Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 416220.pdf: 5780942 bytes, checksum: 72898bdecabb1e0a005cf610ebdcc238 (MD5) Previous issue date: 2009-06-29 / O c?ncer cervical ? um problema que vem afetando cada vez mais mulheres de todo o mundo e, se n?o detectado em tempo, pode resultar em alta taxa de letalidade. Virtualmente todos os c?nceres cervicais t?m como agente causal essencial o Papilomav?rus Humano (HPV). A Organiza??o Mundial da Sa?de (OMS) estima que cerca de 660 milh?es de pessoas s?o infectadas todos os anos, al?m de ser o v?rus que causa Doen?as Sexualmentes Transmiss?veis (DST) mais comum do trato genital. Os HPVs s?o subdivididos em v?rias categorias, sendo classificados por tipo e subtipo, grau de risco (alto e baixo risco) e pelo s?tio preferencial de infec??o (cut?neo, genital, etc). Os HPV genitais de alto risco (HR-HPV) dos tipos 16 e 18 s?o respons?veis por aproximadamente 70% dos casos de c?ncer cervical no mundo, com alguma diferen?a de preval?ncia dependendo da regi?o. Estudos t?m aumentado muito o conhecimento acerca destes v?rus nos ?ltimos anos, mas algumas quest?es ainda ficam em aberto devido a dificuldades t?cnicas e experimentais. Um foco recente importante dos estudos sobre estes v?rus tem sido buscar o entendimento sobre a estrutura e fun??es das oncoprote?nas E6 e E7 e seus alvos moleculares, com intuito de buscar novos alvos ou metodologias para o desenvolvimento de vacinas ou f?rmacos contra o HPV. Neste trabalho, buscamos complementar os trabalhos j? desenvolvidos na ?rea de modelagem estrutural da prote?na E6 de HPV 16, que tem como principal fun??o a condu??o de p53, prote?na celular supressora de tumores, ? degrada??o. O trabalho foi desenvolvido atrav?s de modelagem por homologia utilizando como molde o modelo experimental parcial mutado publicado por Nomin? et al (2006). O modelo obtido apresenta dois dom?nios parcialmente independentes (N- e C-terminal) ligadas por um conector central (linker) sem estrutura secund?ria definida. Apesar de a prote?na apresentar grande tend?ncia ? desordem intr?nseca, os dom?nios mantiveram a maior parte de suas topologias ao longo da simula??o em meio aquoso, indicando boa qualidade do modelo sugerido.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 416580.pdf: 11493064 bytes, checksum: d98f0a91360e40632c453a5a2de9275f (MD5) Previous issue date: 2009-07-21 / Esta pesquisa refere-se a um estudo computacional via simula??o por din?mica molecular (DM) que investiga os efeitos da temperatura na InhA, enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase do Mycobacterium tuberculosis (MTB). A temperatura pode interferir na estrutura e fun??o prot?icas, na habilidade de liga??o de uma prote?na, na distribui??o dos microestados, na conforma??o molecular m?dia e nas rea??es enzim?ticas. A partir do in?cio do s?culo XX, os experimentos in silico tem sido cada vez mais utilizados para auxiliar na compreens?o e comprova??o das hip?teses te?ricas elaboradas em diversas ?reas da ci?ncia. Neste contexto, a simula??o por din?mica molecular (DM) tem sido uma das t?cnicas da biof?sica molecular computacional utilizadas no estudo da varia??o das propriedades estruturais do estado nativo das prote?nas e no planejamento e design de f?rmacos. Esta pesquisa investigou o efeito da temperatura sobre a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (InhA) atrav?s de um estudo por simula??o pela DM (SDM). A enzima InhA ? um importante alvo para a isoniazida (INH), um dos f?rmacos utilizados no tratamento da tuberculose (TBC). O complexo enzim?tico InhA-NADH foi submetido a uma SMD a 25 ?C (298 K) e outra a 37 ?C (310 K) durante um per?odo de 20 ns. A temperatura de 37 ?C foi escolhida por corresponder ? temperatura corporal humana. Por outro lado, 25 ?C representa a temperatura ambiente utilizada nos experimentos realizados em condi??es normais de temperatura e press?o (NTP). Alguns par?metros iniciais (desvio m?dio quadr?tico, raio de giro, superf?cie acess?vel ao solvente) foram obtidos a partir da an?lise dos dados das duas trajet?rias. Existem diferen?as conformacionais estatisticamente significativas entre as estruturas 3D resultantes das SDM a 25 ?C e 37 ?C. Tamb?m pesquisou-se o efeito da temperatura sobre a flexibilidade molecular. Enquanto observamos um importante aumento da flexibilidade na regi?o de liga??o do vi substrato (al?a A, al?a B e al?a de liga??o do substrato) aos 37 ?C, as h?lices α6, α7 e α2 apresentaram Fatores-B menores na temperatura corporal humana. Na regi?o do s?tio de liga??o da coenzima, apenas tr?s res?duos (Ser20, Ile21 e Phe41) apresentaram uma menor flexibilidade com o aumento da temperatura. Pequenos aumentos de temperatura afetam significativamente a conforma??o de uma prote?na em regi?es importantes para o desempenho de suas fun??es. A eleva??o da temperatura aumenta a flexibilidade da estrutura prot?ica, por?m de forma heterog?nea, preservando regi?es que necessitam de maior estabilidade no aspecto funcional. As n?tidas modifica??es da enzima InhA e sua coenzima NADH durante um processo de altera??o de temperatura de 25 ?C para 37 ?C devem ser consideradas no decorrer do planejamento e design de qualquer f?rmaco. O conhecimento detalhado das estruturas alvo, portanto, deve levar em conta as condi??es ambientais (press?o, temperatura, pH) ?s quais ser?o submetidas em in vivo. Sugerem-se, para o futuro, pesquisas com temperaturas maiores e trabalhos com docking.

Orientador: Keizo Yukimitu / Banca: Antonio Medina Neto / Banca: Elso Drigo Filho / Resumo: Neste trabalho foram estudadas as propriedades ópticas de vidros teluretos do sistema (20-x)Li2O-80TeO2-xTiO2 com x = 0, 5, 10 e 15 mol%. Foram preparadas amostras para cada uma das composições através do convencional método de "meltquenting". Medimos, para cada amostra, o espectro de infravermelho e o espectro na faixa do ultravioleta-visível. Também obtemos os valores de índice de refração de cada amostra para diversos comprimentos de onda na faixa do visível. Para tanto, utilizamos um interferômetro de Michelson-Morley modificado. Medidas de densidade foram feitas utilizando-se o convencional método de Arquimedes. Por fim, foram feitas medidas do coeficiente térmico do caminho óptico através da interferometria. A análise estrutural foi feita através do espectro de infravermelho. Pode-se observar a tendência à formação de pirâmides trigonais em substituição às bipirâmides (encontradas no TeO2 cristalino) quando aumentamos a porcentagem de óxido de lítio. Uma análise qualitativa da absorção na faixa de interesse em comunicações ópticas (~1500 nm) foi feita através do espectro de infravermelho próximo, mostrando que nesta faixa temos a predominância do espalhamento Rayleigh, com o coeficiente de absorção proporcional a λ-4. Usando os dados da espectroscopia na faixa ultravioleta-visível foi possível observar a mudança das freqüências de corte para cada composição e ainda calcular a energia de gap e a energia de cauda de Urbach. Através do modelo clássico de osciladores harmônicos forçados de Wemple, os resultados de índice de refração foram interpretados. Buscou-se ainda relacionar as mudanças observadas para os valores medidos para cada composição com possíveis mudanças estruturais. Concluímos, usando as considerações de Wemple, que o aumento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In this work had been studied tellurite glasses's the optic properties of the system (20-x) Li2O-80TeO2-xTiO2 with x = 0, 5, 10 and 15 mol%. Samples for each one of the compositions through the conventional method of melt-quenting had been prepared. We measure, for each sample, the infra-red ray specter and the specter in the band of the ultraviolet-visible one. Also we get the values of refractive index of each sample for diverse wave lengths in the visible band. For in such a way, we use a modified interferometer of Michelson-Morley. Measures of density had been made using the conventional method of Archimedes. Finally, they had been made measured of the thermal coefficient of the optic way through the interferometry. The structural analysis was made through the infra-red ray specter. The trend to the formation of trigonais pyramids in substitution to the bipyramids can be observed (found in the crystalline TeO2) when increases the lithium oxide percentage. A qualitative analysis of the absorption in the band of interest in optic communications (~1500 nm) was made through the infra-red ray specter, showing that in this band we have the predominance of the Rayleigh scattering, with the coefficient of absorption proportional to λ-4. Using the data of the spectroscopy in the ultraviolet-visible band to each composition was possible to observe the change of the cut-off frequencies and still to calculate the energy of gap and the energy of Urbach. Through the classic model of forced harmonic oscillators of Wemple, the results of refractive index had been interpreted. We still searched to relate the changes observed for the values measured for each composition with possible structural changes. We conclude, using the considerations of Wemple, that the increase for the values of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Parâmetros teóricos obtidos pela otimização de geometria da estrutura molecular em fase gasosa com o método quântico semi-empírico PM3, foram usados para correlacionar constantes de partição (log Poct; log Pc16 e log Pcic) para uma série de 700 solutos, considerando como referência as LSER obtidas com os parâmetros experimentais dos solutos: acidez (Σα2), basicidade (Σβ2), e dipolaridade/polarizabilidade (π2) de ligação de hidrogênio; refração molar de excesso (R2) e volume característico (Vx). Os parâmetros avaliados foram: as energias HOMO e LUMO; o momento de dipolo elétrico e as cargas atômicas parciais do hidrogênio mais positivo e do átomo mais negativo (classe IV - modelo CM1 ); e o índice de polarizabilidade como proposto por Famini e col.. Estes parâmetros teóricos, juntamente com Vx, são adequadas para serem utilizados em LSER na correlação dos valores de log P. Para a maioria dos solutos considerados, as quantidades eletrostáticas q+ , Ιq-Ι e µ descrevem adequadamente os termos de acidez, basicidade e dipolaridade de ligação de hidrogênio, o que não ocorre para solutos com mais de um polo positivo ou negativo relevante, como hidroquinona, nem para solutos como 2-nitrofenol com capacidade de formar ligação de hidrogênio intramolecular. As LSER para log Poct; log Pc16 e log Pcic com estes parâmetros teóricos são quimicamente consistentes. Cargas atômicas parciais, largamente usadas qualitativamente para descrever a reatividade de compostos e de grupos funcionais, podem ser usadas como descritor quantitativo de interações moleculares em estudos de solubilização, o primeiro estágio, que governa muitas reações químicas. / Semiempirical quantum theoretical parameters, obtained from PM3 geometry optimization method in gas-phase for a wide range of 700 solutes, were used to correlate experimental partition coeficients (log Poct; log Pc16 and log Pcyc), bearing as reference the LSER with experimentally derived parameters: Hydrogen bond acidity (Σα2), basicity (Σβ2) , and dipolarity/polarizability (π2); excess molar refraction and characteristic volume (Vx). Theoretical quantities tested includes: HOMO and LUMO energies; class IV, CM1 model atomic partial charges (q+ and Ιq-Ι) and dipole moment (µ); Famini\'s polarizability index (πF); and Vx. Those quantum derived quantities can successfully be used, jointly with Vx, to correlate log P values in the LSER approach. For most of the considered solutes, electrostatic quantities q+, Ιq-Ι and µ describes fairly well Hydrogen bond acidity, basicity and dipolarity terms, but do not describe hydrogen bond terms for solutes with more than one relevant positive or negative centers, like hydroquinone, nor solutes like 2-nitrophenol wich forms intramolecular hydrogen bond when in condensed phases. LSER with those theoretical parameters for log Poct, log Pc16 and log Pcic are chemically consistent. Atomic partial charges, widelly used to describe compounds and functional group reactivity in a qualitative way, can be used as a quantitative descriptor of molecular interactions in solubility, the first step wich drive a lot of chemical reactions.

Ligações de hidrogênio é um tema que tem despertado o interesse da comunidade científica desde o final do século XIX. Sua importância é enorme nos processos ligados à vida, como por exemplo na estabilização das estruturas de DNA e na manutenção da água em seu estado líquido. Várias metodologias teóricas foram desenvolvidas para o estudo de sistemas moleculares e das ligaçõas de hidrogênio, entre elas está o emprego de cálculos de teoria de perturbação de muitos corpos (MBPT). Uma alternativa aos cálculos moleculares com MBPT, que tem crescido em termos de aplicação e confiança, é o emprego da teoria do funcional da densidade (DFT). Nesta tese, calculamos propriedades de sistemas hidrogênio-ligados em clusters e líquidos, usando ambas as metodologias DFT e MBPT. Entre as propriedades consideradas estão constantes rotacionais, momentos de dipolo, energias de ligação, deslocamentos espectroscópicos quando da formação do complexo e espalhamento de luz. Parte desta tese é dedicada a salientar as diferenças entre as propriedades de um cluster otimizado e a estrutura de um líquido gerada por simulação de Monte Carlo. Comparamos os resultados obtidos para o complexo uréia-água nestas duas situações e reforçamos o fato de que líquido e cluster são situações físicas distintas, cujas propriedades também são diferentes. Os sistemas estudados foram HCN, CH IND. 3CN, HC IND. 3N, HC IND. 2NC, HCN...H IND. 2O, CH IND. 3CN...H IND.2O, (CH IND. 3) IND.3CCN...H IND. 2O e (NH IND. 2) IND. 2CO...H IND. 2O. Dos resultados obtidos nesta fase, verificamos que DFT é de fato uma alternativa completamente viável para a obtenção de propriedades de moléculas e biomoléculas hidrogênio-ligadas. / Hydrogen bonding is a topic of interest in the scientific community since the end of the XIX century. Its importance is enormous in processes related to life as, for example, the stabilization of DNA structures and the maintenance of water in its liquid state. Several theoretical methodologies were developed to study molecular systems and hydrogen bonds, among them is the use of many-body perturbation theory (MBPT). An alternative to MBPT, that has gained confidence, is the employment of the density functional theory (DFT). In the present thesis we calculate properties of hydrogen-bonded systems in clusters and liquids using both methodologies, DFT and MBPT. Among the properties considered are rotational constants, dipole moments, biding energies, spectroscopic shifts upon complex formation and light scattering. Part of this thesis is dedicated also to point out the difference between the properties of an optimized cluster and a liquid structure generated by Monte Carlo simulation. We compare the results obtained for the urea-water complex in these two situations and reinforce the fact that liquid and cluster are different physical situations, whose properties are also different. The systems studied were HCN, CH IND.3CN, HC IND.3N, HC IND.2NC, HCN H IND.2O and (NH IND.2)IND.2CO H IND.2O. from the results obtained in this thesis, we verify that DFT is indeed feasible to obtain properties of hydrogen bonded molecules and biomolecules.

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Essa característica peculiar de ajuste das propriedades eletrônicas de acordo com a geometria, somada às dimensões reduzidas, gerou uma grande corrida tecnológica com o objetivo de se desenvolver dispositivos eletrônicos (diodos, transistores, portas lógicas, displays,...) a partir de DD. Algumas aplicações interessantes referem-se à utilização de DD como: antenas mediante a modificação das propriedades de impedância dos DD na presença de espécies químicas, pinças e ponta de prova de microscópio, base para baterias de lítio, nanoguias de ondas, entre outras. A proposta deste trabalho se baseia em investigar as mudanças de comportamento de funcionamento desta classe de antenas DD puras e dopadas na presença de campo elétrico externo. Para isso, são modificadas as regiões terminais que está associado com os parâmetros que definem o DD. Nesse trabalho, será mostrado a estrutura eletrônica de DD puro e dopado na presença de campo elétrico externo utilizando as aproximações derivadas do método de Hartree-Fock. Nesse método, o DD é obtido da estrutura do precursor otimizada por método de mecânica molecular. A investigação de DD tem como objetivo calcular sua estrutura eletrônica via Hartree-Fock semiempíricos (AM1) e Zindo/S-CI) e ab initio quando convenientes para pequenos oligômeros. Isto é importante para o conhecimento e análise de quais propriedades estruturais estão relacionadas com o mecanismo de transporte eletrônico molecular. A análise empírica de Millikan-Laurtisen (ML) e Fowler-Nordheim (FN) também é apresentada para o melhor detalhamento do transporte eletrônico, com o objetivo de demonstração da assinatura eleltrônica de DD para utilização de nano-antenas de dendrímeros. / Structures named derivatives dendrimers (DD) have fascinating electronics proprieties. From the technological point of view, they are completely different from those ones obtained only by their basics constituents and with discrete states of conductivity, which emerges from the points of Fermi's surroundings. One preponderant factor of the engineering of the DD is its dimensionality. Experiments using molecular spectroscopy (Raman) and high resolution microscopy (TEM, AFM and STM) confirmed the nature n-D of their electrons. They concluded that the dimensionality of one DD has a deep influence on its physics properties. This peculiar characteristic of electronics properties adjusts according to the geometry, along with the reduced dimensions, created a huge technological race, aiming to develop electronic devices (diodes, transistors, logical doors, displays,…) from DD. Some interesting applications refers to the usage of the DD as: antennas, by the DD’s impedance properties modifications in the presence of chemical species, clamps and the microscope probe, basis for lithium batteries, waves of nanoguides, and others. The study’s proposal is based on investigate the behavior’s changes of function of this classes of antennas DD pure and doped, in the presence of an extern electric field. For that, the terminals regions, which are associated with the parameters the defined the DD, will be modified.In this study, will be shown the DD’s electronics structures pure and doped, in the presence of an extern electric field, using the derived approaches from Hartree-Fork’s method. Therefore, using this method, the DD is obtained from the precursor structure, optimized by the molecular mechanical method.The DD’s investigation aims to calculate its electronic structure via Hartree-Fock semi empirical (AM1 and Zinco/S-CI) and ab initio, when convenient for little oligomers. This is important for the knowledge and analysis of which structural properties are related with the molecular electronic transport’s mechanism. The empirical analysis of Millikan-Laurtisen (ML) and Fowler-Nordheim (FN), it's also presented for better detailing of the electronic transport , in order to demonstrate the DD’s electronic signature, for the usage in dendrimers antennas.

O objetivo deste trabalho é descrever a estrutura eletrônica da espécie diatôrnica BeMg, utilizando métodos ab initio multiconfiguracionais. A primeira descrição teórica da espécie BeMg foi feita por Chiles e Dykstra em 1982, empregando os métodos SCF, CCD e CEPA. Naquele trabalho, os autores propuseram que a estrutura eletrônica do BeMg seria intermediária entre a apresentada pelas espécies Be2 e Mg2. Em 1994, Boldyrev et al. empregaram o método QCISD e conjuntos de bases atômicas do tipo 6 - 311 + G* para calcular a distância de equilíbrio do BeMg. Até onde sabemos, não existe nenhum outro estudo téorico, nem experimental, sobre esta espécie. Apesar dos esforços anteriores, devido à natureza dos átomos envolvidos, para descrever com maiores detalhes e precisão não somente o estado fundamental, mas também diferentes estados eletrônicos excitados, é necessário empregar métodos ab initio multiconfiguracionais, fato explicitamente reconhecido por Boldyrev et al. Em 1994. No presente trabalho, as curvas de energia potencial para os estados eletrônicos energeticamente mais baixos, que correlacionam com os primeiros quatro canais de dissociação, da espécie BeMg foram descritas teoricamente empregando conjunto de bases atômicas do tipo cc-pVQZ e funções de onda do tipo CASSCF/MRCI. Todos os orbitais de valência, além de um conjunto adicional de funções de correlação do tipo s e p foram incluídos no espaço ativo. Diversas constantes espectroscópicas também foram calculadas para os estados eletrônicos selecionados. O estado fundamental foi caracterizado como de simetria 1Σ+ e fracamente ligado (De = 0,05 eV), possuindo consequentemente uma distância internuclear de equihbrio relativamente longa (3, 30 Å, ωe = 44, 2 cm-1). É interessante notar que nos trabalhos anteriores a distância internuclear de equilíbrio do estado fundamental foi calculada com sendo 4, 5 Å e 5,1 Å, por Chiles e Dykstra e Boldyrev et al., respectivamente. Os dois primeiros estados excitados são o a3II (Re = 2,416 Å, Te = 11029 cm-1) e o b3 Σ+ (Re = 2,578 Å, Te = 11058 cm-1), ambos com energia de dissociação igual a 1,28 eV. / The first theoretical description of BeMg (using the SCF, CCD, and CEPA methods) was done by Chiles and Dykstra in 1982, when it was proposed that its electronic structure would be intermediate to Be2 and Mg2. In 1994, Boldyrev et al., using the QCISD method and 6 - 311+G* basis sets, presented other results on this diatomic species. To the best of our knowledge, there are no other study about this diatomic species. However, due to the nature of the atoms involved, it is necessary to employ more sophisticated theoretical methods to describe BeMg accurately. In this study, potential energy curves for the lowest-lying electronic states correlating with the first four dissociation channels were determined using the cc-p VQZ basis sets and CASSCF /MRCI wave functions. All valence orbitals plus one set of s and p correlating functions were included in the active space. A whole set of spectroscopic constants completes the characterization of each state. In its ground state (X1Σ+) BeMg is weakly bond (De = 0.05 eV), and consequently has a long internuclear equilibrium distance (Re = 3.30 Å, we = 44.2cm-1). It is interesting to note that in previous theoretical works, the internuclear equilibrium distance was calculated to be around 4.5 Å and 5.1 Å. The first two excited states are an a3II (Re = 2.416 Å, Te= 11029 cm-1) and a b3Σ+ (Re = 2.578 Å, Te= 11058 cm-1), with the same dissociation energy, 1.28 eV.

Resumo não disponível

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:25:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 moyra_portilho_ioc_mest_2013.pdf: 2657721 bytes, checksum: ac38c443da941a1c7b8e800b3c858856 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A detecção e quantificação do DNA do vírus da hepatite B (HBV) são importantes para o diagnóstico da infecção, definição e monitoramento do tratamento antiviral. Entretanto o diagnóstico molecular é difícil em áreas remotas ou com poucos recursos devido ao custo dos métodos comerciais e pouca infra-estrutura para coleta, armazenamento e transporte de amostras de sangue. O objetivo deste estudo foi desenvolver um método para quantificação do DNA do HBV em amostras de soro e fluido oral, e avaliar um método qualitativo \201Cin house\201D para detecção do DNA do HBV em comparação com métodos comerciais disponíveis no mercado. Amostras pareadas de soro e fluido oral foram obtidas de 116 indivíduos, onde 66 eram reagentes para HBsAg no soro e 50 não apresentavam nenhum marcador sorológico no soro. As amostras de soro foram submetidas a testes imunoenzimáticos para detecção de marcadores sorológicos do HBV (HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, anti-HBcIgM, anti-HBe e HBeAg) e ao PCR em tempo real para quantificação do DNA do HBV (COBAS TaqMan HBV, Roche). O DNA do HBV foi extraído utilizando o conjunto de reagentes \201CHigh Pure Viral Nucleic Acid kit\201D (Roche Diagnostics, EUA) em amostras de soro e \201CRTP® DNA/RNA Virus Mini kit\201D (Invitek, Alemanha) para amostras de fluido oral Para a detecção qualitativa do HBV foi realizada uma PCR com iniciadores para o gene do core, e para detecção quantitativa do HBV foi utilizada a metodologia de PCR em tempo real com sondas TaqMan® na plataforma Line-Gene 9600 (Bioer Serves Life, Canada). Para obtenção da curva de quantificação foi construído um plasmídeo recombinante obtido a partir de amostras padrão do painel de quantificação do HBV (Optiquant HBV, Acrometrix, Life Technologis, EUA). As seguintes condições da PCR em tempo real foram avaliadas: concentração de DNA (5 e 7,5\03BCL), temperatura de hibridização (60°C e 62°C), e números de ciclos (40 e 45 ciclos). A sensibilidade analítica da PCR em tempo real foi estimada em 10 cópias de HBV DNA/mL e a faixa de quantificação abrangeu cerca de 8 logs de 10. Para quantificação do DNA do HBV em soro e fluido oral foi necessário o aumento da temperatura de hibridização, e para o fluido oral também foi necessário o aumento da concentração de DNA (7,5 \03BCL) e do número de ciclos (45). Entre as amostras de soro HBsAg reagentes, 64 foram quantificadas pela PCR em tempo real comercial e 28 pelo teste quantitativo \201Cin house\201D com carga viral média igual a 3,993 ± 1,922 e 3,761± 1,829 log cópias de HBV DNA/mL (r=0,7643; p<0,0001), respectivamente, e concordância de 37,87% Por outro lado, 8 amostras de fluido oral amplificaram pelo método quantitativo \201Cin house\201D, com carga viral média igual a 4,459 ± 1,127 log cópias de HBV DNA/mL (r=- 0,2994; p= 0,9453). A PCR qualitativa \201Cin house\201D foi capaz de detectar o DNA do HBV em 50 amostras de soro HBsAg reagentes apresentando 75% de concordância com o teste comercial quantitativo (p=1,000), porém somente uma amostra de fluido oral foi detectada por este método. Concluímos que as metodologias qualitativa e quantitativa para detecção do DNA do HBV analisadas neste estudo apresentaram boa eficiência em amostras de soro, porém não foram eficientes em amostras de fluido oral. Estas metodologias podem ser bastante úteis para detecção molecular do HBV em áreas com recursos limitados / The detection and quantification of the DNA of Hepa titis B virus (HBV) are important to diagnose the infection, determine and monitore the antiviral treatment. However, the molecular diagnosis is difficult in remote areas or presenting low resources, because of the cost of commercial methods and few infrastructu re for collection, storage and transport of blood samples. The objective of this s tudy was to develop a method for quantification of HBV DNA in serum and oral fluid s amples, and to evaluate an in house qualitative method for HBV DNA detection compared t o commercial methods available in the market. Paired serum and oral fluid were obtain ed from 116 individuals, where 66 were HBsAg reactive in their sera and 50 did not pr esent any HBV serological marker in sera. Serum samples were submitted to enzyme immuno assays for detection of HBV serological markers (HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, ant i-HBcIgM, HBeAg and anti-HBe) and quantified by commercial real time PCR (COBAS® TaqM an HBV Test, Roche Diagnostics, EUA). HBV DNA was extracted using the commercial kit "High Pure Viral Nucleic Acid Kit" (Roche Diagnostics, USA) in serum samples and "RTP ® DNA / RNA Virus Mini Kit" (Invitek, Germany) for oral fluid s amples. For HBV qualitative detection it was employed a PCR using primers for Core gene, and for quantitative detection of HBV it was employed a real time PCR methodology with Ta qMan ® probes in the Line-Gene 9600 (Bioer Serves Life, Canada) platform. To obtai n the quantification curve, a recombinant plasmid was constructed using standard quantification panel of HBV (Optiquant HBV, Acrometrix, Life Technologis, USA). The following PCR conditions were evaluated in real time PCR: DNA concentration (7.5 and 5 μL), annealing temperature (60° C and 62° C), number of cycles (cycles 40 and 45). The analytical sensitivity of real- time PCR was estimated at 10 HBV DNA copies/mL and the quantitation range comprised about 8 logs of 10. For quantification of HBV DNA in serum and oral fluid, it was necessary to increase the annealing temperature , and for oral fluid, it was also necessary to increase the concentration of DNA (7.5 μL) and the number of cycles (45). Among HBsAg reactive serum samples, 64 were quantif ied by commercial real time PCR and 28 by “in house” quantitative test, with mean v iral load equal to 3,993 ± 1,922 e 3,761± 1,829 log copies of HBV DNA/mL (r=0,7643; p< 0,0001), respectively, and concordance of 66.6%. Moreover, eight oral fluid sa mples were amplified by quantitative "in house" method, with average viral load equal to 4,459 ± 1,127 log copies of HBV DNA/mL (r=-0.2994, p=0,9453). The qualitative "in h ouse" PCR was able to detect HBV DNA in 50 HBsAg reactive serum samples, showing 75% of agreement with the commercial test (p=1.000), but only 1 oral fluid sa mple has been detected by this method. We concluded that the qualitative and quant itative methods for the detection of HBV DNA analyzed in this study presented good effic iency in serum samples, but they were not effective among oral fluid samples. These methodologies can be useful for molecular detection of HBV in areas with limited re sources

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-18Bitstream added on 2014-06-13T20:48:26Z : No. of bitstreams: 1 nardi_ja_me_ilha.pdf: 631258 bytes, checksum: 8e51cb1b756b6f3050e1a667f2eda8e6 (MD5) / Os vidros teluritos são materiais que apresentam importantes propriedades ópticas de interesse aplicativo na área da fotônica. Uma das propriedades interessantes de tal vidro é o elevado índice de refração. De acordo com estudos realizados, o incremento de óxidos modificadores de rede nos vidros teluritos provoca o aumento do índice de refração em tal material, devido à mudanças estruturais ocorridas. Com esse intuito, sintetizamos amostras de vidros teluritos com nióbio, de composição 80TeO2-(20-x)Li2O-xNb2O5 (x = 0, 5, 10 e 15). Para caracterização das amostras foram realizadas medidas de espectroscopia na região do infravermelho (FTIR) e UV-Vis, espectroscopia Raman e Difratometria de Raios-X. Foram realizadas medidas de índice de refração das amostras para verificar a influência da concentração de óxido de nióbio acerca deste índice. A difratometria de Raios-X confirmou o estado amorfo das amostras. Os estudos de caracterização (por espectroscopia no infravermelho e Raman) mostraram que a inserção de óxido de nióbio deslocou, para maiores freqüências, as bandas de absorção características dos grupos TeO4 e NbO4 provocadas por mudanças estruturais e pela incorporação de oxigênios não-ligantes. A espectroscopia na região ultravioleta-visível mostrou uma tendência no aumento do comprimento de onda de corte com o acréscimo de óxido de nióbio, o qual pode estar associado a alguma mudança estrutural. As medidas de índice de refração mostraram que, de acordo com o incremento de óxidos modificadores, este índice aumentou. Tal fato se deve à transição de oxigênios nãoligantes para ligantes e à polarização das ligações Te–O dos grupos TeO4 e ligações Nb–O dos grupos NbO4, pois essas ligações apresentam maiores momentos de dipolo elétrico que as demais. / Tellurite glasses are important materials which have interesting optical properties application in photonics mainly due to its high refractive index. According to studies, the increase of network modifier oxides in tellurite glasses can increase the refractive index in such material, due to structural changes. For this purpose, samples with niobium tellurite glasses of composition 80TeO2-(20-x)Li2O-xNb2O5 (x = 0, 5, 10 and 15) were synthesized and characterized by (FTIR) and UV-Vis spectroscopy, Raman spectroscopy and X-ray diffraction. The influence of niobium oxide concentration to the refractive index was also investigated. The characterization studies (infrared spectroscopy and Raman) showed that the insertion of niobium oxide shifted the characteristic absorption bands of groups TeO4 and NbO4 to higher frequencies. The structural changes are due to incorporation of non-bridging oxygen. The UV-Vis spectra showed a trend of increasing the wavelength of UV-Vis cut-off with the addition of niobium oxide and this increase may be linked to structural changes. The X-ray diffraction confirmed the amorphous state of samples. The measurement of refractive index showed that, in accordance with the increment of oxide modifiers, this index increased. This is due to the transition from non-bridging oxygen to bridging oxygen and the polarization of the Te-O bonds of the groups TeO4 and links Nb-O of the NbO4 groups because these bonds have higher dipole moments than the others.