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Isolamento de uma sequência genômica de Phanerochaete chrysosporium homóloga ao gene de β-glucosidase de Trichoderma reesei / Isolation of a genomic sequence from Phanarochaete chrysosporimu with homology to the β-glucosidase gene from Trichoderma reeseiVallim, Marcelo Afonso 25 February 1994 (has links)
Este trabalho descreve o isolamento e purificação de uma sequência genômica de Phanerochaete chrysosporium. Esta sequência mostrou alta homologia a um fragmento de 860 pb do gene de β-glucosidase de Trichoderma reesei que foi amplificado através da técnica de reação de polimerização em cadeia (PCR). Os ensaios de hibridização contra o DNA genômico de P. chrysosporium digerido com enzimas de restrição (HindIII, SalI, PstI, EcoRI e BamHI) mostraram várias bandas. Uma única banda de, aproximadamente, 6Kb foi verificada na digestão com EcoRI. Essa banda foi isolada e clonada no sítio de EcoRI do bacteriófago λgt11. Desta forma, foi feito um banco genômico enriquecido. Através da triagem deste banco foi possível isolar e purificar clones com alta homologia a sonda molecular. / This work describes the isolation and purification of a genomic sequence from Phanerochaete chrysosporium. This sequence has shown a high homology to an 860 bp β-glucosidase gene fragment from Trichoderma reesei which was amplified through polymerase chain reaction technique and employed as probe. The hybridization assays against Phanerochaete chrysosporium genomic DNA digested with restriction enzymes (Hind 111, SalI, PstI, EcoRI, BamHI) showed several bands. A unique band, about 6 Kb, was verified within the digestion with EcoRI. This band was isolated and cloned into λgt11 bacteriophage EcoRI cloning site, so, this way, an enhanced genomic library was made. Throughout the screening of this library was possible to isolate and purify clones with high homology to the probe.
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Clonagem, identificação e sequenciamento de um gene de resistência a nistatina de Saccharomyces cerevisiae / not availableAlmeida, Juan Lucas Argüeso Gomes de 11 August 1997 (has links)
O híbrido de Saccharomyces cerevisiae M606 é uma levedura de aplicação industrial que alia alta capacidade de produção de etanol a resistência ao antibiótico poliênico nistatina. Com o objetivo de isolar o gene que confere a esse organismo a capacidade de se multiplicar na presença dessa substância, tóxica a leveduras e à maioria dos fungos, foi construída uma biblioteca genômica com o DNA de uma linhagem segregante de M606, M606.1c. Um plasmídio epissomal de levedura contendo um fragmento genômico da biblioteca de 5900 pares de bases foi capaz de conferir resistência a linhagens sensíveis quando introduzido por transformação. A determinação da sequência de nucleotídeos desse fragmento de DNA, designado NYS1, permitiu a sua localização no braço longo do cromossomo XIV de Saccharomyces cerevisiae. A subclonagem do fragmento NYS1 revelou que o gene responsável pela resistência é o quadro de leitura aberta (ORF) conhecido como YNL231C, que passa a ser denominado NYS, gene de resistência a nistatina de Saccharomyces cerevisiae. O gene NYS foi subclonado em um fragmento de 1337 pares de bases, que foi nomeado NYS3. Esse plamídio foi utilizado para transformar linhagens sensíveis, conferindo-lhes resistência. Sua sequência de nucleotídeos foi integralmente determinada e comparada com o Banco de Dados de Genoma de Saccharomyces cerevisiae para a identificação das diferenças ao nível do DNA entre os mutantes NYS e o tipo selvagem sensível a nistatina. Não foram identificadas diferenças de sequência entre o tipo selvagem e o gene clonado. Esse dado sugere que o gene clonado não é o mesmo que é responsável pela resistência de M606.1c. M606.1c apresentou o derivado de ergosterol cholesta-5,7,22,24-tetraenol, que parece estar ligado à resistência. As leveduras transformadas com o gene NYS não apresentaram a formação desse composto, sendo este mais um dado que sugere a clonagem de um segundo gene de resistência. A provável explicação para a resistência conferida por um gene selvagem seria o alto número de cópias em que ele se apresenta nos transformantes. O desequilíbrio na dosagem do produto gênico de NYS, possivelmente teria tido como efeito alguma alteração na membrana plasmática que levou à resistência a nistatina / not available
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Sequenciamento e análise do genoma cloroplastidial de cana-de-açúcar (Saccharum officinarum L.) / not availableCalsa Junior, Tercilio 05 December 2001 (has links)
Os cloroplastos são organelas exclusivas de plantas e algas fotossintetizantes, e desempenham funções essenciais na fisiologia e metabolismo vegetal, principalmente a fotossíntese e outras rotas biossintéticas. Além do núcleo e das mitocôndrias, os plastídios possuem seu próprio genoma (plastoma), envolvido na coordenação destes três distintos mas interdependentes sistemas genéticos das células vegetais. O DNA cloroplastidial existe como moléculas circulares fechadas de aproximadamente 150 kb (±30), geralmente apresentando sequências repetidas invertidas, separando duas regiões de cópia única. Através da construção de bibliotecas shot-gun a partir do DNA cloroplastidial e do sequenciamento automático de 6266 clones, o plastoma de cana-de-açúcar (híbrido SP 80-3280) foi completamente sequenciado e as regiões codificadoras anotadas por homologia a outros sistemas vegetais. Por análises comparativas entre o plastoma de cana-de-açúcar e os de outras espécies, observou-se que todos os grupos funcionais de genes cloroplastidiais de milho foram localizados no plastoma de cana-de-açúcar, como também ycf's deste plastoma e de outras espécies, embora estas sequências não tenham função conhecida. Verificou-se, ainda, maior identidade entre os plastomas de cana-de-açúcar e milho do que entre cana- de-açúcar e arroz com base na organização estrutural e na regulação da expressão gênica (edição de mRNA). Os resultados sugerem uma evolução comum entre os plastomas das gramíneas C4, gerando novos elementos para a pesquisa deste tipo de fotossíntese e metabolismo dos plastídeos, assim como para a tecnologia de transformação de cloroplastos de cana-de-açúcar. / not available
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Sequenciamento e análise do genoma cloroplastidial de cana-de-açúcar (Saccharum officinarum L.) / not availableTercilio Calsa Junior 05 December 2001 (has links)
Os cloroplastos são organelas exclusivas de plantas e algas fotossintetizantes, e desempenham funções essenciais na fisiologia e metabolismo vegetal, principalmente a fotossíntese e outras rotas biossintéticas. Além do núcleo e das mitocôndrias, os plastídios possuem seu próprio genoma (plastoma), envolvido na coordenação destes três distintos mas interdependentes sistemas genéticos das células vegetais. O DNA cloroplastidial existe como moléculas circulares fechadas de aproximadamente 150 kb (±30), geralmente apresentando sequências repetidas invertidas, separando duas regiões de cópia única. Através da construção de bibliotecas shot-gun a partir do DNA cloroplastidial e do sequenciamento automático de 6266 clones, o plastoma de cana-de-açúcar (híbrido SP 80-3280) foi completamente sequenciado e as regiões codificadoras anotadas por homologia a outros sistemas vegetais. Por análises comparativas entre o plastoma de cana-de-açúcar e os de outras espécies, observou-se que todos os grupos funcionais de genes cloroplastidiais de milho foram localizados no plastoma de cana-de-açúcar, como também ycf's deste plastoma e de outras espécies, embora estas sequências não tenham função conhecida. Verificou-se, ainda, maior identidade entre os plastomas de cana-de-açúcar e milho do que entre cana- de-açúcar e arroz com base na organização estrutural e na regulação da expressão gênica (edição de mRNA). Os resultados sugerem uma evolução comum entre os plastomas das gramíneas C4, gerando novos elementos para a pesquisa deste tipo de fotossíntese e metabolismo dos plastídeos, assim como para a tecnologia de transformação de cloroplastos de cana-de-açúcar. / not available
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Clonagem, identificação e sequenciamento de um gene de resistência a nistatina de Saccharomyces cerevisiae / not availableJuan Lucas Argüeso Gomes de Almeida 11 August 1997 (has links)
O híbrido de Saccharomyces cerevisiae M606 é uma levedura de aplicação industrial que alia alta capacidade de produção de etanol a resistência ao antibiótico poliênico nistatina. Com o objetivo de isolar o gene que confere a esse organismo a capacidade de se multiplicar na presença dessa substância, tóxica a leveduras e à maioria dos fungos, foi construída uma biblioteca genômica com o DNA de uma linhagem segregante de M606, M606.1c. Um plasmídio epissomal de levedura contendo um fragmento genômico da biblioteca de 5900 pares de bases foi capaz de conferir resistência a linhagens sensíveis quando introduzido por transformação. A determinação da sequência de nucleotídeos desse fragmento de DNA, designado NYS1, permitiu a sua localização no braço longo do cromossomo XIV de Saccharomyces cerevisiae. A subclonagem do fragmento NYS1 revelou que o gene responsável pela resistência é o quadro de leitura aberta (ORF) conhecido como YNL231C, que passa a ser denominado NYS, gene de resistência a nistatina de Saccharomyces cerevisiae. O gene NYS foi subclonado em um fragmento de 1337 pares de bases, que foi nomeado NYS3. Esse plamídio foi utilizado para transformar linhagens sensíveis, conferindo-lhes resistência. Sua sequência de nucleotídeos foi integralmente determinada e comparada com o Banco de Dados de Genoma de Saccharomyces cerevisiae para a identificação das diferenças ao nível do DNA entre os mutantes NYS e o tipo selvagem sensível a nistatina. Não foram identificadas diferenças de sequência entre o tipo selvagem e o gene clonado. Esse dado sugere que o gene clonado não é o mesmo que é responsável pela resistência de M606.1c. M606.1c apresentou o derivado de ergosterol cholesta-5,7,22,24-tetraenol, que parece estar ligado à resistência. As leveduras transformadas com o gene NYS não apresentaram a formação desse composto, sendo este mais um dado que sugere a clonagem de um segundo gene de resistência. A provável explicação para a resistência conferida por um gene selvagem seria o alto número de cópias em que ele se apresenta nos transformantes. O desequilíbrio na dosagem do produto gênico de NYS, possivelmente teria tido como efeito alguma alteração na membrana plasmática que levou à resistência a nistatina / not available
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Investigação de mutações adaptativas no vírus da dengue em diferentes sistemas de cultivo / Investigation of adaptive changes in dengue virus in different culture systemsSalvador, Felipe Scassi 09 August 2016 (has links)
Dengue é uma doença viral que atinge vários países, infectando milhares de pessoas anualmente. Sua transmissão ocorre pelo repasto sanguíneo feito pelas fêmeas dos mosquitos Aedes sp. infectadas e seus sintomas tem um amplo espectro de variação, que vão desde quadros assintomáticos até quadros graves com hipovolemia, podendo levar a óbito. A necessidade de adaptação do vírus a sistemas tão distintos (inseto e mamífero) restringe o espectro de variabilidade que o mesmo pode adquirir, permitindo que o vírus se adapte a ambos os hospedeiros com eficiência replicativa semelhante. Estudos com outros flavivírus já mostraram que a aquisição de variabilidade ocorre de maneiras distintas no hospedeiro mamífero e no inseto vetor, permitindo ao vírus máxima adaptação nas células infectadas. Levando em consideração estes estudos, este trabalho investigou a adaptação de duas cepas do vírus da dengue, a ACS-46, não neurovirulenta para camundongos adultos e a cepa JHA, neurovirulenta para camundongos adultos. O estudo foi feito utilizando cultura de células de mosquito (C6/36), cultura de células de mamífero (HepG2) e infecção em cérebro de camundongos neonatos. Utilizando sequenciamento de nova geração, foi possível verificar as mutações adquiridas ao longo de passagens em cada sistema de cultura. Foram realizadas 20 passagens seriadas em célula C6/36 e seis passagens alternadas entre C6/36 e HepG2. Os vírus obtidos na décima sexta e vigésima passagens do modelo seriado e na quarta e sexta passagens do modelo alternado foram completamente sequenciados utilizando a plataforma de sequenciamento em larga escala Ion Torrent. A análise das sequências revelou duas populações virais claramente distintas, já observadas a partir de décima sexta passagem, identificadas através da deleção de dois códons no sítio de glicosilação do domínio I da proteína de Envelope. Essa deleção induziu aumento na fusão do vírus à célula de mosquito, visto que a partir dessa passagem houve aumento no efeito citopático do vírus e na carga viral produzida durante infecções em células de mosquito. Contudo, essa mutação teve um perfil deletério em células humanas, fato deduzido pelo total desaparecimento da população com a deleção durante as passagens alternadas. Além desta deleção, foram detectadas sete mutações não sinônimas em região de proteínas não estruturais com porcentagens muito próximas, sugerindo que as mesmas fazem parte de uma mesma população. A cepa JHA teve seu caráter neurovirulento perdido após 29 passagens em C6/36, porém rapidamente recuperado após uma única passagem em cérebro de camundongo neonato. O sequenciamento dos vírus dessas passagens mostrou certa variabilidade em sítios distintos entre as variantes do vírus parental, vírus não neurovirulento e vírus neurovirulento passado em camundongo. Esse resultado indicou que aparentemente, não há sítios específicos determinantes de neurovirulência em DENV2, ao menos no nosso modelo, mas sim, um conjunto de mutações podem levar ao fenótipo neurovirulento, a depender das condições as quais o vírus é exposto. / Dengue is a viral disease that affects several countries, infecting thousands of people annually. It is transmitted by blood meal of the female Aedes sp mosquitoes infected. Symptoms have a wide range of variation, ranging from asymptomatic to severe symptoms, including hypovolemia and death. The need for adaptation in such distinct systems (insect and mammalian) restricts the variability that the viruses can acquire, allowing them to adapt to both hosts with similar replicative efficiency. Studies performed with other flaviviruses have shown that acquisition of variability occurs differently between the mammalian host and the insect vector, allowing the virus to adaptat in both systems. Therefore, this study investigated the adaptation of two strains of dengue virus, the ACS-46, not neurovirulent for adult mice and JHA strain, which is neurovirulent for adult mice. The study was done using mosquito cells culture (C6/36), mammalian cells (HepG2) and in vivo infection in newborn mouse brain. Using next-generation sequencing, we analyzed the mutations acquired over passages in each culture system. Twenty serial passages were conducted in C6/36 cells and six alternate passages between C6/36 and HepG2. Viruses obtained in the sixteenth and twenty passages from the serial experiment and the fourth and sixth passages from alternate model were completely sequenced using the next generation sequencing platform Ion Torrent. Sequence analysis revealed two clearly distinct viral populations observed from the sixteenth passage identified by deletion of two codons in the glycosylation site in the envelope protein domain I. This deletion led to increased fusion of the virus to mosquito cell, since the cytopathic effect increased from this passage to next as well as the viral load. However, this mutation had a deleterious profile in human cells since the mutated population was vanished during the alternate passages. It was also identified seven non-synonymous mutations in the region of nonstructural proteins with very similar percentages, suggesting that they belong to the same population. JHA strain lost the neurovirulent characteristic after 29 passages in C6/36, but quickly recovered it after a single passage in newborn mouse brain. The sequencing of the virus of these passages showed some variability in different sites among the parental virus, not neurovirulent viruses and neurovirulent virus after the single passage in mice. These data indicated that apparently there is no specific determinants of neurovirulence in DENV2, at least in our model, but rather a set of mutations can lead to neurovirulent phenotype, depending on the conditions in which the virus is exposed.
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Clonagem e expressão de fragmentos de anticorpo de cadeia única (scFv) anti-LDL eletronegativa em Pichia pastoris / Cloning and expression of electronegative anti-LDL single-chain (scFv) antibody fragments in Pichia pastorisTelles, Andréia Elisa Rodrigues 08 April 2008 (has links)
As modificações das lipoproteínas de baixa densidade (LDL) são uma etapa essencial na aterogênese pois acarretam a geração de LDL eletronegativa [LDL(-)] que apresenta propriedades quimiotática, citotóxica, imunogênica e pró-inflamatória. O objetivo deste trabalho foi a produção de hibridomas secretores de anticorpos monoclonais anti-LDL(-), a clonagem dos genes que codificam para as cadeias variáveis destes anticorpos, e sua expressão como fragmentos de anticorpo de cadeia única (scFv). A LDL(-) isolada de plasma humano foi utilizada como antígeno para imunização de camundongos BALB/c. Após triagem dos clones, dois anticorpos monoclonais foram obtidos baseados em sua reatividade pela LDL( -) e não pela LDL nativa: 1A3H2 (1A3) e 2C7D5F10 (2C7). Os cDNAs codificante para a cadeia pesada (VH) e cadeia leve (VL), de ambos os anticorpos, foram obtidos por meio de RT-PCR utilizando bibliotecas de oligonucleotídeos que reconhecem todas os genes de domínios variáveis das famílias de VH e VL murinas. Os genes da VH e VL obtidos foram clonados no vetor pGEM-T Easy (Promega®) e suas seqüências determinadas. A VH do anti-LDL(-) 1A3 pertence família J558.84 e fragmento gênico JH2, enquanto sua VL pertence a família 8.24 e fragmento gênico Jk5. A VH do anti¬-LDL(-) 2C7 pertence a família Vmu 3.2 (J558) e fragmento gênico JH4, enquanto sua VL pertence a família 8.24 e fragmento gênico Jk5. A partir disso, oligonucleotídeos sintéticos foram sintetizados a fim de clonar estes segmentos gênicos no vetor pPlgLE de expressão em Pichia pastoris. Foram realizadas três construções: o scFv 1A3, scFV 2C7 e um scFv híbrido (VH do 1A3 e VL do 2C7). Das três construções obtidas, conseguimos expressar o scFv do anti-LDL 2C7D5F10 que demonstrou ser capaz de reconhecer o antígeno. A proteína recombinante expressa tem grande potencial de ser usada no diagnóstico clínico incluindo imunoensaios in vitro e como reagentes para exames que envolvam a obtenção e análise de imagens. / Oxidative modification of low-density lipoproteins (LDL) is an essential step in atherogenesis, generating electronegative LDL [LDL(-)], which has chemotactic cytotoxic, immunogenic and proinflammatory properties. The aim of this study was the generation of anti-LDL(-) mAbs, the cloning of the genes that code for their variable domains and their expression as single-chain Fv (scFv). LDL(-) was isolated from human blood plasma and used as an antigen for immunization of Balb/c mice. Upon screening, two different mAbs were selected based on their ability to recognize LDL(-) and not native LDL: 1A3H2 (1A3) e 2C705F10 (2C7). The cDNAs that code for VH and VL were obtained by RT-PCR using specific immunoglobulin primer libraries wich recognize all VH and VL murine families. The VH and VL genes were cloned in pGEM-T Easy (Promega®) and sequenced. The anti-LDL(-) 1A3 uses a VH segment from J558.84 and a JH2 segment, while VL uses a 8.24/Jk5 segments. The anti-LDL(-) 2C7 uses a VH segment from Vmu 3.2 (J558) and a JH4 segment, while VL uses a 8.24/Jk5 segments. Oligonucleotides were synthetized and those gene segments were cloned in pPIGLE a Pichia pastoris immunoglobulin expression vector. We obtained three scFv constructions: scFV 1A3, scFv 2C7 and a husk hybrid, harboring 1A3 VH and 2C7 VL. Among those, we expressed the scFv anti¬-LDL(-) 2C7 that are able to recognize the antigen. The recombinant protein has a great potential for clinicai diagnostic applications, including in vitro immunoassays and as imaging reagents.
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Sequenciamento e análise do genoma mitocondrial de Gracilaria tenuistipitata (Gracilariales, Rhodophyta) / Sequencing and analyzes of the mitochondrial genome of Gracilaria tenuistipitata (Gracilariales, Rhodophyta)Takahashi, Mônica Miyuki 21 May 2010 (has links)
Mitocôndrias são organelas semi-autônomas responsáveis pela respiração celular. Diversas fontes de evidências indicam a origem endossimbiótica dessas organelas, onde um organismo unicelular teria engolfado um organismo procariótico, possivelmente uma α-proteobactéria. Durante a coevolução do endossimbionte e sua célula hospedeira, ocorreu uma redução do genoma do endossimbionte, parte dos genes sendo perdida e parte transferida para o núcleo. A organização e o tamanho do genoma mitocondrial é bastante variável nas diferentes linhagens filogenéticas. O acúmulo de dados moleculares ajuda a esclarecer a origem e evolução das mitocôndrias. Até o momento, foram sequenciados os genomas mitocondriais de apenas três espécies de Rhodophyta, Chondrus crispus, Cyanidioschyzon merolae e Porphyra purpurea. As algas vermelhas são economicamente importantes por serem utilizadas principalmente como alimento e para as extrações de polissacarídeos e pigmentos acessórios. Gracilaria tenuistipitata var. liui Zhang et Xia é uma macroalga vermelha que apresenta grande tolerância a fatores ambientais e alta taxa de crescimento, sendo utilizada como organismo modelo em estudos fisiológicos, bioquímicos e moleculares, incluindo o sequenciamento do genoma completo do cloroplasto feito anteriormente pelo nosso grupo de pesquisa. Este estudo teve como objetivo o sequenciamento completo do genoma mitocondrial de G. tenuistipitata, a análise dos genes presentes e a comparação entre os genomas mitocondriais de Rhodophyta e de outros organismos fotossintetizantes disponíveis no GenBank. Para isso, foram realizadas extrações de DNA total para as amplificações por PCR, para posterior sequenciamento por primer walking e montagem do genoma mitocondrial completo de G. tenuistipitata. A sequência completa do genoma mitocondrial circular da alga vermelha G. tenuistipitata possui 25.565 nucleotídeos e conteúdo CG de 27%. Foram identificados 50 genes, que incluem sete subunidades do complexo NADH desidrogenase (nad 1-6, nad 4L), três do complexo sucinato desidrogenase (sdh 2-4), o gene apocitocromo b (cob), três subunidades da citocromo c oxidase (cox 1-3), três do complexo ATP sintase (atp 6,atp 8-9), cinco genes para proteínas ribossômicas (rps 3, rps 11-12, rpl 16, rpl 20), três genes para RNA ribossômico (rrn 5, rnl, rns) e 22 para RNA transportador. Um intron do grupo II está inserido no tRNA para histidina. Os genes mitocondriais de G. tenuistipitata estão organizados em dois conjuntos codificados um em cada fita do DNA, em direções de transcrição opostas. O genoma mitocondrial de Gracilaria tenuistipitata é bastante compacto, com poucas regiões intergênicas e utiliza um código genético modificado. O conteúdo de genes e sua ordem no genoma mitocondrial de G. tenuistipitata são extremamente semelhantes ao de C. crispus e os genomas mitocondriais de ambas apresentam identidade de nucleotídeos superior a 70% em todas as análises realizadas. Essa semelhança pode ser explicada pelo fato de ambas as algas pertencerem à mesma classe, Florideophyceae. As quatro espécies de Rhodophyta comparadas neste trabalho possuem os componentes básicos da cadeia respiratória e síntese de ATP, além de algumas proteínas ribossômicas e de um conjunto quase completo de tRNAs e rRNAs. Este trabalho corrobora estudos filogenéticos anteriores em relação às algas vermelhas, evidenciando que G. tenuistipitatae C. crispus são mais próximos entre si e igualmente distantes de P. purpurea, e que C. merolae se encontra em uma posição mais basal. / Mitochondria are semi-autonomous organelles responsible for cellular respiration. Many sources of evidence indicate the endosymbiotic origin of these organelles, in which an unicellular organism engulfed a prokaryotic organism, possibly an α-proteobacteria. During the endosymbiont and its host coevolution, the endosymbiont genome was reduced by gene loss and gene transfer to the nucleous. The mitochondrial genome size and organization varies within different phylogenetic lineages. The accumulation of molecular data helps to elucidate the origin and evolution of mitochondria. So far, only three species of Rhodophyta had their mitochondrial genome totally sequenced, Chondrus crispus, Cyanidioschyzon merolae and Porphyra purpurea. Red algae are economically important due to their use as food and for the extraction of polysacarids and accessory pigments. Gracilaria tenuistipitata var. liui Zhang et Xia is a red macroalgae very tolerant to environmental changes and shows high growth rates, being used as model organism in physiological, biochemical and molecular studies, including the sequencing of the whole chloroplast genome done by our research group. This study aimed the sequencing of the whole mitochondrial genome of G. tenuistipitata, the analysis of its gene content and the comparison within mitochondrial genomes of Rhodophyta and other photosynthetic organisms available at the GenBank. For that, total DNA was extracted for PCR amplifications, which were sequenced using primer walking and assembled to obtain the complete mitochondrial genome of G. tenuistipitata. The whole mitochondrial circular genome sequence of the red algae G. tenuistipitata was determined (25.565 nucleotides, C+G content 27%). Fifty genes were identified, including seven NAD H dehydrogenase complex subunits (nad 1-6, nad 4L), three succinate dehydrogenase complex subunits (sdh2-4), the apocytochrome b gene cob), three cytochrome c oxidase subunits (cox1-3), three ATP synthase complex subunits (atp6, atp8-9), five ribosomal proteins (rps3, rps11-12, rpl16, rpl20), three ribosomal RNA genes (rrn5, rnl, rns) and 22 tRNAs. One group II introns was found between the tRNA sup His /SUP. The mitochondrial genes of G. tenuistipitata are organized in two groups translated each one in each strand, in two opposite directions. The mitochondrial 13 genome of Gracilaria tenuistipitata is quite compact, with few intergenic regions and uses a modified genetic code. The gene content and its order in the mitochondrial genome of G. tenuistipitata are extremely similar to the C. crispus mitochondrial genome, and both genomes presented nucleotide identity above 70% in all the analyses. This similarity between the mtDNA of both species can be explained by the fact that both belong to the same class, Florideophyceae. The four Rhodophyta species compared in this study have the essencial components for the respiratory chain and ATP synthesis, besides some ribosomal proteins and almost all of the tRNAs and rRNAs. This work corroborate previous phylogenetic studies about red algae, showing that G. tenuistipitata and C. crispus are more closely related between each other than to P. purpurea, and that C. merolae is in a basal position.
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Análises filogenéticas no gênero Anacardium / Phylogenetic analysis of the genus Anacardium L.Garcia, Alexandre Franco 24 August 2009 (has links)
O gênero Anacardium L. é composto por um número relativamente pequeno de espécies arbóreas e arbustivas, dentre elas Anacardium occidentale L., única espécie cultivada e distribuída em todo o mundo tropical. O Brasil é o provável centro de origem, com dois centros de diversidade identificados. Neste trabalho, duas regiões gênicas comumente empregadas (ITS1 e trnL) foram utilizadas para avaliar a diversidade intra e interespecífica do gênero. Há evidências de variação intraespecífica principalmente para a região ITS1, que dificulta as reconstruções filogenéticas, uma vez que relativamente pouca variação interespecífica foi detectada para as espécies avaliadas. Para a região trnL, há uma evidência de que essas regiões podem identificar diferenças entre os centros de diversidade do gênero. Os agrupamentos observados nas árvores sugerem o mesmo tipo de agrupamento já descrito na literatura por taxonomia numérica. No entanto, mais dados devem ser avaliados para testar essa evidência. / The genus Anacardium L. is composed by a relatively small number of species, being A. occidentale the only species that is cultivated and distributed in all tropical regions. Brasil is probably the center of origin, with two different diversity centers. Here, two genic regions commonly used (ITS1 e trnL) were employed to evaluate the diversity present between and within species of the genus. The results showed evidences of the existence of intraspecific variation, mainly for the ITS1 region, which can difficult the phylogenetic reconstructions, since small variation was observed among the analysed species. The trnL region showed an evidence that this region could be used to discriminate the two diversity centers. The groups obtained suggest the same groups observed in the literature by numerical taxonomy. However more data is necessary to test those evidences.
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Consórcios degradadores de BTEX: isolamento, caracterização e avaliação do potencial de degradação / BTEX degrading consortia: isolation, characterization and degradation potential evaluation.Dörr, Fabiane 24 October 2008 (has links)
Amostras de água subterrânea provenientes de uma área industrial contaminada por hidrocarbonetos monoaromáticos foram utilizadas para a obtenção de bactérias degradadoras de BTEX (benzeno, tolueno, etilbenzeno e isômeros de xileno), com o intuito de realizar sua identificação, caracterização e avaliação do potencial de degradação. Foram estudados os perfis de crescimento dos consórcios de bactérias enriquecidos em BTEX, isoladamente e com diferentes substratos. Apenas parte das cepas isoladas apresentaram capacidade de crescimento quando expostas individualmente aos compostos em que foram previamente adaptadas. Foram identificadas, por análises de ácidos graxos e seqüenciamento do DNAr 16S, as espécies Stenotrophomonas maltophilia, Serratia marcescens, Burkholderia cepacia, Enterobacter sp., Bacillus cereus e Bacillus tropicalis. / Groundwater samples from an industrial area contaminated with monoaromatic hydrocarbons were used to obtain BTEX (benzene, toluene, ethylbenzene and xylene isomers) degrading bacteria, for the purpose of do their identification, characterization and evaluate their degradation potential. The growth rate of bacterial consortia enriched on BTEX was studied, individually and with different substrates. Just some of the strains isolated showed growth capacity when individually exposed to the compounds in which they were previously adapted. Were identified, by fatty acid analysis and 16S rDNA sequencing, the species Stenotrophomonas maltophilia, Serratia marcescens, Burkholderia cepacia, Enterobacter sp., Bacillus cereus and Bacillus tropicalis.
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