Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-10-16T16:02:19Z No. of bitstreams: 1 2012_PamelaSilvaFonseca.pdf: 3948086 bytes, checksum: 7b100392ee44335a6bd8fb65db3a8ce6 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-10-17T11:30:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_PamelaSilvaFonseca.pdf: 3948086 bytes, checksum: 7b100392ee44335a6bd8fb65db3a8ce6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-17T11:30:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_PamelaSilvaFonseca.pdf: 3948086 bytes, checksum: 7b100392ee44335a6bd8fb65db3a8ce6 (MD5) / O desenvolvimento de novas drogas tem sido um desafio para químicos orgânicos e farmacêuticos, principalmente devido à resistência adquirida por muitos parasitas a medicamentos convencionais. No âmbito da abordagem de hibridização molecular, a vinculação de grupos triazólicos à estrutura de chalconas mostra-se uma estratégia sintética bastante promissora na formação de métodos terapêuticos alternativos para diversas doenças, uma vez que ambos os compostos apresentam uma gama de atividades biológicas já exploradas por diversos grupos de pesquisa em todo o mundo. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi sintetizar novas chalconas e dichalconas contendo unidades 1,2,3-triazólicas que apresentem potencial farmacológico como produto de sinergismo das funções triazólica e do sistema ???-insaturado da chalcona. De início, propusemos algumas rotas sintéticas, as quais viabilizariam a introdução dos heterociclos ora no anel A das chalconas ora no B, bem como em ambos os anéis benzênicos das chalconas e dichalconas. Nestes últimos casos, foram realizadas várias tentativas para inclusão de dois grupos triazóis sem se obter sucesso. Em contrapartida, as chalconas contendo apenas um heterociclo em sua estrutura foram produzidas em excelentes rendimentos. A síntese envolveu tanto o emprego de cetonas triazólicas nas reações de condensação de Claisen-Schmidt como azidochalconas em reações de cicloadição [3+2] de Huisgen catalisada por cobre (reação click). ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The development of new drugs has been a challenge for organic chemists and pharmacists, mainly due to acquired resistance by many parasites to conventional drugs. Within the molecular hybridization approach, binding triazole groups to the chalcones structure represents a very promising synthetic strategy in the formation of alternative therapeutic methods for various diseases, since both compounds show a range of biological activities already explored by several research groups all over the world. Thus, the objective of this work was the synthesis of new chalcones and dichalcones units containing 1,2,3-triazoles with potential pharmacological activity as the synergistic product of triazoles and α,β-unsaturated system of the chalcones. Initially, we proposed some synthetic routes, which could make possible the introduction of the heterocyclic either on ring A of the chalcones and sometimes on B, as well as on both benzenic rings of chalcones and dichalcones. In the latter cases, attempts have been made for the inclusion of two triazole groups but without success. In contrast, chalcones containing only one heterocycle in their structure were produced in excellent yields. The synthesis involved both the use of triazole ketones in the Claisen-Schmidt condensation reactions as well as azidochalcones in copper-catalyzed [3+2] Huisgen cycloaddition reactions (click reaction).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências, 2006. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2009-10-13T18:43:41Z No. of bitstreams: 1 2006_Claudio Ernesto Sebata.pdf: 5017141 bytes, checksum: f6710b7feafc480e38c456843606f8ba (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2011-01-13T17:35:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Claudio Ernesto Sebata.pdf: 5017141 bytes, checksum: f6710b7feafc480e38c456843606f8ba (MD5) / Made available in DSpace on 2011-01-13T17:35:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Claudio Ernesto Sebata.pdf: 5017141 bytes, checksum: f6710b7feafc480e38c456843606f8ba (MD5) Previous issue date: 2006-12 / O presente trabalho teve como objetivo elaborar uma proposta de ensino de geometria molecular do componente curricular Química do ensino médio associada à utilização de imagens. Essa proposta foi baseada em estudos geometria molecular e de teorias e/ou conceitos sobre imagens propostas por Carneiro, Cassiano, Duchastel e Waller e Moles. Os estudos sobre imagens no ensino de ciências indicam a inexistência de uma gramaticalidade da linguagem visual única, além de apontarem a necessidade de o professor explicar as imagens utilizadas em sala de aula. Além do desenvolvimento e aplicação da proposta de ensino de geometria molecular foram conduzidos dois estudos investigatórios. O primeiro consistiu na aplicação de um teste em uma turma de segundo ano do turno noturno de uma escola pública do DF que já havia estudado o conteúdo geometria molecular e de um pré-teste em uma turma de segundo ano dessa 0mesma escola que não havia estudado o referido conteúdo. Esse estudo teve como objetivo identificar dificuldades na compreensão desse conteúdo de Química e apontar possíveis conteúdos de outros componentes curriculares como matemática e artes que são necessários para sua compreensão. As análises desses testes indicaram que os alunos não foram capazes de identificar formas geométricas das moléculas e que não dominavam noções básicas de geometria espacial. A segunda investigação consistiu na avaliação da proposta desenvolvida, por meio da aplicação de um pósteste. A proposta foi desenvolvida em cinco aulas e foi ministrada na turma onde se aplicou o pré-teste. As estratégias de ensino utilizadas visaram desenvolver a capacidade do aluno em compreender conceitos básicos de geometria molecular. Os resultados do pós-teste indicaram que os alunos foram capazes de compreender grande parte das imagens utilizadas e do conteúdo de geometria molecular. Os resultados desses estudos demonstram o quanto é importante que se dê mais atenção às explicações das imagens utilizadas no ensino de Ciências principalmente quando essas possuem um nível maior de abstração. No caso de ensino de geometria molecular é fundamental que inicialmente o professor trabalhe com objetos de forma geométrica definida para que os alunos possam visualizar imagens tridimensionais em planos bidimensionais. Para isso, é importante que o professor trabalhe com conceitos de outros componentes curriculares como os de Matemática e Artes relativos à geometria, profundidade e sombra. Com base nos estudos realizados, apresentam-se, ao final, sugestões de procedimentos metodológicos para o ensino de geometria molecular no ensino médio. Não se trata de uma receita padronizada de passos, mas de um roteiro de princípios norteadores. Os estudos sobre imagens e linguagem visual foram fundamentais para a compreensão dessas constatações. Além disso, aponta-se nas considerações finais, a necessidade de desenvolvimento de outras investigações relativas ao ensino de geometria molecular. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This research had the objective make propose to learn molecular geometric in Chemistry to a High School in association with its images. This propose was based the theory or conceptions of images development for Carneiro, Cassiano, Duchastel e Waller and Molles. Researches about images in science education mean which no have a unique rule about visual language and indicate the real necessity to the teacher explain the images who use in the classrooms. This research developments an investigated research and a development and application of propose to learn molecular geometric in chemistry. The first part consisted a test in a high school classroom of night turn in a public school of DF which studied molecular geometric in Chemistry to indicate the students problems to comprehension this chemistry content and pointed other materials of other disciplines like mathematic and arts which are necessary to comprehension the molecular geometric conceptions. The analyses about this tests means which the students didnt capacity to identify molecular geometric forms and they dont know basic notions of special geometric. The second research was an analysis of the propose development using a pós-teste. The goal of the lessons was development the student capacity to comprehention basic conceptions of molecular geometric. The post-tests analysis indicated the students could be comprehention many images and the conceptions of molecular geometric. The results of these researches appointed is very important which the teacher has more attention to explain the images in a science educations, principally when these images have a high abstration level. In a geometric molecular learn is important the teacher, firstly, works objects which have geometric forms to the students cam see three-dimensions images in bi-dimensionals plans. So, is important which the chemistry teacher works conceptions of other disciplines like math and arts like geometric and draw (profundity and shadow). In the last party, based in the results of this research, some learn geometric molecular in high school procedures. It isnt a geometric molecular learn manual, but a line to the teachers have a direction to make their educational process in their schools. Studies about images and visual languages were fundamentals to comprehend theses conclusions. In a final considerations, means a necessity to development others researches about molecular geometric learn.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-11T19:36:00Z No. of bitstreams: 1 2009_DenioSouzaCosta.PDF: 8263668 bytes, checksum: 212fab8575367d0f0ec33311dc10f5c3 (MD5) / Rejected by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com), reason: Abstract não confere com o arquivo. on 2010-04-19T20:11:19Z (GMT) / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-04-22T12:37:46Z No. of bitstreams: 1 2009_DenioSouzaCosta.PDF: 8263668 bytes, checksum: 212fab8575367d0f0ec33311dc10f5c3 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-11T15:07:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_DenioSouzaCosta.PDF: 8263668 bytes, checksum: 212fab8575367d0f0ec33311dc10f5c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-11T15:07:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_DenioSouzaCosta.PDF: 8263668 bytes, checksum: 212fab8575367d0f0ec33311dc10f5c3 (MD5) Previous issue date: 2009-03 / O complexo quiral Nb-esparteína foi preparado a partir de NbCl5 e o ligante bidentado (-)-esparteína. Este complexo foi caracterizado por espectroscopia de infravermelho, RMN-1H e 13C, sendo que ainda não foi possível determinar a estrutura desse complexo por difração de raios-X. Este complexo foi aplicado como catalisador quiral na reação de alquilação de Friedel-Crafts (ou adição de Michael) entre indol e chalcona e na reação de Henry (ou nitroaldol) entre o nitrometano (ou nitroetano) e aldeídos diversos. Nas reações de adição de indol a chalconas, o complexo Nb-esparteína foi utilizado em quantidades subestequiométricas e atuou mediando a adição do indol à chalcona 100. O produto resultante foi formado em rendimentos que variaram de 32 a 67%. O complexo Nb-esparteína não conseguiu induzir quiralidade na formação desse aduto. Na reação de nitroaldol, quantidades catalíticas do complexo Nbesparteína foram eficientes na formação do aduto de Henry entre nitrometano e benzaldeído. Descobriu-se que dependendo da ordem de adição dos reagentes, se faz necessário o uso de um co-catalisador básico para que o produto seja formado. Foram testadas diversas condições reacionais com o intuito de otimizar o rendimento e o excesso enantiomérico obtido. De fato, quando se utilizou Et3N (Método A), os rendimentos variaram de 9 a 99% e os excessos enantioméricos variaram de 26 a 88%. Pelo Método B, sem o uso de base, os rendimentos variaram de 57 a 99% e os excessos enantioméricos variaram de 26 a 58%, sendo que nesses casos a reação só funcionou em EtOH. O complexo Nb-esparteína também foi aplicado nas reações entre nitrometano e outros aldeídos aromáticos e alifáticos. Já nas reações entre nitroetano e benzaldeído, também foi avaliada a diastereosseletividade do produto, que variou de 61,4:38,6 a 71,1:28,9 em favor do isômero syn. Os rendimentos variaram de 39 a 96% e os isômeros anti e syn foram obtidos de forma racêmica. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The chiral Nb-sparteine complex was prepared from NbCl5 and the bidentate ligand (-)-sparteine. This complex was characterized by infrared spectroscopy, 1H and 13C-NMR, but it was not possible to resolve the structure of this complex by X-ray diffraction. This complex was used as chiral catalyst in the Friedel- Crafts alkylation reaction (or Michael addition) between indole and chalcone and Henry reaction (or nitroaldol) between nitromethane (or nitroethane) and aldehydes. In the reactions of the addition of indole to chalcones, the Nbsparteine complex was used in substoichiometric quantities and efficiently mediated the addition of indole to chalcone 100. The resulting product was formed in yields ranging from 32 to 67%. The Nb-sparteine complex failed to induce chirality in the formation of this adduct. In the nitroaldol reaction, catalytic amounts of the Nb-sparteine complex were efficient in the formation of the Henry adduct between benzaldehyde and nitromethane. It was found that depending on the order of addition of reagents, it is necessary to use a basic co-catalyst to form the product. We tested different reaction conditions in order to optimize the yield and enantiomeric excesses obtained. In fact, when using Et3N (Method A), yields ranged from 9 to 99% while enantiomeric excesses ranged from 26 to 88%. For Method B, without the use of base, yields ranged from 57 to 99% and enantiomeric excesses ranged from 26 to 58%, but in such cases the reaction worked only in EtOH. The complex was also applied to reactions between nitromethane and aromatic and aliphatic aldehydes. In these reactions, the diastereoselectivities of the product were also evaluated, which ranged from 61.4:38.6 to 71.1:28.9 in favor of the syn isomer. The yields ranged from 39 to 96% and the anti and syn isomers were obtained in racemic form.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2009. / Submitted by Washington da Silva Chagas (washington@bce.unb.br) on 2011-04-08T22:01:47Z No. of bitstreams: 1 2009_AlexandreAdrianoNevesdePaula.pdf: 2060811 bytes, checksum: 3d83cdcea3d3a462702b9f2f3086db68 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2011-04-14T23:49:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_AlexandreAdrianoNevesdePaula.pdf: 2060811 bytes, checksum: 3d83cdcea3d3a462702b9f2f3086db68 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-14T23:49:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_AlexandreAdrianoNevesdePaula.pdf: 2060811 bytes, checksum: 3d83cdcea3d3a462702b9f2f3086db68 (MD5) / Neste trabalho apresentamos um estudo sobre novos candidatos a inibidores da acetilcolinesterase obtidos a partir de um lipídio fenólico não-isoprenóide do líquido da casca da castanha de caju (Anacardium occidentale). Foram investigados, através do cálculo de estrutura eletrônica, dois Padrões de Estrutura Molecular (PEM) derivados do cardanol: um composto por 15 moléculas construídas a partir do PEM2 com os grupos substituintes metila, acetila, N,N-dimetilcarbamoíla, N,N-dimetilamina, N,N-dietilamina, pirrolidina, piperidina e N-benzilamina e outro composto por 20 moléculas derivadas do PEM3 substituindo fragmentos que fariam interação com a serina200 (S200) e do triptofano84 (W84) pelos anéis de 5 e 6 membros. As propriedades eletrônicas, tais como energias (HOMO-1, HOMO, LUMO, LUMO+1 e derivados), distribuições de cargas (anel benzênico, oxigênio 56, carbono 11 e nitrogênio das aminas secundárias) entre outras, foram obtidas usando os níveis de cálculos RHF e B3LYP com os conjuntos de funções de base 6-31G, 6-31G(d), 6-31+G(d),6-311G(d,p) 6-311G(2d,p) e 6-311+G(2d,p). Os resultados obtidos revelam que os derivados do PEM2, formadas com as substituições acetila, N,N-dimetilformamida, N,N-dimetilamina e pirrolidina, são as estruturas que mais se correlacionam com o fármaco amplamente utilizado como inibidor da acetilcolinesterase contra a doença de Alzheimer (rivastigmina). Com relação aos derivados do PEM3 os compostos que melhor se correlacionam com a rivastigmina foram as estruturas PEM3-01, PEM3-03, PEM3-06 e PEM3-19. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work is presented a study about new potential candidates of acetylcholinesterase (AChE) inhibitors designed from cardanol, a non-isoprenoid phenolic lipid of cashew Anacardium occidentale nut-shell liquid. From electronic structure calculations were investigated two molecular structure models (PEM): the first is formed by 15 molecules derivatives from the cardanol (PEM2) using the groups methyl, acetyl, N,N-dimethylcarbamoyl, N,N-dimethylamine, N,N-diethylamine, piperidine, pyrrolidine, and N,N-methylbenzylamine; while the second is formed by 20 molecules derivatives from cardanol (PEM3) substituting the fragments that interacts with ser200 and W84 sites by rings with 5 and 6 species. Electronic properties, such as, energies (HOMO, LUMO, HOMO-1, LUMO+1 and derivatives) and charge distributions were performed at RHF and B3LYP levels using 6-31G, 6-31G(d), 6-31+G(d),6-311G(d,p) 6-311G(2d,p) and 6-311+G(2d,p) basis functions. The obtained results indicated that the PEM2 structures with substitution by acetyl, N,Ndimethylcarbamoyl, N,N-dimethylamine, and pyrrolidine groups PEM3 were better correlated to rivastigmine and represent possible AChE inhibitors against Alzheimer disease. In relation to PEM3 molecular structure model the compounds that presented a significant contribution in the recognition by AChE were PEM3-01, PEM3- 03, PEM3-06 e PEM3-19.

Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006. / Submitted by Patrícia Nunes da Silva (patricia@bce.unb.br) on 2011-06-13T21:06:13Z No. of bitstreams: 1 2006_Caroline Rodrigues Alves Valois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2011-06-13T21:06:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Caroline Rodrigues Alves Valois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-13T21:06:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Caroline Rodrigues Alves Valois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / O presente estudo avaliou a expressão das moléculas de adesão celular (CAMs): L-selectina, P-selectina, E-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1, integrina-ß1, VLA-4 e VCAM-1 durante a migração transendotelial dos leucócitos no pulmão. Para isto, utilizou-se um modelo animal de inflamação pulmonar induzida por fluido magnético contendo nanopartículas magnéticas recobertas com ácido meso-2,3-dimercaptosuccínico (FM-DMSA). As análises foram realizadas em camundongos nos períodos de 4 e 12 horas após a administração do FM-DMSA e em animais controles. A atividade migratória induzida experimentalmente foi investigada por meio de lavagem bronco-alveolar. Microscopia de luz foi utilizada para verificar a distribuição de agregados de nanopartículas magnéticas e análise da morfologia do órgão. A expressão das CAMs foi investigada por meio de imunofluorescência indireta em cortes por congelação. De acordo com os resultados obtidos, o FM-DMSA estimula a migração transendotelial dos leucócitos nos períodos de 4 e 12 horas, com o mínimo de dano a esse órgão. L-selectina, P-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1 e VLA-4 participam da migração transendotelial dos leucócitos tanto na presença de um estímulo inflamatório como em condições fisiológicas, enquanto que E-selectina, integrina-ß1 e VCAM-1 são encontradas apenas diante de um estímulo inflamatório. L-selectina, P-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1, integrina-ß1 e VCAM-1 participam da migração transendotelial dos leucócitos em sítios pós-capilares e na microvascularização, enquanto que E-selectina e VLA-4 são encontradas apenas em sítios pós-capilares. E-selectina e LFA-1 têm seus níveis de expressão alterados em função do tempo. As vias de migração transendotelial CD18-dependente (integrina-ß2, Mac-1 e LFA-1) e CD18-independente (integrina-ß1 e VLA-4) podem contribuir mutuamente para a migração dos leucócitos no pulmão.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2011-06-22T20:38:21Z No. of bitstreams: 1 2006_CarolineRodriguesAlvesValois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Guilherme Lourenço Machado(gui.admin@gmail.com) on 2011-06-28T13:12:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_CarolineRodriguesAlvesValois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-28T13:12:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_CarolineRodriguesAlvesValois.pdf: 4050500 bytes, checksum: e24587952fb64433bb9c2f5df84921d0 (MD5) / O presente estudo avaliou a expressão das moléculas de adesão celular (CAMs): L-selectina, P-selectina, E-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1, integrina-ß1, VLA-4 e VCAM-1 durante a migração transendotelial dos leucócitos no pulmão. Para isto, utilizou-se um modelo animal de inflamação pulmonar induzida por fluido magnético contendo nanopartículas magnéticas recobertas com ácido meso-2,3-dimercaptosuccínico (FM-DMSA). As análises foram realizadas em camundongos nos períodos de 4 e 12 horas após a administração do FM-DMSA e em animais controles. A atividade migratória induzida experimentalmente foi investigada por meio de lavagem bronco-alveolar. Microscopia de luz foi utilizada para verificar a distribuição de agregados de nanopartículas magnéticas e análise da morfologia do órgão. A expressão das CAMs foi investigada por meio de imunofluorescência indireta em cortes por congelação. De acordo com os resultados obtidos, o FM-DMSA estimula a migração transendotelial dos leucócitos nos períodos de 4 e 12 horas, com o mínimo de dano a esse órgão. L-selectina, P-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1 e VLA-4 participam da migração transendotelial dos leucócitos tanto na presença de um estímulo inflamatório como em condições fisiológicas, enquanto que E-selectina, integrina-ß1 e VCAM-1 são encontradas apenas diante de um estímulo inflamatório. L-selectina, P-selectina, integrina-ß2, Mac-1, LFA-1, integrina-ß1 e VCAM-1 participam da migração transendotelial dos leucócitos em sítios pós-capilares e na microvascularização, enquanto que E-selectina e VLA-4 são encontradas apenas em sítios pós-capilares. E-selectina e LFA-1 têm seus níveis de expressão alterados em função do tempo. As vias de migração transendotelial CD18-dependente (integrina-ß2, Mac-1 e LFA-1) e CD18-independente (integrina-ß1 e VLA-4) podem contribuir mutuamente para a migração dos leucócitos no pulmão.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2011. / Submitted by Gabriela Ribeiro (gaby_ribeiro87@hotmail.com) on 2011-06-27T17:22:09Z No. of bitstreams: 1 2011_VíctordeSouzaBonfim.pdf: 518855 bytes, checksum: ac5b6481e82a2c562ea2cfb87e2b5717 (MD5) / Approved for entry into archive by Guilherme Lourenço Machado(gui.admin@gmail.com) on 2011-07-15T12:27:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_VíctordeSouzaBonfim.pdf: 518855 bytes, checksum: ac5b6481e82a2c562ea2cfb87e2b5717 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-07-15T12:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_VíctordeSouzaBonfim.pdf: 518855 bytes, checksum: ac5b6481e82a2c562ea2cfb87e2b5717 (MD5) / Por ser uma das mais novas alternativas em termos de métodos de cálculo ab initio, o Monte Carlo Quântico (MCQ) está mais propenso a desenvolvimento que os métodos mais tradicionais. Uma sugestão recente para o desenvolvimento do MCQ propõe o uso da Matriz Densidade no Monte Carlo Quântico (MCQ-D). Neste trabalho, utilizamos a proposta MCQ-D para descrever a curva de energia potencial (CEP) de alguns sistemas moleculares diatômicos: o H2, o LiH e o HeH+. Para isso, empregamos duas abordagens de MCQ-D: o Monte Carlo Variacional com Matriz Densidade (MCV-D) e o Monte Carlo de Difusão com Matriz Densidade (MCD-D). Para o H2, dois conjuntos de funções de base foram empregados para investigar a influência da qualidade da função de onda no resultado dos cálculos MCQ-D, tanto na abordagem MCV-D como na MCD-D. Verificamos, para cada sistema estudado, que a qualidade da CEP descrita por MCV-D é similar à descrição feita pelo método RHF para a mesma base, enquanto a CEP descrita por MCD-D é essencialmente coincidente com os resultados mais exatos disponíveis na literatura. Também utilizamos o método MCQ-D para descrever a estrutura eletrônica do íon molecular H3 +, que constitui o exemplo mais simples encontrado na natureza de uma ligação envolvendo três centros atômicos e dois elétrons. A metodologia que empregamos mostrou-se capaz de prever a estabilidade desse íon com sucesso. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Quantum Monte Carlo (QMC) is more likely to be developed than more traditional methods once it is one of the newest alternatives in terms of ab initio methods. A recent suggestion for the QMC development proposes the use of Density Matrix in Quantum Monte Carlo (D-QMC). Here, we used D-QMC to describe the potential energy curve (PEC) of some diatomic molecular systems: H2, LiH and HeH+. For this purpose, we employed two D-QMC approaches: Variational Monte Carlo with Density Matrix (D-VMC) and Diffusion Monte Carlo with Density Matrix (D-DMC). For H2, two basis sets were employed to investigate the influence of the wave function quality on the D-QMC calculation results in both D-VMC and D-DMC approaches. For every system studied, we found that the quality of PEC described by D-VMC is similar to the description given by the RHF method for the same basis set, while the PEC described by D-DMC is essentially coincident with the most accurate literature available results. We also applied the D-QMC method to describe the electronic structure of the H3 + molecular ion, which is the simplest example of three atomic centers and two electrons bond found in nature. The methodology we employed was able to predict this ion stability with success.

Orientador: Elso Drigo Filho / Banca: Rogério Custodio / Banca: Jorge Chahine / Resumo: Nesse trabalho o estado fundamental para a molécula de H2 é calculado usando o método variacional. A abordagem proposta aqui usa a função de onda molecular do tipo Valence Bond (VB), escrita como sendo a soma do termo de valência com o termo iônico, sendo ao último dado um peso diferente em relação ao primeiro. A molécula é confinada em uma caixa elipsoidal impenetrável. Como uma primeira aproximação esse tipo de geometria pode ser usada para simular moléculas dentro de cavidades proteicas. Os orbitais atômicos são construídos através de sugestões inspiradas no método de fatorização da equação de Schrödinger. A polarizabilidade, momento de quadrupolo e os autovalores de energia para a parte vibracional também são calculados. O objetivo desse trabalho é propor uma função de onda simples, em comparação com as encontradas na literatura, para a molécula de hidrogênio confinada. Os resultados numéricos estão de acordo com os encontrados na literatura e levam à discussão de quanto o termo iônico é relevante para o sistema estudado / Abstract: The ground state energies for the confined H2 molecules are computed by using the variational method. The approach proposed here uses the wave function molecular of the type Valence Bond (VB), written as the sum of the covalent term with ionic term, for last term is given a weight different in relation the first term. The molecules are confined in impenetrable prolate spheroidal boxes. In first approach this system can be used for simulate molecules in protein cavities. The atomic orbitals are built from previous suggestion inspired from the factorization of Schrödinger equation. The aim of this work is to propose a new simple and efficient wave function to be used for confined hydrogen molecule. The polarizability, quadrupole moment and vibrational states are also calculated. The results obtained are in agreement with other results presents in the literature and they lead to discussion about of relevance of ionic term in the wave function / Mestre

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesis_Baptista_LPR.pdf: 17392105 bytes, checksum: cc35fa1188cd3dff14124658b1799f05 (MD5) Previous issue date: 2011-06-29 / A Leishmaniose é uma doença infecciosa causada por protozoários do gênero Leishmania. Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), cerca de 12 milhões de pessoas estão atualmente infectadas com Leishmaniose. Destes, aproximadamente 90% dos casos ocorrem em países em desenvolvimento, caracterizando-a claramente como uma doença negligenciada. Casos de resistência aos principais medicamentos foram relatados em diferentes países, reafirmando a necessidade de pesquisa e desenvolvimento de novas drogas para o tratamento desta doença. A ribose-5-fosfato isomerase (Rpi), uma importante enzima da via da pentose fosfato, catalisa a interconversão de D-ribose-5-fosfato (R5P) e D-ribulose-5-fosfato (Ru5P). É conhecido que existem dois tipos de Rpi: o tipo B (RpiB) é mais comumente encontrado em procariotos (presente no genoma de Leishmania major) enquanto o tipo A (RpiA) é principalmente encontrado em eucariotos (ausenteno genoma de Leishmania major). Considerando que RpiB não é encontrada em eucariotos superiores, esta enzima pode se tornar um importante alvo para o desenvolvimento de novas drogas antileishmania. Neste trabalho, as estruturas tridimensionais (3D) da Rpi do parasita L. major (LmRpiB) e a RpiA do hospedeiro (Homo sapiens, HsRpiA) foram modeladas usando uma metodologia híbrida combinando modelagem comparativa e ab initio. De posse das estruturas tridimensionais das duas enzimas, foram realizados os seguintes estudos: (i) caracterização e comparação das propriedades físico-químicas dos sítios catalíticos; (ii) validação dos modelos através de estudos de atracamento molecular para predição do modo de ligação de substratos; (iii) estudos de triagem virtual de compostos para determinação de possíveis candidatos a fármacos seletivos. Os resíduos do sítio ativo em ambas as enzimas foram caracterizados quanto ao seu estado de protonação. Os resultados obtidos sugerem que a LmRpiB segue o mecanismos de reação descrito atualmente na literatura. Entretanto, para a enzima HsRpiA foi encontrada uma diferença significativa no estado de protonação do resíduo catalítico Glu182. Foram verificadas diferenças importantes nos volumes de distintos sítios ativos em cada enzima relacionadas a diferenças na acessibilidade ao solvente de resíduos carregados positivamente. Os estudos de atracamento mostraram que em LmRpiB a correta orientação dos substratos _e altamente sensível a variações na posição destes resíduos. Finalmente, ambas estruturas, utilizando os resultados da caracterização dos sítios ativos, foram utilizadas em experimentos de triagem virtual empregando um conjunto de 1202 compostos do banco de ligantes ZINC. Os melhores compostos candidatos a inibidores de LmRpiB foram analisados levando-se em conta a sua seletividade frente a enzima HsRpiA.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Isabella_Final.pdf: 20727738 bytes, checksum: dd3b20329660c2fe2868a6796b23e869 (MD5) Previous issue date: 2011-07-15 / The protein kinases are responsible for regulating various biological mechanisms. The active protein kinase can phosphorylate several substrates and proteins in the body, having an important role in regulating biological functions. The lack of phosphorylation in the process of this family of proteins is associated with various diseases such as cancer, diabetes and rheumatoid arthritis. The human genome contains approximately 478 different kinase genes. Among these, the protein kinases IKK-2 and MAPKp38 are considered potential targets for developing anti-inflammatory drugs. In this work, we used the techniques of comparative modeling and molecular docking for a better understanding of the molecular characteristics and properties which can confer potency and selectivity to the inhibitors described in the literature for these two enzymes. The three-dimensional models built for the IKK's (1 and 2) made possible the understanding of special features available in these enzymes. The study of molecular docking with inhibitors allowed to infer important information about the characteristics of the binding modes that give potency and selectivity to the compounds tested. Regarding MAPKp38, cross-docking studies showed that the conformational change of the A-loop of this enzyme has a profound influence on the results of molecular docking of the inhibitors tested. The success rates of sets of structures of the enzyme were estimated, in order to indicate the combinations of structures that could achieve greater accuracy in real ensemble docking experiments. / As proteínas cinases são responsáveis pela regulação de diversos mecanismos biológicos. A proteína cinase ativa é capaz de fosforilar os substratos e diversas proteínas do organismo, tendo um importante papel na regulação das funções biológicas. O descontrole no processo de fosforilação dessa família de proteínas está associado com diversas doenças, como câncer, diabetes e atrite reumatoide. O genoma humano contém aproximadamente 478 diferentes genes de cinases. Dentre estas, as proteínas cinases IKK-2 e MAPKp38 são consideradas como potenciais alvos para o desenvolvimento de fármacos anti-inflamatórios. Neste trabalho, foram utilizadas as técnicas de modelagem comparativa e atracamento molecular para obter um melhor entendimento das características e propriedades moleculares que podem conferir potência e seletividade aos inibidores descritos na literatura para estas duas enzimas. Os modelos tridimensionais construídos para as IKK s (1 e 2) tornaram possível o entendimento de características especiais existentes nessas enzimas. O estudo de atracamento molecular de inibidores possibilitou inferir informações importantes com relação às características dos modos de ligação que conferem potência e seletividade aos compostos testados. Com relação à MAPKp38, os estudos de crossdocking demonstraram que a variação conformacional do A-loop desta enzima exerce grande influência nos resultados de atracamento molecular em inibidores potentes. Conjuntos de estruturas da enzima tiveram as taxas de sucesso estimadas, com o objetivo de indicar as combinações de estruturas que poderiam obter a maior acurácia em experimentos reais de ensemble docking.