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Proteômica comparativa de diferentes estágios do desenvolvimento estrobilar do cestódeo-modelo Mesocestoides corti

Lima, Jeferson Camargo de January 2017 (has links)
Mesocestoides corti é um modelo para o estudo da biologia de cestódeos. Neste modelo é viável a manutenção do seu estágio larval in vivo, como também é possível induzir e acompanhar in vitro o seu desenvolvimento para o estágio adulto (estrobilização). Neste trabalho, foi realizada uma análise proteômica, por meio de uma abordagem de LC-MS/MS, para a caracterização dos repertórios de proteínas de quatro diferentes estágios do desenvolvimento de M. corti. Inicialmente, foi comparado o estágio larval (tetratirídeo, TT) e o estágio adulto (verme adulto estrobilizado, ST) de M. corti. No total, 364 proteínas únicas foram detectadas. Deste repertório, foram exclusivamente detectadas em TT 31 proteínas, em ST foram exclusivamente detectadas 126 proteínas, ao passo que 207 proteínas foram compartilhadas entre os dois estágios. O repertório de proteínas detectadas em TT incluem proteínas relacionadas com metabolismo, sinalização celular e regulação proteica. Possivelmente estas proteínas estão envolvidas com o crescimento/desenvolvimento vegetativo e reprodução assexuada deste estágio. Por outro lado, o repertório de proteínas detectadas em ST incluem proteínas relacionadas com expressão gênica, tradução, modificação e processamento de proteínas. Estes resultados podem indicar uma maior atividade metabólica nesse estágio de vida do parasito, o que pode ser associado à sua fisiologia mais complexa, que envolve estrobilização e diferenciação sexual. Em uma segunda abordagem, foram analisadas as primeiras horas pós-indução (PI) da estrobilização (TT, TT 24h-PI e TT 48h-PI). Foram detectadas um total de 241 proteínas únicas neste estudo. As proteínas detectadas apontam para um aumento da proliferação celular e desenvolvimento muscular após a indução da estrobilização, com o enriquecimento de categorias como “cellular component assembly involved in morphogenesis”, “muscle cell differentiation” e “muscle structure development” exclusivamente em TT 24h-PI. Globalmente, este conjunto de proteínas é um ótimo ponto de partida para estudos funcionais, como a busca por marcadores moleculares do desenvolvimento, alvos diagnósticos mais sensíveis e alvos para novas drogas anti-helmínticas. / Mesocestoides corti is a model for the study of cestode biology. In this model, it is possible to maintain its larval stage in vivo, as well as to induce and accompany its development to the adult stage (strobilization) in vitro. Here, a proteomic analysis was performed, through an LC-MS/MS approach, to characterize the protein repertoires of four different stages of M. corti development. Initially, the larval stage (tetrathyridia, TT) and adult stage (strobilized adult worm, ST) of M. corti were compared. In total, 364 unique proteins were detected. From this repertoire, 31 proteins were exclusively detected in TT and 126 proteins were exclusively detected in ST, whereas 207 proteins were shared between the two stages. The repertoire of proteins detected in TT includes proteins related to metabolism, cell signaling, and protein regulation. Possibly these proteins are involved with the vegetative growth/development and asexual reproduction of this stage. On the other hand, the repertoire of proteins detected in ST includes proteins related to gene expression, translation, modification, and processing of proteins. These results can be indicate a higher metabolic activity, which may be associated with its more complex physiology, strobilization, and sexual differentiation. In a second approach, the first hours post-induction (IP) of the strobilization were analyzed (TT, TT 24h-PI, and TT 48h-PI). A total of 241 unique proteins were detected in this study. The detected proteins point to an increase in cell proliferation and muscle development after the induction of strobilization, in which the enrichment of categories such as "cellular component assembly involved in morphogenesis", "muscle cell differentiation" and "muscle structure development" were exclusively in TT 24h- PI. Overall, these set proteins are a great starting point for functional studies, such as the search for molecular markers of development, more sensitive diagnostic targets and targets for new anthelmintic drugs.
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Proteômica comparativa de diferentes estágios do desenvolvimento estrobilar do cestódeo-modelo Mesocestoides corti

Lima, Jeferson Camargo de January 2017 (has links)
Mesocestoides corti é um modelo para o estudo da biologia de cestódeos. Neste modelo é viável a manutenção do seu estágio larval in vivo, como também é possível induzir e acompanhar in vitro o seu desenvolvimento para o estágio adulto (estrobilização). Neste trabalho, foi realizada uma análise proteômica, por meio de uma abordagem de LC-MS/MS, para a caracterização dos repertórios de proteínas de quatro diferentes estágios do desenvolvimento de M. corti. Inicialmente, foi comparado o estágio larval (tetratirídeo, TT) e o estágio adulto (verme adulto estrobilizado, ST) de M. corti. No total, 364 proteínas únicas foram detectadas. Deste repertório, foram exclusivamente detectadas em TT 31 proteínas, em ST foram exclusivamente detectadas 126 proteínas, ao passo que 207 proteínas foram compartilhadas entre os dois estágios. O repertório de proteínas detectadas em TT incluem proteínas relacionadas com metabolismo, sinalização celular e regulação proteica. Possivelmente estas proteínas estão envolvidas com o crescimento/desenvolvimento vegetativo e reprodução assexuada deste estágio. Por outro lado, o repertório de proteínas detectadas em ST incluem proteínas relacionadas com expressão gênica, tradução, modificação e processamento de proteínas. Estes resultados podem indicar uma maior atividade metabólica nesse estágio de vida do parasito, o que pode ser associado à sua fisiologia mais complexa, que envolve estrobilização e diferenciação sexual. Em uma segunda abordagem, foram analisadas as primeiras horas pós-indução (PI) da estrobilização (TT, TT 24h-PI e TT 48h-PI). Foram detectadas um total de 241 proteínas únicas neste estudo. As proteínas detectadas apontam para um aumento da proliferação celular e desenvolvimento muscular após a indução da estrobilização, com o enriquecimento de categorias como “cellular component assembly involved in morphogenesis”, “muscle cell differentiation” e “muscle structure development” exclusivamente em TT 24h-PI. Globalmente, este conjunto de proteínas é um ótimo ponto de partida para estudos funcionais, como a busca por marcadores moleculares do desenvolvimento, alvos diagnósticos mais sensíveis e alvos para novas drogas anti-helmínticas. / Mesocestoides corti is a model for the study of cestode biology. In this model, it is possible to maintain its larval stage in vivo, as well as to induce and accompany its development to the adult stage (strobilization) in vitro. Here, a proteomic analysis was performed, through an LC-MS/MS approach, to characterize the protein repertoires of four different stages of M. corti development. Initially, the larval stage (tetrathyridia, TT) and adult stage (strobilized adult worm, ST) of M. corti were compared. In total, 364 unique proteins were detected. From this repertoire, 31 proteins were exclusively detected in TT and 126 proteins were exclusively detected in ST, whereas 207 proteins were shared between the two stages. The repertoire of proteins detected in TT includes proteins related to metabolism, cell signaling, and protein regulation. Possibly these proteins are involved with the vegetative growth/development and asexual reproduction of this stage. On the other hand, the repertoire of proteins detected in ST includes proteins related to gene expression, translation, modification, and processing of proteins. These results can be indicate a higher metabolic activity, which may be associated with its more complex physiology, strobilization, and sexual differentiation. In a second approach, the first hours post-induction (IP) of the strobilization were analyzed (TT, TT 24h-PI, and TT 48h-PI). A total of 241 unique proteins were detected in this study. The detected proteins point to an increase in cell proliferation and muscle development after the induction of strobilization, in which the enrichment of categories such as "cellular component assembly involved in morphogenesis", "muscle cell differentiation" and "muscle structure development" were exclusively in TT 24h- PI. Overall, these set proteins are a great starting point for functional studies, such as the search for molecular markers of development, more sensitive diagnostic targets and targets for new anthelmintic drugs.
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Proteômica comparativa de diferentes estágios do desenvolvimento estrobilar do cestódeo-modelo Mesocestoides corti

Lima, Jeferson Camargo de January 2017 (has links)
Mesocestoides corti é um modelo para o estudo da biologia de cestódeos. Neste modelo é viável a manutenção do seu estágio larval in vivo, como também é possível induzir e acompanhar in vitro o seu desenvolvimento para o estágio adulto (estrobilização). Neste trabalho, foi realizada uma análise proteômica, por meio de uma abordagem de LC-MS/MS, para a caracterização dos repertórios de proteínas de quatro diferentes estágios do desenvolvimento de M. corti. Inicialmente, foi comparado o estágio larval (tetratirídeo, TT) e o estágio adulto (verme adulto estrobilizado, ST) de M. corti. No total, 364 proteínas únicas foram detectadas. Deste repertório, foram exclusivamente detectadas em TT 31 proteínas, em ST foram exclusivamente detectadas 126 proteínas, ao passo que 207 proteínas foram compartilhadas entre os dois estágios. O repertório de proteínas detectadas em TT incluem proteínas relacionadas com metabolismo, sinalização celular e regulação proteica. Possivelmente estas proteínas estão envolvidas com o crescimento/desenvolvimento vegetativo e reprodução assexuada deste estágio. Por outro lado, o repertório de proteínas detectadas em ST incluem proteínas relacionadas com expressão gênica, tradução, modificação e processamento de proteínas. Estes resultados podem indicar uma maior atividade metabólica nesse estágio de vida do parasito, o que pode ser associado à sua fisiologia mais complexa, que envolve estrobilização e diferenciação sexual. Em uma segunda abordagem, foram analisadas as primeiras horas pós-indução (PI) da estrobilização (TT, TT 24h-PI e TT 48h-PI). Foram detectadas um total de 241 proteínas únicas neste estudo. As proteínas detectadas apontam para um aumento da proliferação celular e desenvolvimento muscular após a indução da estrobilização, com o enriquecimento de categorias como “cellular component assembly involved in morphogenesis”, “muscle cell differentiation” e “muscle structure development” exclusivamente em TT 24h-PI. Globalmente, este conjunto de proteínas é um ótimo ponto de partida para estudos funcionais, como a busca por marcadores moleculares do desenvolvimento, alvos diagnósticos mais sensíveis e alvos para novas drogas anti-helmínticas. / Mesocestoides corti is a model for the study of cestode biology. In this model, it is possible to maintain its larval stage in vivo, as well as to induce and accompany its development to the adult stage (strobilization) in vitro. Here, a proteomic analysis was performed, through an LC-MS/MS approach, to characterize the protein repertoires of four different stages of M. corti development. Initially, the larval stage (tetrathyridia, TT) and adult stage (strobilized adult worm, ST) of M. corti were compared. In total, 364 unique proteins were detected. From this repertoire, 31 proteins were exclusively detected in TT and 126 proteins were exclusively detected in ST, whereas 207 proteins were shared between the two stages. The repertoire of proteins detected in TT includes proteins related to metabolism, cell signaling, and protein regulation. Possibly these proteins are involved with the vegetative growth/development and asexual reproduction of this stage. On the other hand, the repertoire of proteins detected in ST includes proteins related to gene expression, translation, modification, and processing of proteins. These results can be indicate a higher metabolic activity, which may be associated with its more complex physiology, strobilization, and sexual differentiation. In a second approach, the first hours post-induction (IP) of the strobilization were analyzed (TT, TT 24h-PI, and TT 48h-PI). A total of 241 unique proteins were detected in this study. The detected proteins point to an increase in cell proliferation and muscle development after the induction of strobilization, in which the enrichment of categories such as "cellular component assembly involved in morphogenesis", "muscle cell differentiation" and "muscle structure development" were exclusively in TT 24h- PI. Overall, these set proteins are a great starting point for functional studies, such as the search for molecular markers of development, more sensitive diagnostic targets and targets for new anthelmintic drugs.
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Análise da expressão gênica durante a indução ao desenvolvimento estrobilar em Echinococcus granulosus

Debarba, João Antonio January 2017 (has links)
Echinococcus granulosus é um parasito cestódeo e o agente etiológico da hidatidose cística. O desenvolvimento dos vermes adultos a partir dos protoscoleces é, provavelmente, desencadeada por diferentes estímulos que são impostos pelos hospedeiros, os quais provocam mudanças moleculares e morfológicas no parasito. No entanto, os mecanismos responsáveis por essas variações não estão totalmente esclarecidos. Para encontrar genes e proteínas possivelmente envolvidos com as alterações fenotípicas observadas durante o desenvolvimento estrobilar de E. granulosus, relatamos aqui o perfil transcritômico e a detecção de proteínas recémsintetizadas após a indução in vitro de protoescólices ao desenvolvimento estrobilar. Os protoescólices foram tratados com pepsina e mantidos em meio bifásico contendo taurocolato para induzir ao desenvolvimento estrobilar. Azidohomoalanina, aminoácido análogo de metionina, foi adicionado para a incorporação metabólica nas proteínas recém-sintetizadas, que foram visualizadas por microscopia confocal e identificadas por espectrometria de massas Paralelamente, o RNA total foi isolado utilizando o reagente TRIzol e as bibliotecas geradas foram sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq. Nós identificamos 23 proteínas detectadas exclusivamente na presença de estímulos para o desenvolvimento estrobilar (SSD) e 28 na ausência desses estímulos (NSD). Também encontramos 75 proteínas diferencialmente expressas entre as duas condições (34 em SSD e 41 em NSD). Na análise dos dados de RNAseq, 818 genes foram identificados como diferencialmente expressos pelo software GFOLD. De forma geral, genes e proteínas com funções moleculares de transdução de sinal, metabolismo e modificações de proteínas foram observadas com a progressão do desenvolvimento estrobilar. Assim, este estudo fornece informações sobre genes e proteínas que podem ter um papel chave para o desenvolvimento do parasito, além de serem alvo de estudos futuros. / Echinococcus granulosus is a cestode parasite and the etiological agent of the cystic hydatid disease. The development of the adult worms from protoscoleces is probably triggered by different stimuli imposed by the hosts, which lead to molecular and morphological changes. However, the mechanisms underlying these variations remain largely unclear. In order to find genes and proteins possibly involved with the phenotypic changes during the strobilar development, we reported here the transcriptomic profile and the detection of newly synthesized proteins after protoscoleces in vitro induction to strobilar development. Protoscoleces were treated with pepsin and maintained in biphasic medium containing taurocholate to induce the strobilar development. The methionine analogue azidohomoalanine was added for metabolic incorporation in the newly synthesized proteins that were visualized by confocal microscopy and identified by mass spectrometry.In parallel, total RNA from parasite material was isolated using TRIzol reagent and the generated libraries were sequenced on Illumina MiSeq platform. We identified 23 proteins present only after stimuli for strobilar development (SSD) and 28 in absence of these stimuli (NSD). We also found 75 differentially expressed proteins (34 SSD and 41 NSD). In the RNA-seq analysis, 818 differentially expressed genes were identified by the GFOLD software. Gene transcripts and proteins with molecular functions of signal transduction, metabolism and protein modifications were observed with progression of development. This study provides insights on searching for the key genes and proteins that may be important for the correct parasite development and be target for further studies.
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Análise da expressão gênica durante a indução ao desenvolvimento estrobilar em Echinococcus granulosus

Debarba, João Antonio January 2017 (has links)
Echinococcus granulosus é um parasito cestódeo e o agente etiológico da hidatidose cística. O desenvolvimento dos vermes adultos a partir dos protoscoleces é, provavelmente, desencadeada por diferentes estímulos que são impostos pelos hospedeiros, os quais provocam mudanças moleculares e morfológicas no parasito. No entanto, os mecanismos responsáveis por essas variações não estão totalmente esclarecidos. Para encontrar genes e proteínas possivelmente envolvidos com as alterações fenotípicas observadas durante o desenvolvimento estrobilar de E. granulosus, relatamos aqui o perfil transcritômico e a detecção de proteínas recémsintetizadas após a indução in vitro de protoescólices ao desenvolvimento estrobilar. Os protoescólices foram tratados com pepsina e mantidos em meio bifásico contendo taurocolato para induzir ao desenvolvimento estrobilar. Azidohomoalanina, aminoácido análogo de metionina, foi adicionado para a incorporação metabólica nas proteínas recém-sintetizadas, que foram visualizadas por microscopia confocal e identificadas por espectrometria de massas Paralelamente, o RNA total foi isolado utilizando o reagente TRIzol e as bibliotecas geradas foram sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq. Nós identificamos 23 proteínas detectadas exclusivamente na presença de estímulos para o desenvolvimento estrobilar (SSD) e 28 na ausência desses estímulos (NSD). Também encontramos 75 proteínas diferencialmente expressas entre as duas condições (34 em SSD e 41 em NSD). Na análise dos dados de RNAseq, 818 genes foram identificados como diferencialmente expressos pelo software GFOLD. De forma geral, genes e proteínas com funções moleculares de transdução de sinal, metabolismo e modificações de proteínas foram observadas com a progressão do desenvolvimento estrobilar. Assim, este estudo fornece informações sobre genes e proteínas que podem ter um papel chave para o desenvolvimento do parasito, além de serem alvo de estudos futuros. / Echinococcus granulosus is a cestode parasite and the etiological agent of the cystic hydatid disease. The development of the adult worms from protoscoleces is probably triggered by different stimuli imposed by the hosts, which lead to molecular and morphological changes. However, the mechanisms underlying these variations remain largely unclear. In order to find genes and proteins possibly involved with the phenotypic changes during the strobilar development, we reported here the transcriptomic profile and the detection of newly synthesized proteins after protoscoleces in vitro induction to strobilar development. Protoscoleces were treated with pepsin and maintained in biphasic medium containing taurocholate to induce the strobilar development. The methionine analogue azidohomoalanine was added for metabolic incorporation in the newly synthesized proteins that were visualized by confocal microscopy and identified by mass spectrometry.In parallel, total RNA from parasite material was isolated using TRIzol reagent and the generated libraries were sequenced on Illumina MiSeq platform. We identified 23 proteins present only after stimuli for strobilar development (SSD) and 28 in absence of these stimuli (NSD). We also found 75 differentially expressed proteins (34 SSD and 41 NSD). In the RNA-seq analysis, 818 differentially expressed genes were identified by the GFOLD software. Gene transcripts and proteins with molecular functions of signal transduction, metabolism and protein modifications were observed with progression of development. This study provides insights on searching for the key genes and proteins that may be important for the correct parasite development and be target for further studies.
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Análise da expressão gênica durante a indução ao desenvolvimento estrobilar em Echinococcus granulosus

Debarba, João Antonio January 2017 (has links)
Echinococcus granulosus é um parasito cestódeo e o agente etiológico da hidatidose cística. O desenvolvimento dos vermes adultos a partir dos protoscoleces é, provavelmente, desencadeada por diferentes estímulos que são impostos pelos hospedeiros, os quais provocam mudanças moleculares e morfológicas no parasito. No entanto, os mecanismos responsáveis por essas variações não estão totalmente esclarecidos. Para encontrar genes e proteínas possivelmente envolvidos com as alterações fenotípicas observadas durante o desenvolvimento estrobilar de E. granulosus, relatamos aqui o perfil transcritômico e a detecção de proteínas recémsintetizadas após a indução in vitro de protoescólices ao desenvolvimento estrobilar. Os protoescólices foram tratados com pepsina e mantidos em meio bifásico contendo taurocolato para induzir ao desenvolvimento estrobilar. Azidohomoalanina, aminoácido análogo de metionina, foi adicionado para a incorporação metabólica nas proteínas recém-sintetizadas, que foram visualizadas por microscopia confocal e identificadas por espectrometria de massas Paralelamente, o RNA total foi isolado utilizando o reagente TRIzol e as bibliotecas geradas foram sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq. Nós identificamos 23 proteínas detectadas exclusivamente na presença de estímulos para o desenvolvimento estrobilar (SSD) e 28 na ausência desses estímulos (NSD). Também encontramos 75 proteínas diferencialmente expressas entre as duas condições (34 em SSD e 41 em NSD). Na análise dos dados de RNAseq, 818 genes foram identificados como diferencialmente expressos pelo software GFOLD. De forma geral, genes e proteínas com funções moleculares de transdução de sinal, metabolismo e modificações de proteínas foram observadas com a progressão do desenvolvimento estrobilar. Assim, este estudo fornece informações sobre genes e proteínas que podem ter um papel chave para o desenvolvimento do parasito, além de serem alvo de estudos futuros. / Echinococcus granulosus is a cestode parasite and the etiological agent of the cystic hydatid disease. The development of the adult worms from protoscoleces is probably triggered by different stimuli imposed by the hosts, which lead to molecular and morphological changes. However, the mechanisms underlying these variations remain largely unclear. In order to find genes and proteins possibly involved with the phenotypic changes during the strobilar development, we reported here the transcriptomic profile and the detection of newly synthesized proteins after protoscoleces in vitro induction to strobilar development. Protoscoleces were treated with pepsin and maintained in biphasic medium containing taurocholate to induce the strobilar development. The methionine analogue azidohomoalanine was added for metabolic incorporation in the newly synthesized proteins that were visualized by confocal microscopy and identified by mass spectrometry.In parallel, total RNA from parasite material was isolated using TRIzol reagent and the generated libraries were sequenced on Illumina MiSeq platform. We identified 23 proteins present only after stimuli for strobilar development (SSD) and 28 in absence of these stimuli (NSD). We also found 75 differentially expressed proteins (34 SSD and 41 NSD). In the RNA-seq analysis, 818 differentially expressed genes were identified by the GFOLD software. Gene transcripts and proteins with molecular functions of signal transduction, metabolism and protein modifications were observed with progression of development. This study provides insights on searching for the key genes and proteins that may be important for the correct parasite development and be target for further studies.

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