregated 1:1 and 3:1) markers. Map analyses were carried out using JoinMap (version 3.0) and OneMap algorithm, based on a single-dose marker approach. The linkage relationships of simplex markers were determined at a LOD score threshold of 5 and a recombination fraction threshold of 0.35 and map distances were derived from the recombination fraction using the Kosambi function. Out of these 1669 SD markers, 664 (40%) were scattered onto 192 co-segregation groups (CGs) with a total estimated map length of 6261.1 cM. Using both genomic and EST-derived SSR and RFLP, 120 of the 192 CGs were formed into fourteen putative homology groups (HGs). One hundred and thirteen of the 149 EST-SSRs evaluated were mapped and presented homology to previously studied genes of other species. The addition of the EST-derived markers increased the coverage and density of the previous map of this population, which also enabled the construction of the first functional linkage sugarcane map. The EST-SSRs developed have the potential to be used in the detection of QTLs associated to important economic traits for sugarcane culture / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular