Bactérias quitinolíticas desenvolvem papel fundamental no ciclo de nutrientes através da degradação da quitina no ecossistema marinho. A hidrólise da quitina é realizada por quitinases, as quais podem ser utilizadas em processos biotecnológicos. O estudo teve como objetivo avaliar as condições ótimas de cultivo de bactérias quitinolíticas selecionadas do gênero Aeromonas e a degradação de quitina durante 96 horas de cultivo. Além disso, caracterizá-las pelo sequenciamento total do gene 16S rRNA e por MLSA. O estudo mostrou que os isolados representam duas espécies do gênero Aeromonas. Os isolados comportaram-se de diferentes maneiras em relação às condições de cultivo pré-determindas. Os halos de hidrólise de quitina não estão relacionados à atividade enzimática ou aos produtos de hidrólise de quitina quantificados. As maiores atividades de quitobiosidases e endoquitinases foram observadas em 24 horas e de N-acetil-glicosaminidases em 96 horas. Os perfis enzimáticos diferem entre os isolados e ao longo das 96 horas de cultivo mostrando diversidade enzimática. / Chitinolytic bacteria have key role in nutrient cycling through the chitin degradation in the marine ecosystem. The hydrolysis of chitin is performed by chitinases, which can be used in biotechnological processes. The study aimed to evaluate the optimal conditions for cultivation of selected chitinolytic bacteria of the Aeromonas genus and the degradation of chitin during 96 hours of culture. Moreover, characterize them by 16S rRNA gene full sequencing and MLSA. The study showed that the isolates represent two species of the Aeromonas genus. The isolates had different behavior in relation under conditions pre-determined. The halos of chitin hydrolysis were not related to enzymatic activity or to their products of chitin hydrolysis quantified. The hightest activities of chitobiosidases and endochitinases were observed in 24 hours and the N-acetyl-glicosaminidases in 96 hours. The enzyme profiles differ between isolates and during 96 hours of cultivation showing diversity enzyme.

Nilin, J. Biomarcadores em estudos ambientais: a vigília dos bivalves na ria de Aveiro (Portugal) e no rio Ceará (Brasil). 2012. 154f. Tese (Doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, 2012. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2014-11-12T20:55:37Z No. of bitstreams: 1 2012_tese_jnilin.pdf: 17789929 bytes, checksum: 48438c49d2cdb3c32bb56f4e3d1b771d (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2014-11-12T20:55:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_tese_jnilin.pdf: 17789929 bytes, checksum: 48438c49d2cdb3c32bb56f4e3d1b771d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-12T20:55:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_tese_jnilin.pdf: 17789929 bytes, checksum: 48438c49d2cdb3c32bb56f4e3d1b771d (MD5) / The search for methodologies that integrate information about environmental quality has been subject of several studies around the world. In such way, biomarkers have the purpose to establish a relationship between changes on healthy body status and effects arising from environmental contamination, by means of analyzing biochemical, cytological, physiological and behavioral levels. Bivalves have several essential characteristics of a ‘sentinel organism’ in studies on environmental quality, e.g. sedentary and filter feeders habit. From this scenario, the present study aimed to assess the responses of several biomarkers in bivalves representing transitional coastal ecosystems in Brazil, at Ceará river with the mangrove oyster Crassostrea rhizophorae, and in Portugal, at ria de Aveiro with cockle Cerastoderma edule, in order to identify possible biological changes related to environmental contamination. Ria de Aveiro most contaminated sites by mercury (Hg) was Bico do Laranjo, followed by Ílhavo, Rio Novo do Príncipe, Cais do Bacalhoeiro, São Jacinto and Barra with the lowest level of Hg, and can be used as a reference site for ecotoxicological studies. Bico do Laranjo presented the most significant changes of biomarkers among the six study sites, especially in october/09 and january/10 campaigns. The results from abril/10 campaign shown to be distinguished from other campaigns for all sampling sites, probably related to the reproductive period. The integration of all data obtained presented showed a significant correlation, but weak, between contamination by Hg in sediment and cockles, with glutathione S-transferase (GST) (positive), catalase (CAT) and condition index (negative). Cholinesterase (ChE) had shown a high correlation with contamination in each individual campaigns analyses, while in overall campaigns evaluation was positively correlated with carboxylesterase (CaE) and negatively correlated with lipid peroxidation (LPO), suggesting a contribution with xenobiotics detoxification and prevention of cellular damage. Within physiological biomarkers studied, clearance rate, air survival and condition index were correlated contamination Hg. By analysis of these parameters it was possible to distinguish four groups: one for the less impacted site Barra, sites with intermediate impact Cais do Bacalhoeiro and Rio Novo do Príncipe, São Jacinto and Ílhavo, and finally the most impacted site Bico do Laranjo. In the study conducted in Ceará River, oyster and sediment samples were collected at three sites in the estuary, in two distinct periods. Mercury bioaccumulation by oysters did not follow a pattern between sites sampled and two campaigns, and also did not reflect contamination in sediment. The main changes in biomarkers (CAE, IC and GST) were observed in february/11 sampling, mainly near the confluence with Maranguapinho river that drains domestic and industrial effluents. The results obtained in this work contribute to the biological responses in the bivalves' characterization, as well as for the identification of impacted sites at each ecosystem. Further studies with biomarkers in cockles and oysters are highly encouraged to better characterize the sensitivity and their application in monitoring programs. / A busca por metodologias que integrem o maior número de informações sobre a qualidade ambiental tem sido o alvo de inúmeras pesquisas ao redor do mundo. Nesse sentido os biomarcadores tem como intuito estabelecer uma relação de alteração entre o status saudável do organismo e efeitos decorrentes da contaminação ambiental, a partir de análises em níveis bioquímico, citológico, fisiológico e comportamental. Os bivalves apresentam diversas características essenciais a um ‘organismo sentinela’ em estudos sobre qualidade ambiental, por exemplo o hábito filtrador e sedentário. A partir desse cenário, o presente trabalho teve como o objetivo principal avaliar as respostas de diversos biomarcadores em bivalves representativos de ecossistemas costeiros de transição, no Brasil, no rio Ceará com a ostra do mangue Crassostrea rhizophorae, e em Portugal, na ria de Aveiro com o berbigão Cerastoderma edule, com o intuito de identificar possíveis alterações biológicas relacionadas a contaminação ambiental. Na ria de Aveiro o local mais contaminado por mercúrio foi o Bico do Laranjo, seguido por Íhavo, Rio Novo do Príncipe, Cais do Bacalhoeiro, São Jacinto e Barra com a menor contaminação, podendo ser utilizado como local de referência para estudos ecotoxicológicos. O Bico do Laranjo apresentou as alterações dos biomarcadores mais significativas dentre os 6 locais estudados, principalmente nas campanhas de outubro/09 e janeiro/10. A campanha de abril/10 mostrou resultados diferenciados das demais campanhas para todos os locais de coleta, provavelmente devido ao período reprodutivo. A integração de todos os dados obtidos mostrou que a contaminação por mercúrio (Hg) no sedimento e no berbigão apresentou correlação significativa, porém fraca, com glutationa-S-transferase (GST) (positiva), catalase (CAT) e índice de condição (negativa). A colinesterase (ChE) mostrou grande correlação com a contaminação na análise individual das campanhas, já na avaliação geral das campanhas apresentou correlação positiva com a carboxilesterase (CaE) e negativa com a peroxidação lipídica (LPO), sugerindo uma participação na detoxificação de xenobióticos e prevenção de dano celular. Dentre os biomarcadores fisiológicos estudados, a taxa de depuração, a sobrevivência ao ar e o índice de condição apresentaram correlação a contaminação por Hg. Pela análise desses parâmetros foi possível distinguir quatro grupos: sendo um para o local menos impactado Barra; locais com impacto intermediário Cais do Bacalhoeiro e Rio Novo do Príncipe; São Jacinto e Ílhavo; e por fim o local mais impactado Bico do Laranjo. Já no estudo realizado no rio Ceará, ostras e sedimento foram coletados em três locais no estuário em dois períodos distintos. A bioacumulação de mercúrio pelas ostras não segue um padrão entre os locais nas duas campanhas realizadas e também não refletem a contaminação no sedimento. As maiores alterações nos biomarcadores (CaE, GST e IC) foram observadas na coleta realizada em fevereiro/11 principalmente próximo a confluência com o rio Maranguapinho que drena efluentes domésticos e industriais. Os resultados obtidos nesse trabalho contribuem para caracterização de respostas biológicas de bivalves bem como para a identificação de locais impactados dentro de cada ecossistema. Novos trabalhos com biomarcadores em berbigões e ostras são altamente encorajados para uma melhor caracterização tanto na sensibilidade quanto na aplicação em programas de monitoramento.

Bactérias quitinolíticas desenvolvem papel fundamental no ciclo de nutrientes através da degradação da quitina no ecossistema marinho. A hidrólise da quitina é realizada por quitinases, as quais podem ser utilizadas em processos biotecnológicos. O estudo teve como objetivo avaliar as condições ótimas de cultivo de bactérias quitinolíticas selecionadas do gênero Aeromonas e a degradação de quitina durante 96 horas de cultivo. Além disso, caracterizá-las pelo sequenciamento total do gene 16S rRNA e por MLSA. O estudo mostrou que os isolados representam duas espécies do gênero Aeromonas. Os isolados comportaram-se de diferentes maneiras em relação às condições de cultivo pré-determindas. Os halos de hidrólise de quitina não estão relacionados à atividade enzimática ou aos produtos de hidrólise de quitina quantificados. As maiores atividades de quitobiosidases e endoquitinases foram observadas em 24 horas e de N-acetil-glicosaminidases em 96 horas. Os perfis enzimáticos diferem entre os isolados e ao longo das 96 horas de cultivo mostrando diversidade enzimática. / Chitinolytic bacteria have key role in nutrient cycling through the chitin degradation in the marine ecosystem. The hydrolysis of chitin is performed by chitinases, which can be used in biotechnological processes. The study aimed to evaluate the optimal conditions for cultivation of selected chitinolytic bacteria of the Aeromonas genus and the degradation of chitin during 96 hours of culture. Moreover, characterize them by 16S rRNA gene full sequencing and MLSA. The study showed that the isolates represent two species of the Aeromonas genus. The isolates had different behavior in relation under conditions pre-determined. The halos of chitin hydrolysis were not related to enzymatic activity or to their products of chitin hydrolysis quantified. The hightest activities of chitobiosidases and endochitinases were observed in 24 hours and the N-acetyl-glicosaminidases in 96 hours. The enzyme profiles differ between isolates and during 96 hours of cultivation showing diversity enzyme.

Ecossistemas marinhos de upwelling são muito heterogêneos e apresentam uma intensa atividade de mesoescala de dimensão de dezenas de quilômetros e submesoescala que variam de centenas de metros até quilômetros dos processos físicos. A importância das estruturas dos processos físicos está na estruturação que eles exercem sob a biomassa de zooplâncton. O presente trabalho está relacionado a um estudo realizado a cabo no Norte do Sistema da Corrente de Humboldt (Peru). Utilizou-se duas variáveis, a profundidade do limite superior da zona de mínimo oxigênio (ZMO) e a biomassa de zooplâncton. É desenvolvida uma metodologia de análise baseada no uso de ondaletas para a identicação das estruturas dos processos físicos em suas diferentes escalas. O método foi aplicado aos dados de ZMO. Estudos de simula ção mostraram que o método tem a capacidade de identicar as estruturas de interesse, tendo erro de estimação nas bordas do espectro da potência de ondaleta. A tipologia das estruturas identicadas mostraram que existe três tipos de estruturas, estruturas maiores de mesoescala, duas estruturas pequenas de submesoescala com profundidades diferentes. Outro resultado importante foi que dentro das estruturas pequenas e mais profundas existe maior biomassa de zooplâncton, principalmente nas estruturas de downwelling. / Marine upwelling ecosystems are very heterogeneous and have intense physical processes of mesoscale, of tens of kilometers, and submesoscale, ranging from hundreds of meters to kilometers. The importance of the structures of the physical processes is the rol they play in structuring the biomass of zooplankton. This work was carried out in northern Humboldt Current System (Peru). Two variables were used: the depth of the upper limit of the oxygen minimum zone (ZMO) and biomass of zooplankton. In this work we developed an analysis method based on wavelet analysis for identication and extraction of structures of physical processes at their dierent scales. The method was applied to the ZMO data. Simulation studies showed that the method has the ability to identify the structures of interest with estimation errors in the boundaries of the power spectrum of the wavelet. A typology of the structures give us three large and very energetic structures corresponding to mesoscale processes, and two other small ones of dierent depths corresponding to submesoscale processes. Another important result was that within the smaller and deeper structures there is more biomass of zooplankton, especially in downwelling structures.

Ecossistemas marinhos de upwelling são muito heterogêneos e apresentam uma intensa atividade de mesoescala de dimensão de dezenas de quilômetros e submesoescala que variam de centenas de metros até quilômetros dos processos físicos. A importância das estruturas dos processos físicos está na estruturação que eles exercem sob a biomassa de zooplâncton. O presente trabalho está relacionado a um estudo realizado a cabo no Norte do Sistema da Corrente de Humboldt (Peru). Utilizou-se duas variáveis, a profundidade do limite superior da zona de mínimo oxigênio (ZMO) e a biomassa de zooplâncton. É desenvolvida uma metodologia de análise baseada no uso de ondaletas para a identicação das estruturas dos processos físicos em suas diferentes escalas. O método foi aplicado aos dados de ZMO. Estudos de simula ção mostraram que o método tem a capacidade de identicar as estruturas de interesse, tendo erro de estimação nas bordas do espectro da potência de ondaleta. A tipologia das estruturas identicadas mostraram que existe três tipos de estruturas, estruturas maiores de mesoescala, duas estruturas pequenas de submesoescala com profundidades diferentes. Outro resultado importante foi que dentro das estruturas pequenas e mais profundas existe maior biomassa de zooplâncton, principalmente nas estruturas de downwelling. / Marine upwelling ecosystems are very heterogeneous and have intense physical processes of mesoscale, of tens of kilometers, and submesoscale, ranging from hundreds of meters to kilometers. The importance of the structures of the physical processes is the rol they play in structuring the biomass of zooplankton. This work was carried out in northern Humboldt Current System (Peru). Two variables were used: the depth of the upper limit of the oxygen minimum zone (ZMO) and biomass of zooplankton. In this work we developed an analysis method based on wavelet analysis for identication and extraction of structures of physical processes at their dierent scales. The method was applied to the ZMO data. Simulation studies showed that the method has the ability to identify the structures of interest with estimation errors in the boundaries of the power spectrum of the wavelet. A typology of the structures give us three large and very energetic structures corresponding to mesoscale processes, and two other small ones of dierent depths corresponding to submesoscale processes. Another important result was that within the smaller and deeper structures there is more biomass of zooplankton, especially in downwelling structures.

Aplicou-se duas metodologias para isolamento de bactérias ainda \"não-cultivadas\" em amostras de água do mar de Ubatuba (SP, Brasil) e da Baía do Almirantado (Antártica). Pela adaptação do método de cultivo de alto desempenho (HTC), foi possível isolar 4 culturas bacterianas, nas quais duas podem ser consideradas ainda não-cultivadas e foram identificadas através das análises filogenéticas do gene rRNA 16S. Ao aplicar o método de inóculo em meio de cultura diluído 1/10, nas amostras de água do mar antártico, 81 isolados bacterianos foram identificados (gene rRNA 16S), sendo que um deles, é candidato a um isolado \"não-cultivado\". Outras abordagens fenotípicas e genômicas serão necessárias para definir a caracterização taxonômica destas bactérias \"não-cultivadas\" obtidas. A presença dos genes alk foi detectada em 11 isolados bacterianos antárticos, destes, um representante apresentou similaridade com uma sequência de gene alkM, recém-descrita em estudo prévio, em um dos clones de bibliotecas metagenômicas de sedimentos, na mesma região de amostragem. / Two different methods were applied for culturing marine bacteria in order to isolate uncultured representatives from Ubatuba seawater (SP, Brazil) and from Admiralty Bay (Antarctica). The adapted high-throughput culturing (HTC) procedures allowed to obtain four isolates. Two of them are uncultured bacteria candidates from coastal seawater studied and they were identified by phylogenetic analysis for 16S rRNA genes. The use of traditional plating on 1/10 dilution of agar media for the Antarctica seawater samples, allowed to isolate 81 cultures that were identified (16S rRNA gene), and one of these isolates is most likely to be an uncultured micro-organism. For taxonomic purposes, several others phenotypic and genomic methods must be applied for the further characterization of these uncultured bacteria. The alk genes were detected in eleven bacterial isolates from Antarctic. One of them, showed similarity to the sequence of an alkM gene, described in previous work in environmental clones libraries od sediments, from the same sampling area.

Neste estudo, objetivou-se caracterizar ao nível molecular os vibrios isolados de amostras de água do mar, plâncton e bivalves do Canal de São Sebastião (n=78), Baixada Santista (n=37) e Ubatuba (n=17), analisar a susceptibilidade aos antibióticos e os principais genes associados à virulência. Observou-se sensibilidade à ciprofloxaxina, meropenem e ácido nalidíxico, resistência à ampicilina e à cefalotina, e alta porcentagem de múltipla resistência (Ubatuba: 64,7%; Baixada Santista:48,6%; Canal de São Sebastião: 43%) aos antimicrobianos. Quatro isolados foram positivos para o gene de virulência stn/sto. Por MLSA, foi possível identificar V.alginolyticus, V.fluvialis, V.campbellii e V.harveyi em Ubatuba; V.fluvialis, V.alginolyticus, V.campbellii, V.rotiferianus, V.harveyi, V.diabolicus, V.atypicus, V.coralliilyticus, V.maritimus, V.parahaemolyticus e V.tubiashii no Canal de São Sebastião; e, V.alginolyticus, V.parahaemolyticus, V.rotiferianus, V.campbellii, V.harveyi, V.communis, V.maritimus, V.fluvialis, V.fortis, V.natriegens e V.navarrensis na Baixada Santista. / The aim of this study was to characterize at the molecular level Vibrio species isolated from seawater, plankton, bivalves samples from Canal de São Sebastião (n=78), Baixada Santista (n=37) and Ubatuba (n=17), to analyze antimicrobial susceptibility and the major virulence-associated genes. The results showed ciprofloxacin, meropenem, nalidixic acid sensitivity, ampicillin, and cephalothin resistance, and a significant percentage of multidrug resistance (Ubatuba: 64.7%; Baixada Santista: 48.6%; Canal de São Sebastião: 43%). Four seawater isolates were found positive for the stn/sto virulence gene. MLSA allowed the identification of V.alginolyticus, V.fluvialis, V.campbellii, V.harveyi in Ubatuba; V.fluvialis, V.alginolyticus, V.campbellii, V.rotiferianus, V.harveyi, V.diabolicus, V.atypicus, V.coralliilyticus, V.maritimus, V.parahaemolyticus and V.tubiashii in Canal de São Sebastião, and V.alginolyticus, V.parahaemolyticus, V.rotiferianus, V.campbellii, V.harveyi, V.communis, V.maritimus, V.fluvialis, V.fortis, V.natriegens, and V.navarrensis in Baixada Santista.

Os colifagos somáticos (CS) são os melhores indicadores de poluição fecal. Neste trabalho, foi determinada a abundância de CS em amostras de água do mar, plâncton, e bivalves coletadas em Santos, São Sebastião e Ubatuba. Houve correlação positiva entre CS e as bactérias marinhas viáveis, coliformes termotolerantes, E.coli e enterococos intestinais, e a correlação foi negativa com a temperatura. As maiores contagens de CS foram obtidas em Santos. As freqüências das famílias encontradas nas amostras de água do mar e plâncton foram: Siphoviridae (50% e 65,8%), Podoviridae (36% e 15,8%), Microviridae (9% e 15,8%) e Myoviridae (5%, 2,6%), respectivamente. Em bivalves, só foi observada Siphoviridae. Os morfotipos observados foram A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) e D1 (13%). As técnicas de RFLP e rep-PCR não foram discriminatórias. 9,6% dos colifagos apresentaram os genes que codificam para as toxinas ST e/ou LT. O presente estudo está identificando os colifagos como perigos microbiológicos e gerando subsídios para avaliação de riscos microbiológicos no ecossistema marinho. / The somatic coliphages (SC) are the better indicator for fecal pollution. In this research, it was obtained the SC abundance in seawater, plankton and bivalves samples collected from Santos, São Sebastiâo and Ubatuba. SC counts were correlated with marine viable bacteria, thermotolerant coliforms, E. coli and intestinal enterococci, and the correlation was negative with the temperature. Highest SC counts were obtained from samples collected at Santos. The frequency of SC families found in seawater and plankton samples were: Siphoviridae (50% and 65.8%), Podoviridae (36% and 15.8%), Microviridae (9% and 15.8%), and Myoviridae (5%, 2.6%), respectively. In bivalves, only Siphoviridae was found. Morphotypes A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) and D1 (13%) were observed. The RFLP and rep-PCR techniques were not discriminatory. 9.6% of coliphages contained genes codifying for thermostable toxin (ST) and/or thermolabil toxin (LT). This study is identifying the coliphages as microbial hazard and giving support to later studies for microbial risk assessment of marine ecosystem.

Aplicou-se duas metodologias para isolamento de bactérias ainda \"não-cultivadas\" em amostras de água do mar de Ubatuba (SP, Brasil) e da Baía do Almirantado (Antártica). Pela adaptação do método de cultivo de alto desempenho (HTC), foi possível isolar 4 culturas bacterianas, nas quais duas podem ser consideradas ainda não-cultivadas e foram identificadas através das análises filogenéticas do gene rRNA 16S. Ao aplicar o método de inóculo em meio de cultura diluído 1/10, nas amostras de água do mar antártico, 81 isolados bacterianos foram identificados (gene rRNA 16S), sendo que um deles, é candidato a um isolado \"não-cultivado\". Outras abordagens fenotípicas e genômicas serão necessárias para definir a caracterização taxonômica destas bactérias \"não-cultivadas\" obtidas. A presença dos genes alk foi detectada em 11 isolados bacterianos antárticos, destes, um representante apresentou similaridade com uma sequência de gene alkM, recém-descrita em estudo prévio, em um dos clones de bibliotecas metagenômicas de sedimentos, na mesma região de amostragem. / Two different methods were applied for culturing marine bacteria in order to isolate uncultured representatives from Ubatuba seawater (SP, Brazil) and from Admiralty Bay (Antarctica). The adapted high-throughput culturing (HTC) procedures allowed to obtain four isolates. Two of them are uncultured bacteria candidates from coastal seawater studied and they were identified by phylogenetic analysis for 16S rRNA genes. The use of traditional plating on 1/10 dilution of agar media for the Antarctica seawater samples, allowed to isolate 81 cultures that were identified (16S rRNA gene), and one of these isolates is most likely to be an uncultured micro-organism. For taxonomic purposes, several others phenotypic and genomic methods must be applied for the further characterization of these uncultured bacteria. The alk genes were detected in eleven bacterial isolates from Antarctic. One of them, showed similarity to the sequence of an alkM gene, described in previous work in environmental clones libraries od sediments, from the same sampling area.

Os colifagos somáticos (CS) são os melhores indicadores de poluição fecal. Neste trabalho, foi determinada a abundância de CS em amostras de água do mar, plâncton, e bivalves coletadas em Santos, São Sebastião e Ubatuba. Houve correlação positiva entre CS e as bactérias marinhas viáveis, coliformes termotolerantes, E.coli e enterococos intestinais, e a correlação foi negativa com a temperatura. As maiores contagens de CS foram obtidas em Santos. As freqüências das famílias encontradas nas amostras de água do mar e plâncton foram: Siphoviridae (50% e 65,8%), Podoviridae (36% e 15,8%), Microviridae (9% e 15,8%) e Myoviridae (5%, 2,6%), respectivamente. Em bivalves, só foi observada Siphoviridae. Os morfotipos observados foram A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) e D1 (13%). As técnicas de RFLP e rep-PCR não foram discriminatórias. 9,6% dos colifagos apresentaram os genes que codificam para as toxinas ST e/ou LT. O presente estudo está identificando os colifagos como perigos microbiológicos e gerando subsídios para avaliação de riscos microbiológicos no ecossistema marinho. / The somatic coliphages (SC) are the better indicator for fecal pollution. In this research, it was obtained the SC abundance in seawater, plankton and bivalves samples collected from Santos, São Sebastiâo and Ubatuba. SC counts were correlated with marine viable bacteria, thermotolerant coliforms, E. coli and intestinal enterococci, and the correlation was negative with the temperature. Highest SC counts were obtained from samples collected at Santos. The frequency of SC families found in seawater and plankton samples were: Siphoviridae (50% and 65.8%), Podoviridae (36% and 15.8%), Microviridae (9% and 15.8%), and Myoviridae (5%, 2.6%), respectively. In bivalves, only Siphoviridae was found. Morphotypes A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) and D1 (13%) were observed. The RFLP and rep-PCR techniques were not discriminatory. 9.6% of coliphages contained genes codifying for thermostable toxin (ST) and/or thermolabil toxin (LT). This study is identifying the coliphages as microbial hazard and giving support to later studies for microbial risk assessment of marine ecosystem.