De nombreuses bananes cultivées et consommées sont des hybrides interspécifiques triploïdes entre Musa acuminata (génome A) et Musa balbisiana (génome B). L'amélioration de ces cultivars nécessite de mettre en place des stratégies complexes liées à leur faible fertilité et leur niveau de ploïdie. De plus, le génome M. balbisiana porteur de caractères agronomiques intéressants est malheureusement porteur de séquences intégrées de Banana streak virus (ou eBSV pour endogenous BSV). Ces eBSV sont capables de produire, dans un contexte de croisements interspécifiques et sous conditions de stress abiotiques, des génomes viraux responsables de l'infection systémique du bananier. L'activation spontanée de ces eBSV est la contrainte majeure des programmes d'amélioration du bananier plantain depuis plus de 10 ans. La ségrégation des chromosomes A et B chez les clones polyploïdes interspécifiques de bananiers est encore très peu connue. Nous avons au cours de cette thèse analysé la recombinaison et la ségrégation chromosomique chez 184 plantes issues de la descendance AAAB (CRBP39) x AA (Pahang_Carbap) au moyen de 38 marqueurs SSR distribués sur les 11 chromosomes Musa et de 6 marqueurs PCR spécifiques des deux espèces BSV présentes chez CRBP39 (eBSGFV-7 et eBSOLV-1). Nous avons observé qu'au cours de la formation des gamètes chez l'allotétraploïde CRBP39, la plupart des marqueurs du tétraploïde AAAB CRBP39 ont une ségrégation de type tétrasomique et que les génomes A et B recombinent au niveau de tous les segments de chromosomes pour lesquels nous pouvions suivre les allèles du chromosome B. D'autre part, nous avons montré que 50% des descendants ont reçu, à un ou quelques loci, un ou trois allèles du parent AAAB (CRBP39) au lieu de deux. La composition allélique de ces gamètes aneuploïdes, la cartographie génétique et l'analyse des corrélations entre marqueurs suggèrent que cette particularité résulte d'une variation structurale entre génomes A et B. Un des chromosomes B correspondrait à une partie des chromosomes 1A et 3A. Nous avons également observé une distorsion de ségrégation des loci eBSV avec une surreprésentation d'individus possédant au moins une intégration eBSV (86%). La régulation des eBSV semble très complexe et nécessitera des études complémentaires pour tenter d'identifier le ou les facteurs génétiques impliqués. Finalement, notre travail a montré que des croisements de type AAAB x AA peuvent générer des plantes possédant du génome B sans aucune intégration BSV (13%). Ce résultat est important car il ouvre une voie de contournement à la contrainte eBSV dans les programmes d'amélioration génétique. / Many cultivated and consumed banana are interspecific triploid hybrids between Musa acuminata (A genome) and Musa balbisiana (B genome). The genetic improvement of these cultivars requires the implementation of complex breeding strategies due to their low fertility and ploidy level. In addition, the B genome of M. balbisiana which bears interesting agronomic traits unfortunately carries endogenous Banana streak virus sequences (eBSV). Under certain conditions such as interspecific crosses and abiotic stresses, these eBSV are able to produce infectious viral genomes responsible for systemic infection of banana. The spontaneous activation of these eBSV is the major constraint of plantains improvement programs for more than 10 years. The A and B chromosomes recombination and segregation in interspecific polyploids banana are still poorly understood. We here analyzed chromosomes recombination and segregation in 184 offspring from the cross AAAB (CRBP39) x AA (Pahang_Carbap) using 38 SSR markers distributed on the 11 Musa chromosomes and 6 specific PCR markers of both BSV species integrated in CRBP39 (eBSGFV-7 and eBSOLV-1). We noticed that during CRBP39 meiosis most of the SSR markers have tetrasomic segregation and that A and B genomes recombine at all chromosomes segments where we were able to follow chromosome B alleles. Besides, we showed that 50% of the offspring received at one or several loci, one or three alleles of the CRBP39 parent instead of two. The allelic composition of these aneuploid gametes, the genetic map and the analysis of correlations between markers suggest that this peculiar observation is due to a structural variation between A and B genomes. One of the B chromosomes would be part of chromosomes 1A and 3A. We also noticed a distorted segregation of eBSV loci with an overrepresentation of individuals harboring at least one of the eBSV (86%). eBSV regulation seems very complex and requires additional studies to identify the genetic factor(s) involved. Finally, we also showed that AAAB x AA crosses can generate plants with B genome but without eBSV. This is the case for 13% of the offspring. This result is important because it shows that we can overcome eBSV constraint in banana breeding programs.

Une étude de prévalence des espèces BSOLV, BSGFV et BSIMV a montré que les espèces BSOLV et BSGFV sont très présentes dans les variétés hybrides interspécifiques MxH et FHIA-21 et que le niveau de prévalence de l’espèce BSGFV est significativement plus élevé chez FHIA-21 que chez MxH. Des résultats complémentaires suggèrent que la transmission des espèces virales BSOLV et BSGFV chez MxH et FHIA-21 résulte principalement de l’activation d’allèles eBSV infectieux plutôt que d’une transmission vectorielle par cochenille. La cinétique d’activation des allèles infectieux OL1 et GF7 dans les variétés MxH et FHIA-21 a été suivie durant 15 mois en conditions de culture au champ. Cette étude montre que les allèles infectieux OL1 et GF7 ne sont pas exprimés au même niveau ni dans les variétés MxH et FHIA-21ni pour une même variété (FHIA-21) et que le niveau d’activation dépend du mode de multiplication du matériel végétal. Des résultats préliminaires suggèrent que les infections par les espèces BSOLV et BSGFV n’ont que peu d’incidence sur la production fruitière chez les variétés MxH et FHIA. Globalement, cette thèse apporte une contribution significative à l’évaluation et à la gestion du risque BSV associé à la culture à grande échelle de variétés interspécifiques de bananier, notamment par la mise au point d’approches d’évaluation de ce risque transposables à d’autres variétés. / This thesis focuses on the risk of spreading Banana streak viruses in the Dominican Republic through the large scale cultivation of hybrid varieties Macho x Hembra and FHIA-21, which both harbor infectious eBSVs. An unprecedented survey showed that BSOLV and BSGFV are widespread in both varieties, with BSGFV being the most prevalent species, and that BSIMV is not present. BSGFV prevalence level was significantly higher in FHIA-21 than in MxH. Analyses of molecular taxonomical data of the natural mealybug vectors of BSVs and eBSV patterns of MxH and FHIA-21 were carried out and pointed to a marginal role of mealybugs in the transmission of BSGFV and BSOLV in the Dominican Republic in MxH and FHIA-21.The kinetics of activation of infectious eBSOLV and eBSGFV in MxH and FHIA-21 was monitored under field conditions. Results collected over 15 months showed that infectious alleles OL1 (BSOLV) and GF7 (eBSGFV) are differentially expressed in MxH and FHIA-21and that the mode of multiplication of the planting material influences expression levels. Preliminary results also suggest that BSV infection does not have a major effect on fruit production. Overall, this thesis contributes significantly to the development and implementation of appropriate strategies for evaluating and mitigating the risks of spreading BSVs that are associated with the cultivation of banana interspecific hybrids.