De nombreux problèmes algorithmiques sont « difficiles », dans le sens où on ne sait pas les résoudre en temps polynomial par rapport à la taille de l’entrée, soit parce qu’ils sont NP-difficiles, soit, pour certains problèmes d’énumération, à cause du nombre exponentiel d'objets à énumérer. Depuis une quinzaine d’années on trouve un intérêt grandissant dans la littérature pour la conception d'algorithmes exacts sophistiqués afin de les résoudre le plus efficacement possible. Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à la conception d'algorithmes exacts exponentiels autour de trois problèmes difficiles. Nous étudions tout d'abord le problème d'optimisation Ensemble Connexe Tropical pour lequel nous décrivons un algorithme afin de le résoudre en général, puis un algorithme de branchement plus rapide pour le résoudre sur les arbres, ce problème restant difficile même dans ce cas. Nous nous intéressons ensuite au problème d'énumération Ensembles Dominants Minimaux, pour lequel nous donnons des algorithmes résolvant ce problème dans les graphes splits, cobipartis, ainsi que dans les graphes d'intervalles. Nous déduisons des bornes supérieures sur le nombre d'ensembles dominants minimaux admis par de tels graphes. La dernière étude de cette thèse concerne le problème d'optimisation Domination Romaine Faible dans lequel, étant donné un graphe nous cherchons à construire une fonction de pondération selon certaines propriétés. Le problème est NP-difficile en général, mais nous donnons un algorithme glouton linéaire calculant une telle fonction pour les graphes d'intervalles. / Many algorithmic problems are « hard », in the sense of we do not know how to solve them in polynomialtime, either because they are NP-hard, or, for some enumeration problems, because the number of objectsto be produced is exponential. During the last fifteen years there was a growing interest in the design of exact algorithms to solve such problems as efficiently as possible. In the context of this thesis, we focus on the design of exponential exact algorithms for three hard problems. First, we study the optimisation problem Tropical Connected Set for which we describe an algorithm to solve it in the general case, then a faster branch-and-reduce algorithm to solve it on trees; the problem remains difficult even in this case. Secondly we focus on the Minimal Dominating Sets enumeration problem, for which we give algorithms to solve it on split, cobipartite and intervals graphs. As a byproduct, we establish upper bounds on the number of minimal dominating sets in such graphs. The last focus of this thesis concerns the Weak Roman Domination optimisation problem for which, given a graph, the goal is to build a weight function under some properties. The problem is NP-hard in general, but we give a linear greedy algorithm which computes such a function on interval graphs.

Dans cette thèse, nous nous intéressons à la résolution exacte de problèmes NP-difficiles sur les graphes et les hypergraphes. Les problèmes que nous étudions regroupent dans un premier temps des variantes du problème classique du nombre chromatique. Les variantes de ce problème se distinguent par la difficulté introduite par les relations entre les classes de couleurs, ou la difficulté de reconnaissance des classes de couleurs elles-mêmes. Puis nous ferons le lien avec les problèmes de transversaux sur les hypergraphes. Plus particulièrement, il s’agira de s’intéresser à l’énumération de transversaux minimaux dans un hypergraphe de rang borné. Outre la résolution exacte, nous nous intéressons à la résolution à paramètre fixe. Le problème de racine carrée de graphe est un problème important en théorie des graphes. Nous proposons et montrons la solubilité à paramètre fixe de deux problèmes d’optimisation reliés. Finalement, nous nous intéresserons à la résolution de problèmes de graphe, soit en lien avec les problèmes de colorations, soit pour montrer les performances possibles de différents algorithmes en fonction de l’espace mémoire disponible. Dans cette thèse, nous aurons à cœur d’appliquer judicieusement la grande majorité des techniques essentielles en algorithmique exacte exponentielle. Principalement, nous appliquerons la programmation dynamique ou le principe d’inclusion-exclusion pour les problèmes de coloration. La technique de programmation dynamique se retrouvera pour d’autres problèmes de cette thèse, aux côtés d’autres méthodes comme la technique de branchement ou de mesurer et conquérir / In this thesis, we are interested in the exact computation of np-hard problems on graphs and hypergraphs. Firstly, we study several variants of colorings. Those variants appear harder than the famous chromatic number problem, by adding difficulty in recognizing the color classes, or more often by introducing various relationships between them. Then we link to problems of transversals in hypergraphs. More precisely, we are interested in enumerating minimal transversals in bounded ranked hypergraphs. Besides the exact computation, we are also interested in fixed parameter tractability. For this area, we study two optimization versions of the famous square root of graphs problem. Finally, we will be interested in solving other problems of graphs related to colorings, or in order to compare efficiencies of algorithms depending on the memory space available. In this thesis, we will apply most of major techniques in designing exact exponential algorithms. The main techniques we use are dynamic programming, inclusion-exclusion, branching, or measure and conquer