Submitted by BARBARA CAROLINA BRANDAO null (babicbrandao@yahoo.com.br) on 2017-05-24T03:04:48Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO MESTRADO BARBARA CAROLINA BRANDAO.pdf: 1004696 bytes, checksum: 30cb12d30654413dc87c48dd2aa45526 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que entre em contato com sua sessão de pós-graduação e verifique as questões de disponibilização de texto parcial. Agradecemos a compreensão. on 2017-05-24T17:07:39Z (GMT) / Submitted by BARBARA CAROLINA BRANDAO null (babicbrandao@yahoo.com.br) on 2017-05-24T18:35:55Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO MESTRADO BARBARA CAROLINA BRANDAO.pdf: 1004696 bytes, checksum: 30cb12d30654413dc87c48dd2aa45526 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-24T18:38:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 brandao_bc_me_mar.pdf: 1004696 bytes, checksum: 30cb12d30654413dc87c48dd2aa45526 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-24T18:38:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 brandao_bc_me_mar.pdf: 1004696 bytes, checksum: 30cb12d30654413dc87c48dd2aa45526 (MD5) Previous issue date: 2017-04-26 / A disfagia orofaríngea é sintoma frequente em indivíduos com Doença do Neurônio Motor (DNM) e um dos parâmetros que mensuram o grau de funcionalidade nessa população, sendo que a alteração na fase oral da deglutição é um dos primeiros sinais da disfagia na DNM. O comprometimento na fase oral da deglutição é ocasionado por fraqueza, fasciculação e atrofia de língua que promovem incoordenação oral gerando aumento no tempo de transito oral (TTO), comprometendo assim a alimentação destes indivíduos. Objetivo: Esta pesquisa teve por objetivo descrever e relacionar o TTO da deglutição com o desempenho funcional e com penetração e aspiração laringotraqueal na DNM. Método: Participaram desse estudo 20 indivíduos com DNM, independente do tipo ou tempo da doença. Foram incluídos 11 indivíduos, sendo nove do gênero masculino e dois do gênero feminino, faixa etária de 31 a 87 anos (média de idade de 57 anos). Foram excluídos nove indivíduos. Aplicado o questionário Amyotrophic Lateral Sclerosis Functional Rating Scale - revised (ALSFRS-r/BR) para classificação dos indivíduos de acordo com parâmetros Global, Bulbar e Bulbar/Respiratório. Realizada videofluoroscopia da deglutição com diferentes consistências de alimento no volume de cinco ml, com análise quantitativa temporal por meio de software específico para mensuração do tempo de trânsito oral total (TTOT) e análise qualitativa por meio da escala de Penetração e Aspiração Laringotraqueal proposta por Rosenbek et al (1996). Para relacionar o TTOT com os parâmetros da ALSFRS-r foi aplicado o teste de comparação de médias para dados incompletos (ANOVA), pressupondo nível de significância α≤0,05, bem como efetuados cálculos de coeficiente de correlação de Pearson para análise bidimensional. A relação entre TTOT e os níveis da escala de penetração e aspiração laringotraqueal foi descritiva. Resultados: Verificou-se que houve ampla variação do TTOT dentro da mesma consistência de alimento. Houve correlação entre o TTOT e o desempenho funcional global na consistência líquida espessada (r=-0,691) e para o TTOT e o desempenho bulbar na pastosa (r=-0,859). O nível da escala de penetração e aspiração laringotraqueal variou de 2 a 4 e o TTOT nesses níveis variou de 1222ms a 2057ms. Conclusão: Houve ampla variação do TTOT na mesma consistência de alimento na DNM e quanto maior o TTOT, independente da consistência do alimento, menor foi o desempenho funcional na DNM. / Introduction: Oropharyngeal dysphagia is a frequent symptom in individuals with motor neuron disease (MND) and one of the parameters that measure the degree of functionality in this population, and the alteration in the oral phase of swallowing is one of the first signs of dysphagia in DNM. The impairment in the oral phase of swallowing is caused by weakness, fasciculation and tongue atrophy that promote oral incoordination leading to an increase in oral transit time (OTT), thus compromising the feeding of these individuals. Objective: This study aimed to describe and correlate oral transit time (OTT) of swallowing with functional performance and with laryngotracheal penetration and aspiration in MDN. Method: Participated in this study 20 individuals with DNM, regardless of the type or time of the disease. Eleven individuals were included, nine of whom were male and two were female, ranging from 31 to 87 years old ( mean age of 57 years). Were excluded nine individuals. Applied the Amyotrophic Lateral Sclerosis Functional Rating Scale - revised (ALSFRS-r / BR) to classification of individuals according to Global, Bulbar and Bulbar / Respiratory parameters. A videofluoroscopy of swallowing with different food consistencies was performed in the volume of five ml, with qualitative analysis using the Laryngotracheal Penetration and Aspiration Scale proposed by Rosenbek et al (1996) and temporal quantitative analysis using specific software to measure total oral transit time (TOTT). In order to correlate the TOTT with the parameters of the ALSFRS-r, the test of comparison of averages for incomplete data (ANOVA) was applied, assuming a significance level α = 0.05, as well as Pearson's correlation coefficient calculations for two-dimensional analysis. The relationship between TTOT and levels of the laryngotracheal penetration and aspiration scale was descriptive. Results: It was verified that there is a wide variation of TOTT within the same food consistency. There was a correlation between the TTOT and the overall functional performance in the thickened liquid consistency (r = -0.691) and for the TOTT and the bulbar performance in the pasty (r = -0.859). The laryngotracheal penetration and aspiration ranged from 2 to 4 and the TOTT at these levels ranged from 1222ms to 2057ms. Conclusion: There is a wide variation of the TOTT in the same food consistency in the MND and higher the TOTT, regardeless of the consistency thickened of the food, the lower the functional performance in the MND.

A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) é uma doença crônica, progressiva e neurodegenerativa causada pela morte dos neurônios motores. O diagnóstico destes pacientes pode levar até 12 meses para acontecer, sendo que estes vão à óbito entre 3-5 anos do início dos sintomas. Há, porém, grande variabilidade de quadro clínico, com alguns pacientes falecendo com menos de 1 ano do início dos primeiros sinais, e outros que sobrevivem por décadas. A identificação da ELA8, causada por uma mutação missense no gene VAPB (c.C166T, p.P56S), tem contribuído significativamente com o conhecimento dos mecanismos moleculares por trás da ELA. A literatura recente tem evidenciado que a diminuição dos níveis de VAPB está presente em modelos celulares e murinos da doença, e também em amostras de pacientes, sugerindo que esta proteína teria papel central na doença e uma contribuição significativa para a morte dos neurônios motores. O presente trabalho buscou três objetivos principais: (1) o diagnóstico molecular através de um painel de sequenciamento de nova geração que inclui os genes SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 e VAPB; (2) a avaliação dos níveis de RNAm de VAPA, VAPB e EPHA4 em pacientes de ELA8, controles familiares e outros pacientes de ELA, com o intuito de investigar possíveis papéis destes genes na doença; e por fim, (3) o desenvolvimento de um ensaio quantitativo para as proteínas VAPA, VAPB e VAPC baseado em cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas em tandem (LC-MS/MS), para a posterior avaliação de VAPB como possível biomarcador em ELA, e de suas isoformas VAPA e VAPC como modificadores da doença. Para a análise genômica, foram avaliados 67 pacientes, sendo que 31 (ou 46%) apresentaram a mutação c.C166T em VAPB; 4 pacientes (6%) em SOD1, sendo que um destes apresentou uma mutação também em FIG4; 1 paciente (1.5%) foi identificado uma mutação patogênica em FUS; outro, duas mutações deletérias em trans em SPG11. Os níveis de RNAm de VAPB, VAPA e EPHA4 não são estatisticamente distintos entre pacientes e controles; porém, os níveis de EPHA4 estavam significativamente elevados em dois pacientes de início bulbar da doença. Para o desenvolvimento do método quantitativo por LC-MS/MS, foram escolhidos 8 peptídeos inequívocos para análise, estabelecidos dos parâmetros de corrida, e desenvolvidos dois padrões internos (linhagens SILAC e VAPB recombinante) para a quantificação. Esta ferramenta desenvolvida poderá auxiliar não apenas os estudos moleculares que envolvem os mecanismos por trás ELA8, responsável por uma elevada taxa dos casos familiais brasileiros, mas também poderá determinar o potencial de VAPB como biomarcador para Esclerose Lateral Amiotrófica / Amyotrophic Lateral Sclerosis is a chronic, progressive neurodegenerative disorder caused by the death of motor neurons. Diagnosis can take up to 12 months, with no molecular marker to expedite this process. In this scenario, patients die within 3 to 5 years of symptom onset, although a large clinical variability is seen, with severe patients dying less than one year after onset, and others surviving for decades. The identification of ALS8, caused by a missense mutation in the VAPB gene (c.C166T; p.P56S), has contributed significantly to the knowledge of molecular mechanisms behind ALS. Recent literature has evidenced that the decrease of VAPB levels is present in cellular and murine models, and also in patient samples, suggesting a central role in motor neuron death in ALS. The present work sought three main objectives: (1) a molecular diagnosis through a NGS sequencing panel including the SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 and VAPB genes; (2) analyze the expression levels of VAPA, VAPB and EPHA4 in patients, family controls and other forms of ALS, in order to investigate their possible roles in ALS8; and (3) the development of a targeted quantitative mass spectrometry based assay, gold standard in protein quantification due to its precision and sensitivity, for the VAPA, VAPB and VAPC proteins, seeking the analysis of VAPB as a potential biomarker in ALS and of its isoform\'s potential roles as modifiers in the disease. The genomic analyses revealed that out of 67 patients, 31 presented the ALS8 mutation in VAPB, 4 patients (6%) presented a mutation in SOD1, with one patient carrying a second mutation in FIG4; 1 (1.5%) patient was identified with a pathogenic mutation in FUS; and another presented two pathogenic mutations in trans in the SPG11 gene. Thus, we were able to diagnose over half of the patients included in this study with a panel of only 7 genes. VAPB, VAPA and EPHA4 mRNA levels are not statistically different between patients and controls; however, EPHA4 was shown to be highly elevated in two bulbar-onset non-ALS8 patients. For the development of the LC-MS/MS targeted assay, 8 surrogate peptides were chosen for analysis, run parameters were established, and two internal standards for quantification were developed (SILAC cell lines and recombinant VAPB). This tool will prove to be useful not only towards elucidating the molecular mechanisms behind ALS8, one of the most prevalent forms of familial ALS in Brazil, but also to determine VAPB\'s potential as a biomarker for ALS

A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) é uma doença crônica, progressiva e neurodegenerativa causada pela morte dos neurônios motores. O diagnóstico destes pacientes pode levar até 12 meses para acontecer, sendo que estes vão à óbito entre 3-5 anos do início dos sintomas. Há, porém, grande variabilidade de quadro clínico, com alguns pacientes falecendo com menos de 1 ano do início dos primeiros sinais, e outros que sobrevivem por décadas. A identificação da ELA8, causada por uma mutação missense no gene VAPB (c.C166T, p.P56S), tem contribuído significativamente com o conhecimento dos mecanismos moleculares por trás da ELA. A literatura recente tem evidenciado que a diminuição dos níveis de VAPB está presente em modelos celulares e murinos da doença, e também em amostras de pacientes, sugerindo que esta proteína teria papel central na doença e uma contribuição significativa para a morte dos neurônios motores. O presente trabalho buscou três objetivos principais: (1) o diagnóstico molecular através de um painel de sequenciamento de nova geração que inclui os genes SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 e VAPB; (2) a avaliação dos níveis de RNAm de VAPA, VAPB e EPHA4 em pacientes de ELA8, controles familiares e outros pacientes de ELA, com o intuito de investigar possíveis papéis destes genes na doença; e por fim, (3) o desenvolvimento de um ensaio quantitativo para as proteínas VAPA, VAPB e VAPC baseado em cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas em tandem (LC-MS/MS), para a posterior avaliação de VAPB como possível biomarcador em ELA, e de suas isoformas VAPA e VAPC como modificadores da doença. Para a análise genômica, foram avaliados 67 pacientes, sendo que 31 (ou 46%) apresentaram a mutação c.C166T em VAPB; 4 pacientes (6%) em SOD1, sendo que um destes apresentou uma mutação também em FIG4; 1 paciente (1.5%) foi identificado uma mutação patogênica em FUS; outro, duas mutações deletérias em trans em SPG11. Os níveis de RNAm de VAPB, VAPA e EPHA4 não são estatisticamente distintos entre pacientes e controles; porém, os níveis de EPHA4 estavam significativamente elevados em dois pacientes de início bulbar da doença. Para o desenvolvimento do método quantitativo por LC-MS/MS, foram escolhidos 8 peptídeos inequívocos para análise, estabelecidos dos parâmetros de corrida, e desenvolvidos dois padrões internos (linhagens SILAC e VAPB recombinante) para a quantificação. Esta ferramenta desenvolvida poderá auxiliar não apenas os estudos moleculares que envolvem os mecanismos por trás ELA8, responsável por uma elevada taxa dos casos familiais brasileiros, mas também poderá determinar o potencial de VAPB como biomarcador para Esclerose Lateral Amiotrófica / Amyotrophic Lateral Sclerosis is a chronic, progressive neurodegenerative disorder caused by the death of motor neurons. Diagnosis can take up to 12 months, with no molecular marker to expedite this process. In this scenario, patients die within 3 to 5 years of symptom onset, although a large clinical variability is seen, with severe patients dying less than one year after onset, and others surviving for decades. The identification of ALS8, caused by a missense mutation in the VAPB gene (c.C166T; p.P56S), has contributed significantly to the knowledge of molecular mechanisms behind ALS. Recent literature has evidenced that the decrease of VAPB levels is present in cellular and murine models, and also in patient samples, suggesting a central role in motor neuron death in ALS. The present work sought three main objectives: (1) a molecular diagnosis through a NGS sequencing panel including the SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 and VAPB genes; (2) analyze the expression levels of VAPA, VAPB and EPHA4 in patients, family controls and other forms of ALS, in order to investigate their possible roles in ALS8; and (3) the development of a targeted quantitative mass spectrometry based assay, gold standard in protein quantification due to its precision and sensitivity, for the VAPA, VAPB and VAPC proteins, seeking the analysis of VAPB as a potential biomarker in ALS and of its isoform\'s potential roles as modifiers in the disease. The genomic analyses revealed that out of 67 patients, 31 presented the ALS8 mutation in VAPB, 4 patients (6%) presented a mutation in SOD1, with one patient carrying a second mutation in FIG4; 1 (1.5%) patient was identified with a pathogenic mutation in FUS; and another presented two pathogenic mutations in trans in the SPG11 gene. Thus, we were able to diagnose over half of the patients included in this study with a panel of only 7 genes. VAPB, VAPA and EPHA4 mRNA levels are not statistically different between patients and controls; however, EPHA4 was shown to be highly elevated in two bulbar-onset non-ALS8 patients. For the development of the LC-MS/MS targeted assay, 8 surrogate peptides were chosen for analysis, run parameters were established, and two internal standards for quantification were developed (SILAC cell lines and recombinant VAPB). This tool will prove to be useful not only towards elucidating the molecular mechanisms behind ALS8, one of the most prevalent forms of familial ALS in Brazil, but also to determine VAPB\'s potential as a biomarker for ALS