Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2018. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-03-27T19:33:49Z No. of bitstreams: 1 2017_KálitaLuisSoares.pdf: 3079380 bytes, checksum: 0ba337018ab115de3a40ef5ac4d3614f (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-04-03T17:14:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KálitaLuisSoares.pdf: 3079380 bytes, checksum: 0ba337018ab115de3a40ef5ac4d3614f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-03T17:14:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KálitaLuisSoares.pdf: 3079380 bytes, checksum: 0ba337018ab115de3a40ef5ac4d3614f (MD5) Previous issue date: 2018-04-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / Diante da necessidade de informações sobre a forma do fuste das árvores submetidas à diferentes prescrições silviculturais, este estudo objetivou estudar os perfis dos fustes de árvores de Eucalipto, em diferentes espaçamentos e idades, e selecionar o melhor modelo de afilamento para quantificação de multiprodutos de tais fustes. Foram utilizados dados de um experimento sistemático em leque, composto por três leques completos e com 12 tratamentos (espaçamentos) cada. Os 12 tratamentos analisados apresentam as seguintes áreas úteis por árvore em cada espaçamento: E1 (0,50 m²); E2 (0,77 m²); E3 (1,17 m²); E4 (1,76 m²); E5 (2,64 m²); E6 (3,94 m²); E7 (5,86 m²); E8 (8,69 m²); E9 (12,86 m²); E10 (19,00 m²); E11 (28,01 m²); E12 (41,25 m²). Os tratamentos foram avaliados em três diferentes idades (16, 24 e 36 meses). Os dados foram utilizados para o ajuste dos modelos de Kozak, Demaerschalk e Garay. Foram ajustados os modelos para todos os tratamentos em cada idade. A escolha foi feita com base nas estatísticas: coeficiente de correlação, erro-padrão da estimativa relativo e da análise gráfica dos resíduos. Fator de forma foi calculado a partir da estimativa de diâmetros pelo modelo selecionado. Foi realizada otimização dos fuste para conversão em multiprodutos pelo modelo de Kozak e proposto o melhor aproveitamento para cada espaçamento. Testes de identidade de modelos foram aplicados no modelo de Kozak com a finalidade de verificar a semelhança entre os espaçamentos nas diferentes idades, apresentando quais espaçamentos podem ter uma mesma equação ajustada. Verificou-se que há semelhança entre os grupos que apresentam valores de áreas úteis por árvore mais próximos, apresentando que estes podem utilizar uma mesma equação para descrever o perfil do fuste. O modelo de Kozak foi o mais indicado para descrever o afilamento dos fustes de Eucalyptus. Espaçamentos mais adensados apresentam fuste mais cilíndricos, e espaçamentos menos adensados fustes mais cônicos. Para todos os espaçamentos com aumento da idade os fuste tendem a ficar mais cônicos. Maior produção volumétrica pode ser encontrada em plantios com espaçamentos mais adensados, devido ao maior número de indivíduos por hectare. Um melhor retorno financeiro pode ser obtido quando conduzido o povoamento para produção de multiprodutos em comparação a uso único de lenha. / In view of the need for information on the shape of the tree stem submitted to different silvicultural prescriptions, this study aimed to study the profiles of the Eucalyptus trees, in different spacing and age, and to select the best model for the quantification of multiproducts of such trunks. Data from a systematic fan experiment, composed of three complete fans and 12 treatments (spacing) were used. The 12 treatments analyzed present the following useful areas per tree in each spacing: E1 (0,50 m²); E2 (0,77 m²); E3 (1,17 m²); E4 (1,76 m²); E5 (2,64 m²); E6 (3,94 m²); E7 (5,86 m²); E8 (8,69 m²); E9 (12,86 m²); E10 (19,00 m²); E11 (28,01 m²); E12 (41,25 m²). Treatments were evaluated at three different ages (16, 24 and 36 months). The data were used to fit the Kozak, Demaerschalk and Garay models. The models were adjusted for all treatments at each age. The choice was made based on the statistics: correlation coefficient, standard error of the relative estimate and the graphic analysis of the residues. Form factor was calculated from the estimation of diameters by the selected model. Optimization of the bole for conversion into multiproducts was made by the Kozak model and proposed the best use for each spacing. Model identity tests were applied in the Kozak model in order to verify the similarity between the different age spacings, showing which spacing can have the same adjusted equation. It was verified that there is similarity between the groups that present values of useful areas by tree closer, presenting that they can use a same equation to describe the profile of the shaft. The Kozak model was the most suitable to describe the tapering of the Eucalyptus ridges. More denser spacings have more cylindrical shanks, and less denser spacing have more conical stems. For all spacings with increasing age the stem tend to become more conical. Greater volumetric production can be found in plantations with denser spacings, due to the greater number of individuals per hectare. A better financial return can be obtained when conducting settlement for multiproduct production compared to single use of firewood.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Florestal, 2014. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-07-22T13:35:59Z No. of bitstreams: 1 2014_GlauceTaisOliveiraSousaAzevedo.pdf: 2018921 bytes, checksum: cf7d26d1654c18438a8fde295313cee2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-07-22T13:51:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_GlauceTaisOliveiraSousaAzevedo.pdf: 2018921 bytes, checksum: cf7d26d1654c18438a8fde295313cee2 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-22T13:51:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_GlauceTaisOliveiraSousaAzevedo.pdf: 2018921 bytes, checksum: cf7d26d1654c18438a8fde295313cee2 (MD5) / A água é um dos fatores primordiais para a propagação vegetativa e para a formação de mudas, devendo ser utilizada em quantidade e de maneira adequada, a fim de garantir altas taxas de enraizamento das miniestacas, bem como a produção de mudas de qualidade. Nos viveiros florestais, o manejo da irrigação é geralmente realizado de forma empírica, com base em observações visuais de sintomas de déficit hídrico, o que pode ocasionar o desperdício de água. Uma alternativa para aumentar a retenção de água pelo substrato, otimizar o uso da água e possibilitar a diminuição da quantidade de água utilizada na irrigação do viveiro, é a utilização de polímero hidroretentor incorporado ao substrato. Dessa forma, o presente estudo teve por objetivo avaliar o efeito da utilização do polímero hidroretentor incorporado ao substrato no enraizamento e qualidade de mudas de três clones de eucalipto (AEC 0144, GG100 e VM01), bem como verificar se a utilização desse produto permite reduzir a quantidade de água utilizada durante o processo de produção das mudas. O estudo foi realizado em um viveiro florestal situado no município de Abadiânia, Goiás. As mudas foram produzidas em tubetes de 55 cm³, preenchidos com substrato comercial Agrofloc Trimx®. Antes do preenchimento dos tubetes, foram incorporadas ao substrato diferentes dosagens do polímero hidroretentor da marca comercial ForthGel® (0, 1, 2, 3 e 4 g L-1), em sua forma desidratada. Para avaliar o enraizamento, aos 25 dias após o estaqueamento (DAE), foram avaliados: número de raízes (NR); comprimento do sistema radicular (CSR); comprimento médio das raízes (CMR); diâmetro médio das raízes (DMR); massa seca das raízes (MSR); sobrevivência das miniestacas (SM); e enraizamento das miniestacas (EM). Foi considerado o delineamento inteiramente casualizado, com cinco tratamentos (dosagens) e cinco repetições de 10 mudas cada, sendo as médias comparadas pelo teste de Tukey (α = 0,05). Também foi aplicada a análise de regressão (α = 0,05) a fim de verificar a dosagem ideal do polímero para cada parâmetro. Aos 35 DAE, as mudas de cada clone foram transferidas para condição de pleno sol e submetidas a três diferentes lâminas de irrigação diária (6, 9 e 12 mm), em três aplicações, permanecendo nessas condições até o final do experimento. Para a avaliação da qualidade das mudas, aos 95 DAE, os parâmetros avaliados foram: altura da parte aérea (H); diâmetro do coleto (D); número de folhas (NF); massas secas da parte aérea (MSA), das raízes (MSR) e total (MST), bem como as relações entre as variáveis, como a altura da parte aérea e o diâmetro do coleto (H/D), massa seca da parte aérea e massa seca das raízes (MSA/MSR) e o índice de qualidade de Dickson (IQD). Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado, com 15 tratamentos dispostos em esquema de parcelas subdivididas 3x5, com três lâminas diárias de irrigação nas parcelas e cinco dosagens do polímero hidroretentor nas subparcelas, sendo consideradas cinco repetições, compostas por 8 mudas cada. Após a análise de variância, quando as interações entre os fatores foram significativas, procedeu-se a análise de variância da regressão múltipla. Nos casos em que a interação não foi significativa, os fatores isolados foram comparados pelo teste de Tukey (α = 0,05). Para o clone AEC 0144, a dosagem de 1 g L-1 do polímero foi recomendada por proporcionar maior porcentual de enraizamento. O clone GG100 sofreu influência do polímero, em relação a testemunha, apenas para a massa seca das raízes, sendo a dosagem de 1 g L-1 a recomendada. Já para o clone VM01, todos os parâmetros apresentaram diferenças significativas, com exceção da sobrevivência das miniestacas, indicando que a dosagem de 1 g L-1 proporcionou melhor enraizamento das miniestacas. Para os clones AEC 0144 e GG100, a dosagem de 2 g L-1 proporcionou a obtenção de mudas de maior qualidade, sendo possível reduzir a lâmina de irrigação em 25 %, sem afetar a qualidade das mudas. Já para o clone VM01, não foi verificada interação entre o polímero e a lâmina de irrigação, sendo a dosagem de 1 g L-1 e a lâmina de irrigação de 9 mm as mais indicadas. De acordo com os resultados obtidos no presente trabalho, a incorporação do polímero hidroretentor ao substrato mostrou-se uma alternativa promissora para a produção de mudas clonais de eucalipto, permitindo otimizar o uso da água no viveiro florestal. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Water is a primary factor for vegetative propagation and seedling formation and should be used in quantity and appropriately in order to ensure high rates of minicutting rooting, as well as production of quality seedlings. In forest nurseries, the irrigation management is usually carried out empirically, based on visual observations of symptoms of water deficit, which can lead to water wastage. An alternative to increase water retention by substrate, optimize the use of water and allow the reduction of the amount of water used in the irrigation of the nursery is to use hydrophylic polymer incorporated in the substrate. Thus, the present study aimed to evaluate the effect of using of the hydrophylic polymer incorporated in the substrate on rooting and quality of seedlings of three eucalypt clones (AEC 0144, GG100 and VM01) and verify that the use of the product reduces the amount of water used during the production of the seedlings. The study was conducted in a forest nursery in the city of Abadiânia, Goiás State, Brazil. The minicuttings were produced in plastic tubes of 55 cm ³, filled with a commercial substrate Agrofloc Trimx ®. Before filling the tubes, were incorporated in the substrate different dosages of the hydrophylic polymer (0; 1; 2; 3 and 4 g L-1), in their dried form. To evaluate the rooting, at 25 days after cutting (DAE), were evaluated: number of roots (NR), length of the root system (CSR), average of root length (CMR), average of root diameter (DMR); dried mass of roots (MSR); survival of minicuttings (SM) and rooting of minicuttings (EM). Was considered a completely randomized design with five treatments (dosages) and five replicates, with 10 minicuttings each, being the means compared by Tukey test (α = 0.05). Regression analysis (α = 0.05) in order to determine the optimal dosage of the polymer for each parameter was also applied. At 35 DAE, the minicuttings of each clone were transferred to the condition of full sun and submitted to three different depths of daily irrigation (6, 9 and 12 mm), in tree applications, remaining under these conditions until the end of the experiment. For the evaluation of seedling quality, at 95 DAE, the parameters evaluated were: shoot height (H), root collar diameter (D), number of leaves (NF), aerial dry mass (MSA), root dry mass (MSR) and total dry mass (MST), and the ratios between variables, as shoot height and root collar diameter (H/D), dry mass of the aerial and dry mass of root (MSA/MSR) and Dickson Quality Index (IQD). A completely randomized design was used with 15 treatments arranged in a split plot 3x5 with three depths daily irrigation in the plots and five dosages of hydrophylic polymer in the subplots, considering five replicates, composed of 8 seedlings each. After analysis of variance, when interactions between factors were significant, was proceeded the analysis of variance of multiple regression. The isolated factors were compared by Tukey test (α = 0.05), when the interaction was not significant. For the AEC 0144 clone, the dosage of 1 g L-1 of the polymer was recommended to provide greater rooting. The GG100 clone was influenced by the polymer, compared to control, only for the parameters dry mass of root, with the dosage of 1 g L-1 be recommended. As for the VM01 clone, all parameters showed significant differences, except survival of minicuttings, showing that doses of 1 g L-1 resulted in better rooting of minicuttings. For the clones AEC 0144 and GG100, dosages of 2 g L-1 provided the higher quality, being possible to reduce the water depth by 25% without affecting the quality of the seedlings. As for the clone VM01, no interaction between the polymer and irrigation depths was observed, and the dosage of 1 g L-1 and the depth of 9 mm were the most indicated. According to the results obtained in this work, the incorporation of hydrophylic polymer in the substrate showed to be a promising alternative for the production of eucalypt clonal minicuttings, allowing to optimize the use of water at the nursery.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Mecânica, 2013. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-11-24T19:06:54Z No. of bitstreams: 1 2013_JoseDanielEcheverriVergara.pdf: 1717181 bytes, checksum: 83104ad5d1a0114f5ddf6df01cdca4c3 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-11-25T15:26:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_JoseDanielEcheverriVergara.pdf: 1717181 bytes, checksum: 83104ad5d1a0114f5ddf6df01cdca4c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-25T15:26:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_JoseDanielEcheverriVergara.pdf: 1717181 bytes, checksum: 83104ad5d1a0114f5ddf6df01cdca4c3 (MD5) / As florestas têm papéis importantes na mudança do clima, pois produzem combustíveis que quando são gerenciados de uma forma sustentável são uma alternativa benigna em substituição dos combustíveis fósseis, já que contribuem com absorção das emissões de CO2 em sua biomassa, nos solos e nos produtos delas derivadas. O plantio de novas florestas para fins energéticos pode ajudar a mitigar as mudanças do clima retirando CO2 da atmosfera. Sob certas condições, essas florestas podem crescer relativamente rápida, absorvendo o CO2 a taxas mais altas que nas florestas naturais. No caso do eucalipto, espécie estudada neste trabalho, o rápido crescimento fornece boa absorção de CO2 da atmosfera referente ao emitido durante a queima na geração de energia. Uma alternativa para a quantificação e estimativa da quantidade do CO2 absorvido pela floresta é a medida do potencial produtivo de florestas de eucalipto (PPL) que, com o emprego de modelos de ecossistemas que variam tanto em seus aspectos biogeoquímicos quanto nas suas resoluções temporais e espaciais pode-se estimar o PPL. Os modelos selecionados para este estudo foram o 3-PG e o Biome-BGC. A partir dos resultados obtidos na modelagem, foi possível verificar a aplicabilidade dos dois modelos 3-PG e Biome-BGC na estimativa da PPL e outras variáveis de saída para uma floresta energética de eucalipto na região do cerrado. O estudo revelou ainda que tem parâmetros de entrada nos modelos que precisam ser medidos com uma boa precisão, já que em função desses, a variação da PPL é muito grande. Finalmente o estudo revelou a importância de confrontar os dados obtidos pelos modelos 3-PG e Biome-BGC com dados experimentais, para melhorar o desempenho na estimativa baseado na modelagem. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Managed Forests have important roles in climate change due to their contribution to CO2 sequestration stored in their biomass, soils and products therefrom. Terrestrial net primary production (NPP, KgC/m2), equal to gross primary production minus autotrophic respiration, represents the carbon available for plant allocation to leaves, stem, roots, defensive compounds, and reproduction and is the basic measure of biological productivity. Tree growth, food production, fossil fuel production, and atmospheric CO2 levels are all strongly controlled by NPP. Accurate quantification of NPP at local to global scales is therefore central topic for carbon cycle researchers, foresters, land and resource managers, and politicians. For recent or current NPP estimates, satellite remote sensing can be used but for future climate scenarios, simulation models are required. There is an increasing trend to displace natural Brazilian Cerrado to Eucalyptus for paper mills and energy conversion from biomass. The objective of this research exercise is to characterize NPP from managed Eucalyptus plantation in the Brazilian Cerrado. The models selected for this study were the 3-PG and Biome-BGC. Therefore the results obtained in modeling, it was possible to verify the applicability of the two models 3-PG and Biome-BGC in estimate of NPP to eucalyptus energy forest in a Brazilian cerrado region. The study also revealed that have input parameters in models that need to be measured with a good accuracy, because in function of these parameters, the NPP variation is very large. Finally the study revealed the importance of confronting the data obtained by 3-PG and Biome-BGC with experimental data to improve performance modeled-based estimation.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T16:10:03Z No. of bitstreams: 1 2009_CristianoKleberdeFigueiredo.pdf: 2187445 bytes, checksum: e1d3670d4a1031213d9ada277a182760 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-04T18:43:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CristianoKleberdeFigueiredo.pdf: 2187445 bytes, checksum: e1d3670d4a1031213d9ada277a182760 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-04T18:43:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CristianoKleberdeFigueiredo.pdf: 2187445 bytes, checksum: e1d3670d4a1031213d9ada277a182760 (MD5) Previous issue date: 2009 / O Brasil é o primeiro produtor e consumidor mundial de carvão vegetal com 75% da produção destinada a indústria siderúrgica. Os processos de carbonização utilizam de maneira geral, tecnologias artesanais de difícil controle e rendimentos gravimétricos relativamente baixos. Os valores médios normalmente admitidos estão compreendidos entre 18 e 25%. Novas tecnologias estão em curso de desenvolvimento a fim de melhorar estas cifras. A pirólise sob pressão é uma destas tecnologias. Estudos recentes mostram que a utilização de pressão pode aumentar em 50% os rendimentos gravimétricos e reduzir consideravelmente os tempos de carbonização. Dentro deste contexto o Serviço Florestal Brasileiro (SFB) em parceria com o Centro de Cooperação Internacional em Pesquisa Agronômica para o Desenvolvimento (CIRAD) estudaram estatisticamente o impacto da pressão sobre o processo de carbonização. Os ensaios, 36 no total, foram conduzidos com madeira de Eucalyptus grandis, com três pressões relativas de trabalho (0, 5 e 10 bars ), duas temperaturas finais (450 et 600°C) e três umidades da madeira (0, 15 et 110%). Cinco variáveis em resposta aos experimentos foram analisadas e discutidas segundo um plano fatorial aleatório: rendimento gravimétrico (RG), rendimento em carbono fixo (RCF), densidade aparente (DA), teor de carbono fixo (TCF) e poder calorífico superior (PCS). O RGs apresentou o maior ganho (+17%) quando a pressão foi elevada de 0 para 5 bars a 450°C. Para uma umidade de 110% de umidade da madeira, a DA apresentou incremento significativo (33%) quando a pressão foi elevada de 5 para 10 bar. A pressão apresentou efeito negativo sobre o TCF e o PCS, com redução respectivamente de 76 para 70%. e 7390 para 7165 Kcal/kg. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil is the largest producer and consumer of charcoal with 75% for the steel industry. Carbonization processes are usually difficult to control craft technologies and offering relatively low mass yields. The average values are often admitted between 18 and 25%. New technologies are being developed to improve these numbers. Pyrolysis under pressure is one such technique. Recent studies have shown that the use of the pressure may increase by 50% gravimetric yield and reduce the carbonization time. It is in this context that the Brazilian Forest Service (SFB) in partnership with the French Agricultural research Centre for International Development (CIRAD) statistically studied the impact of pressure on the carbonization process. The trials, thirty six (36) in total, were conducted on Eucalyptus grandis wood specie and focused on three relative pressures (0, 5 and 10 bars), two temperatures (450 and 600 °C) and three moisture content (0, 15 and 110%). Five variables in response to the experiments were analysed and discussed using a random factorial analysis: gravimetric yield (GY), fixed carbon yield (FCY), bulk density (BD), fixed carbon content (FCC) and higher calorific value (HCV). The RG displays the highest gain (+17%) for 0 to 5 bars at 450 °C. For a 110% of wood moisture content value, the DA increase significantly (33%) between 5 to 10 bars. The pressure has a negative impact on the CFC and the HCV with respectively 76 to 70%. and 7390 to 7165 Kcal/kg.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-09-23T13:35:37Z No. of bitstreams: 1 2013_MariliaCastroRodriguesPappas.pdf: 2808206 bytes, checksum: 757337280322f40347a940024364534c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-09-23T14:32:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_MariliaCastroRodriguesPappas.pdf: 2808206 bytes, checksum: 757337280322f40347a940024364534c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-23T14:32:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_MariliaCastroRodriguesPappas.pdf: 2808206 bytes, checksum: 757337280322f40347a940024364534c (MD5) / Há pouco mais de uma década foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos no processo desenvolvimento, estes já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento científico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado um sequenciamento de pequenos RNAs em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. globulus. Com o objetivo de otimizar o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de folha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZ1, usada no sequenciamento do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra o genoma de E. grandis. A caracterização in silico das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos iniciada pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silico pela análise da estrutura secundária compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na análise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é Há pouco mais de uma década foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs – miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos no processo desenvolvimento, estes já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento científico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado um sequenciamento de pequenos RNAs em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero – E. grandis e E. globulus. Com o objetivo de otimizar o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de folha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZ1, usada no sequenciamento do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra o genoma de E. grandis. A caracterização in silico das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos iniciada pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silico pela análise da estrutura secundária compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na análise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos – folha, xilema, ovário e plântulas – visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silico buscando por sequências que apresentem complementariedade às sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC – leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat). ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / A decade ago function of another class of regulatory elements called micro RNAs – miRNAs – was elucidated. Initially described as post-transcriptional regulators involved in development, these elements had been proved to regulate a wide range of processes such as germination, morphology and responses to biotic and abiotic stress. The description of miRNAs in Eucalyptus contributes to scientific knowledge of this important and vast genre inserting another important element in the annotation of Eucalyptus grandis reference genome. For genome wide identification of Eucalyptus miRNAs, large scale sequencing was performed in leaves and developing xylem in the two most planted species for cellulose production - E. grandis and E. globulus. In order to optimize the discovery process of small RNAs loci, samples of E. grandis leaf and xylem used were from the same tree BRASUZ1, used for the reference genome. Interspecific analysis was conducted based on mapping of the sequences from both species against the genome of E. grandis. In silico characterization started by searching for sequence similarity against miRBase conserved miRNAs. The identification of potential new miRNA sequence followed the criteria already described. Sequences of small RNAs derived from large-scale sequencing were mapped against the genome thereby identifying potential MIR loci and enabling validation by in silico analysis of secondary structure compatible with miRNA precursor parameters satisfying the first premise for the validation of a new miRNA. Total number of sequences otained clearly shows that caution must exist in small RNA sequencing data analysis. Great part of sequences is represented by contaminants such as ribosomal and chloroplast RNA. Among the small regulatory RNAs, different classes and subclasses are represented and the criteria for declaring a sequence of small RNA as a miRNA should be carefully observed. Experimental validation of potentially new miRNA sequences was first performed via northern blot of some of the more expressed sequences in each of the samples. A large- scale validation was then performed using a microarray containing thousands of sequences of putative miRNAs discovered in sequencing. Besides interspecific analysis, samples from different tissues - leaf, xylem, ovary and seedlings – were used to evaluate tissue variability. Target prediction for putative new miRNAs was performed in silico. A search for complementary sequences to the miRNAs was performed using Eucalyptus transcript database publicly available on the website that hosts the genomes sequenced at JGI (phytozome.net). Data analysis from large scale sequencing revealed interesting aspects of small RNAs repertoire. Highly expressed 21 nucleotide sequences were characterized as small interfering RNAs (siRNAs), or trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), synthesized in phase from cleavage of transcripts targeted by miRNAs. Identification of targets for these tasiRNAs revealed a conserved mechanism regulating the expression of genes involved in defense against pathogens, especially those from the family characterized by NBS-LRR protein domains (NB-ARC - leucine rich repeat) and PPR gene family (pentatricopeptide repeat).

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-31T21:29:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Vilma Maria dos Santos.pdf: 1259682 bytes, checksum: 5cc1c3e4cd8503ed8da9b1400900352e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-02T17:48:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Vilma Maria dos Santos.pdf: 1259682 bytes, checksum: 5cc1c3e4cd8503ed8da9b1400900352e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-02T17:48:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Vilma Maria dos Santos.pdf: 1259682 bytes, checksum: 5cc1c3e4cd8503ed8da9b1400900352e (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / FACEPE / Em todo o mundo, grandes áreas vêm sendo devastadas pela atividade mineradora e a recuperação ou reabilitação desses locais é motivo de grande preocupação. O objetivo geral desta tese foi avaliar a intensidade e indicar a direção das mudanças no funcionamento microbiológico (FM) e na estrutura da comunidade microbiana do solo promovidas pela revegetação com Eucalyptus grandis em áreas degradadas pela mineração de argila no litoral de Pernambuco, Brasil. O estudo foi conduzido no município de Cabo de Santo Agostinho em quatro áreas pós-mineração, três reflorestadas com eucalipto com diferentes idades e uma em processo de recuperação espontânea. Uma área adjacente sob vegetação nativa (Mata Atlântica) foi usada como referência das características originais do solo. O funcionamento microbiológico do solo foi representado pelas análises de carbono da biomassa microbiana, respiração basal e atividade das enzimas β-glicosidase, urease, β-glicosaminidase, fosfatase ácida, arilsulfatase, desidrogenase e hidrólise do diacetato de fluoresceína. A estrutura da comunidade microbiana foi determinada pela análise de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAMEs). Os resultados demonstram que a revegetação com eucalipto promove o rápido restabelecimento do FM e o desenvolvimento da comunidade microbiana em solos após mineração de argila. As mudanças observadas são no sentido da recuperação das condições existentes nas áreas anteriormente à mineração, no entanto o grau desta recuperação é dependente do tempo de revegetação com eucalipto. / Throughout the world, large areas have been devastated by mining activity and the recovery or rehabilitation of these sites is cause for great concern. The general aim this thesis was to evaluate the intensity and indicate the direction of changes in the microbiological functioning (MF) and in the structure of the microbial community promoted by revegetation with Eucalyptus grandis in areas degraded by clay mining in the coast of Pernambuco, Brazilian Northeast. The study was conducted in the municipality of Cabo de Santo Agostinho in four post-mining areas, three reforested with eucalyptus with different ages and one in the process of spontaneous recovery. An adjacent area under native vegetation (Atlantic Forest) was used as reference of the original soil characteristics. The microbiological functioning of soil was represented by microbial biomass carbon analysis, basal respiration and activity of enzymes β-glucosidase, urease, β-glucosaminidase, acid phosphatase, arylsulfatase, dehydrogenase and hydrolysis of fluorescein diacetate. The structure of the microbial community was determined by the analysis of fatty acid methyl ester (FAMEs). The results demonstrate that revegetation with eucalyptus promotes the rapid reestablishment of MF and the development of the microbial community in clay mining soils. The observed changes are towards the recovery of existing conditions in the areas prior to mining; however, the degree of this recovery is dependent on the time of revegetation with eucalyptus.

Orientadores: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Dario Grattapaglia / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:25:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lourenco_RodrigoTristan_M.pdf: 1426914 bytes, checksum: a25b14ff0d793c6c37d821a81cdb379c (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Com o intuito de obter uma visão da estrutura e composição do genoma de Eucalyptus, sequenciou-se aleatoriamente cerca de 10.000 fragmentos de DNA genômico de Eucalyptus grandis obtidos por meio de seqüenciamento por fragmentação randômica de DNA (shotgun) de uma biblioteca genômica, totalizando mais de 3,0 Mb válidos (phred >=20), isto é, cerca de 0,5% do genoma (640 Mpb). Depois de selecionadas quanto ao tamanho e qualidade, estas seqüências foram analisadas em termos do seu conteúdo nucleotídico, presença de regiões repetitivas e número de genes. Para análise do conteúdo de bases guanidílicas e citidílicas (GC) e do conteúdo de seqüências repetitivas utilizou-se o programa RepeatMasker, o qual indicou que as 10 mil seqüências continham, em média, 40,15% de GC. Aproximadamente 1,4% das bases pertenciam a seqüências transponíveis, distribuídas em 310 elementos repetitivos interespersados, dentre os quais 299 eram retroelementos, principalmente LTRs (¿Long Terminal Repeats¿) e apenas 11 eram transposons. Também foram identificados 986 microssatélites e 1.636 seqüências de baixa complexidade. No total, cerca de 5,8% do genoma de Eucalyptus é composto por seqüências repetitivas. Para a identificação de genes putativos presentes, utilizou-se uma estratégia alternativa baseada na comparação deste banco genômico com bancos de ESTs (¿Expressed Sequence Tags¿) de Eucalyptus utilizando o programa GenESTate, nomeando os genes identificados de acordo com o resultado do ¿BLAST¿ (¿Basic Local Alignment Search Tool¿) encontrado para as ESTs. Também comparou-se todas as seqüências genômicas com o banco de dados não-redundante de proteínas do NCBI (¿National Center for Biotechnology Information¿) com o intuito de identificar outros genes. Aproximadamente 44 seqüências similares a ESTs foram identificadas, contabilizando 2% do total de pares de bases analisado. É importante ressaltar a identificação de íntrons e éxons, além de regiões promotoras, a partir desta comparação, visto que estas estruturas não podem ser identificadas em ESTs. Cerca de 166 genes foram identificados a partir da comparação de todas as seqüências com o banco de dados de proteínas do NCBI por meio do protocolo ¿blastx-nr¿. Também foram identificados genes putativos para 16 tRNAs utilizando o programa tRNAscan-SE. Este banco de dados genômicos poderá ser utilizado no âmbito do Projeto Genolytpus para guiar o processo de ancoragem do mapa genético com o mapa físico, no desenvolvimento de novos marcadores do tipo microssatélites e na identificação de regiões promotoras / Abstract: In this work we intended to obtain an overview of the structure and composition of the Eucalyptus genome by sample sequencing 10.000 genomic DNA fragments obtained from a shotgun genomic library from E. grandis, that represents 3,0 Mbp of the E. grandis genome. The reads were filtered by their quality and length (phred value >=20; length >=150) and analyzed for their nucleotide content, repetitive patterns, repetitive elements and gene content. The program RepeatMasker was used to analyze the %GC content and repetitive patterns and elements. The results indicate that on average the Eucalyptus genome is composed of 40.15% of GC. From the total of the bases sequenced approximately 1.4% were located in transposons, distributed in 310 interespersed repetitive genetic elements, among which 299 classified as retroelements, mainly LTRs. We also identified 986 microsatellites and 1636 low complexity sequences. 5.8% of the sequenced bases were located on repetitive sequences. We used an alternative approach to identify putative genes by comparing the genomic sequences with a Eucalyptus ESTs database using the GenESTate software. We attributed putative functions using a pipeline were the éxons of each gene were put togheter and compared with protein domains data banks. This procedure avoids the misleading results obtained when comparing DNA sequences with sequences deposited in GenBank. The sequences were clustered using the CAP3 software, resulting in 766 agrupamentos contíguos and 5428 singletos, the former showing an average of 1200 bp. These 766 agrupamentos contíguos were compared with more than 5,000 E. grandis ESTs from mature leaf tissue and 6,000 E. urophylla ESTs from xylem. From the 766 agrupamentos contíguos we found 44 that showed high similarity to some ESTs. The coding portion of the sequences accounted for around 2% of the total sequences. It is important to highlight that by this approach it was possible to identify íntrons and éxons, beside core promoter regions, which can¿t be identified in the ESTs. Other 166 possible genes were identified among the genomic sequences by using blastx-nr in NCBI. We also identified putative genes responsible for 16 tRNAs using the tRNAscan-SE software. These sequences are being used in the Genolyptus Project for the development of novel randomly distributed microsatellites markers, for the identification of promoter regions and will be used to assist in the development of overgo-probes to be applied in the anchoring of the genetic map to the physical ma / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Raquel Gonçalves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-07-25T12:02:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_JoaoCarlosdos_M.pdf: 8557712 bytes, checksum: 27ca46f1d66f182d9393a8aa50149c72 (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo a determinação de modelos para predizer valores das forças de corte ortogonais (paralelas e normais) na madeira de eucalipto (citriodora, saligna e grandis) obtidos por NERI (1998), em função de três parâmetros: densidaàe básica, espessura de corte da madeira, e ângulo de saída. Estes modelos foram obtidos para duas direções de corte (radial e tangencial), para dois tipos de corte (90-0 e 90- 90) e para valores máximos e médios das forças envolvidas. Toda a análise foi baseada em resultados experimentais obtidos em fase anterior da pesquisa. Além dos modelos, o trabalho analisou o comportamento das forças nas direções tangencial e radial concluindo que as mesmas não podem ser consideradas estatisticamente iguais. Finalmente, foram também calculados os ângulos de saída ideais para a produção de cavaco tipo TI,no corte 90-0, segundo 4 métodos propostos / Abstract: The objective of this work was the determination of models to predict orthogonal cutting forces (parallel and normal) in eucalyptus wood (citriodora, saligna e grandis species) related ITomNERI (1998) as a function ofthree parameters: density, thickness and rake angle. This models were obtained for two different directions (radial and tangential), for two different types of cut (90-0 and 90-90) and for maximum and medium values ofthe related forces. AlI the analysis was based in the experimental results obtained in previous phases of this research. The behaviour of cutting forces in the radial and tangential was also analysed. The conclusion was that they can not be considered statistically equal. The ideal rake angle to produce chips type 11was calculated, using the four proposed models for the cut 90-0 / Mestrado / Construções Rurais e Ambiencia / Mestre em Engenharia Agrícola

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-07-13T13:26:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 949712 bytes, checksum: 3c7e6799f88d126b5728637e68573952 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-13T13:26:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 949712 bytes, checksum: 3c7e6799f88d126b5728637e68573952 (MD5) Previous issue date: 2001-12-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Avaliou-se o efeito do crescimento da raiz de eucalipto sobre a compactação do solo em amostras indeformadas de solo que sofreram pressão de crescimento de raízes de diferentes diâmetros. O principal método de estudo foi a análise micromorfológica do contato solo-raiz, à partir de seções finas de solos que sofreram compactação por raízes de 0,3; 0,9; 1,3; 2,8; 3,5; 6,4; 8,0; 9,0 e 10,2 cm de diâmetro. As seções-finas foram analisadas na área de influência direta da raiz, até 1cm de distância da superfície de contato entre raiz-solo, comparando-se com a área de menor influência da raiz, a uma distância aproximada de 3,0 cm da superfície de contato. Como método complementar, realizou-se um teste de infiltração localizada, cronometrando o tempo necessário para que uma gota d’água infiltrasse na superfície de solo compactada pela raiz comparando- se a uma área que não sofreu compactação, como referência. A compactação aumentou nos diâmetros de raiz maiores que 3,5 cm, sendo esse efeito acompanhado pela redução na infiltração de água na superfície de contato solo-raiz. A formação de fraturas de cisalhamento alinhadas, em ângulos de 45 0 em relação à superfície sugere um crescimento helicoidal da raiz de eucalipto, exercendo compressão do solo e mecanismos de tração tangenciais. A micromorfologia do contato solo-raiz mostrou feições de orientação de argila, microfraturas, cobertura superficial por hifas fúngicas e espelhamento; os valores baixos de infiltração verificados são associados a mecanismos físicos (compactação) e químicos (hidrofobicidade). A utilização de técnicas micromorfológicas e análise de imagens permitem observar e quantificar alguns efeitos da raiz de eucalipto na compactação e porosidade do solo na sua proximidade. / This work aimed to evaluate the effects of eucalyptus root’s growth on soil compaction. Undeformed soil samples that suffered the pressure of the roots’s growth were used. Two methods were utilized to study the phenomenon. Micromorphological analysis of thin sections of samples of soil compacted by roots of 0,3; 0,9; 1,3; 2,8; 3,5; 6,4; 8,0; 9,0 e 10,2 cm of diameter were carried out in the area under the direct influence of the root, up to 1 cm from the root-soil surface; compared with the area at a distance of 3,0 cm from the contact surface. In addition, a localized infiltration test was carried out, assessing the time needed to infiltrate one drop of water into the surface of root compacted soil, comparing with the time spent in a sample without root compaction, as reference. The compaction was greater in root diameters larger than 3,5 cm, and this effect was accompanied by reduced water infiltration in the soil surface at the contact. Presence of fractures with a 45 O angles to the soil surface suggests the helicoidal growth of the eucalyptus root, exercising both soil compression and tangential thrust; the soil- root contact micromorphology showed clay-oriented features, microfractures, fungi cover and slickensides. The lower infiltration in compacted soil-root surface is associated to both physical (compaction) and chemical (hydrophobicity) mechanisms. The use of micromorphological techniques and image analysis allowed the observation and quantification of soil porosity in its vicinity. / Dissertação importada do Alexandria

Orientadores: Bruno Coraucci Filho, Ronaldo Stefanutti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo / Made available in DSpace on 2018-08-14T15:20:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Veronez_AlexHenrique_M.pdf: 2620595 bytes, checksum: d6d885f2c501fdcaeb697bcdcccbccf0 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O uso de efluente sanitário tratado na agricultura, como fonte de água e nutrientes, é uma alternativa à eventual necessidade de um pós-tratamento e ao lançamento em corpos d'água. O trabalho experimental foi desenvolvido na UGRHI 08 (Unidade Hidrográfica de Gerenciamento de Recursos Hídricos Sapucaí/Grande), no município de Franca-SP, e teve a finalidade de avaliar a eficiência do sistema soloplanta no pós-tratamento de efluente, por meio da irrigação de cultura de eucalipto, da espécie urograndis, monitorando a qualidade dos lixiviados, nas profundidades de 0,30; 0,60 e 0,90 m, e, o DAP - Diâmetro à Altura do Peito da planta. Foram instaladas parcelas, constituindo 8 tratamentos, com 4 repetições cada. Dos 8 tratamentos, 2 foram irrigados com água, 5 com efluente e 1 não recebeu nenhum tipo de irrigação artificial. Quanto à adubação, 5 tratamentos receberam NPK, B e Zn; sendo 4 deles irrigados com água residuária e 1 com água natural. Os lixiviados coletados na área da pesquisa evidenciaram a presença de nitrato na maioria dos tratamentos irrigados com efluente e uma elevada eficiência na remoção de DBO e DQO. Em relação à planta, o tratamento estatístico mostrou que o desenvolvimento do DAP foi maior nos tratamentos irrigados com efluente quando comparados aos demais tratamentos. Os resultados comprovam que o pós-tratamento de efluente na cultura de eucalipto é efetivo quanto aos aspectos sanitários e agronômicos. / Abstract: The use of treated sanitary effluent in Agriculture as water resource and nutrients is an alternative to the eventual necessity of a post treatment as also as to the launching in water bodies. The experiment was developed at UGRHI 08 (Hydrographic Unity of Hydric Resources in Sapucaí/Grande) in the city of Franca-SP. It aimed to evaluate the efficiency of the plant - ground system at the effluent post treatment, through the process of irrigation of the eucalyptus cultivation, which species is urograndis, monitoring the leachate quality, in the deeps of 0,30; 0,60 e 0,90m, and the DAP (Diameter at the High of the Plant Chest). Parcels were installed, forming 8 treatments, with 4 repetitions each one. From the 8 treatments, 2 were irrigated with water, 5 with effluents and 1 didn't receive any kind of artificial irrigation. Referring to the seasoning 5 treatments received NPK, B and Zn; 4 of them were irrigated with wastewater and 1 with natural water. The leachated collected in the research area showed the presence of nitrate in the most of the treatments irrigated with effluent and a high efficiency in the BOD and COD removing. In relation to the plant, the statistic treatment, showed that the DAP development was bigger in the treatments irrigated with effluents than in the other ones. The results so far prove that the post treatment of effluent in the eucalyptus cultivation is effective concerning the sanitary and agronomic aspects. / Mestrado / Saneamento e Ambiente / Mestre em Engenharia Civil